袁斷氣時，除了接受顧命的四位大臣外，其他在北京的袁系要人雖都聞訊趕至，卻未參加討論繼承人會議。金匱石屋名單揭曉後，四位顧命大臣就討論繼承人問題，一致請徐表示意見。
徐東海是著名的水晶狐狸，他說：「現在南方獨立，收拾時局是一件極其艱難的工作，依我的愚見，根據《約法》，應推副總統繼任。」他和袁臨終前口氣一樣，沒有劃分《約法》的新舊，然而這不是他神志不清，而是他高明之處。金匱石屋的第一名是黎，根據新《約法》，黎也是第一名；如果依照舊《約法》，副總統升補總統也是黎，所以《約法》不論新舊，黎都有資格繼承總統，這是法理方面。至於形勢上，袁死前一團槽的局面，袁死後如何善其後呢？擁黎來過渡，護國軍方面會同意的，也避免使北洋派居於爐火之上，黎有聲望卻沒有實力，又是北洋派的政治俘虜，利用他為北洋派服務，對北洋派來說，是個最好的打算。
徐雖是北洋系的重臣，可是在北京，北洋實權都是抓在段祺瑞手中，徐又怕段有總統自為之意，怕自己的主張堵塞了段想做總統的出路，因此徐望了段一眼，補充說：「這只是我個人的意見，究竟怎麼辦，還是取決於總理吧！」大家不約而同地望著段，等他開口，然而他卻沉默不則聲，屋子裡一片寂靜，只聽見後院的哭泣聲。這樣挨了一刻鐘，才聽到段極其簡單地說了一句話：「很好，我和相國的意見一致。」這話說完，局面才算定了。
袁停屍在居仁堂前的春藕齋，徐、段等下令分別通知各部總長和袁有特殊關係的人，不多時，到了20多人，曹汝霖提議先向靈前祭奠一下，於是設了香燭祭品，各人向袁的遺體先行三鞠躬禮。在行禮的人群中，段看見了張國淦，馬上抓了他的手說：「乾若，隨我來，我們去看副總統去。」張國淦字乾若，湖北人，他是袁系中代表袁和黎聯繫的人。段拉住張上了自己的汽車，只對司機說了一句話：「東廠胡同。」由春藕齋到黎寓居的東廠胡同途中，段一言不發，臉部表情凝重，使張如墜五里霧中，他未參加剛才的四巨頭會議，也不知道袁斷氣前所說「約法」兩字，更不知道金匱石屋的名單，所以他摸不清楚段拖了他去看黎元洪的真意何在？
段的心情很複雜，所以他像啞巴一樣不開口。憑心而論，他最瞧不起黎。在遜清末年，他的官爵比黎高得多了，在北洋系中他也是袁以下數一數二的人物，如今袁死後卻要他舉北洋系擁護黎為總統，內心實在太想不通，然而形勢比人還強，當前形勢，又非擁黎不可，所以他表情非常凝重。
段祺瑞和張國淦的車子馳抵東廠胡同黎寓的門口，張搶先進入內院向黎報告：「總理來了。」接著又倉皇又喘著氣說：「總統過去了。」
黎已知袁逝世，這時聽說段來了，便趕著跑了出來，兩人在黎客廳中的一幕，非常戲劇性，客廳內擺著長方形的楠木桌子，黎走入客廳像個木偶似地坐在主位上，段、張分坐兩邊，段向黎三鞠躬，黎也欠身答禮，段不開口，黎也不出聲，張更不敢講話了。這幕啞巴戲做了40分鐘，段站起身來向黎半鞠躬告退，黎茫然站起身來送客。段臨走時向張交代說：「副總統方面的事，請你招呼！」張這才搶著問：「國務院方面的事呢？」段答：「有我，」一面說一面跨上了汽車，車子就開動了。
6日下午袁的遺令公佈的同時，國務院發表了一則公報：
「袁大總統於本日上午十時四十分以尿毒病薨逝，停柩居仁堂，業經遺令遵依《約法》第廿九條宣告以副總統代行中華民國之職權。」
