二次革命爆發後，袁大舉向南方用兵，並發出兩道通令（民國2年7月），第一道是致各省宣佈意旨電：
「余以衰病餘生，伏處已久，稍有田園之樂，自問已無事可為。此次出山，實緣事機危迫，不忍見人民陷於牛馬奴隸之域，故冒萬險，膺茲艱巨。受事以來，始終以尊重人道主義，及適合世界大勢為主旨，苟可和平維持，決不輕事破裂，並非兵力有所不足，實緣民困已極，不堪再受戰禍，一年以來彌縫遷就之苦衷，當為國民所共諒。現在財政、外交觸處荊棘，國家運命旦夕可危，凡有血氣之倫，自應以同舟共濟之心，為披髮纓冠之計，決不肯再言破壞，自取覆亡，乃若有之，則亦二三不逞之徒，生性好亂，必不能得多數國民之同情，本大總統若再曲予優容，便與此輩同為亡國禍首，非惟辜負眾望，實亦矛盾初衷，惟有犧牲一身，保全大局，竭我棉力，殄此麼魔。諸君各膺疆寄，必有同心，願共勉之。」
第二道是為了「贛亂」的通令：
「共和民國，以人民為主體，而人民代表，以國會為機關，政治不善，國會有監督之責，政府不良，國會有彈劾之例。大總統由國會選舉，與君主時代子孫帝王萬世之業，迥不相同。今國會早開，人民代表，咸集都下，憲法未定，約法尚存，非經國會，無自發生監督之權，更無擅自立法之理，豈少數人所能自由起滅，又豈能以少數人權利之爭，掩盡天下人民代表之耳目。此次派兵赴潯，迭經本大總統及副總統一再宣佈，本末瞭然，何得信口雌黃，借為煽亂營私之具。今閱歐陽武通電，竟指國軍為袁軍，全無國家觀念，純乎部落思想。又稱蹂躪淫戮，廬墓為墟等情，九江為中外雜居之地，萬目睽睽，視察之使，絡繹於途，何至無所聞見。陳廷訓之告急，黎兼督之派兵，各行其職，堂堂正正，何謂陰謀？孤軍救援，何謂三道進兵。即歐陽武蒸日通電，亦云『李烈鈞到湖口，武開兩團往攻』等語，安有叛徒進踞要塞，而中央政府該管都督撤兵藉寇之理？豈陳廷訓、劉世均近在九江之電不足為憑，而獨以歐陽武遠在南昌之電為足信？豈贛省三千萬之生命財產，獨非中華民國之人民？李純所率之兩團，獨非江西兼督之防軍？歐陽武以護軍使不足，而自為都督，並稱經省會公舉。約法具在，無此明條，似此謬妄，欺三尺童子不足，而欺天下人民，誰其信之！且與本大總統除亂安民之宗旨，與迭次之命令，全不相符，捏詞誣蔑，稱兵犯順，視政府如仇敵，視國會若土苴，推翻共和，破壞民國，全國公敵，萬世罪人。獨我無辜之良民，則奔走流離，不知所屆。本大總統心實痛之。本大總統年逾五十，衰病侵尋。以四百兆人民之付託，茹苦年餘，無非欲使黎民子孫免為牛馬奴隸。此種破壞舉動，本大總統在任一日，即當犧牲一切救國救民。現在正式選舉，瞬將舉行，雖甚不肖，斷不致以兵力爭擅權利，況艱辛困苦，尤無權利之可言。副總統兼圻重任，經本大總統委託討逆，責有攸歸，或乃視為鄂贛之爭，尤非事實，仍應責成該兼督速平內亂，拯民水火，各省都督等，同心匡助，毋視中華民國為一人一家之事，毋視人民代表為可有可無之人，我五大族之生靈，或不至斷送於亂徒之手。查歐陽武前日電文，詞意誠懇，與此電判若兩人，難保非金壬挾持，假借名義。俟派員查明再行核辦。此令」。
21日又發佈如下的命令：
