1587年陽曆11月13日，南京都察院右都御史海瑞在任所與世長辭。他是一個富有傳奇性的人物，對他的生平行事應該如何評論，人們曾經發生過尖銳的爭執。這爭執一直延續到多少年以後還會成為問題的焦點。
和很多同僚不同，海瑞不能相信治國的根本大計是在上層懸掛一個抽像的、至美至善的道德標準，而責成下面的人在可能範圍內照辦，行不通就打折扣。而他的尊重法律，乃是按照規定的最高限度執行。如果政府發給官吏的薪給微薄到不夠吃飯，那也應該毫無怨言地接受。這種信念有他自己的行動作為證明：他官至二品，死的時候僅僅留下白銀20兩，不夠殮葬之資。
然則在法律教條文字不及之處，海瑞則又主張要忠實地體會法律的精神，不能因為條文的缺漏含糊就加以忽略。例如他在南直隸巡撫任內，就曾命令把高利貸典當而當死的田產物歸原主，因而形成了一個引起全國注意的爭端。
海瑞從政20多年的生活，充滿了各種各樣的糾紛。他的信條和個性使他既被人尊重，也被人遺棄。這就是說，他雖然被人仰慕，但沒有人按照他的榜樣辦事，他的一生體現了一個有教養的讀書人服務於公眾而犧牲自我的精神，但這種精神的實際作用卻至為微薄。他可以和舞台上的英雄人物一樣，在情緒上激動大多數的觀眾；但是，當人們評論他的政治措施，卻不僅會意見分歧，而且分歧的程度極大。在各種爭執之中最容易找出的一個共通的結論，就是他的所作所為無法被接受為全體文官們辦事的準則。
海瑞充分重視法律的作用並且執法不阿，但是作為一個在聖經賢傳培養下成長的文官，他又始終重視倫理道德的指導作用。他在著作中表示，人類的日常行為乃至一舉一動，都可以根據直覺歸納於善、惡兩個道德範疇之內。他說，他充當地方的行政官而兼司法官，所有訴訟，十之六七，其是非可以立即判定。只有少數的案件，是非尚有待斟酌，這斟酌的標準是：
「凡訟之可疑者，與其屈兄，寧屈其弟；與其屈叔伯，寧屈其侄。與其屈貧民，寧屈富民；與其屈愚直，寧屈刁頑。事在爭產業，與其屈小民，寧屈鄉宦，以救弊也。事在爭言貌，與其屈鄉宦，寧屈小民，以存體也。」用這樣的精神來執行法律，確實與「四書」的訓示相符合。可是他出任文官並在公庭判案，上距「四書」的寫作已經兩千年，距本朝的開國也已近兩百年。與海瑞同時的人所不能看清楚的是，這一段有關司法的建議恰恰暴露了我們這個帝國在制度上長期存在的困難：以熟讀詩書的文人治理農民，他們不可能改進這個司法制度，更談不上保障人權。法律的解釋和執行離不開傳統的倫理，組織上也沒有對付複雜的因素和多元關係的能力。
海瑞的一生經歷，就是這種制度的產物。其結果是，個人道德之長，仍不能補救組織和技術之短。
海瑞以舉人出身而進入仕途，開始被委任為福建一個縣的儒學教授，任期4年。到1558年升任浙江淳安知縣的時候，他已經45歲。
這淳安縣，乃是往來三省的孔道。交通發達，本縣人民的負擔也隨之加重。原因是按照本朝立國時所訂立的財政制度，政府中的預算並無旅費一項，全國1040個驛站，名義上由兵部掌管，實際上一切費用，即過境官員本人及其隨從所需的食物、馬匹和船轎挑夫，全部由該地方負責。兵部只發給旅行人員一紙勘合：驛站所在之處，即須按照規定供應。七品官海瑞的聲名開始為人所知，就是因為他能夠嚴厲而巧妙地拒絕了官員濫用這種權力而增加地方上的負擔。
這一段故事說，當日以文官而出任總督的胡宗憲，兼負防禦倭寇的職責，居官風厲，境內的官民無不凜然畏懼。一次，他的兒子道經淳安，隨帶大批人員和行李，作威作福，對驛站的款待百般挑剔，並且凌辱驛丞。縣令海瑞立即命令衙役皂隸拘捕這位公子押解至總督衙門，並且沒收了他攜帶的大量現銀。他在呈報總督的公文內聲稱，這個胡公子必系假冒，因為總督大人節望清高，不可能有這樣的不肖之子，也不可能擁有這麼多的金銀財物。
如果這段故事夾雜了誇張和渲染，那麼，海瑞對付都想卿的經過則屬確鑿無疑，因為有他收入文集中的緘版可以為證。
1560年，左副都御史鄙想卿被任命清理鹽法，南北各省的食鹽徵收專賣都歸他節制，以期增加政府收入，加強抗擊倭寇的財力。對於這位欽差大臣，地方官自然畢恭畢敬，不敢有絲毫怠慢。而飲差大臣本人也不能避免標榜儉樸以沽名釣譽的時尚，先期發出通令，內稱本院『素性簡樸，不喜承迎。凡飲食供帳懼宜簡樸為尚，毋得過為華奢，靡費裡甲」。這樣的官樣文章早已為人所司空見慣，不過視作一紙具文，即在欽差大人本身也不會想到會有人認真對待。
