一代名將戚繼光在陽曆1588年1月17日離開了人間，按照陰曆計算，為萬曆十五年十二月十二日。如果這消息已為皇帝所獲悉，則多半是出於東廠中秘密警察的勞績，因為政府的正式檔案中並沒有提到這件事情。
三個月以前，戚繼光的名字最後一次在御前提出。一位監察御史上疏建議起用這位已被罷免的將領。這一建議使皇帝深感不悅，建議者被罰俸三月，以示薄懲。戚繼光是本朝最有才能的將領，其被劾罷官三年以後仍不能見諒於萬曆，原因全在於他和張居正的關係過於密切。
但是通觀本朝武將的經歷，其不幸似乎又不僅止於戚繼光一人。甚至可以說，戚繼光的謝世縱然並沒有得到應有的榮譽，然而他在生前所受到的重視，仍然大大超過了其他將領。他的朋友，另一位名將俞大獻，和戚繼光一樣，具有再造本朝軍事力量的宏圖，但卻屢被參劾並受到申斥，難酬壯志。另外幾位高級將領，盧鋒先被拘禁，後遭斥革；湯克寬被拘釋放，命令他戴罪立功，最終在塞外為國捐軀。戚繼光部下的將領胡守仁、王如龍、朱任、金科等人也受到革職或戍邊的處分。惟一的例外則是與他同時的劉顯，雖然屢被參劾，卻能巋然不動。這並不是朝廷對他特別垂青，而是他負有征剿四川「士蠻」的重任，這一戰爭曠日持久，也找不到更合適的人選取代他的指揮權。劉顯去世以後，他的兒子劉組被譽為跨灶之兒，繼之而成為萬曆一朝的名將，但也迭經革調，1619年和努爾哈赤作戰，在倉碎進兵的情況下力戰而死。
這些令人同情的遭際，在本朝帶有普遍和必然的性質。探本溯源，還必須從本朝文官和武將之間的關係說起。
概括說來，武將領兵作戰，和文官集團的施政原則在根本上是不能相容的。當社會和經濟的發展不能平衡，衝突激化，以政治手段調劑無效，通常就會導致戰爭。有時候嚴重的天災造成大面積的饑荒，百姓面對死亡的威脅，也會鋌而走險，訴諸武力。但是我們帝國的文官，則一貫以保持各方面的平衡作為施政的前提，如果事情弄到動用武力，對他們來說就是失敗的象徵。他們具有一種牢不可破的觀念，即上自國家，下至個人，不能把力量作為權威。如果一個地區有什麼特殊的經濟利益，那麼就應當加以壓抑而不是提倡。至於天災足以引起戰爭，則尤為無知妄說，因為從道德觀念來說，天下的事物無不可以共同分配，災民的暴動，乃是小人犯上作亂的劣根性使然。
但是就武將來說，他們所受到的訓練和戰爭的經歷卻養成了和文官截然不同的氣質。他們需要具備難確的選擇能力和決心，著眼點在於取得實效而不避極端：衝鋒陷陣，要求集中全力，對敵人的重點作猛烈打擊；退守防禦，考慮的是地形的險要和工事的完善，如不可守就要斷然放棄；戰鬥勝利，就一心擴張戰果，而不為其他問題而猶豫。在一般情況之下，他們把自己和部下的生命視為賭博場中的籌碼，必要的時候可以孤注一擲。而大多數文官則以中庸之道為處世的原則，標榜穩健和平。武人在刀劍夫石之中立下的汗馬功勞，在文官的心目中不過是血氣之勇，即使克敵制勝，也不過是短暫和局部的成功而已。
在維持軍隊給養的問題上，同樣表現了帝國政府重文輕武的風氣。讓軍人自己組織和管理後方勤務，根本不能考慮；即使是在文官管轄之下，把倉庫的地點按照戰略需要來作適當的配置，也被看作有悖於平衡施政的原則。這種風氣還使軍人退伍以後不能得到正常的社會地位。本朝治理農民的根本方針是保持他們的淳樸無知，一個士兵退伍還鄉，就等於增加J個無業遊民，因為他在軍隊裡所學到的技術和養成的起居習慣，已經難於再度適應農村的生活，事情的複雜性就會因之而增加。軍官退伍以後所引起的問題更為嚴重。在別的國家裡，一個退伍軍官通常都受到應有的尊敬，如果擔任民政職務，他的管理經驗也能保證他勝任愉快。然而事情適得其反，我們的軍官在長期訓練中所培養的嚴格和精確，退伍以後竟毫無用武之地。他會發現在軍隊以外，人們所重視的是安詳的儀表、華麗的文辭、口若懸河的辯才以及圓通無礙的機智。——總而言之，和他已經取得的能力恰恰相反。
這種觀念上的南轅北轍，使文官不僅在精神上對武官加以輕視，而且在實際作戰中，他們也常常對高級將領提出無理的指責。如果將領當機立斷，指揮部隊迅速投入戰鬥，那是貪功輕進，好勇嗜殺；要是他們暫時按兵不動，等待有利的戰機，那又是畏總不前，玩敵養寇。兵士抄掠百姓，該管的長官自然要受到處分，然而事情的背景卻常常是軍切積欠過久。軍切由文官控制，然而一旦發生事故，他們卻可以毫不承擔責任而由將領們代人受過。
也許是有鑒於唐朝藩鎮的跋扈，本朝從洪武開始，就具有這重文輕武的趨向。大約經過了一百年，文官集團進入了成熟的階段，對他們的社會地位上升到歷史上的最高點；換句話說，也就是武官的社會地位下降到歷史上的最低點。這種畸形的出現，原因在於本朝的政治組織為一元化，一元化的思想基礎則是兩千年來的孔孟之道。如果讓軍隊保持獨立的、嚴格的組織，和文官集團分庭抗禮，這一元化的統治就不可能如所預期的成長、發展，以至於登峰造極。這種制度既經固定，將領們即使出生入死，屢建奇功，其社會影響，也未必抵得上一篇精彩的大塊文章。死。這種制度和風氣所造成的嚴重後果早已被事實所證明。本朝的軍事蔬敗盡人皆知，但其敗壞的程度卻出人意外。北方的邊境每年都為俺答所入侵，被擄走的人民和劫去的財物不可勝計。1555年戚繼光調赴浙江新任的時候，東南沿海也迭經倭寇的蹂躪。正當悲觀和惶惑遍佈於濱海各省，一股50至70人的海寇竟創造了一個奇跡。他們登陸後深入腹地，到處殺人越貨，如入無人之境，竟超過杭州北新關，經淳安入安徽朗縣，迫近蕪湖，圍繞南京兜了一個大圈子，然後趨襪陵關至宜興，退回至武進。以後雖然被殲，但是被他們殺傷的據稱竟有四千之多。而南京為本朝陪都，據記載有駐軍12萬人。這樣的軍事行動，在世界戰爭史上亦當稱為罕見。
面對這樣令人焦慮的局面，戚繼光的任務決不僅止於單純地擊敗倭寇。他首先要組織一支新型的軍隊。從他的軍事著作《紀效新書》中可以看到如何有條不紊地實施他的建軍方案：宣佈招兵的辦法，規定月值的數字，擬訂分配列兵職務的原則，明確官兵的職責，設計隊、哨、局的組織，統一武器的規格，頒發旗幟金鼓這一類通訊器材，等等。建軍方案的核心部分是確立鐵一般的軍法。軍法的精神在於「集體負責」，即所謂「連坐法」，一隊和一哨的官兵要互相保證在作戰中勇往直前，不得退卻。一人退卻則一人被斬首，全隊退卻則隊長被斬首，隊長殉職而全隊退卻則全隊被斬首。
《紀效新書》所涉及的內容非常廣泛，甚至還記載了一種製作乾糧的方法。然則這部著作的出現，也正好在另一個角度上反映出了當時的軍訓軍令都沒有固定的準則，專門研究軍事技術的學校從未成立。如果部隊手冊、戰鬥綱要、編製表、後勤補給圖解和軍法條文等為軍中必需的文字材料曾經存在，那麼，它們不是沒有付諸實施，就是早已不合現狀，所以戚繼光才會在他的書裡不厭其詳地作出規定和闡述。
在這種情況下，不論戚繼光個人的意向如何，他所組織的新軍就不可能不帶上個人的色彩，所以人們就恰如其分地稱之為「成家軍」。值得注意的是，這支新軍在建立30年之後，仍然還是成繼光的個人部隊。這自然又和文官集團的平衡原則大相鑿輛。在文官們的心目中，戚繼光的軍隊不是社稷的干城而是國家的威脅，加之他又和張居正關係極為密切，所以必須對他作嚴厲的彈劾。
