榮祿到天津出任北洋大臣後，就積極安排在九月間舉行一次盛大閱兵典禮，要恭迎光緒皇帝奉慈禧駕臨閱兵。傳說待慈禧到了榮祿的軍營中後，立即宣佈廢黜光緒皇帝，所以七月初光緒皇帝在聽到外間傳聞時，很激動地對慶親王奕-說：「朕誓死不往天津」。於是外間又傳說天津閱兵之議取銷。不過到了七月廿日左右，懷塔布、立山等七個守舊派連袂到天津去看榮祿，幾天後御史楊崇伊等又到天津去看榮祿，外間都不知道這些守舊派和榮祿談了些什麼，只是不久之後榮祿突然調聶士成的軍隊五千駐紮天津，又命董福祥的軍隊移駐長辛店（距北京彰德門40里）。這種種行動都不是簡單的，使光緒在深宮中極受刺激。
對舊黨來說，自懷塔布等六堂官被斥革後，接著在七月廿二日李鴻章也被撤去總理各國事務衙門大臣，因此內務府的臣子們環跪在太后面前，一致泣訴皇帝妄變祖法，欺壓滿籍舊臣，要求慈禧重行臨朝訓政。御史楊崇伊並擬了一個請太后訓政的奏折給榮祿看，榮祿很贊成，並給慶親王奕-看，奕-也贊成，並和李連英一道跪在慈禧前，懇請她老人家親政。慈禧當時並沒有立刻答應，不過政變的醞釀已經成熟了。
另一件事正是慈禧和光緒短兵相接的。在六月間，康有為請開懋勤殿（在乾清宮西廊，離南書房很近）設顧問官，王照也作此請求。光緒命譚嗣同參考康熙、乾隆、咸豐三朝的先例來草擬上諭，在七月廿八日把這道上諭持往頤和園請慈禧同意。不料慈禧不但不同意，且面色非常難看，把上諭往御座旁一扔。光緒知道他的處境很惡劣，而守舊派又把慈禧包圍得很緊，他們母子之間本來已經很淡漠的關係，至此到了瀕於破裂的階段。這種局面之下，光緒實在是陷於進退維谷境地。
自從頒行新政以後，光緒這位年輕皇帝真是朝乾夕惕，宵旰勤勞，因為皇帝要親閱奏章，無論什麼人的奏章都可以直接送到皇帝御案。光緒一早起來就看奏章，到天黑都看不完，後來皇帝只看重要的，其他則分給四京卿去看，仍看不完。奏章的格式也不統一，有的竟用二尺長紙一直寫下去。其中也有攻訐皇帝的，如湖南省有一個舉人就上書痛責光緒，說：
「變祖宗之法自稱開創，置祖宗於何地？」
光緒一方面如此勤行新政，另一方面又要對付守舊派的反對，實在是非常艱苦的。
光緒廿四年（1898年）七月廿八日，光緒突然賜給楊銳一道密諭：
「朱諭：近來朕仰窺太后聖意，不願將法盡變，並不欲將此輩老謬昏庸之大臣罷黜，而登用英勇通達之人令其議政，以為恐失人心。雖經朕屢次降旨整飭，且有隨時幾諫之事，但聖意堅定終恐無濟於事。即如十九日之朱諭，皇太后已以為過重，故不得不徐留之，此近來實在為難之情形也。朕亦豈不知中國積弱不振，至於阽危，皆由此輩所誤，但必欲朕一律痛切降旨，將舊法盡變，而盡黜此輩昏庸之人，則朕之權力，實有未足。果使如此，則朕位且不能保，何況其他？今朕問汝，可有何良策俾舊法可以漸變，將老謬昏庸之大臣盡行罷黜，而登進英勇通達之人，令其議政，使中國轉危為安，化弱為強，而又不致有拂聖意。爾等與林旭、譚嗣同、劉光第及諸同志妥速籌商，密繕封奏，由軍機大臣代遞，候朕熟思審處，再行辦理。朕實不勝緊急翹盼之至。特諭。」
同時又有一道密諭交楊銳帶給康有為：
「朱諭：朕惟時局艱難，非變法不足以救中國，非去守舊衰謬之大臣，而用通達英勇之士不能變法，而皇太后不以為然，朕屢次幾諫，太后更怒。今朕位幾不保。汝康有為、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第可妥速密籌，設法相救。朕十分焦灼，不勝企望之至。特諭。」
