1602年，李贊在獄中以剃刀自刎，死後，被稱為犧牲自我。這一評論不能不使人感到懷疑。李蟄的著作不穿於當時而屢被官方禁止，但是仰慕他的人則不顧禁令而不斷加以重印。這些著作，雖然篇幅浩瀚，然而並沒有在歷史上開拓出一條新路。李費並不缺乏勇氣，但是通常來說，這樣類型的作家如果發現了崇高的真理而願意為之犧牲自己，他的文字中間就會表現一種燃燒性的自我滿足和欣快。這些特點不能在李蟄的著作中見到。
少數的評論者，竟說李贊站到了下層民眾的立場上，批判了剝削農民的地主階級。這種論調自然更屬於無稽。他在1580年離開姚安知府的職務以後，一直倚靠朋友中地主外上的周濟以維持生活，而他從也不覺得接受這些周濟有任何不妥。這個社會容許他不耕而食，但是他從來沒有提出應當改組。如果在某些地方批判了他的地主官僚朋友，那也只是著眼在私人的性格和品德，而從沒有提到經濟立場，同時他也明確指出這種評語可以同樣適用於自己。在若干場合，他一方面自我批評，一方面又自我憐惜。在給侍郎周思敬的信裡，他說：「今年不死，明年不死，年年等死，等不出死，反等出禍。然而禍來又不即來，等死又不即死，真令人歎塵世苦海之難逃也。可如何！』丁目在這種語調中看不出絲毫自我犧牲的意味，也就是說，寫信的人並沒有能以燃犀燭照的銳利眼光看透社會的病弊，立下「與汝偕亡」的決心。
但是李蟄對這個社會具有理智上的關心，則屬毫無疑義。這種關心和信仰自由有其相通之處，在它的後面有社會經濟的背景，也有與他所處的社會環境有特別的關聯，而其個人的心理上和哲學上的特點尤其不能忽視。這些條件只能更把李蟄構成為一位特色鮮明的中國學者，而不是一位在類似條件下的歐洲式的人物。
李蟄是儒家的信徒。1587年以前，他已經按照儒家的倫理原則完成了對家庭應盡的一切義務。次年，他即制發為僧，時年六十一。剃髮的原因是他的環境已經允許他拋卻呆板、拘束的生活，得以尋求個性的自由發展。這不等同於一般意義上的遁世，不論從理智上看還是從社會關係上看，他此後的言行實際上代表了全國文人的良心。當被捕後接受訊問，他回答說：「罪人著書甚多具在，於聖教有益無損。』這種精神和路德的倔強相似。他認為每個人都可以根據自己的意見解釋經典，這也和宗教革命的宗旨，即見信徒即為長老的態度相似。但李蟄沒有路德的自恃，也缺乏伊拉斯漠斯的自信。在他自裁以後氣絕以前，他用手指寫了王維的一句詩以解釋他的死因：「七十老翁何所求！」其消極悲觀的情緒已顯然可見。
李蟄的悲觀不僅屬於個人，也屬於他所生活的時代。傳統的政治已經凝固，類似宗教改革或者文藝復興的新生命無法在這樣的環境中孕育。社會環境把個人理智上的自由壓縮在極小的限度之內，人的廉潔和誠信，也只能長為灌木，不能形成叢林。都御史耿定向是李蟄的朋友、居停和論辯的對手，李蟄曾屢屢對他作過不留情面的抨擊，批評他缺乏誠信。然而，李贊還以同樣不留情面的態度解剖自己，指責自己缺乏誠信：「志在溫飽，而自謂伯夷叔齊：質本齊人，而自謂飽道沃德。分明一介不與，而以有等借口；分明毫毛不拔，而謂楊朱賊仁。動與物免心與回違。」他還懷疑自己用佛門的袈裟遮掩了「商賈之行之心』，「以欺世盜名」。這種奇怪現象的癥結，在於內心矛盾的劇烈交戰而無法自解。
李蟄於1527年生於福建泉州。他的家族原姓林，後來改姓李。六世祖林寫是泉州的巨商，以貿易往來於波斯灣，娶「色目女」，可能就是印度歐羅巴種的女人。在其後相當的時間內，他的祖先仍然和混血的家庭和伊斯蘭教的信仰者往來，一直到曾祖父一代，他家庭中的國際色彩才歸於消失，李蟄本人則從小就在中國傳統文化的影響下長大成人。
到李蟄這一代，他的家道早已中落。1552年，他得中舉人。中舉後因為經濟困難，不能再耐心拼得進土及第的資格，即要求循例在政府中任職。之後，他多年沉浮於下僚，位卑俸微，鬱鬱不得志。1559年，又因為父親死去而停職丁優。服滿後入京求職，等待了一年零八個月，才得到了一個國子監教官的職位。候補期間，以教書餬口。他生有4個兒子3個女兒，但除了大女兒以外，其他都不幸夭殤。據李蟄自己說，有一次他有7天沒有吃到多少東西，最後甚至飢不擇食，不能分辨「稻粱」和「黍稷」的差別。
1563年，他的祖父去世。上司和朋友根據當時的習慣，送給了他相當豐厚的蹲儀。至此，他下了一個重要的決心。他把全部款項的一半在他做過教官的河南購置地產一處，以為妻女衣食之資，讓她們留在河南，餘下的一半則由他自己攜回福建。他所需要安葬的不僅是新去世的祖父，而且還有祖先三代的靈柩五口。按照一般的風俗，安葬先人，必須講求風水，選擇吉地，以期後人的飛黃騰達，否則寧可把靈柩長期停放。當時，李蟄還在文官的下層中掙扎，雖然祖父剛剛去世，但是曾祖父的靈柩已經停放了50年，環境逼迫他遷就現實，在可能的條件下一起埋葬，但求入土為安而不再作過高的奢望。這一問題的解決，多年之後還使李蟄感到已經格盡了自己的職責。
然而這一個決定卻增加了他妻子的負擔。她不願意在去家數千里之外無依無靠地獨撐門戶，而且她也有自己的學思。她的母親年輕時居捐，歷經辛苦，把她撫育成人，這時由於思念女兒，朝夕哭泣至於「雙眼盲矣」。但是李蟄手頭的款項畢竟有限，不可能在喪葬之外再攜家往返，所以只能忍心拒絕了她一起返回泉州的請求。他們一別三年，等到重新聚首，她才告訴他兩個女兒因為當地饑道，營養不良而死。這一不幸的消息當然使他傷痛不已，當晚與妻子「秉燭相對，真如夢寐」。
李蟄在河南共城任儒學教諭3年，在南京和北京國子監任教官各數月，在禮部任司務5年，又調任南京刑部員外郎又近5年，最後才被任為雲南姚安府知府，時在1577年。在就任知府以前，他的官俸極為微薄，甚至不足餬口。只有在知府任上，才有了各項「常例」和其他收入，逐漸有所積蓄。
這種似合法又似非法的收入並沒有使李蟄感到不安。他並不像海瑞一樣，以為官俸定額以外的一絲一毫收入都屬於貪污。他以特行卓識而見稱於當代和後世，但在這個問題上卻和常人有相同的看法，即做官的目的本來就是名利。他的誠實在於能夠坦白承認這一目的，而不打出去絕私慾、為國為民等等高尚的幌子。這就接觸到了一個更為根本的問題：我們是否應該讓每個人公開承認自己的私心也就是自己的個人打算，以免口是心非而陰陽混淆？
使李蟄感到不安的倒是他的妻子。她是一位標準的賢妻良母，只要對丈夫的事業有利，她能夠忍受一切乃至犧牲一切，但是她不能理解丈夫的精神世界。他一心想要創造獨立的思想和人格，離開了獨立，他的內心就得不到滿足。也是基於這種精神，在1580年姚安府任滿以後他決定退休。當時他年方53歲，正值官運亨通，一帆風順，這種出乎意外的決定對她也不能不是一種打擊。然而她依然是順從，和丈夫一起遷到湖廣黃安，寄居在耿氏兄弟家裡。可是李贊後來又和耿定向鬧翻，又決意搬到附近麻城的佛堂中去居住，她這才不得不獨自回到離別了20年的故鄉泉州。直到1587年，她臨死以前，她曾多少破向他呼籲，要他回到泉州。當她的死訊傳來，李蟄曾寫了6首詩表達當時的傷感。詩中稱讚她的賢淑，說「慈心能割有，約已善治家」，夫妻40年來未曾反目，只是由於不能理解「丈夫志四海」的宏獻，在給女婿的信裡，李蟄提到在聽到噩耗以後，沒有一夜不夢見她，文字的淒愴，令人不忍卒讀。好幾年以後，他還勸告朋友不要輕易削髮為僧，尤其是有近親的人更要三思而後行。這種勸告，不妨看成這位充滿矛盾的哲學家的一次自我懺悔。
李蟄的一意孤行，一定要和兩千年來根深蒂固的家族觀念聯繫起來觀察，才能使人理解。因為按照當時的習慣，他一旦回到泉州，他所需要照顧的決不能僅止於自己的家庭。他是族中有名望的人物，又做過知府，那就一定會陷入無數的邀勸糾纏之中而不可自拔。