「湖口、徐州等處暴徒倡亂，政府為整肅紀綱，維持國本起見，不得不以兵力戡定，迭經先後佈告。本大總統躬承國民付託之重，值此變出非常，蕩平內亂，責無旁貸，耿耿此心，當為我國民所共諒，各友邦所悉知。惟恐傳聞之異詞，或以方針之未定，國民以姑息養奸所責備，外商以身命財產為隱憂，若不明白宣告，使我全國人民咸知順逆從違之所在，各外商共悉鎮亂靖暴之有方，其何以靖人心而昭大信？為此通令，條舉三端：一、該暴徒勾煽叛兵，僭竊土地，擅行宣佈獨立，破壞民國之統一，擾害地方之治安，此等行為，實為亂黨，政府不得不依照國家法律以兵警戒。是用兵定亂，為行使約法上之統治權，民國政府當然有此責任。二、各國商民之通商傳教，載在條約。凡有亂警地方，該地司令官均應照約實力保護，務使各外國人之身命財產，不致因亂事稍受危險。嗣後各該地方之外國人所有身命財產，如因鎮壓變亂而直接受有損失者，民國政府必完全負其責任。三、亂黨到處勾結，如有本國人與之訂立一切契約，而影響可以及於國家或一地方者，無論用何種方法，及何種名義，民國政府絕不承認。以上三端，自本令發佈以後，應由各該地司令官通行佈告。仍著外交總長行文駐京各國公使查照，以副友邦熱誠贊助之雅懷，而示本大總統除暴安良之至意。此令。」
當袁大舉向南方用兵時，雖然已對國民黨撕破了臉，滿口亂黨叛徒，可是獨對孫中山先生還很客氣。不過孫中山卻不能不表示嚴正的態度，乃發電致袁，原電云：
「北京袁大總統鑒：文於去年北上，與公握手言歡，聞公諄諄以人民國家為念，以一日在職為苦。文謂國民屬望於公，不僅在臨時政府而已，十年以內，大總統非公莫屬。此言非僅對公言之，且對國民言之。自是以來，雖激昂之士，於公時有責言，文之初衷未嘗少易。何圖宋案發生以來，證據宣佈，愕然出諸意外，不料公言與行違至於如此，既憤且懣；而公更違法借款，以作戰費，無故調兵，以速戰禍，異己既去，兵釁仍挑，以致東南民軍，荷戈而起，眾口一辭，集於公之一身。意公此時，必以平亂為言，故無論東南軍民，未叛國家，未擾秩序，不得雲亂；即使曰亂，而釀亂者誰？公於天下後世亦無以自解。公之左右陷公於不義，致有今日，此時必且勸公乘此一逞，樹威雪憤。此但自為計，固未為國民計，為公計也。清帝辭位，公舉其謀，清帝不忍人民塗炭，公寧忍之？公果欲一戰成事，宜用於效忠清帝之時，不宜用於此時也。說者謂公雖欲引退，而部下牽掣，終不能決，然人各有所難，文當日辭職，推薦公於國民，固有人責言，謂文知徇北軍之意，而不知顧十七省人民之付託，文於彼時，屹不為動。人之進退，綽有餘裕，若謂為人牽掣，不能自由，苟非托辭，即為自表無能，公必不爾也。為公僕者，受國民反對，猶當引退，況於國民以死相拚！殺一無辜以得天下，猶不可為，況流天下之血以從一己之欲！公今日捨辭職外，決無他策；昔日為任天下之重而來，今日為息天下之禍而去，出處光明，於公何憾！公能行此，文必力勸東南軍民，易惡感為善意，不使公懷騎虎之慮；若公必欲殘民以逞，善言不入，文不忍東南人民久困兵革，必以前此反對君主專制之決心，反對公之一人，義無反顧。謹為最後之忠告，惟裁鑒之！」
孫中山同時發出通電一道，略云：