憑心而論康有為和他的新政幹部都是一群書生，應付一個非常局勢，既缺乏經驗，又沒有深長的考慮，所以當康有為在南海會館和楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第接到光緒的朱諭時，大家都有點手足無措。光緒向他們求救，他們也沒有真正的良策。他們在幾經交換意見後，想出了四條對策，然而這四策都不切實際。那是：
第一：仿照日本設立參謀本部，使皇帝能直接統御軍隊，成為事實上的海陸軍大元帥。
第二：索性革新得徹底，宣佈改元為「維新元年」。
第三：遷都上海，以脫出太后和舊黨的迫害。
第四：召見在小站練兵的袁世凱，因為他曾參加過強學會，現在正練新軍，應該說是一個新政派的人，請皇帝在召見袁的時候，予以溫慰，要他為皇帝效力，保護皇帝。
康有為等為什麼看中了袁世凱？是因為袁曾參加過強學會，被新黨黨人認為是一位同路人，而袁這時正在練新軍，手中握有兵權，如果能爭取袁加入，自可有一番作為。從這一點看起來就可以證明維新派的手法不夠高明，而且對袁世凱的認識不夠深刻。至於上面的四個對策，第一策完全是空的，因為在北京附近的軍事指揮完全在北洋大臣榮祿手中，皇帝做了海陸軍大元帥毫無用處，根本掌握不到軍隊。至於第二策改元維新對當前局勢毫無用處。第三策遷都上海更是千難萬難。
光緒在這四策中選了第四策，就是召見袁世凱。
袁世凱自光緒廿一年（1895年）十月受命在小站練新軍後，到光緒維新變法時，已經練軍歷時兩年多了。在這期間他練新軍，加入強學會，受李鴻章和榮祿的寵信，是一個又新又舊的熱門人物。當時北洋大臣下面統轄三支部隊，一支是董福祥的甘軍，一支是聶士成的武毅軍，一支是袁世凱的新建陸軍，在這三支軍隊中以袁世凱的新建陸軍最整齊，士兵訓練有素，軍紀嚴明，儼然成為那一時期北方的主力。
由於袁半新半舊的政治態度，使維新派的人認為可以拉袁來擔任勤王的任務。
光緒皇帝深知自己帝位搖動，必需有一良策來解救。當他接獲康有為等所獻四條密策後，乃立即採取爭取袁世凱為已所用這一策，於八月一日在頤和園召見袁世凱，溫語慰勉。袁離去後，並降旨嘉獎，命以侍郎銜專辦練兵事務。第二天（八月初二）又召見袁一次，勉勵袁努力任事。
袁被光緒召見是公開的，守舊派不知袁的態度，見袁獲旨嘉獎，又加侍郎銜，當然怕袁已投效新派，於是立即請求榮祿應付可能的新變化。榮祿乃調聶士成守天津，以阻斷袁由小站調兵入京之路；調董福祥軍移駐長辛店以防不測。
在七月底和八月初這些日子中，北京和天津，到處都是謠言，一說維新派要謀害慈禧；一說守舊派迫光緒前往天津閱兵時把他廢黜；還有個謠言說慈禧要毒殺光緒。光緒被這些謠言所困擾，也為自己的帝位而擔憂。
八月二日他寫了一封密詔，交林旭帶給康有為：
「朱諭：朕今命汝督辦官報，實有不得已之苦衷。非楮墨所能罄也。汝可迅速出外，不可延遲，汝一片忠膽熱腸，朕所深悉。希愛惜身體，善自調攝，將來更效馳驅，共建大業，朕有厚望焉。特諭」