6月6日這一天在北京城內是緊張而混亂的。這天午夜，黎的湖北同鄉陸軍次長蔣作賓來了一個電話給黎：「外邊情形很不好。」黎聽到沒了主意，不知外邊出了什麼岔子。老實說北洋軍人究竟會怎樣變，誰也難預料，這時最重要的問題是繼承人問題，黎想來想去非常不安，他把張國淦找來，要他打一個電話問段一下。張撥通了段的電話，那邊接電話的是段的副官，他說：「總理沒有工夫聽電話。」黎站在電話機旁很焦躁，催張說：「你說有要緊的事。」張如此說了，副官跑去報告段，等了一忽兒，那邊回答說：「如果是要緊事，總理說請你當面來談談。」黎趕快對張說：「去，去，你快點去告訴他，我不要做總統。」張驅車到了國務院，逕奔總理辦公室，這時雖已午夜，國務院卻燈火輝煌，尤其是總理辦公室擠滿了人，都是些帶雞毛帚、穿軍服的高級武人。段忙得喘不過氣來，一眼看見了張，就撇開包圍他的人，把張拉到另外一間小屋子裡。張說：「副總統要我過來問問這邊情形。」段面色堅定而傲慢地說：「我姓段的主張姓黎的幹，我說了就不改變，不管有什麼天大事情，我姓段的可以一力承擔，與姓黎的不相干。」張想多知道一點情況，還沒有來得及開口，只見段捏著拳頭在桌子上一擊，狠狠地說：「他要管，就讓他管。」他是誰呢？張為之茫然。段說完這句話，又匆匆忙忙地回到那個擠得水洩不通的總理辦公室去了。
張國淦由國務院趕回東廠胡同黎寓，黎正急得像熱鍋螞蟻一樣，張把段很堅決的支持黎做總統的話講了出來，卻沒有講後半段。黎仍覺得這局面不佳，他對張說：「乾若，這情形不妙，我們姑且在沙發上躺一夜吧！」這時，黎身邊只有一個副官唐冰如。
第二天一早，黎又促張到國務院，這才知道昨天晚上發生的事，原來那些帽子上有雞毛帚子和身穿軍服的北洋系高級軍官一齊包圍了段，他們要舉徐世昌或段祺瑞為總統，他們堅決反對北洋系以外的人，尤其是南方人為總統。幸而段的態度很堅定，才把一天風雲吹散。
段見到張後，就把已經擬好的通電給張看，張看見電稿上這樣寫著：「黎公優柔寡斷，群小包圍。東海（指徐世昌）頗孚人望，但《約法》規定大總統出缺時，應由副總統繼任。」段這個電報當然是安撫北洋系的，然而張國淦對段說：「這何苦來呢！做人情就索性做到底，總統都奉送了，何必讓受人情的人不痛快呢。」段想了一會，乃提起筆刪去這一段難聽的話。
張國淦在袁、段一方面看來，是聯黎的一條線索，而在黎看起來，卻又是聯袁或段的一條線索，他屢有求去之意，雙方都苦苦留他。他曾經批評馮國璋「不左不右」，而他周旋於黎與北洋派領袖之間，卻有是左右做人難。
6月7日，黎在東廠胡同私宅舉行就職典禮。黎就職當天頒下三令：
第一令云：「元洪於本月七日就大總統任，自維德薄，良用兢兢。惟有遵守法律，鞏固共和，造成法治之國。官吏士庶，尚其共體茲意，協力同心，匡所不逮，有厚望焉！」
第二令云：「現在時局顛危，本大總統驟膺重任，凡百政務，端資佐理，所有京外文武官吏，應仍舊供職，共濟時艱，勿得稍存諉卸。此令！」
第三令云：「民國肇興，由於辛亥之役，前大總統贊成共和，奠定大局，苦心擘劃，昕夕勤勞，天不假年，遘疾長逝。追懷首績，薄海同悲。本大總統患難周旋，尤深痛愴。所有喪葬典禮，應由國務院轉飭辦理人員參酌中外典章，詳加擬議，務極優隆，用副國家崇德報功之至意！」