淳安縣縣令海瑞對這一通令可是毫不含糊。當鄙都院的節使尚未到達淳安，他已經接到一個稟帖。桌帖的一開頭規規矩矩地寫著「嚴州府淳安縣知縣海謹稟」，緊接著就把通令的原文節錄於後，再接著就說台下奉命南下，浙之前路探聽者皆日，各處皆有酒席，每席費銀三四百兩，並有金花金緞在席間連續奉獻，其他供帳也極為華麗，雖溺器亦以銀為之云云。最後要求欽差大人摒棄奢華的排場和搜刮，並且說，如果不能拒絕地方官這樣的阿波恭維，將來勢必無法做到公事公辦，完成皇上委託的任務。據說，都憋卿接到稟帖以後，就沒有敢進入淳安，而是繞道他去。
這種直言抗命的精神，可能使海瑞失掉了一個陞官的機會。他於1562年調任江西興國，官職仍是知縣，不升不降。以他這樣的性格和作風，上司當然銜恨在心，如果不是他本人言行如一，清廉正直，十個海瑞也早已罷官免職。他的節儉的名聲還選皆知，據說有一次總督胡宗憲竟然以傳播特別消息的口吻告訴別人，說海瑞替母親做壽，大開宴席，竟然買了兩斤豬肉。此事的真實性無法得到證明，但海瑞飯桌上的蔬菜出自他親自督率別人在衙後栽種，則屬毫無疑問。
基於道德觀念的驅使，下級官員反抗上級，歷來也並不罕見，但大多引不起特別的注意，事情發生後不久，隨即為人遺忘。然而海瑞卻屬例外，他得到命運的幫助，歷史站到了他這一邊。1562年，歷任首輔幾達20年的大學士嚴嵩為嘉靖皇帝免職，他所扶植的私人也不免相繼倒台，其中包括胡宗憲和鄙意卿。他們既被確定為壞人，海瑞在他們當權的時候敢於和他們作對，當然可以算得特行卓識。為此他的聲望大增。這49歲的海瑞，雖然不是進士出身，官階也僅為正七品，可是已經獲得了在大眾心目中成為英雄的可能性，只須再加以機緣，就可以把這一地位鞏固下來。
1565年，海瑞再次表現了他直言的膽略。當時他已經升任戶部主事，官階為正六品，這是一個接近於中級官員的職位。當時的北京，並沒有出現什麼令人振奮的氣象。相反的，南北兩方都連連告警，急待增加收入以備軍需。然而政府別無新的途徑籌款，可行的辦法還是不外挪借和增加附加稅。前者並不增加收入，也沒有緊縮支出，而僅僅是此款被用；後者則使稅收制度更加複雜和實際執行更加困難。戶都是國家的財政機關，但是主事一類的官兒卻無事可做。大政方針出自堂它尚書侍郎，技術上的細節則為吏員所操縱。像海瑞這樣的主事，根本不必每日到部辦公，不過是日漸一日增積做官的資歷而且。
嘉靖皇帝當日已御字40年。他的主要興趣在於向神仙祈禱和覓取道家的秘方以期長生不死。他住在皇城中的別墅裡，然而又不能以一般的荒精目之，因為他除去不在公開場合露面以外，對於國家大事仍然乾織獨斷，有時還干涉到細節。這位皇帝的喜愛虛榮和不能接受批評世無其匹，只接近少數佞臣，聽到的是各種虛假的情況。當地發現大事已被敗壞，就把昔日的一個親信正法斬首，以推卸責任而平息輿論。這種做法使得廷臣但求自保而更加不去關心國家的利益。1565年，嚴嵩去職雖已3年，但人們對嘉靖的批評依然是「心慈」、「苛斷」和「情愉」。然而他對這些意見置若罔聞，明明是為俟臣所蒙蔽，他還自以為聖明如同堯舜。
經過慎重的考慮，陽曆11月，海瑞向嘉靖遞上了著名的奏疏。奏疏中指出，他是一個虛榮、殘忍、自私、多疑和愚蠢的君主，舉凡官吏貪污、役重稅多、宮廷的無限浪費和各地的資匪淺熾，皇帝本人都應該直接負責。皇帝陛下天天和方士混在一起，但上天畢竟不會說話，長生也不可求致，這些迷信統統不過是「捉風捕影」。然而奏疏中最具有刺激性的一句話，還是「蓋天下之人不直陛下久矣」，就是說普天下的官員百姓，很久以來就認為你是不正確的了。
這一奏疏的措辭雖然極端尖辣，但又謹守著人臣的本分。海瑞所要求於皇帝的不過是改變自己的作為，而這改變又非常容易，只需要「翻然悔悟」，由亂致治，也不過「一振作間而已」。言下之急是，如果皇帝能夠真正振作，選擇合宜的道路，赴之以決心，他還是有機會成為堯舜之君的。
這樣的奏疏確乎是史無前例的。往常臣下向皇帝作淨諫，只是批評一種或幾種政策或措施，這種指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等於說他這幾十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且連為人夫及人父的責任也沒有盡到，其唐突之處，真的是古今罕有。