當新政頒行時，光緒曾將上海《時務報》改為官報，派康有為督辦其事，只是一連串新政推行中之一，康有為離不開北京，光緒也離不開康有為。不過，到了這時，情勢已非常緊急，光緒自己對當時情勢如何變化，毫無把握，希望康有為能夠離開北京，因為他是倡議維新變法的首腦，是慈禧和守舊派恨入骨髓的人，如果康有為不落在舊派手中，則康在外活動，當使守舊派有所顧忌，而康既可保持生命，還可待時而動，以相呼應。光緒這番苦心，實在是很令人感動的。
當康有為於八月初三早上奉光緒密詔，要他速赴上海時，新黨的人知道這是紅色的警號，表示光緒皇帝的處境，危機四伏。因此康有為立即寫了一個謝恩的奏折，聲稱決於初四日離京去滬，同時矢誓要拚命拯救皇帝。這封奏折交林旭帶回宮去。然後康和譚嗣同、梁啟超、康廣仁（康有為的兄弟）等籌商營救皇帝，和應付當前局勢的辦法。大家哭了一場，決定了幾個緊急步驟：一是由譚嗣同去找袁世凱攤牌，要袁站在光緒這一邊，以兵力保衛皇帝；一是由梁啟超到金頂廟容純甫那兒去刺探消息。而康有為則分向各方寫告別信，收檢行李，直忙到天亮。初四早晨九點鐘，康往訪英籍友人李提摩太，要見英國公使，而英公使到北戴河避暑去了。又去看伊籐博文，希望伊籐能往見慈禧，勸太后勿對光緒不利。
譚嗣同是初三晚上由南海會館到法華寺袁的寓所見袁的。袁世凱在初一和初二都蒙光緒召見，初三晚上忽然見到光緒所親信的京卿譚嗣同來訪，當然知道一定有重大事件。他佯作鎮靜地迎接這位不速之客。他們坐定後略作寒暄，譚就單刀直入地問袁：「皇上是何等樣人？」袁答：「當然是曠代聖主。」譚說：「天津閱兵要行廢立的事，足下知道嗎？」袁說；「也曾風聞。」於是譚就拿出光緒的手詔給袁看，然後對袁說：「當前能救皇帝的，只有足下，足下忠義著於天下又受皇帝特達之遇，今值皇上有難，足下若能救則救，如不願意的話，」說至此譚嗣同摸摸自己腦袋：「可往報太后，譚嗣同的頭顱可換足下的高位。」袁聽了變色說：「足下把袁某當作何等樣人？聖主是我輩共同擁戴的，足下與我同受聖主特達之遇，救護之責也是共同的，足下有何高見，某願聞其詳。」譚以低沉而嚴肅的語氣對袁說：「傳說榮祿奉太后密詔，預備趁天津閱兵的機會，脅迫皇上退位，另立新君。榮祿所恃的，是足下和董、聶三支軍隊，他要行廢立大事也必需賴這三支兵力。董、聶二軍如與足下新軍對抗，必非敵手，天下健者惟有足下。愚意以為，如果禍變發生，足下以新軍壓制董、聶兩軍，護衛皇上，驅逐舊黨，整肅宮廷，這是千秋大業，不朽的功勞。」袁也以嚴肅的口氣答說：「如果天津閱兵有變，皇上可移駕到世凱營中，傳諭殺賊，新建陸軍必能受詔完功的。」譚見已入港乃追問一句：「榮祿待足下有恩，足下如何能對付他呢？」袁一臉忠義之色答：「救君父是公，榮祿之情是私，公私不能兩全，惟有奉公而忘私。」譚覺得袁的確可以托以重任，於是就和袁詳詳細細地商量種種細節。最後袁對譚說：「現在營中槍彈火藥都在榮祿手中，事情既然如此急迫，僕必須先回天津去做一番佈置。」兩人互相叮囑一番，這時已是午夜，譚才告別。
譚嗣同午夜訪袁，本是政治上一個大冒險，但是政治上的重要關頭，任何行動總有三分冒險性，當時情勢也實在沒有別的路可走，明知是險棋也只好下了。據說林旭不贊成譚找袁，所以曾寫了一首詩給譚：「伏蒲泣血知無用，慷慨何曾報主恩，願為公歌千里草，本初健者莫輕言。」這首小詩是借東漢末年何進召董卓兵入京誅宦官故事來警告譚。千里草是指董卓，本初則指袁紹，都是影射袁世凱。
