袁世凱的歷史走到尾聲了，他毫無問題是一個梟雄，是政治能手，而他的致命缺點是不肯以誠待人，不肯輕信於人。他出身本是一無憑借，他的崛起，當然是由於他的才智，於是他由廟堂柱石一躍而為民國總統，由民國總統又變為洪憲皇帝，再由洪憲皇帝靦顏回任民國總統，李宗吾的《厚黑學》以形容袁，實在再恰當也沒有了。他任事躬親，集中權力，他明知皇帝不可為而又願為皇帝，是由於他不喜歡總統受制於國會以及責任內閣削減了總統權力，以為皇帝可以免去這些困惑。
自雲南倡義後，他更不放心，遇事躬親，不幸的是，他已沒有當年得心應手的好運，如今全是不如意事，今日接一個獨立電，明天接一個勸退電，國賊之名不絕於口；他的老友、部下、學生，甚至親戚，都指名呼姓地痛罵他。雖然他表面鎮靜，可是內心的苦惱已臻極點，尤其是陳宦5月22日「與袁個人斷絕關係」的來電，更對他是致命打擊。他明於責人，昧於責己，他以權詐取天下，當然要失敗的。他的御人術，第一是金錢收買，第二是寵以官爵，第三是武力鎮壓。這三點有時而窮，窮途末路時，以為別人對不起他，其實他從來就不以誠待人。
袁身體素健，平日食量也很大，尤其是喜啖河南烤鴨，每天晚上睡覺前要飲參茸酒一杯。舊中國的士大夫總要擺出一副倚老賣老的姿態，袁也一樣，50歲以後見客時就要人攙扶，別人叫他老頭子，他則常把「吾老矣」、「衰朽之年」一類的話掛在口頭邊。民國5年他不過58歲，不應該有驟死的可能，也許他平日過分養尊處優，少於運動，加上妻妾過多，房事消耗，所吃的都是大補大熱藥品，過分的刺激和打擊遂使他一病不起。他害的是什麼病，言人人殊，袁死後《政府公報》說是尿毒。當病危時，中西藥雜投，羅瞎子、王神仙之類的草藥醫生也來奉藥。由於袁病倒時，正遇陝西陳樹藩、四川陳宦、湖南湯薌銘先後來電獨立，所以大家便有「送命二陳湯」之語。「二陳」指陳宦和陳樹藩，「湯」指湯薌銘，「二陳湯」是中國的藥名。
袁病時，每天仍在病榻開榻前會議，處理一切公務，直到病危時，亦不中斷，只是改由袁克定在榻前襄助。
袁的病開始於5月27日，在此以前袁已心疲力竭，27日發病時，來勢很猛，其家屬乃急延中醫劉竺笙、蕭龍友會診，但無效果。29日湖南獨立，袁左右本不打算讓袁知道，可是袁在病中仍逐日召集榻前會議，躬親處理文電，所以無法瞞他。
6月2日袁命張一-打電報給老朋友徐世昌，這時徐已歸隱河南輝縣，袁請他立即到北京來見最後一面。徐於6月5日抵京，立即趕到總統府，袁仰臥病榻，有氣無力，喘得很厲害，顫氣地說：「菊人，來得……好，來……得好，我……已是不中用……了。」
徐世昌和袁締交最久，40年的好朋友，不論公誼和私交都相處甚歡，這時見到袁垂危的病容，也不禁老淚縱橫。他悄悄背過身去試了眼淚，然後輕輕地說：「總統不必焦心，好好養幾天就會好的。」袁卻搖搖頭閉了眼睛，眼角旁流下了一大顆眼淚。原來先一天袁已病勢加劇，總統府急請法國公使館醫官卜西爾診視病狀，卜西爾診視結果，確定為尿毒症，加以神經衰弱，肝火湧塞，病入膏肓，斷定已難挽救。到5日，袁的精神越為不濟，卜西爾替袁打了一針「強心針」，袁的神志才略為清醒，正巧徐世昌來了，可是不久袁又陷於昏迷狀態。
