元年2月29日晚上的北京城，突然槍聲四起，只見許多身穿灰色軍服的兵，到處搶劫，首先受難的是正陽門一帶。這時南方迎袁專使們正酬應完畢，回到迎賓館，忽然人聲鼎沸，槍彈橫飛，血紅的火光浮在窗面，人們奔走相告，說是兵變了。為什麼會兵變呢？大家異口同聲說是由於北方駐軍反對「袁宮保」南下，反對專使們搶走他們的衣食父母，所以懷恨作亂。專使們聽到這個消息，不由不信，乃倉皇檢拾細軟，匆匆趕到六國飯店避難。
兵變的部隊是第三鎮。第三鎮是北洋軍的主力，段祺瑞便曾兩任該鎮的統制，後來則由曹錕接掌。曹錕據說是袁身邊的「趙子龍」，打娘子關叫他去，打灤州也叫他去。他每次謁見「袁宮保」時，都是筆挺挺地站立著，叫他坐他從不敢坐。袁對他講話，他除了「是……是……」之外，不敢多說一個字。袁平素對段、馮都禮貌有加，獨對曹則不假詞色。按照當時官場習慣，若長官對屬員很客氣，就是不把他當作親信人，相反如果長官對部下越不客氣，罵得越厲害，則這人一定是「聖眷甚隆」。所以當時有人便以挨罵的多寡，做為自己陞官快慢的溫度表，每挨一次罵便欣欣然有喜色，且奔走告人說：「我今天又挨罵了！」旁邊人也為其高興，且祝賀說：「恭喜，恭喜閣下不日就要騰達了。」依照這個習慣，曹錕是北洋三傑以外最重要的一個人。
第三鎮兵變時，統制曹錕亦在北京，兵變原因雖然很多，但最主要的一點是不願袁世凱南下，所以當時或是事後的輿論都把這次兵變的主使人推在袁的身上。究竟是不是袁，一直是史家爭論的重點。作者認為袁對兵變絕對有責任，或者有縱放，但決不會主使。道理很簡單，袁當時已被南京參議院尊為中國華盛頓，他能獲選為中國臨時大總統，最主要的原因就是他代表「安定力量」，不只國內人心如此，即國際間亦認為袁是動亂中國的「安定力量」。袁的聰明智慧怎會不瞭解這一點。至於袁反對建都南京，當時反對最激烈的是同盟會中的巨頭宋教仁、章炳麟，而武昌的黎元洪也主張建都北京，加上參議院投票決定國都地點時，亦可看出多數反對南京。因此袁可以使用其他方法達成不南行的願望，用不著策動兵變。袁是搞軍隊起家的人，當然明白兵變這玩意不能隨便玩，玩兵變等於玩火，星星之火可以燎原，能放火不一定就能熄火。
還有最重要一點，兵變一發生，很容易招致國際干涉，尤其是日本正處心積慮，主張將中國分而食之。袁是個野心家，但他決不會甘願製造外人干涉瓜分中國的借口。
不過袁當然願意軍隊表示一點行動，適可而止，使自己不能離開北京的借口有事實證明。
至於北洋軍在此時鬧兵變，是有其背景的。
馮國璋在統率北洋軍攻克漢口、漢陽時，漢口曾遭北軍洗劫，房屋盡毀，積屍日曝，野狗宵鳴。當時有一位記者曾問北洋軍士說：「大家都說你們搶掠，有沒有這事？」兵士說：「有的，我們不搶就沒得吃了。革命軍到處受人歡迎，家家奉獻食物；而我輩到來，老百姓堅壁清野，甚至用錢買東西都買不到，我們不搶怎麼辦？」由這一段對話可以看出當時北洋軍的處境。
