黎元洪自張振武案後，已經身不由己，非跟袁走不可了。二次革命時，黎更是一面倒向袁，袁知道黎愛戴高帽子，曾親筆寫「民國柱石」四個大字制匾送黎。袁和國民黨決裂後，又親書「中華民國副總統府」八個字，製成寬五寸、長四尺八寸的長匾，派專使送到武昌來，掛在都督府門外，黎乃對袁由懷疑心理而變為心悅誠服的心理。迭次通電，如：「先選舉總統」電，「解散國會」電，還有最肉麻的是：「請敘袁克定贊助共和功」一電，這是一通拍馬屁的電報，想不到竟碰了一鼻子灰。袁復以：「酬庸之典，以待有功。兒輩何人，乃蒙齒及！鄙人勉服國務，乃為救民，豈有榮施，及於家屬。若援奚午舉子之例，並無謝玄破秦之功，損智益愚，大人所戒，庸材薄殖，何德何能？俟其閱歷稍深，或堪造就，為公奔走，待諸將來，幸勿復言，以重吾過。」
黎雖然對袁死心塌地歸順，可是袁卻不放心把這位「民國柱石」擺在湖北都督的位子上，早在袁接收南京臨時政府時，就發表過以黎為參謀總長的命令，其用意是想以這個位高而無實權的位子來交換湖北都督職位。二次革命時，袁在對南方用兵過程中，一忽兒要黎兼領江西都督，一忽兒要黎兼領湖南都督，其目的都是在繞著圈子要把黎調出湖北來。
袁為什麼對於像黎這樣一面倒的人還要下毒手呢？理由很簡單，黎不是北洋嫡系，又是一個已有群眾基礎和人望的社會偶像。他是湖北人，又在湖北帶兵，武昌首義又是他為領導人，在湖北已有相當雄厚的力量，像這樣的人，無論如何奴顏婢膝，袁也不會對之信任的，所以他千方百計要把黎從湖北都督的位子趕下來。而黎元洪呢？他雖是一個出名的好好先生，可是在生存的基本問題上卻非常精明，他也用千方百計來應付袁，總之是死皮賴臉，決不肯離開湖北。
在對南方用兵時，袁本有一個企圖，是借軍事理由，派段芝貴率兵入鄂，這是「假途滅虢」的故計。可是黎這時一面倒向袁，袁無法借口，因此在國民黨兵敗後，袁便不止一次用「久仰、渴慕」等甜言蜜語引誘黎北上和他見面，黎則推三阻四，想盡理由來婉拒北上。黎知道袁決不敢對湖北用兵，因為這樣做會使天下人為之寒心，所以他敢向袁打太極拳。
袁終於忍耐不了黎的推拖，他認為事機已經成熟，非解決湖北問題不可，於是在民國2年12月8日，藉詞要公待商，密電召黎入京，同時特派段祺瑞到漢口勸駕，段祺瑞也是8日這天到達漢口。黎當然知道段是袁的第一號心腹大將，派這樣一位角色來請駕，是絕對不簡單的。段催促得很急迫，要求黎立即動身。黎知道問題很嚴重，如果不北上是不可能了，乃邀集左右，舉行了一次秘密會議，決定派都督府參謀長金永炎代理都督，自己抱著入虎穴的心情決定入京。
段祺瑞在湖北只和黎元洪匆匆一面，就替黎預備好到北京去的專車，12月9日當面催促黎動身，黎只得倉促就道。當他一上了火車，袁葫蘆裡賣的藥就弄明白了，原來他派第一號大將段祺瑞出馬，是負有押解黎即日北上，和阻止黎重返湖北的雙重任務。因為黎在湖北已有基礎，是以副總統的崇高地位兼任湖北都督，要調動他，顯然不是兒戲。段祺瑞在清末地位比黎高，又是袁系中第一號人物，用段接替黎顯得既鄭重又嚴重，自國民黨失敗後，袁對黎已經不計較投鼠忌器，也不怕把黎逼上梁山，因為黎已經無山可上了。
