岑春煊早在4月初旬就已由上海到了香港，在清朝末年他的聲望僅次於袁，他和袁兩人一直是敵對的。民國後他也是反袁的，而且加入了國民黨。二次革命時，傳說國民黨要擁他為總統以對付袁，可惜二次革命失敗得太快。這一次岑總算趕上了直接參加倒袁的活動，兩廣和西南都是他最有關係的地區，使他有所作為，他遂於4月19日由香港啟程前往肇慶。
岑春煊抵達肇慶後，即由兩廣軍方聯名通電推戴岑為護國軍都司令。5月1日兩廣護國都司令部成立。岑春煊為都司令，梁啟超為都參謀，李根源為副都參謀。
兩廣都司令部成立後，岑春煊、陸榮廷、梁啟超等就打算把護國討袁的重心由滇、黔移到兩廣，因此計劃籌組一個中央機構。
5月8日，梁啟超一手擬議的護國軍中央機構軍務院宣告成立，以代行北京國務院的職權，軍務院的組織如下：
第一條：軍務院直隸大總統，統籌全國軍機，施行戰時及善後一切政務。
第二條：大總統不能親臨軍務院所在地時，一切軍政、民政、對內、對外事宜，以軍務院名義行之。
第三條：軍務院置撫軍，無定員。以撫軍議決或同意行其職權。撫軍以各省都督或護理都督、全省以上聯合軍都司令、都參謀及各獨立地方成軍有二師以上之軍總司令任之。凡新取得前項資格者，同時取得撫軍資格。
第四條：軍務院由撫軍互選撫軍長、副長各一人。撫軍長執行撫軍議決及同意之事項。撫軍得贊襄撫軍長協理一切。撫軍長有事故時，副長攝行職權。撫軍長、副長俱有事故時，得公推撫軍代攝行職權。
第五條：軍務院置政務委員會，由撫軍互選一人領委員長。設各種委員，無定員，分掌外交、財政、軍政、法制各項政務。
第六條：軍務院置各省代表會，由各省都督各派二員列席，以備咨詢。
第七條：軍務院置秘書，無定員，承撫軍長、副長、政務委員之命，掌管機要事宜。
第八條：軍務院遇有關於對內、對外特別重要事宜時，由撫軍之合議或同意得特任專使處理之。
第九條：軍務院所屬各種委員會、各省代表會組織細則，以院代定之。
第十條：軍務院自國務院依法成立時撤廢之。
原來擬議中的撫軍長是岑春煊，其後決定推唐繼堯，因為雲南唐繼堯是首義人，又是實力派。所以應由唐繼堯為撫軍長，以岑春煊為副撫軍長。軍務院設於肇慶，唐遠在昆明，乃由岑以副撫軍長代理撫軍長。並推劉顯世、陸榮廷、龍濟光、梁啟超、蔡鍔、李烈鈞、陳炳-為撫軍。
撫軍資格規定為獨立各省都督及軍長以上的實力派，梁啟超則是特殊的例外，是實力派以外的人，他因為是倒袁的首創者，又是蔡鍔的老師，所以他很自然地成為軍務院中的政務委員會委員長。從這張名單中看出這是兩廣主唱的戲，一切是梁啟超的策劃，卻把首義的滇、黔降為配角了。
軍務院直隸大總統，這裡所謂的大總統當然不是袁世凱，大總統不能施行職務時，由軍務院代行，軍務院置各省代表會，由各省都督派代表二人列席。以唐紹儀為外交代表，王寵惠和溫宗堯為副代表。唐繼堯遙領撫軍長後，通電中外，略謂：「迫於時艱，勉膺重任，謹掬血誠，誓以公心效忠國事，一俟大難削平，即當退避賢路。」
蔡鍔是反對設立軍務院的，當5月初旬兩廣籌組軍務院時徵求滇、黔同意，蔡即復電認為目前只須迫袁退位，而由段祺瑞出面主持，不宜組織政府，致招爭權奪利之嫌，而啟南北分裂之漸。
軍務院成立後，發表第一號宣言：
「中華民國大總統領海陸軍大元帥一職，依法應由副總統黎公繼任，已由本軍政府宣言在案。但黎公今方陷賊圍，未克躬親職務。查《大總統選舉法》第五條第二項云：大總統因故不能執行職務時，以副總統代理之。副總統同時缺位，由國務院攝行其職。今大總統身體蒙難，副總統職尚虛懸，國務院又非俟大總統任命，經國會同意後，不能組織。而軍事正亟，既當求統一之方，至國運方新，尤宜作通籌之計。今由繼堯等往復電商，特暫設一軍務院，直隸大總統，指揮全國軍事，籌辦善後。軍務院置撫軍若干人，用合議制裁決庶政。其對外交涉，對內命令，皆由本院名義行之。俟國務院成立時，本院即當裁撤。除將軍務院組織條例別行公佈外，特此佈告中外，鹹使聞知。」
軍務院各首領就任宣言——
「北京黎大總統，雲南、貴州、南寧、廣州、杭州都督府，瀘州護國軍第一軍總司令部、南寧護國軍第二軍總司令部及護國軍各地前敵總司令，各省將軍、巡按使、巡閱使、鎮守使，各師旅長，各道尹縣知事，暨兩廣各團體、各報館公鑒：護國軍軍政府宣言如下：本軍政府設置軍務院，權理軍國重事，業經宣言，並將組織條例公佈在案。今於五月八日組織軍務院成立，遵照條例，以繼堯、顯世、榮廷、濟光、春煊、啟超、鍔、烈鈞、炳-等任軍務院撫軍，並往復通電，互選繼堯為撫軍長，春煊為撫軍副長，啟超領政務委員長，暫定廣東為軍務院所在地。繼堯因雲南地方職守未能遠離，依條例第四條第二項由春煊攝行撫軍長職權。繼堯等菲德庸才，迫於時艱，勉肩生任，謹掬血誠，誓以公心效忠國事。一俟大難削平，即當退避賢路，皇天后土，實鑒斯言。為此佈告中外，鹹使聞知。再，浙江都督呂公望，遵依條例應任撫軍，因交通阻梗，電商未復，除專電敦請加入外，合併聲明。雲南都督唐繼堯、貴州都督劉顯世、廣西都督陸榮廷、廣東都督龍濟光，兩廣護國軍都司令岑春煊、兩廣護國軍都參謀梁啟超、護國軍第一軍總司令蔡鍔、護國軍第二軍總司令李烈鈞、廣西護國都督陳炳。青。印。」