袁世凱不能和國民黨共存，可以說是先天就注定了，不必待宋教仁被刺才真相畢露，不過宋教仁案加速了袁和國民黨的對立。
袁對他的大敵國民黨的處理，非常矛盾，他口中不離「亂黨」兩字，同時部署一切軍事計劃要剷除國民黨在南方的一切力量。可是他這時還是一個臨時大總統，由臨時大總統過渡到正式大總統，必須經由國會產生，而國內的多數黨卻正是國民黨，如果解散國民黨或者宣佈國民黨為非法黨團，那麼國會便不足法定人數，正式總統也無法產生。北洋軍系的人主張由軍人共推袁為總統，以顯示軍人力量，袁沒有考慮走這一條路，因為時代不同了，現在是中華民國，不是中華軍國。
對國民黨既然還有些投鼠忌器，因此他對於北京的國民黨員就比較客氣一點；而身在北方虎穴中的國民黨員，也比較有妥協性一點，這是沒有辦法的事。袁授意北京總檢察廳票傳國民黨北京支部部長吳景濂到案，質問黃興是不是國民黨的領袖，如果黃的「逆叛」行為與國民黨有關，那麼國民黨就該負起「謀叛」的責任，如果黃的行為與國民黨無關，國民黨就該立刻開除黃興黨籍以明責任，限吳景濂三天內答覆。吳景濂拿這個難題無法解決，很想召開一次北京支部大會來研究處理，可是時間太倉促，這時留京的國民黨員已傷透腦筋，拿這問題來談豈不是更頭痛。會議召開不及，三天限期轉眼即到，吳景濂沒有辦法，只好想出一個應付的辦法，他以個人名義在北京報紙上刊登一段啟事：「黃興除名一案，非經大會不能決定，但限期甚迫，不及召集大會，因即遵令除名。」
袁系罵黃興是搗亂領袖，其實黃在宋案後一直是主張委曲求全的，對宋案本身言，黃主張純以法律解決，求是非，講法理。對於袁政府的態度，黃鑒於外交嚴重，各國尚未承認民國，蒙藏風雲緊急，所以反對用武力對付袁。他的主張受到多數人支持，因此在袁下令免三省都督前，國民黨對於解決糾紛的辦法是：「宋案責成法院，借款責成議會。」並擬推岑春煊、王芝祥、章士釗、汪兆銘等為調和專使前往北京。
袁免贛、皖、粵三省都督後，國民黨方面仍希望不致決裂，所以6月10日李烈鈞有蒸電報告袁政府「遵令免官」，並且通電將已經調動的部隊撤回原駐地點。6月16日胡漢民有銑電「請授赴藏方略」，並且解釋「宋案借款之爭，僅系建言作用，不敢出法律範圍」。而柏文蔚早在調任令發表之前就表示要辭職。這一切並非國民黨施緩兵之計，實在因為國民黨的多數派還不打算對袁進行武裝抗爭，寧願解除自己的武裝力量，只求保存國民黨是一個合法政黨，在國會中佔多數，所以遷就到底。
黃委曲求全終不能全。其實不獨黃主張如此，汪兆銘自歐回粵，亦主張國民黨可作在野黨。汪本內定為北上調和專使，因情勢改變而作罷，他的把兄袁克定曾有電給他：「別來經年，想見若渴，弟扶病北來省親，-子雲兄將來，喜甚。惟遲行未至，伏枕悵望，尚冀早來，借慰病友。克定諫。」
在這紛擾的期間，還有一個醞釀，據說是日本在幕後策動的，就是要在南京另外組織一個政府，推舉岑春煊為總統。
民國2年7月28日熊希齡的通電，曾經揭破這個密謀：「報載四省獨立，有在寧設立政府，推舉岑西林為總統之謠。前南北議和時，犬養毅等於前年冬來華，運動南北分立，渠與希齡本屬舊交，屢至滬寓密告希齡，謂袁如得志，中國可危，不如勸孫、黃公推岑為總統與袁對抗，並要求希齡介紹往見。希齡與張謇、湯壽潛、莊思緘、趙鳳昌諸君與犬養毅接談數次，竭力反對。幸黃興當時力主和議，岑亦病辭不見，犬乃回國。去年春間再到上海，乃不與希齡接洽矣。此日本民黨利用我南北分立之實在情形也。」