12月10日，黎正在北上途中，北京發佈了總統命令：派段祺瑞權代湖北都督，派周自齊代理陸軍總長。
黎的專車到了北京，袁派自己所乘的金漆朱輪馬車到車站迎接，這輛馬車在14個月前曾用以迎接革命領袖孫中山先生。黎所受到的熱烈而隆重的歡迎，也不下於歡迎孫中山。
袁同時手令規定黎副總統月俸1萬元，辦公費2萬元。這和前一年袁授孫中山為全國鐵路督辦時的月俸3萬元，是一個也不多，一個也不少。
這兒抄錄幾則有關的電報——
2年12月9日黎元洪上袁世凱電二則：
黎上袁並致各機關電：元洪忝廁戎行，材薄任重，屬滄海橫流之會，當中原板蕩之秋。溯自陽夏媾和，及平贛寧肇變，荊山欲崩，漢水幾沸。幸賴我大總統當機斡運，先事綢繆，奠民國於無疆，投元兇於有昊。元洪得依餘蔭，幸保虛聲，未嘗不啜茗懷波，茹禾念露，燕雲楚樹，道阻且長，雖顏色未親，而神魂久向。只以周旋鞭弭，鞅掌軍書，親從汜水之師，致後塗山之會，盲騎莫適，瞽笑為勞，天命更新，楚氛幸靖。風前退-，彌堅向路之心；浪後頹魚，愈切登門之念。謹於本月九號親戒行裝，面聆迪誨，本府一切事宜，應懇大總統派員代理，俾專責成。專此縷陳，並行通告。
元洪業經起行，本府一切事宜除先行呈請大總統派員代理外，應暫交參謀長金永炎代拆代行。謹俟後命。
黎致段祺瑞電：元洪自鄂頻行，過勞遠送，至感厚意。茲於本日早七點鐘到京，即入覲大總統。面諭代理一節，已有命令暫兼等因。自維治鄂兩年，深愧無狀，得公替我，知免愆尤，聞命之餘，敢為全鄂軍民額手稱慶！特電馳賀，兼致謝忱，即維垂察。元洪現住小蓬萊，並以奉聞。
段復黎電：在鄂奉教，優禮逾恆，極感盛意。接讀真電，敬諗旌旆幟蒞都，至為慶慰。過承獎借，愧弗克當。瑞以菲材，隨公之後，雖暫承乏，敢不兢兢勉守成規，冀免隕越，尚乞隨時箴誡，是所盼禱。
黎致鄂省各機關人員電：本副總統因公入京，於本月初九日自鄂起程，十一日早抵京。追維在鄂兩年，同舟共濟，諸賴匡襄。此次行期匆促，不及言辭，深懷歉仄。現在鄂都督事已奉大總統令任命段總長兼領。段總長威信素著，憂國為懷，必能造福地方，維持秩序。尚賴諸君子各盡職務，相與有成，本副總統有厚望焉。賤軀安好，知念並聞。
黎上袁書：竊元洪屢覲鈞顏，仰承優遇，恩逾於骨肉，禮渥於上賓，推心則山雪皆融，握手則池冰為泮。馳惶摩措，誠服無涯，伏念元洪忝列戎行，欣逢鼎運，屬官吏推選之眾，承軍民擁戴之殷。王陵之率義兵，堅辭未獲，劉表之居重鎮，勉力難勝。洎乎宣佈共和，混一區夏，蒙大總統俯仍舊貫，悉予真除。良以成規久圯，新制未頒，不得不沿襲名稱，維持現狀。元洪亦以神州多難，亂黨環生，念瓜代之未來，顧豆分而不忍。思欲以一拳之石，暫砥狂瀾。方寸之才，權撐圯廈。所幸仰承偉略，乞助雄師，風浪不驚，星河底定。獲托威靈之庇，免貽隕越之羞。蓋非常之變，非大力不能戡平；無妄之榮，實初心所不及料也。夫列侯據地，周室所以陵遲；諸鎮擁兵，唐宗於焉馳廢。六朝玉步，蛻於功人；五代干戈，胎自驕將。偶昧保身之哲，遂叢誤國之愆。災黎填於壑而罔聞，敵國入於宮而不恤。