「北京參議院、眾議院、國務院、各省都督、民政長、各軍、師、旅長鑒：江西事起，南京各處以次響應，一致以討袁為標幟……大勢至此，全國流血之禍繫於袁氏之一身，聞袁氏決以兵力對待，是無論勝敗，而生民塗炭，必不可免。……使袁氏果而出此，非惟貽民國之禍，亦且騰各國之笑。……袁不宜借口部下之擁戴，而拒東南人民之要求，可斷言矣。諸公維持民國，為人民所攸賴，當此人民絕續之際，望以民命為重，以國危為急，同向袁氏勸以早日辭職，以息戰禍！倘袁氏執拗不聽，必欲犧牲國家人民，以成一己之業，想諸公亦必不容此禍魁！文於此時，亦惟有從國民之後，義不返顧。」
二次革命是由江西肇始，贛軍雖然在開始時打了一場漂亮的勝仗，可是北洋軍增援後，大舉猛進，相持十餘日，湖口要塞司令陳廷訓被袁收買，暗與北軍相通，於7月24日晚令炮兵反擊贛軍。贛軍不及防備，前後受敵，不得已遂放棄湖口。25日北軍遂入據湖口縣，李烈鈞雖戮力抵抗，但要塞已失，門戶大開，江西已無險可守，8月18日南昌失陷。袁世凱以李純為江西護軍使，李廷玉襄辦江西軍務，旅長馬繼增升第六師師長。
袁軍攻入南昌後，軍紀之壞，和洗劫南京大同小異，南昌富室均被指為國民黨，劫掠其財物，姦淫其子女，尤以第六師十一旅旅長兼南昌衛戍司令張敬堯所部，一如辮子軍張勳所部一樣，入南昌的第一天就橫屍1000餘具，其慘狀可以想像。南昌危急時，江西都督歐陽武自稱罪人，到吉安青源山為僧，號止戈和尚。9月中旬北洋軍已完全佔領江西後，江西水巡局長倪占魁，把他從山上解到南昌來，李純命予以優待，發交軍法處收押。他寫信給南昌商會，有：「祖母九旬，老父七十，為武不肖，朝夕聚哭，求死不得，言之心酸。」商會乃代為求情。9月27日解北京，判處二等有期徒刑八年，10月30日獲特赦。
安徽宣告獨立時，民元做過皖軍總指揮、臨陣失蹤的胡萬泰，又爬上了都督座位，把署理都督孫多森請到原來的民政長椅子上。不久討袁軍兩路失敗，胡乃取消獨立，於7月22日偕孫多森逃走，剩下都督的空位子，給憲兵營長祁耿寰坐了幾天，又讓給劉國棟。7月27日柏文蔚回到安慶來，劉乃退回原職小小參謀椅子上。8月6日，逃走的胡萬泰突又出現，通電數柏五大罪狀，可是這時柏亦已離皖，胡再任都督，宣告獨立，可是這把椅子已輪不到他了。8月28日倪嗣衝來到安慶，倪早在7月27日就由袁世凱任命為安徽都督，從此，安徽變成了北洋軍閥一個主要的巢穴了。
北洋軍既然節節勝利，袁系的陞官圖便在南方出現，段芝貴仍兼第一軍軍長，升上將，實授江西宣撫使；張勳亦升上將，段芝貴的右司令王占元兼湖南護軍使。
上海方面因南京革命軍失敗，亦功敗垂成，袁命第四師師長楊善德為松江鎮守使，鄭汝成為上海鎮守使，海軍總長劉冠雄為福建都督。
廣東和四川兩地解決得最快而不吃力，7月27日袁派龍濟光、覲光兄弟為廣東正副鎮守使，8月3日龍濟光升上將繼任粵督，8月5日陳炯明出走。四川方面熊克武雖於8月9日宣告獨立，但為時只一月就解職下野。