北洋軍在漢口的暴行，曾受中外輿論嚴厲的指責，加上清帝退位以前，與革命軍作戰的，幾乎全是北洋軍。清帝退位，革命成功，南方公私團體不時以文電揭發北軍抵抗民軍的罪狀。袁世凱當選總統後，竟有解散北洋軍的謠傳，於是勢傾一時的北洋軍，內心既失望又疑懼。其實和議以前，北方秘使廖少游和黃興代表曾簽有一個草約，其中特別註明：「南北漢軍出力將士各享其應得之優待，並不負戰時害敵之責任。」這本可以算為保證。可是這是個秘密條款，未被公開，公開流行的，多是不利於北軍的謠言，因此兵變時，亂兵一邊搶掠一邊嚷著說：「不成了，不成了，國家用不著我們了，我們乘早搞點盤纏回家吧。」
第三鎮士兵嘩變的直接起因是裁餉，原來當時陸軍部所定的營制餉章，凡出征出防將士，照例自起程之日起加給津貼，以慰勞武士，優待征夫，事平後仍回原防，回防即無津貼。辛亥起義後，北洋軍第一、第四鎮奉令開赴前線，按照餉章每兵每月加發一兩津貼。第三鎮由長春開赴北京防衛，亦照出征慣例加發津貼。和議達成，二、四兩鎮回防，於是照章裁餉。第三鎮仍在北京並未回原駐防區長春，所以不在裁餉之列，不知怎的傳說第三鎮也要裁餉，兵士遂以訛傳訛。
2月29日晚八時，第三鎮士兵在朝陽門外東嶽廟嘩變，先在朝陽門外劫掠果攤食鋪，後與朝陽門內變兵會合，分頭搶掠，凡金銀錢鋪首飾店、飯館及洋雜貨鋪全遭洗劫，並火焚東安市場、東四牌樓等處，受災區域之慘尤勝於庚子八國聯軍。兵變前後綿延三日。兵變的第二天3月1日下午4時，袁世凱在迎賓館（袁當選總統後改為總統府）召集北京高級軍政首長會議，決定立即採取行動制止亂事蔓延，除照章補發未變各軍應領之欠餉外，另派陸建章、曹錕等分赴各部隊駐紮所剴切開導，同時令飭毅軍隨時緝捕再圖逞亂兵士。毅軍統領姜桂題奉令後，親率衛隊四出彈壓，遇見亂兵任意搶劫者，立即格殺。
2月29日北京兵變之晚，南京迎袁專使下榻之招待所內亦受騷擾。亂兵持槍毀門而入，招待所內衛兵措手不及，無法阻擋，南來諸人只得分路避去。蔡元培、汪兆銘、范績熙人一僻室，閉門熄燈靜坐以待，亂兵在所內遍處擄掠，志不在人，飽劫而去。蔡元培等見亂勢繼續擴大，乃潛赴美國友人格林家小住。格林慇勤招待，借住一宿，第二天即由美領館派人護送至六國飯店。中午時間，王正廷、王景春、鈕永建、黃愷元、魏宸組、宋教仁、劉冠雄、陳乙白均陸續趕到，大家交換消息，才知招待所已遭洗劫一空，南來諸人的文件衣物已蕩然無存。
3月2日，蔡元培等致電南京臨時政府及臨時參議院，認為「速建統一政府為今日最要問題，余可遷就，以定大局」。迎袁專使態度的改變，並不是受兵變的威脅，而是感到北方局勢的嚴重。北方有北方的許多問題，南方的人是無法瞭解的。這兒作者節錄一封賀良樸先生致蔡元培的信，這封信相當深刻，他不是替袁講話，而是道出了北方的心聲：
「……諸君北來，歡迎之聲未終，愁慘之氣大作。二十九日北京變亂，使京華薈萃之區付之一炬，未幾而禍延天津，未幾而殃及保定。議者莫不歸咎項城，謂其事先既疏於防範，臨時復失於寬縱，養奸長亂，辜望喪威，莫此為甚，項城之咎無可辭矣。然僕尤不能不咎南中諸君子爭執都會地點，未免稍存意氣之私……洎乎專使南行，討論大局，彌月相持，要約寡效，暗殺之機四伏，決死之隊爭先，宗社之黨乘間構煽，桀黠之將擁兵恫-，禁軍則意存左袒，藩服則勢將分崩，朝野張皇，大局震撼。已而共和密定，宣佈猶遲，增調重兵，集於禁近，人心滋懼，一夕數驚，然未聞北京有變亂之事也。夫北京亂事不起於民軍逼迫與國體變更之時，乃於共和宣佈以後，舉國欣欣想望太平，而有此奇變，此其故大可思也。