當黃興在南京組織討袁軍後，江蘇都督程德全陽為贊成，陰存觀望，於7月17日托病由南京赴上海。迨7月25日，袁軍已攻下江西湖口，程德全乃發出通電，向袁輸誠，電云：「南京獨立，系黃興及第八師師長陳之驥所為，現已另刊關防，召集水陸軍警，亟圖恢復云云。」這時，上海的討袁軍因受外人干涉，司令部被解散，南京無以為恃。馮國璋、張勳乃各率大軍沿津浦路南下，黃興於是功敗垂成，退出南京，陳之驥亦取消獨立，以師長名義維持南京秩序。8月11日何海鳴重組討袁軍於南京，與馮、張兩軍作殊死戰凡20日，9月1日袁軍大舉進攻，何兵外無奧援，孤軍苦戰，困疲萬分，不能再守，南京遂被袁軍攻佔。張勳和他的辮子軍攻城時，曾下令城下之日大掠三日以為獎賞，於是南京城被辮子軍攻下後，遂遭浩劫。
北洋軍對南京的作戰任務，是由張勳部攻打太平門，雷震春部攻打南門，馮國璋部攻打北門。張勳使用掘地道、埋地雷種種方法，轟倒了一段城牆，於9月1日攻進了太平門。城破後，北洋軍放火燒了下關，城內還有三五成群的討袁軍殘部在巷戰，這時的討袁軍總司令何海鳴，躲在馬棚草堆下得以乘機逃脫。從9月1日至3日，張勳大縱兵士任意地姦淫搶劫，他於9月4日才進城。洗城的那三天中，雷震春軍在南門，張勳軍在北門，好像劃分勢力範圍一樣，挨家挨戶地燒殺搶擄，上自天花板，下至陰溝都不放過。許多婦女投秦淮河自殺。由於討袁軍總司令黃興是湖南人，堅守南京的部隊也絕大部分是湖南人，因此張勳對湖南人恨得最厲害，湖南會館先被查封，湖南人被殺的也不計其數。在搶劫過程中，城內大街小巷出現了各式各樣的怪現象，有些兵士脫下軍衣，把步槍當作扁擔來搬走他們的「戰利品」，有的強迫人力車替他們搬運，有的則因搶奪贓物而互相槍擊。張勳雖然打了一次勝仗，可是等到士兵們歸隊點名時，卻少了很多，這些士兵不是戰死而是失蹤，他們為什麼失蹤呢？原來他們打完了仗，老總們都飽擄滿載，發了一筆不小的財，於是他們便開小差回家去享福了。
南京市民用罷市運動來抗議辮子軍的罪行，張勳用武力對付，強迫商人開市，他認為開門七件事最要緊，乃勒令柴、米、油、鹽、醬、醋、茶店舖首先開門，其餘的則一概不理。
9月9日，滬寧火車首次通車，南京市民們扶老攜幼，不約而同地都趕到火車站，想搭車離京，以逃避辮子軍暗無天日的洗劫。火車站上人山人海，擁擠不堪，人人都爭先恐後要離開南京這座黑地獄。因為辮子軍在南京的洗劫，毫無終止的跡象，同時又聽說張勳且要駐節南京，遂使南京市民們一傳十、十傳百，這是由於張勳過去治理南京的餘悸還深印在大家心上。
提起張勳實在是中國近代史上的一個怪物，他的辮子軍殺人放火無所不為。當清帝退位前，他曾率軍勤王，勤王軍在天津被洋兵擋阻，他才怏怏回到德州。這次聽到革命黨又在南京「造反」，「袁宮保」又要和革命軍打仗，他乃自告奮勇率兵剿「匪」。袁派他會同馮國璋攻南京，這正給他恢復自己因辛亥革命而失去的江南地盤的大好機會。
張勳和辮子軍攻下南京後，大肆洗劫，使到天愁地暗，中外震動，連袁世凱聽了也為之驚訝，於是發電給南京各軍師，全電如下：