早在二三十年前，在喪父家居的時候，李蟄就已經有了這種經驗。當時倭寇犯境，城市中食物奇缺。他雖然只是一個最低級的文官，也不得不接受親族的擁戴，負起了為30多人的大家庭尋找飲食的義務。和他同時的何良俊，《四友齋叢說》的作者，就提到過他在南京為避難的親族所包圍，要求解決吃飯問題。另一位著名的散文家歸有光則在信上向朋友訴苦，說他不能避難他遷。因為如果離開昆山，他必須隨帶「百餘口」的族人同行。
這種對宗族的照顧，不是暫時性的責任，也不僅是道德上的義務，而有其深刻的社會經濟和歷史的背景。
我們的帝國不是一個純粹的「關閉著的社會」，——在那樣的社會裡，各種職業基本上出於世代相承。——然而它所給予人們選擇職業的自由仍然是不多的。一個農民家庭如果企圖生活穩定並且獲得社會聲望，惟一的道路是讀書做官。然而這條道路漫漫修遠，很難只由一個人或一代人的努力就能達到目的。通常的方式是一家之內創業的祖先不斷地勞作，自奉儉的，積殊累寸，首先鞏固自己耕地的所有權，然後獲得別人耕地的抵押權，由此而逐步上升為他主。這一過程常常需要幾代的時間。經濟條件初步具備，子孫就得到了受教育的機會。這其中，母親和妻子的自我犧牲，在多數情形之下也為必不可少。所以表面看來，考場內的筆墨，可以使一代清貧立即成為顯達，其實幕後的慘淡經營則歷時至久。這種經過多年的奮鬥而取得的榮譽，接受者只是一個人或至多幾個人，但其基礎則為全體家庭。因此，榮譽的獲得者必須對家庭負有道義上的全部責任，保持休戚與共的集體觀念。
這種集體觀念還不止限於一個小家庭的範圍之內。一個人讀書中舉而後成為官員，如果認識到他的成功和幾代祖先息息相關，他就不能對他家族中其他成員的福利完全漠視。何況這種關心和幫助也不會全是無償的支付，因為沒有人能夠預測自己的子孫在今後不受他們的提攜。這種經濟上的利害關係被抽像而昇華為道德。固然，這種道德觀念並不能為全體民眾所奉行，從海瑞的文集中可以看到兄弟叔侄間爭奪產業以至鬥毆致死的事情所在多有。但這種情形正好從反面說明了教養的重要，有教養的人則決不能以利害義。
在整個社會沒有為它的成員開放其他門徑的時候，多數像李蟄一樣的人物，已經不加思考地接受了這種生活方式。如果李蟄回泉州，他必定受到多少族人的期望和逼迫。然而當時的李蟄，已歷經生活的折磨，同時又研究過佛家和道家的思想。他在重新考慮生命的意義，重建人生觀之餘不能再墨守成規。也就是說，他不能把讀書、做官、買田這條生活道路視為當然，也亟待擺脫由於血緣關係而產生的集體觀念。
對於這樣背離傳統的行為，他的親族自然不能善罷甘休。但是親族的壓力越大，他的反抗也越強烈。在給曾繼泉的一封信裡，李蟄說到他所以落髮，「則因家中閒雜人等時時望我歸去，又時時不遠千里來迫我，以俗事強我，故我剃髮以示不歸，俗事亦決然不肯與理也」。所謂閒雜人等，是他的弟兄還是叔侄；俗事，是買田還是建立宗調宗塾，或者竟是利用勢力干預詞訟，雖然語焉不詳，大體上當不出這些範疇。最有趣的是，他的家族不顧他的願望，仍然指定一個侄子作為他的繼承人。這件事引起的反抗方式也同樣有趣，他有一封遺書，題名為《豫約》，其中就提到他的這個侄子「李四官若來，叫他匆假哭作好看，汝等亦決不可遣人報我死」。這封遺書草於1596年，上去他削髮為僧已有8年。
李蟄所居住的僧院坐落在麻城城外的一座山上，稱為「芝怫院』。它不是正式的寺廟而僅僅是私人的佛堂，但規模卻頗為宏大。院中有正殿、左右廂房，還有和尚的宿舍和客人的招待所。李蟄自己居住的精舍位於全院的最後山巔之處，極目四望，水光山色盡收眼底。在芝佛院的鼎盛時期，全院有僧侶敘餘人，統率眾增的方丈則是李蟄的朋友。僧眾中有人還帶著徒弟、徒孫。
芝佛院始終沒有向政府登記，沒有領到正式執照，因之也沒有向政府納稅。它不屬於任何宗派，也沒有董事會的管制。李蟄是全院唯一的長老及信託老。其創建和維持的經費，絕大部分來自他一人向外界的捐募。他常常寫信給朋友，要求得到「半俸」的援助，或者以「三品之祿，助我一年』。有的朋友，周濟他的生活前後達20年。他過去沒有經歷過富裕的生活，但在創建佛院之後，卻沒有再出現過窮困的跡象。
在李蟄被任為姚安知府之前，他已經享有思想家的聲望，受到不少文人學者的崇拜。這些崇拜者之中有人後來飛黃騰達，或任尚書侍郎，或任總督巡撫。李蟄得到他們的接濟，即使不算經常，但也決非絕無僅有。而且這種金錢上的關係還不是單方面的。他的朋友焦域也是一位著名的學者，不善理財，據說窮得「家徒四壁」。當焦放的父親80壽辰，朋輩稱臨聚會，有的竟不遠千里而來。李蟄是這次盛會的襄助者，他寫信告訴與會的人，囑咐他們「舟中多帶柴米」。
這種方式的金錢周濟和往來之不同於一般，在於接受者之間具有共同的思想，或者說共同的目的。從心理學的角度來研究，這種關係還是以道德作為施政方針的副產。因為這種施政方針的思想根據，乃是認為宇宙間的任何事物都息息相關。一個人或一種事物，其所以具有特性或功能，全靠和其他人或其他事物的相互關係。一個人的品質高尚，就因為他的志趣和行為得到別人的讚賞；他的識見深遠，就因為他分析理解其他事物的正確。所以人的生活目的，就不能不是合作互助與共同享有。但是，在現實中，為什麼所有的人身上都存在或多或少的自私？這個問題使讀書明理之人為之不安，而高級官員由於負有治國平天下的重任，其不安尤為嚴重。按理說，他們所受到的教養，都要求發揚為公眾服務的精神；然而一旦接觸實際，這種精神常常只是海上神山，或者乾脆銷聲匿跡。自幼有時他們身上的自私苟且，還遠過於不識字的愚氓。這種不安，或者由此發展而來的內心交戰，需要有一種適當的方式來緩解排除。志趣相投的研究討論，可以觸發彼此的靈感，深入探索人生的真諦，件使內心的不安渙然冰釋。所以他們來往密切，集會商談之餘，還互相通信，刊印文集。、李蟄落髮為僧以後，仍然經常外出旅行，參加這些活動。在當時，還談不上旅費必須報銷，或者演講應當收入費用，這些問題，都可以根據習慣，在往來交際之間安排妥帖。以李蟄的名望，加上化線和尚的姿態，他已經用不著再為經濟問題而躊躇。
他和耿定向的辯論，促成和鞏固了他要求個人自由的信念。多年之後，他仍把這次辯論視為生命中一個重要的轉拆點。
1580年，李蟄在姚安辭官離任後，就搬到湖廣黃安，在耿家充當門客而兼教師。這時耿定向的父親去世不久，兄弟4個都在家裡丁優守制。這4個人中，李蟄和二兄耿定理的交往特別密切。有人誤以為他們兩人在思想上比較一致，其實不然。他們之間的差異，較之李蟄和長兄耿定向之間的差異還要大得多。耿定理天資聰穎，同時也是一個誠實的人。如果他發現「四書」「五經」中的理論和他自己的思想有所衝突，他就不能輕易放過，人云亦云。這種矛盾帶給他苦惱，也促使他思索，有時候會獨自一人在深山窮谷之中徘徊。最後，他終於「豁然貫通」，確認儒家的仁就是無我主義，一個人成為聖人，則是把自我之有化而為無，進入了寂滅的境界，以致「無聲無臭」。這種高懸在空中的理想主義，只能深藏於內心，不能應用於現實，並發展而成為倫理和道德的標準。所以在實際生活中，耿定理從來沒有應考，也從來沒有做官。然而李蟄則認為「穿衣吃飯，即是人倫物理」，這無疑和耿定理的思想判若水火。他們之所以能和睦相處，不在於耿定理學術理論上的彈性，而在於他性格的柔和輕鬆。他經常以排宗式的機鋒，避開辯論中的正面衝突，而以表面上毫不相關的語言，來表示自己的意見，使辯論的對手在思索之後被迫折服。因為他認為自己所掌握的真理，基於識見淵博；如果堅持片面的執拗，就等於放棄了寬闊的胸襟。因此，當耿定理在世之日，總是能夠用他特有的方式調解他長兄和李蟄之間的衝突。