首都不定，國會未開，政府無統一之機關，總統無操縱之權力……總統南行與首都南遷之議日騰於報章，人心愈搖，奸宄思逞，卒至一朝潰裂，竟出自項城所信任最愛重之軍人……即以兵變而言，使因都會地點之爭久持不決，恐將來東南各省兵變之禍更有甚於北方者。何則？北方各鎮之兵團訓練有年，素服項城之節制者，然橫決若此，今各省民軍皆旦夕召募而來，從未受軍事教育也，彼於其主將又非素有恩信之感孚也，集數十百萬無教之民鼓以革命，則彼亦曰革命有功名富貴之望，今既宣佈共和，弭兵息戰解甲歸田之期近，富貴功名亦已無望矣，計維在上者之厚為資遺耳。南京臨時政府暨各省之財力定有餘裕，若聽此數十百萬人逍遙河上，餉盡財空，遣散無術，恐一旦嘩然潰亂，挾其堅利機械縱橫於通都大邑之中，生靈荼毒之禍尚忍言哉。……」
兵變後的北京，約有一個星期都是淒涼滿目，白天的街市如黑夜一樣，店舖住家關門閉戶，路上只有巡邏的兵士和站崗的警察以及棄置的死屍，此外則是外國兵士騰馬往來。間中有外國記者沿路拍照，蕭條零落有如死市。首善之區變為瓦礫之場，窮民嗷嗷待哺，有錢人則雖以加倍的金錢也買不到食物。警廳頒令6點後禁止行人，8點鐘後交通即停頓，入夜路燈不明，繁華的北京城成了黑暗世界。內城被劫4000餘家，外城被劫600餘家。
在這場大動亂中，有很多花邊新聞，特錄載於後：
朝陽門內竹竿巷王君，是在度支部當司員（等於現在財政部的科員），二十九日晚間有亂兵十五人叩門而入，王君延之上座，款以酒，其中一兵士操山東口音說：「俺們這回子搗亂實在是給逼出來的，你老要是有富餘錢借給俺們作些盤纏，俺在山東曹州府居住，過些日子你老到俺那小地界兒去，俺一定加倍的奉還，這回可實在對不起的緊。」言訖張嘴大笑，王某即坦白的答說：「我本是一個窮京官，生平亦不作守財虜，所以身無餘蓄，恰巧昨日領到薪水，原封未動，諸位既然賞面枉駕，特奉上薪水袋，請勿見笑。」遂以銀元數十枚衣四套相贈，亂兵稱謝而去，午夜又折返，把一個大包袱付與王君的傭人，並且說：「些小意思，留著你們用吧！」王君打開包袱一看，乃是襪子數十雙。
四條胡同義豐錢鋪關閉甚嚴，亂兵來擾，攻門不得破，於是肩接攀爬登牆。錢鋪主人知不能免，乃開門揖入，亂兵蜂湧進門，四處搜掠，擄獲銀元無數，並找一人力車來掩藏，車伕亦乘機取若干置於懷中。亂兵欲壑已填，才相繼走出，其中有一人好似隊長，還向鋪主人告辭，主人躬送之出，隊長向主人打一拱說：「借光借光！」鋪主人亦答禮說：「勞駕勞駕！」
三里河一家洋廣貨鋪，在兵變前一天，有第三鎮兵數人前往購貨，貨款值數十銀元，可是兵士們所帶的錢不及一半，甚為難堪，店主人很大方的說：「老總們拿去吧！這回全國到處作亂，北京獨獨無恙，都是各位老總的力量保護我們，這一點錢太少了，您們何必計較。」士兵們稱謝取貨而去。第二天兵變，有街裡無賴領了兵過三里河欲搶擄這家鋪店，突有兵士三五衝了出來，大聲的說：「這家鋪店對我們當兵的最好，誰敢侵犯他們，我們將以死力保護。」結果這家洋廣貨鋪終告無恙。
兵變由北京擴及天津、保定和豐台，天津的洗劫較北京尤烈。保定亂後幾乎沒有居民。豐台本為小地方，不過是交通要道，因此過往行人受害最慘。