黎元洪雖然做了總統，可是他沒有實際力量，既非北洋系，又不是真正的國民黨，在北洋諸帥看來，黎不值得受他們擁戴；在國民黨人看來，黎在二次革命後背叛國民黨，投靠袁以自保，不是真正革命黨人。可是也有他的優良條件，他與人無爭，出名的好好先生，做人方面他佔了這個便宜，同時他又是現任副總統，繼任總統近水樓台，水到渠成。
黎就職後，又恢復辛亥年被選為鄂軍大都督一樣，對任何問題都沒有決定權力，只在公文上簽字蓋章，成為段與北洋系一個政治傀儡。
黎雖然就了職，一個問題卻引起了爭論，便是《約法》有兩個，是新《約法》呢？還是舊《約法》？舊《約法》是民國元年的，新《約法》是民國3年的。
西南軍務院撫軍長唐繼堯於6月10日通電提出四大條件：
（一）請黎大總統即日宣言恢復民國元年公佈之《臨時約法》；
（二）請召集民國二年解散之國會，依法補選副總統，及要求同意任命國務員，組織正式國務院；
（三）請懲辦帝制禍首楊度、孫毓筠、嚴復、劉師培、李燮和、胡瑛、朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮芳、雷震春、袁乃寬等十三人；
（四）請下令召集軍事特別會議，由各省都督或將軍各派代表在上海開會，議決一切善後軍事問題。
西南軍務院副撫軍長岑春煊亦宣稱這四個條件是護國軍方面一致主張，如北京方面同意接受，撫軍院當立即撤銷。唐、岑的通電發出後，在上海的唐紹儀、梁啟超、伍廷芳等則聯名通電呼應。國會議員谷鍾秀、孫洪伊等則在上海登報召集議員自行集會，以擁護法統，維持新《約法》為奮鬥的目標。
段祺瑞不贊成恢復舊《約法》，6月22日他通電各省，內云：
「黃陂繼任，元首得人。半月以來，舉國上下所——致辯爭者，《約法》而已。然就《約法》而論，多人主張遵行元年《約法》。政府初無成見。但此項辦法，多願命令宣佈，以期迅捷，政府則期期以為未可。蓋命令變更法律，為各派法理所不容，貿然行之，後患不可勝言；是以遲徊審顧，未敢附和也。
或謂三年《約法》，不得以法律論，雖以命令廢之，而無足議，此不可也！三年《約法》，履行已久，歷經依據，以為行政之準，一語抹殺，則中國一切法令，皆將因而動搖，不惟國際條約關係自重，不容不再三審慎，而內國公債以及法庭判決，將無不可一翻前案，加之何其可也？
或又謂三年《約法》出自約法會議；約法會議出自政治會議，與議人士皆政府命令所派，與民議不同，故此時以命令復行元年《約法》，只為命令變更命令，不得以變更法律論，此又不可也。三年《約法》，所以不饜人望者，謂其起法之本，根於命令耳！而何以元年《約法》，獨不嫌以命令復之乎？且三年《約法》之為世詬病，僉以其創法之始，不合法理，鄰於縱恣自為耳！然尚經幾許咨諏，幾許轉折，然後始議修改。而今茲所望於政府者，奈何欲其毅然一令，以復修改以前之法律乎？此事既一誤於前，今又何可再誤於後？知其不可而尤而效之，誠不知其可也。如謂法律不妨以命令復也，則亦不妨以命令廢矣！今日命令復之，明日命令廢之，將等法律為何物？且甲氏命令復之，乙氏又何不可命令廢之？可施之於約法者，又何不可施之於憲法？如是則元首每有更代，法律隨為轉移，人民將何所遵循乎？