湖南獨立的局面，主要受湖北的壓迫，以及廣東獨立失敗的影響，遂使湘督譚延-和湘軍師長趙恆惕功虧一簣。8月12日湖南為環境所迫取消獨立，9月17日袁令湯薌銘率楚有等四艘淺水艦駛入岳州，派第三師曹錕部進駐岳州，又以袁系的卅九混成旅旅長伍祥禎為岳州鎮守使。這樣一來，湖南便完全落入袁的掌握中。袁仍然施借刀殺人計，命黎元洪兼領湘督，黎當然不會中計，敬辭大命；袁乃請黎薦人自代。黎自然不會推薦與袁無關的人，他覺得湯薌銘是袁的死黨，又是湖北人，黎和湯的長兄湯化龍又是老朋友，因此順水推舟保薦了湯為湘督。10月7日湯薌銘赴長沙晤譚延-，10月24日袁發表人事命令，免譚，以湯繼任都督，王瑚繼任民政長，王未到任前以湯兼署。並命譚即日入京，同時令將師長趙恆惕解往北京聽候處分。袁的軍隊於11月15日入駐長沙。
黎在湖南人中，以對譚和趙最好，譚下野後，黎打電報給袁說：「譚的獨立非出自願，乃系被迫，曾仰藥以求解脫，元洪敢力保其無他。」譚是個書生，見到黎為他解脫的電報，立即加以否認，他發出一則通電，大意是說：黎副總統心存愛護，力為解免，難道我不知感激，可是我並未仰藥，亦未受迫，我為都督，發號施令俱自己為主，要治罪，一身甘當云云。二次革命後，各省取消獨立，浮起一片罵孫、黃聲，但譚卻始終不罵；各都督多諉稱獨立時系被迫，或被冒名，譚則獨任其咎。
北京陸軍部判譚四等有期徒刑，黎再出頭說項，乃於12月12日下令特赦，僅褫陸軍上將銜「以示薄懲」。黎同時又代趙說情。趙亦因之免難，議處三等有期徒刑四年，褫奪少將銜。這是民國3年4月22日的事了。後趙獲蔡鍔力保，3年9月13日亦獲特赦。
黎對譚、趙是特別的，可是對其他一般湖南人並不好，這可以從譚人鳳致黎函看出：
「聞公近日專以仇殺湖南人為事，而其被殺之人，不審罪狀，不問姓名，概以亂黨二字加之，立予槍斃。……試問武昌旅館禁湖南人居住，旅鄂在公人役，多數命令撤差，豈玉石不分，可一網打盡耶？……公傀儡昏庸，聽人播弄，時而曰二次革命，曰三次革命，曰四、五、六、七次革命，自嚇嚇人，正所謂天下無事，庸人自擾之也。公作威作福，肆虐於我湖南人，試問湖南人何負於湖北？更何負於公？陽夏之役，救湖北者非湖南乎？」
袁世凱於7月23日發表命令撤銷孫中山籌辦全國鐵路全權。孫是於民國元年9月9日受任籌辦全國鐵路，提倡修築鐵路20萬里，可惜當時人們沒有遠見，以為修築20萬里鐵路簡直是神話，於是大家以「孫大炮」嘲笑孫中山。其實當時美國已有100多萬里鐵路，中國比美國大，即使修築了20萬里根本算不得一回事，而國人竟大驚小怪如此，實在太淺見了。孫中山慨然統一籌劃全國鐵路大計，第一步預定修築三大路線：第一條是由廣州經廣西、雲南接緬甸鐵路；第二條是由廣州經湖南、四川達西藏；第三條由揚子江口經江蘇、安徽、河南、陝西、甘肅、新疆以迄伊犁。籌款方法主張借款，如京奉、京漢、滬寧諸路辦法，其條件以不礙中國主權為範圍，資本訂60億元，里程20萬里，期限10年。計劃才告擬定，由於二次革命以及袁撤銷孫中山鐵路籌辦全權，此一偉大計劃，乃隨孫之去而告流產。
7月23日同時發佈命令，稱黃興、陳其美、柏文蔚為
「叛徒」，責成馮國璋、張勳捉拿黃興到案，還發出捉拿賞格，捉到黃興的賞洋10萬，捉到陳其美的賞洋5萬。