天津於三月二日清晨即不穩，直隸總督署衛隊和北段巡警以及張懷芝所帶的巡防營醞釀兵變，下午三四點鐘在通衢街市即見有灰色衣-，頭紮黑巾的營兵，三五成群的和巡警聚語。晚上八點，北京火車開到，車上跳下亂兵四五十人，一下車即亂放一陣排槍，新火車站於是起火，接著大胡同、老洋錢廠、造幣廠等同時著火，槍聲四應，各繁盛街市富商大賈和新舊洋錢廠均遭焚掠，先是兵，後是匪，還雜以少數巡警，沿街挨戶搶掠。北京亂兵陸續到天津，前後共達二千餘人，正式搶掠，頗有組織。在三月二日晚間，以鳴銅管線槍為號，第一次鳴銅管是準備，第二次鳴銅管即砸搶各商店，第三次鳴銅管便將細軟一律搶齊，劫奪火車開往東三省。二日午夜維持秩序的巡警捕獲亂兵和匪徒四百餘名，三日晨在東馬路處斬，三日午後再提出十二名搶匪在北門處斬，天津華界人心才告安定。
亂起的時候，電車尚開行，可是在北馬路官銀號前，突有亂兵開槍向電車轟擊，於是所有電車均告停駛，而人力車伕亦有棄車參加行劫者。因此，天津華界居民欲遷入租界避難，都雇不到人力車搬運貨物，只好扶老攜幼，肩背手提，甚為狼狽。據事後統計，天津因屬商業城市，所以商民的損失比起北京來，實在巨大得多。
保定在三月一日即有變象。保定是個駐軍區域，駐軍垂涎保定之富，早有蠢動之意，因此一觸即發。開始是淮軍和一個剪短髮的人口角，然後淮軍出動搜捕短髮人，駐東關的第二鎮兵士乘機肇亂，以煤油將城門燒燬，到處搶掠燒殺，風大火大，西街被禍最慘，由西門至二道口一帶都成灰燼，滿城槍聲如爆竹，哭聲徹天，十室九空，連各醫院所存衣物均遭洗劫。自三月一日至五日，連續遭難，瘡痍滿目，瓦礫如山，且蔓延至附近十數縣。
保定東關子火藥庫儲存快槍七萬餘桿，子彈不計其數，均被搶去。淮軍亂兵搶劫藩庫存款五萬餘，並燒燬各司道廳。當變亂還未開始時，亂兵曾邀約毅軍同搶，毅軍未允，其後毅軍則出力剿捕亂兵。
豐台遭難是在三月一日午夜，由於第三鎮潰兵由北京乘車至豐台，在豐台亦有第三鎮駐兵二千餘人，還有自天津趕來的亂兵加入，於一日晚十一時起事，豐台鎮居民鋪戶及洋商新泰興平和洋行等均被搶擄一空。第二天有火車開抵，車上行李貨物及旅客隨身所攜各物也均遭洗劫。
袁世凱處理兵變的緊急措施是宣佈戒嚴，並令毅軍出動，緝捕亂兵。由於第三鎮第九標的士兵已潰散，乃調第十標兵入京，保衛總統府，調第六鎮的兩營兵來京，分駐祿米倉、羊儀賓胡同、總布胡同等處。另將駐小站的巡防營調京以資彈壓。同時把第三鎮的兵一部分調至琉璃河和良鄉，一部分開拔到山西，責成統制曹錕認真約束。另調駐彰德的武衛後軍王有祥、武衛中軍王汝賢、武衛右軍劉金標率部入京。
這時徐州的駐軍擬由陸路北上，煙台的駐軍欲由海路北上，駐湯河的第廿鎮兵也打算拔隊進京，有人還建議調藍天蔚帶兵進京。可是統籌京師治安的最高首長民政首領趙秉鈞（趙原任民政大臣，這時袁尚未就任民國大總統，因此所有北京各部首長都暫稱首領），認為京師萬萬不可再增加軍隊，趙表示願獨負保護京師地方之責，於是調藍天蔚之議始寢。袁世凱並派陸軍參謀王培寬馳赴湯河，阻止廿鎮兵進京之行動。
並令第一鎮馬步兵六營駐軍南苑、北苑以資鎮懾。