遠稽往乘，近覽橫海，國體雖更，亂源則一，未嘗不哀其頑梗，慘莫懲嗟。前者贛水弄兵，鍾山竊位，三邊酬諸異族，六省訂為同盟。元洪當對壘之沖，亦尚盡同舟之誼。乃罪言勿納，忠告罔聞，哀此苦心，竟逢戰禍，久欲奉還職權，借資表率。只以兵端甫啟，選典未行，暫忍負乘致寇之嫌，勉圖拋杖觀成之計。孤懷耿耿，不敢告人，前路茫茫，但蘄救國。今者列強承認，庶政更新，洗武庫而偃兵，敞文園而弼教，際四海困窮之會，急起猶遲；念兩年患難之場，回思尚悸，論全局則須籌一統，論個人則願乞餘年。倘仍恃寵長留，更或陳情不獲，中流重任，豈忍施於久乏之身，當日苦衷，亦難曝諸無穆之口，此尤元洪所冰淵自懼，寢饋難安者也。伏乞大總統矜其愚悃，假以閒時，將所領湖北都督一職明令免去。元洪追隨鈞座，長聽教言，汲湖水以澡心，擷山雲而煉性。幸得此身健在，皆屬解衣推食之恩；倘遇邊事偶生，敢忘擐甲執兵之報。伏居待命，無任屏營。謹呈等因。
袁復黎書：來牘閱悉，成功不居，上德若谷，事符往籍，益歎淵衷。溯自清德既衰，皇綱解紐，武昌首義，薄海風從。國體既更，嘉言益著。調停之術力竭再三，危苦之詞書陳累萬。痛洪水猛獸之禍，為千鈞一髮之防。國紀民彝，賴以不墜。贛寧之亂，坐鎮上游，匕鬯不驚，指揮若定。呂梁既濟，重思作楫之勳。虞淵弗沈，追論-戈之照。凡所規劃，動系安危，偉業豐功，彪炳寰宇。時局粗定，得至京師，昕夕握譚，快傾心膈。褒鄂英姿，獲瞻便坐，逖琨同志，永矢畢生。每念在莒之艱，輒有微管之歎。楚國寶善，遂見斯人。迭據面請免去湖北都督一職，情詞懇摯，出於至誠，未允施行，復有此牘，語重心長，慮遠思深，志不可移，重違其意，雖元老壯猷，未盡南服經營之用，而賢者久役，亦非國民酬報之心。勉遂謙懷，姑如所請。國基初定，經緯萬端，相與有成，期我益友。嗣後凡大計所關，務望遇事指陳，以匡不盡。昔張江陵恆言吾神遊九塞，一日二三。每思茲語，輒為敬服。前型具在，願共勉之！此復。
這兩封信，全是言不由衷，假得可笑。辭卸湖北都督的黎被安置在瀛台下榻，這實在是一個極大的諷刺，因為這個地方正是慈禧幽禁光緒的地方。
黎到北京後，立刻便有袁、黎聯姻的傳說，事實上這不是傳說而是真的，袁不待婚禮舉行就趕著喊黎親家。據說兩家討論婚嫁時還有這麼一段插曲，因為雙方都想做男家。害得奉命做媒人的湯化龍忙得兩頭吃夾棍，最後讓步的是黎，袁把第七和第十子的生辰八字（均九歲），和兩人在校中的成績單給黎看，要黎挑一個，黎徵求太太意見。黎太太問：「這兩個孩子哪個是大太太生的？哪個是姨太太生的？」黎告以都是姨太太生的，黎太太立即變色說：「那不成，我家女兒都是我所生的，不能嫁給姨太太生的兒子。」黎這時已是身在秦庭，事事不能不遷就，因此又苦苦哀求太太，才算把這親事搞定。袁的九子克玖和黎的次女紹芳說好婚姻，訂婚時，黎贈女婿禮帽一頂，大禮服一襲；袁贈兒媳金手飾數件。這幕婚姻是十足的政治聯姻。後來黎家女兒做了袁家媳婦後備受虐待，氣成了神經病，終身不愈。是個悲劇下場。
