朝鮮受中國文化薰陶最久。舉例來說，清王朝統治中國二百多年，在中國全部採用清歷，但在朝鮮，除了官書用清歷外，普遍的民間記載卻以崇禎甲申後第若干年為紀，由此可見中國文化對朝鮮的影響。不幸的是，清朝政府飽受列強的欺侮，已是焦頭爛額，所以在對朝鮮問題的處理上，舉棋不定，因此朝鮮內部便產生了很多主張脫離清朝自尋出路的主張。在這期間列強也在朝鮮勾心鬥角，袁世凱擔任對朝鮮外交和商務的重責，實在是很艱苦的。
這時他再度上書給北洋大臣李鴻章，獻議對朝鮮問題處理的策略，上策是：「乘朝鮮內敝，而日本尚不敢鯨吞朝鮮，列強亦尚未深入，我政府應立即徹底收拾朝鮮，建為一個行省。」下策是：「門戶開放，免得與日本或帝俄正面衝突，索性約同英美德法俄日意各國，共同保護朝鮮。」他的建議應該說是針對朝鮮的困難所作的良策，可惜那時清朝政府除了李鴻章外，大都是庸懦愚昧，對於他的建議便擱置不問。
從光緒十四年（1888年）起，朝鮮便開始蛻變，除了前述的派遣全權大使赴美國和歐洲外，還準備以關稅作押向列強借款，朝鮮的外交和關稅原來歸中國管理，因此朝鮮這樣作法，等於是對中國宗主權挑戰。當時天主教勢力深入朝鮮，守舊派對天主教反對得很歷害，煽動人民說天主教徒烹食小兒，由此遂激起民變，攻擊教堂，毆殺教徒。俄法美日各國均調兵自衛，袁世凱亦調水師入京城。韓王忽然宣佈邀請俄法美日四國的軍隊入宮保護，這一舉措簡直是給清朝政府嚴重的打擊。袁世凱一方面請北洋大臣鄭重詰責韓王，一方面促請韓王左右的親華派勸阻韓王，這時美俄兩國駐韓公使都把袁世凱看作是一個嚴重的阻礙。第二年朝鮮派赴美國的全權大使樸定陽返韓，韓王擬派樸定陽外務大臣，這等於宣佈外交的親美路線，袁世凱傾全力反對，可是閔妃則一心一意要實現樸任外相的計劃。袁世凱曾請韓臣鄭秉夏去報告韓王說：樸定陽是清廷所絕不同意和容忍他出任外務大臣的，請韓王懸崖勒馬，不可聽小人之言，影響大局。袁知道閔妃在這件事情上最堅持，他無法勸她，乃找到一位閔妃的救命恩人洪在義，請洪去勸阻閔妃，總算達到了目的。至於朝鮮政府企圖收回關稅的打算，是受到列強的鼓勵，以為可以用關稅作抵去借外債，因此自行撤換總稅務司。這種種跡象顯示朝鮮在蛻變，而列強則利用這些情勢得寸進尺。
光緒十六年（1890年）朝鮮的趙太妃去世。趙太妃是前王昭宗的皇妃，死時已80歲，她經歷了朝鮮四個朝代，代表朝鮮的舊傳統，傾心歸向中國，很得韓人的愛戴。閔妃雖擅權，但礙於老太妃，還不敢放肆，趙太妃一死，閔妃遂更為猖狂了。她感到自己的丈夫沒有定見，時常在和大臣討論國事時，聽從大臣的意見而和她的決定相違背。因此她認為最好能使國王不聽政，由她一人擅權，才可為所欲為，因為她最怕的是國王和他父親大院君重新合作，她知道自己的丈夫和誰接近就聽誰的話，所以她盡一切努力阻止大院君父子接近。她對國王說：「趙太妃等於是你的母親，你應該守孝，不宜親政，也不必接近大臣。」國王是怎麼說怎麼好。便乖乖地接受閔妃意見，真的足不出戶在宮中守孝。