嘉靖皇帝讀罷奏疏，其震怒的情狀自然可想而知。傳說他當時把奏折往地上一摔，嘴裡喊叫：「抓住這個人，不要讓他跑了！」旁邊一個宦官為了平息皇帝的怒氣，就不慌不忙地跪奏：「萬歲不必動怒。這個人向來就有癡名，聽說他已自知必死無疑，所以他在遞上奏本以前就買好一口棺材，召集家人訣別，僕從已經嚇得統統逃散。這個人是不會逃跑的」。〔143嘉靖聽完，長歎一聲，又從地上撿起奏本一讀再讀。
嘉靖沒有給予海瑞任何懲罰，但是把奏章留中不發。他不能忘記這一奏疏，其中有那麼多的事實無可迴避，可是就從來沒有人敢在他面前那怕是提到其中的一丁點！皇帝的情緒顯得很矛盾，他有時把海瑞比做古代的忠臣比干，有時又痛罵他為「那個咒罵我的畜物」。有時他責打官女，宮女就會在背後偷偷地說：「他自己給海瑞罵了，就找咱們出氣！」
此時嘉靖的健康已經欠佳，他曾經動過退位為太上皇的念頭，可是這種放棄天下職責的做法，在本朝又並無先例。在1566年陽曆2月底，他左思右想，氣憤難平，終於下令錦衣衛把海瑞逮捕到東廠禁錮。刑部議決對海瑞按兒子詛咒父親的律例處以絞刑，然而嘉靖皇帝在以前雖然批准過許多人的死刑，在這時候卻沒有在刑部的建議上作任何的批復，因此，海瑞就在獄中住了10個月。
有一天，獄中忽然沒酒餚相待。海瑞以為這是臨死前的最後一餐，他神色不變，飲食如常。提牢主事悄悄告訴他，皇帝業已升通，新君不日即位，你老先生乃是忠臣，一定會得到重用，海瑞聽罷，立刻放聲號哭；號哭之餘，繼以嘔吐。
1567年年初隆慶皇帝登極，海瑞被釋出獄。對他的安排立即成了文淵閣大學士和吏部尚書的一個難題。他的聲望已為整個帝國所公認。他當然是極端的廉潔，極端的誠實，然而從另外一個角度來看，也可能就是極端的粗線條，極端的喜歡吹毛求疵。這樣的人不會相信為人處世應該有陰陽的分別，他肯定會用他自己古怪的標準要求部下和上司。對他應該怎麼分派呢？看來比較穩妥的辦法是讓他陞官而不讓他負實際的責任。於是，在不長的時期內，他歷任尚寶司丞、大理寺右寺丞、左寺丞、南京通政司右通政，官至正四品。這樣一個閒營自然不能令海瑞滿意，因為他是倫理道德的堅決信奉者和實行者，對國家和人民具有高度的責任感。
1569年年初的京察，按照慣例，凡屬四品以上身眼紅袍的官員都應當作出自我鑒定。於是海瑞在奏折中說：陛下既然赦免了我的死罪，又對我破格把升，在所有的文臣之中，沒有一個人會比我更加迫切地要求報答陛下的恩典。接著，他謙虛地聲稱自己才淺識疏；又接著，他表示自己現任的職務只是專管查看呈奏給皇帝的文書，看罷以後原封發送，既無財政責任，又用不著下左右全局的決心，但是連這樣的一個位置還不稱所職，所以不如乾脆把我革退！」
這樣看來，海瑞並不是完全不懂得陰陽之道的精微深奧。他陽求罷免，陰向管理人事的官員要挾：如果你們真的敢於罷黜我這樣一個有聲裡的、以令諫而名著天下的忠臣，你們必然不容於輿論；如果不敢罷黜我，那就請你們分派給我能夠實際負責的官職。
文淵閣和交部終於向他低頭。當年夏天，海瑞被任命為南直隸巡撫，駐紮蘇州。且不說這裡是全國最富庶的地區，即使是一般地區，任命這樣一位不由進士出身的人擔任巡撫，也已屬於罕見。但是這一地區歷來號為難治，以海瑞的性格而就任斯職，有識見的人早就料到必然引起不良的後果。事實不出所料，8個月之後，他遇到劾參而被迫退年。
海瑞的新職一經發表，南直隸的很多地方官就自己估計到將會不能見容於這位古怪的上司，因而自動離職或請求他調。緩紳之家紛紛把朱漆大門改漆黑色，以免炫人眼目而求韜光養晦。駐在蘇州的一個宦官把他的轎夫由8人減至4人。舉出這些瑣事，就可以證明新巡撫大人聲勢之迅猛，足以使人震懾。
海瑞下車伊始，就把他的「督撫條約」三十六款在所治各府縣公佈。條約規定：境內成年男子一律從速結婚成家，不願守節的寡婦應立即改嫁，溺殺嬰孩一律停止。巡撫出巡各地，府縣官不得出城迎接，但巡撫可以傳詢台老聽取他們的控訴。巡撫在各府縣逗留，地方官供給的飲食標準為每天紋銀二錢至三錢，雞魚肉均可供應，但不得供應鵝及黃酒。境內的公文，今後一律使用廉價紙張；過去的公文習慣上在文後都留有空白，今後也一律廢止。自條約公佈之日起，境內的若干奢侈品要停止製造，包括特殊的紡織品、頭飾、紙張文具以及甜食。
