南京方面委曲求全，同意袁世凱在北京就臨時大總統職後，袁遂於民國元年3月8日以就職誓詞電告於參議院，原電如下：
「南京參議院公鑒：麻（六日）電悉。所議六條，一切認可。凱以薄德，忝承推舉，勉任公僕，謹照三月初六日參議院議決第二條辦法電達宣誓。下開宣誓詞，請代公佈。其文曰：民國建設造端，百凡待治，世凱深厚竭其能力，發揚共和之精神，滌蕩專制之瑕穢！謹守憲法，依國民之願望，蘄達國家於安全強固之域，俾五大民族同臻樂利。凡茲志願，率履勿渝！俟召集國會，選定第一期大總統，世凱即行解職。謹掬誠悃，誓告同胞。大中華民國元年三月初八日，袁世凱。」
這篇具有歷史性的總統宣誓文，是葉恭綽的手筆，而由梁士詒加以潤色。梁士詒這時已是袁的重要智囊，南北和議時，梁任郵傳部副大臣代理楊士琦的部務。袁在彰德未入京前，即曾遣人密告梁說：「當前情勢，南方軍事尚未結束，北方政治頭緒萬端，正賴燕孫（梁士詒字）居中策劃，請與少川（唐紹儀字）預為佈置。」
情勢演變至此，南京方面調虎離山，想把袁世凱誘引到南京來的計劃是完全落空了，於是只好退而求其次，便是由臨時參議院把一部《中華民國臨時約法》起草完畢。原來當南京臨時政府剛成立時，是根據《中華民國臨時政府組織大綱》組成的，其後根據《臨時政府組織大綱》加以修改，成為《臨時約法》。自民國元年2月7日起，至3月8日止，經過一個月的會議，終將全案通過，3月11日公佈。這個《臨時約法》和《臨時政府組織大綱》最大不同的地方是，《臨時政府組織大綱》採取總統制，《臨時約法》則采責任內閣制。《臨時約法》共七章，即：一、總綱；二、人民；三、參議院；四、臨時大總統副總統；五、國務員；六、法院；七、附則。
責任內閣制本是宋教仁所積極主張的，但南京臨時政府時期，其他革命主要幹部均不贊成。到了袁世凱做總統，又怕總統權力太大，於是匆匆忙忙地訂定《臨時約法》，想借這部《約法》來限制袁的野心妄為。結果袁把這部《約法》視同廢紙。
從袁世凱通電宣誓的那一天起，到4月1日孫大總統解除職務止，在那20多天當中，袁在北方就不再稱「新舉臨時大總統」而稱「本大總統」，因為袁認為既已宣誓就職，當然名正言順。其實袁接收職務的手續並未完成，所以那時北京、南京各有一個政府，各有一個總統，各有自己一套政策，實在可說是中華民國誕生時的怪現象。
袁已宣誓就任臨時大總統，接著就需要忙著組織內閣，屬於同盟會的安徽都督孫毓筠通電主張推孫中山先生組閣，非同盟會的廣西都督陸榮廷立即附和。這時也有人主張請黃興組閣，可是袁自己早已胸有成竹，他心中的人選是他的老朋友和外交方面的重要幫手唐紹儀，唐在被派為南北和議時的北方首席代表時，袁就已安排了他未來角色的伏筆。因為唐和南方革命黨人相處甚洽，又深通洋務，和英美關係都搞得不錯，所以在袁系中，唐是個能夠被中外接受的理想人選。
3月13日袁世凱正式向南京參議院提名唐紹儀為內閣
總理，南京參議院予以同意。3月25日唐紹儀親來南京，29日列席參議院發表政見，並將新閣名單提請表決如下：
外交總長陸徵祥（當時系駐俄大使，故由胡惟德署理）
內務總長趙秉鈞
財政總長熊希齡
陸軍總長段祺瑞
海軍總長劉冠雄
教育總長蔡元培
司法總長王寵惠
農林總長宋教仁
工商總長陳其美（未到職，由王正廷署理）
交通總長原提名梁如浩，未被參議院通過，乃由唐紹儀暫兼。後由施肇基代理。