在16世紀中葉，日本這一個島國能夠嚴重威脅本朝東海沿岸各省的安全，這種現象是很難理解的。合乎邏輯的倒是本朝的士兵應該超海進攻日本。因為當時的日本不僅地狹人稀，而且幾十年來沒有形成一個統一的政權，內戰頻仍，法律和紀綱可謂蕩然無存。本朝是一個高度中央集權的國家，被一個極有組織的文官集團所統治，中央指揮地方如身之使臂，極少發生抗命的事情。同時我們這個帝國在名義上擁有當時世界上最大的常備軍，人數多達200萬。
但是這種假想的邏輯並不適用於現實。本朝的軍制規定，常備軍由200萬「軍戶」提供，每戶出丁男一人，代代相因不變。設立軍戶的目的，既在於保證官兵的來源，又在於保障「民戶」不致因戰爭動員而受徵兵的騷擾。這制度開創伊始，流弊即隨之而來。民戶被編入軍戶，大部出於強迫；即或出於自願，也常常是基於權宜之計，時過境遷，當初的應帶就不能矢守不渝。所以各個駐兵的衛所剛剛成立，士兵逃亡和換籍的事件即已層出不窮。時經一百多年，各衛所的土地，不少都為各軍戶抵押和出賣。長年以來，除了西北邊境，絕大部分地區都承平無事，所以，一個衛所的實際兵員往往遠較規定的編制為少，在退化最嚴重的衛所中，竟僅為規定編製的百分之二或三。對而且這些有限的士兵還常常被軍官當作營造和運輸的勞工，再不然就是留在家裡充當僕役。
和這種每況愈下的情形相始終的是補給制度。本朝的軍事供應和政事參合為一元。軍隊的粗鋼補給，來源於地方政府的側面供應。按理說，戶部是國家財政的中樞，應該統籌全局，但實際上卻類同於一個大型的會計機構，只是在賬目上監督各個機關和各個地方政府的出納。各個地方政府按照規定的數額把給養直接運交附近的軍事單位，軍區和中級以上的後勤機構。一個府縣，可能輸送食糧及銀兩於十幾個不同的小單位；一個衛所，也可能接受十幾個府縣送來的糧食和銀兩。這種方法一經成為定制，就如盤根錯節，任何高級單位也無法把補給點和補給線作合理的通盤改組，以適應形勢變化的需要。於是供應不能足額的情況就時有發生。試想，由十幾個單位分別按固定的數量供應，總難免有個別單位由於意外的情況而不能如額繳納；而其他單位則並不負有補足缺額的義務，即或有這樣的義務，也不見得就有這樣的能力。所以在開國一百餘年以後，書面的規定早已和實際的詳情格格不入。縱使有局部的調整，充其量也不過見效於暫時而終於不免捉襟見肘。
如果查閱官方的史籍，書上都明確無誤地記載了全國的補給已由中央統籌分配，而實際的執行卻全賴直不相屬的下級機構。地方政府和地方軍隊之間的補給關係已如上述，即使是運往北京的治糧，其運輸的情況也十分奇特。所謂港糧，就是從南方大多數府縣中徵收田賦所得的，通過大運河而運往北京的糧食。按明文規定，清運由專業化的軍上負責運送，運送的軍士即稱之為運軍。全部運軍有官兵12萬人，分駕運糧船12000艘。但是這個龐大的隊伍卻沒有一個統籌後勤的機構來做周密的安排，以使其秩序井然地運轉。糧船直接在江南的水濱接受納稅者所繳納的谷米，然後解線北運。一艘糧船由一個下級軍官管理，並直接對中央政府負責。在所運的糧食送達北京附近的張家灣倉庫以前，糧船上全體官兵的人身自由、生命財產甚至妻子兒女，都等同於保證這次運輸安全的抵押品。因為除此而外，別無更好的方法可以作有效的管理。至於糧船的製造，也同樣表現了散漫和缺乏組織的特性。這些糧船的法定使用期限為10年，過期就需要重新建造。在淮河沿岸設有「船廠」一處，是全國最大的造船場所，其產量的高峰為年產700股以上。然而這個所謂船廠實際上由82個小型船廠拼合湊攏，各廠之間各自經理。雖有一個類似於總管理處的機構，它卻無統一調度人力和物資的權能，自然也更談不上有效的技術分工。
不消多說，組織上的低能必然造成裝備上的落後。本朝並不完全缺乏這方面的能工巧匠，但是他們都被集中到皇城裡，專門為皇帝的禁衛軍製造精美的甲冑。一般的野戰軍只能服用樹以小鐵片的棉布襖，或者由紙筋搪塞而成的「紙甲」。至於士兵們使用的武器，也大多是由各地府縣作為賦的一個部分製造繳送，質量既有欠精良，規格也談不上標準化。
以上種種落後的情況，使本朝野戰軍的戰鬥力幾乎與農村的民兵相去無幾。與這種情況相一致的，是對於將領的選拔。在當權者看來，一個將領所應該具備的素質是勇敢粗豪而不在於頭腦清晰。上文所提到的劉挺，外號人稱「劉大刀」，根據誇大了的描寫，他所用的按鐵大刀重120斤，可以在馬上「輪轉如飛」。和劉級同在遼東戰役中犧牲的杜松更為粗蠻鹵莽。他在作戰時身先士卒，可是一旦戰敗，就會毀壞自己的兵器甲冑以發洩怒氣，而且不斷聲稱必須自殺或者落髮為僧，毫無鎮定從容的大將風度。因之，此人被努爾哈赤稱為「杜瘋子』。
軍官的任命多數以「世蔭」的形式而繼承父業。任命的程序相當複雜，大致是高級將領的子孫需要降幾級繼承，下級軍官則無須降級。從本朝中期開始，情況稍有改變，自兵部尚書劉大夏奏難推行武試，任何有志於成為軍官的人只要考試及格就可以取得進身之階。但事實上由考試及格充當軍官並上升為高級將領的，可謂絕無僅有。而且這種武生的考試又重在刀槍弓馬的是否擁熟，由文官主持的筆試，其要求不過是粗通文字而從未涉及軍事科學。各處所開辦的「武學」，也以儒家經典作為主要的講授內容，其教學進度，以「每日總授不過二百字」為原則。
用這種方法培養出來的高級將領，幾乎很少有人具備運籌帷幄的謀略。其實這也正是文官集團所預期的目的。將領既然大多屬於一勇之夫，當然就有必要任用文官作為總督巡撫，讓他們來指揮各級武官。在總督巡撫之下還有「兵備使」或「海防道」，他們名為監察，實則握有調度攻防的權力。在軍政方面，人事的任免以及補給、交通各項也統統由文官主持。
這種軍事體制的設計，顯而易見，其重點不在於對付敵國的全面入侵，同時也不打算全面進攻敵國。發生在1449年號稱「土木之變」的戰役，正統皇帝為瓦刺所俘虜，已經暴露了軍事體制中致命的弱點。然而這樣震驚全國的事件仍然沒有能夠引起應有的重視與改革。武備繼續廢弛，軍事組織不斷衰退。文官們只要在他們的任期中保持平靜無事，則一切有關軍隊改造的計劃大可束之高閣。一直到16世紀中葉，倭寇的勢力大張，不僅屢次攻破了被視為固若金湯的東南海防，而且長驅直入，視守軍為無物，這才使中樞的文官驚醒，發現這低能的軍事制度將要危及整個帝國以及他們個人的安全。窮則思變，改革已成為勢所必然，而改革的初步，仍在於選擇有創造精神的高級將領，他必須在戰略上深謀遠慮，而又精通各種戰術。
踩陽東南沿海的倭寇不同於普通的海盜。海盜大多是烏合之眾，只要抄掠財物的目的一經達到，隨即呼嘯而去。而倭寇則不然。他們登陸以後通常要建立根據地，有時還圍攻城池。其中的成員也並非全部來自日本，而常常混有不少的中國人。在一般情況下，中國人還在其中佔有多數，而且可以擔任高級頭目。
