民國2年11月4日，袁遂借二次革命為名，下令解散國民黨，並將國民黨議員資格剝奪，追繳證書、會章，被追繳者共438人。
為解散國民黨，前後共發了三道命令。
當袁下令解散國民黨之前，進步黨首領梁啟超聽到袁已決心這麼做了，乃匆匆忙忙地跑到總統府，希望袁顧全大局，勿走向不可收拾的路上。他到總統府門口，侍衛阻擋他入內，告訴他說：「總統正在討論要緊的公事，請總長（梁是司法部總長）明天來吧！」梁發急說：「我正是有要緊的公事要和總統商量，我在這裡等一會吧！」梁等了好大半天，侍衛才向他說：「總統有請。」梁見到袁後，說了一大篇道理，勸袁勿下命令解散國民黨，袁微笑而有耐心地聽他陳說，最後，袁淡淡地說：「晚了！命令已經發出了！」
就在命令發佈的同時，袁以迅雷不及掩耳的手段，出動了300多人包圍外彰儀門大街的國民黨北京支部，第二天又包圍了參眾兩院，甚至半夜跑到國民黨議員的家裡，繳獲了國民黨議員的證書、徽章共300多件。
國民黨遭遇到嚴重而非法的迫害，進步黨雖然反對國民黨，可是，兔死狐悲，也很寒心。梁啟超既然向袁當面要求沒有結果，他乃作第二步努力，就是在國務院秘密會議上討論這個問題時，表示激烈的反對。他認為袁的解散國民黨命令未經國務會議通過，主張內閣全體辭職，以表示對袁的抗議。他的這個提議，大家都默不作聲，面面相覷，坐在主席位子上的熊希齡也是面部毫無表情，不置可否，因此這個提議只好不了了之。
進步黨的另一個領袖，眾議院議長湯化龍對解散國民黨也表示極大的憤慨，尤其對於取消國民黨籍的國會議員，認為更是罪大惡極。他表示：議員資格應由國會本身來解決，總統出動軍警來干涉是不合法的，如果政府認為某些議員有附亂嫌疑，則應提出確實證據，請國會依法處理。因此，他對議院秘書處下達指示，以後議會開會的通知書，仍照以前一樣投送，不管他是任何黨派的議員。同時，他還跑到總統府向袁直接交涉，請發還「未附亂」議員的證書和徽章，以免國會流會。據說袁總統對這位湯議長很不客氣，只是冷冷地向他瞟了一眼，一句話也不說，湯化龍只落得個下不了台。進步黨最後作更大的努力，他們請名義上是進步黨領袖的黎元洪打電報給袁，希求挽救這個破裂的局勢，可是袁也一樣不理不睬。
11月14日袁的第三道解散國民黨命令中，勒令所有已追繳證書和徽章的議員們，如果要離開北京，需要覓五人以上的連環保，擔保離京後不作任何反對袁政府的言論和行動。
參議院繼眾議院之後，於12月3日，質問政府以命令取消議員資格，致兩院不足法定人數，不能開會。茲節抄如下：
「……前月初四日政府忽有追繳議員證書徽章之命令，並以暴力禁阻議員到院，其數多至四百餘人。今下之日，舉國惶駭，人心騷動。兩院因不足法定人數，至今一月，不得開會，此事於民國國體、政體有重大關係。大總統令出府中，用意或別有在，而法有明文，國務員輔弼總統，列名副署，其於此令不能不負責任。茲僅依約法第十九條第九款、議院法第四十條，提出質問書於國務員，並依議院法第四十條，限政府三日內答覆！……」
下面是「眾議院質問追繳國民黨議員證書徽章影響及於國會書」：
「民國不能一日無國會，國會議員不能由政府取消，此世界共和國之通義，立憲政治之大經也。近閱報載，大總統十一月四日命令解散國民黨，並追繳隸籍該黨國會議員證書徽章；夫該黨本部與南方亂黨勾結，政府依法律委任，以行政命令解散不法之結社，凡我國民，無不認為正當，獨是國民黨與隸籍國民黨之議員，在法律本屬兩事，其處分自不能從同。假令議員而與亂黨通謀，確有證據，勿論隸何黨籍，均得按法懲治，否則確與亂事無涉，即隸國民黨籍，亦不能牽連取消。蓋黨自黨而議員自議員，二者性質不侔，即不能並為一談。