孫大總統在南京接到清帝退位和袁世凱贊成共和兩電後，即以兩電致袁世凱，告以推讓之意，並再促其南來。電曰：
（一）「萬急。北京袁慰庭先生鑒：電悉。文以菲材，辱膺國民推戴，受任以來，拮据張皇，力不副願，嘗恐覆-貽羞，負國民委託之重。自慚受任無狀，日夜希冀推賢讓能。苟得如公者，舉而自代，其締造國民幸福，當非意料所能預揣，文即引躬退在草野，為一共和國民，於願已非常滿足。無如時勢未來，形格勢禁，致公未得即遂共和進行之願，文實屍位至今。幸得清帝遜位，民國確立，維持北方各部統一，此實惟公一人是賴。語云：英雄造時勢，蓋謂是也。文徒何功？過蒙獎譽，曷勝愧汗。新舊交替，萬機待舉，遺大投艱，非公莫辦，謹虛左位，以俟明哲，易勝佇立，翹望之至。孫文。元。」
（二）「萬急。北京袁慰庭先生鑒：真電及唐轉來真（十一日）電具悉。清帝辭位，執事宣言贊成共和，民國從此大定，不勝忻慶！蓋全國人民之幸福也。現即報告參議院，提出辭表，推薦執事。至共和政府不能由清帝委任組織，若果行之，恐生莫大枝節。執事明於理勢，當必知此，請即速來寧，以副眾望；如慮一時北方無人維持秩序，當可由執事舉人，電知臨時政府，畀以鎮守北方全權。謹布候復，並表歡迎之至意。孫文。」
同日，孫大總統以清帝退位，袁世凱宣佈絕對贊成共和，乃以「功成身退」之襟懷，向參議院提出辭職咨文，並為鞏固民國而附提三項條件。咨文曰：
中華民國臨時大總統咨：前後和議情形，並昨日伍代表得北京一電，本處又接北京一電，又接唐紹儀電，均經咨明貴院在案。本總統以為我國民之志，在建設共和，傾覆專制，義師大起，全國景從。清帝鑒於大勢，知保全君位，必然無效，遂有退位之議。今既宣佈退位，贊成共和，承認中華民國，從此帝制永不留存於中國之內，民國目的，亦已達到。締造民國之始，本總統被選為公僕，宣言誓書，實以傾覆專制，鞏固民國，圖謀民生幸福為任。至專制政府既倒，國內無變亂，民國卓立於世界，為列邦公認，本總統即行辭職。現在清帝退位，專制已除，南北一心，更無變亂，民國為各國承認，旦夕可期，本總統當踐誓言，辭職引退。為此咨告貴院，應代表國民之公意，速舉賢能，來南京接事，以便解職。附辦法條件如左：
——臨時政府地點設於南京，為各省代表所議定，不能更改。——辭職後，俟參議院舉定新總統親到南京受任之時，大總統及國務各員乃行解職。
——臨時政府《約法》為參議院所制定，新總統必須遵守；頒布之一切法制章程，非經參議院改訂，仍繼續有效。此咨參議院。
同時，孫大總統踐履前約，提出推薦袁世凱候選臨時大總統之咨文。文曰。
「臨時大總統孫咨：今日本總統提出辭職，要求改選賢能。選舉之事，原國民公權，本總統實無容喙之地，惟前使伍代表電北京有約，以清帝實行退位，袁世凱君宣佈政見，贊成共和，即當推讓，提議於貴院，亦表同情。此次清帝遜位，南北統一，袁君之力實多，發表政見，更為絕對贊成，舉為公僕，必能盡忠民國。且袁君富於經驗，民國統一，賴有建設之才，故敢以私見貢薦於貴院，請為民國前途熟計，無失當選之人，大局幸甚。此咨。」
以上兩咨文，於同日通電全國各報館，除全文發表外，並電請各報館宣揚袁氏促成清帝退位、鞏共和之功。
由孫大總統這兩件咨文便可以看出他是個偉大的革命人物，不戀權位，重然諾，視大總統為公僕；不過他瞭解袁是一個只知實力政治而不尊重法治的人，所以他有所保留，附帶了條件，促使袁到南京來繼任總統而脫離北京的封建勢力，同時把臨時參議院所制定的《臨時約法》作為一道緊箍咒套在袁的頸項上，藉以約束袁的野心，而使其走上法治軌道。