這份名單，好像是容納了各方面，因為唐雖是袁的親密朋友，可是他又和同盟會方面是好朋友，陸徵祥是無黨無派的外交家，熊希齡是君主立憲派，袁系的人只有趙秉鈞、段祺瑞、劉冠雄三人，而同盟會方面卻有蔡元培、王寵惠、宋教仁、陳其美四人。袁認為這是非常公平的分配，其實則是掩耳盜鈴的，因為唐紹儀是袁的老友，而陸徵祥則為袁系的附庸，而君主立憲派在同盟會和袁系間是選擇親袁的路線。因此在唐內閣中，外交、內務、財政、軍事、交通六個重要部門都抓在袁手中，同盟會所得到的只是教育、司法、農林、工商四個無所事事的冷衙門。
同盟會原來推薦黃興在新內閣中繼續蟬聯陸軍總長，當然這是想限制袁的軍事特權，使他不能把國家的軍隊當作私人的工具。可是這只是一種幻想，因為袁世凱是必需要掌握軍隊作為自己力量的基礎，因此決不肯把陸軍總長這個人選讓給袁系以外的人擔任，更不會同意給同盟會的「實力派」領袖黃興，所以只同意改派黃興為參謀總長。參謀本部在當時是個有名無實的機關，黃興當然堅決拒絕接受這個空名職位。
唐紹儀雖然是袁的老朋友，可是他不是北洋軍出身，他與袁在朋友與部下之間，不像北洋軍系的人，對袁完全是衣食父母，因此他一方面獲得袁的親近和尊重，一方面則受到袁部下的排擠和詆毀。南北議和時，唐與南方代表協議成立一個解決新國家國體問題的「國民議會」，會議的成員是由革命軍人所佔領的14省和清廷所統治的八省，每省各派三人組織之。袁認為唐未請示他而擅自同意國民會議代表的比率，使北方佔少數，處於絕對劣勢，非常不滿，乃通電譴責唐越出了代表的職權範圍，唐因此被迫通電辭職。
3月26日，南京臨時政府公宴唐紹儀於總統府，觥籌交錯，頗盡歡洽。酒筵進行時，蔡元培起立致詞，對唐紹儀讚譽備至，隨後舉杯慶祝唐內閣已獲參議院通過，預祝中華民國第一任內閣將有滿意成就，最後希望唐氏能加入同盟會，實行同盟會政綱政策。接著黃興也起立敦勸，全體與會人士鼓掌表示贊成。
唐紹儀由北京南下時，袁曾一再敦囑，要唐盡量與革命黨方面建立友好深切關係，唐本和南方人士有好感，因此蔡、黃兩氏的提議，唐很愉快加以接受。居正乃離席取出同盟會的入會同志志願書送給唐紹儀，唐即在誓書下簽字認可，再由蔡元培、黃興簽名作介紹人，孫大總統簽字主誓，唐紹儀起立宣誓，大家高呼同盟會萬歲，賓主盡歡而散。
這次唐南來，除了加入同盟會引起北洋軍系的不滿而外，還有一件大觸北洋軍人之怒的，是唐竟同意南方提議，調兵北上，這在北洋軍人看來，簡直是召引外兵入京，是件不可原恕的舉動。趙秉鈞復京師總董事會函有云：「調兵北來唐君主之，鄙人甚不謂然，早間見總統（袁）之意見相同，必須竭力磋商，以不來為是。」李書城致熊希齡電有云：「國務員帶衛兵北上，系當時唐總理在南京與眾擬之辭。」
此外，最使北洋軍人痛恨的，是唐主張孫、袁、黎、黃合作，以奠定民國基礎。在北洋軍人看來，這四巨頭的合作，就是北洋軍系的沒落。
民國元年4月1日，孫大總統至臨時參議院正式宣佈解職，並致辭說：
「本大總統於中華民國正月初一日來南京就職，今日四月初一日至貴院宣佈解職。……三月以來，南北統一，戰事告終，造成完全無缺之中華民國……本大總統受職之初，不料有如此之好結果，亦不料以極短之時間，而能建立如此之大事業……。今國務總理唐紹儀組織內閣已成立，本大總統自當解職，今特蒞貴院宣佈。……中華民國成立之後，凡為中華民國國民均有國民之天職。何謂天職？即促進世界的和平是也。……促進和平，即是中華民國國民之天職。……本大總統解職之後，即為中華民國之一國民，政府不過一極小之機關，其力量不過國民極小之一部分，大部分之力量，仍全在吾國民，本大總統今日解職並非功成而退，實欲以中華民國國民之地位，與四萬萬國民協力造成中華民國之鞏固基礎，以冀世界之和平。望貴院與將來政府勉勵人民，同盡天職，從今以後，使中華民國得為文明之進步；使世界舞台，得享和平之幸福，固不第一人之宏願已也。」