自此朝鮮國事，無論大小全由閔妃作主。閔妃一方面主持政務，一方面把重要的職務完全交給親信的人接任，倚賴親信閔周鎬，起用已罷黜的樸定陽。原來樸定陽，是袁世凱最堅持要罷黜他的，袁的本意不足罷黜他，還要求朝鮮當局重懲他，由於閔妃維護，乃以永不委任樸定陽擔任外交職務為折衷條件。這一宣佈才幾個月，閔妃又起用樸擔任政務。國王也許是在深宮悶得大慌，因此大病一場，閔妃並不為自己丈夫生病而憂愁，反而感到自己可以獨斷獨行而高興。
清廷接受了袁世凱的要求，對於趙太妃的喪事，給以隆重的祭奠，派遣特使前往唁問，袁世凱抓住了這個機會要求韓王一定要親自郊迎，以消除外邊的謠言。袁這一舉措的目的是在重振中國的宗主地位，這時美、俄、日等國公使透過韓臣勸國王只應在宮內接見清使，國王這次倒是有了主見，親自前往郊迎，禮儀非常隆備，使列強各國為之側目。
光緒十七年（1891年）袁世凱的嗣母牛氏病危，袁得急電乃請假回籍，李鴻章命袁舉薦代理人，袁推薦唐紹儀。唐這時擔任龍山理事官，袁給李鴻章的電報說：唐紹儀忠直明敏，膽識兼優，通曉韓情，可當大任。李鴻章批准了袁的要求，於是袁世凱乃兼程返里。他回到鄉間不久，牛氏逝世，乃請假100天在原籍服喪。
袁世凱銷假赴韓已是光緒十八年（1892年）四月，這時俄人計劃從俄境海參崴鋪設鐵道到韓境元山，日人擬包辦由釜山至京城的電線，並建議中國主辦義州至京城的電線。唐紹儀反對得很激烈，袁世凱返韓後也完全支持唐的主張，堅持朝鮮的電政是中國主權，不允分割，終使俄、日打算落空。這時朝鮮國庫空虛亟需貸款，袁乃命旅韓的粵商同泰順承辦借款20餘萬給朝鮮，由朝鮮關稅中分年償還本利，禁止朝鮮再以關稅去抵押其他債款。
這一時期的朝鮮，國王昏聵，閔妃弄權，官吏貪污，盜匪猖獗，民窮財盡，路無行人，滅亡的命運已至不可避免的境地。在這種情形下，朝鮮又出了東學黨起義。
東學黨起義給日本造成一個奪取朝鮮的機會，也促成中日的甲午戰爭，對於東方近代史，是很重要的。
東學黨是一種半宗教性的會黨組織。什麼叫做東學黨呢？它是合儒釋道為一體的東西，它是朝鮮保守舊勢力對抗西方勢力的一種民間組織。它的立意既然是對抗西教，所以自號東學。它的醞釀經過了若干年，其情形極似後來在中國發生的義和團。開始並不叫做東學黨，直到一個崔時亨的人出來替天行道，東學黨才盛行朝鮮。崔時亨是朝鮮全羅道東阜系人，自號「緯大夫」，摘選佛老斷章片句，自成一家，輾轉傳授，信徒日多，饑民揭竿相從，公然要攻城略地。朝鮮政治腐亂，財政困難，軍隊糧餉不發，當然無心替王室作戰，崔時亨率領東學黨乘機起義，佔領了全羅道，轉攻忠清道，所向無敵，氣勢很盛，在全羅道有兵團千餘名悉數被殲，韓廷派遣洪啟薰率兵進討，兵將都不用命，韓廷中有大半數主張請袁世凱代為征討。袁認為必須依條約邀日本共同出兵，所以一面電北洋大臣陳述意見，一面為韓廷劃策，建議用兵方略。怎知這時朝鮮民心士氣都已失盡，兵不聽命，將皆喪膽。