倭寇入侵的原因，與國際貿易有不可分割的關係。本朝禁止民間的海運通商，雖然律有明文，但是實際上卻無法徹底執行。東南沿海的走私貿易，由來已久，好多不同國籍的冒險家紛至沓來。這些冒險家所使用的船隻，最大的長達100尺，寬達30尺，船殼厚達7寸，超過了中國戰艦的規模。據記載，在這些冒險家出沒的極盛時期，每天有大小船隻1200餘艘在中國海岸活動，數字似屬誇大，但是利之所在，熙來攘往，已不在話下。其貿易的區域從日本各島至遇邏灣，狀如一彎新月。在中國政府海上巡邏力量所不能達到的近陸島嶼上，他們指定了走私貿易的港口。由於沒有一個法庭可以解決買賣雙方間合同和債權的種種糾紛，十多個有力量的中國船主以武力作為後盾充當了仲裁者，並因而逐漸被認為海上權威，成了海盜的頭目。
這些海盜頭目聲威赫赫，和當地的士紳互相勾結，甚至結為婚姻之好。他們公然在沿海修理船隻，而且勒令村民接受他們的傳訊。這種海上權威雖然尚屬萌芽，但任之滋長髮育，則必然會威脅我們這個以農業經濟為基礎的政府。
海盜肆無忌憚的活動，迫使政府不得不採取強硬的對策。然而衝突一開，我們在政治和軍事上的虛弱即暴忍無遺。高級指揮官無法確知部下戰士的實際數額，也弄不清究竟有多少戰船可以調配使用。下級軍官在部隊出發之前先要向地方富戶勒索兵切給養。而一旦發生戰鬥，有的部隊乾脆望風而逃，有的部隊雖然敢於迎戰，但由於墨守密集隊形的戰術，往往造成「一人失利，萬人崩潰」的後果。而可歌可泣的作戰，卻反而出現於倉粹集合的民兵以及各地生員所組織的保衛家鄉之情景中。
在日本方面，充當海寇的武士，來自山口、豐後、大隅、薩摩、博多灣、對馬和五島列島。他們既無統一的領導，也無長遠的作戰目的。起初，他們有一個空中樓閣式的希望，以為和中國海盜的聯合軍事行動可以迫使中國政府開放對外貿易，而他們中的領導人也可以受到招安而榮獲海陸軍將領的官銜。這些希望在總督胡宗憲發動的一次行動之後終於成為泡影。胡宗憲以把安為誘餌，使這些海盜頭目束手就擒，而後又把他們的頭顱送到北京邀功。這種措置只能激起日本的侵犯者更大規模的來犯，並且使今後的屢次入侵更缺乏政治意義，其惟一的目的只在於劫奪財貨。
這些日本海寇雖然在上層缺乏統一的領導，但下層的組織力量則不可忽視。雖然是殺人越貨，也表現了日本下層社會結構的嚴密性。據目擊者記載，不論作戰或宿營，倭寇的小頭目對下級戰士能施以極嚴格的紀律管制。門對各個小股部隊戰法一致，也表示了他們並非倉促招募而來的僱傭兵。他們不斷地以寡敵眾，擊敗了數量上佔優勢的中國官軍，而中國的農民造反，卻大抵缺乏這種能允
這些海寇乘坐可以裝載百人左右的船隻登陸。大舉入侵時，常常集結30一50艘船隻，人數多達幾千。在他們的凶焰最為高熾之際，可以有兩萬人據守佔領區內的軍事要地。本地的居民在威逼利誘之下也有不少人參與他們的行列，其中有的人在以後被押送至日本作為奴隸。他們劫掠的物品不限於金銀珠寶，根據需要和可能，他們也奪取內河船隻和其他商品。有一段記載提到他們曾大批搜集蠶繭並勒令婦女們抽絲。這種情況業已與佔領軍在當地組織生產沒有多少差別。
在入侵的初期，他們幾乎戰無不勝，主要原因在於戰術的優勢和武器的精良。他們能極其擁熟地使用雙刀，並且和近旁的夥伴保持密切的聯繫，互為呼應，協同作戰。頗為特異的是，他們的指揮信號乃是班排長手中的折扇。當雙方開始接觸，班長排長把折扇往上一揮，他們的部下就以刀鋒向上。當對方的注意力為這種動作所吸引，他們就突然倒轉刀鋒迎頭砍下。這種雙刀的長度不過5尺，但在一個熟練的使用者手中揮舞，一片刀光，使「上下四方盡自，不見其人」，可以在一文八尺的方圓之內殺傷對方。其他常見的武器還有弓箭和標槍。據記載，「倭竹弓長八尺，以弓蹈其悄，立而發矢。……鏈寬二寸，……近身而發，無不中者」，所擲的標槍「不露竿，突忽而擲，故不測」。至於火器，似乎並沒有為他們所重視。雖然戚繼光說過烏鐵由日本傳來，但在記錄上卻看不到倭寇曾有效地使用這種武器。他們偶而使用的火炮，看來也是在中國俘獲的戰利品。
倭寇的基本戰術是派遣用人以下的小部隊進入村落，這些小部隊的進止必在嚴密的互相照顧之下。協同的信號是令人戰慄的海螺聲。這些入侵者善於使用當地的嚮導，並熟練地派遣尖兵和斥候，有層次地展開兵力，並以佯攻、驅使難民在隊伍的前面等等方式，造成中國官軍的擾亂和疑惑。中國官軍根本無法對付這一套戰術，即使是士氣最為高昂的部隊，他們的對策也不過是僅憑血氣之勇猛衝敵陣，既無有效的隊形，又缺乏側翼和後續部隊的接應，其經常遭到失敗就為勢所必然。南直隸和浙江兩省，河流湖泊極多，官軍潰退時有如狼奔累突，被踐踏或被擠落水致死者也為數纍纍。有一次總督胡宗憲也在敗退之中被推落水，幾乎淹死。
除此以外，倭寇在和大部隊官軍遭遇時，還採取另一種戰術，即先取守勢以減殺官軍的銳氣，或者製造恐怖氣氛使官軍陷入心理上的劣勢，然後待機出擊。戚繼光下面的一段記載可以作為說明：「餘數年百戰，但見諸賊據高臨險，坐待我師，只至日暮，乘我精氣衝出；或於收兵錯雜，乘而追之。又能用乘銳氣，盛以初鋒。又其盔上飾以金銀牛角之狀，五色長絲，類如神鬼，以駭土氣。多執明鏡，善磨刀槍，日中閃閃，以奪士目。故我兵持久，便為所怯。
所以，總結以上的情況，不論官方文件如何強調這一戰爭是政府的官軍圍剿海賊，實際上卻是中國的外行對付職業化的日本軍人。
戚繼光著手組織他的新軍，兵源不是來自軍戶和衛所，而是另行在浙江省內地招募的志願兵。政府已深切理解事態的嚴重性，所以不得不批准他的組織新軍的計劃，並且加征新稅作為招募和訓練的費用。對於這種支持，戚繼光在對士兵所作的訓活中就告誡他們應該知所感激。他說：「你們當兵之日，雖颳風下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。這很分毫都是官府征派你地方百姓辦納來的。你在家那個不是耕種的百姓？你思量在家種田時辦納的苦楚艱難，即當思想今日食銀容易。又不用你耕種擔作，養了一年，不過望你一二陣殺勝。你不肯殺賊保障他，養你何用？就是軍法漏網，天也假手於人殺你！」
道德義務的勸說加上群眾固有的宗教信仰，使戚繼光得以在所招募的新兵中建立鐵一般的紀律。上文所說的「連坐法」雖然不可能經常被不折不扣地執行，但其殺一儆百的恐嚇力量已足以使部隊在強敵之前不易擊潰。他所制定的賞罰原則並不完全決定於戰鬥的勝負。即使大敗，有功者仍然要給予獎賞；相反，即使大勝，作戰不力和臨陣脫逃者仍然要受到處罰。在他的一本奏折裡提到1562年的一次戰役：他命令部隊奪取一座倭寇佔領的石橋，第一次進攻失敗，一哨軍官36人全部陣亡。第二哨繼之而上，又損失了一半的人員。這時剩下的官兵企圖後退。在現場督戰的戚繼光手刃哨長，才使攻勢得以繼續不衰，最終擊破敵陣，大獲全勝。而這次勝利，也就成了他一生中最值得紀念的事件之一。
這種嚴格的紀律固然是取得勝利的必要保證，但是它的殘酷性也實在使人不寒而慄。士兵離隊小便就會受到割去耳朵的處罰，而且據傳說，戚繼光的第二個兒子由於違犯軍法而被他毫不猶豫地處死。這樣的嚴刑峻法也許已經離開了通常的人情，但是，戚繼光的這一治軍方針終於造成了一支堅強的部隊，後來他調任薊遼總兵，有一次在大雨中向全軍訓話，唯獨他從南方帶來的3000名軍士能幾個小時屹立不動，如同沒有下雨一樣。
