5年1月5日，袁世凱正式對雲南護國軍用兵，頒布討伐令，令云：
「前據參政院代行立法院奏稱：唐繼堯、任可澄擁兵謀亂，聲罪請討。又據各省將吏先後電稱：蔡鍔等通電煽動，請加懲辦等語，當時疑其另有別項情節，先將唐繼堯、任可澄、蔡鍔褫職奪官，聽候查辦；嗣據各路邊報，蔡鍔糾合亂黨，潛赴雲南，誘脅該省長官及一部軍人，謀叛國家，破壞統一，宣言獨立，遣兵窺川，稍拂逆謀，橫遭殘害，妄自尊大，擅立官府，人民多數反對，飲泣吞聲，不能抗其威力。又任意造謠，傳播遠近，妄稱某省已與聯合，某國另有陰謀，非詐欺惑眾，即挑撥感情，囈語謊言，全無事實。各省軍民，服從政令，拱衛國家，各友邦又皆希望和平，敦睦邦交，決非該逆等所得誣蔑。當滇變肇端，政府及各省將吏，馳電勸誥，苦口熱心，積牘盈尺，而該逆等別有肺腸，悍然不顧，以全體國民所決定之法案，該逆等竟敢以少數之奸人，違反舉國之民意，於政府之正論，同僚之忠告，置若罔聞，喪心病狂，至此已極。該逆等或發起改變國體，或勸進，一再贊同，為日幾何，先後迥異，變詐反覆，匪夷所思。自古國家初造，類有狡黠之徒，包藏禍心，托詞謀變；而如該逆等之陰險叵測，好亂性成者，亦不多見。至滇省人民，初無叛心，軍士亦多知大義，且邊陲貧瘠，生計奇艱，兵僅萬餘，餉難月給，指日瓦解，初何足慮。國家軫念滇省軍民，極不願遽興師旅，惟該逆等倚恃險遠，任意鴟張，使其盤踞稍久，必致苦我黎庶，掠及鄰封，貽大局之憂危，啟意外之牽涉，權衡輕重，不敢務為姑容，竟廢國法。著近滇各省將軍、巡按使，一體嚴籌防剿，毋稍疏忽，並派虎威將軍曹錕督率各師，扼要進扎，聽候調用。該省之變，罪在倡亂數人，凡系脅從，但能悔悟，均免追究，如有始終守正，不肯附亂者，定予褒獎。所有滇省人民，多系良善，尤應妥為撫恤，勿令失所，用副予討罪安民之至意。此令。」
同時佈置三路進兵雲南的計劃，準備以泰山壓頂的力量一舉而打垮護國軍。然而實際上這三路大軍，沒有一路發生作用。袁的三路大兵是：
派虎威將軍第三師師長曹錕、第七師師長張敬堯、第八師師長李長泰所部入四川。曹錕的第三師原駐岳州，張敬堯的第七師原駐南苑，李長泰的第八師原駐保定。作為正面攻滇的主力。
派第六師師長馬繼增、第廿師師長范國璋、第七混成旅旅長唐天喜入湘西，兵力包括由南昌調動的馬繼增所屬第六師，由河南調動的第七混成旅，以及由奉天調動的第廿師一部分。
派粵軍第一師師長龍覲光由廣西入貴州，另由安徽調倪毓-所屬的安武軍由湘西入黔。這是側面的攻擊。
袁還有一個打算，是由海道運北洋軍到越南，假道滇越鐵路進攻昆明，這當然不會獲得法國的同意。
袁在豐澤園組織了「征滇臨時軍務處」，他想請段祺瑞出來替他撐場面，段以「宿疾未癒」為由辭卻。這簡直好像辛亥年清廷命袁督師而袁對以「足疾未痊」如出一轍。袁為了討好於段，愛屋及烏，把平素極不喜歡的徐樹錚請了出來，小徐因遭袁忌，專心辦正志中學，袁忽命其為將軍府事務所長，可是段仍無動於中。
袁又想請馮國璋為征滇總司令，可是馮也是和段一樣，一再稱病，一再續假，暗中卻和北方軍人及南方實力派接洽議和工作。這也和辛亥年袁暗中與革命軍議和一樣。
馮國璋稱病南京，拒絕北上，袁特派蔣雁行以探病為由，於5年2月13日到南京。馮當然沒有病，他抓住蔣雁行的手痛哭流涕地說：「我跟隨總統一輩子，總統要如何便如何，為什麼總統都不把我當作人看待。」他這話是指他前次赴北京謁袁時，袁對他否認帝制的那一幕。
