袁生前由於洪憲稱帝而和他所培植的北洋軍閥發生嚴重的矛盾，特別是袁、段之間的矛盾，幾乎達到了快要破裂的程度。可是袁一死，段近水樓台繼承了北洋軍系的領導地位，他對袁的怨恨也立刻化為烏有。不只沒有了怨恨，他還極力地對袁表示了極大的尊敬。因為段要以北洋軍系正統的繼承人自居，他就必須要保全封建的傳統，他對陳樹藩的優予安排也是基於這個理由。
段的這套手法，就像袁對遜清王朝一樣。段一切都師承袁，所不同的是：袁採取了總統制，集大權於一身，以後還想當皇帝；段則採取袁當年所反對的責任內閣制，段以內閣總理而集中事權。他捧黎當總統雖說時勢所迫，也是一種很好的手法，因為黎不是北洋派，黎當了總統，北洋派的人都要防他，為了防黎，自然而然只有團結擁段了。
袁世凱之死，只是死了一個北洋派的老祖宗，他的得意門生和化身，卻是無數個袁世凱活在世上。
段取代袁而為北洋派領袖後，北洋派便不像袁在世之日那麼完整，以後的日子是北洋派逐漸走向分裂的局面，首先是直系和皖系，以後是南北戰爭，北與北戰爭。這一幕歷史很像東漢末年董卓死後，他的涼州軍閥們紛爭的局面，它留給人們是無比的惡劣印象。倘若民國初年沒有這一幕，而是蓬勃建設，中國怎會是今天這個樣子呢！
袁世凱死後第二天，陝西都督陳樹藩就宣佈取消獨立，他發表通電如此說：
「袁大總統既已薨逝，陝西獨立應即取消。樹藩僅舉陝西全境奉還中央，一切悉聽中央處分。維持秩序，自是樹藩專責，斷不敢稍存諉卸，貽政府西顧之憂。抑樹藩更有請者，獨立雖共九省，而袁大總統之薨逝，實在未退位以前，依其職權，究屬中華共戴之尊，溯其勳勞，尤為民國不祧之祖。所以飾終典禮，擬請格外從豐，並議定優待家屬條件，以表我國民未盡之思。此外關於大局一應善後事宜，退請隨時安示遵行，至深感禱。」
他的這個行動，段很滿意，認為值得鼓勵，於是在6月10日發表命令，任命陳樹藩為漢武將軍督理陝西軍務。從此陳樹藩便成為北洋附屬軍人了。
陳的取消獨立電受到北洋派以外全國各階層的憎惡，國民黨領袖之一的於右任打電報質問陳：
「閱公陽電，使人發指。陝西獨立，取名護國，自當與西南首義諸省取一致行動。今袁氏朝死，暮即取消獨立，且殷殷推袁為共戴之尊，不祧之祖，是則陝西何必獨立，獨立豈非叛祖？尤異者，請對袁氏飾終典禮從豐而外，又請定優待家屬條件，試問袁氏遺產豈少，何待越俎代謀？軍興以來，戰地人民死者不下數百萬，此等家屬，更誰恤之而誰憐之？」
第二個取消獨立的，是四川都督陳宦，他是於6月8日宣佈，並有電給北京國務院，電云：
「川省前因退位問題，與項城宣告斷絕關係，現在鈞座既經就職，宦謹遵照獨立時宣言，應即日取消獨立，嗣後川省一切事宜，謹服從中央命令。除通告各省外，伏乞訓示祗遵！」
他之出此也有出的理由，因為他接到黎元洪的策士蔣作賓、金永炎、哈漢章三人發來的密電，以鄉誼來勸誘他，現在大總統是湖北人，湖北人應該捧湖北人，如果四川能為西南各省倡導，對當前局勢是有貢獻的。這些話很能行動陳，何況陳和黎還有一段共事之誼，便是陳未出京前，擔任參謀次長，黎則是掛名的參謀總長，黎、陳因為有同鄉之私，所以相處甚洽，由於既是同鄉又曾同事，陳也覺得應該捧黎的場，所以他未和蔡鍔和護國軍方面聯繫，便通電取消獨立。
陳這一著卻錯了。他討好黎，卻不知黎是個無權無實的光桿總統，有實權的國務總理段祺瑞對陳宦卻極不諒解，這是為了陳宦宣佈獨立時的通電中，親筆加了一句「與袁氏個人斷絕關係」一句話。陳當時賣弄聰明，認為袁垮台已屬必然，和袁個人斷絕關係並不是和北洋系斷絕關係，可是這句話在段看來則完全不可寬恕，段很重視道義的，他對「公」、「私」兩字的界限劃分得非常清楚。段認為凡是受過袁私恩的人，在公的立場上反對帝制則可，在私的方面叛袁則不可，叛袁是忘恩負義，是北洋系的叛徒，段正以北洋系正統領袖自居，他覺得昨天你可以和袁斷絕一切關係，明天何嘗不可以和我斷絕關係？