然則嚴峻的紀律，僅是治軍方針的一面；另一方面則必需鼓舞士氣。士兵的自尊心和自信心在這裡起著重要的作用。一支經常被敵人打得落花流水的部隊談不上自尊和自信，必勝的信念有賴於能力和技術，而能力和技術又來自平時的刻苦訓練。
戚繼光的訓練方法得自專家的口授。這些寶貴的經驗過去由於不為人所重視而沒有見諸文字。到俞大獻才作了扼要的闡述，而戚繼光則把所有的細節寫成了一部操典式的書本。
操練技術的主要著眼之點，可以說是用「辯證法」的原理來分解動作。每一個動作都有相對的兩個方面：身體有防蓋和沒有防蓋的兩個部分：一種姿式有動有靜、正面和側面的兩種因素；有攻擊則同時有防禦。總而言之，既有明便有陽，有陽亦必有陰。例如操練近身武器，也和拳術或舞蹈的原則相似，任何一個姿式都可以作三段式分解，也就是開始一稍為休總而轉變一繼續進行又迄於靜止，用戚繼光的術語來說，就是「起一當一止」。這些姿勢又按其不同的形態而有各種離奇的名目，例如騎龍式、仙人指路式、鐵牛耕田式、太公釣魚式等等。運用這些動作，要求「左右來俱有柏拉」，「後發先至」。至於在實戰中和敵人決鬥，除了熟練地掌握以上各種基本姿勢和原則以外，最重要的乃是佯攻，亦即聲東台西，出其不意。
在戚繼光以前，在軍隊中受到重視的是個人的武藝，能把武器揮舞如飛的士兵是大眾心目中的英雄好漢。各地的拳師、打手、鹽果以至和尚和苗人都被招聘入伍。等到他們被有組織的倭寇屢屢擊潰以後，當局者才覺悟到一次戰鬥的成敗並非完全決定於個人武藝。戚繼光在訓練這支新軍的時候，除了要求士兵擁熟技術以外，就充分注意到了小部隊中各種武器的協同配合，每一個步兵班同時配置長兵器和短兵器。在接戰的時候，全長12尺有餘的長槍是有效的攻擊武器，它的局限性則是必須和敵人保持相當的距離。如果不能刺中敵人而讓他進入槍桿的距離之內，則這一武器立即等於廢物。所以，戚繼光對一個步兵班作了如下的配置：隊長1名、火決1名，戰士10名。這10名戰士有《名手操長槍作為攻擊的主力。其前面又有4名士兵：右方的士兵持大型的長方五角形籐牌，左方的士兵持小型的圓形籐牌，都以籐條製成。之後則有兩名士兵手執「狼究」，即連枝帶葉的大毛竹，長一丈三尺左右。長槍手之後，則有兩名士兵攜帶「稅把」。「錢扔』為山字形，鐵製，長七八尺，頂端的凹下處放置火箭，即系有爆仗的箭，點燃後可以直衝敵陣。
這種的配置由於左右對稱而名為「鴛鴦陣」。右邊持方形籐牌的士兵，其主要的任務在於保持既得的位置，穩定本隊的陣腳。左邊持圓形籐牌的士兵，則要匍匐前進，並在牌後擲出標槍，引誘敵兵離開有利的防禦的位置。引誘如果成功，後面的兩個士兵則以狼笑把敵人掃倒於地，然後讓手持長槍的夥伴一躍而上把敵人刺死戳傷。最後兩個手持稅把的士兵則負責保護本隊的後方，警戒側翼，必要時還可以支援前面的夥伴，構成第二線的攻擊力量。
可以明顯地看出，這一個12人的步兵班乃是一個有機的集體，預定的戰術取得成功，全靠各個士兵分工合作，很少有個人突出的機會。正由於如此，主將戚繼光才不憚其煩地再三申明全隊人員密切配合的重要性，並以一體賞罰來作紀律上的保證。這種戰術規定當然也並非一成不變，在敵情和地形許可的時候，全隊可以一分為二，成為兩個橫隊和敵人拚殺；也可以把兩個稅把手照舊配置在後面，前面8個士兵排成橫列，長槍手則分列於籐牌手與狼完手之間。
以籐牌、毛竹、鐵叉作為標準武器質現了戚繼光的部隊仍然沒有脫離農民氣息。但如果認為他不瞭解火器的功效，那是不符合實際的。他在實戰中運用過火器，和將領講解火器的利弊，並在麥折中提到了火器的重要性。然剛終戚繼光的一生，他仍然以上述的鴛鴦陣法作為主要的戰術。這倒不是由於他因循守舊，而是牽涉到很多不易解決的複雜因素。
讓戰術全面現代化的建議，曾經被名將俞大歐提出過。他準確地指出，倭寇的特長是擁習陸戰，水戰的技術反而低劣。俞大誠主張，以有效的戰船和火炮殲滅倭寇於海上，根本不讓他們有登陸的機會。在戰術原則上，在他所著的書裡也明白指出：「海上之戰無他術，大船勝小船，大鐵勝小鐵，多船勝寡船，多鏡勝寡統而已。」，他給總督的稟帖中，曾經請求把陸軍軍費的一半用來配備水師。但縱使俞大歐的聲望和戰績都十分卓著，這些有益的建議卻始終沒有被採納，因而壯志未酬，賀恨以歿。
然則俞大就本人也不可能理解，他的建議，所牽涉的問題和將要引起的後果已經超出軍備問題而及於政治。他要求親自率領「閩廣大船數百艘，兵數萬」，如果一旦成為事實，有關各省的財政就要從原來小單位之間的收支而被集中管理。與之相應，這些後勤機構的人員必須增加，而且必須一掃苟且拖沓的辦事作風，保證規格和數字的準確，才能取得預期的行政效率以與現代化的軍事技術相配合。而且和他們往來的各個機構，也必須同樣地注重實際。然而我們這個龐大的帝國，在本質上無非是數不清的農村合併成的一個集合體，禮儀和道德代替了法律，對於違法的行為作掩飾則被認為忠厚識大體。各個機構之間的聯繫，從來也沒有可資遵守的成文條例。俞大獻當然更不可能預見到，在未來的好幾個世紀之內，上面這些情況在我們這個以農業經濟為基礎的國家裡竟不能發生根本的改變。現代化的技術和古老的社會組織斷然不能相容，要不是新的技術推動社會組織趨於精確和嚴密，那就是鬆散的社會組織扼殺新的技術，二者必居其一。
這種為個人力量所不可抗拒的社會因素，使俞大歐的計劃毫無實現的希望。相形之下，戚繼光的方案就比較現實。他沒有去觸動整個的國家體制，而只是腳踏實地，做他職責範圍內力所能及的事。他從1559年開始招募了3000名士兵。兩年之後，兵員增加一倍，1562年更擴大為10000人。可是他的部隊從來也沒有一個後勤司令，也沒有一個固定的軍需處和兵工署。在整個國家機構之中，也沒有委派過向他的部隊作後勤供應的專職人員。他部隊中的裝備和武器，來源於各府縣的分散供應。這種情況自然不能保持武器的質量。在戚繼光的著作中，就明確提到各地所造的鳥欽銳管常有炸裂的危險，以致使士兵提心吊膽，不敢雙手握鏡以作精確的瞄準。有的火炮，鉛彈與口徑的尺寸不合；有的火炮，則導火線無法燃點。有鑒於俞大歐的壯志難伸和火器的實際情況，戚繼光所擬訂的戰術僅僅把火器的應用限制在有限的範圍內。他說：「火器為接敵之前用，不能簡為主要戰具。」在練兵的後期，他規定12個人的步兵隊配備鳥鏡2枝，一局（相當於一連）的鳥統手，必定要有一局的步兵「殺手」協同作戰。
按照俞大獻使軍隊現代化的計劃，要求兵精械利，把原來兩個士兵的軍購供應一個士兵，以部隊的質量來代替數量。戚繼光的看法則不同。我們帝國的軍隊是一支全能性的軍隊，也是一支長久性的軍隊。它經常的任務是面對內部的叛逆而非外部的侵略者，具體地說，就是鎮壓內地農民和邊區的少數民族。地區間的人口過剩、災害頻仍、農民的流離失所、官吏的苛刻暴虐，都可以迫使暴動隨時發生，而以我國幅員之大，這種所謂造反作亂的地點也極難預測，所以這個任務就不是一支高效率的機動部隊所得以完成的。在多數『情況下，官軍會被造反者死死吸住，造反者熟悉當地的地理民風，官軍往往會因之陷入被動而使質量的優勢無從發揮。因此，數量的多寡就成為決定勝負的因素。除此以外，俞大獻計劃中所創建的精銳部隊，他們領取優厚的軍餉，又不能和社會上的其他部門對流，那麼這樣一個浮游在社會上的軍事團體非但不能解決上述的社會問題，相反還會引起新的社會問題。再往下推求，俞大獻要求建立現代化的海軍以拒敵於國門之外，作戰的目的，則在消滅國際貿易，也和世界歷史趨勢相反。
