康有為八月初五早上離開北京，傍晚到了塘沽，就搭上招商局的海晏輪。海晏輪延期，乃於初六早上改搭太古公司的重慶輪，於11時開航。這時西太后已奪取了光緒的大權，北京政變已爆發了。不過康有為在船上一切都不知道，重慶輪過煙台停泊時他還上岸去買水果和石子。
康有為在搭乘輪船逃亡時，曾經留下兩份遺書。
一封是寫給他的弟子徐勤，托以後事，書云：
「吾以救中國，故冒險遭變，竟至不測，命也。然神明何曾死哉。君勉（徐勤的號）為烈丈夫，吾有老母，謹以為托，照料吾家人，力任大道，無憂慮也。同門中誰能仗義護持吾家吾國者，央神明嘉之。孔子生二千四百七十五年即光緒廿五年八月九日為絕筆告君勉仁弟，並示同門有志諸子。」
廿年後康有為60歲生日時，又在這封絕筆書上加跋，歷敘當時逃亡經過，跋云：
「此吾戊戌八月九日奉密詔到滬，付託門人徐勤勉之絕筆書也。先是難將作，門人林旭兩銜德宗朱諭來，第一詔命與同志籌救，謂朕位幾不保，不勝焦灼之至。乃與譚復生謀召袁世凱圖之。第二詔知為將陷不測，仍假托辦官報，命往上海，曰汝一片熱腸，朕所深悉，它日更效馳驅，共建大業，朕有厚望焉。且又曰：汝其愛惜身體，善自調攝。蓋以在外或安，在內則危，故特遣出外以救之，先帝之若心也。惟為雖奉上命即行，仍欲留京營救，譚復生以救上事自任，幼博贊之，促吾行，黃仲-告，令吾易僧服走蒙古，幼博跪力請，任公同固請，吾以死生命也，少年在粵遭華德裡落磚，如死久死矣。仍往天津經榮祿督署，乃先上招商局船，以無上艙，改乘英人重慶船於六日十時行。是日侵曉難作，先帝遭廢，六時步軍兵圍南海會館，幼博弟與門人程大璋、錢維驥捕逮矣。即閉九城斷鐵道，發緹騎三千，大索於京師，譚、林、楊、劉四軍機及楊漪川待御、徐子靖、張樵野兩侍郎鹹被逮，黨獄大興。既不得吾，則又大搜天津陸海，馳電全國，附以吾影像托於各國領事，連日滬船搜捕嚴密，而吾以五日曉出京，晏然不知也。七日船泊之罘，吾登船游眺，拾海濱五色石數籃而後登船。是時煙台道己奉密捕之電，惟有他事出，在輿中接電不識。及檢知即還之罘，而吾船已行矣。乃命飛鷹兵艦逐吾重慶，而飛鷹適載炭不足，遂中道不及。將至滬，吾門人憂甚，紛紛租小輪舟出吳淞外接之，而實無從著力，蓋洞察防範已備也。
九日至吳淞外卅海裡，英吏登舟持吾像遍視，及吾，延入臥室，出像問曰：汝誠弒耶？吾驚問，乃出偽懿旨相視，曰康有為進丸毒弒大行皇帝，著即行就地正法，欽此！吾即大哭，即投海，英吏抱我曰：外傳事未實，姑少待之，遂扶吾過英艦，然以為上必無幸，終當投海耳。乃賦詩曰：忽灑龍-翳太陰，紫微移座帝星沉，孤臣辜負傳衣帶，碧海波濤夜夜心。更念老母無以為養，眾門人忠肝義膽不以死生易心，不以寒暑易節，可以寄托者，莫如三水徐勤君勉，乃寫此書及與吾內子張妙華夫人一書，令其善事吾母，附以詩，令僕藏之，俟吾不測。今閱廿年，君勉經海珠之變而無恙，吾與張夫人倖存，今日門人為吾與張夫人雙壽介觴，張夫人亦於戊戌被捕幸脫者。
君勉在高弟被捕，麥孟、華孺、博五、覺任、公裕數人之列者。事閱廿年，吾歲六十，當覽揆之日，君勉子良出此書請題，舊夢前痕，我心惻惻。
吾一身經萬死本不足計，然吾如被逮於朝，先帝既夕弒，吾永為叛逆，若范蔚宗而國事立可知矣。然吾經十死而不死，今竟能介壽，豈非天命哉？然而此廿年中大劫頻仍，朝市變易，國務日落、民生多艱，補天無力，重負先帝重建大業之望，深慚衣帶之詔，一死固不足塞責，惟有愧恧感憤而已。此紙寫於由重慶船渡兵艦之小輪舟中，索得舟中惡紙劣筆，匆遽寫之，故不成書，聊以傳言。君勉保存至今，從吾患難廿年如一，益敬不懈，夫與吾游而黨者，不啻千萬，其始勤終怠，或中道而變者，不可量數，賢哉君勉，臧洪疇也，橫覽天下豈可得哉。丁巳二月五日康有為年六十覽揆時跋此。」