在袁最後彌留時，口中斷斷續續地說出了「他害了我」四個字，這好像是他最後的遺言。是誰害了他？他的兒子嗎？還是他的朋友或是部下呢？袁死後這一句話以訛傳訛，竟說成是革命黨以40萬金賄賂法籍醫生卜西爾給袁打了一支毒針，所以袁打針後喃喃說：「他害死了我」一句話。這當然是無稽之謠，然而袁這句話的真意則和他的去世而埋葬了。
民國5年6月6日清晨3時，袁終於斷了氣，這位亂世奸雄，清末民初兩個時代的重要人物，終於和人世永別了。
袁死後發表遺令如下：
「民國成立，五載於茲。本大總統忝膺國民付託之重，徒以德薄能鮮，心餘力絀，於救國救民之素願，愧未能發攄萬一。溯自就任以來，晝作夜息，殫勤擘畫，雖國基未固，民困未蘇，應革應興，萬端待理；而賴我官吏將士之力，得使各省秩序粗就安寧，列強邦交克臻輯治，撫衷稍慰，懷疚仍多。方期及時引退，得以休養林泉，遂我初服；不意感疾，-至彌留。顧念國事至重，寄托必須得人，依《約法》第二十九條，大總統因故去職，或不能視事時，副總統代行其職權。本大總統遵照《約法》，宣告以副總統黎元洪代行中華民國大總統職權。副總統忠厚仁明，必能宏濟時艱，奠安大局，以補本大總統闕失，而慰全國人民之望。所有京外文武官吏，以及軍警士民，尤當共念國步艱難，維持秩序，力保治安，專以國家為重。昔人有言：『惟生者能自強，則死者為不死』，本大總統猶此志也，中華民國五年五月六日。國務卿陸軍，總長段祺瑞。外交總長、交通總長曹汝霖，內務總長王揖唐。財政總長周自齊。海軍總長劉冠雄。司法總長、農商總長章宗祥。教育總長張國淦。」
袁死後，張一-在他辦公桌的抽屜中發現了他親筆自撰的輓聯：
為日本去一大敵；
看中國再造共和。
這是袁留以自挽的最後遺筆，但他真的是日本大敵嗎？
有好事者對袁自稱帝以至失敗而死一幕醜劇戲為輓聯云：
病起六君子；（此指洪憲六君子為禍首）
命送二陳湯！（二陳指陳宦、陳樹藩，一湯指湯薌銘）
洪憲六君子之首，帝制罪魁的楊度挽袁聯云：
民國誤共和，共和未誤民國，千載而還再平是獄；
明公負君憲，君憲未負明公，九泉之下三復斯言。
袁易簣前托孤寄命的共有四位要人，是段祺瑞、王士珍、張鎮芳、徐世昌，還有「太子」袁克定也在病榻旁。徐世昌看袁是不行了，乃輕聲地說，「總統有什麼交代？」袁眨著慘白的眼光，上氣不接下氣，口中只說出了「約法」兩個字，可是《約法》有新有舊的，袁所指的是新是舊呢？接受遺命的都有點茫然。舊《約法》規定總統不能行使職權時，由副總統繼任總統。這是護國軍方面堅持的。可是這個舊《約法》已被袁廢止了。新《約法》是袁自己制定的，關於繼任總統問題，規定由現任總統提名三人，寫在一張名單上，藏之金匱石屋，俟總統死後取出來，在三位候選人中決選一人繼任總統，這意思是避免大家競爭。金匱石屋的鑰匙有三把，由總統、總理、參議院長各執其一，三把鑰匙中需要有兩把配合起來才能把「石屋」打開。
當袁說出「約法」兩字而大家都感到茫茫困惑的時候，袁克定搶著補充一句話：「金匱石屋」。大家把臉轉了過來看袁，袁則似點頭非點頭，口裡已經說不出話來了。