這些規定，有的不免失之瑣碎苛細，本來就會生問題的。而他最後的垮台，則是因為他於預了境內的農田所有權所致。
本朝開國之初，太祖洪武皇帝使用嚴厲的手段打擊豪紳窗戶，兩千年來社會的根本問題即土地問題因而得以暫時緩和。中葉以來，這一問題又趨尖銳。高利貸者利用地方上的光棍青皮大量放款於自耕農，利率極高，被迫借款者大多不能償還。一旦放款的期限已到而又無力償還，其所抵押的土地即為放款者所佔有。雖然它方曾規定利率不得超過三分，而且不論借款時間之長短，利息總數不得這本金之半，但這種規定從來未能認真執行。與上述規定同時，官方還規定土地因不能還貨而被放款者佔有，5年之內，仍可以用原價贖回，這也就在書面上更增加了事情的複雜性。
海瑞之下決心改變這種狀況，不僅是出於保持法律的尊嚴，而且是為了維護道德的神聖。從他的文集中可以看出，他有限制富戶過多地佔有土地、縮小貧富差別的願望。這種衝動使他一往直前，又無反顧。因此，他毫不猶豫地接受了大批要求退田的申請。
南直隸境內的豪紳富戶，最為小戶百姓所痛心疾首的是徐階一家。此人曾任首輔，後為高拱排斥而退休閒住。他的家庭成員，據稱多達幾千，其所佔有的土地，有人說是八萬畝，有人說是40萬畝。上述數字無疑地有所誇大，但徐家為一大家庭，幾代沒有分家，放高利貸的時間也已頗為長久。海瑞把有關徐家的訴狀封送徐階，責成他設法解決，最低限度要退田一半。從他們往來的城讀中可以看到，徐階被迫接受了海瑞的帶有強迫性的要求。
徐階於海瑞有救命之恩。在他任首輔期間，海瑞因為上書而被系獄中，刑部主張判處絞刑，徐階將此事壓置。他退職家居以後，聽任家裡人橫行不法，根據當時的法令，他可以受到刑事處分。海瑞強迫他退田，並且逮捕了他的弟弟徐院，一方面顯示了他的執法不阿，另一方面也多少可以減緩百姓的不滿，體現了愛人以德的君子之風。這種兼顧公誼私情的做法大大地增加了海瑞的威信。
如果海瑞採用懲一儆百的方式，把徐家或其他幾家有代表性的案件廣事宣傳，以使藉富欺貧者知所戒懼，而不是對類似的案件—一追究，那麼，他也許會在一種外張內弛的氣氛中取得成功。然而他的熱情不可收斂。他指定每月有兩天專門收受這一類案件。據他自己的文章中說，他每天要收到三千至四千件稟帖。牽涉面如此之廣，自然一發而不可收拾。
南方的農村大多種植水稻。整片田地由於地形和灌溉的原因劃為無數小塊，以便適應當日的勞動條件。這樣，因為各小塊間肥瘠不同，買賣典當又經常不斷，是以極少出現一個地主擁有連綿不斷的耕地。王世貞和何良俊都記載過當時的實況是，豪紳富戶和小戶的自耕農的土地互相錯雜，「漠知所辨析」。海瑞自己在海南島的田產，據估計不到40畝，卻分成了93塊，相去幾里。這些複雜的情況，使解決農田所有權的問題變得更加困難。
除此以外，利用高利貸以侵蝕獲取他人的產業，還並不限於富戶及其代理人青皮光棍。因為信用借貸的機構並不存在，一個自耕農如果稍有積蓄，他就會設法把積蓄貸之於親戚鄰舍以取得利息，借方即以其田產的一部分作為抵押品。在開始的時候借貸雙方的貧富程度往往相去無幾，然而當借方由於急需而以這種利率極高的貸款來飲鴆止渴，在多數的情況下就難於自拔，所抵押的田產也隨即為貸方接管。這種情形在當時已經成為社會風氣。（24）海瑞捲入了大量這樣的紛爭之中，孤軍奮鬥，遂使自己陷於不能自主之境。
以個人而對抗強大的社會力量，加之在具體處理這些訴訟的時候又過於自信，師心自用，既沒有對地方上的情形作過周密的考察，也沒有宣佈法律的準則，更沒有建立專門的機構去調查案情、聽取申辯以作出公正的裁決，海瑞的不能成功已不待言而自明。除此以外，他雖然承認明文規定5年以上不得贖還的條文，但卻要求有書面契約作為依據，否則這一條文就不能適用。這個理由表面上似乎並無不妥，然而按諸實際，農民間的借貸，通常卻很少有書面契約。據他自己說，對這樣的案件，他所批准減還的僅佔二十分之一，但正如上面所說的，他不是依靠一個強有力的機構而只憑個人的判斷去裁決為數眾多、頭緒紛繁的爭執，其是否能—一做到合情合理，無疑是一個極大的疑問。