袁接到蔣的密報，知道馮的「政治病況」，就走馬燈似地派阮忠樞、蔭昌、田中玉等輪流到南京來疏通馮。暗中卻指使蔣雁行勾結江寧鎮守使王廷楨就近篡馮的位，又想電召馮到北京，解除他督理江蘇軍務一職，可是因為山東將軍靳雲鵬、江西將軍李純打密電請勿調動馮，所以未曾下手。
袁又想借重黎元洪以副元帥名義統率征滇軍，可是黎表示寧可殺頭不為利用，這一著也落了空。
袁的可悲是他身邊已無大將替他主持征滇軍事，而他自己呢？既要做中華民國大總統，又要做中華帝國大皇帝，既要管外交，又要管內政，既要籌錢，又要管軍事。雲南討袁軍突起後，袁只好把全副精神都用在對雲南軍事上，一方面命政界減薪，一方面以金錢和爵位鼓勵前方將士，有功者男爵加封子爵，少將升為中將，旅長升為師長，或者賞食雙俸。
正在事事不如意時，肅政史莊蘊寬公然鐵面無私，不用奏請而以公函送交國務卿，提出：（一）取消洪憲年號，因帝國未成立，不應先有年號；（二）請撤銷大典籌備處；（三）請取消參政院。袁看到這一件公文，大為震怒，宣稱要對付莊，莊只得掛冠而去，袁立即派張元奇繼任，並下令嚴禁官吏請假，凡請假的須具三人以上連環保結，並派軍警保護簡任以上的大員。正和清末監視親貴們出京一樣。
洪憲元年本應於民國5年元旦袁登極改元，可是由於雲南首義於4年12月25日，各國使館又退還改元的公文，因此袁的登極把戲乃一再展期，至2月23日，袁有明示延緩登極之令：
「近據各文武官吏、國民代表以及各項團體、個人名義，籲請早登大位，文電絡繹，無日無之，在愛國者，亟為久安長治之計，而當局者，應負度勢審時之責。現值滇、黔倡亂，猶驚閭閻，湘西川南一帶，因寇至而蕩析離居者，耳不忍聞。痛念吾民，難安寢饋！加以奸人造言，無奇不有，以致救民救國之初心，轉資爭利爭政之借口；遽正大位，何以自安？予意已決，必須從緩辦理。凡我愛國之官吏士庶，當能相諒。此後凡有籲請早正大位各文電，均不許呈遞。特此通令知之。此令。」
當雲南起義後，江蘇將軍馮國璋成為一個舉足輕重的人物，如果說北洋軍系的實力人物是段和馮，則段祺瑞只是有名而無實，馮國璋則掌握實際的兵權，又不受袁控制，和段當時處境完全不可同日而語。
廣西獨立後，馮國璋肯定地認為反袁的聲勢愈來愈大，國內國外的形勢袁都居不利地位，因此主動地發出一則密電給和他有關係的各省北洋軍閥，建議共同發出一個壓迫袁取消帝制、懲辦禍首的聯名電報。這一建議立刻得到江西將軍李純、浙江將軍朱瑞、山東將軍靳雲鵬、湖南將軍湯薌銘復電贊同。馮覺得連他自己只有五位將軍，聲勢不夠壯大，乃用五人名義密電徵求全國各省將軍的同意，他認為這是大勢所趨，已不是他個人的行動，對袁也無所畏懼。
不料他這則密報到了直隸巡按使兼將軍朱家寶的手裡，朱對袁很忠心，立刻把這封密電送給袁看。袁正為了廣西獨立和龍覲光被扣事焦躁非常。3月19日晚上得到了這個密電，又是氣又是怕，幾乎暈倒過去。
現在，袁的惡夢醒了，他發現他一手培植，並且賴此以打天下的北洋系，如今都叛離了他，變成了他的敵人。而且這個內部敵人比外來敵人還可怕。他雙目已沒有平素炯炯的威稜，失神而黯然地向坐在身邊的夏壽田說：「一切都完了，完了，完了。我昨天晚上看見天上有一顆巨星掉下來。這是我一生中第二次。第一次是文忠公（指李鴻章）去世，這次大約輪到了我。」於是他又沮喪地談到袁家祖先都在59歲以前死亡，如今他已58歲，恐怕也過不了59歲的「關」！
袁覺得眾叛親離，沒有人可寄腹心，而他的嫡系卻又覺得他對他們猜疑而玩弄手段。相傳有這麼一段掌故：有一天，辮子軍統帥張勳到南京拜訪馮國璋，馮以盛宴款待，幾杯老酒下肚，談得非常投機，張覺得他和老馮前嫌盡釋，於是大聲地對馮說：「你知道我的來意嗎？我是奉著老頭兒的命令來察看你的行動！」馮聽了只淡淡地一笑，跑到書房中拿出一封密電給張，並且說：「老頭子也有電給我，叫我監視你的行動呢！」