袁死後大家打開石屋一看，總統繼承人的名單上寫著三個名字，順序排列是：
黎元洪、徐世昌、段祺瑞。
段祺瑞這個名字原來寫的是袁克定，袁克定也知道這回事，所以才提議「金匱石屋」。怎知袁病重時卻瞞著兒子改為段祺瑞，而袁克定還蒙在鼓裡。袁為什麼要在死生俄頃之際修改名單呢？是不是「人之將死，其言也善！」其實這是袁高明之處，他知道他已眾叛親離，還要人擁立他的兒子，豈不是癡人說夢，而他的皇帝位子都保不住，怎能還有家天下的思想。在他最後一段政治生命中，他一手建立的北洋軍系對他都不忠順，他怎敢希望北洋諸將會擁護他的兒子！所以他死前及時把袁克定改為段祺瑞。
袁雖是6月6日清晨去世，但不省人事則是6月5日，6月5日這天正是陰曆端午節，由於袁被人稱為癩蛤蟆，於此遂又得一證明，因為俗語有「癩蛤蟆難過端午節」。
袁斷氣時，家人環哭，哭得最不悲痛的，是袁克定，因為袁克定關心的是金匱石屋中的總統候選名單。
袁死後北京政府特派曹汝霖、周自齊、袁乃寬為大喪典禮承辦員，喪禮條目凡十三條，奠祭事項八條。
喪禮議定條目：（一）各官署、軍營、軍艦、海關下半旗二十七日，出殯日下半旗一日，靈櫬駐在所亦下半旗，至出殯日為止。（二）文武官吏停止宴會二十七日。（三）民間輟樂七日，及國民追悼日，各輟樂一日。（四）文官左臂纏黑紗二十七日。（五）武官及兵士於左臂及刀柄上纏黑紗二十七日。（六）官署公文封面、紙面用黑邊，寬約五分，亦二十七日。（七）官署公文書蓋用黑色印泥二十七日。（八）官報封面亦用黑邊二十七日。（九）自殯奠之後一日起，至釋服日止，在京文武各機關，除公祭外，按日輪班前往行禮，京外大員有來京者，即以到日隨本日輪班機關前往行禮。（十）各省及特別行政區域，與駐外使館，自接電日起，擇公共處所，由長官率同僚屬，設案望祭凡七日。（十一）出殯之日，鳴炮一百零八響，官署、民間均輟樂一日。京師學校均於是日輟課。（十二）新華公府置黑邊素紙簽名簿二本，一備外交團簽名用，一備中外官紳簽名用。（十三）軍隊分班至新華門舉槍致敬。
大喪典禮奠祭事項：（一）每日謁奠禮節，均著大禮服，不佩勳章，左臂纏黑紗，脫帽三鞠躬。（二）祭品用蔬果酒饌，按日於上午十時前陳設。（三）在京文武各機關，及附屬各機關，每日各派四員，由各該長官率領，於上午九時三十分，齊集公府景福門外，十時敬詣靈筵前分班行禮。（四）單內未列各機關，有願加入者，可隨時赴府知照，亦於每日分班行禮。（五）外省來京大員，暨京外員紳謁奠者，可隨時赴府簽名，於每日各機關行禮時，另班行禮。（六）外賓及蒙、藏、回王公等謁奠者，即由外交部蒙藏院不拘時日，先期赴府知照，屆時仍由外交部蒙藏院派員接待，導至靈筵前行禮。（七）清室派員弔祭時，應由特派接待員接待。（八）除各機關每日謁奠外，其各機關中如另有公祭者，先期一日赴府知照，另班上祭。
另定移靈辦法，並發通告：為通告事。本月二十八日舉行前大總統殯禮，所有執紼及在指定地點恭送人員，業經分別規定辦法，合亟通告，俾便周知。
計開