還在海瑞受理田產紛爭之前，他已經受到了監察官的參劾。參劾的理由是他不識大體，僅僅注意於節的紙張等細枝末節，有失巡撫的體統。隨後，給事中戴鳳翔以更嚴厲的措辭參數海瑞，說他但憑一己的衝動隨意對百姓的產業作出判決，在他的治下，佃戶不敢向業主交租，借方不敢向貨方還款。這種明顯的誇大之辭不免使人懷疑這位給事中是否已經和高利貸者抗溫一氣。更為聳人聽聞的是，戴鳳翔竟說，7個月之前，海瑞的一妻一妾在一個晚上一起死去，很可能出於謀殺。儘管海瑞答辯說他的妻妾在陽曆8月14日自縊，而妻子則在8月25日病死，但是給事中的參劾已經起到了預期的效果，不論真相如何，許多人已經懷疑海瑞確係怪僻而不近人情，所以才會發生這樣的家庭悲劇。
事情極為分明，戴鳳翔所代表的不僅是他自己。要求罷免海瑞的奏流繼續送達御前。支部根據各種參劾的奏流提出意見，說南直隸巡撫海瑞實為「志大才疏」，應該調任閒曹。這情形是如此微妙，一年之前沒有人敢於非議這位朝廷上最正直的忠臣，一年之後他卻成了眾矢之的；一年之前文淵閣和吏部還因為海瑞的抗議，對他另眼相看，一年之後他們卻建議皇帝讓他去重新擔任不負實際責任的官職。憤憤不平的海瑞終於在1570年春天被迫辭職回鄉，在提出辭職的奏疏中，他痛斥「舉朝之土，皆婦人也」。這種一概罵倒的猖厥之氣，使他在文官集團中失去了普遍的同情。
兩年之後，萬曆皇帝登極，張居正出任首輔。這位文淵閣的首腦和海瑞一樣，尊重法紀而討厭蘇松地區的地主。由此，海瑞曾經和張居正作過接觸，希望他主持公道。張居正給他的覆信中說：
「三尺之法不行於吳久矣。公驟而矯以繩墨，宜其不堪也。訛言沸騰，聽者惶惑。僕謬聲鈞軸，得參與廟堂之末議，而不能為朝廷獎奉法之臣，摧浮淫之議，有深愧焉。」這種以委婉的語句陽作同情、陰為責備的修辭方式，正是我們的文人所擅長的技巧。張居正認為海瑞輕率躁進而拒絕援之以手，使海瑞賦閒家後達15年之久，一直要到1585年，他才『被重新起用為南京右金都御史。
對於張居正，批評者認為他尖刻、矯飾而自奉奢侈；對於海瑞，則稱之為奇特、怪僻而執拗。批評者沒有看到他們那種上下而求索的精神，即希望尋找出一種適當的方式，使帝國能納入他們所設計的政治規範之內。尤其重要的是，如果張居正的措施多少帶有變法的意味，那麼海瑞的做法卻是力圖恢復供武皇帝擬定的制度，這些看來似乎是古怪的政令都有成憲和理論的依據。
洪武皇帝兩百年以前創建本朝，並確立了整套的政治和經濟制度，其主要的著眼點在於保存一個農業社會的儉樸風氣。當時全國的文官僅有8000人。所有辦理文讀和事務的技術人員稱之為「史』，和文盲屬於兩個不同的階層，如經謂之分明。官可以罰降為吏，吏卻很少能上升為官。這些吏的新給極為微薄，僅足以供一家餬口。
即使對於官員，立法上的限制也十分嚴格。比如有一條最為奇特的規定是，所有的官員如果未經一定的手續批准，則不能越出城門一步，違者以擾民論，按律處死。他們和百姓接觸的方式是派皂隸票傳當事人前來官衙，三傳不到，才能下令拘捕。洪武皇帝還親自著成一本名為《大法》的小冊子，通過具體的案例以闡述他實行嚴刑峻法的原因。百姓中每家每戶都必需置備一冊，如果遭受官府欺壓而沉冤不能昭雪，有必要叩降鳴冤，這本《大浩》可以代替通行證。
農村的組織方式是以每一鄉村為單位，構成一個近於自治的集團，按照中央政府的規定訂立自己的鄉組一村內設「申明亭」和「擺善條』各一座，前者為村中替老仲裁產業、婚姻、爭鬥等糾紛的場所，後者則用以表楊村民中為人所欽佩的善行。一年兩度，在陰曆的正月和十月，各村都要舉行全體村民大宴，名曰「鄉飲」。在分配飲食之前，與會者必須恭聽年高德助者的訓辭和選讀的朝廷法令，主持者在這一場合還要申飭行為不檢的村民。如果此人既無改悔的決心而又規避不到，那就要被大眾稱為「頑民」，並呈請政府把他充軍到邊疆。
在為全國農村規劃這樣一張藍圖的同時，洪武皇帝又連興大獄，打擊官僚、紀綁、地方等高級人士，從朝廷內的高級官員直到民間的殷實富戶，株連極廣。據有的歷史學家估計，因之喪生者有逾十萬。沒收了案犯的家產並把其中的土地重新分配，加上建國以來大批的移民龍田開荒，就使全國成了一個以自耕農為基礎的農業社會。1397年，據戶部統計，全國仍能保有田產700畝以上的地主計有14341戶。他們的名單被備案呈報御前，洪武皇帝批難他們保持自己的產業，但同時加之以很多服役的義務，件使其家產不致無限地擴大。