北洋方面獲知朝鮮東學黨起義，乃派兵船一隻，載精兵二三百人登陸仁川，另派提督葉志超率一千多人為後援，可是日本兵艦已載日兵七千餘分向仁川、釜山登陸，在所有戰略要地佈防。東學黨見中日均有大軍到臨，遂紛紛作鳥獸散，中日遠征軍均未發一槍一彈而東學黨即已潰散。亂平後日軍仍駐紮各重要地帶，袁世凱看出日本別有用心，因此親往訪晤日本公使大鳥，對大鳥說：貴國大兵已至，中國先頭部隊雖少，繼續還有大軍增援，現在亂黨已平定，中日兩軍如留駐朝鮮，可能因細故而生隙嫌。萬一發生事端，必導引歐美各國派兵來韓，這樣一來不止是朝鮮的災難，亦對中日兩國均不利，為今之計不如貴我兩國同時撤兵。大鳥則對袁答覆說要把袁的這番話報告日本政府，其實這不過是拖延策略。
清廷運兵至朝鮮的軍艦名濟遠艦，管帶（即艦長）方伯謙率艦泊仁川港口，見日本軍駐仁川的一天比一天多，深恐萬一發生糾紛眾寡不敵，為日軍所乘，因此通知袁世凱後徑行移船先去。清軍一退，朝鮮京城和仁川到處都是日兵，中國旅韓商民紛紛遷避。日軍咄咄迫人，袁世凱坐困朝鮮。他奉李鴻章的命令是繼續敦促日方撤兵，可是在那種情形下，日兵如何會撤呢？袁因此密電北洋，請急調南北洋水師來援，同時集中陸軍駐防東北，以應緩急。並且請歐美駐華使節出面調解，可是一切都太遲了，日本抓住了這個機會，決心吞吃朝鮮，即使與清朝一戰也在所不惜。
日本在朝鮮既不理會清廷要求同時撤軍，相反的還陸續增兵挑釁，而在國際上則由外相陸奧重光提出一個中日兩國共同改革朝鮮內政的建議。日本這個企圖是看準了中方不會接受日本在朝鮮和中方站在同等地位共管朝鮮，只要中方不接受日本提議，日本便找到了翻臉的機會，借此獨斷獨行。
果然，清廷的答覆依然還是要日軍先撤出朝鮮才有談商的餘地，而日本則厚著臉皮，橫蠻地堅持先要討論改革朝鮮內政問題，待這個問題有了具體結果，才能撤兵。
清政府中有頭腦應付中日問題的，只有李鴻章一人，李鴻章當時應付國際局勢的策略是「以夷制夷」。這個策略不一定是最好的策略，但在當時的情勢，也只有這一著棋。所以日本在朝鮮問題上向清廷攤牌，李鴻章知道無法與日本訴諸戰爭，乃轉而希望用俄國對付日本。因為俄國對朝鮮也有興趣，也已插手，自然不願見日本佔有特殊利益，因此李鴻章便透過俄國駐華公使喀西尼，希望帝俄出面干涉，或由帝俄聯合英美法意各國，制止日本的野心。可是這時日本也向帝俄及歐美各國積極活動，解釋日本的目的是在改變朝鮮的現狀，清除朝鮮的反動勢力。各國鑒於朝鮮排外分子的過分頑固，對於日本的話也能接受，同時日本並向帝俄保證它對朝鮮沒有領土野心，決不侵佔朝鮮領土。這樣一來，李鴻章所憑借的一張王牌便打不出來了。當中日面臨決裂，李鴻章一再催促帝俄出面干涉時，帝俄的回答是：「俄國只能以友誼勸日本撤兵，不能相強」。於是李鴻章想透過國際干涉以阻止日本在朝鮮的野心這一計劃便落空了。
對於在朝鮮所發生的中日糾紛，清廷上下都很激動，愚昧的清廷朝野面對日本明治維新以來的進步竟是茫無所知。大家覺得若干年來受夠了英法等國的欺凌，一股怨氣無處發洩，如今還要受東洋小鬼的氣，實在是「是可忍，孰不可忍？」因此當時主張對日強硬，對日宣戰的呼聲高達沸點了。