（甲）赴彰德人員。（一）大總統特派承祭官一員。（二）文武各機關長官及上級軍官佐。（三）文武各機關派員。（四）其他送殯人員。
（乙）送至中華門內人員。（一）外交團。（二）清皇室代表。
（丙）送至車站人員。（一）國務卿、國務員暨其他文武各機關長官。（二）文武各機關各派簡任以下人員四員。
（丁）在中華門內恭送人員。文武各機關人員，及紳商學各界。（不拘人數，在中華門內指定地點恭送。）
附服式：凡執紼官員，均服制服，無制服者，准服燕尾服，均用黑領結、黑手套。有勳章大綬者，均佩勳章，帶綬。左臂暨刀劍柄，均纏黑紗。其餘各文武及紳商，准用甲種大禮服，及軍常服，或乙種禮服，學生制服，均纏黑紗於左臂。
6月7日，袁遺體大殮，這位有史以來身兼皇帝和總統的袁世凱，頭帶平天冠，身穿祭天禮服，完全一副「大行皇帝」模樣。這一天，國務院通令全國上下下半旗志哀，學校停課一天，全國人民停止娛樂一天，文武官停止宴會27天。
政府致送袁家屬賻儀100萬元。
正是這一天，西南各省懸旗誌慶，雲南、貴州都放鞭炮，全國人民皆大歡喜。這正是南北兩地對袁的去世一個尖銳的對比。
6月23日舉行政府公祭，由段祺瑞代表黎總統主祭。
6月28日出殯，由居仁堂移靈，異柩的人由32人增加到80人。舉柩時北京城內外各廟宇撞鐘101下。黎元洪在新華門向袁柩行了一鞠躬禮。執紼人員是：內閣全體閣員、清室代表和各國顧問，自新華門送到東安門；各國公使由東安門送到中華門。所有的執紼人員，武官著制服，文官著大禮服。沿途軍警嚴密戒備，交通斷絕，送柩專車由前門外車站出發時，放禮炮101響。袁柩由前門外車站上車，逕赴彰德。
袁的家屬在袁的靈柩移出居仁堂時，也搬出了居仁堂。他們搬出時，把所有在居仁堂內可以搬動的東西都搬走了，據統計，光是大箱就有好幾口，均由拱衛軍兵士押解到彰德去。所以居仁堂變成了空空如也。
袁的靈柩也運返彰德，運柩車沿站都停車接受官員祭奠，所以車行甚慢，直到6月29日才到彰德火車站。
袁死之前，武昌傳來一則神話，5月1日大風，東鄉招賢鎮有龍墜入湖中，粗如巨臂，長達數丈，烏鱗紫甲，怒目強爪。第二天則杳無所見，惟湖水呈深黑色。
薛子奇論袁的失敗是由於：
「用楊度而天下之政客走開，用夏午詒而天下之幕府走開，用段芝貴而天下之軍人走開，用梁士詒而天下之理財家走開。」
章太炎論袁的失敗是由於：
「袁之敗由於三人反對三人：梁啟超反對楊度，張一-反對夏壽田，雷震春反對蔡鍔。」
袁死後，當時的日本首相大隈重信有《吊袁世凱警告中華民國》一文，大隈是有名的日本侵華野心家，不過這篇文章卻頗有可以警惕之語，其中吊袁世凱一段節抄如下：「袁氏為中華民國之大總統，蔑視《約法》，自製憲法，偽造民意，帝制自為，冀得遂其非分之望。及雲南一呼，全國響應，卒於驚怖憂憤以死。跡其致敗之由，蓋不外耽於逸樂及修飾文字之二事。然此固中國數千年之習慣使然，袁氏不悟其非，轉欲借此以求僥倖，遂致一敗而不可收拾。今者袁氏死矣。雖然，袁氏之死，非僅袁氏一人死生之問題，實中國全國國運興亡之大問題也，中華民國可不知所自省哉？」