「閱路透電，稱南京城內住宅商店，茅舍草屋，無不被搶，婦女老小貧富，多被姦淫，其餘均入外人家避難，各軍皆然，而張部藍衣兵實佔多數。各官長目睹不理，所謂不傷一人，不驚一戶之宣告，完全背棄。日本民居，亦多被害，有自日領署出者，被兵槍斃三人，受傷一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此強暴行為，如果盡確，則是喪盡名譽，大干軍律。查各國軍人素尚文明，即俘虜亦無凌虐。吾國削平內亂，自殘同類，已屬可矜，況無辜良民，久困匪中，日望援救，聞者墜淚，見者痛心。若以盜賊之行為，尤而效之，各國傳佈報紙，目為野蠻，於立國大勢，所關非細。且亂黨乘間抵隙，執為口實，更足以煽動人心，東南大局，何時可定？各弁目等，誰無身家妻子，入伍為兵，退伍即民，易地以觀，忍乎不忍？民納稅以給餉，兵出力以衛民，不能衛之，而反擾之，天良何在？為之官長者，目睹何忍？本大總統治軍數十載，素以保民為宗旨，聞此情形，不禁泣下。仰即傳集各該官長，剴切誥誡，並明查暗訪，得有奸搶實據，立按軍法嚴辦，以期湔洗於萬一。至保護外人生命財產，更屬文明通例，尤應格外留意，勿因細故，敗壞大局為要。」
張勳復袁電一：「大總統鈞鑒：魚電謹悉。此次南京城下之日，各軍爭功，蜂擁而進，與匪軍巷戰一二晝夜，全城鼎沸，子彈紛馳。嗣後匪軍逃竄，乘機搶掠，土匪助虐，益肆凶殘，多有假冒官軍情事。當此之時，秩序已紊，加以各軍號令不一，非以嚴刑，難期整飭。勳因破除情面，隨派幹練弁兵，巡行街市，隨地正法者二百餘名，截留衣物無算。然後始得漸就平復，此金陵各國旅居洋人之所共見。今路透電，乃以藍衣兵獨佔多數為言。查勳軍入城，僅佔東北一隅，此處荒僻，民戶無多，其餘各處繁盛之區，均由各軍分扎，孰搶孰否，不難按戶而稽。且前次我軍奪取天保城各要隘時，匪軍屢次喬扮勳軍裝服，希圖混進。且藍衣之說，亦難據為確實證據，亦何所用其回護。應請簡派公正大員來寧，親赴被難之家，確實調查，以昭信讞，而全軍譽。」
張勳雖復電給袁，推卸洗劫南京的責任，可是辮子軍的暴行，中外目睹，所以袁世凱和北京參謀本部、陸軍部都來電徹查，使他也極為傷腦筋，不得不再二再三申復。下面是張勳的第二、第三次給袁復電：
張勳復袁電二：「大總統鈞鑒：拱密。參陸西部陽電，傳奉鈞令，敬悉。此次南京倡亂獨立，城內閭閻，本已重遭糜爛，迨及城下之日，諸軍萃集，巷戰連朝，土匪潰軍，乘機焚掠，於時秩序已紊，諸統將專事殺敵，兼顧難周。一二不法軍人，趁各軍號令尚未統一之際，繼匪軍劫掠之餘，見物輒取，固所不免，當經派員率隊巡行街市，但見有持挾衣物搶掠者，無論軍匪，概行立地正法。計共斬決二百餘名，截留衣物無算，均交商會分別給主認領，並將約束不嚴之該管官弁斥革。中外商民，皆所共見。現仍會同諸軍竭力稽查，認真根究，務得實犯，嚴加懲辦。謹此復陳，伏乞垂察。」