第二封也是在重慶輪所寫的絕筆書云：
「我專為救中國，哀四萬萬人之艱難而變法以救之，乃蒙此難。惟來人間世發願專為救人起見，期皆至於大同太平之治，將來生生世世，歷經無量劫，救此眾生，雖頻任患難，無有厭改。願我弟子，我後學體吾此志，亦以救人為事，雖經患難無改也。地球諸天隨處現身，本無死理，至於無量數劫，亦出世人而已。聚散生死，理之常，出入其間何足異哉！光緒廿四年八月九日康長素遺筆。到此無可念，一切付之，惟吾母、吾君之恩未能報為可念也。」
康有為也在這篇絕筆書後題跋云：
「此光緒戊戌八月吾將投海時遺墨也。是時京師調兵三千，閉城斷鐵路而大索。吾以四日奉上密旨便行，五日遂行至津乘招商局船，而無上艙，遂以六日曉乘英重慶船行至滬，則滬又大搜矣。英領事派人以後旨見示，偽旨雲已革某官康有為進丸毒弒大行皇帝，著即行就地正法，欽此。吾見上已大行，只有投海，英人抱我曰：聞上實在，雖欲死請少緩，姑待消息如何？乃投海未遂也，乃寫此與門弟子，並與徐君勉一書，令其善視吾母，預為再投海計也。不意廿餘年歸國無恙，重睹是書於廬山黃龍寺婆羅雙樹之下，亦可感矣。吾雖不死，而中國日危，然亦可知死生有命，非人所能為此。廿年中自庚子拳匪之變，辛亥之革，南北之爭，大官富豪死者如麻，吾故舊士亦鮮有生存者，若貧賤之民，死於溝壑兵燹不可數，而老夫尚能曳杖看山，與五老周旋，既感慨亦自意也。戊午八月朔康有為題」。
康有為逃抵香港後，北京消息雖多，都是惡劣萬分的，尤其是六君子死難後，連收殮屍體的人都沒有。康雖得活，卻無能為力，只好拜託英人李提摩太。李提摩太是一位傳教士，對中國當時維新運動出力不少，尤其是在戊戌政變後，他在中間奔走不遺餘力，非常難得。下面是康寫給李提摩太的密函：
第一函——
「李提摩太先生閣下：四日一別，並言敝國宮庭之變，僕是日受皇上密詔，令設法求救，而貴公使不在仍無及矣。五日即有大變，致我聖明英武，力變新法之皇上被廢，並聞旋即遇弒矣。嗚呼痛哉！偽臨朝慈禧淫昏貪毒，守舊愚蔽，乃敢篡位幽弒，自稱訓政。夫天無二日，民無二主，安有臨政廿年天子，英明變法如此，而待訓政者哉？我國經義，帝者以嫡母為母，不為庶母為母，偽慈禧在同治則生母，在今上則為先帝一遺妾耳，豈可以一淫昏之宮妾而廢聖明之天子哉？淫後毒死我顯後，鴆我毅後，憂怒而死我穆宗，今又廢弒我皇上，真神人所共憤，天地所不容者也。向來阻抑新政，及鐵路三千萬，海軍三千萬，皆提為修頤和園，昭信股票則起天津行宮，致國弱民窮，皆由於此，將來以國托與強鄰，則不惟敝國之憂，亦地球大局所關也。僕身經十死，荷蒙貴國保護，得全性命，俾傳密詔，伏乞轉求貴公使電達貴政府主持公義，保我皇上聖躬，全我皇上權力，施我大德，感且不朽。我皇上必將有格外圖報以扶亞東大局，抑貴國實利賴焉。謹為我在貴公使前謝保護之德，謹代我大皇帝求救，惟垂哀察。名另具。舍弟無辜被戮，肝腸寸裂，其遺骸不知何在？恐無敢收者，先生仁心義聞，暴著天下，向來捧襟，幸托相知，舍弟亦托交末，伏乞先生代收遺骨，寄交渣甸怡和輪帶交香港（用西字信）渣甸行買辦何東轉寄，便可得收，所有運費船紙，望代寫辦以便匯上。計先生以道德救人為事，必許之也。冒昧瀆請恃仁人之能救人也。敬請道安。名另具。