黎初抵北京時，袁每次吃飯總盡可能要請「親家」來共食。有一個寒冷的大雪天，袁身上披著浙江都督朱瑞花了7500元的代價買來「進貢」的皮大氅，黎偶然說了一句：「這件東西真名貴。」袁立刻解了下來贈送親家，黎雖推謝，袁卻堅持要送。
袁對黎似已做到徹底地「解衣推食」了！
不久袁正式下令，准兼領湖北都督黎元洪辭免都督本官。而段祺瑞在權理湖北都督兩個月後，因為他是袁身邊重要的幫手，所以不能長期放在外面，袁對湖北人事安排，本預定給他的干殿下段芝貴的，因為調黎入京很難，才讓段祺瑞出馬，現在黎已入京，又已辭職。所以3年2月1日仍調段祺瑞回北京復任陸軍總長，派段芝貴為湖北都督。段祺瑞在湖北雖只兩個多月，他的任務是清除黎在湖北的勢力，因此他大刀闊斧地把湖北軍遣散，把北洋軍調入湖北，從此湖北便完全成為北洋軍的統治地區。
當段返回北京和黎相見時，他不像袁對黎那麼虛偽，他臉孔上流露出一種倨傲之色。段的等級觀念很深，他覺得自己在清末曾做到護理湖廣總督。當時黎不過是湖北一個協統，至於辛亥革命，黎只是從床下面拉出來頂名字的，談革命功勳也是假得很；如今則已是袁的政治俘虜。因此他根本不把黎放在眼裡。黎段之間這段關係注定了日後的許多糾紛。
黎在北京，實在不願意以安樂公自居，很想借一個題目離開北京，以便恢復自由生活，曾經一再表示，願以「答謝各國承認民國專使」名義周遊列國，袁怕他一去不復返，就用拖延手段來搪塞，不作肯定的答覆。黎既然行不得，也只好在北京瀛台做他的副總統兼參謀總長，實際上參謀總長工作則是由次長陳宦代行拆。
黎在北京初期的生活，簡直就是幽居，外間鮮有知者。民國3年1月，北京一位名記者黃遠庸曾寫過一篇訪問記，對黎當時的生活有細緻的描繪。特抄錄如下：
「黎副總統到京時，適記者南行，今記者既到京，則吾曹新聞記者對此德望並隆中外欽仰之偉人，不能不表示一番敬意。因以國會議員湖北某君之介紹，偕某某兩君約見，黎公快然允許，約以初十日午前十一時許往謁，並約予以賜食之光榮。以吾曹藐然與公無素，而闊達優禮如此，足見公之平民主義也。
是早某君約予等同往新華門，入總統府，以先有約，故司閽處（即由大總統之司閽處傳達）即命余乘冰船赴副總統所居之瀛台，不須更入門外之招待室候命矣。
海子中之積冰，已層疊深固，故向日之以舟行者，今以冰船行矣。船形如轎，最多可容六人，船夫著毛革之鞋行於冰上，從後推轉，故極迅疾，瞬息已抵瀛台矣。
入門則兵衛三五而立，稍進即有與此介紹某君操鄂音道寒暄者。余前此聞黎公在鄂時，守衛已盡易北方軍官，足知不盡確。余等所入之客房，榜曰副總統辦公處，即前之景星殿。此處一為秘書室，一為副官處，其對過即慶雲殿，則飾以洋式陳設，右為應接之洋室，左為大餐間，即副總統賜余等以午餐之處也。
秘書室伏幾而辦事者有二三人，皆樸素無華。副官長為少將唐君在寅，則竹布之衣，謙光可挹。唐君蓋始終隨侍副總統，在鄂時固不常出門，到京後絕對未出大門一步者也。
副總統之眷屬及廚役乃至馬車御者，皆已偕來，惟其左右之領有徽志得以隨時出入總統府者只六人。余輩出入，皆須隨時傳達或許可，足見黎公約束之嚴矣。
