袁死黎繼，北京政府的大權便在段祺瑞掌握中，一切大政均是段的決定。6月10日裁撤了陸海軍大元帥統率辦事處，這是袁以總統的身份抓軍權的機構，袁在世之日和段鬧得最不愉快的，就是這個機構，黎當總統，段自然不能再讓這個機構存在，所以首先廢除了它。13日令徐樹錚為國務院秘書長，令王式通為國務院參議。徐樹錚是段的智囊，倚為腹心，卻又是袁所最憎恨的人。段出任國務總理時，就為了要派徐樹錚為國務院秘書長而和袁鬧得極不愉快，現在是段的天下了，徐樹錚當然要先掌大權的。這正合了一朝天子一朝臣的古話。19日下令裁撤京畿軍政執法處，這是袁的特務機構，也是被各方最痛恨的機構，段為了收攬人心，所以先裁撤了它。29日廢國務卿名義，仍恢復國務總理，裁撤參政院和平政院所屬的肅政廳。
30日政府人事大改組，外交總長、交通總長曹汝霖，內務總長王揖唐、海軍總長劉冠雄、司法總長、農商總長章宗祥、教育總長張國淦辭職照準。以唐紹儀為外交總長、許世英為內務總長、陳錦濤為財政總長、程璧光為海軍總長、張耀曾為司法總長、孫洪伊為教育總長、張國淦為農商總長、汪大燮為交通總長、段祺瑞自兼陸軍總長。唐紹儀未到任以前陳錦濤暫兼外交總長，張耀曾未到任前，以張國淦兼司法總長。7月12日再局部改組，以孫洪伊為內務總長、范源濂為教育總長、許世英為交通總長。8月1日改派谷鍾秀為農商總長，張國淦轉任總統府秘書長。
7月6日對於各省軍政首長的名稱加以修改，在官制未定以前，各省督理軍務長官改稱督軍，民政長官改稱省長。令張作霖為奉天督軍，孟恩遠吉林督軍，張懷芝山東督軍，趙倜河南督軍，閻錫山山西督軍，馮國璋江蘇督軍，張勳安徽督軍，李純江西督軍，李厚基福建督軍，呂公望浙江督軍，王占元湖北督軍，陳宦湖南督軍，陳樹藩陝西督軍，蔡鍔四川督軍，陸榮廷廣東督軍，陳炳-廣西督軍，唐繼堯雲南督軍，劉顯世貴州督軍。令朱家寶為直隸省長，郭宗熙吉林省長，畢桂芳黑龍江省長，田文烈河南省長，沈銘昌山西省長，齊耀琳江蘇省長，倪嗣沖安徽省長，戚揚江西省長，范守佑湖北省長，張廣建甘肅省長，楊增新新疆省長，朱慶瀾廣東省長，羅佩金廣西省長，任可澄雲南省長，戴戡貴州省長，胡瑞霖署福建省長，孫發緒署山東省長，張作霖兼署奉天省長，呂公望兼署浙江省長，陳宦兼署湖南省長，陳樹藩兼署陝西省長，蔡鍔兼署四川省長。令朱家寶兼署直隸督軍，畢桂芳兼署黑龍江督軍，張廣建兼署甘肅督軍，楊增新兼署新疆督軍。令湖南督軍陳宦迅速赴任，未到任前以陸榮廷暫署，廣東督軍陸榮廷未到任前以龍濟光暫署。令授李烈鈞勳二位，陸軍中將加上將銜。
段祺瑞發表的各省軍政首長名單，是煞費若心的，一方面要促進南北統一，一方面要鞏固北洋勢力，求全而不全，換湯沒有換藥。舉例言之，袁頒布的將軍名義和護國軍方面的都督名義同時取消，代之為督軍，只是在都督和將軍兩個銜頭中各抽出一個字合創督軍的新名詞而已；其次是委曲求全方面，這次人事安排，無論帝制與反袁派，在台上或新被逐（如陳宦）者，都給予一定的位置安排，人人各得其所，在安排上總算盡了最大努力。段的本意想在各省達到軍民分治，所以只有少數省份是以督軍而兼署省長的，署是臨時性質。以省長而兼署督軍的，只有四個省。這些省都是以小軍閥或者以文人而權充軍事長官，這當然是臨時性質。至於段在四川、湖南、廣東、廣西四省的權力分配，簡直是播下了戰爭種子，製造了紛亂的根源。尤其是對湖南，湖南是南北用兵必爭之地，較之四川還要重要，因為在北洋軍來說，取湖南比取四川容易得多。