袁世凱在清帝退位後即以全權名義佈告中外大小文武官署，全文如下：
「現在共和國體，業經宣佈，世凱忝膺組織臨時政府之任，力小荷重，深懼弗勝。竊念政府機關，不容有一日之間斷，現值組織臨時政府，所有舊日政務，目下仍當繼續進行。庶政方新，百端待舉，全賴群策群力，互相匡濟，務以保全治安，共維大同為要務。在新官制未定以前，凡現在內外大小文武官署人員，均應照舊供職，毋曠厥官。所有應行公務，應司職掌，以及公款、公物均應照常辦理，切實保管，不容稍懈，倘有借端規避曠厥職官者，不獨違背官規，抑且放棄國民義務。竊願在官諸君子，共懍此意！」
同日並將退位詔旨致各國公使，轉達各國政府。袁稱臨時政府首領，各部大臣名為首領。
元年2月15日，臨時參議院開臨時大總統選舉會，到17省代表人，共計17票。投票結果，袁世凱得17票，當選為中華民國臨時大總統，當即致電北京，電文曰：
「北京袁慰庭先生鑒：昨孫大總統辭職，經本院承諾，業已電知尊處。本日開臨時大總統選舉會，滿場一致，選公為中華民國臨時大總統。查世界歷史，選舉大總統，滿場一致者，只華盛頓一人。公為再見。同人深幸公為世界之第二華盛頓，我中華民國之第一之偉業，共和之幸福，實基此日。務請得電後，即日駕蒞南京參議院受職。共和萬歲！中華民國萬歲！」
2月20日，臨時參議院公舉黎元洪任中華民國副總統。
民國議和代表伍廷芳及參贊溫宗堯、汪兆銘，以清帝退位，民國統一，議和任務告一段落，乃於2月16日向孫大總統及各省都督通電報告關於清帝退位與優待條件之交涉經過，並作數項解釋。電文曰：
「南京孫大總統、武昌黎副總統、各省都督公鑒：廷與前清內閣協議清帝辭位後之優待條件，已於初九日致各省都督青電，略陳梗概，諒蒙洞鑒。初十、十一等日，與前清內閣往復磋商，昨日得其復電，已全體承諾。案清帝辭位問題，彼此籌商，一月有餘，關於辭位以後優待條件，尤費籌劃。民國政府宗旨，在合漢、滿、蒙、回、藏各民族，以建中華民國，已屢次剴切宣明，而所定滿、蒙、回、藏各民族贊成共和之待遇條件，於平等大同之義，委曲調護之心，皆已周至。然滿、蒙王公所注目者，不僅在本族之位置，尤在清帝辭位後待遇之厚薄。果使清帝辭位，得蒙優待，則皆以為清帝且如此，滿、蒙諸族更何所慮。設其不然，則皆以為清帝猶不免如此，滿、蒙諸族更無待言。此種存心，驟難解說。前因優待條件，久未商定，大起恐慌。謂即不見容於漢人，不如托庇於外國。東三省及蒙古等處。已見端倪，因疑成隙，將為巨患。延勞心焦思，迭與臨時政府商酌，以為中國歷史上，凡遇鼎革，興朝對於勝朝余裔，恆從優看待，既以成寬容之德，亦以安舊臣之心。況今者民國政府持人道主義，又值清帝贊成共和，自願辭位，民國政府法漢高雍齒且侯之意，承明祖寬待元裔之風，予以優待，必為國民所不拒。惟事關重大，廷雖受議和全權代表之任，而再三審度，不敢擅作主張。爰於本月初四日，將前清內閣所開優待條件，攜赴南京，面商政府諸公，於所開條件，有所修正後，提交參議院再加修正，得多數表決。並謂將來字句之間，如稍有斟酌，無關大體者，不必復須得參議院之同意。廷以議決案電達黎副總統，承表示同情，復前清內閣後，復有所爭持，當經稍加修改，告以自此無可再讓。民國政府於贊成共和自願辭位之清帝，雖可予以優待，然萬不能於共和國體稍有妨礙，致蹈虛君位之嫌。迨十二日下午，得前清內閣回電，已全體承諾，同日清帝辭位之詔，亦已宣佈。自此清國統治權全歸消滅，中華民國統一，全國永無君主之餘跡矣。詳審優待條件中，多關於清帝之一身及其祖宗家族等事，與政治無關。其必宜注意者，應一一解釋，以期共喻。謹歷舉如下：