另函致容純甫者望代妥密交，各情並告知，此函亦並示之。再若運骨而歸，寄港船票不用寫明是何人收，但求將該票夾入西字信，一面直寄港，到港時何東自然與弟料理妥當也。又後。另有一函寄慰楊孝廉米裳，望托人妥確交出，此人是楊深秀御史之子，其父無辜被戮，殊可哀痛，故寄此信慰之，並托先生收骨也。又啟。
同時被戮之楊侍御深秀，譚京卿嗣同，皆弟至交，並義士也，其林京卿旭是弟門生，楊京卿銳、劉京卿光第皆志義之士，並遭此難，未知有人敢收其骨否？先生若能推愛並施大仁，收其遺骸，加以殯殮，待其家人領去，不勝感禱。弟子啟。」
康有為以為李提摩太尚在北京，所以拜託李收殮六君子的遺骸，可是李事實上已經去上海，所以這封信沒有送到李的手中。從這封信上看到，康有為在香港是受到何東爵士的掩護，當時何東不過是渣甸洋行的買辦，對中國變法頗多贊助。
康致李第二函——
「李提摩太先生足下：日前著門人湯覺頓到滬，承推愛錄用，感甚。近聞貴國大集兵於威海，並議聯約德、日、美各國伏義執言，將以救我敝國皇上復辟。僕親奉密詔，奔走求救，前在香港，曾面晤提督白麗輝君曰：必以救我皇上為主，指頸矢誓，慷慨仗義。今誠得貴國一舉而我皇上之位可復，正敝國之新政即可行矣。夫慈禧之篡廢，並欲為帝也。但為群小所牽迫為之耳。其始則太監李蓮英曾被皇上廷杖，故恐皇上殺之，乃日造謗言於慈禧前，謂皇上將廢之，積毀銷金，慈禧信之。榮祿素媚李蓮英，又藐視皇上，其出督直隸省，有歷陳地方辦事情形折上慈禧，無折上皇上。皇上知之，嚴旨申飭，榮祿畏皇上英明，乃迫慈禧以廢立之事。且皇上欲行新政，而荒謬之老臣皆當罷黜，故環求於慈禧以廢立也。然則慈禧之廢立，但為群小所牽率以保全性命耳。若有大國剴切解諭與之立約歸政，請皇上待以不死，厚與數百萬之供給，亦非不歸政也。
僕將詣貴國求救，道過日本，其國民思救我國，情意踴躍，故暫勾留，擬十一月乃動身。足下若暇能來此同游貴國，俾識貴國通才，不勝企望，若度貴國月間即能定救敝國之事，亦懇速函通知，俾僕緩行，至要！
再者門生知縣龍澤厚志行高潔，學問通博，聞京師有議捕之，奔走避地，流難無歸，若報館能多用人，請為錄用，俾得枝棲，幸甚。敬謁興居。名另具。十月初八日」
康此函亦有一跋云：「謹按此書為俠士梁鐵君代書。梁君名爾煦，順德人，講王學。戊戌從亡後累年，丙午七年以行刺那拉後，為袁世凱所殺，烈哉。附書於此，癸亥正月康有為。」
梁啟超致李函——
「李提摩太先生閣下：自初六日北京一敘以後，敝邦變故日甚一日，皇上幽囚，志士慘戮，痛不忍言。教師康先生得貴國之保護，幸脫虎口，聞系都中有人致電於上海貴領事，想出於足下之手，大邦仗義之盛心，與足下待友之忠悃，令人感謝無已。弟自別後，為日本政府所保護，安抵東京，近已與康先生相見矣。每念地球各國變法之始，無不流血滿地，今弟等雖遭此變，而心愈奮銳也。惟東方之局日亟，若貴邦與美日兩國不早為計，他日俄人羽翼既成，無復可望耳，望足下與貴邦諸君子急留意也。康先生在北京時曾承足下代屬覓一翻譯之人，今有教友湯君覺頓亦康先生之弟子，學問優良，才識博雅，今特令其來滬，以供驅策。謹以信為之先容，伏乞延見，即叩以所學，定知吾言之不謬也。專此奉布，不多及。此請大安。弟梁啟超拜。十月一日。」