在大變亂中，清的皇城全部由禁衛軍負責保衛，防守頤和園、地安門、東華門、西華門各處，由於防衛得力，使甫告退位的清皇室未受到騷擾，連清王公奕-、載灃、載澤、載洵、載濤的府第均未受驚。禁衛軍由於在這次變亂中克盡職守，於是上書袁世凱，願入京護衛總統，請袁把所有在北京的軍隊全數調出，改由禁衛軍接替。禁衛軍雖然由馮國璋統率，可是這支軍隊原本是宣統父親載灃所建立的，其任務在於保衛清皇室。如今清皇帝退位不久，北京竟出了這麼大的亂子，作亂的軍隊又是袁的嫡系部隊，奉職最勤的卻是清的禁衛軍，對袁來說實在是一個大諷刺。所以禁衛軍的這個請求，袁是不會接受的，只是象徵性地調派一隊來京，禁衛軍因之很不滿意，再上書給禁衛軍軍統馮國璋，請調全部禁衛軍入城捍衛，並謂如有差失，願扣全軍餉銀。馮得書深怕該軍擅自行動，乃親赴該軍駐地西苑，嘉勉和撫慰一番，並阻止其擅自行動。
3月2日袁面諭段芝貴轉知各軍隊，凡未附和兵變剽掠者，不論官弁兵丁，每名各賞銀廿兩，其後又加發禁衛軍和毅軍餉銀一月，巡警因維持地方有功，賞餉半月。馮國璋則獎賞禁衛軍兵士，每名一個戒指，上刻名譽二字。珠寶市大柵欄的富商，因為在這次變亂中未受禍害，乃備銀二千兩及酒肉等物送至毅軍軍營，以表謝意。
民間團體以紅十字會為首，集議商討救濟事項，救死扶傷，不遺餘力。
北京兵變時東交民巷的使館區立即戒嚴，各國士兵荷槍實彈佈防。3月2日駛北京各國公使齊集英國使館，開會商討應變步驟，有謂「中國現況和庚子年相同，已沒有能力維護秩序，各國必須自行設法」云云。
經過這次會議，便產生了幾項行動：
一、日本急調在煙台的軍艦前來大沽，俾溝通北京、天津、大沽及國外的電訊聯絡。各國關於軍事上的消息，皆用意大利使館的電台傳到黃村，由黃村轉大沽。
二、各國緊急抽調軍隊來京，每一國以200名為限。
三、組織國際兵團，由各使館抽調武裝人員700名，於3月6日上午10時在英領館集合，巡察北京街市，以維持北京城局勢。3月3日這天洋兵從長安街出崇文門繞外城一匝，自正陽門返回東交民巷。
迨天津、保定兵變，於是各國又紛紛派兵前往天津和保定，因之北京、天津、保定三地，外國兵車往來不絕於途。3月3日美兵到京150名，5日日本兵400名到京，英國則由北京派出武官四名領兵800前往天津，又由天津調兵30名押解子彈70餘箱及其他軍用物品來北京，德國則由青島調兵百餘名至京，其他各國亦日日有兵運來。保定、正定均有洋兵沿路巡邏，天津所駐洋兵甚多，尤以日本兵最多，軍糧城、北塘、山海關、開平、唐山均有外國重兵駐紮。
各國使館對於各國僑商、僑民的生命財產最為關心，變起時便致書袁世凱，請求保護洋商生命財產。北京崇文門內北至總布胡同口，以日本商業為多，3月2日起，凡日本商店均有日兵二名，荷槍守護。英使館則派專員乘車至天津各處訪問僑民。德使則派兵20名前往直隸井陘保護煤礦。外交團在給袁的公文中並質問袁是否繼續清朝所締結的各項條約。袁乃分函答覆各國公使，具內容為：（一）力阻各國分別調遣軍隊來京；（二）強調京師現已平靜，此後決無意外之虞，以及自己如何盡力維持現狀；（三）力陳此次兵變決不影響國際關係，所有清朝過去所締條約均將承認與信守。
3月4日袁特派顏惠慶、富士英、曹汝霖等前往東交民巷，分赴各國使館慰問，並致謝各國軍隊協助彈壓。同時並有照會給各國使館，對此次兵變表示愧歉，並申明今後決不會再有意外，若萬一有變，損失外人財產，均由袁負責賠償一切損失。此外並派趙秉鈞、姜桂題、烏珍、曹錕、王占元等剴切曉諭部下，對於洋兵入京不可敵視，應互相友愛。更電民政部出示曉諭商民，勿相驚憂。