為什麼段不維持湯薌銘的湖南督軍而改派他為廣東查辦使呢？原來就在段發表各省督軍名單的前兩天，湖南出了事，湯薌銘逃之夭夭。湖南獨立時，北洋軍第六師在湘西，安武軍倪毓-部在岳州，湯直接指揮的，是北洋軍一個混成旅，由旅長車震率領，駐紮在長沙附近。這時候，廣西軍已有一部分到達衡陽和寶慶。陸榮廷以護國軍湘、粵、桂聯軍總司令身份，於6月初由廣東開到湖南，進駐衡州。在湖南內部，趙恆惕等已組成了湘軍兩師，湘西一部分民軍也開到長沙附近成立了一個師。這是個劍拔弩張的局面，袁軍與護國軍無法和平相處，隨時可能發生衝突。湯薌銘的處境，和陳宦在成都有點相同，既不能指揮駐紮在湘西、湘北的袁軍，又不能指揮湖南的民軍和桂、粵的客軍。最糟的是湖南人恨透了這個殺人如麻的湯屠戶，因此各路民軍圍攻長沙，以及國民黨人要用手槍和炸彈對付湯的風聲傳遍了長沙城。7月4日深夜湯薌銘在四面楚歌中離開了長沙。
湯薌銘走後，湘軍已成立了三個師，師長是陳復初、趙恆惕、陳忠洵。曾繼梧以湘軍第一軍長暫代湖南都督，龍璋暫代湖南民政長。隨後程潛以湖南護國軍總司令名義由雲南到了湖南，他的部隊也改為湘軍第四師。湯薌銘的離去，並未減輕湖南的火藥味，而7月6日北京政府又發表陳宦為湖南督軍兼署省長，陳宦未到任前，派陸榮廷署理督軍和省長。這個命令使湖南更加複雜了。
段祺瑞對陳宦印象惡劣極了，那麼段又為什麼派陳為湖南督軍兼署省長呢？這是由於黎元洪堅決主張必須給陳一個督軍職務。當湯薌銘逃離湖南後，段打算迅速派遣一支北洋軍進駐湖南，又苦於無兵可調，恰好這時陳宦由四川撤出時，手上還有兩旅兵力，派他就近入湘，既可敷衍黎，又給陳一個戴罪圖功的機會。
這道命令立刻引起了湖南人民的激烈反對，湖南人趕走了一個北洋軍閥，斷不容又來一個北洋軍閥，因此湖南各界推舉年已七旬的劉人熙為湖南都督。為什麼推劉呢？因為劉人熙以前做過廣西藩台，與桂軍陸榮廷頗有淵源，想通過劉的關係取得桂軍協助以拒北洋軍。
陸榮廷支持湖南人民這個行動，因為桂軍也不希望北洋軍大舉進駐湖南。北軍人湘問題引起了湖南人民和滇軍、桂軍的反對，其他黨派人士如熊希齡、范源濂等則希望調蔡鍔回到湖南，國民黨人士則希望以甫由美返國的黃興擔任。可是蔡、黃兩人均無意於湘督。黃興推薦譚延-以自代。譚在各方都有很好的人緣，不過和北洋系的關係不夠深。
這時，窮途末路的陳宦知道自己不適宜於督湘，因此自動表示辭去湘督，而段祺瑞也瞭解，如果硬性派北軍人湘，必會引起戰爭，段覺得這個用兵時間尚未成熟。因此他於7月16日改派劉人熙為湖南督軍，並下令把第六師由湘西調回江西，第七師由四川調往洛陽，第三師也由四川調回岳州。
段祺瑞本來預定的計劃是派第三師師長曹錕繼陳宦以後的湖南督軍，可是，段自己覺得他在北京的基礎尚未穩定，必須靠一個可靠的北洋大將在自己身邊，以加強自己的地位，因此選中了曹錕。曹一直給人印象是「老實人」，所以段調曹為直系督軍。同時把7月間開回岳州的第三師分批調回北方。
這並不等於段完全放棄湖南，因為他又安了一個棋子在湖南，他派他的內親吳光新率領北軍第三旅接防岳州。這當然是埋伏吳做為將來湘督的打算。天下事如要人莫知，除非已莫為。段內定吳為湘督的消息，立刻傳遍了湖南，當然又引起湖南全省激烈的反對，甚至公開宣稱為了抗阻北軍。不惜一戰。
段這才瞭解湖南的強硬，於是在8月3日下令改派譚延-為湖南省長兼署督軍。所謂的「署」是暫代的意思，段這命令中，派譚為省長暫代督軍，即表示將來還要派一個督軍，所以段這期間給譚的電報都是稱譚為省長。