在思想史上，長兄耿定向最易為歷史學家所誤解。他的朋友和論敵李蟄，把他說成一個偽君子；而黃宗費的《明儒學案》人也指出他思想上前後不符。然則很少有人能看到，這位哲學家同樣是在竭力地探求一種既有形而上的根據，又能融合於日常生活的真理。他接受佛家和道家的哲理，認為至善至美屬於虛無，但另一方面，卻又認為任何信條如果不能在愚夫愚婦面前宣講明白，則不成其為信條。經過多方考慮，他提出，人的理智有深有線，有粗有細，有的集中，有的分散；在社會生活中，政治與農業不同，農業又與商業不同。基於這樣的分析，他已經開始指出了倫理道德的理，應當與物理、地理的理有所區別，因此施政的標準也應當與哲學思想有所區別。這種理論，為當時持一元論的宇宙觀者所不能接受。他和李蟄的衝突也無可避免，因為兩個人都準備把自己的理論體現於行動之中。於是李蟄指斥耿定向為不誠實，言行不一；耿定向則指斥李蟄以立異為標榜，立異的目的還是立異，所謂放浪形骸，無非是為了博取超凡脫俗的美名。
耿定理在1584年去世。同年耿定向被召回北京任左金都御史。他在信裡提出李蟄迷誤耿氏子弟，這種指責促使李蟄遷居麻城。多年以後，他還認為這是耿定向有意識地給他以個人侮辱。
李蟄好強善辯，不肯在言辭上為人所授，在做官的時候也經常與上司對抗。和耿定向鬧翻之後，他更為重視自己的獨立不羈。按本朝的習慣，退休的官員被稱為「鄉富」，也就是意味著他仍然具有官員的身份，要受地方官的節制。地方官可以邀請他協助處理有關的事務，也可以邀請他參與重要的典禮。這種權利和義務，在別人或許會引以為榮，而在李蟄則是精神上的壓力。他說：「棄官回家，即屬本府本縣公祖父母管矣。來而迎，去而送；出分金，擺酒席；出軸金，賀壽旦。一毫不謹，失其歡心，則禍患立至。」剃髮為僧，除了避免親旅的糾纏以外，擺脫這些牽制也是一個重要的因素。
李蟄雖然身入空門，卻沒有受戒，也不參加僧眾的學經祈禱。他喜愛清潔成為癖好，衣服一塵不染，經常掃地，以至「數人縛帚不給」。在很多方面，李蟄保持著官僚學者的生活方式。例如，即使是短距離的外出，他仍然乘轎；對於書本不願親自閱讀，而是讓助手朗誦以省目力。
退休以後的十幾年，李蟄主要的工作是著述。他的著作大部分都在生前刊刻印行，芝佛院中有一間屋子專門堆放書板。著作的內容非常廣泛，包括儒家經典的闡釋、歷史資料的觀察、文學作品的評論以及倫理哲學的發揮，形式則有論文、雜稅、詩歌、書信等等。但是涉及面雖然廣泛，卻並不等於具有多方面的精深造詣。他寫作的歷史，對史實沒有精確的考辨，也沒有自成體系的徵象。大段文章照史書抄錄，所不同的只是按照自己的意見改換章節，編排次序，再加進若干評論。在接觸小說的時候，他所著眼的不是作品的藝術價值和創作方法，也就是說，他不去注意作品的主題意義以及故事結構、人物描寫、鋪陳穿插等等技巧。他離開了文學創作的特點，而專門研究小說中的人物道德是否高尚，行事是否恰當，如同評論真人實事。再則，即使是闡述哲學理論，也往往只從片段下手，寫成類似小品文，而缺乏有系統的推敲，作為結構謹嚴的長篇大論。惟其如此，當日的士人，對於「李氏《藏柳》、《焚抑人》一冊，以為奇貨，就大多感到難於理解。
要正確認識此中關係，務需探求李蟄的寫作目的。他的各式各樣的著作，無非異途同歸，其著眼在把讀書人的私人利益與公眾的道德相融合。從這點出發，他的寫作，有如使用各種樂器演奏同一支交響曲。公私衝突之中能否設法調和？如果他還沒有做出恰當的答案，至少已經提出了這個問題。這是一個迫切的問題，對讀書人來說，足以影響他們良心與理智的完整性。李蟄自身的經歷，使他對問題的認識更為深刻，表達更為有力。所以，他的著作仍能獲得讀者的欣賞。其中衷曲，在一封寫給耿定向的信裡發揮得淋漓盡致：
「試觀公之行事，殊無甚異於人者。人盡如此，我亦如此，公亦如此。自朝至暮，自有知識以至今日，均以耕田而求食，買地而求種，架屋而求安，讀書而求科第，居官而求尊顯，博風水以求福蔭子孫。種種日用，皆為自己身家計慮，無一厘為人謀者。及乎開口談學，便說爾為自己，我為他人；爾為自私，我欲利他；我憐東家之饑矣，又思西家之寒難可忍也；某等肯上門教人矣，是孔孟之志也；某等不肯會人，是自私自利之徒也；某行雖不謹，而肯與人為善；某等行雖端謹，而好以佛法害人。以此而觀，所講者未必公之所行，所行者又公之所不講，算與言顧行、行顧言何異乎？以是謂孔聖之訓可乎？翻思此等，反不如市井小夫身履是事，口便說是事，作生意者便說生意，力田者便說力田，鑿鑿有味，真有德之言，令人聽之忘厭倦怠。」
李蟄的難言之隱在於他強烈地抨擊了這些人物以後，他還是不得不依賴這些被抨擊者的接濟而生活。他們的言行不一是一種普遍的社會現象，耿定向不過是比較顯著的例子而已。李蟄本人也沒有與此絕緣，這就常常使他在對別人作了無情的指責以後，自己感到內疚而稍斂辭鋒。對供有當他被別人截擊，已經無法退避，他的感情才如長江大河，一發而不可收拾。
在同輩的人物中，李蟄雖然享有比別人更多的自由，但是他終究沒有找到他最企盼的獨立地位。這種困難和衝突迫使他繼續寫作，筆下內容仍然不能越出這一問題的範疇。這種情況，連同情他的袁中道也為之不解：既然由於對官僚政治不滿而絕意仕進，那就理當息機忘世，以文墨自娛；可是寫來寫去，還總是和官僚政治有關，加之名望越來越大，「禍逐名起」。這就無怪乎招致殺身之禍了。
李蟄和耿定向的爭論，基於人性的善惡。這個問題所涉及的方面非常廣泛，需要從中國哲學史中找出全面的解答。
問題可以追溯到公元前5世紀的春秋時代。孔子沒有提到性善或者性惡。他學說中的核心是「仁」。「仁」可以為善，一個君子的生活目的就在合於「仁」的要求。
究竟是哪些成分構成了六，孔子沒有明確直接的答覆。《論語》一書中，仁宇凡六十六見，但從來沒有兩處的解釋相同。一般來說，仁與慈愛、溫和、惻隱、以天下為己任等等觀念相通。然而在不同的場合，孔子又賦予仁以不同的概念：「己所不欲，勿施於人』的自我克制，言辭謹慎、按照禮儀行事，都可以算作仁或者接近於仁；出於環境的需要，一個人犧牲自己的生命，也叫做「殺身以成仁」。仁是最容易獲得的品質，任何人有志於仁，就可以得到仁。但是仁也是最難保持的品質，即在聖賢，例如孔子自己，也難能始終不斷地不違反仁。
後世的讀者，必須把這些互不關連的語錄再三誦讀，再三思索，才有可能理解它的真實內涵。綜合來說，溫和有利，慷慨大方是仁的初級階段。在向更高階段邁進的過程中，又必須把自己的思想與言行統統納入它的規範之內，經過不斷的積累而可以到達去私，最終到達無我。這樣，仁就是一種強迫性的力量、行動的最高準則、超越人世間的品質，也是生活唯一意義之所在，簡直和道家的「道」殊途而同歸。
《論語》中這66條有關仁的語錄，為孔子的學說安排了形而上的根據，成為儒家一元論宇宙觀的基礎。這種學說雖然沒有直接指責自私的不合理，但已屬不言而喻。因為所謂「自己」，不過是一種觀念，不能作為一種物質，可以囤積保存。生命的意義，也無非是用來表示對他人的關心。只有做到這一點，它才有永久的價值。這種理想與印度的婆羅門教和佛教的教義相近。印度的思想家認為「自己」是一種幻影，真正存在於人世間的，只有無數的因果循環。儒家的學說指出，一個人必須不斷地和外界接觸，離開了這接觸，這個人就等於一張白紙。在接觸中間，他可能表現自私，也可能去組自私而克臻於仁。
按照孔子的看法，一個人雖為聖賢，仍然要經常警惕防範不仁的念頭，可見性惡來自先天。然而另一方面，既然每個人都有其發揚保持仁的本能，則同樣可以認為性善出於天賦。