洪武皇帝所推行的農村政策及一整套的措施，對本朝今後的歷史，影響至為深遠。其最顯著的後果是，在全國的廣大農村中遏止了法制的成長髮育，而以抽像的道德取代了法律。上自官僚下至村民，其判斷是非的標準是『售」和「惡」，而不是「合法」或「非法」。
在財政制度上，政府規定了按面積徵收田賦，除浙西（當時的浙西包括今日的蘇南）而外，其他地區的稅率都比較低。徵收不分貧富，其限制富戶的辦法即上述的服役。這種服役名目繁多，而且按累進稅的原則分派，即家室愈是殷富，其負擔也愈是繁重。比如各地驛站所需的馬匹、船轎和飲食，完全出自大戶供給，一年中的供應量又沒有限額，旅行的官員越多，他們的負擔也越重。
地方支出中數字最難固定的項目，即來往官員的旅費。這筆費用既由各大戶分攤，所以大部分的地方政府，其財政開支大都根據固定的數字。同時又因為開支涉及的範圍很小，多數地區均可自給自足。其有特殊情況不能自給的，按規定應由距離最近而有贏餘的地區直接補貼。這種地方自給的財政制度推行到這樣的程度，即在洪武末年5000名金吾衛軍士的軍餉不是由國庫支出，而是指定應天府內5000個納稅人把他們應交的稅米直接送到這5000名軍士的家裡。這種以贏補虧而不由上級機關總攬收支以節約交通、通訊、簿記、倉庫管理等各項後勤支出的財政制度貫徹於本朝的始終。全國滿佈著無數的短途運輸線，缺乏統一的組織和管理。到後來稅收已由實物折為現銀。這種原始的方式也由於積重難返，而且中級機構又缺乏組織，而無法完全改變。
顯而易見，這種財政制度的弊病在於缺乏彈性，不能適應環境而調整。各府縣的稅率、稅額長期凝固，即使耕地的收穫量增加，其利益也為業主和高利貸者分潤，於國庫則無所研益。在傳統經濟中的主要成分農業的稅收情形尚且如此，對視為本生的工商業，自然也是照此辦的。
造成這種財政經濟上凝固化的主要原因，是為了維持文官制度的統一和協調。各個地方官既已根據洪武皇帝所制定的原則，以農村的簡樸為行政的著眼點，那麼少數文官想要刺激較為活躍的經濟部門例如商業，或者是想改革供應制度以總收專發，保持收入和支出的合理彈性，則勢必在整個文官集團中另起爐灶，培養一批技術人員。其甄別，訓練，管理，考核，升洲也都要和一般行政人員不同。這樣，勢必演變而為兩套不同的法令和兩個不同的組織。而在事實上，文官集團只能有一種傳統的性格，而由於這個集團是本朝實際上的統治者，它就必然會以自己的性格作為標榜，而資成全社會向它看齊。儉樸本來是一種美德，然而在這種條件下提倡儉樸，充其量也不外是一種手段，意在使行政問題簡化，以適應政府本身的低能。
現在又要回到海瑞。他把洪武皇帝提倡的原則奉為金科玉律，不准民間製造奢侈品，諸如怎靖凌雲、宛紅撒金紙、斗糖斗纏、大定勝餅桌席等等，都在嚴禁之列。他一意重農，力追往古，強調「兩漢力田孝弟併科之意，隆禮相愛，惟上意向，唯民趨之，一歸本業，力返真純」。希冀以個人的力量，領導社會回復到歷史上和理想中的單純。但是他和洪武皇帝都沒有想到，政府不用技術和經濟的力量扶植民眾，而單純依靠政治上的壓力和道德上的宣傳，結果只能是事與願違。政府的絕大部分收入出自農民，而在海瑞出任巡撫的時候，大部分農民又都身受高利貸的壓迫和威脅。政府缺乏資金，農民無法從政府機構獲得低利率的貸款。當時民間的借貸機構是當鋪，明噴款利率之高自不待言；即便是親戚鄰右的貸款，也決不會溫情脈脈地降低利率。既然如此，政府所規定的限制高利貸的條文就只能是一紙空文。
自洪武開國到海瑞出任巡撫，其間已歷200年。很多的變化已經在這200年間發生。當年送達御前以備御覽的14000多家富戶，已經為新的富戶所代替。這些新興的富戶，絕大多數屬於官僚、土紳或在學生員而得以享受「優免」，不再承擔「役」的責任。政府中的吏員，也越來越多地獲得了上下其手的機會。因為全國的現金和實物不是總收集發，財政制度無從以嚴密的會計制度加以考察，從間隙中漏出來的錢物就落於這些人的手裡。更為重要的是，文官集團已經成熟。洪武時代的8000官員，現在已經擴大為兩萬人。當年不准下鄉的禁令早已廢止，但事實上他們也極少再有下鄉的需要，因為很多的人對民生疾苦早已視而不見，而是更多地關心於保持職位以取得合法與非法的收入。