瞭解當時清軍無法和日軍一戰的，只有李鴻章。李鴻章自同治十三年（1874年）日本侵襲台灣起，就主張以日本為假想敵擴充海軍。光緒十四年（1888年）開始，海軍經費就被挪用來修建頤和園，以作西太后晚年休憩遊樂之地，海軍從此即未添置新艦。中日甲午之戰爆發前六個月（1894年2月），北洋海軍提督丁汝昌請求改裝鐵甲船鎮遠與定遠上的大炮，需銀61．3萬兩，可是海軍衙門一文不名。這年四月李鴻章主持海軍大校閱，發現中國的海軍全無新艦，既無法和英美法俄的海軍比，也無法和蕞爾小邦的日本比。對日作戰需要海軍，海軍既然如此，怎能宣戰呢？
當清廷對日本和戰的爭論還未一致，日軍已大舉進駐朝鮮了，袁世凱一再向李鴻章請示方策，李鴻章所能指示的也只是命袁謹守崗位，引據條約促日本撤兵。除了這樣指示而外，毫無實際支援。可是瀰漫整個中國的，是一片戰爭的呼聲，因此袁世凱致電北洋大臣，他坦直地說：「倘若朝廷決定對日作戰，則請先撤回在韓的使署人員，世凱以一身報國，無所-畏，但恐有辱使命，有損國威。」
袁世凱這時的處境的確很艱難，因為東學黨人對袁不好，認為袁幫助韓政府對東學黨強施壓力，主張用兵，所以在東學黨高漲的時候，一部分黨人竟想暗殺袁世凱，使得袁在這一期間不敢出使館大門一步，使館等於被禁困，柴米油鹽都很缺乏，許多職員看見情勢不佳，都托故潛遁。等到日兵大舉入韓，東學黨雖已斂跡，可是朝鮮的親日派擁大院君出場，朝鮮的親日派當然是反袁的。大院君不忘舊仇——當年壬午之亂，袁助吳長慶捕捉大院君送至保定一段住事，因之恨袁入骨。而日本巴不得利用朝鮮人把袁除掉。迨日兵進佔朝鮮京城後，遂公然派兵架大炮於袁世凱的使署前，炮口指著使署，於是朝鮮京城內外謠言紛起，人心惶惶。
袁被困在朝鮮使署，幸得他在朝鮮所娶的第三姨太閔氏力予照應。袁在家鄉已娶元配于氏，其後又在陳州討過一位二姨太，在朝鮮時期，由唐紹儀的介紹，娶了這位朝鮮佳麗閔氏。這位閔氏夫人得侍清朝的欽差大臣，自也滿心樂意。當東學黨起義，袁處境危難，心情也十分惡劣；由於袁少年得志，在朝鮮一帆風順，一旦遇到逆境，實在很煩惱。閔氏夫人侍袁體貼照料，尤其因她是朝鮮女子，出入使署不受人注意，所以袁對外的連絡便多借助這位如夫人了。
袁的處境不知是李鴻章不知道，抑或李鴻章不關心，當中日兩國已面臨最嚴重的關頭，加上朝鮮親日派和大院君宣稱要砍袁的腦袋的時候，李鴻章仍舊對袁的進退不作決定，袁雖多次電請北洋指示進退，亦沒有結果。這時袁乃求助於張佩綸，張正在天津，乃把袁的處境詳詳細細地報告李鴻章，李這才決定電告總理各國事務衙門，要召袁世凱下旗歸國。
清廷根據一項事實召袁返國——那是由於日軍進佔朝鮮京城後，親日派在日軍支持下進據王宮，脅迫朝鮮國王發表一項聲明：不承認朝鮮是大清的屬國，宣佈朝鮮已獨立自主，廢除中朝之間的一切條約。
袁世凱在光緒廿年（1894年）六月十五日下旗歸國，離開曾得意了12年的朝鮮。他的職務由唐紹儀代理。