孔子去世以後約150年，性善說才首次被明確提出。孟子曾經斬釘截鐵地說：「人之性善也，猶水之就下也。人無有不善，水無有不下。」孔孟之間的不同論調，反映了社會環境的變化。孔子的目標，在於期望由像他一樣的哲學家和教育家來代替當時諸侯小國中世襲的卿大夫。孟子卻生活在一個更加動盪的時代裡，其時齊楚之間的王國，採取了全民動員的方式互相爭戰。這種情形不再允許哲學家以悠閒的情調去研究個人生活的舒暢和美。孟子的迫切任務，在於找到一個強者，這個強者應當具有統一全國的條件，並且能接受儒家學說作為這一大業的基礎。他企圖以雄辯的言辭說服他的對象，引導他和他的廷臣回到善良的天性之中，有如引導氾濫的洪水歸於大海，以避免一場殺人盈野的浩劫。
孔孟之道戰勝了諸子百家的理論，從漢朝開始，就成為統治全國的指導思想。時代愈是往前發展，統治者對它的依賴程度也愈大。到10世紀以後，也就是唐宋兩代，中國經歷了一次巨大的變化：經濟的重心，由華北旱田地帶移至華中和華南的水田地帶。隨之產生的顯著後果，則是內部的複雜性相繼增加。官僚階層過去為豪門大族所壟斷，至此改變而為與紳士階層相表裡。軍隊中的將領逐漸失去了左右政治的力量，文官政治確立為統治帝國的原則。這種多方的改變，使集權的中央政府不得不創立新的哲學理論，以維繫社會上成千成萬的優秀分子，即讀書的土人。這些土人就是紳士階層，和以前的門閥士族比較，人數多，流動性大，生活面和知識面也遠為廣闊。以此，儒家單獨的倫理性格已經不能完全適應時代的需要，而必須摻和理智上的新因素，才能適應於新的環境。
針對這種需要，很多學者不斷把孔孟的著述加以新的註釋，而把這些註釋綜合調和以構成一種思想系統的，則是宋代的大儒朱直。他是孔孟以後儒家學派中最有影響的思想家，死後被尊為賢人。他對儒家經典的論述具有權威性，他的《四書集注入是明朝、清朝兩代士人規定的教科書，也是科舉考試的標準答案。
他的治學方法被稱為「理智化」、「客觀」、「歸納法」，有時甚至被認為有「科學」的根據。未亮對過去的歷史和哲學著作熟讀深思，進行整理。他的結論是，歷史上各個朝代的盛衰興亡，以及宇宙中的各種自然現象，都有共通的原則，而且彼此印證。其學說的基礎，乃是宇宙和人間的各種事物都由「氣」構成，通過「理」的不同形式而成為不同的「物」。這所謂「物」，包括具體的事物如日月星辰，也包括抽像的倫理如孝梯忠信。這種把具體和抽像混為一談的方法，是中國思想家的傳統習慣，也合於他們一無論的宇宙觀。因為他們認為，一個人看到一件事物，這種事物就不是孤立的，不可能與環境隔離。他們著重於事物的功能。一件事物具有特性，就是因為它和其他事物發生了關係。白色的東西有白色的特質，是因為有光線的反射，見於人眼。這也就是說，凡「物」皆有動作，光線的反射見於人眼是一種動作，為人忠孝也是一種動作。運用這樣的觀點，未竟把雷霆和鞭炮看成相似之物，因為兩者都是「鬱積之氣」企圖發散。
孔子的仁，孟子的性善論，乃至中國社會傳統的組織和習慣，都被朱熹視為「天理」。但是人可能違反天理，因為各人秉氣不同，有清有濁。如果濁氣抬頭，天理就被「人欲」所取代。補救的辦法是「格物」，也就是接受事物和觀察、研究事物。他說：「所謂致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而窮其理也。蓋人心之靈，莫不有知，而天下之物，莫不有理。」通過格物，可以使人發現天理。
事實上，朱熹所使用的方法並不是歸納法，也很難說得上科學性。用類比以說明主題，是戰國時代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其實人性與水性並沒有聯繫，所謂相似，不過是存在於孟子的主觀之中。朱熹的格物，在方法上也與之相同。在很多場合之下，他假借現實的形態以描寫一種抽像的觀念。他認為一草一木都包涵了「理」，因此他所格的「物」包括自然界。在他看來，傳統的社會習慣，乃是人的天賦性格。但是他在作出結論時，卻總是用自然界之「理」去支持孔孟倫理之「理」。這也就是以類似之處代替邏輯。
對未合的思想系統，可以從不同的角度批判。其中重要的一個方面是，假如人之愚頑不肖，如他所說在於氣濁，則這種生理性的缺點就應當採取機械性的方式補救，例如著眼於遺傳，或者如道家的注重吐納。然而朱蓮反對這樣的辦法。他認為這些氣濁的人應該接受教育，經過不斷的努力，才可能接近真理。這樣一來，朱熹之一個全體的、有組織的宇宙，已成問題，即倫理之理有別於物理之理。
大凡高度的概括，總帶有想像的成分。尤其是在現代科學尚未發達的時代，哲學家不可能說明宇宙就是這樣，而只能假定宇宙就是這樣。在這一點上，朱熹和其他哲學家並無區別。既然如此，他所使用的方法就是一種浪費。他的植物，要求別人接觸植物、地質、歷史和地理等各個學科，但目的不在這些學科的本身上追求真理。因為對任何問題，他的結論已作出於觀察之先，而且作出這些結論的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人們就不能不產生疑問：這種博學多聞是否有確切的需要，也就是說，朱景的成就，是否能和他付出的精力相當？
朱熹治學的方法可謂「支離」。避免這樣支離，另有捷徑。此即以每一個人自己的心理，作為結構宇宙的工具，而所謂心理，即包括視覺和聽覺，也包括直覺和靈感。宇宙的自然法則和社會的倫理道德合為一體，很難獲得實證，但在心理上卻可以不言自明。宇宙的偉大與完美，無須有賴分析，就可以在個人的心理上引起合群為善的精神，從而自然而然地領悟到社會道德的真諦。其最高境界，可以使人擺脫日常生活的憂慮，心靈上達到澄澈超然。持這種看法的人，常說「將發未發之際」也就是雜念冰消、情緒寧靜之際，此時視覺、聽覺、觸覺還沒有全部開動，而是憑個人的直覺可以領會到宇宙間一種無可形容的美感。
以這種方法治學是為「心學」，和朱熹的「理學」相對。心學派反對理學派累贅的格物致知，提倡直接追求心理的「自然自在」；理學派則認為心學派也大有可以非議之處：宇宙的真實性如果存在於人的心中，任何人都可以由於心的開閉而承認或者拒絕這一真實性。這樣，世間的真理就失去了客觀的價值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的「道」、釋家的「無』電很難再有區別。一個人可以用參梯的方式尋求頓悟，頓悟之後，所獲得澄澈超然的樂趣僅止於一身，而對社會的道德倫理則不再負有責任。耿定理的終身不士就是一例。再則，儒家的經典一貫是土大夫行動的標準和議論的根據，而心學一經風行，各人以直覺為主宰，全部經典就可以棄置不顧。李蟄全憑個人的直覺和見解解釋經典又是一例。
如果知識分子放棄了正統的儒家觀念，則王朝的安全會立即受到威脅。知識分子在政治上是政府中的各級官員，在經濟上是中等以上的地主，因而也是這個社會的真正主人。而正統的儒家觀念又是維繫他們的紐帶，除此而外，再無別的因素足以使他們相聚一堂，和衷共濟。所以李蟄在晚年被捕入獄，雖然也被指控為行為不檢，但審判官在審訊的時候對此並不斤斤計築所注意的乃是他「惑世誣民」的著作。李蟄本人也早就預感到了這一點。他把他的一部著作題為《焚書人》意思是早晚必將付之一炬；另一部著作題為《藏書人》意思是有干時議，必須藏之名山，等待適當的時機再行傳播。