然則像大地主徐階那樣無限地擴充家產，巧取豪奪，則不能不與文官集團的整體利益發生衝突。他的所作所為已經激起民憤，威脅了整個的官僚政治。無論出於陰還是出於陽，文官集團都不能允許他如是地獨佔利益，為所欲為。案情一經揭發公開，立即為全部輿論所不容，而使徐階失去了防禦的能力。文官們可以用皇帝和法律的名義加給他以種種罪名，使他無法置辯。他在海瑞罷官之後仍然遭到清算。他家裡的全部土地最後據說落實為6萬畝，全部被沒收。他的一個大兒子遠戍邊省，兩個小兒子降為庶民。如果不是張居正的援手，徐階本人都會難於倖免。
然而對於農民的剝削，絕非限於這種突出的案件。剝削是一種社會現象，綿延數千載，代代相傳，在當日則為文官集團家庭經濟的基礎。官僚家庭用做官的收入放債買田，為構成農村經濟的一個重要環節。「君子之澤，五世而斬」，富家的沒落和貧家的興起，其間的盛衰迭代，消替流轉乃是常見的現象。但這種個別成員之間的轉變無礙於整個階級的面貌，社會依然穩定地保持著剝削和被剝削這兩個集團。海瑞的干預土地所有權，其倫理上的根據和法律上的是非姑且置之不論，只說他以個人的力量，只憑以不怕死的個諫得來的聲名作為資本，而要使整個社會機器停止轉動，也就無怪乎不能避免「志大才疏」的評語了。
使這位好心的巡撫所更加無法理解的，則是農村的信用貸款不能合理解決的癥結。我們的帝國缺乏有效的貨幣制度和商業法律。這兩個問題不解決，高利貸就無法避免。
幣制的問題肇始於兩百年前。開國之初，洪武皇帝下令發行的大明寶鈔，既不能兌現，也不能用以交納田賦。其發行的方式也不是通過商業機構，而是通過發放官俸、賞賜官軍和賑濟災民等方式流通於社會。而且，最根本的問題是在這種通行票據發放的時候，政府並沒有任何準備金。如果這種發行貨幣的辦法能夠成功，那確乎是重新分配財富的最簡便的辦法了。然而事實上其中的奧妙在一開始就被識破，雖然政府嚴令禁止以金銀物貨交易，違者治以重罪，民間卻置若罔聞。寶鈔在最初就沒有能按照面額使用，數十年後即等於廢紙。
洪武即位以後，政府曾經鑄造過洪武通寶鋼錢。由於銅錢使用不便，洪武八年乃發行寶鈔作為法幣。這一生財之道既經開闢，政府就不再願意繼續鑄錢，以免和法幣發生競爭。其後由於形格勢禁，再度感到鑄錢的必要，但許多問題又隨之而產電官方沒有充分的現金收入，只能少量鼓鑄，而所鑄成的銅錢又有欠美觀和整飭，其後果就只能為私鑄大開方便之門。各種雜有鉛錫、形制濫惡的劣質銅錢充斥於人民的經濟生活之中，用者怨聲載道，有些人就拒絕使用。這種情形造成了通貨緊縮，致使商業蕭條，失業者不斷增加。面對這一嚴重的社會危機，政府不得不承認失敗。於是無需鼓鑄的碎銀乃不可遏止地成為公私交易中通用的貨幣。
碎銀通貨君臨於全國人民的經濟生活之中，其「政績』赫然也不能完美無缺。首先，碎銀沒有足夠數量的銅幣作為輔助，零售業極受限制。其次，這種貨幣既非政府的財政機構所統一發行，主管當局就無法作必要的調節，以伸縮全國貨幣的流通量。更為普遍的情況乃是一般富裕的家庭如不放債買田，必將金銀埋於地下，或是製成金銀器皿首飾（其方便之處，乃是隨時可以復原為貨幣）。可是這種趨勢，必更促使通貨緊縮，使農民借款更加不易。以上種種因素刺激了高利貸者的活躍，而追本溯源，卻依然要歸之於政府的無能。好心的巡撫想要用一時的政治力量去解決這些財政和經濟政策上的問題，無疑是捨本逐末，其結果必然是事與願違。
如果存在有效的商業法律，在信用貸款中還可以使用商業票據，以補足貨幣的流通量。但是本朝法律的重點在於對農民的治理，是以很少有涉及商業的條文。合資貿易、違背契約、負債、破產等等，都被看成私人之間的事情而與公眾福利無關。立法精神既然如此，法律中對於這一方面的規定自然會出現很大的趨漏，因而不可避免地使商業不能得到應有的發展。
本朝的官僚政治把這種情形視為當然。因為立國以來的財政制度規定了財政收入由低級單位側面收受為原則，無需乎商業機構來作技術上的輔助。地方官所關心的是他們的考成，而考成的主要標準乃是田賦之能否按時如額繳解、社會秩序之能否清平安定。扶植私人商業的發展，則照例不在他們的職責範圍之內。何況商業的發展，如照資本主義的產權法，必須承認私人財產的絕對性。這絕對性超過傳統的道德觀念。就這一點，即與「四書」所倡導的宗旨相背。海瑞在判決疑案時所持的「與其屈兄，寧同其弟」等等標準，也顯示了他輕視私人財產的絕對性，而堅持維繫倫理綱常的前提。