譚延-是反袁的，他在湖南很得人望。癸丑二次革命失敗後，他承當一切湖南的責任，袁調他和趙恆惕赴京。趙被囚，他亦形同軟禁，有這段經過，更使他在湖南受人愛戴。
湖南人對於湘督一職很敏感，這是因為湯薌銘殺戮太甚所招致，而湖南人甚至西南護國軍方面，反對北洋軍再入湖南的態度，則尤其堅決，不過北洋軍留在岳州已是既成事實，所以當時等於有一個默契，只要北軍不越過洞庭湖，似乎雙方就能和平共存下去。
譚延-8月20日就任湘督。
北京政府任命各省督軍命令頒布後，首先發生了馮國璋和張勳互爭地盤的糾紛。馮、張兩人都是袁時代的「上將軍」，不過馮在北洋派中的資望遠在張勳之上。張勳的地盤在安徽，他的總部則在徐州，並將隴海線徐州以東的廣大地區據為己有，這些地區是屬於江蘇的，馮國璋對此久已不能忍受。袁世凱末期，袁正想利用馮、張兩人的利害矛盾以便從中操縱，馮鑒於袁的態度，所以只得隱忍，袁死後，督軍命令又發表，馮認為再也不能容忍下去了，因此電請張勳移駐安慶以符定制。那知張勳卻告訴馮，他除了安徽督軍一職外，還兼長江巡閱使，江蘇是在長江流域內，長江巡閱使駐防徐州怎能說不符定制。馮接了這個電報，氣得一佛出世，二佛升天，竟氣得向北京政府辭職。
馮辭職當然是一種姿態，是敦促北京下令張勳讓徐州，然而北京政府這時又哪兒有力量貫徹這種行動，只能委婉地勸張自動讓防，張勳根本不理。8月29日，馮再電北京政府，歷數辮子軍在徐海一帶橫行不法種種，使人民痛苦不堪，馮身為江蘇督軍，不能坐視不理，加以張對政府命令置之不理，政府應該處理。於是北京政府再度勸告張勳移駐安慶，那知張勳也來一個辭職手段要脅，他電告北京政府寧可辭去安徽督軍，也不會讓徐州。馮、張的糾紛只好不了了之了。
這是很妙的現象，安徽省督軍的駐地，不在安徽而在江蘇，省長的駐地也不在省會安慶而在蚌埠，安慶只設有督軍和省長的駐省辦事處。安徽的民政、財政、教育等庶政當然是在省會安慶，於是省政諸事每天要用函電向蚌埠請示處理。安徽省長倪嗣沖，也是一個驕橫不法的軍閥，他怎麼說也不肯離開蚌埠。北京政府雖然一再敦促他把省長公署遷至安慶，他也來個相應不理。
6月6日袁去世，6月7日陝西陳樹藩宣佈取消獨立，6月8日四川陳宦宣佈取消獨立，6月9日廣東龍濟光也宣佈取消獨立。段祺瑞對這三個取消獨立的地方首長採取各別不同的辦法，他的目的只是達到北洋派專政和分化護國軍力量。
本來龍濟光的獨立就很勉強，他是在廣西護國軍和廣東各地民軍四面包圍下被迫宣佈獨立的。在宣佈獨立時，他取得了袁世凱的秘密指示和諒解。所以他雖然獨立了，卻仍然和袁有密電往來，請袁飛調北洋軍由海道開至廣東以解救他的危機，袁死後，他又與繼承袁的段祺瑞取得了密切聯繫。
當軍務院在肇慶成立時，代理撫軍長岑春煊和廣西都督陸榮廷都曾電請雲南護國軍第二軍總司令李烈鈞取道廣西和廣東向江西進兵。於是李烈鈞便率領張開儒、方聲濤兩個梯團，於5月12日開到肇慶。這時袁世凱還未死，龍濟光當然內心裡極不願意出兵北伐，又拒絕滇軍通過廣州，他所持的理由是害怕引起誤會，主客兩軍自相衝突。陸榮廷也害怕在廣東境內引起這種衝突，因而主張對龍妥協，和龍商定滇軍假道廣東的路線，由肇慶經三水到琶江口，轉乘火車到韶關，避免經過廣州。但是6月7日張開儒梯團到達韶關時，袁已去世，龍借此理由，電令韶關鎮守使朱福全閉門不納，迫使滇軍露宿城外，龍軍又在城上架炮轟擊，因此爆發了北江戰爭。