李蟄與耿定向決裂以後，隨即公佈了他寫給耿定向的函件，指斥他的虛偽。耿定向以眼還眼，如法炮製，也把他寫給另一位朋友的信廣為抄傳，信上說：「昔顏山農（顏鈞）於講學會中忽起就地打滾，曰：「試看我良知！」士友至今傳為笑柄。」在這一似乎是漫不經意的開場之後，他跟著就指出，李蟄的種種古怪行為，無非是就地打滾之意，目的在於不受拘檢，參會禪機。但是耿定向又不無惡意地提到，李蟄曾經強迫他的幼弟押妓，還提到李蟄有一次率領僧眾，跑到一個寡婦的臥室裡化緣。在耿定向看來，這些放蕩的行為，也是李蟄以良知為主宰，尋求頓悟的方法，與顏山農的就地打滾無異。
李蟄在1587年對這種攻擊作出答辯。除了關於寡婦的事件以外，他對自己的不拘形跡毫不掩飾。最值得注意的是他對「就地打滾」的評論。他說，他從來沒有聽到過這一故事，如果真有這件事，只能證明顏山農確實參透了「良知真趣」。他又說：「世間打滾人何限？日夜無休時。大庭廣眾之中，漁事權貴人以保一日之榮；暗室屋漏之內，為奴顏婢膝事以幸一時之寵。無人不滾，無時不然，無一刻不打滾。」當一個人真能領悟到打滾的真趣，則另有境界，此即「當打滾時，內不見已，外不見人，無美於中，無丑於外，不背而身不獲，行庭而人不見，內外兩忘，身心如一。難矣，難矣！」他認為耿定向的恥笑無損於顏山農，「即千笑萬笑、百年笑千年笑，山農不理也。何也？佛法原不為庸眾說也，原不為不可語上者說也，原不以恐人笑不敢說而止也」。
以上一段公案，可以看作當時心學派反對理學派的一個事例。李蟄與耿定向的個性不同，但是他們之間互相嘲諷侮弄，已經超出了個性的衝突。其中的微妙之處，乃是耿定向並不屬於正統的理學派，而是和李蟄同屬心學派中的泰州學派。僅僅在攻擊李蟄「未信先抗』這個問題上，他的立場近似於理學派。
心學的發展在明代進入高潮。由於王陽明的創造發揮，這種思想已經形成一個完整的系統。王陽明原來也屬於朱熹的信徒，據他自己說，他曾經按照朱熹的方法格物，坐在竹子之前冥思苦想。但是格來格去，始終沒有格出一個所以然，自己反而為此病倒。這個故事反映了他相信物質之理和道德之理相通，但是他沒有接受理學的類比方法。既然此路不通，他就另闢蹊徑，最後終於悟出一個道理，即宇宙間各種事物的「有」，完全出於個人心理上的反映，比如花開花落，如果不被人所看見，花就與心「同歸於寂」。所謂天理，就是先天存在於各人心中的、最高尚的原則。忠孝是天理，也是心中自然而然產生的觀念。
王陽明受過佛家思想的影響，他的宇宙觀也屬於一無論。他的所謂「良知」，是自然賦予每一個人的不可缺少的力量。它近似於我們常說的良心。但是良知並不能詳盡知悉各種事物的形態功用，具有這種知悉作用的是「意念」。良知只是近似於意念的主宰者，可以立即對意念作出是非善惡的評判。他的思想系統中還有一個主要方面，就是對因果關係的重視。在他看來，一件白的物體的白色乃是因，在觀察者的心中產生了白色的感覺才是果。這種對因果關係的理解推導出了他的「知行合一」說。他認為，知識是一種決斷，必定引起一種行動。一個人見到美色就發生愛慕，聞到臭味就發生厭惡，見和聞是「知」，愛慕和厭惡則為行，前者立即產生後者。所以，在王陽明看來，「致良知」是很簡單的，人可以立時而且自然地「致良知」，但是不斷地按照良知行事就很困難。這和孔子關於「仁」的學說頗為相似：凡人立志於七就可以得到仁，但是每日每時都不違背仁，即在聖賢也不易做到。
王陽明並沒有為真理而真理的傾向。和朱熹一樣，他的目的也在於利用他的思想系統，去證實他從小接受的儒家教條，以求經世致用。他的方法較之朱熹更為直接，然而這裡也埋伏著危險。如果一個人把王陽明的學說看成一種單純的方法，施用於孔孟教條之前，就很可能發生耿定向所說的「朱信先橫」，以為自己的靈感可以為真理的主宰。其後果，則可以由於各人的個性和背景而趨向於泛神主義、浪漫主義、個人主義、自由主義、實用主義，甚至無政府主義。這也就是王學的危險之所在。它存在著鼓勵各人以自己的良心指導行動，而不顧習慣的道德標準這一趨向。1587年，李蟄就走到了這條道路的交叉點。
幾個世紀以後，對李蟄的缺點，很少有人指斥為過激，而是被認為缺乏前後一致的完整性。他的學說破壞性強而建設性弱。他沒有能創造一種思想體系去代替正統的教條，原因不在於他缺乏決心和能力，而在於當時的社會不具備接受改造的條件。和別的思想家一樣，當他發現自己的學說沒有付諸實施的可能，他就只好把它美術化或神秘化。
李蟄的學說一半唯物，一半唯心，這在當時儒家的思想家中並非罕見。這種情形的產生，又可以追究到王陽明。
王陽明所使用的方法簡單明白，不像來直那樣的煩瑣累贅。但是在他的體系裡，還存在一些關鍵的問題，例如良知的內涵是什麼？良知與意念的關係，是從屬還是並行，是調和還是排斥？他應該直接的說良知是一種無法分析的靈感，有如人類為善的可能性屬於生命中的奧妙。但是王陽明不如此直截了當。他又含糊地說，良知無善無惡，意念則有善有惡。這些問題，為他的入室弟子王毅作出斷然的解答：一個人企圖致良知，就應當擯絕意念。理由是，人的肉體和思想，都處於一種流動的狀態之下，等於一種幻影，沒有絕對的真實性。所以，意念乃是技節性的牽纏，良知則是永恆的、不借外力的存在。良知超越於各種性格，它的存在寓於無形，有如靈魂，既無年齡性別，也無籍貫個性，更不受生老病死的限制。按照王酷的解釋，良知已不再是工具而成了目的，這在實際上已經越出了儒家倫理的範圍，而跨進了釋家神學的領域。李蟄在北京擔任和部司務的時候，經常閱讀王陽明和王回的書，之後他又兩度拜訪王回，面聆教益。他對王銀備加推崇，自稱無歲不讀王回之書，亦無歲不談王殿之學，後來又主持翻刻了王銀的《文抄錄入》並且為之作序。
按照王前的學說，一個人就理應集中他的意志，放棄或簡化物質生活，避免環境的干擾，以達到無善無惡的至高境界。然則一切的真實性既然只存在於心中，則所謂放棄、簡化與避免，也無須見諸行動，而只是存在於精神之中。一個人不存在惡念，他就不會見惡聞惡，更徹底地說，就是世界上根本不存在惡。基於這種的立場和信念，李蟄對耿定向的攻擊不屑一顧。耿定向說他擁妓，李蟄就承認他確實在麻城「出入於花街柳市之間」。但是這種世俗所認為不對的行為在無善無惡的領域中，不足成為指責的根本。在李蟄看來，他的行為不過是佛家的「遊戲三床』，道家的「和光同塵」。他以「無善無惡」作為標幟，硬是不肯認錯示弱，另一方面李蟄則並不認為這種自由系每個人都能具有，而只是進入了無善無惡境界的優秀分子的特權。這種優越感，在他的著作中經常流露。
李蟄又有他的另一面。當他說到「穿衣吃飯即是人倫物理」，他又站到了王良這一邊。王良是泰州學派的創始人，也是王陽明的信徒。很多歷史學家認為，王良把王陽明的學說推廣而成為「群眾運動」，這可以算得是一種歷史的誤會。因為在明代社會裡，並不存在以哲學領導群眾運動的可能；如果存在這種可能，與之相聯繫的歷史因素勢必引起劇烈的變化，但事實上毫無這種跡象。然則王良確實在比較廣泛的範圍裡傳播了王學，他所說的「百姓日用即道」、「百姓日用條理處，即是聖人之條理處」，又正是王學的發揮。因為王陽明的知行合一說，其宗旨在於知聖人之道，行聖人之志。李蟄雖然渴望自由，然而他不能超然物外，對這樣堂皇的旗號無動於衷。因此，以學術的流派而論，他始終被認為屬於泰州學派。
在第三位姓王的影響之下，李蟄重視物質，也重視功利。他仍然不斷地提到「心」，但是這已經不是就地打滾、無美於中無丑於外的心，而是考慮到日常需要的心。因為自己有所需要，就誰知別人也有同樣的需要，這就是孟子所謂「他人有心，予忖度之」。在這些場合中，他的思想已經脫離了形而上學的掛礙，而是以日用常識作為基礎。這種態度在他評論歷史時尤為明顯。