袁世凱當時是一種什麼心境，實在很難說，他後來曾寫過一篇文章敘述整個事情的經過，在那上面全是為了洗刷自己而作的交待，至於康梁後來所寫戊戌政變的文章，則是相反的說法。不過袁的任何決定，當然是他個人對自己人格道義以及歷史的一個很重要的決定。袁是個聰明機警，同時政治觸角很敏銳的人，他所作的決定，自然是經過了慎重的考慮，同時也是衡量過成功和失敗的輕重。要知道當時的袁是一個新舊兩派的騎牆人物，他在新派中還是個守舊的。他如果擁戴光緒成功，大功只在康、梁、譚等之下，何況與維新人物共事，無論在學識和政見上都屈居康、梁、譚之下；可是如果他出賣光緒和維新派，則他就是第一大功，在守舊派諸人中，除了李鴻章外，他便是第一等人物。他完全不把守舊派的人放在眼中。在新舊之間的選擇，投奔守舊派對他是有利的。
譚嗣同與袁世凱初三日晚密談後，光緒聽了很高興，於是初五日再召見袁世凱予以嘉勉。
袁世凱在八月初五日第三度蒙光緒召見後，立即搭火車返天津。傍晚抵津，下車後即往見直隸總督榮祿，把譚嗣同的計劃和盤托出。當晚密談到午夜，第二天早上二度密談，第二天晚上三度密談，並晚餐。這時慈禧垂簾訓政的電報已到達。因為在初五晚上袁第一次向榮祿報告後，榮祿親自入京向慈禧報告一切，初六日早上慈禧即以迅雷不及掩耳的手段採取行動了。
事實上過去一個月中，慈禧聽到的儘是新黨要作亂的消息，而直接要求慈禧重行訓政的，則是廣西道監察御史楊崇伊。他於八月初三日，就是政變前三日，曾上疏奏請維新變法不當，而要求太后重行垂簾訓政以轉危為安，疏云：「掌廣西道監察御史臣楊崇伊跪奏：為大同學會盅惑士心，紊亂朝局，引用東人，深恐貽禍宗社，吁懇皇太后即日訓政，以遏亂萌，恭折仰祈慈鑒事：臣維皇上入承大統，兢兢業業廿餘年，自東瀛發難，革員文廷式等冒言用兵，遂致割地償款。兵禍甫息，文廷式假托中憤，與工部主事康有為等號召浮薄，創立南北強學會，幸先奉旨封禁革逐，未見其害。乃文廷式不思悔過，又創大同學會，外奉廣東叛民孫文為主，內奉康有為為主，得黃遵憲、陳三立標榜之力，先在湖南省城開講，撫臣陳寶箴傾言崇奉，專以訕謗朝廷為事，湘民莫不痛恨。今春會試，公車駢集，康有為偕其弟康廣仁及梁啟超來京講學，將以煽動天下之士心。幸士子讀書明理，會講一二次即燭其奸詐，京官亦深知其要，遇有貪鄙者依附之，而唾罵者十居八九。不知何緣，引入內廷。兩月以來，變更成法，斥逐老成，借口言路之開，以位置黨羽，風聞東洋故相伊籐博文即日到京，將專政柄。臣雖得自傳聞，然近來傳聞之言，其應如響。伊籐果用，即祖宗所傳之天下，不啻拱手讓人。臣身受國恩，不忍緘默，再四思維，惟有仰懇皇太后追溯祖宗締造之難，俯念臣庶呼籲之切，即日訓政，召見大臣，周諮博訪，密拿大同會中人分別嚴辦，以正人心，庶皇上仰承懿訓，天下可以轉危為安。臣愚昧之見，繕折密陳，伏乞皇太后聖鑒。謹奏。」
楊崇伊上奏經過，（徐）凌霄一士隨筆中記載甚詳，內云：「御史楊崇伊之以危詞聳後聽政也，具折後謁慶親王奕-，蘄代奏。奕-有難色，崇伊曰：此折王爺已見之矣，如日後鬧出大亂子來，王爺不能諉為不知也。奕-乃諾之，至頤和園見後，面奏崇伊有折言事。後猶作暇豫之狀曰：閒著也是閒著，拿過來看看吧。既閱而色變，立召見諸大臣。」