這種人還可以用嗎？這是段覺得陳不可用的第一點。其次是陳之取消獨立，不是因為段的促成，而是響應黎元洪左右策士（段認為這些人都是小人）的指使，表示對黎的忠誠，這是叛離了北洋系，更是和段利害衝突的。第三是在交往方面，陳宦過去和段相交甚淺，自陳宦督川後，陳一直是和馮國璋相呼應，馮正是和段爭奪北洋系領袖的兩大對頭。四川未獨立前，陳宦和馮國璋亦步亦趨，曾派代表到南京聯絡，而陳下面的旅長馮玉祥也曾派代表向蔡鍔建議，在袁下台後擁馮國璋為總統，蔡對此未表示意見，但曾把這個建議轉給西南護國軍參考。而陳也秘密向蔡建議，在袁下台後實行聯邦制，推馮國璋為聯邦總統。陳的這些意見段當然也知道，所以段對陳非常不滿。
由於有以上因素，所以陳宦宣佈四川取消獨立後段對待陳宦並不像對待陳樹藩一樣，並不派他為四川將軍和督理軍務，這一來陳的處境就非常狼狽，他因取消獨立，自然不能再稱四川都督，而北京政府又不給他督理軍務，他於是兩頭落了空。
早在陳宦宣佈獨立時，袁世凱就在四川放了一把火，他提升川軍第一師長兼重慶鎮守使周駿為重武將軍督理四川軍務，令他率軍進駐成都，驅逐陳宦。
袁死後，段繼續這個計劃，他授意北洋軍駐川統師曹錕暗中支援周駿，叫他繼續進兵成都，奪取四川西部。周駿有了後台撐腰，勇氣百倍，他派兵進佔永川、隆昌、內江。並派旅長王陵基率兵五營進抵資中，截斷成都敘府之間的聯繫。同時周駿喊出「川人不打川人」的口號，以博取護國軍方面的川籍將領劉存厚、熊克武等的同情。
當陳宦在宣佈獨立時，曾取得蔡鍔的保證，護國軍方面承認維持陳的都督地位，必要時派兵支持陳，以應付複雜的四川局勢。所以在周駿進兵成都時，陳宦便接二連三地向蔡告急。由於陳宦已取消獨立，護國軍和蔡鍔都沒有一定要援助陳的義務，不過周駿在四川停戰時接受袁的重武將軍任命，等於是執行袁的任務，護國軍是反對的。同時周駿口口聲聲川軍要聯合對付滇軍，挑撥川、滇軍的感情，蔡鍔在責任上自不能不制止。
然而蔡鍔的實際處境是如何呢？他的喉結核症已非常嚴重，幾乎講話都講不出來，他又是一個遇事躬親的人。過去半年他不僅忙於指揮軍事，還要自己處理文書，他手中這支護國軍只是一支又疲又困，餉械兩缺的孤軍。他責任心很強，這時袁雖作古，可是四川問題依然嚴重，他深覺自己不能撒手不理，但如果要管，就需要增強軍力，所以他電請唐繼堯補充兵源和武器。就在這時候，陳宦求援的電報接二連三地到達，他在萬難中只好非常勉強地抽調劉雲峰一個梯團，經由敘州開到自流井，等候兵力集結後，再向內江和資中出擊。
陳宦自己統率的北洋軍共有三個混成旅，一個是李炳之，這時在重慶已被曹錕扣留。一個是伍祥楨，一個是馮玉祥，伍、馮兩人都在成都，卻不肯替陳宦賣力。陳一再哀懇，馮玉祥才勉強的派新編楊志澄一旅到簡陽外圍佈置防線，遇到對方王陵基的部隊，未經戰鬥就潰了下來，王陵基經龍泉驛直逼成都。陳宦被迫向周駿乞和，約定一個星期內交出成都，周駿則限陳三天內繳械投降，否則用大炮轟城。
這時唐繼堯派來的增援軍已兼程趕到了四川。6月25日蔡鍔派羅佩金率領新到的顧品珍梯團增援成都，一面電請北京政府制止周駿攻城。可是一切都太晚了，陳宦讓成都的限期已到，他於25日淒然離開了成都，變成了逃亡將軍。
第三個取消獨立的是廣東。廣東都督龍濟光於13日電達中央，內稱粵東獨立已於6月9日取消，其文云：
「北京國務院段相國鈞鑒：我公總秉國鈞，再造共和，旋乾轉坤，重光日月。濟光已於青日率屬開會慶祝，上下臚歡，軍民一致，即日取消獨立，服從中央命令，惟粵省黨派紛歧，諸多困難，俟部署周妥，再電馳陳。龍濟光叩。」
段復電優獎龍濟光，說他：具有世界眼光，急謀統一，熱誠愛國，深堪嘉慰。該省善後事宜，統由該上將悉心籌畫，妥為辦理。