李蟄的歷史觀大多符合於傳統的看法，比如他確認王莽為「篡試盜賊」，指斥張角為「妖賊」。在他看來，歷史的治亂，既循環不斷，又與「文」「質』相關聯。一代人君如果專注於「文」而使之臻於極致，則已經開了禍亂之基；反之，息亂創業之君，則專注於「質」，只求使百姓免於饑寒而不去顧及是否粗析。這種認為文化與生活水平和國家安全不能相容的看法，是中國傳統歷史的產物，也是官僚政治的特點。李蟄自然無法理解，用中央集權的方式，以為數眾多的官僚治理億萬農民，就要求整齊劃一、按部就班，不能鼓勵特殊分子或特殊成分發展新的技術或創造新的法則。在他所處的時代，文官集團業已喪失了發展技術的可能，也沒有對付新的歷史問題的能力。社會物質文明（即李蟄所謂「文」）往前發展，而國家的法律和組織機構不能隨之而改進，勢必發生動亂。受到時代的限制，李蟄認為歷史循環之無法避免，乃是命運的安排，幾乎帶有神秘的力量，所以也不必再白費心力去尋找任何新的解決方案。這樣來看，李蟄的唯心論並不徹底，因為他承認了客觀的真實性，治亂興亡並不決定於人的主觀，當然更不承認，所謂人心不在，治亂就不成其為治亂這樣的理論了。
君主一生事業的成敗既為歷史循環的後果，李蟄對於歷代君主的評論，也只是著重在他們適應時代的識見和氣魄。對於「天下之重」的責任，李蟄則認為應該由宰輔大臣來承擔。他所期望於大臣的，是他們的執政的功績而不是道德的言辭。一個奇才卓識的人，在為公眾的福利作出貢獻的過程中，決不能過於愛惜聲名，因而瞻前顧後，拘束了自己的行動。他可以忍辱負重，也可以不擇手段以取得事業上的成功。這種捨小節而顧大局的做法被視為正當，其前提是以公眾的利益為歸依，而在倫理上的解釋則是公眾道德不同於私人道德，目的純正則不妨手段不純。李蟄在這些方面的看法，和歐洲哲學家馬基雅弗利（Machiavelli）極其相似。
李蟄重視歷史上對財政經濟問題有創造性的執政者。他推崇戰國的李俚、漢代的桑弘羊、唐代的楊炎，但是對宋代的王安石卻缺乏好感。這當然並非因為王安石在道德上遭到非議，而是因為他的才力不逮他的宏願，「不知富強之術而必欲富強」。與上述的論點相聯繫，李蟄更為大膽的結論是一個貪官可以為害至小，一個清官卻可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞過於拘泥於傳統的道德，只是「萬年青草」，「可以傲霜雪而不可以任棟樑者」。對於俞大歐和戚繼光，李蟄極為傾倒，讚揚說：「此二老者，固嘉、隆間赫赫著聞，而為千百世之人物者也。」在同時代的人物中，他最崇拜張居正，稱之為「宰相之傑」，「膽如天六」。張居正死後遭到清算，李蟄感到憤憤不平，寫信給周思敬責備他不能主持公道，仗義執言，但求保全聲名而有負於張居正對他的知遇。
李蟄和耿定向的衝突，許多當代的哲學史家把原因歸之於他們經濟地位的不同。李蟄屬於地主階級的下層，所以他對傳統有反抗的傾向；耿定向是大地主，所以偏於保守。
這種論點缺乏事實的根據。耿家在黃安確實是有聲望的家族，但是李蟄的後半生，卻一直依附於這樣的家族而得以維持相當優裕的生活。他與耿定向決裂以後，隨即投奔麻城周家，依靠周思敏和周思久。這周家作為地主望族，較之耿家毫無遜色，何況兩家又是姻家世好。另外還有梅家，其社會地位也與耿、週二家相評。當年麻城（黃安初屬麻城，1563年始分治）土人進學中舉，幾乎為這三家包辦。在麻城的時候，李蟄還和梅國恢過從甚密，梅國恢後來為《焚書》寫作了序言。在晚年，李蟄又和清運總督劉東星有極深的交往。劉東星為沁水人，不僅自己身居高位，而且把女兒嫁給山西陽城的大族王家，成了戶部尚書王國光的姻親。在盛名之下，甚至連親藩沈正也對李摯感覺興趣，邀請他去作客。李蟄託言嚴冬不便就道，辭謝未赴。他的最後一位居停為馬經綸。此人官居御史，家住通州，發財富有。他特意為李整修造了一所「假年別館」，並且撥出果園菜圃和另一塊土地，僱人耕種，以收入作為其客居的供應之資。在李蟄的朋輩之中，惟有焦坡家道清貧，但卻無妨於這一家在上層社會中的地位。總之，李蟄所交往的人都屬於社會的上層，而且是這個階層中的優秀分子。
李蟄本人的著作以及有關他的傳記資料，從來沒有表示出他有參加任何群眾運動的痕跡或者企圖。他對於工業農業的技術改進和商業的經營管理都毫無興趣。他的所謂「吃飯穿衣即是人倫物理」，不過是要求高級的官僚以其實際的政績使百姓受惠，而不是去高談虛偽的道德，崇尚煩瑣的禮儀。但這並不表示李蟄自己有意於實踐，而只能表示他是一個提倡實踐的理論家。至於他對女性的看法，也常常被後人誤解。他不承認女性的天賦低劣，在他看來，歷史上有一些特殊的女性甚至比男人還要能幹，比如他就屢次稱頌武則天為「好後」。但是讚揚有成就的女性，並不等於提倡男女平權，宣傳婦女解放。一個明顯的證據是李蟄對寡婦的守節，其褒揚仍然不遺餘力。
十分顯然，李蟄沒有創造出一種自成體系的理論，他的片段式的言論，也常有前後矛盾的地方。讀者很容易看出他所反對的事物，但不容易看出他所提倡的宗旨。
但是這種前後不一並不能算做李蟄最大的缺點。有創造力的思想家，在以大刀闊斧的姿態立論的時候，也不是不能見到自相矛盾的地方。盧梭倡導的個人自由，在他的鋪張解說之下，反而成了帶有強迫性的為公眾服務的精神。李蟄的這種矛盾，在古今中外並非罕見。
如果把李蟄的優越感和矯飾剔除不計，那麼，他的思想面貌還不是難於認識的。他攻擊虛偽的倫理道德，也拒絕以傳統的歷史觀作為自己的歷史觀，但是在更廣泛的範圍內，他仍然是儒家的信徒。芝佛院內供有孔子像，他途經山東，也到曲阜拜謁孔廟。在李蟄看來，儒家的「仁」、道家的「道」和佛家的「無」彼此相通，他攻擊虛偽的道德，但同樣不是背棄道德。
在一種社會形態之中，道德的標準可以歷久不變，但把這些標準在生活中付諸實踐，則需要與不同的時代、環境相適應而有所通變。李蟄和他同時代的人物所遇到的困難，則是當時政府的施政方針和個人的行動完全憑借道德的指導，而它的標準又過於僵化，過於保守，過於簡單，過於膚淺，和社會的實際發展不能適應。本朝開國二百年，始終以「四書」所確定的道德規範作為法律裁判的根據，淹沒有使用立法的手段，在倫理道德和日常生活之間建立一個「合法」的緩衝地帶。因為誰有這種緩衝地帶才能為整個社會帶來開放的機能，使政府的政治措施得以適合時代的需要，個人獨創精神也得以發揮。
這種情況的後果是使社會越來越趨於凝固。兩千年前的孔孟之道，在過去曾經是領導和改造社會的力量，至此已成為限制創造的牢籠。在道德的旗旗下，拘謹和雷同被視為高尚的教養，虛偽和欺詐成為官僚生活中不可分離的組成部分，無怪乎李蟄要慨乎言之：「其流弊至於今日，陽為道學，陰為富貴！」
如果李蟄在某種程度上表現了言行的一致，那麼唯一合理的解釋也只是他在追求個性與行動的自由，而不是叛離他衷心皈依的儒家宗旨。李蟄棄官不仕，別婦拋雛，創建佛院，從事著作，依賴官僚紳士的資助而生活，一直到他在法官面前堅持說他的著述於聖教有益無損，都不出於這樣的原則。
對現狀既然如此反感，李蟄就對張居正產生了特別的同情。我們無法確知李蟄和張居正是否見過面，但是至少也有共同的朋友。李蟄的前後居停，耿定向和周思敬，都是張居正的親信。耿定向尤為張居正所器重，1578年出任福建巡撫，主持全省的土地丈量，乃是張居正發動全國丈量的試探和先聲。兩年之後，張居正以皇帝的名義發佈了核實全國耕地的詔書，意圖改革賦稅，整理財政。這是張居正執政以來最有膽識的嘗試，以他當時的權力和威望，如果不是因為突然去世，這一重大措施很可能獲得成功。
張居正少年時代的課業，曾經得到當地一位官員的賞識。此人名李元陽，字中級。他的一生與李蟄極為相似：在中年任職知府以後即告退休，退休以後也以釋門弟子而兼儒家學者的姿態出現。據記載，他和李蟄曾經見過面。