慶雲殿中陳設稍新，景星殿則普通木器數事，足供起坐而已。其中間為副總統每日會客之廳，余所見二殿中前清南書房供奉之墨跡依然陳列，皆光緒時全忠恆勳徐會灃所書，長額大字皆錄《詩經》、《書經》中成語之關係為君之要道者，字尤板滯無味。某君謂做皇帝最苦，連行書都看不見，可謂確切。余意今日何復更須此等物事，宜並置之高閣而稍易以美術的陳設也。
殿外置有轎子一頂，蓋即清制所謂二人肩輿者，凡副總統往謁大總統或大總統來訪副總統，均坐此等制度之轎。實則二公所居相距至多不過二百步矣。
余等在殿中候命，而是日適值段芝貴自南返京，即日來謁總統及副總統，坐談極久，候段氏出，則更會客二班，畢後已十二時，故副總統不於常座見余等，即命余等在慶雲殿中之應接室接見。入殿後副總統即入，余等行嚴肅之一鞠躬禮後，依次入座，副總統略詢數語，即命入對過之大餐間會食會。副總統之丰采，讀吾通信者，想已面接或已見其寫實，固不煩余之敘述。余一言足慰讀者，則公之丰采健碩，絕無風塵之色，而一種嚴肅和藹之氣，自是令余等生畏悅之容者也。
餐座中並副總統共五人，二客系鄂人，中有一客乃從湖北新來者，余與某君則非鄂人。余首問副總統前此何時曾來京？公答尚系光緒三十四年。余問亦常住過北京否？公答首尾不到一個月。故公之語言，乃純然湖北口音也。
座中所談，以湖北事為多，公詢自湖北新來之某君以都督府近狀，以軍隊近情，而尤以個人消息為多。凡稱其人，必稱其號，不稱其名，並荷關念其人有無飯吃。余以知公之深於情也。
公語及裁兵退伍事，雲我們總要給人家一條路走，故我前此於所裁之人予以退伍金，自二千元不等，以其有此款，或耕田，或做小買賣，不致他變也。
公又語及某事，有一名言，謂總不可以激烈對待暴亂。他們本來暴亂，若以激烈（意同操切）待之，則必鬧出事來。余證之公起義後在湖北之行事，此寥寥數語，蓋足以盡其精神也。至其所語何事，則吾輩秉新聞記者之德義，當然不能洩露也。座客詢及章太炎近狀，請公設法保全者，公答必可無事，因大總統亦雅意保全之也。惟彼前日來府，穿大毛衣，執一羽扇，掛起勳章，見人就丟茶碗打人，如此難怕不鬧出事來。送往各處，各處皆不肯收，故暫送拱衛軍之教練處招待。剛才我（黎公自謂）與×××商量，叫他們務必請他夫人來京伴住，令有一種慰藉，或不至生他變，那怕盤費都由我出亦可。某君答其夫人甚有學問，前此有家信來，太炎不忍閱看，謂看後恐消磨其與人家拚命之心。黎公答所以我們必須請夫人來伴居。總統是必給他日用的，若到他處去，這一宗常年的款何處去出云云。足見公之篤於待士也。
余於此一席中，更得悉公之不吸煙，不飲酒，座客皆飲白水一杯而已。鄂中某君語我曰：公自奉既薄，固以推愛及客，在鄂時開茶會，常以中國自製八角一瓶之勃蘭地酒供客，客有不堪引滿而罷去者。座上水果，往往窳苦不可食。余等是日雖飽德無窮，然公之儉薄，固有可以證明之資料也。
會食既畢，承啟官報陳次長來謁，即參謀次長陳宦是也。余等乃謹興辭而出。聞之人云：公到京後，亦已不甚聞問參謀部事。惟陳次長常往稟承而已。
余歸後，有某君問余以謁見黎公後之所感，余方囁嚅無以形容，某君即謂其天真照人處最為可慕。余不覺點首。嗚呼，神聖哉，優美哉，此天真也。」