袁世凱於4月6日發表告各軍書，情文並茂，特抄錄於下：
「本大總統自小站創練陸軍以來，先後統兵近廿年，凡所以遇待我軍人者，無不以誠悃相孚，恩義相結，有功必賞，有勞必錄，有過必教，有罪必懲，秉大公之心，行至信之法，如家人肉骨之相愛，如師長子弟之相規，其在本部下由士卒擢升統將者，頗不乏人，而各將士等相從多年，亦皆聽我指揮，遵我約束。且不獨我陸軍為然，即我巡防各軍亦莫不同隸範圍，共遵號令，是以同胞之中鹹重氣誼，薄海之內蔚起聲名。至於武衛左軍創始於宋忠勤，飽經戰陣，懋著勤勞，迄今五十餘年，人皆推為勁旅。此皆無俟本大總統之贅言，亦我各軍同人所自喻而並堪其喻者也。近數年來本大總統養痾家園，無志問世，四方多難，迫我出山，督師於餉械兩絀之秋，受任於國事阽危之日，焦思勞慮，心竭力逋，察大勢之所趨，順輿情之所向，始終希望惟以國利民福為依歸。幸得共和確定，眾志翕然，南北東西各省，滿蒙回藏各族，文電交馳，僉以大總統之任相屬。孫大總統復薦以自代，參議院正式選舉，全院一致均以大總統相推，南來歡迎各使亦並無堅持南行之意。統一政府行將成立，自維德薄曷足堪此，第念艱巨投遺，勉擔義務。值此民國初建，締構方新，如我軍界同人齊力一心，竭誠贊佐，從此太平可致，郅治可臻，非但鄙人受其光榮，實我國民蒙其樂利，前途幸福，自必與我軍人共之。倘其樂禍幸災，意存破壞，不識大體，徒懷自私自利之心，誤聽浮言，甘為病國害民之舉，則是作全國之公敵，為人群之敗類，非但負本大總統十數年教育之苦心，抑且辜負舉國四萬萬同胞之厚望。中外交詬，天下不齒，於爾軍人又何利焉？萬一因暴動而釀成交涉，因內亂而召致外釁，大局瓦裂，土宇瓜分，目前則戰血橫飛，有化為沙蟲之慘，顧後則神明胄裔，有作人牛馬之悲，爾軍人縱不為一身計，獨不為子孫計耶？總之軍人者亦國民之一分子也，入伍則為兵，離伍是為民，兵與民本屬一體；民出餉以養兵，兵食餉以維民，兵與民更同休戚，故愛民保民乃軍人惟一天職。至於服從命令，遵守紀律，又凡為軍人者之第一要義，古今中外莫不同之，能不失軍人之資格，方能不失軍人之榮譽。本大總統用是諄切相告，泣涕陳言，願我軍人共體斯意，共明斯理，此勸彼勉，念茲在茲，勖哉三思，懷之毋忽！」
民國締建時的輿論很有許多敢說敢講的文章，北京兵變後許多報紙的評論都很激烈，對袁世凱的批評也毫不留情，現在特抄數段以一睹當年輿論的風範：
（一）時事雜感——吾閱袁總統佈告各軍，謂本總統自小站練兵，先後近廿年，待軍誠悃相孚，恩義相結等語，吾不禁代總統憂，以總統待彼如是之厚，無端而有此變，待軍不及總統者將何如？或曰是之謂養兵千日用兵一時。變兵為總統親信之兵，惟不識當其大焚之搶之時，其心目中尚有總統在否？總統佈告北京市民，有欲竭區區之愚為同胞謀幸福之語。吾思之，吾總統若僅區區之愚誠有不足，無怪乎而猝遭兵變也，尚望吾總統擴而大之。總統佈告各軍文有云：有功必賞，有勞必錄，有過必教，有罪必懲，吾閱斯言乃大疑惑，此次已變之兵為有功乎？有勞乎？有過乎？有罪乎？賞之耶？錄之耶？教之耶？懲之耶？總統能無負此言否？