由於李元陽的影響，張居正早就對禪宗感到興趣。這種興趣促使他在翰林院供職期間就和泰州學派接近，並且閱讀過王良的著作，考慮過這種學術在政治上實用的可能性。也許，他得出的最後結論是，這一派學說對於政治並不能產生領導作用。也有人指斥張居正因為要避免學術上的歧異而施用政治上的迫害，最顯著的例子是把泰州學派中的核伎者何心隱置於死地，但李蟄則力為辯護，認為何心隱之死與張居正無關。
然則，張居正用什麼樣的理論來支持自己的膽識和行動？他的施政方針，即便不算偏激，但是要把它付之實現，必須在組織上作部分的調整和改革。而文官集團所奉行的原則，卻是嚴守成憲和社會習慣，遏制個人的特長，以保持政府和社會的整體均衡。張居正在理論上找不到更好的學說，就只能以自己的一身挺立於合理和合法之間，經受來自兩方面的壓力。他聲稱己身不復為己有，願意充當鋪地的蓆子，任人踐踏以至尿溺，這正和李蟄所說不顧凡夫俗子的淺薄批評相似。張居正寫給李元陽的信，引用了《華嚴悲智揭》中的「如火火聚，得清涼門」兩句們語，也就是說一當自己把名譽的全毀置之度外，就如同在烈火之中找到了清涼的門徑。這顯然又是心學派的解釋：對於客觀環境，把它看成烈焰則為烈焰，看成清涼則為清涼。
張居正在政治上找不到出路，其情形類似於李蟄在哲學上找不到出路。創造一種哲學思想比較容易，因為它是哲學家個人意識活動的產物。但是宣佈一種政治思想，以之作為治國的原則，其後果財為立竿見影，它必須在技術上符合現狀，才能推行無礙。在本杜的社會中，儒家的仁，類似於憲法的理論基礎。全國的讀書人相信性善，則他們首先就應該抑制個人的慾望，不去強調個人的權利。擴而大之，他們一旦位列封疆或者職居顯要，也就不能強調本地區、本部門的特權。例如東南各省本來可以由海外貿易而獲大利，但由於顧全大體，沒有堅持這種特別的經濟利益，就得以保持全國政治的均衡。在這種以公眾利益為前提的條件下，政府中樞才有可能統一管理全國，而無須考慮各地區、各部門以及各個人的特殊需要。這是一種籠統的辦法，也是一種技術上簡陋和沒有出息的辦法。
在本書的前面幾章中曾不止一處的提到，我們的帝國是由幾百萬個農村聚合而成的社會。數以千萬計的農民不能讀書識字，全賴乎士紳的領導，村長裡甲的督促，他們才會按照規定納稅服役。在法律面前，他們享有名義上的平等，而實際上，他們的得失甚至生死，卻常常不決定於真憑實據而決定於審判官的一念之間。本朝的法律也沒有維持商業信用、保障商業合同的規定，以此國際貿易無法開放，否則就會引起無法解決的糾紛。各地區按照其特殊需要而立法，更不能受到鼓勵，因為會釀成分裂的局面。至於在文官集團內部，也無法通過組織系統集中這兩萬人的意見，必須假借諧音諷喻、匿名揭帖以及討論馬尾巴等等離奇的方法，混合陰陽，使大家在半信半疑之間漸趨統一。以上種種情況，在長時期裡造成了法律和道德的脫節。治理如此龐大的帝國，不依靠公正而周詳的法律，就勢必依靠道德的信條。而當信條僵化而越來越失去它的實用價值，淪於半癱瘓狀態中的法律也當然無法填補這種缺陷。
如果本朝的統治者感到了此路不通，企圖改弦易轍，則必然會導致社會成員以自存自利為目的，天賦人權的學說又必然如影隨形地興起，整個社會就將遭到根本性的衝擊。但是這種局面，在歐洲的小國裡，也要在幾百年之後，等市民階級的力量成熟，才會出現，張居正和李蟄正不必為此而焦慮。事實上，他們也不可能看得如此長遠，他們企盼的自由，只是優秀分子或者是傑出的大政治家不受習俗限制的自由。
張居正是政治家，李蟄是哲學家，他們同樣追求自由，有志於改革和創造，又同樣為時代所扼止。李蟄近於馬基雅弗利，但是他的環境不容許他像霍布斯洛克一樣，從個人主義和唯物主義出發構成一個新的理論體系。他察覺到自己有自私自利的一面，別人也是如此，但他不能放棄孔子所提倡的仁。這樣，他只好在形而上學中找到安慰——世間的矛盾，在「道」的範疇中得到調和而且消失。這在心學中也有類似的理論，即至善則無形，至善之境就是無善無不氨
這樣的唯心主義已經帶上了神秘的色彩，很難成為分析歷史現象的有效工具。而另一方面，他思想中唯物主義的部分也並不徹底。這使李蟄不可能從根本放棄以倫理道德為標準的歷史觀，因之自相矛盾的評論隨時會在他筆下出現。比如他贊成寡婦守節殉夫，但對卓文君的私奔，又說是『它風求民，安可誣也」。他斥責王莽、張角，但又原諒了很多歷史人物，有如五代史中的馮道。這些人物的所作所為和當時的道德規範不相符合，李蟄認為情有可原。因為，從長遠來看，他們為國家人民帶來了更多的利益。這些以遠見卓識指導自己行動的人物，足以稱為「上人』，而李蟄自己能作出這種評論，則成了「上人」之上的「上上人」。
這些在理論上缺乏系統性的觀點，集中在他編訂的《藏書》之中。李蟄對這部書自視甚高，稱之為「萬世治平之書，經筵當以過讀，科場當以選士，非漫然也」，並且預言「千百世後」，此書必行。他認識到，他的觀點不能見容於他所處的社會，然而這個社會需要如何改造才能承認他的觀點，在書中卻不著一字。在今天的讀者看來，他心目中的「千百世後」，皇帝仍然出席經筵，科場仍然根據官方所接受的歷史觀取士，則仍為一個矯飾的社會。
1601年初春，芝佛院被一場人為的火災燒得四大皆空。據說縱火者乃是當地官吏和援紳所指使的無賴。這一案情的真相始終未能水落石出，但卻肯定與下面的一個重要情節有所關聯。
李蟄在麻城的支持者梅家，是當地數一數二的大戶，家族中的代表人物梅國極又正掌理西北軍事。梅國偵有一個媒居的女兒梅請然曾拜李蟄為師，梅家的其他女眷也和李蟄有所接觸。這種超越習俗的行動，在當時男女授受不親的上層社會裡，自然引起了眾人的側目而視。但是李蟄對輿論不加理睬，反而毫無顧忌地對糖然和她的抽程大加稱讚。他和她們往來通信，探討學問。他著作中所提到的「據然大師」、「澄然」、「明因」、「善因菩薩」等等，就是這幾位女士。他說：「梅塘然是出世丈夫，雖是女身，男子未易及之。」又說：「此間據然固奇，善團、明因等又奇，真出世丈夫也。他在著作中，理直氣壯地辯解自己和她們的交往完全合於利法，毫無「男女混雜」之嫌，但是又不倫不類地寫下了「山居野處，鹿系猶以為姐，何況人乎」這些情。他把浩然比為觀世音，並把和這幾位女士談論佛學的文稿刊刻，題為《觀音問入他還有一首題「繡佛精舍」的詩：「聞說情然此日生，據然此日卻為僧。僧寶世間猶時有，佛寶今春繡佛燈。可笑成男月上女，大驚小怪稱奇事。陡然不見舍利佛，男身衰隱知誰是？我勸世人莫很清，繡佛精會是天台。天欲散花愁汝著，龍女成佛今又來！」
寫作這些詩文函件的時候，李蟄已年近七十，而且不斷聲稱自己正直無邪，但是這些文字中所流露的挑戰性，無疑為流俗和輿論所不能容忍。反對者舉出十餘年前李蟄那妓和出入於寡婦臥室的情節，證明他的行止不端具有一貫性；對這種傷風敗俗的舉動，聖人之徒都應該鳴鼓而攻之。
事情還有更為深刻和錯綜的內容。李蟄的這種行動，在當時的高級官僚看來，可以視為怪僻而不必和公共道德相聯繫。但下級地方官則不能漠然置之。因為他們負責基層的行政機構，和當地紳士密切配合，以傳統思想作為社會風氣的準則，教化子民。他們的考成也以此為根據。李蟄的言行既然有關風化，也就是和官僚紳士的切身利益有關。然而如果把問題僅僅停留在這一點上，也還是皮相之談。因為對官僚紳士自己來說，行為不檢甚至涉及淫亂，本來是所在多有，毫不足怪。如果他們本人不事聲張，旁人也可以心照不宣。李蟄究竟無邪還是有邪，可以放在一邊不管，關鍵在於他那毫無忌憚的態度。他公然把這些可以惹是生非的情節著為文字，而且刊刻流傳，這就等於對社會公開挑戰，其遭到還擊也為必然。而且，他的聲名愈大，挑戰性就愈強烈；地方官和紳士也愈不能容忍，對他進行懲罰已屬責無旁貸。這些人僱傭地痞打手焚燒芝佛院，行為可謂卑劣怯弱，但在他們自己看來，則屬於衛道。