孫大總統致詞畢，遂將大總統印交還參議院，參議院答詞如下：
「……中山先生發宏願救國，首建共和之纛，奔走呼號於專制淫威之下，瀕於殆者屢矣，而毅然不稍輟，廿年如一日。武漢起義未一月，而響應天下三分有其二，固亡清無道所致，抑亦先生宣導鼓告之力實多也。當民國尚未統一，國人急謀建設臨時政府於南京，適先生歸國，遂由各省代表公舉為臨時大總統，受職才四十日，即以和平措置使清帝退位，統一底定，未忍生靈塗炭，靡訴於兵戎；雖柄國不滿百日，而吾五大民族所受賜者已靡有涯矣，固不獨成功不居，其高尚純潔之風，為斯世矜式已也。今當先生解臨時大總統職任之日，本院代表全國，有不能已於言者；民國之成立也，先生實撫育之；國民發揚光大也，尤賴先生牖啟而振迅之；苟有利於民國者，無間在朝在野，責任一也。羅斯福總統解職後，周遊演說，未嘗一日不拳拳於阿美利加合眾國，願先生為羅斯福，國人馨香祝矣。」
這兩篇演說詞都充滿誠摯的感情，不是一般官式應酬語，孫中山先生之所自期，與國人之所期待于先生，均可以說是恰如其分。今天我們讀到這些開國文獻，就可以想見當年首創民國的偉人們雍容揖讓，虛心誠意，令人嚮往不已也。
4月2日臨時參議院議決：中華民國臨時政府遷往北京，參議院亦訂於4月29日在北京行開院典禮。4月6日參議院將全體參議員名單咨文交由唐紹儀電告袁大總統。唐電曰：「參議院咨文。本院議決遷至北京辦法，自四月初八日起，休會十五日。於二十一日齊集北京，已由歌電報告，並電請先行指定場所，並屆期派員招待各在案。查各省參議員現在已到院共四十九員。合將全院參議員人數，開列清冊，註明省分，並將議長、副議長暨審議員姓名，以及審查會審查長，並審查委員姓名一併分別開列，咨請查照，以便指定相當場所，俾各員到京後，即可剋期開會。此咨大總統。計咨送清冊一本。各省參議員到院人數姓名如左：
直隸：谷鍾秀
奉天：吳景濂
河南：李-陳景南丁廷謇張啟與李載賡
山東：史澤鹹於洪起陳命官彭占元劉星楠
山西：李素劉懋賞
陝西：趙世鈺
湖南：彭允彝劉彥歐陽振聲覃振
湖北：田桐劉道仁胡秉柯歐陽啟勳
安徽：胡紹斌常恆芳凌毅
江蘇：楊廷棟陳陶怡凌文淵
江西：文群湯漪王有蘭
浙江：王正廷殷汝驪黃群
福建：林森潘祖彝
廣東：錢樹芬金章趙士北
廣西：鄧家彥曾彥劉崛
四川：黃樹中李肇甫熊成章
雲南：張耀曾席聘臣段宇清
貴州：文崇高平剛
議長：林森；副議長：王正廷。審議長：李肇甫。外交審查長暫未舉。審查員劉彥、錢樹芬、劉星楠、吳景濂。請願審查長暫未舉，審查員李-、劉懋賞、鄧家彥、曾彥、劉崛。法律審查長王正廷，審查員王有蘭、彭允彝、谷鍾秀、趙士北、平剛、湯漪、熊成章、張耀曾。財政審查長潘祖彝、審查員李肇甫、歐陽振聲、文群、殷汝驪、席聘臣、黃樹中。再參議院法已由本院議決咨送，其第四章第二十六條載任委員分設法制、財政、庶政、請願、懲罰五部。各提任審查本部事件云云。此次所開尚系院法未經議決以前暫時規定，應俟本院移至北京後再行查照院法分部另舉，合併聲明。元年四月初六日等語。儀。虞。印。」