張勳復袁電三：「大總統鈞鑒：魚日電諭敬悉。重承責問，滋切悚皇。此次叛兵佔據金陵，反覆哄爭，閉關自毒，地方秩序，業已破壞不堪。迨海陸各軍，會合圍攻，全城均當戰線，攻者愈力，守者愈堅，居民遷徙避藏，受無妄之災者亦愈眾。既而逆首知勢不敵，竄匿無蹤，合數萬之悍賊驍匪，以及失業遊民，麇集一隅，漫無約束，其任意勒索，多方蹂躪，人言鑿鑿，聞者寒心。勳等逆料及此，迭經通飭營隊，曉諭軍人，務以恪守紀律，不擾善良為第一要義。復傳集各官長剴切告誡，不啻三令五申。惟民匪同困重圍，本屬斷腕求瘳之計。若戰鬥中而復責以保護，智勇俱難為力。堅城既破，我軍如牆而進，肉搏衝鋒，賊匪梗頑，尚在竭力抵禦，黠者褫裝棄械，隨處搜括，紛紛潰逃。地痞流氓，爭取所遺衣械，遂得假冒兵士，乘機劫奪，快意須臾。與勳前攻天保城時，叛軍多草帽藍衣，希圖擾亂伎倆，如出一轍。賊倡其先，匪踵其後，荒衢僻巷，亦幾十室九空。其時我軍師旅團營，參伍綜錯，注重佔領要隘，警備非常，不能遽爾分兵四出剿捕。營壘粗就，始得派遣游騎周匡偵巡，餘孽漸次肅清，而公私已蕩然盡矣。勳等馳入寧垣，察視情形，雖不至如路透電所云之甚，然瘡痍遍地，目擊心傷。一面會同出示招集流亡，並分別嚴申軍令，拿獲搶劫之犯，隨時立正典刑，兵士間有取攜，亦揮涕斬殉不少寬假。連日捕殺約百餘人，所有贓物，概發商會招領，市面略定，人心少安。勳與國璋，督師分道南來，既未能不戰而屈人，又無從臨戰而弭禍，彷徨中夜，內疚良多。而路透電竟以賊匪強暴慘虐之行為，獨使我軍蒙其重謗，不惟勳等難甘默認，即全軍官長均受有完全教育，詎肯明知故縱，棄隳身名。事實始終，歷歷在目，固非一人一時之言所得掩飾，又豈容悠悠詆毀，淆惑聽聞。應請大總統派員來寧，切實調查，秉公核辦，以息謠諑，而定是非。冒瀆鈞聰，伏希垂鑒。」
袁世凱在癸丑之役陸續擊潰了革命軍後，就頒發了大批勳章和晉級命令。張勳得到勳一位和江蘇都督。袁的本意是要把江蘇都督給他的親信馮國璋的，可是這次南京之戰，首先攻城的，是張勳所統的辮子軍，為了表示大公無私，和嘉獎有功，便不得不改變計劃，把江蘇都督給了張勳。因此，馮國璋在收編南京城內外的討袁軍殘部後，便一聲不響地率領他的部隊渡江而去。
張勳做了江蘇都督後，偌大的一個南京城立刻就看不到一點民國氣象，完全恢復清代的氣氛。他絕對不准他的兵士們剪掉辮子，因為辮子已成他的軍隊的特別標誌。他看見穿西裝剪短頭髮的人就生氣，看見留辮子的就引為同志，於是，南京城內突然流行起拖辮子，扎假辮子的風氣盛行一時。他絕對不許用「前清」字樣，他認為在他統治下的區域，應該仍是「大清天下」。
江蘇都督府的大柱和棟樑他都塗上一道朱紅色，把舊兩江總督時代的吹鼓手和炮手都找了回來，每天開吹三次，開炮三次。這一切都是清代的官制和排場。他不但恢復了厘捐總辦、糧台總辦、督銷總辦、道台、知府、知縣等等，而且一切都是「扎委」。南京城內就有一個知府「江寧府楊」，和兩個知縣「江寧縣左」、「上元縣沈」。知縣的衙門裡恢復了刑名老夫子、差快等等。縣太爺坐堂，恢復了籐條、小條等刑具。南京城內大小官員們都拖著辮子，打轎子上院，謁見時要先遞手本，見了「大帥」要行跪拜禮，要自稱卑職。所有這一切都是兩江總督衙門的規矩。