戚繼光的募兵原則是只收農民而不收城市居民。他認為來自市井的人都屬於狡猾無賴之徒。這種觀點，雖然有它的片面性，但投諸實際，在城市中有固定職業的人是極少自願從軍的。士兵為社會所普遍輕視，其軍餉也相當微薄，城市中的應募者絕大多數只是把兵營當作解決食宿的救濟所，一有機會就想另謀高就。這樣的士兵如何能指望其奮勇殺敵以至效死疆場？所以戚繼光訂立了一條甄別應募者的奇特標準，凡屬臉色白皙、眼神輕靈、動作輕快的人一概按諸門外。因為這種人幾乎全是來自城市的無業遊民，實屬害群之馬，一旦交鋒，不僅自己會臨陣脫逃，還會唆使周圍的人一起逃跑，以便一旦受到審判時可以嫁禍於這些言辭鈍拙的夥伴。在這個標準下招收來的兵員，都屬於淳樸可靠的青年農民，而「鴛鴦陣」的戰術，也是針對這些土兵的特點而設計的。他曾明確地指出，兩個手持狼憲的士兵不需要特別的技術，曹力過人就足以勝任。而這種狼憲除了掃倒敵人以外，還有隱蔽的作用而可以便士兵壯膽。
戚繼光的求實精神還表現於使革新不與傳統距離過遠，更不大事聲張。他的部隊保留了古老而樸素的農村作風，有時也和衛所內來自軍戶的部隊並肩作戰。他們日常的軍銅，大體和在農村中充當短工的收入相等，但另設重賞以鼓勵士氣，一個敵軍的頭顱，賞額高達白銀30兩。
戚家軍的勝利記錄無出其右。從1559年開始，這支部隊曾屢說攻堅、解圍、迎戰、追擊，而從未在戰鬥中被倭寇擊潰。除了部隊的素質以外，主帥戚繼光卓越的指揮才能是決定勝利的唯一因素。
戚繼光周密而細緻。在他指揮部隊投入戰鬥以前，他習慣於把各種條件以及可能發生的情況反覆斟酌。一些事情看來細小，卻都在他的多方思量考慮之內，例如士兵在遇到敵人之前以小便為名企圖脫隊，或是情緒緊張而喉乾色變。他還為火器規定了一個保險係數，有多少不能著火，又有多少雖能著火而不能給敵人以損害。他認為一個士兵如果在作戰時把平日所學的武藝用上10％，可以在格鬥中取勝；用上20％，可以以一敵五；要是用上50％，就可以縱橫無敵。這種考慮絲毫也不是出於悲觀怯懦，而是戰場上白刃交加的殘酷現實，迫使一位高級將領決不能姑息部下，也決不能姑息自己：在乎日，他要求士兵作一絲不苟的訓練，那怕傷筋斷骨也在所不措；在臨戰前，他就要求自己絞盡腦汁，以期準確地判斷形勢。
在臨陣前的兩三天，戚繼光就要求偵察連每隔兩小時報告一次敵情。他使用的地圖用紅黑兩色繪製，一目瞭然；如果有可能，他還讓人用泥土塑成地形的模型。他的部隊中備有每月每日日出和日沒的時間表，當時雖然還沒有鐘錶，但他用一串740個珠子的捻珠作為代用品，按標準步伐的時間一步移動一珠，作為計算時間的根據。能夠作這樣精密的考慮，就幾乎沒有任何因素不在他的掌握之中。
戚繼光在1563年被任命為福建總兵，這是武官中的最高職銜。雖然如此，現實環境卻很少允許他去制訂整體的戰略方針。可以說，他的部隊始終只是一個戰術單位。火器既不能起決定性的作用，南方的水田也使騎兵不能往來馳騁，所以無法創造出各兵種協同作戰的複雜戰術。就是在步兵戰術的範圍內，他也受到各種條件的限制。他所常用的戰術是使用精銳突破敵人防禦線中突出的一角。這些地方是敵人防禦的重點，地形有利，極難攻破。但是他的部隊總是以出敵意外的方式迅速接近敵陣，迫使對方在慌亂中倉摔應戰，而使巴方從不利轉為有利。獲得這樣的戰果，端賴於平日嚴格訓練下所養成的堅毅精神和適應各種地形的能力。此外，以伏兵制勝敵人也為戚家軍所獨擅勝場，因為士兵的裝備較便，可以靈活地移動和隱蔽。
在作戰中，總兵戚繼光不惜初期接戰的損失。經驗告訴他，戰鬥無非是擊破敵方的軍事組織。如果以雷霆萬鈞之力，加於對方組織重點之上，則其配轉運活的樞紐既被消滅，其全局必迅速瓦解。而對付倭寇這樣的敵人，只要日本人就擊敗，中國方面的脅從者大多就會放下武器投降。
戚家軍多次取得的勝利使他們威名遠播，這種威名又促使士兵更加鬥志昂揚，他們可以在幾小時之內攻克其他官軍幾個月之內無法解決的倭寇據點，殲滅敵人。
戚繼光作戰的方針，一向主張佔有數量的優勢，速戰速決。唯一的例外，則為仙遊之役。當時仙遊被圍已一月，戚家軍馳赴救援，血戰於城外，雙方堅持又逾二旬。至1564年1月倭寇大敗而逃，戚繼光窮追不捨，肅清了他們的根據地。這是一次決定性的戰役，使整個形勢發生了根本變化。日本各島的來犯者，至此才承認在中國的冒險沒有便宜可佔，因而逐漸放棄了繼續騷擾的念頭。剩下的海盜絕大多數已屬中國人，他們在浙江福建一帶也難於存身，之後就流竄到廣東境內。用不著多說，本朝的抗倭戰爭業已大功告成，剩下的殘餘海盜當然有待於繼續蕩乎，不過這已經屬於中國的內部問題而不是國際間的戰爭了。
在抗倭戰爭中功績最為卓著的戚繼光不是在理想上把事情做得至善至美的將領，而是最能適應環境以發揮他的天才的將領。他所以獲得成功的要點，在於他清醒的現實感。他看清並適應了當時的政治，而把軍事技術作為必要的輔助，這是在當時的環境裡唯一可以被允許的方案。至於在一個以文人治國的農業國家之內，誰想要極端強調軍事效率，提倡技術的發展，而導致軍人和文官的並駕齊驅，哪怕他能舉出無數動聽的理由，在事實上也是絕對辦不到的。
戚繼光的功成名遂，在16世紀中葉的本朝可以算是特殊的例外。他之能夠一帆風順，固然是由於本身的卓越才能，但是得到一位有力者的支持也是必不可少的因素。這位有力者就是譚綸。此人在文官集團中是一個特殊的人物，進士出身，長期在東南濱海地區任職，累遷至福建巡撫。由於職務上的需要和個人的愛好，用兵之道竟然成了這位高級文官的專長。他常常以視察為名，隨同部隊親臨前線，有時會乘別人沒有注意的時候突然出現於隊伍的最前列。據說他有一次還實際參加戰鬥，弄得兩肘沾滿了鮮血。按照當時的規定，一個軍事領導人的軍功標準是部下斬獲敵人首級的數字，而譚綸一生中所獲得的總數則達21500。戚繼光提出的募兵訓練計劃，得到譚綸的熱烈讚賞和實際支持，源源供給戚繼光的部隊以足夠的軍需裝備。戚繼光之得任福建總兵，也主要出於他的推薦。1567年，譚綸升任薊遼保定總督，負有防禦京微的重任。不久他就提議把戚繼光調到他的轄區中擔任最高將領，當然也不會出於人們的意料之外。
戚繼光於1568年年初履新，在前州任職達15年之久。之後譚綸雖然因為內調兵部尚書而離開薊遼並又死在尚書任內，但這已是在他和戚繼光合作，把薊州的武備大加整頓以後的事了。
本朝的軍人長期處於文官的壓制之下，即使是一位卓越的高級將領也無法展佈其統籌全局的能力。他們的部屬在各自的防區內同時接受知府、知縣等地方官的指揮，而且不讓他們經季供應給養。於是這些武將們唯一所能做到的事就是帶領士兵親身參與戰鬥。雖說得到譚綸的一力支持，因襲的各種成例也不斷給戚繼光增加棘手的問題。即以他的官職來說，在調任之初準備接他為「總理薊州軍務」。以一介武夫而總攬全區部隊的指揮調度之權，當然會大干物議。