袁不肯把陸軍總長一職給黃興，可是卻又不能不予黃興有一安頓，因為當時黃興的聲望，僅次於孫中山。袁遂於3月30日發佈命令：「任命黃興為參謀總長。此令。」當時的參謀總長既無人事權，又無指揮權，純粹一個幕僚長，因此黃堅決請辭。其辭職電云：「袁大總統命以興繼任參謀總長，已復電力辭。至兩江一帶軍隊，維持整理，刻不容緩，興縱懷歸隱之志，斷不敢置經手未完事宜於不顧，以負我軍界同胞。已商請唐總理妥定辦法，務使南方各軍隊，佈置得宜，各安其所。俟佈置大定，始行告退，以遂初志。」南方民軍麇集，如果不妥為安插，確實很難善後，黃興統籌負責，是最理想的人選。不過這個工作吃力不討好，黃興薄參謀總長而選擇一個吃力不討好的工作，這也可見革命黨人勇於任事，不求名利的偉大襟懷。
袁世凱於3月31日任命黃興為南京留守，仍總轄南方各軍。留守府成立後，其組織和人事情況如下：
總參謀長：李書城，秘書長：陳鳳光，軍務處長：張孝准，參謀處長：歐覲文，政務處長：馬良，副官處長：徐少秋，總務處長：何成浚，軍械處長：曾昭文，軍需處長：徐桂亭。
留守府統轄的各單位及其主管是：
軍官學校校長：金永炎，入伍生總隊長：沈靖，四路要塞司令官：官成鯤，憲兵司令：茅-封，軍需學校校長：劉文藻，測量局局長：章煥祺，金陵機器局局長：賓步程，巡警總監：吳忠信，南京府知府：方潛。
4月14日袁世凱頒布《南京留守條例》，留守府直隸大總統，有維持南方各軍和南京方面的責任。成立留守府的主要目的，在整編和裁撤南方各軍，同時又須顧及和保全革命實力。當時南京駐軍的番號，共有七個軍，26個師、51個旅。號稱30萬人，但編製不一，名號各異，情形非常複雜。一個師的兵力有1000人的，有幾百人的，師長們均自認對革命有功，日日奔走留守府，索餉索械，甚至使用手段勾引他師營連長來歸，下級幹部遂致朝秦幕楚，以士兵為個人資本。
黃興在留守任內編組了一支模範軍「第八師」，欲以這支部隊為革命基幹。第八師由趙恆惕所部和廣西巡防軍合併改組而成，本擬派趙恆惕為師長，因為需要敷衍北方，所以改派馮國璋的女婿陳之驥為第八師師長。
參謀總長一職黃興既堅決不就，袁又欲以之予南京衛戍司令徐紹禎。徐是個好好先生，也表示不就。袁乃請副總統黎元洪兼任，黎雖答應，卻不肯離開武昌，於是黎便在武昌遙領副總統和參謀總長。陳宦則以參謀次長職代行參謀總長職務。
5月1日，參議院改選議長，選吳景濂為正議長，湯化龍為副議長。2日，唐紹儀總理率領內閣各部總長列席參議院，報告自己的政見。
唐紹儀以閣揆身份首先致詞，他說：內閣將遵照袁大總統的施政原則——建議從穩健入手，措置以實事為歸。今後施政將分別緩急先後，第一是軍民分治；第二是裁兵，簡練精兵；第三清朝與各國所簽訂的條約，均將切實遵守；第四改良法律，建立獨立的司法制度；第五普及教育；第六統一幣制，整頓金融；第七振興實業，發展交通。
海軍總長劉冠雄第二個致詞，他認為海軍急務有四，均需款辦理，一為海軍常年經費及推廣學校，多派留學生，每年約需320餘萬元；二為新舊各船操演費，每年約需200餘萬元；三為已定內外各廠巡船、炮船、魚雷船尚需我付價款1000萬元；四為養船費每年130萬元。
陸軍總長段祺瑞致詞時說：政府統一後，應籌軍民分治之計劃，一為精簡軍隊以恢復地方秩序，由於武昌起義後各省自行召募，軍隊林立，較原有增多幾達一倍，必需解散；二為擬制定軍官為終身職；三為培植陸軍人才，調查軍官資格，分別其條件以派往東洋或西洋；四為制定徵兵制度；五為設立兵工製造廠；六為設立被服廠；七為改良馬政。