這次事件已經早有前兆。5年之前，即1596年，有一位姓史的道台就想驅逐李蟄。僅僅因為李蟄的朋友很多，而且大多是上層人物，這位道台才不敢造次，只是放出風聲要對他依法處理。李蟄對這種恐嚇置若罔聞，於是史道台又聲稱芝佛院的創建設有經過官方批准，理應拆毀，李蟄答辯說，芝佛院的性質屬於私人佛堂，其創建「又是十方尊貴大人佈施俸金，蓋以供佛，為國祈福者」。答辯既合情合理，再加上知名人士從中疏通，這位道台沒有再別生枝節，而李蟄則自動作了一次長途旅行，離開麻城前後約計4年。他在山西訪劉東星，登長城，然後買舟由大運河南返，在南京刊刻《焚書》，1600年又回到芝佛院。這次招搖的旅行使當地官外更為痛心疾首，而尤其糟糕的是，他居然在給梅情然的信上說麻城是他的葬身之地。是可忍，孰不可忍，富紳們既想不出更好的辦法，只好一把火燒了他的棲身之地。
事變發生以後，馬經綸聞訊從通州趕來迎接李蟄北上，並且慷慨地供應地和隨從增眾的生活所需，使李炎的生活得以保持原狀。在通州，也經常有朋友和仲嘉者的拜訪和請益，因此生活並不寂寞。
在生命中的最後一年裡，他致力於《易經》的研究。因為這部書歷來被認為精微奧妙，在習慣上也是儒家學者一生最後的工作，其傳統肇始於孔子。李蟄既已削髮為僧，他已經瞭解到，所謂「自己」只是無數因果循環中間的一個幻影；同時，根深蒂固的儒家歷史觀，又使他深信天道好還，文極必開動亂之機，由亂復歸於治，有待於下一代創業之君棄文就質。在1601年，李費提出這一理論，真可以說切合時宜，也可以說不幸而言中。就在這一年，努爾哈赤創立了他的八旗制度，把他所屬的各部落的生產、管理、動員、作戰歸並為一元，改造為半現代化的軍事組織。而也是僅僅兩年之前，這個民族才開始有了自己的文字。就憑這些成就，努爾哈赤和他的兒子征服了一個龐大的帝國，實質上是一個單純的新生力量接替了一個「文權」的王朝。所謂「文極」，就是國家社會經濟在某些方面的發展，超過了文官制度呆板的管制力量，以致「上下否隔，中外聯攜」。努爾哈赤的部落文化水平低下，但同時也就在「質」上保持著純真。捨此就波，泰否剝復，也似乎合於《易經》的原則。
然而在這易代的前夕，李蟄又如何為自己打算呢？即使其對李蟄還不是古稀的高齡，他也用不著考慮這個問題了。因為問題已經為利科繪事中張問達所解決。張問達遞上了一本賽疏，參劾李蟄邪說惑眾，罪大惡極。其羅織的罪狀，有的屬於事實，有的出於風傳，有的有李蟄的著作可以作證，有的則純出於想當然。其中最為聳人聽聞的一段話是：「尤可根者，寄居麻城，律行不簡，與無良輩游庵院。挾妓女白晝同浴，勾引土人妻女入庵講法，至有攜裝枕而宿庵觀者，一境如狂。又作《觀音問》一書，所謂觀音者，皆土人妻女也。」接著，給事中提醒萬曆皇帝，這種使人放蕩的邪說必將帶來嚴重的後果：「後生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至於明劫人財，強摟人婦，同於禽獸而不足恤。」此外，由於李蟄妄言欺世，以致佛教流傳，儒學被排擠，其情已形極為可怕：「選來緩紳大夫，亦有學咒念佛，奉僧膜拜，手持數珠，以為律戒，室懸妙像，以為皈依，不知遵孔子家法而溺意於禪教沙門者，往往出矣。」而最為現實的危險，還是在於李蟄已經「移至通州。通州距都下僅四十里，倘一入都門，招致蠱惑，又為麻城之續」。
皇帝看罷奏流之後批示：李蟄應由錦衣衛捉拿治罪，他的著作應一律銷毀。
在多數文官看來，李蟄自然是罪有應得，然而又不免暗中彆扭。本朝以儒學治天下，排斥異端固然是應有的宗旨，但這一宗旨並沒有經常地付諸實施。李蟄被捕之日，天主教傳教土、意大利人利瑪竇（此人和李蟄也有交往）早已在朝廷中活動，以後他還要繼續傳教，使一些大學上尚書乃至皇帝的妃嬪成為上帝的信徒。而萬曆皇帝和母親想聖太后則對佛教感覺興趣。雖說在1587年曾經因為利部的奏請，皇帝下令禁止士人在科舉考試的試卷中引用怫經，但是在1599年，即李蟄被捕前3年，他卻告訴文淵閣的各位大學土，他正在精研『位藏」和「佛藏」。這還有行動可以作為證明：皇帝經常對京城內外的佛寺捐款施捨，又屢次派出宦官到各處名山巨剎進香求福，而好幾次大赦的詔書中，更充滿了佛家慈悲為本的語氣。所以，要把提倡異端的罪魁禍首加之於李蟄，畢竟不能算做理直氣壯。
但是另一方面，李蟄之所以罪有應得，則在於張問達的奏流具有煽動的力量，而他使用的『羅織」方法，也把一些單獨看來不成其為罪狀的過失貫穿一氣，使人覺得頭頭是道。何況把可能的後果作為現實的罪行，也是本朝司法中由來已久的習慣。而全部問題，說到底，還在於它牽涉到了道德的根本。
從各種有關的文字記載來看，李蟄在監獄裡沒有受到折磨，照樣能讀書寫字。審訊完畢以後，鎮撫司建議不必判處重刑，只需要押解回淹了事。根據成例，這種處罰實際上就是假釋，犯人應當終身受到地方官的監視。但不知何故，這項建議送達御前，皇帝卻久久不作批示。
一天，李蟄要侍者為他剃頭。乘侍者離開的間隙，他用剃刀自機但是一時並沒有斷氣。侍者看到他鮮血淋漓，還和李蟄作了一次簡單的對話。當時李蟄已不能出聲，他用手指在侍者掌心中寫字作了回答：
問：「和尚痛否？」
答：『不痛。」
問：「和尚何自割？」
答：「七十老翁何所藥」！
據說，袁中道的記載，在自刎兩天以後，李蟄才脫離苦海。然而東廠錦衣衛寫給皇帝的報告，則稱李蟄「不食而死」。
從個人的角度來講，李蟄的不幸，在於他活的時間太長。如果他在1587年即萬曆十五年，也就是在他剃度為僧的前一年離開人世，四百年以後，很少再會有人知道還有一個姚安知府名叫李蟄，一名李載蟄，字宏父，號卓吾，別號百泉居上，又被人尊稱為李溫陵者其事其人。在歷史上默默無聞，在自身則可以省卻了多少苦惱。李蟄生命中的最後兩天，是在和創傷血污的掙扎中度過的。這也許可以看成是他15年餘生的一個縮影。他掙扎，奮鬥，卻並沒有得到實際的成果。雖然他的《焚書》和《藏書》一印再印，然而作者意在把這些書作為經筵的講章，取土的標準，則無疑是一個永遠的幻夢。
我們再三考慮，則又覺得當日李蟄的不幸，又未必不是今天研究者的幸運。他給我們留下了一份詳盡的記錄，使我們有機會充分地瞭解當時思想界的苦悶。沒有這些著作，我們無法揣測這苦悶的深度。此外，孔孟思想的影響，朱高和王陽明的是非長短，由於李蟄的剖析爭辯而更加明顯；即使是萬曆皇帝、張居正、申時行、海瑞和戚繼光，他們的生活和理想，也因為有李蟄的著作，使我們得到從另一個角度觀察的機會。
當一個人口眾多的國家，各人行動全憑儒家簡單粗淺而又無法固定的原則所限制，而法律又缺乏創造性，則其社會發展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能補助技術之不及。1587年，是為萬曆十五年，丁亥次歲，表面上似乎是四海昇平，無事可記，實際上我們的大明帝國卻已經走到了它發展的盡頭。在這個時候，皇帝的勵精圖治或者宴安耽樂，首輔的獨裁或者調和，高級將領的富於創造或者習於苟安，文盲的廉潔奉公或者貪污舞弊，思想家的極端進步或者絕對保守，最後的結果，都是無分善惡，統統不能在事業上取得有意義的發展，有的身敗，有的名裂，還有的人則身敗而兼名裂。
因此我們的故事只好在這裡作悲劇性的結束。萬曆丁亥年的年鑒，是為歷史上一部失敗的總記錄。