辛亥起義，張勳被江浙聯軍趕出南京城時，城內警察曾經歡迎革命軍人入城，張勳因此記恨在心，這次他收復了南京後，首先把所有的南京城內的警察一齊革職，用辮子兵代替警察站崗，然後從北方招了一批北洋警察來。辮子兵的各營都用龍頭令箭，官長們則穿的是清代的藍制服，軍營中不許懸掛中華民國的軍旗，而要懸掛紅色白邊的蜈蚣旗。民國的國旗也不許懸掛，江蘇都督府門前大桅桿上掛的是一個斗大的「張」字紅旗。所有這些怪現象，袁都裝做不曾曉得，可是外國使節們對此非常驚訝，他們曾質問南京城不掛民國國旗的原因。袁待外國人抗議了，才打電報責備張勳不該禁止懸掛國旗。
9月17日，南京城內才有五色國旗出現。
當張勳在南京胡鬧時，辮子兵亂燒、亂殺、亂搶，無所不為。有一天殺錯了人，殺傷了三個日本人，日本全國為之震動，軍人們竟向日本外相牧野請願出兵中國。日本駐華公使山座向袁政府提出了嚴重抗議，要求中國政府向日本謝罪，同時黜免張勳。袁派張勳的同鄉李盛鐸到南京來調查，李勸張對日本人讓步，以免引起兩國關係惡化。張乃和日本駐南京領事船津直接談判，談判的結果是張勳親自到日本領事館道歉（9月28日），日本放棄了要求撤換張勳的要求。可是日本問題雖告解決，美國和英國也一而再提出了撤換張勳的要求。由於外國人有這樣的要求，正好給袁撤換張勳的好借口，何況袁這時在外交上正親美英，使他對美國和英國的建議愈加認真。10月上旬，他派張勳的老友阮忠樞前來南京，把外交團的意見委婉地告訴張勳，要他自動辭職，以免引起外交上的更大壓力。
張勳正興高采烈做他的「兩江總督」，聽了阮忠樞的話，直氣得一佛出世，二佛升天，跺著腳說：「我的這個印把子，是拿自己的性命拼來的，袁宮保要怎辦就怎辦，用不著拿洋人來嚇唬我，也用不著勞你的大駕來勸我。」阮敗興而歸，把張的一切回報了袁。袁對這位張辮帥也有點傷腦筋，又派李盛鐸、劉恩源、錢能訓、段芝貴陸續前往南京勸張，接受新命——長江巡閱使。段芝貴最長辭令，他說：「總統確有苦衷，不願意惹起外交上困難。」然後他傳達袁的意旨，請張改任長江巡閱使，他描繪巡閱使在官職上是比都督大一級，都督只管一省的軍事，而巡閱使卻管好幾省的軍事。
張果然動心了，同時他也沒有能力敢於抗命，於是提出了三個調職條件：一是他在江蘇都督任內開支的65萬元准予報銷；二是調職後請再撥開拔費50萬元；三是他奉調長江巡閱使必需有實際的權力，要節制湖南、湖北、江西、安徽、江蘇五省的水上警察。
段芝貴把張勳的條件回報給袁，袁毫不考慮便全部接受。12月16日，袁發表了新的人事命令，調張勳為長江巡閱使，任命馮國璋為江蘇都督。巡閱使這個官位，在袁最初的意思，也同於屯墾使、檢查使之類，徒有空名的大頭銜，怎知張勳手中有兵，又預約了條件就職，於是巡閱使這個官位後來竟成為凌駕都督之上，割據數省的大軍閥。
在二次革命期間，浙江都督朱瑞是中立的。朱瑞，字介人，武昌起義後，他是清軍協統，領導浙軍，參加江浙聯軍攻打南京，負責進攻紫金山，因為沒有大炮，所以攻打不下。滬軍都督陳英士的參謀丁懷瑾率領滬軍先鋒隊助攻，特自上海討來炮兵一隊，並使用江邊炮台，發炮三枚入城，目標地是城內北極閣，恰遇兩江總督張人俊、提督張勳及各司道在北極閣會議，聞炮聲駭散，不二日，道員江某和英領事奉命懸白旗向革命軍要求停戰，南京遂告光復。丁懷瑾有詩紀事，中有句云：「兩張（即張人俊和張勳）心膽應驚碎，一炮聲威欲避難。」