6月9日龍不和軍務院聯絡便擅自宣告取消獨立，龍這一著是想擺脫軍務院的干涉，因為他內心一直認為自己是北洋系，所以心甘情願倒向北京政府，他認為北洋軍系是全國最強大的軍事力量，依賴北洋系作靠山，他就不怕滇軍和桂軍，他認為必須要把滇軍和桂軍驅逐出廣東，他才能在廣東安枕，所以他在取消獨立的同時，秘密電請段內閣要求段三路出兵「援粵」，除由海道運輸北洋軍來粵外，並令江西、福建兩省的北洋軍由陸路開進廣東，幫他夾擊滇軍，先擊敗滇軍再驅逐桂軍。龍濟光的願望是不讓滇、桂軍假道廣東北伐，這和段祺瑞的內心打算相同，段當然不願見西南護國軍擴大力量，所以在龍濟光取消獨立後，北京政府發表命令對龍的行動大加讚揚，認為他「具有世界之眼光」。6月21日，北京政府又派龍濟光兼任廣東巡按使。段內閣的三路援粵計劃也在加緊部署中。
當軍務院還未撤銷前，龍濟光就故態復萌了，他指使駐在龍州的嫡系部隊濟軍以敵對態度對付護國軍，用堅壁清野的方法對待李烈鈞所率假道北伐的滇軍，且在城樓上開炮轟擊，同時密電請求段祺瑞迅速調派北軍三路入粵援助。不料這個電報卻被軍務院截獲，由代理撫軍長岑春煊通電揭曉，龍無法抵賴，只好偽造軍務院不肯撤銷和岑春煊、李烈鈞兩人密謀攻佔廣東的往還電以資抵消。
段祺瑞當然不歡喜護國軍繼續北進，所以接受了龍的乞援電，並電令江西督軍李純就近調遣北洋軍第六師全部開往贛南；福建督軍李厚基率軍開往閩南；並派薩鎮冰率海軍以保護外僑為名開往廣州，伺機消滅滇軍，以保全廣東為北洋勢力範圍。李純已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盤，對於廣東就不太感興趣，所以對段的命令陽奉陰違，只是象徵地派兵，其目的是防堵滇軍侵入贛、閩。
李烈鈞率領的滇軍在韶州遭遇龍濟光的濟軍攻擊，全軍極為憤慨，乃發動猛烈攻擊，於5年6月7日攻入韶州。龍派軍增援，7月3日又被滇軍在源潭予以痛擊，濟軍大敗，桂軍莫榮新乘機由西路攻入三水，龍被迫放棄一切，集中兵力困守廣州。
由於廣東形勢的變化，段內閣乃於7月6日發表全國各省軍民長官命令時，藉機對廣東問題作一大調動，將李烈鈞調到北京「另有任用」，以陸榮廷為廣東督軍，朱慶瀾為廣東省長，龍濟光為兩廣礦務督辦，同時又任命陸榮廷暫署湖南督軍，陸未到廣東前，仍由龍濟光暫署廣東督軍。
在這個人事命令中，包含了很多陰謀，第一調李烈鈞入京是調虎離山，移開了廣東北洋派正面的敵人；第二桂軍雖然也和龍濟光為敵，可是態度不似李烈鈞那麼頑強，所以發表陸榮廷為廣東督軍，就可以軟化桂軍；第三又派陸榮廷署理湖南督軍，是阻止陸到廣東接任督軍，使龍濟光可以繼續留在廣東督軍位子上，以待北洋軍的來援。這是一石兩鳥的妙計，對滇軍是調虎離山，桂軍是緩兵之計。
就段來說，對廣東問題已是煞費苦心了。
段祺瑞對廣東的安排引起廣東人士激烈的反對，以唐紹儀、梁啟超、王寵惠為首的各黨各派代表，紛紛電請北京政府罷免這個廣東人民的公敵龍濟光。於是段乃借口「粵事真相不明」，加派剛由湖南逃出來的湯薌銘為廣東查辦使，並派海軍上將薩鎮冰為粵閩巡閱使，借海軍來向敵對方面鎮壓。
湯薌銘和黎元洪、段祺瑞都有相當關係。由於他是湖北人，和黎元洪是同鄉，又同為海軍學生出身。袁世凱未死前，馮國璋召集南京會議，湯薌銘和馮國璋都是主張袁退位的，馮這樣主張，是為了自己想借南方支持登上總統寶座，湯則是自始至終主張由副總統黎元洪繼任大總統。因為這個原故，黎內心對湯極有好感。段祺瑞對湯也不壞，雖然袁死前湯和陳宦是最後迫袁致死的「倒戈」人物，可是陳宦早已通款於蔡鍔，對袁和北洋系都不忠，而湯則是在重大壓力下被迫宣佈獨立的。段知道湯這個人不會投靠國民黨，所以也對湯有好感，加以段這時正要借重湯薌銘的哥哥、進步黨領袖湯化龍在國會內相助，所以拉攏湯薌銘，也是拉攏湯化龍。