上海、南京兩地的討袁軍相繼失敗後，8月2日孫中山乃乘德輪約克號離滬，本意擬去廣東，不料次日經馬尾，日本駐福州領事館武官多賀京之來告，駐粵將領張義權、蘇慎初已與龍濟光勾結，接受袁世凱亂命，恐不安全，孫中山乃決定改赴台灣。行前召見隨行同志梅光培、李朗如，令梅、李兩人先至香港，自己則偕胡漢民去台灣，並把隨身所帶全部款項600元交梅、李備用。梅、李拒不肯受，胡漢民勸他們接受，大家黯然話別，分道而行。
孫中山偕胡漢民抵台後，張繼、馬君武亦隨後趕至。這時各地的討袁軍都相繼失敗，孫乃轉去日本，不料袁已要求日本拒絕孫上岸，幸孫得船長的掩護，以及國民黨在日本的負責同志丁懷瑾（石僧）的佈置，日本友人萱野長知的協助，才得在神戶秘密登岸。這時隨侍孫在神戶的是胡漢民和廖仲愷，丁懷瑾則往來東京、神戶各地，對外連絡。
9月6日北京總檢察廳秉袁世凱命下令通緝二次革命首要，以黃興、陳其美、鈕永建、何海鳴、岑春煊五人為寧滬倡亂首魁，其餘孫中山、張繼、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳、陳炯明亦在通緝之列。不久，黃興、陳其美、居正、戴傳賢、邵元沖、鄧鏗、田桐等亦先後亡命至日本。
民國2年的討袁之役（又稱為癸丑之役、贛寧之役、湖口之役和二次革命），可惜是曇花一現，它是民國成立後的第一次南北戰爭。這一次戰爭的結果使得北洋軍源源進入南方各省，除了廣西、貴州、雲南、四川省外，其他南方各省都成為了北洋軍及其附屬軍的征服地，袁家天下已囊括了全國十分之九。至於桂、黔、滇、川四省為什麼沒有給北洋軍侵入，一來是這四省的都督都不是屬於國民黨系，二來是這四省地處偏遠，袁覺得鞭長莫及。由於地盤擴大，北洋軍既要鎮攝北方，又要佔領新奪到的南方各省，當然感到兵力不敷分配，於是乃大舉擴充，從此北洋軍的番號便越來越多了。
袁在對南方用兵過程中，在用人問題上充分表露出無制度，無標準，完全是家天下作風，既派劉冠雄為南洋巡閱使（他所指的南洋是江浙一帶），又派雷震春為長江查辦使；既派馮國璋為江淮宣撫使，又派張勳為江北鎮撫使，還有一個江北檢討使蔣雁行；既派段芝貴為江西宣撫使，還有一個連職名也相同的趙惟熙；至於湖南，就派了三個查辦使：曹錕、湯薌銘和郭人漳，又派了兩個檢查使：張學濟和朱樹藩。這一幅多采多姿的陞官圖，據說連袁自己也記不清楚總共發表了多少官職。真是五花八門，疊床架屋，在袁來說是羈糜天下英雄，網羅人才的手段。
不要說有官無職的空頭銜如此，就是有官有職的情形也是亂得一塌糊塗，有些省既有都督，又有護軍使，有些省有護軍使或鎮守使卻無都督，有些省以文人為都督，卻以武人為民政長，有些省則以武人兼軍民兩長。
但是，主要的安排卻沒有含糊，從民國2年7月到12月，袁先後任命了倪嗣沖為安徽都督，鄭汝成為上海鎮守使，龍濟光為廣東都督，李純為江西都督，張勳為江蘇都督，湯薌銘為湖南都督，段祺瑞為湖北都督，劉冠雄為福建都督。此外，又派北洋軍第四師師長楊善德駐松江以扼浙江的咽喉，第卅九混成旅旅長伍禎祥駐長沙，第三師師長曹錦駐岳州以扼湖南的咽喉。
國民黨第二次革命失敗，對於中華民國的影響是極大的，因為袁世凱的勝利鼓勵了他獨裁稱帝的野心，使中華民國民主事業，受到了致命的打擊。