民國成立，朱瑞任浙江都督，二次革命時，朱瑞和雲南都督蔡鍔都是宣告中立的。
朱瑞雖然保持中立，袁對中立的也要整肅，因此，他於9月25日電令朱瑞剋日來京商洽要公。朱奉到電報，乃遄赴北京，換了一套軍服，按照疆吏入覲大總統的儀式，在總統府承啟處等候召喚。忽然有一個承啟官悄悄走到朱身邊說：「總統吩咐，朱都督是自己人，不要拘泥形跡，請換便衣來見。」朱聽了就站起身要回去換裝，又被承啟官加以阻止，同時引領他走進一間更衣室，拿出一套現制的狐皮袍子和馬褂給朱，朱穿上身，對著鏡子一照，簡直是「增之一分則長，減之一分則短」，完全好像量了身訂做的。承啟官恭而敬之地說：「總統知道朱都督初次來京，一定還沒有訂製，所以先給您準備的。」朱還來不及說謝字，承啟官已把他領到了居仁堂，一個矮矮胖胖須胡皆白的老頭子，和顏悅色地坐在大廳的中間，也穿著一套狐皮袍子和馬褂，顏色、花樣、質料都和朱身上的那套一式一樣。朱還是初次謁見袁，他知道這位老頭便是威名赫赫的袁大總統，緊張得連話也說不出，那料到這位大總統卻像老熟人一樣，請他就坐，然後東南西北，海闊天空地胡扯一通，談到高興時則哈哈大笑，使得朱慢慢地鬆弛了緊張情緒。朱正感輕鬆時，袁突然把話題轉到南方討袁運動，並出其不意地問朱：「介人（朱瑞字）你若是反對我，就應該宣佈獨立，若是反對敵黨，就該明白表示，你宣告中立是何用意？」朱對這問題顯現得很為難，一句話也答不出來。袁看出朱很窘，馬上用別的話岔開，臉上也一直和善而親切，好像對朱中立這問題毫不介意，談到末了，站起身來說：「你應該早點回去，地方治安要緊。」
過了幾天，朱瑞仍然穿了袁所賜狐皮袍子和馬褂到總統府向總統辭行，到了總統府後，氣象為之一變，三步一哨，五步一崗，戒備嚴密，像在進行大典一樣。朱走進了居仁堂，那兒也站滿了全身披掛的武裝士兵，袁世凱穿了一套金邊耀眼的大元帥服，巍然高坐，還沒待朱開口，袁便聲色俱厲地告誡了朱一場，什麼「軍人不可無紀律」，「軍人應以服從為天職」。這一番話完全是長官訓斥部下的口吻，朱在下面所了，嚇得一個字也說不出，頭也不敢抬起來，渾身淌著大汗，內衣內褲都濕透了。
朱這次在北京，就只見了袁兩次，兩次的見面徹底相反，弄得朱如同丈二金剛，摸不著頭腦。
袁慣會做戲以玩弄他的部下，「懷之以德，然後臨之以威」，使得他的部下很吃他這一套手法。
和朱瑞採取中立立場的，還有雲南都督蔡鍔。
袁於民國2年9月25日下了一道命令：「蔡鍔准給病假三月，著來京調養。調唐繼堯署理雲南都督。派劉顯世為貴州護軍使。」
蔡鍔於10月10日把都督印信交由軍長謝汝翼代管，沒有和任何人告別，悄悄地離開了美麗而四季如春的昆明。民政長羅佩金也隨他離滇。本來袁對雲南有鞭長莫及之苦，現在袁軍事上已膨脹至長江以南，聲勢上已統一了全國，因此就不把雲南放在眼中，所以他用給假三月來調蔡鍔入京。
蔡鍔到了北京，袁依樣葫蘆，用對付朱瑞那套戲法來對付蔡。可是蔡鍔不是朱瑞，他有膽有識，頭腦又冷靜，意志又堅強，因此袁的戲法在蔡身上完全不發生作用，袁真的也好，假的也好，蔡根本完全置之不理。袁拿這個「寶古老」（湖南人稱寶慶人為寶古老）沒有辦法，深感難於對付，因此不放他離京，並且派密探監視蔡的一舉一動。