一、清帝名號案關於清帝一身之待遇，廷前只許以待外國君主之禮待之。旋經彼此磋議，以為雖以外國君主之禮相待，不能無所稱謂，乃予以讓帝之號，而彼方以為近於謐法，堅不肯從，始定為清帝辭位之後，尊號仍存不廢。清帝與大清皇帝，名稱不過有詳略之殊，猶之直隸總督，簡稱則為直督。故參議院所堅持者，在辭位之後四字，而於清帝與大清皇帝之別，謂為無關宏旨，可以大清皇帝辭位之後，尊號仍不廢，為最後之決定，蓋如是則辭位之後，自可稱為已經辭位之大清皇帝，與虛君位主義風馬牛不相及也。至於清內閣初所要求者為大清皇帝尊號，相承不替，廷已嚴加拒絕。彼亦慮蹈於虛君位之嫌，承認廷所主張矣。
二、清帝居住前清內閣所要求者，為大內宮殿，或頤和園，隨意居住。廷以專制君主為萬目所共瞻，且居城之中央，阻礙東西南北之交通，必法拆改。清帝只居頤和園，不可仍留宮禁。而前清內閣謂嚴寒之際，倉猝之際，未能即行遷移，應聽暫為居住，日後再退居頤和園，此不過暫時之事。
三、禁衛軍編制前清內閣以清帝辭位後，雖不應仍有禁衛之軍，而數近萬人，一旦解散，將以失業之故，而起恐慌，要求將該軍額數、俸餉，仍如其舊。廷以該軍原名禁衛，必改歸中華民國陸軍部編製，然後可儕於國民軍之列，而不使人疑為已經辭位之清帝，仍有宿衛之兵。四、王公世爵案美、法同為民主之國，法有世爵，而美無之，此各因於其歷史。美以平民手創新國，故世爵之制，無自而生。法以革命之力，變君主為民主，其歷史所貽留之制度，苟無礙於共和主義者，未盡改易，故世爵之制，仍存不廢。今我中華國體新定，而蒙古、回、藏各處，因於歷史，部落之制，未盡蠲除，一旦去其王公，各部驚疑，必滋大亂，故待遇滿、蒙、回、藏條件，有王公世爵概仍其舊一條。此中情形，想必為識者所鑒諒。頗聞論者有謂：既受世爵，不宜再享公權。案共和國以國民平等為原則，即有爵號，不過以歷史所貽留，為一家一姓之榮譽，故平時以私人資格，雖可以爵號自娛，而當其行使公權，如為官吏及議員等，則不能以爵號並列。故關於清皇族待遇及關於滿、蒙、回、藏各民族待遇條件，於一面留其爵號，於一面使其公權、私權，一切與國民平等，庶於共和國體無所妨礙。
以上條件，固易滋疑議，故略為解釋。其他皆清帝辭位後，關於一身及祖宗家族等事，無關宏旨，予以優待，使各國曉然於此次革命，純持人道，尤為民國之榮譽。至於待遇滿、蒙、回、藏各民族之條件，系因滿、蒙、回、藏各民族贊成共和，合五大民族同建中華民國，民國當然有此辦法，非因清帝辭位之故。參議院既已切實宣明，已一併於清帝辭位之後，由兩方代表照會駐京各國公使，請其電達各國政府矣。茲將全文電陳左右，尚祈鑒察為幸。全權代表伍廷芳、參贊溫宗堯、汪兆銘。銑二。印。」
清帝退位後，定都問題成為當時一個爭論的焦點，大多數人主張仍應以北京為首都，宋教仁、章炳麟持之尤力。章認為南京不能控制滿蒙，清命雖黜，遺孽猶在，北軍未必沒有懷念舊主的、加以蒙古和滿洲為其後援，則死灰將復燃。章並撰有致參議院公開信刊於2月13日上海《大共和日報》，力陳建都南京的五大害，參議員讀了章函，頗受其影響。但同盟會要員則恐懼袁世凱在北方有雄厚勢力，若定都北京，袁為總統，則推翻清朝換來袁世凱，亦是以暴易暴，所以堅主定都南京。
當2月13日孫大總統辭職和舉袁自代的咨文送到參議院後，參議院對選袁為總統一事全無異議，但對於都北抑或都南一事，則爭辯甚烈。議員谷鍾秀、李肇甫等力主建都北京。投票結果以20票對8票的多數，決議定都北京，並以咨文復孫大總統說：