北方的邊鎮和南方的軍區情況截然不同，其威脅來自邊外的遊牧民族。每當天時亢旱，蒙古的騎兵部隊就會按照他們的成例犯邊掠奪。他們的軍事特點在於流動性和迅疾猛烈的衝擊力量。在集中來犯的時候，一次可以動員10萬名騎兵，當時俺答曾經把各部落聯成一個大同盟，東西連亙2000里，使官軍束手無策。
薊州為華北九鎮之一，防區為北京東北一帶，按照規定的編制應有士兵8萬人，戰馬22000匹。但是實際上並沒有人能夠確切知道現存的數字。在役的士兵，有的屬於本鎮所屬衛所的「主兵」，也有從其他地方調來的「客兵」。後者的調防雖然帶有永久性，但供應的義務卻仍屬原來的地區。還有一部分從內地衛所調來的士兵，他們的服役期只限於蒙古人犯邊可能性最大的幾個月。實際上他們也很少親身服役，只要繳納一定的銀兩可以僱人替代，而所繳的銀數又和雇代實際所需的們銀不同。總而言之，全鎮的人員和粗鋼從不同的來源和以不同的方法獲得，有的還只在賬本上存在。這樣，不僅他們的數量難以弄清，他們的質量也是一個疑問號。
這種鬆散的組織和軍需上的缺乏統一，看來不全是出於無意識的安排。一個辦事效率極高的將領常常會以自己的意見作為各種問題的總答案，用我們古人的話來說，就是跋扈專擅；而這樣一個將領手握重兵在京骰據守，也常常造成一個朝代的終結。所以戚繼光改進武備的一切努力，都必然遇到重重的阻礙，其中的絕大部分來自文官集團的意志，而這種意志又有歷史傳統的成樹作為背景。
但是很幸運，譚綸和戚繼光的意圖受到一位中樞重臣的賞識。此人就是張居正。
張居正在戚繼光北調的前幾個月才出任內閣大學士，之後還要經過一番周折，才成了本朝第一位政治家。然而他在入閣之初就有重整軍備的雄心，薊州是最能吸引他注意力的一個軍區。戚繼光蒞任不久，就發覺他自己只需要專心於軍備而不必參與政治。因為凡是應當安排的事，都已經由總督和大學士安排妥帖；如果事情連他們都無法安排，當然也不必多費唇舌。
以大學土的身份，張居正不僅沒有權力公然頒發指令，甚至不能公開討論制度的改組。他所採用的方式是用私人函件授意親信如此如此地向皇帝提出建議。這些建議送到內閣票擬，他就得以名正言順地代替皇帝作出同意的批復。進入文淵閣以後的第一個皇帝是一個昏庸的君主，對國事既不理解也不關心；第二個皇帝則是小孩子和他的學生。環境和才能加在一起，造成了張居正的權威。但是他還是需要小心從事。帝國的官僚政治已經發展到登峰造極，成千成萬的官僚，在維護成憲的名義下保持各方面的平衡，掩蓋自己不可告人的私利。要公然宣佈改組軍事制度，就等於邀請別人對自己攻擊。因此張居正不得不採取這種迂迴的方式。反正皇帝站在他這一邊，不論別人是否識破真相，只要舉不出違背成憲的理由，則公開的攻汗和私下的流言都可以不在話下。
薊州軍鎮的軍全改革，按照這樣的程序順利地進行。最初，戚繼光建議把北方各鎮w萬名士兵交給他訓練3年工n，由於計劃過大，在政治上和技術上都有許多不易解決的問題，因而未能實現。但是中樞政府批准了他的另一項建議，即把他在浙江所訓練的一部分士兵調至薊州，最初員額為脫叫人，以後擴充為2萬人F823張居正對戚繼光極度信任，企圖賦予他以這一軍區統籌全局的權力，所以才擬議設立「總理薊州軍務」的官銜，以和其他各軍區的「總共湖區別。無奈這一官銜在本朝史無前例，各種議論就紛至沓來，乃不得已而作罷。這一計劃不能實現，張居正找出了另一種辦法，即把薊州轄境內的其他高級將領調往別鎮，以免遇事掣肘。這時譚綸又建議該區的文官不得干預軍事訓練，並且主張戚繼光在3年的練兵期內可以不受監察官的批評。後者顯然又為文官們製造了違反成憲的口實，引起猛烈反對。皇帝的硃筆批示接受了兵部和都察院的建議，要求監察官明白練兵的重要，責成他們「和衷共濟」，並把他們對薊州防區的巡視限為每年一次；對譚綸和戚繼光則希望他們「稍寬以文法，乃得自展」。事實上，凡是故意和戚繼光為難的文官，後來都被張居正不動聲色地陸續遷調。
薊州軍開始訓練，就接受了優厚的財政接濟以購買軍馬、製造火器及戰車。這種和其他軍鎮的不平等待遇，惹來了大量的反感。接著又有一連串的矛盾跟著產生，諸如北兵和南兵的磨擦、軍職的繼承者和其他出身者的爭執、因循守舊和銳意革新的衝突。張居正瞭然於這些情況，在他寫給譚、戚兩個人的私人信件裡，再三叮嚀他們務必謙恭退讓，不要居功自傲。他警告戚繼光說，「北人積憤於南兵久矣」，他們「多方羅致，務在挫辱之」，所以「務從謙抑，毋自啟海」。有一次蒙古部隊打算犯邊，就在戰事一觸即發之際，俺答卻放棄了原來的企圖，下令掉頭北撤。這一出人意外的事件，在張居正看來完全是由於譚、戚二人部署有方，才使俺答躊躇不前；然而鄰近的兩鎮卻把功勞據為已有。張居正雖然認為這種冒功邀賞可笑而且可恥，但是他卻通知譚綸，他已經以皇帝的名義承認了這兩鎮的自我吹噓，他也不讓兵部查清事情的真相，以免糾纏爭辯。他要求譚綸在奏折中不僅不要爭功，反而要把功勞歸於其他二鎮，使他們「屆青使死」。
張居正這種做法，表面上是損三益人，具有大政治家的風度；但是仔細研究，卻仍是有陰有陽，無助於矛盾的根本解決。那怕是試成二人表現出無以復加的謙抑，各鎮之間的利害關係也決不能因此冰消瓦解。因之內閣愈想公正平衡，旁人看來則在一明一暗之間有親有疏，按擔更多。以後反對張居正的人認為薊州練兵是他培植私人的政治資本，也就毫不足怪了。
1577年譚綸病死，從此張居正和戚繼光的關係更為密切。第二年張居正返江陵葬父，他還生怕這短期的離職引起成繼光的不安，所以特地私下通知戚繼光，接任薊遼總督的將是梁夢龍。信上說；「孤之此行，甚非獲巴。……到家事完，即星夜赴闊突。薊事已托之鳴泉公，渠乃孤之門生，最厚；該不相負。」梁夢龍字鳴泉，在翰林院與張居正有師生之誼。他在萬曆一朝的事業，也賴張居正的提拔為多。張居正這樣傾腸相告，自然使戚繼光更加感恩戴德。是以首席大學土的江陵之行，戚繼光派出了一整連的鳥鏡手作為護衛，張居正選擇了其中6名隨行，作為象徵式的儀仗，同時也表示了首輔和薊州戚帥關係之密切。茲事前後，薊州總兵官的傳騎攜帶各種文件和信件不斷來往於首輔私鞏這更使他們的反對者在日後清算張居正的時候，有所借口，甚至指斥他們圖謀不軌了。
戚繼光在前州創造的戰術，可以稱之為「步兵軍官的各兵種協同」。要對這種戰術作出評論，必須顧及他所受到的各種條件的限制。當時，現代化的武器傳入不久，而北方士兵的素質又極不理想，他所依靠的主要力量仍然是來自南方的舊部，為數約一個旅左右。他把這一個旅的兵力作了適當的配置，並以此為全軍的核心，以防禦蒙古的10萬鐵騎突然來襲。
抗倭戰爭中使用的「鴛鴦陣」，是一種以小股步兵為主的戰術，目的在於對付海寇並適應南方的地形特點。而薊州軍鎮的任務是防禦蒙古的大部隊騎兵，因而這種在「鴛鴦陣」的基礎上發展而成的新技術也就初具了各兵種協同作戰的規模。
戰車的使用成為這種戰術的重要組成部分。這種戰車的性能以防禦為主。形狀和民間的大車相似。所不同之處，在於民間的大車的車箱兩側各有箱板，而這種戰車只有8片可以折疊的屏風，共長15尺，平時平放在車轅上，作戰時打開樹立在一邊車輪之後以代車箱，所以又稱「偏箱車」。幾十輛戰車可以並肩銜接，擺成圓形或方形的防禦據點。屏風最靠邊的兩扇可以前後搖擺，有如門葉，以供步兵出入。