袁本來有一個計劃下蔡的毒手，製造了一份假情報，誣蔑蔡在雲南計劃脫離中國版圖，另建一國，自封為「大漢王」。袁在這個假情報上親批「應查」兩個字歸檔。這個舉動是寓有深意的，因為他發覺蔡是個長於治軍而嚴肅不苟的人，很想爭取蔡為心腹幹部，如果蔡在雲南抗命不交出都督大印，或是不就範聽話，他便隨時可以抽出這件檔案來加蔡一個叛國罪名，這就是所謂「不用則殺」的辦法。
蔡在北京期間，袁派為陸軍部編譯處副總裁，總裁是段祺瑞。11月奉派與李經羲、梁敦彥、樊增祥、寶熙、馬良、楊度、趙惟熙等組織政治會議，李經羲為會長，又和閻錫山、張紹曾、尹昌衡、蔣方震等11人組織軍事研究會。
當國民黨二次革命失敗後，有一件政治秘密，除了極少數袁的親信外，是很少有人知道的。原來袁在對南方用兵前，就決定要逐步進行「廢省改道」的計劃。這個計劃是廢除省一級，而以省以下的道（一省可以分為幾個道）為地方行政的最高單位。道設道尹管理民政，又設鎮守使管理軍政。這個計劃準備先在幾個省區實行，然後全面推廣，達到全國廢省改道的目的。為什麼他要決定這樣一個縮小行政區域的計劃呢？他是為了避免藩鎮之禍。他在用兵初期，就不露聲色地進行這個計劃，他任命李純為江西護軍使、王占元為湖南護軍使、張勳為江北鎮撫使、倪嗣沖為皖北鎮守使、龍濟光為廣東鎮守使。這一連串的人事命令中沒有一個都督名義，他初意在這些地區都不設立都督。此外黑龍江只有護軍使朱慶瀾，後來貴州都督唐繼堯調任雲南都督後，也只提升劉顯世為貴州護軍使而不給以都督名義，福建都督劉冠雄調任海軍總長後，就派李厚基以鎮守使名義統率該省軍隊，這三省不設都督，就是先廢都督以達到第二步廢省設道的目的。
可是，袁這個計劃對北洋系軍人來說，是遭受到徹底反對的。他們過去「只知有袁宮保，而不知有大清朝」，後來「只知有袁大總統，而不知有民國」，他們所以如此，是為了「水漲船高」，「大哥做皇帝，把弟是一字並肩王」，袁利用他們打天下，他們則利用袁作為個人取得功名富貴的橋樑。
在對南方用兵開始時，就有人勸袁對廢省廢督問題不應操之過急，因為可能影響到前方將領的士氣。袁自然更懂得這個道理。待到南方軍事勝利後，又有人勸他不能執行這個計劃，因為統一的局面還不夠穩定，如果使到北洋軍將領情緒低落，豈不是給了國民黨重振旗鼓的大好機會，因為這一個做法是降低北洋軍人的地位和削減他們權力，在天下未徹底穩定以前，是需要從長計議的。於是這個計劃便無限期地拖延下去了。
秘密逐漸洩漏了，慢慢地傳到北洋系軍人耳中，他們開始對他們的「老頭子」不滿了，於是大家都抓緊了自己的軍隊，並且在大圈圈中（北洋系）製造小圈圈（後來的安福系、奉系、直系、皖系等等）。凡是牽涉到有關利害權位問題時，他們對袁並不完全服從，同時採取強硬的態度，如張勳調離南京時提出條件就是一個例子。
袁在贛寧之役戰勝國民黨後，表面上他是統一了中國，軍事力量由北方達到了南方，可是也就是從此開始，北洋軍系已不是可以稱心如意，由他擺佈。他在外形上好像是威望提高了，其實他的控制力卻相對地減弱了。