或謂國人之於元年《約法》，願見之誠，幾不終日，故以命令宣佈為速。抑知法律爭良否，不爭遲速，法而良也，稍遲何害？法不良也，則愈速恐愈無以系天下之心，天下將蜂起而議其後矣！縱令人切望治，退無後言，猶不能不慮後世爭亂之源，或且舞法為奸，授我以資為先例，是千秋萬世，猶為國史增一汗痕，決非政府所敢出也。總之，復行元年《約法》，政府初無成見，所審度者，復行之辦法耳！諸君子有何良策，尚祈無吝教言，俾資考鏡。」
唐紹儀、梁啟超、伍廷芳等則致電駁復，詞意堅決，略謂：
「如此次我大總統依法繼任，政府對內對外，迭經聲明，所依何法？非根據元年《約法》規定程序所衍生之大總統選舉法耶？使三年《約法》而為法也，一法不容二存，則被該法所廢止之《大總統選舉法》，定當非法，雲何能依？果爾，則何不於六月九日，開所謂石室金匱以別求元首？夫我總統正位，而國內外共仰為合法者，無他焉，以三年《約法》之不成為法也。又如我公今所長之機關為國務院，國務院者，元年《約法》上之機關，三年《約法》所未嘗有也。三年《約法》若為法，元年《約法》定非法，公所長之院何由成立？今發佈院令而中外共許為合法者，無他焉，以三年《約法》之不成法也。揆諸法理如彼，征諸事實如此，則三年《約法》之非法，確成鐵案。」
北洋系方面既然不願恢復舊《約法》，所以擬議仿照約法會議，來修訂一個新約法，議會紛紜，莫衷一是。
6月25日，上海海軍突宣佈獨立，駐滬海軍總司令李鼎新、第一艦隊司令林葆懌、練習艦隊司令曾兆麟發表聯合宣言，因擁護舊《約法》而宣告獨立，電曰：
「自辛亥舉義，海上將士，擁護共和，天下共見。癸丑之役，以民國初基，不堪動搖，遂決定擁護中央。然保守共和之至誠，仍後先一轍，想亦天下所共諒。洎乎帝制發生，滇南首義，籌安黑幕，一朝揭破，天下鹹曉，然於所謂民意者，皆由偽造，所謂推戴者，皆由勢迫。人心憤激，全國擾，南北相持，解決無日。戰禍迫於眉睫，國家瀕於危亡。海上諸將士，僉以丁此奇變，不宜拘守常法，徒博服從美名，無補於大局，當與護國軍軍務院聯絡一致行動，冀挽危局。正在進行，袁氏已殞。今黎大總統雖已就職，北京政府仍根據袁氏擅改之《約法》，以遺令宣佈，又豈能取信天下，饜服人心？其為帝黨從中挾持，不問可知，我大總統陷於孤立，不克自由發表意見，即此可以類推。是則大難未已，後患方殷。今率海軍將士於六月二十五日加入護國軍，以擁護今大總統，保障共和為目的，非俟恢復元年《約法》，國會開會，正式內閣成立後，北京海軍部之命令，斷不承受。誓為一勞永逸之圖，勿貽姑息養奸之禍，庶幾海內一家，相接以誠，相守以法，共循正軌而臻治安矣。」
上海海軍的獨立，使段感到事態嚴重和自身陷於孤立。當時中國海軍共有三個艦隊，第一艦隊是海軍的主力。這次公然獨立，不僅嚴重地威脅北洋系勢力下沿海各省區，同時還可以幫助護國軍運兵北上。