岑春煊在南京組府之說傳了一個時期，後因袁軍事力量直掃南方，因之沒有出現。岑、袁兩人在清時就有大隙，袁依賴奕-，而岑則反對奕。宣統年間盛宣懷紅極一時，挾隆裕和載濤、載洵以自重，辛亥起義後，盛主張用岑，奕-則主張起用袁，其後袁因緣時會，水到渠成，遂代清而為民國元首。岑去福建。福建之役，岑怨袁欺，大失所望，拂袖而去，袁又請岑繼黃興為粵漢路督辦。袁與南方決裂，督辦亦撤銷，袁、岑之間遂更成水火。岑在上海，據說孫、黃都去拜望他，他告訴訪客說：「別人都怕袁世凱，我是不怕他的，倒要和他較量一下。我本無意大總統，今既有現成的，就不妨試試看。」
袁既然冒天下之大不韙，用武力來解決問題，他的軍事目的當然並不止於撤換國民黨系的三省都督為已足，他要粉碎國民黨在各省的軍事力量和基礎，同時還借此剷除所有非北洋系和袁系的軍事力量與政治力量，所以袁的最後目的是想達到武力統一全國。
儘管被撤職的江西、安徽和廣東三省都督不準備繼續進行抵抗，可是北洋軍仍按照原定計劃分兩路南下：第一軍軍長段芝貴統率第二師師長王占元、第六師師長李純兩部擔任湖北、江西之線；第二軍包括馮國璋、張勳、雷震春等部（因第二路軍不止是一個軍，所以稱為第二路軍），由馮國璋統率，沿津浦路南下進攻南京。這都是北洋軍的嫡系。段芝貴和馮國璋都是袁的心腹大將，袁心目中的兩個重要棋子，袁心中內定段芝貴是湖北都督，馮國璋是江蘇都督。
江西和南京是北洋軍進兵的兩個主要目標，湖南和上海也是袁用兵的兩個目標，由於北洋軍沒有足夠的兵力配備到各個目標上，因此袁派特務放火焚燬長沙的軍械庫以削弱湖南可能產生的抗袁力量。
7月上旬又派兵乘應瑞、肇和諸艦抵滬，派海軍中將鄭汝成以總執法官名義為統帥，團長就是後來齊盧之戰有名的將領臧致平。這些兵艦運兵到吳淞登陸，以圖控制上海。
北洋軍得寸進尺，咄咄逼人，造成了一種形勢，即使國民黨的不抵抗政策進行到底，國民黨想委曲求全，以合法政黨地位繼續存在也將勢不可能，因為國民黨軍隊必將被北洋軍吞吃掉，國民黨人也將無容身之地了。
李烈鈞是國民黨四個都督中最有實力的，袁最嫉惡李。李被免職後，孫中山派居正、白逾恆、吳鐵城前往南昌慰問，並勸李不受亂命，宣佈獨立。李頗躊躇，認為：「被免了職才起兵討袁，人將以為戀棧挾嫌，豈能言順。」所以決定離江西至上海謁孫中山再作計較，於6月15日經安徽至上海，下榻斜橋路60號。柏文蔚是主張使用武力的，且打算首先在安徽發難，曾密赴上海向孫中山請示。孫因為安徽逼近北方，且可拱衛南京，似不宜先動，最好由湖南、廣東、江西各省先行獨立，迨袁出兵，安徽便可截擊，所以勸阻了柏。柏被袁免職即赴南京昇平橋小住。
李烈鈞在上海分別見到了孫中山、黃興、陳其美等，反覆會商今後對袁應付策略，深感袁當時作法是斬盡殺絕的毒招，既不可理喻，又難以感化，當前只有一途，就是舉兵反抗。黃興這時已派人在南京運動軍隊。李激於義憤，願任首難之責，遂於7月7日自上海輕裝潛返江西，7月8日抵達湖口，召集舊部第九、十兩團，及輜重工程兩營，於7月12日佔領湖口炮台，檄告中外，宣佈獨立。李部混成團團長林虎，自告奮勇，願任九江前敵軍總指揮。第一師師長歐陽武，第二師師長劉世均，贛南第四旅旅長蔡森，均電告整軍備戰。
中華民國2年7月13日，江西省議會公舉李烈鈞為江西討袁軍總司令，慷慨誓師，發佈討袁檄文，略云：