黎本想邀湯薌銘赴北京為海軍總長，段卻派了他為廣東查辦使。段這個安排是師袁的，袁世凱在癸丑二次革命時，曾派湯為湖南查辦使，率領一部分軍艦開到洞庭湖，隨後即發表他為湖南都督。廣東人士深怕段也來這一手，則趕走了一個殺人魔王，又來了一個殺人魔王，因此也堅決反對湯到廣東。
陸榮廷如何呢？他的桂軍本是向廣東和湖南兩方面發展的，他在廣東，不像滇軍那樣和濟軍尖銳化，他利用滇軍和濟軍為敵，就帶領了一部分桂軍開進湖南，把湖南控制在他的手裡。
拿湖南和廣東相比，湖南地當要衝，內部情況複雜，財源不及廣東富饒，兩者相較，魚與熊掌不可得而兼，當然捨湖南而取廣東，因此，7月10日陸榮廷不理睬北京命令他暫署湖南督軍的命令，由衡州班師回桂，集中主力準備開赴廣東。
段祺瑞在北京聽說陸榮廷由湘班師回桂，正準備入粵的消息後，大為不安，這與他的安排恰恰相反，他本是一套假戲，而陸則是認了真要假戲真做。於是他在7月29日以國務院名義秘密發出艷電，徵求各省北洋軍伐對處理廣東問題表示意見。這又是師法袁世凱的，利用北洋軍伐，引起他們對南方各省有興趣。
段祺瑞就是在處理廣東問題時，引起了閣潮，他既然以袁世凱的繼承人自居，當然最痛恨李烈鈞，認為李是北洋系的死敵，他調李入京是勉強裝出客氣的樣子，李不受調，他就想藉機翻臉。他的秘書長徐樹錚瞭解他的私心，乃把未經閣議討論和通過，催促贛、閩兩省出兵「討伐」李烈鈞的通電發出。因此導致內務總長孫洪伊和徐樹錚正面衝突。
這時，在徐州的張勳也於7月31日發出通電痛斥李烈鈞，主張贛、閩兩省出兵「援粵」，接著倪嗣沖電請北京政府下令「討伐」李烈鈞。北方各省立即隨聲附和，張懷芝、趙倜、孟恩遠、楊善德、閻錫山、馮國璋、王占元、畢桂芳、陳樹藩（依發電先後為序）紛紛通電「致討」，對李烈鈞極盡攻擊。
8月11日，北京政府發表處理廣東問題的命令說：
「龍濟光未交卸以前，責任守土，自應約束將土，保衛治安。李烈鈞統率士卒，責有攸歸。著即均勒所部，即日停兵。此後如有抗令開釁情事，自當嚴行聲討以肅國紀。」
這真是一個強詞奪理、顛倒是非的命令，把龍濟光說成守土有責、維持治安的疆吏；而李烈鈞則是抗令開釁、違反國紀的罪魁禍首。事實是怎樣呢？李烈鈞只是北洋系所深惡痛絕的人，他是反對帝制最烈，而在雲南倡義的三巨頭之一。至於龍濟光卻是袁所親愛的功狗，因效忠「洪憲皇帝」而被封王爵。
段以為用中央的威信向李烈鈞攤牌，他有北洋軍閥為後盾，如果李烈鈞不聽命令，就是反抗政府，背叛國家，他便可以號召全國，鳴鼓而攻。可是時間上不幫助段，這時陸榮廷已迅速帶兵到了肇慶，龍濟光在滇、桂軍雙重壓力下，乃被迫提出卸職條件：（一）濟軍2萬人（虛報）以上，應編為兩師；（二）請撥付軍餉和移防經費300萬；（三）督辦兩廣礦務，應選擇兩廣扼要地點屯駐濟軍，在濟軍駐防區內，其他各軍須撤出；（四）督辦兩廣礦務公署應照督軍公署的規模，直隸中央，本省長官無權調度。
李烈鈞這時留在廣東已無價值，且留下變成眾矢之的，所以便於8月17日通電解除職務，在粵境內的滇軍由張開儒、方聲濤兩師長直接統轄。8月22日李烈鈞和滇軍告別，於27日到肇慶會晤陸榮廷後，取道香港赴上海。
陸榮廷在肇慶裝病。8月25日薩鎮冰到了廣州，和廣東省長朱慶瀾調停粵局。龍濟光討到餉款後率兵移駐瓊州（海南島）。陸榮廷則遲至10月才在肇慶就職廣東督軍。