（二）誰為禍首？——共和成立，總統舉定，專使到京，正在一團高興之時，忽然保衛大總統之第三鎮兵變起蕭牆，禍生咫尺，土匪忽乘間竊發，京城內外落花流水，噫嘻吁奇乎怪哉，人人所不及料也。豈只人人不及料，即袁大總統及軍官等亦不及料。然人人之不及料，理也，袁大總統及軍官等之不及料，非理也。何則？知兵莫如將，知將又莫如總統也。
（三）恭頌袁總統——近日以來，共和定矣！總統舉矣！南方革命軍所推戴者惟我公，北方人民所推戴者，亦惟我公，皇族所推戴者，亦惟我公，全國無老無幼無男無女無種族無南北，心中所期望者，口中所恭維者，胥為我公，且皆信我公能鎮撫軍心，我公自茲以後，當有以副天下之望矣，當有以慰天下之心矣，吾北方人民之生命財產皆托付予我公之手矣。無何而賀電至，無何而賀表呈，無何而專使來，無何而軍隊變……今雖如此，吾總統必有以善其後矣。初一日雖有搶劫，初二日竟能寂然無事，是吾總統善後之力也。紳商各家雖被搶掠，而外交團及大內及總統府乃能寂然無事，是吾總統平日之教養之功也。什物雖被搶掠，人民生命乃竟無傷，是吾總統平日之訓練之效也。小疵不掩大醇，吾總統可告無罪於天下矣。爾紳商當有以諒之。
像這類文章很多，足以想見當日的輿論並不畏懼權勢和軍閥。也可以看出當年推翻清廷締造民國的一段時期，寫文章的人對當時是有重大的鞭策力量。
北京兵變後，北方各省督撫都通電反對袁南下就職，蔡元培專使亦曾致電南京臨時政府和臨時參議院，主張遷就。於是3月6日臨時參議院議決，允許袁在北京通電就職，不過就職時必須履行三個手續：（一）接電後須向參議院宣誓效忠共和；（二）新內閣名單必須得參議院同意；（3）新內閣在南京辦妥接收手續後，孫大總統始行解職。
由於情勢的變化，迎袁專使的任務已經失去作用，所以3月6日蔡元培等乃致電南京孫大總統，要求南返。原電云：
「孫大總統鑒：培等受命歡迎袁君赴寧就職，前月廿七日已以此意面達袁君，而袁君亦極願南行，一俟擬定留守之人即可就道。不期廿九夕北京兵變，擾及津保，連日袁君內撫各處軍民，外應各國駐使，恢復秩序，鎮定人心，其不能遽離北京，不特北方呼籲，即南方聞之亦當具有同情。故培等據所見聞，迭電陳述，茲承電示，知袁君不必南行，並由袁君委託副總統黎元洪君代赴南京受聽，是培等歡迎之目的已經消滅，似應回南面陳一切。謹先電聞，並祈即復。元培等。魚。」
蔡元培南返，是在袁世凱在北京就職大總統以後，啟程前，迎袁專使特發表《佈告全國文》一篇，措辭委婉而嚴峻，把當日袁世凱種種私心完全揭露，且對當時所發生的一切，作了一個歷史的交代。這篇文告，後來許多研究近代史的人都認為是蔡元培的手筆，認為汪兆銘寫不出，宋教仁已先南返，亦寫不出。蔡文章謹嚴，章炳麟推崇蔡是「雅善修辭」。蔡專使的《佈告全國文》如下：
「培等為歡迎大總統而來，備承京津諸同胞之歡迎，感謝無已。南行在即，不及一一與諸君話別，謹撮培等近日經過之歷史以告諸君，-於臨別贈言之義。
（一）歡迎新大總統袁公之理由：（中略）……袁公當蒞南京就臨時大總統職，為法理上不可破之條件。蓋以立法行政之機關，與被選大總統個人較，機關為主體，個人為賓體，故以個人就機關則可，而以機關就個人則大不可。且當專制共和過渡時代，當事者苟輕違法理，有以個人凌躐機關之行動，則為專制時代朕即國家之嫌疑，而足以激起熱心共和者之反對。故袁公之就職於南京，准之理論，按之時局，實為神聖不可侵犯之條件，而培等歡迎之目的，專屬於是；與其他建都問題及臨時政府地點問題，均了無關係者也。