袁的失敗這就是最根本原因。
3月17日袁邀梁士詒往談，這時已經形勢日蹙，但還沒有撤銷帝制，袁乃和梁商量，並把一些重要的文電拿給梁看，其一是康有為勸袁撤銷帝制的致「慰庭總統老弟」函；其二是徐世昌自天津來函，內有：「及今尚可轉圜，失此將無餘地」語；其三是馮國璋等五將軍聯電請取消帝制以安人心電文；其四是派駐日本公使陸宗輿來電稱：日首相大隈與內閣各大臣及元老，借宮宴之便開御前會議，專為討論對華問題，認為時機已至，日本應在中國自由行動，派兵進駐中國各地，以確保東亞之和平。其他則是各種軍報，包括張敬堯受傷，及各省反對帝制電文一束。
這時袁和梁對坐一個方桌上，袁以手指蘸茶塗書桌上，以談某方情形如何，某人態度如何，應付得失如何。塗滿了桌子，又以紙擦去，如是者一而再，再而三。最後，袁面色沉重地對梁說：「事到如今，我只有如此決定，分為幾方面進行，中央政事由菊人（徐世昌）、芝泉（段祺瑞）任之。安定中原軍事由華甫（馮國璋）任之。請你替我致電二庵（陳宦），囑其一面嚴防，一面與蔡松坡言和。你和卓如（梁啟超）有舊，以私人情誼托其疏通滇、桂，並復長素（康有為）函，請其援助卓如。倘能令國家安定，我犧牲至任何地步均無不可。」
袁在內外煎迫的情形下，把他的智多星楊士琦找來問計。楊認為當前大局困窘，除非採用和平方法，否則很難解決反袁的護國運動，而和平的先決條件，必先取消帝制。袁這時也顧不了其他，只怕取消帝制仍不能滿足獨立各省的願望，倘若對方得寸進尺，連總統地位也不給保留，則取消帝制依然不能求全。楊認為先盡其在我，如果護國軍迫人太甚，則我直彼曲，就會激起北洋派的同仇敵愾，到那時候可以團結北洋系和護國軍一戰了。
袁這時想在保持顏面的情況下取消帝制，他打算立刻召集立法院，向立法院提出咨文請辭帝位，然後由立法院作出一個仍舊請他繼任總統的決議，可是召集立法院不可能三天兩天就能完成這些官樣文章，因此這個擬議也行不通。
最後，袁只好求助於幾位不贊成帝制的重要人物，他於3月21日親筆寫了幾封密函，交由承宣廳遣派專人，分別送給徐世昌、段祺瑞、黎元洪，請他們來公府參加當天下午的緊急會議。送信的人還帶口信說：上頭有話，請看多年的老交情，今天務必發駕。
這是一次送終帝制的會議，情景很像清朝未年召開御前會議商討退位問題一樣。參加會議的人都不肯發言。袁只好厚著臉，忍氣吞聲地說：「取消了帝制，則他們的目的已經達到，如果仍然不肯罷兵，那就是誠心作亂，我們只好再用兵了。」徐、段都贊成，表示除此亦無他法。可是應袁電召入京的安徽將軍倪嗣沖卻站起來發言，他很激動地表示反對，自稱為「臣」，要求帶兵去打護國軍，為「聖主」效力。袁很沉痛地說：「丹忱（倪嗣沖號）。你看看。」說著就把朱家寶告密的五將軍通電給倪看。倪嗣沖這才像漏了氣的皮球，黯然坐了下來。
袁請徐世昌重作馮婦，再任國務卿，主持和護國軍的議和工作。徐自帝制醞釀後，即堅求去職，國務卿乃由陸徵祥擔任。袁克定常背人呼徐為「活曹操」。徐平素為人喜怒不形於顏色，雲南護國起義時，徐不禁喜形於色，對楊士琦說：「快失敗了。」楊士琦後來告人說：「數月以來，僅見此老破顏一笑。」徐聞袁請他再度出山，便推三阻四，經不起袁的哀懇：「這時候老朋友都不幫忙，誰來幫忙？」徐才無話可說勉強接受。