李提摩太不僅支持維新運動，而且對康黨幫助甚力，且為患難知己，實屬難得。從康有為寄到上海給李的函中，可見康黨寄望於李提摩太打通英國政府，用兵力支持光緒復辟。這種作法實足以激起守舊派和中國士大夫階級的反感，同時也促成守舊派傾向反動而造成義和民事件的爆發。
李提摩太是救援康有為的主力，這可以從李的助手程濟的追憶文中看出。程文是跋康梁給李函之後，文云：
光緒丁戊之間，余佐英人李提摩太君辦上海廣學會。廣學會者，廣譯泰西史及科學諸書以啟牖吾國民智者也。戊戌四月下旬，清德宗景皇帝痛甲午之恥，發憤圖強，銳行新政，是時所發諸諭旨，皆出自南海康先生手。康先生以工部主事一微官而得君如此其專，古人中不多睹也。時景帝欲特開懋勤殿，拜李君為顧問大臣。七月廿四日（註：即戊戌年）李君與余航海北行，月杪至京，寓英公使署，適英使避署外出，翌晨乃逕至米市施醫院。八月三日午後康先生來言：新政施行甚難，吾頃奉諭旨辦上海官報，明日將南下矣。吾欲乞友邦進忠告，而貴邦公使又不在京，至可惜也。李曰：竟不能調和西宮耶？康曰：上行新政，盈廷衰謬諸臣恐被黜，哭訴慈禧，慈禧信之，致橫生阻力，夫復調和之可言。
六日午後梁啟超偕徐君化鏡來，兩人抱頸而哭。李曰：哭胡為者？立速謀補救之策。余曰：究竟現在情形若何？梁曰：垂簾之詔已頒，有廷寄與沿江海督撫，務獲康先生而甘心焉！譚復生等亦已不入內，無所謂新政矣。倉皇間拭淚而別。忽容純甫閎來函言政府緹騎四出，梁氏甚危，能為之地否？李曰：梁固知趨避者，毋煩余為劃策也。作答書竟負手倚門立，有頃，以淡巴菰一枝貽余，而自吸其一，與余對面坐於短榻上，謂余曰：西人之覘國者，皆言貴邦政治已入正軌，循序以進，不難富且強，不圖有此挫折。余曰：全國風氣不開，諸頑閹黨群附慈禧，欲革新政治，豈易之者，雖然康先生恐不免矣。李曰：在海舶中當無恙，到上海則甚危險矣。余曰：上海貴邦總領事白理南君非吾廣學會會長乎？李曰：然，但能否盡力不可知也耳。余曰：萬國皆保護政治犯，先生盍發一電以救之。李不語，久又曰：電可發，恐無補耳。且不知所附何船。若在華法界登陸，則敗矣。余曰：亦惟盡心焉而已。李頷首者再，凡數易稿，乃授余曰：知此事者惟吾兩人，宜深秘之。余雖無憚於貴邦政府，惟在貴邦多交際，則亦不得不爾。余且諾且攜稿出外，發電而回。
英領事白君得電請示於倫敦政府英首相沙士勃雷，候復電允許，乃派工部局員濮蘭德乘兵艦至吳淞，得康先生於重慶輪船，乘風破浪直抵港，是為康先生出險之始。此外諸事則人多知之，毋俟余之贅述。茲所黏存手札十餘紙，乃康在港時與李君書也。李在滬與余晨夕聚處，書札悉以付余，余故得而保存之。此外康先生致餘者尚有一函，並贈余詩一首，家人以時禁方嚴，竊取而焚之，所存者僅此。……冊末一札為梁啟超手跡，啟超久叛其師，無足論者，自戊戌以來，於清室則時或保皇，時或革命；於袁氏則時或詆毀，時或服從。今且公然謂吾國人才以戰國時為最盛，此孟子所謂率獸食人，人將相食之時也。又謂自漢武帝尊孔後數千年來，學無進步，人才日衰，今宜無限制輸入外國學說，則欲率國人盡棄其學而學外人矣。此系歡迎英人羅素之辭，見於南北報紙者，反覯此札，具言師弟之間沆瀣幾若一氣，並有雖遭此變而心愈奮銳之語。吾欲知其奮銳之所底止，故附此札於康書之後，以觀其究竟焉。後戊戌廿六年，癸亥七月將檢付裝池，因志其緣起如此。陽湖程濟。
康有為逃到香港後，住在港紳何東家中。九月初五他東渡日本。這時梁啟超也由日本人掩護逃到日本。
維新變法和戊戌政變一幕就是這樣過去了，在這事件中有一個人沾到了「便宜」，就是在小站練兵的袁世凱。