「今日南北既經統一，即應統籌全國，圖所以統一之道。臨時政府地點為全國人心所繫，應在可以統馭全國之地，使中國能成完土，庶幾以維繫全國人心，並達我民國合五大民族為一國之旨。前經各省代表指定臨時政府地點南京者，因當時大江以北尚在清軍範圍內，不得不暫定臨時政府適宜之地。今情勢既異，自應因時制宜，定政府地點於北京。將來新舉總統無論何人，應在北京接收事權，事經議決，請查照行之。」
孫、黃等聞悉參議院決定，均怒不可遏，急召參議院中同盟會議員黃復生、鄧家彥、康寶忠、李伯中，嚴責參院不該通過此案而甘為袁世凱應聲蟲。黃興尤為憤怒，兩手插入軍服口袋中，踱來踱去。黃、鄧等主張由大總統再交參議院復議。黃興則認為參議院應自動推翻此案，否則黃將以憲兵入參議院拘所有同盟會議員。
2月14日孫大總統率文武官員往祭明孝陵，秘書長胡漢民則稱病留府，草擬咨文將建都北京案退交參議院復議。於是參議院臨時變更議程，首先討論此案，爭論仍極激烈。同盟會籍參議員某君且痛言此案如不獲通過，則將身殉會場。投票表決結果，以19票對8票的多數，決議臨時政府仍設南京。
表決後孫大總統才祭陵完畢，一場國都風潮始暫告平息。
在這兩次國都表決時，直隸、奉天、江蘇、雲南、陝西、山西六省的議員始終投票主張建都北京。
清帝退位，改朝換代，中華民國正式取代清王朝。臨時政府參議院接受孫大總統辭職，並以17票一致通過，選舉袁為臨時大總統，到此時止，問題的重心便落在袁世凱願不願到南京就職了。在革命同志看來，袁世凱雖不是理想的民國元首，可是他已履行了逼迫清帝退位的工作，革命黨人都重然諾，所以只有遷就事實，選袁代孫。如果袁能脫離封建官僚遺毒甚深的北京，加上還有國會的牽制，同時正在起草的《約法》是採取內閣制，有這種種因素，總統便沒有什麼實權，袁當總統後總不致會太背叛民國的。這當然是一種天真的想法，袁是個純粹講實力政治的人，卅年政治生涯的起伏，使他相信必需要有實力才能談政治，他怎肯離開他的老巢——「北方」，怎肯離開他的資本——「軍隊」。他心目中既無中華民國，更談不上國會和《約法》，所以他的私心，根本就未考慮過到南京去就這空頭的大總統。因為他認為叫他南下是調虎離山，所以他在2月15日給南京方面的電報，就明白地表露他不肯南來。原電曰：
「南京孫大總統、黎副總統、各部總長、參議院、各省都督、各軍隊長鑒：清帝退位自應速謀統一，以定危局，此時間不容髮，實為惟一要圖，民國存亡胥關於是。頃接孫大總統電聞，提出辭表，推薦鄙人，囑速來寧，並舉人電知臨時政府，畀以鎮安北方全權各等因。黃陸軍總長暨各軍隊長電招鄙人赴寧等因。世凱德薄能鮮，何敢肩此重任？南行之願，真（十一日）電業已聲明，然暫時羈絆在此，實為北方危機隱伏，全國半數之生命財產萬難恝置，並非因清帝委任也。孫大總統來電所論共和政府，不能由清帝委任組織，極為正確。現北方各省軍隊暨全蒙代表，皆以函電推舉為臨時大總統，清帝委任一層無足再論。然總未遽組織者，特慮南北意見因此而生，統一愈難，恐非國家之福。若專為個人職任計，捨南而北實有無窮窒礙：北方軍民尚多紛歧，隱患實繁；皇族受外人愚弄，根株潛長；北京外交團向以凱離此為慮，屢經言及；奉、江兩省時有動搖；外蒙各盟迭來警告；內訌外患遽引互牽……然長此不能統一，外人無可承認……反覆思維，與其孫大總統辭職，不如世凱退居。……今日之計惟有南京政府將北方各省及軍隊妥籌接收以後，世凱立即退歸田里……決不欲以大總統問題釀成南北分歧之局……已請唐君紹儀代達此意…………袁世凱鹹（十五日）」。