查議院法第八條，議員於開會後發現不合資格之疑義時，各院議員得陳請本院審查，由院議決，選舉十三人組織特別委員會審查之。據此，議員資格之疑議，其審查權屬之兩院，院法規定，彰彰可證。今政府以隸籍國民黨之議員早不以法律上合格之議員，自居為理由，豈非以政府而審查議員資格，侵害國會法定之權限乎？至於追繳證書徽章，直以命令取消議員資格，細按《約法》，大總統無此特權，不識政府毅然出此，根據何種法律？此不能不懷疑者一也。十一月四日命令之結果，國民黨議員被取消者三百餘人，次日又追加百餘人，遂過議員總額之半，兩院均不能開會。查議員中有早已脫該黨黨籍，改入他黨，或素稱穩健，曾通電反對贛亂者，亦一同取消。政府確為懲治內亂嫌疑耶？則應檢查證據，分別提交法院審判，不得以概括辦法，良莠不分，致令國會人數不足，使不蒙解散之名，而受解散之實也！近復報紙紛傳政府將組織行政委員會修改國會組織法，改組國會。此種傳說是否屬實，姑不具論，究竟政府方針，對於民國是否有國會之必要？對於國會是否以法律為正當之解決？此不能不懷疑者二也。議員等對於國民黨，素深惡絕，當南方無事，政府敷衍偉人之時，於彼破壞主張，無不嚴厲攻擊。及湖口亂起，天下震動，亦曾連名通電，聲罪致討。今政府去害群扶正氣為前提，實與議員等素志符合，唯去之之方，是否適法？扶之之道，是否誠心？群懷疑慮，勢難緘默。茲依議院法第四十條質問，應請政府於三日內明白答覆。民國二年十一月十七日。」
北京國務院在民國2年12月23日向參議院提出答覆書如下：
……依《約法》第十九條暨《國會組織法》第十四條之規定，質問權為議院職權之一，非議員職權之一，其義甚明，故質問之行使，無論議院法有如何連署之規定，雖不必由院議公決，要不能不經由議院提出，是以議員迭次依議院法而提出質問書，均於議院有《國會組織法》第十五條所定總議員過半數之出席，得以開議時，由議長以開議日期報告文件之際提出報告，此執行《國會組織法》暨《議院法》之通例，實為兩院所現行，斷未有不經此項手續，而可以濫行質問者也。茲來咨既稱兩院不足法定人數，不能開會，前議院所有之質問權，當然因不能開會之結果，而不能提出。……查兩院議長，業於十一月十三日，以兩院議員不足法定人數，不能開會，不得已於十一月十四日起，停發議事日程等語，通告有案。此次質問書之提出，在議院議長通告停發議事日程之後，既已停發議事日程，何能提出質問書？且查當日提出質問書之情形，系發生於兩院現有議員之談話會，以法律規定所無之談話會，而提出屬於法律上議院職權之質問書，實為《約法》、《國會組織法》、《議院法》規定所未特許。政府為尊重國會起見，對於不足法定人數之議員，非法所提出之質問書，應不負法律上答覆之義務。惟查各該質問書，於追繳隸籍國民黨議員證書徽章，及令內務總長分別查取本屆合法候補當選人如額遞補各節，不無所疑，不能不略為說明，以免誤會。查十一月四日大總統命令，曾聲明此舉系為挽救國家之危亡，減輕國民之痛苦起見，並將詳細情形佈告國民；蓋以議員多數而為構成內亂之舉，系屬變出非常，不特議院法未規定處理明文，即各國亦無此先例，大總統於危急存亡之秋，為拯溺救焚之計，是非心跡，昭然天壤，事關國家治亂，何能執常例以相繩！所以令下之日，據東南各省都督、民政長來電，均謂市民歡呼，額手相慶。議員張其密等所稱舉國惶駭，人心騷動，系屬危言聳聽，殊乖實情。且現已由內務總長核定調查候補當選人劃一辦法，令行各省依法辦理；議員鄭毓怡等所稱對於民國是否有國會之必要，尤屬因誤滋疑。總之，前奉大總統命令，業已鄭重聲明，務使我莊嚴神聖之國會，不再為助長內亂者所挾持，以期鞏固真正之共和，宣達真正之民意等因。各議員果能深體此意，懷疑之點，當然釋然。除函答參議院議長外，相應函請貴議長轉達貴院現有各議員查照可也。