（二）袁公之決心：培等廿五日（原文如此）到北京即見袁公，廿六日又為談話會，袁公始終無不能南行之語。……
（三）京津之輿論：（中略）大抵於袁公南行就職之舉甚為輕視。……所謂袁公不可離京之理由……惟北方人心未定之一義，然袁公之威望與其舊部將士之忠義，當清攝政王解職清帝退位至危逼之時期，尚能鎮攝全京，不喪匕鬯。至於今日復何疑憂？且袁公萬能，為北方商民所認，苟袁公內斷於心，定期南下，則其所為佈置者，必有足以安定京津之人心而無庸過慮。……
（四）二月廿九日兵變以後之情形：（中略）……然自有此變，而軍隊之調整，外交之應付，種種困難，急待整理；袁公一日萬機，勢難暫置，於是不得不與南京政府協商一變通之辦法。（五）變通之辦法：總統就職於政府，為神聖不可侵犯之條件；臨時統一政府之組織，不可旦夕緩也；而袁公際此時會，萬不能即日南行，則又事實不可破也。……於是孫公提議參議院，經參議院議決者，為袁公以電宣誓，而即在北京就職，其辦法六條如麻電。由此袁公不必南行，而受職之式不違法理，臨時統一政府又可以速立，對於今日時局，誠可謂一舉而備三善者矣。
（六）培等現時之目的及未來之希望：培等此行為歡迎袁公赴南京就職也。袁公未就職，不能組織統一政府；袁公不按法就職而苟焉組織政府，是謂形式之統一，而非精神之統一，是故歡迎袁公，我等直接之目的也；謀全國精神上之統一，我等間接之目的也。今也……袁公之尊重法理，孫公之大公無我，參議院諸公主持大局而破成見，是代表大多數國民，既昭揚於天下……於是培等直接目的之不達，雖不敢輕告無罪，而間接目的所謂全國精神上統一者，既以全國同胞心理之孚感而畢達，而培等亦得躬逢其盛與有榮焉。……」
宋教仁在蔡元培之前已先返南，宋是主張建都北京的，他曾遍游東北，深識東北、西北的國防戰略價值，又瞭然於日俄兩帝國對中國邊疆的野心，所以他堅決主張建都北京。他的主張和孫、黃等相左，卻和章炳麟相同，和北方袁系的希望尤相吻合，所以他在北京兵變後提前南返，南京方面的革命領袖對宋的想法多不諒解。後來袁在北京通電就職後，南京同盟會幹部又主張請黃興統兵北上，以迎袁為名，乘便掃蕩北洋軍閥和專制餘毒，這是表示由蔡元培率領的迎袁專使團任務失敗後，改由黃興以武力迎袁。討論這個問題舉行會議時，蔡元培等亦已遄返南京，都被邀參加與會，會中蔡持重，不發表意見，宋則期期以為不可。宋認為統兵北上是一著險棋，當前革命軍前鋒僅及徐州，北方各省均有北洋重兵駐守，這些北洋軍絕不會坐看革命軍北上，此次北京兵變亦是由於北洋軍對革命軍猜疑引起的，所以革命軍北上必然不可避免和北洋軍發生戰爭，這就等於說是走向南北分裂，過去半年的努力完全白費。宋的話還未講完，與會的馬君武突然站了起來，猛然把桌子一拍，大聲對宋說：「住嘴！你這個袁世凱的說客，你這個出賣南京革命事業的投機分子。」他一邊說一邊走向宋，伸手去掌擊宋面，孫大總統和黃興把兩人隔開。宋也很生氣，認為馬不講理。宋、馬不合已醞釀很久，在這次討論對北方用兵時才爆發。