這次會議決定了以下各點：一、撤銷承認帝位案，取消洪憲年號；二、召開代行立法院參政的臨時會，以便於取得取消帝制的法律根據；三、解除陸徵祥的國務卿職務，回任外交總長，由徐世昌出任；四、任命段祺瑞為參謀總長以代久未到職的馮國璋；五、請黎、徐、段三人聯名電勸護國軍停戰議和，如得同意，擬任命蔡鍔為陸軍總長、戴戡為內務總長、張謇為農商總長、湯化龍為教育總長、梁啟超為司法總長、熊希齡為財政總長。
3月24日袁召請從來不贊成帝制的張一-入見。袁對張說：「我真糊塗，沒有聽你的話，以至於此。今欲下撤銷帝制令，非你起草不可。」一邊說一邊把王式通所擬的一稿給張閱，並說：「我覺得應該直截了當地下令取銷帝制，並將推戴書焚燬。」張見袁如此說，亦不禁黯然，乃說：「這全是總統受小人的蒙蔽。」袁立刻接下去說：「全是我自己不好，不能怪他人。」
袁撤銷帝制令全文如下：
政事堂奉申令：民國肇建，變故紛乘，薄德如予，躬膺艱鉅，憂國之士，怵於禍至之無日，多主恢復帝制，以絕爭端，而策久安。癸丑以來，言不絕耳。予屢加呵斥，至為嚴峻。自上年時異勢殊，幾不可遏，僉謂中國國體，非實行君主立憲，決不足以圖存，儻有墨、葡之爭，必為越、緬之續，遂有多數人主張帝制，言之成理，將吏士庶，同此悃忱，文電紛陳，迫切呼籲。
予以原有之地位，應有維持國體之責，一再宣言，人不之諒。嗣經代行立法院議定由國民代表大會解決國體，各省區國民代表一致贊成君主立憲，併合詞推戴。
中國主權本於國民全體，既經國民代表大會全體表決，予更無討論之餘地。然終以驟躋大位，背棄誓詞，道德信義，無以自解，掬誠辭讓，以表素懷。乃該院堅謂元首誓詞，根於地位，當隨民意為從違，責備彌嚴，已至無可諉避，始終籌備為詞，借塞眾望，並未實行。及滇、黔變故，明令決計從緩，凡勸進之文，均不許呈遞。旋即提前召集立法院，以期早日開會，徵求意見，以俊轉圜。
予憂患餘生，無心問世，遁跡洹上，理亂不知，辛亥事起，謬為眾論所推，勉出維持，力支危局，但知救國，不知其他。中國數千年來史冊所載，帝王子孫之禍，歷歷可征，予獨何心，貪戀高位？乃國民代表既不諒其辭讓之誠，而一部分之人心，又疑為權利思想，性情隔閡，釀為厲階。誠不足以感人，明不足以燭物，予實不德，於人何尤？苦我生靈，勞我將士，以致群情惶惑，商業凋零，撫衷內省，良用矍然，屈己從人，予何惜焉。代行立法院轉陳推戴事件，予仍認為不合事宜，著將上年十二月十一日承認帝位之案，即行撤銷，曲政事堂將各省區推戴書，一律發還參政院代行立法院，轉發銷毀。所有籌備事宜，立即停止，庶希古人罪己之誠，以洽上天好生之德，洗心滌慮，息事寧人。
蓋在主張帝制者，本圖鞏固國基，然愛國非其道，轉足以害國；其反對帝制者，亦為發抒政見，然斷不至矯枉過正，危及國家，務各激發天良，捐除意見，同心協力，共濟時艱，使我神州華裔，免同室操戈之禍，化乖戾為祥和。總之，萬方有罪，在予一人！
今承認之案，業已撤銷。如有擾亂地方，自貽口實，則禍福皆由自召，本大總統本有統治全國之責，亦不能坐視淪胥而不顧也。方今閭閻困苦，綱紀凌夷，吏治不修，真才未進，言念及此，中夜以憂。長此因循，將何以國？嗣後文武百官，務當痛除積習，黽盡圖功，凡應興應革諸大端，各盡職守，實力進行，毋托空言，毋存私見，予惟以綜核名實，信賞必罰，為制治之大綱，我將吏軍民當共體茲意！此令。
國務卿徐世昌
袁發表撤銷承認帝位申令，同時卻又打電報密諭北洋軍前方將士，捏造許多無稽消息，藉以煽動北洋系，如：護國軍已推舉岑春煊為總統，北洋軍高級將領均將被撤職等……。