農林總長宋教仁致詞說：農林政策應循漸進政策，十年樹木正是這個意思。農業純為生產事業，當以增加生產力為要著，增加土地之生產力有三途：一為墾荒地；二為修林政；三為興水利。此外則設立農業金融、教育機關，以助長生產力。
司法總長王寵惠致詞時說：整頓司法有五項步驟，一為實行司法獨立，免除行政干涉；二為培養司法人才，遍處設置裁判傳習所，以訓練獨立的司法官；三為勵行辯護制度，既可牽制法官，且可代人民訴訟；四為採取陪審制度以昭公平；五為改良監獄。
教育總長蔡元培致詞，他首先提出教育方針，分普通教育在於養成國民健全人格，和專門教育在於培養專門人才；二為教育設施亦為普通教育與專門教育；三為劃定中央教育行政權限；四為教育經費之規定；五為分析京師教育現狀；六為對海外留學生的計劃。
交通總長施肇基致詞時說：交通情況因兵事影響，組織多未完全，損失極為重大。當茲民國初建，所有路、電、郵、航四政，急應通盤籌劃，現擬分為三個步驟，一是恢復秩序，二是改革弊政，三是統一進行。
代理工商總長王正廷致詞，他說工商是全國的命脈，振興工商辦法：一驅除工商的障礙；二保護現有的工商。
民國成立後的政府主要的問題在於財政，所以財政總長熊希齡在參議院的致詞是一篇重要資料。他分析當時的財政情況，同時說明如何整頓財政的辦法。
他說：清朝末年的財政已瀕臨破產，民國成立，因各省宣告獨立，致財政更形分裂。當前財政的特色，是只有支出全無收入，而支出的費用則全賴舉借外債，實在是非常危險的情況。關於財政虧竭情形，可分為兩端：
（甲）民國紀元以前的財政：（一）歲入不敷5400餘萬兩；（二）追加籌備經費銀2400萬兩；（三）新外債息款銀1000餘萬兩。以上三項合共不敷8800萬兩。
（乙）民國紀元以後的財政：（一）臨時籌辦經費約銀11000餘萬兩（內分外債2080萬兩，南北補發軍餉1920萬兩，恩恤6000萬兩，建設1000萬兩）。（二）常年不敷經費，約銀17052萬兩（內分歲入減收5000萬兩，軍費增加3000萬兩，內債息款252萬兩，舊額不敷8800萬兩）。以上兩項合共不敷28052萬兩。
由於整個情況如此，使得在財政上度支奇絀，在經濟上則金融窘迫，因此財政部只好審度時勢緩急輕重，以決定辦法的先後，共訂八策：一為減軍費。由於民國成立前各省獨立，支出均以軍費為大宗，所以應解中央款項均為截留，故首務在節減軍費；二為成立國家銀行，以期金融復活，工商振興；三為開鑄通用銀元，廢去生銀習慣；四為改良稅則以均國民負擔，尤應先改田賦及印花所得稅，但需假以時日，契稅及酒稅則可速辦；五為籌劃鹽煙專賣；六為劃分國家稅和地方稅；七為制訂會計法規，以期出納之確當；八為整理公債以保鹽民之信用。
從熊希齡在參議院的報告，可以看出民國成立初期財政的困難和嚴重情形。世界上沒有這麼奇怪的政府，要全靠舉外債來應付支出的。
5月3日袁世凱批准教育總長蔡元培的建議，將京師大學堂改稱北京大學校，大學堂總監改為大學校長，任命嚴復為首任北京大學校長。京師大學堂的前身是官書局，官書局的前身是京師強學會。
5月6日總統府秘書長梁士詒把已瀕停業的交通銀行增資復業。交行本為梁所創辦，後來被盛宣懷所排擠而脫離，現在梁是袁的大紅人，所以收回交行，自任總理。5月27日改組大清銀行（光緒三十三年成立，官商股各一半）為中國銀行，並定為民國政府的中央銀行，任命吳鼎昌為中國銀行監督。
5月7日袁任命魏宸組為國務院秘書長，張國淦為銓敘局長，馮自由為臨時稽勳局長。
5月18日袁令改大理院正卿為大理院院長，任命許世英擔任。