段祺瑞這才瞭解問題嚴重，乃不再堅持要行新《約法》，同時由於林長民、張國淦的奔走，乃於6月29日由黎元洪正式申令，仍遵行民國元年公佈之《臨時約法》，申令如下：「共和國體，首重民意。民意所壹，厥惟憲法。憲法之成，專待國會。我中華民國國會自三年一月十日停止以後，時越兩載，迄未召復，以致開國五年憲法未定，大本不立，庶政無由進行。亟應召集國會，速定憲法，以協民志而固國本。憲法未定以前，仍遵行中華民國元年三月十一日公佈之《臨時約法》，至憲法成立為止。其二年十月五日宣佈之《大總統選舉法》，系憲法之一部，應仍有效。」
又申令：「依據《臨時約法》第五十三條，續行召集國會，定本年八月一日起，繼續開會。所有關於袁氏時期之立法院、國民會議各法令，應即撤銷，並裁撤參政院，特任段祺瑞為國務院總理及各部總長。」於是爭議不決的法統問題，遂告一段落。
7月14日，黎元洪下令懲治帝制禍首楊度、孫毓筠、顧鰲、梁士詒、夏壽田、朱啟鈐、周自齊、薛大可等八人，余悉從寬免。西南軍務院以所提條件，大致均孚願望，遂於同日由唐繼堯、岑春煊、梁啟超、劉顯世、陸榮廷、陳炳-、呂公望、蔡鍔、李烈鈞、戴戡、劉存厚、羅佩金、李鼎新等聯合通電撤銷，聲明國家一切政務，靜聽元首、政府和國會主持。
洪憲垮台，袁世凱去世，梁啟超和蔡鍔這師生二人便成為當時人望。黎元洪做了光桿總統後，極望能拉攏護國方面的力量，倚為支援，於是有人向黎建議，禮聘梁啟超為總統府秘書長，如梁北上，以梁當時的人望和西南護國軍方面的實力，足以牽制段祺瑞。黎頗以為然，遂於7月1日致電梁啟超，電云：
「屢承來訓，慮遠思深，謀國之心，家居彌篤。泰山北斗，景仰為勞。亦每知讀禮之時，不敢以閣員相浼，然萬端待理，棼如亂絲，辱以庸才，丁茲危局，設使舊鼎覆-，淪胥以滅，既負人民望治之心，亦違先生救時之願，竊不自揣，欲以本府秘書長相屈，既無嫌乎奪情，且可資乎論道。先生模楷人倫，萬流仰鏡，倘肯垂念邦國，當不忍金玉爾音。敢布寸心，擁彗俟命。」
梁啟超是聰明人。何嘗不知道這是吃力不討好的工作，所以婉辭復謝。黎元洪隨後複數次致書遣人邀梁入京，贊襄一切，並命公府收支處自7月份起月贈津貼2000元，其致梁函略云：
「自違塵教，裘葛載更。嶺樹江雲，迢迢千里，雖鱗鴻多便，郵電常通，而仰企之懷，未足罄其萬一也。徐君佛蘇到京，詢悉素履安和，旅祺清適，欣慰不可言喻。國家多故，禍變相尋，賴執事奔走提倡之功，與夫調護斡旋之力，幸得由剝而復，轉危為安。元洪不才，亦獲隨諸君子後，共荷鉅艱，凡百措施，均資指導，嘉猷偉略，薄海同欽，此固民國無疆之休，非僅私幸已也！現在國會將開，人心粗定，而茫茫前途，來日大難，一切建設問題，非得宏才卓識如執事者，從容坐論，隨事諮商，長夜冥行，其何能淑？前曾奉上一電，敬迓高軒，適執事儼然在憂服之中，哀毀已甚，未便固請，然引佇足音，寸陰若歲，自夏徂秋，虛席以待者，亦既三閱月矣！屈指讀禮之期，行滿百日，為國奪情，萬民所望，睹此危局，寧忍恝然。伏乞台從北來，剋日命駕，慰我飢渴，示我周行，九頓以請，幸毋遐棄，鑒此微忱。」
民國5年雙十節，黎元洪以共和重建，特發表大批授勳令，以為酬庸之典。首授孫中山大勳位；蔡鍔、唐繼堯、陸榮廷、梁啟超、黃興、岑春煊6人以勳一位；段祺瑞、王士珍、馮國璋3人以一等大綬寶光嘉禾章。這些勳章，頒贈得太多，如西南首義反帝制派之將領及北洋帝制派之擁有兵權者，甚至遜清皇室之世續、載濤、紹英等，亦均獲得。遂使魚龍混雜，有勳章如雨之勢。