密諭中說：
「發還推戴書，系為勢所迫，並非根本取消帝制。蔡、唐、陸、梁迫予退位。君等隨予多年，恩意不薄，各應激發天良，為予致力，富貴與共。如予之地位不保，君等身家性命亦將不保。……」云云。
袁自接受帝位到撤銷承認帝位令發佈之日止，算起來總共是83天。這可算是歷史上最短命的皇帝。皇帝戲歇場後，叫苦的當然是洪憲帝制派，連帶遭殃的，還有瑞蚨祥服裝店老闆，因為訂製的龍袍和朝衣都沒有人要了。
3月25日，黎元洪堅決要袁下令取消他的王爵。他說如果不明令取消，他就無面目做南北之間的調人。這一天參政院會場一致通過袁所提的撤銷承認帝位案，如同4年12月21日全場一致通過袁為皇帝一樣。該院於當日咨復袁，請將各省推戴書發還各省自行銷毀，並且自請解散。同日，黎元洪、徐世昌、段祺瑞分電陸、梁、蔡、唐等，略云：「公等目的已達，務望先戢干戈，共圖善後。」這份電稿是袁代擬代發，黎、段兩人俱未同意。不料護國軍回電：一要袁退位，二要誅楊度等13人以謝天下。
局勢太壞，袁的四子克端奉母及妻赴天津岳家暫住。
3月29日，袁親自指揮焚燬有關帝制公文840餘件。
4月2日參政院撤銷國民總代表名義和它決定的君主國體案。
16日梁啟超有電復梁士詒，電云：
「奉電同茲欷慨！弟之願平安，愛和平，當為兄所夙信，徒以政治泯棼，益成絕望，故揮淚以從諸君子之後。以兄解人，試將四年所醞釀、所雜謁以推測將來變禍，容有一線之光明耶？帝制之發生與撤銷，朝三暮四，何關大計！須知國人所痛心疾首，正以其專操政術以侮弄萬眾，失信於天下既久，一紙空文徒增惡感耳。以言外侮，在弟等何嘗不日懷臨淵之懼。積欠相持，非國之福，盡人皆知；然禍源不塞，何由安國人之心，而平其氣？弟即欲苟且自卸，豈能回西南諸將之聽？諸將即欲苟且自卸，又豈能回全國人之聽？項城猶怙權位，欲糜爛吾民以為之快，萬一事久不決，而勞他人為我驅除，則恥辱真不可湔，而罪責必有所歸。知弟與項城私誼不薄，誠不忍其卒以禍國者自禍，乞代致拳拳。粵既響應，變局益急，兄亦宜善自為謀……」
梁士詒把梁啟超這份電報拿給袁看，袁隨閱隨批，不作一語。在「正以其專操政術以侮弄萬眾」句旁，袁批「內閣、國會」，其意這是內閣、國會之過。在「項城猶怙權位，欲糜爛吾民以為之快」句旁，袁批：先攻川湘。在「勞他人為我驅除，則恥辱真不可湔」句旁，袁批：敵國忌恨，詎非偉人？最後袁在電末批：收束軍隊。其意是雙方應收束軍隊為最要務。
自袁接受帝位後，就沒有一天太平過，到他取消接受帝位，其間共經歷了三個階段：
第一階段是國際方面，由於五國提出聯合警告，袁政府發表年內不登極的口頭聲明；
第二階段是反袁方面，由蔡、唐領導雲南獨立，護國倒袁，袁被迫宣佈緩辦帝制；
第三階段是袁內部倒袁，由於馮國璋等五將軍通電，袁知大勢已去，才被迫撤銷承認帝制案。
袁是個梟雄，有通變之才，一生都得心應手，倘若能夠逆取順守，則後半生真可以成為中國的華盛頓，怎料到他自任總統後，暗殺異己，胸襟偏狹，手段尤甚於西太后，政治腐敗更超過遜清。水能載舟，亦能覆舟，袁處處玩弄人，製造民意，擅用武力，善施權術，結果在他最後關頭，人民的公意打倒了他，蔡鍔的三千弱兵劣器打敗了他。因此有人說：袁的氣數在他58歲後便完了，以前他的運氣好，所以得心應手，無往而不聰明，無往而不順利；到了氣數已盡，則無往而不愚蠢，無往而不糊塗。
其實，騙人者人亦騙之，殺人者人亦殺之，以權術治天下，最後一定是眾叛親離，一時得意，千古罵名，一念之差，遺臭萬世。權力慾用之不當是一個最不好的東西。