楊崇伊字莘伯，江蘇常熟人，光緒六年庚辰進士，由庶常授編修。光緒廿一年（1895年）授御史，就任後第一疏即於是年十一月首劾康有為、梁啟超在北京所創設的強學會。結果奉旨查禁。光緒廿二年（1896年）又疏參翰林院侍讀學士文廷式革逐回籍。文廷式是光緒寵愛的瑾妃和珍妃的老師。照常理而言，楊崇伊發難於先，告變於前，他個人能揣摸慈禧的心理，抓住時機，應該可以從此青雲直上。卻不料慈禧親政後他並沒有大富大貴。這與袁世凱對比，兩人各自有命了。
楊不僅沒有飛黃騰達，反而潦倒不堪，光緒卅四年（1908年）八月，以浙江後補道丁憂回籍守制，寄寓揚州，竟持槍糾眾搶奪妓女，被江蘇布政使瑞-參劾，驅逐回常熟原籍，交地方言嚴加管束。
八月初六日的早上，慈禧乘鑾輿直入光緒寢宮，把所有文件都拿走。光緒驚惶失措，戰戰兢兢地跪在太后面前，太后指著光緒恨恨地說：「我撫養你廿餘年，你今天竟聽信小人之言要謀害我，你還有良心嗎？」光緒臉無人色，囁嚅地說：「兒子怎敢！」慈禧說：「呸！癡兒，今日沒有了我，明天還會有你嗎！」
就在這一天，慈禧傳旨重行臨朝訓政，理由是皇帝有病，需要休養。至於光緒皇帝，則被安置在三面環水的瀛台中「養病」。
慈禧重掌政權後，立即命步軍統領崇禮率兵前往宣武門外的南海會館捉拿康有為。康已於初五早上離開北京，崇禮只捕到康廣仁和康的弟子程式毅、錢維驥。又去查抄了張蔭桓寓所，把張也捕去。在搜捕康有為時，梁啟超正在譚嗣同的寓所，聽到了政變的消息，兩人相對黯然。譚這時很鎮靜，慨然對梁說：「在這以前我們一心想救皇上，可是到現在則連救康先生也沒有辦法了，我現在只好等死，你趕緊到日本公使館找伊籐博文，請他通知日本上海領事，設法援救康先生。」梁到日使館後，外面情形更惡化，他便請日使館給予政治庇護。譚在家中一直沒有事，初七還跑到日使館去看梁。梁和幾個日本友人勸譚逃到日本去，譚說；「變法是大事業，應該流血的，中國人還沒有為變法流過血，我願以死來答報聖主。」譚在初十被捕，他在監中題了一首絕命詩在牆壁上：「望門投止思張儉，忍死須臾待杜根。我自橫刀向天笑，去留肝膽兩崑崙。」御史楊深秀在政變後竟上疏責問皇帝被廢的原因，並反對慈禧訓政，於是他便被捕了。初九早上楊銳在床上被捕。林旭是在軍機處被扣。劉光第、徐致靖則是自己投案。
八月十三日下午二時，慈禧傳旨：「諭軍機大臣等：康廣仁、楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第等大逆不道，著即處斬。」下午四時，康等被押赴宣武門外菜市口行刑。康廣仁首先受刑。譚嗣同就刑之前，對監斬官剛毅說：「過來，我有話講。」剛毅紅著臉走開。林旭厲聲問：「我們未經審訊，究竟犯了什麼罪？」這六個人是維新變法後，戊戌政變的犧牲者，後人便管他們叫「六君子」。張蔭桓被遣戍新疆。徐致靖則被判永遠監禁。其他株連坐罪的尚有李端-、翁同-、黃遵憲、張元濟、宋伯魯、陳寶箴、陳三立等20餘人，或被發配，或革職永不敘用，或被囚禁，或交地方官嚴加管束。
六君子的簡歷如下：
康廣仁：是康有為胞弟，習西醫，因照料兄病赴京，維新後留京佐理康有為的文書。
楊深秀：山西人，曾任山東御史，力贊新政，曾劾守舊派許應。
楊銳：四川人，曾任內閣侍讀，為張之洞得意門生，曾贊助強學書局，後加入康所成立的保國會。