一輛戰車裝載「佛朗機」輕炮兩門。用今天的標準來看，這種歐洲式的火器只能算做大口徑的火槍而不能算做炮。它以青銅或鑄鐵鑄成，長度自3尺至7尺不等，口徑則小於2寸，從炮口裝入鉛彈。最大型的佛朗機，射程為2000尺。通常這種火炮以及輔助火炮的烏鐵都在戰車上屏風後發射鉛彈，屏風開洞以為鋁彈的出口。
士兵20人配屬於戰車一輛。其中10人直接附屬於戰車，任務為施放怫朗機。另外10人就是戚繼光所強調的「殺手」，任務為以籐牌、錢把和長柄單刀迎敵。殺手班的距離和戰車保持在25尺以內，他們如果前進，戰車也隨之而推進。
其他步兵部隊仍然使用鴛鴦陣的戰術，稍有差異的是籐牌手應當匍匐前進砍析敵人的馬蹄，長槍手則主要在於挑刺敵軍使之落馬，竹製的狼究有一部分已易為鐵製。
這一混成旅有騎兵3000人，步兵4000人，重戰車128輛，輕戰車216輛。迎敵時騎兵在前阻擋敵人，使戰車得以有充裕的時間構成戰鬥隊形。當敵軍逼近，騎兵就退人戰車陣內。敵騎數在一百以下，沒成族拒不接戰，只有來犯的大批敵驗進入火器的射程中約250尺時，佛朗機、烏鐵和火箭等才同時施放。
混成旅也可能攜帶重炮，其中之一俗稱「大將軍」。這種重炮重1000斤，以騾車裝運，點放時則需使用大木楔入地面使本身固定。他筒內不用彈丸，而以小鐵球和石塊緊緊填實，作用是在零距離大量殺傷敵軍人馬，炮手在點燒火藥以後也要跳進附近的工事裡以避免受傷。
當火器的威力發揮以後，步兵就從戰車之後衝出，形成幾道攻擊波和敵人格鬥而以喇叭的聲音指揮動作的協同。等到敵人攻勢被挫，隊形散亂，騎兵也從車後整隊出擊。這種騎兵實際上是馬上步兵，他們同樣以鴛鴦陣的隊形帶著不同的白刃作就蒙古人利用騎兵結隊衝鋒，以迅猛的力量和氣勢壓倒對手，戚繼光未曾倣傚。
這樣一種經過精心研究而形成的戰術，由於不久以後本前即與蒙古人和解，所以並沒有經過實戰的嚴格考驗，也沒有在軍事歷史上發生決定性的影響，從純粹軍事的角度來說，這個結果多少是有所遺憾的。
戚繼光出任前州總兵不到3年，俺答就放棄了騷擾政策，立誓不再入犯，而且約束所有的部落，以作為接受津貼和互市的條件。其時只有東部土變各部落不受約束，仍然和遼東的李成梁部隊不時交鋒，偶然也有小股部隊和前州軍發生接觸，但已與大局無關。
俺答雖稱「封貢」，其和局能否持久，廷臣誰也沒有把握。因之及時仍有主戰派。如譚綸即主張積蓄力量，作大規模的主動出擊，以徹底消滅蒙古人的攻擊力量。這樣大規模的總體行動，卻需要舉朝文武真正的協同一致，而且要承擔可能發生的風險。因之張居正就無意於採納譚綸的建議。他給戚繼光的信上說：「我不得入，即為上功。薊門無事，則足下之事已畢。』
張居正並不是沒有雄心壯志，但是他看得到自己的弱點。即如戚繼光在薊州最大的困難就是北兵與南兵的摻雜。他對南兵可以繩以紀律，並能指揮如意，而對北兵則無法作這樣嚴格的要求。他曾經打算以經過他訓練的官兵作教導隊，去訓練其他部隊，此事未能如願。他又要求再調兩萬名浙兵，也未被批准，而此時仍有南北兵間極不相容的情況，可見他的處境不佳。
邊境的戰爭既然暫時平息，練兵活動也不再像在南方的時候那麼緊張，戚繼光於是提議派遣北兵修築長城。北京一帶的「邊牆」原為明初大將徐達等所築。戚繼光建議增造「空心堡壘」，以增加防禦功能。他最初計劃以250人組成一個工兵營，每營在一年內建造堡壘70座。薊州全境內建造的堡壘總數原定為3000座，後來批准施工的為1200座，同時修造的時間也未如原議，竟綿延十載才全部竣工。這種築成的堡壘，其標準規格為3層，台預見方12尺，可駐守班一50名士兵。建築材料磚石灰泥等等大部由從事修築的北兵自制，政府只發給少數款項作為接濟。築成以後，經常駐守的任務由南兵擔任，北兵由於購項不足，只能以各種方式營生自給。全部提案遭到北方軍官強烈反對，只是由於張居正的全力支持才開工修築如議。張居正去世以後，他一生的經營大部付之流水，惟有在這邊牆上林立的堡壘才是他留下的永久性的貢獻。
這種營造和防禦政策，把兵力分散配備在這樣長的防禦線上，歸根結底仍由當時的供應制度所迫致。假使沒有這種情形，而戚繼光有選擇的自由，他一定會毫不猶豫地採取攻勢，創造流動性的戰術。他在留下的詩文中曾再三表示過這種願望。
戚繼光任薊州總兵前後達15年，等於他前任10人任期的總和。他是一個不知疲倦的人，喜愛操練、閱兵、舉行各種典禮和向部下訓活。這些活動使他有機會在全軍將士面前顯示他體格強壯，動作敏捷。在對部下將領講解各種近戰武器的利弊時，他有一次當場命令一個下級軍官用軍刀對他作攻擊，而他則持長槍防禦。他經常巡視各部，一次馳馬到長城以外20里，周圍沒有一個侍衛。他還親自攀著是紹登上設在絕壁上的觀察所。身為高級將領還具備這樣的體力與作風足使他引以自豪。
在繁忙的軍務之中，他還抽空寫作他的軍事著作和詩文。他的第二部軍事著作題為《練兵實紀》刊印於1571年。9年之後又刊印了他的詩文集《止止堂集》。
中國的古典詩歌，如果用沖淡自然的語言表現出深切或激動的情緒，就謂之含蓄；如果用稜角分明的粗線條勾畫出不受拘束的氣概，則謂之豪放。戚繼光的詩歌達不到這樣的境界，帶給讀者的感覺只是拘束和平庸。好在也沒有人用上述的標準來權量詩人戚繼光。一般看來，出身於武舉的將領，大半生都在戎馬位飽之中，能夠寫出這樣的作品也就是出類拔萃。即在當代高級將領之中，除了「少好讀書」的俞大獻之外，戚繼光的文章造詣已無與倫比。在平常的談話中，他可以隨口引用儒家的經典和史書上的教訓，以此，文官們對他刮目相看，認為他不是樊哈式的武人。等到他的官階越來越高，就有更多的文官把他引為同類，在一起飲酒賦詩，往來酬對。當時的文苑班頭王世貞和戚繼光的交情就非同泛泛，在他的文集中有兩篇贈送給戚帥的壽序，並且還為《紀效新書》和《止止堂集》作序。
和戚繼光同時代的武人，沒有人能夠建立如此輝煌的功業。他從來不做不可能做到的事，但是在可能的範圍內，他已經做到至矣盡矣。為此，他得到了武官所能得到的各種榮譽。即以官位而論，身居總兵，也已登峰造極。因為本朝的成例不允許一個武人握有一省以上的兵權，即使再有陞遷，也不過是增加官俸和官銜。如果說還有遺憾，乃是他沒有被封為伯爵。而這一高位，除了照例授予皇帝的岳父以外，只有建立了匡危扶傾的不世殊勳才能獲得。
但是，戚繼光在生命中的最後幾年墜入了寂寞和淒涼。張居正死後7個月，他被調任為廣東總兵，官職雖然依舊，實際上已經失去了拱衛帝都的重要地位。再過一年，清算張居正的運動達到最高潮，戚繼光的精神更加消沉鬱悶，於是呈請退休。可是當時的環境已經不允許他保持令名，據官方文件的記載，他和遼東總兵李成梁同時作為前首輔的黨羽而被參劾。萬曆皇帝原諒了李成梁而把戚繼光革職。
戚繼光罷官家居以後，只有很少幾個朋友仍然和他保持來往，文豪王世貞也是其中之一。戚繼光去世之前一年，王世貞還寫了一篇祝賀戚帥的壽序，讚揚他的生平功業。只是不久之後王世貞所寫的《張公居正傳》涉及了他的好友戚繼光時，則。另有一番情調。