袁世凱有很真實的理由不能南來，其一是各國駐華外交團的意見；其二是北方的軍隊；其三是滿蒙兩地的不穩。所以他在鹹電中竟使用攤牌式的口吻如：「與其孫大總統辭職，不如世凱退居」，如：「由南京政府將北方各省及各軍隊妥籌接收以後，世凱即退歸田里。」云云，這種語氣不僅是要挾，而且簡直就是挑戰。
袁世凱最大的憑借就是全國人民都不願再有戰爭和流血，人心厭亂，認為清帝已經退位，凡事可以用和平手段達成，因此袁的予智自雄面孔並沒有引起反對，只是孫大總統認為無論如何還要堅持袁的南來。所以南京臨時政府乃於2月18日派出教育總長蔡元培為歡迎專使，參議院副議長王正廷、外交部次長魏宸組、海軍顧問劉冠雄、前議和參贊汪兆銘、參謀次長鈕永建、法制局長宋教仁、陸軍部軍需處曾昭文、步卅一團長黃愷元為歡迎員，偕同袁所派的代表唐紹儀前往北京迎袁南下，並將歡迎人員名單電告袁氏。
迎袁專使蔡元培等一行，於2月21日由上海啟程，26日抵天津，27日抵北京晉見袁世凱，面陳孫大總統手書，勸袁南下就職。函曰：
「慰庭先生鑒：文服務竭蹶，艱大之任，旦夕望公。以文個人之初願，本欲借交代國務，薄游河朔。嗣以國民同意，挽公南來，文遂亦以為公之此行，易新國之視聽，副輿人之想望，所關頗巨。於是已申命所司繕治館舍，謹陳章綬，靜待軒車。現在海內統一，南北皆有重要將帥，為國民之心膂，維持秩序之任，均有所委付，不必我輩簿書公僕，躬親督率。今所急要者，但以新民國暫時中央機關之所在，繫乎中外之具瞻，勿任天下懷廟宮未改之嫌，而使官僚有城社尚存之感。則燕京暫置為閒邑，寧府首建為新都，非特公之與文，必表同意於國民，即凡南北主張共和及疾首於舊日腐敗官僚政治之群公，寧有問焉？至於異日久定之都會，地點之所宜，俟大局既奠，決自正式國論，今且勿預計也。總之，文之志願，但求作新邦國，公之心跡，更願戮力人民，故知南北奔馳，公必忘其自暇。嗟乎！我輩之國民，為世界賤視久矣！能就民國之發達，登我民於世界人道之林，此外豈尚有所恤乎？公之旋轉之勞，消磨其盛年，文亦忽忽其將衰，耿耿我輩之心，所足以資無窮之方來者，惟盡瘁於大多數幸福之公道而已。公其毋以道途為苦，以為強勉服務者倡。公旗南蒞，文當依末光，左右起居，俾公安愉。俟公受事而文退。翹盼不盡。」
袁世凱用最隆重的禮節，打開正陽門來歡迎蔡等。他對這些客人不再談到拒絕南來就職，而反過來用非常誠懇的態度商談南行的路線問題，他打算由京漢線南下，先到武昌和黎副總統見一面，然後換乘輪船到南京就職。他的這種態度使來迎的專使們鬆了一口氣，認為袁基本態度已有改變，同時南京方面則認為袁的軟化是怕南京方面翻臉，採取新行動，或挽留孫中山先生留任，或另行改選一位新總統。
其實袁葫蘆裡究竟賣什麼藥，誰也不知道，他不動聲色地作自己的安排，他在蔡等抵達北京的當天，即予接見，傾談歡洽，並招待晚餐。第二天又召集談話會，袁且把自己南行的路線提出來讓與會人士研究。至於袁離開北京後，北京留守決定何人亦要蔡元培和北方人士共商。蔡分別和北方的各統制及民政首長會晤，徵求大家意見，以何人為最理想，大家都很謙讓，使留守的人選未能決定。
蔡等抵達北京後，北方的一般輿論都對袁世凱南行就職不予同意，甚至有認為袁的南行是自投羅網，使蔡等感到一種無形的壓力。袁個人的態度雖然樂觀，但其他方面的空氣則和南方的意見完全相反。