林旭：福建人，曾任內閣中書，為榮祿幕客，是康的弟子。
譚嗣同：湖南人，江蘇候補知府，才氣縱橫，學識淵博，曾在湖南倡行新政，極有成效。是康的私淑弟子。
劉光弟：四川人，刑部主事，曾參加保國會。
康有為挽六君子聯云：
殷干酷刑，宋岳枉辱，臣本無恨，君亦何尤？魂魄果有靈，當效正學先生，啟口問成王安在？
漢室黨錮，晉代清談，振古如斯，於今為烈。邦家況多難，恰如子胥相國，懸睛看越寇飛來。
慈禧重新訓政後，立即把新政全部推翻，已裁汰的衙門和冗員一體恢復，八股文仍然交運，武科照舊考箭刀弓石。維新變法唯一留到後世的政績，只有一個京師大學堂，便是北京大學的前身。
維新運動失敗的因素很多，西太后不支持是最大的原因。事實上，西太后是代表守舊派，而守舊派則不只是幾個人，相反的守舊派力量很大，不只在朝中，在野的很多讀書人也是頑固地反對變法。中國讀書人都是標榜奉行先王之法，所以倡行變法就是大逆不道，而變法的人也總是托古改制。
康有為提倡變法時，衛道者便群起而攻，如湖南的葉德輝給皮鹿門信中就說：「寧可以魏忠賢配享孔庭，使奸人知特遁之足貴，斷不可以康有為擾亂時政，使四境聞雞犬之不安；其言即有可采，其人必不可用。」又對人形容康有為：「其貌則孔，其心則夷。」
直接激起官場中整個反對的，是因為新政如果進行，就要打破了許多人的飯碗。在裁詹事府、通政司、光祿寺、鴻臚寺、太僕寺、大理寺等六個閒衙門的上諭頒布後，北京城內的官吏群情大嘩。接著又要裁撤湖北、廣東、雲南三個巡撫，一個東河總督和許多不辦運務的糧道，無鹽場的鹽道衙門。上諭中還說：「其餘京外應裁文武各缺，命大學士、六部、各省將軍、督撫，分別詳議以聞。」於是「群情大駭，謂帝大背祖宗制度，皆赴寧壽宮請太后保全，收回成命。」
還有「廢八股試帖楷法試法」表面上雖然沒有妨害任何人，實際上也影響極大，因為當時整個教育內容便是為了考八股，無數的讀書人日以繼夜應付考試以求功名富貴，忽然晴天霹靂，廢止了八股，讀書人們的心血光陰都付諸流水，前功盡棄。年輕的人從頭做起還來得及，年老的人豈不功名富貴無望了，他們對新政自然是痛心疾首。
梁啟超分析這些現象說：
「……今守舊黨之阻撓變法也，非實有見於新法之害國病民也。吾所挾以得拜第者，曰八股，今一變而務實學，則吾進身之階將絕也。吾所恃以致高位者，曰資格，今一變而任才能，則吾驕人之具將窮也。吾所藉以充私囊者，曰舞弊，今一變而竅名實，則吾子孫之謀將斷也。……吾今日所以得內位卿貳，外擁封疆者，不知經若干年之資俸，經若干輩之奔競而始獲也。今既……不辦一事，從容富貴，窮樂榮欲，已可生得大拜，死謚文端，家財溢百萬之金，兒孫皆一品之蔭。若一旦變法，則凡任官者皆須辦事；吾將奉命而辦事耶？則既無學問，又無才幹，何以能辦；將不辦耶，則安肯捨吾數十年資俸奔競千辛萬苦所得之高官，決然引退以避賢者之路哉。」
「張之洞嘗與余言，以廢八股為變法第一事矣，而不聞上疏廢之者，蓋恐觸數百翰林，數千進士，數萬舉人，數十萬秀才，數百萬童生之忌，懼其合力以謗己而排擠己也。」
一個社會，保守勢力總是巨大的，談改革就是要如何消滅愚昧和反動，把阻礙的守舊力量消滅，不能消滅保守的勢力就無法革新。求變求新是時代的需要，一個社會要進步就要不斷地求變求新。