這篇《張公居正傳》是在史籍中很值得注意的文章。它出於傳主的同年而兼為散文家的手筆，而且記錄極為詳盡，包括了很多傳聞逸事，細微末節。當然，文中也有對張居正的稱譽，例如提到他知人善任，就舉出了戚繼光、李成梁之能夠成為名將，就是因為得到了這位首輔的支持才得以充分發揮他們的才略。可是傳中重點則指張公虛偽矯飾而天性刻薄。而且作者也不隱瞞他和張居正個人之間的嫌隙。文章中敘述到自己的地方不用第一人稱而直書「王世貞」。
傳記又說，張居正的去世，原因是好色過度。兵部尚書譚綸曾把房中術傳授給首輔，戚繼光則用重金購買稱為「千金姬」的美女作為禮品奉進。這樣一來，在薊州重整軍備這一番作為，似乎又和飲食男女的本能發生了關係。這一段無法考證的逸事，記錄在這樣一篇文辭華美的傳記之內，成了一大公案，使以後寫作戚繼光傳記的人都不知道應當如何處理，就只好裝作沒有看見。
戚繼光死去以前，他的妻子已經遺棄了他。他以前統率10萬大軍，素以慷慨著稱，對朋友尤為豪爽。他不事私蓄，在被斥退以後，竟至一貧如洗，甚至醫藥不備。英雄本路，使當時和後世的同情者無不扼腕歎息。戚繼光本人的功業固然值得表彰，同時又加上這些感情的色彩，所以，不論是正式的傳記還是非正式的紀事、評論，總是對他備加稱頌，有時竟把他描寫成一個完人。
但是真正的歷史學家應當有超越當時的看法。戚繼光是一個複雜的人物，不能把他強行安放在用傳統道德構成的標準像框裡。他的一生中有許多難於解釋的事情。譬如說，這位高級將領生前娶妾3人，生子5人，可是直到他的兒子長大成人，他卻能全部隱瞞了他們的存在，他潑悍的夫人竟不知將門有子。他在部下面前提到士兵生活的痛苦，可以灑下同情的眼淚。他廢止了讓士兵採伐柴薪以供他家用的成例，有一年除夕，總兵府中竟因為缺乏炊米之薪而不能及時辭歲。可是北京著名餐館的名菜，如妙手胡同華家的煮豬頭，卻由百十里外走馬傳致。又譬如他在薊州練兵時採用過獻血為盟的儀式，與將士共飲血酒並對天起誓：「或懷二心，不愛軍力，不撫念軍貧，或屢禁而肆科索，或虛冒而充資緣，……即如俞景龍立死，以膺顯報。」如果「恣意科斂以供饋送」，就會遭到「天災人禍，瘟疫水火，使全家立死」，甚至「男盜女娼，十代不止」。然而從一些跡象看來，戚繼光並沒有完全遵守他自己的誓言。他以重金購買美女送給張居正一事固然無法證實，但是他讓他的兄弟給張家「饋送」禮物，卻見於張居正的書讀。而張居正只象徵性地收受其中的一小部分，把其餘的「壁諸來使」，也可以隱約看出禮物的貴重。《明史》本傳把他和俞大獻比較，說他「操行不如而果毅過人」，也是用委婉的措辭證明了一個英勇的軍人不一定同時就是廉潔的將領。1584年戚繼光被參劾的理由之中，有一條就是他在薊州的賬薄業已不知去向。更直接地說，就是沒有帳單可資交代。
除了獻血為盟為外，戚繼光還在他的麾下創造了很多宗教式的做法。比如，他親自設計製作各營連的軍旗，在軍旗上繪繡天上的星星或者傳說中鳥首人身的圖像，以象徵他們的指揮官。他重視黃道吉日和生辰八字，而在向部下訓話的時候，又常常提到善惡的因果報應。難道本朝最為出色的軍人竟沉淪於迷信之中？這連四庫總目提要油編者都感到彆扭，不知應當如何評論他著作中的這些內容。
但是用視而不見的態度抹去遮蓋這些事實，就是不忠實於歷史；對一個英雄人物隱惡揚善，也並不是真正的推崇。戚繼光的複雜來自環境的複雜，如果指望他簡單得如同海瑞，無疑是不近清理。寫歷史的人既知道戚繼光是一代卓越的將領，一位極端剛毅果敢的軍人，也是一位第一流的經理、組織家、工程建築師和操典的作者，則自然應當聯想到假如他不精通政治間的奧妙，就決不可能同時做好這麼多的事情。戚繼光所生活的時代，落後陳舊的衛所和軍戶制度早應該全盤放棄，而代之以先進的募兵制度；零碎的補給，也早就應該集中管理。然而我們的帝國不允許也沒有能力作全面的改革，只好尋找出一種妥協的力、法來作部分的修補。戚繼光的天才，在於他看準了妥協之無法避免；而他的成功，也在於他善於在技術上調和各式各樣的矛盾。妥協的原則，是讓先進的部門後退，使之與落後的部（不至相距過遠。在組織制度上沒有辦法，就在私人關係上尋找出路。具體來說，沒有文淵閣和張居正的全力支持，就沒有強有力的薊州軍區和戚繼光。他的部隊和他本人充滿了矛盾，在火器已經在歐洲普遍使用的時候，他動員大批士兵修建碉堡；在他的混成旅裡面，槍炮手和籐牌手並肩作戰。他一方面是這樣精細，仔細計算口出日沒的時間；一方面又這樣野蠻，把違反軍紀的士兵割去耳朵。這些極端矛盾的事實，在其他國家內，可能彼此相隔幾個世紀，而我們的帝國則在一個軍區內同時出現。
戚繼光是否是一個超自然的崇拜者？從某些方面來說，他和很多同時代的人物一樣，確實有這樣的傾向。但是在有些時候，超自然的信仰卻只是一種治軍的手段。在一次向皇帝陳述意見的奏折裡，總兵戚繼光坦率地指出，北方的軍官，「自將領而下，十無一二能辨魯魚」。將領如此，士兵的文化水準更可以想見。要是主將不用宗教迷信的因果報應作為規勸，還有什麼其他辦法輔助軍事教育？
面對另外的對象，戚繼光可以立即改變語氣。比如說，他在軍區中建造的私宅命名為「止止堂」，運用《莊子》中「虛室生白，吉祥止止」的典故，表示他謙抑自持，願意在虛靜之間得到吉祥。他的文集，起初稱為《愚愚稿》，也就是向所有的文人表明他本人愚魯而作品笨拙，不敢和別人媲美。
戚繼光的長處，在於他沒有把這些人事上的才能當成投機取巧和陞官發財的本錢，而只是作為建立新軍和保衛國家的手段。他深知一個將領只能在社會情況的允許之下才能使軍事科學和軍事技術在現實生活裡發揮作用。他接受這樣的現實，以盡其在我的精神把事情辦好，同時也在可能的情況下使自己得到適當的享受。至於合法或者不合法，從他的政治的眼光看來已無關宏旨。
他和譚綸和張居正的關係如此密切，雖說他精通政治但是最後仍不能逃避政治中的現實。張居正死後，廷臣提醒萬曆：戚繼光是伏在富門之外的一頭猛獸，只聽張居正的操縱，別人無法節制。這也正是控訴張居正意圖謀逆的理由：張居正和戚繼光沒有造反的證據，卻有造反的能力。所以，在清算張居正的運動中，法官追問張的兒子插修，為什麼他父親在日，要在夜間派人與成帥書面聯絡？
戚繼光的不幸遭遇是因為他在一鎮中推行的整套措施業已在事實上打破了文官集團所力圖保持的平衡。既然如此，他就必須付出代價。
他在貧病交迫中死去。在少數幾個沒有遺棄他的朋友之中，有一位就是為他寫作墓誌銘的汪道昆。當他寫到「口碼三號，將星殞矣」，顯然有無限淒愴的感觸。汪道昆自然不會知道，當地潤筆作書的時候，西班牙的艦隊，已整備出征英國。這事情的意義，即是軍備的張弛，立即影響一國國運的盛衰。世界局勢如是，而這陽曆1588年1月17日清晨，將星西殞之際，我們一個古老的帝國業已失去重整軍備的最好良機。30年後，本朝的官兵和努爾哈赤的部隊交鋒，缺乏威南塘將軍苦心孤詣擬訂的戰術和強調的組織紀律，結果是眾不敵寡。茲後八放軍作為一股新生力量崛起於白人黑水之間，其取本朝而代之，也只是遲早的問題了。