「民國肇造以來，凡吾國民，莫不欲達真正共和目的。袁世凱乘時竊柄，帝制自為。滅絕人道，而暗殺元勳；弁髦約法，而擅借巨款。金錢有靈，即輿論公道可收買！祿位無限，任腹心爪牙之把持。近腹盛暑興師，蹂躪贛省，以兵威劫天下，視吾民若寇仇，實屬有負國民之委託。我國民宜亟起自衛，與天下共擊之！」
這就是民國史上的「二次革命」，也稱「癸丑之役」、「贛寧之役」。
事實上李還未就討袁總司令以前，江西軍便已和北洋軍有了接觸，7月12日晚北洋軍步兵第24團團長張敬堯，已率全團抵贛。12日拂曉，北軍開始攻擊，贛軍以一連應戰，氣壯山河，一舉大捷，俘虜北軍百餘人，擄獲甚多。北軍第12旅旅長馬繼增趕來增援，而贛軍已奏捷後鳴金收兵了。這一戰張敬堯慘敗，贛軍奪獲北軍槍枝百餘支，斃連長一名，排長五名，士兵200餘人，俘虜營副一人。討袁軍只傷了士兵一人。
李烈鈞湖口倡義後，湖南都督譚延-亦宣佈獨立，福建方面師長許崇智亦宣佈起義。福建都督孫道仁猶存觀望，許迫孫，孫不得已乃勉強加入討袁軍。安徽方面柏文蔚交卸都督後，本已至南京小住，當李烈鈞返江西後，柏文蔚亦於7月17日返安徽宣佈獨立，以響應江西，不幸安徽軍師長胡萬泰已被袁世凱收買，反戈對付柏，深夜勒兵圍攻都督府，柏文蔚不及躲避幾遇險，乃出走蕪湖。胡萬泰聯合海陸軍進攻蕪湖，柏力戰不支，慘遭失敗。南京方面，黃興於7月15日據南京組織革命軍宣佈獨立，進兵淮北，江蘇都督程德全棄職走上海。上海方面則由陳其美策劃部署。廣東由都督陳炯明與胡漢民聯合於7月18日宣佈獨立，本擬出兵援贛，但因廣西都督陸榮廷、巡防統領龍濟光為袁收買，廣東受廣西牽制，乃不能出兵。四川方面川軍第三師長熊克武於8月4日組織討袁軍，宣佈獨立。
李烈鈞在江西發動討袁後，孫中山乃急促南京和上海響應，且打算親赴南京主持。黃興覺得戎伍之事非孫中山所長，乃自告奮勇請纓，於7月14日赴南京，臨行急促甚至連其夫人均未通知，直到抵南京後才致書夫人。黃抵寧後，即召集駐南京的第一、第八兩師軍官會於八府塘李鴻章相府，決議組織討袁軍，響應江西。當時南京駐軍中，要塞司令吳紹-，講武堂副長蒲鑒，要塞第二團教練官程鳳章均為袁黨，持反對態度，黃乃捕殺之。遂以江蘇都督程德全名義宣佈獨立，並任命黃興為江蘇討袁軍總司令，組織總部，以黃葆倉為參謀長，許崇灝為參謀主任，秦效魯為籌餉處長，沈縵雲為造幣廠廠長，朱壽頤為接收馬府街袁政府陸軍部倉庫專員，同時檄令駐徐州第三師冷-部堵擊南下袁軍，第一師章梓、第八師陳之驥出兵臨淮關控制要隘，7月15日慷慨誓師。
陳其美在上海計劃討袁時，恰逢蔣中正和張群由日本返滬，陳大喜，即與二人會商軍事，張群主張先攻海軍，蔣則以兵工廠為軍隊命脈，應先奪取兵工廠。陳其美贊成蔣計劃，遂積極部署。蔣曾在辛亥年光復上海時組織軍隊，舊部甚多，後因赴國外考察，乃將一手訓練之部隊交張群統領，張其後又赴英國考察工業，乃移交陳某。這時陳任團長，所率士兵即蔣當年訓練者，今見蔣、張兩位舊主歸來，欣喜若狂，均願接受指揮，於是蔣乃號召舊部，擁陳其美為上海討袁軍總司令。
袁世凱既派海軍中將鄭汝成統率警衛軍1300名駐守高昌廟兵工廠，又派海軍司令李鼎新率黃浦江軍艦協同保護。陳其美宣佈獨立，屢勸鄭汝成讓出高昌廟兵工廠，鄭不答應，陳乃命蔣率所部及鈕永建之一團分道進攻，相持數日，討袁軍因子彈接濟不及，遂告敗北，其後回兵進攻吳淞，也因眾寡不敵，未能獲勝。