可是我們傳統經濟也另有它的特點。財產所有權的維護和遵守契約的義務，不能在大量商業中徹底維持，卻最有效地體現於農村中的租伯及抵押上。這些契約所涉範圍雖小，其不可違背已經成為社會習慣，農村中的士紳替老就可以保證它們的執行，只有極少數的情況才需要驚動官府。因為如果不是這樣，整個帝國的農村經濟就無從維持。所以，海瑞無視於這些成約在經濟生活中的權威意義，單憑一己的是非標準行事，如果不遭到傳統勢力的反對，那反倒是不可設想的事了。所以戴鳳翔參劾他的奏疏中說，在海瑞的轄區內佃戶不敢向業主交租，借方不敢向資方還款，雖然是站在高利貸一方的片面之辭，然而如果把這種現象說成一種必然的趨勢，則也不失為一種合理的推斷。而這種現象一旦發生並蔓延於全國，則勢所必然地可以危及全帝國的安全。戴鳳翔的危言聳聽所以能取得預期的效果，原因即在於此。
在被迫退休之後，海瑞編印了他從政期間的記錄，其中包括各種公私文件。流傳到今天的這部文集，反映了海瑞確實是一個公正而廉潔的官員，具有把事情辦好的強烈願望，同時還能鞠躬盡瘁地去處理各種瑣碎的問題。
使讀者首先注意到的，是他處理財政問題的篇章。在洪武時代制定的賦役制度，流弊已如上述。其最為百姓所苦的，顏為名目繁多而數額無限的「役」。大戶人家可由官僚的身份而閾免，這些沉重的負擔就不可避免地落在中小地主身上，並往往使他們傾家蕩產。在推行了近二百年之後，帝國政府已深深感到窒礙難通而不得不加改革。改革的辦法是把各種名目的賦役折合成銀兩，以附加稅的形式遍加於全境的土地上，不分貧富，許商征銀。這種新的稅制稱為「一條鞭法」。地方政府就用這些附加收入以支付各種力役。
一條鞭法有其簡明易行的優點，也多少限制了花樣百出的舞弊營私。但過去按田畝數量而以累進稅方式而分派的各種賦役，此時以平均的方式攤派，本來屬於富戶的一部分負擔從此slJ轉嫁於貧家小戶。這也就是放棄了理想上的公允，而遷就事實。出於對農民的同情，海瑞廢除了自己應收的常例，並以種種方法限制吏前的舞弊。但是這些改革，仍然收效甚微。因為本朝的財政制度雖然技術簡陋，牽涉面卻十分複雜，如果加以徹底改革，必須釐定會計制度，在中上級機構中，實行銀行管制的方式，亦即無異於徹底改組文官集團，這當然是無法辦到的。再則海瑞的著眼點也過於瑣屑，他被政敵攻擊為不識大體，也不儘是鑿空構陷之辭。比如說，他的節約到了這種程度，除非交員送上一張繕正的公文，他決不另發一張空白的文書紙。
海瑞文集中有關司法的部分，雖然易於被讀者忽略，但它的歷史價值卻至為重要，因為它所闡述的這一龐大帝國的社會背景，較之任何論文都為簡捷明白。從這些文件可以看出，地萬官縱使具有好心，他也決沒有可能對有關人權和產權的訴訟逐一做出公正的判決。因為在農村裡，兩兄弟隔年輪流使用一個養魚池，或者水溝上一塊用以過路的石板，都可以成為涉訟的內容。如此等等的細節，法律如果以保護人權和產權作為基礎，則一次訴訟所需的詳盡審查和參考成例，必致使用眾多的人力和消耗大量的費用，這不僅為縣令一人所不能勝任，也為收入有限的地方政府所不能負擔。而立法和司法必須全國統一，又不能允許各個地方政府各行其是。既然如此，本朝的法律就不外是行政的一種工具，而不是被統治者的保障。作為行政長官而兼司法長官的地方官，其注意力也只是集中在使鄉民安分守己，對於他們職責範圍外沒有多大影響的爭端則拒不受理。這一類案件照例由族長村長或替老士紳調解仲裁。為了鼓勵並加強這種仲裁的權力，我們帝國的聖經「四書」就為讀書人所必須誦習，而其中亙古不變的觀念又通過讀書人而滲透於不識字的鄉民之中，即幼者必須追隨長者，女人必須服從男人，沒有知識的人必須聽命於有教養的人。帝國的政府以古代的理想社會作基礎，而依賴文化的傳統而生存。這也是洪武皇帝強調復古的原因。
為替老士紳所不能解決而必須由官方處置的，絕大多數為刑事案件。判決這類案件，政府的態度常常堅定而明確。如果發生人命損失，則尤其不能有絲毫的玩忽，一定要求水落石出。「殺人者死」這一古老的立法原則在當時仍被沿用，過失殺人和謀殺之間區別極微。這種一方面認為人命關天，一方面又主張以眼還眼的原則自然具有相當大的原始性，但對於本朝的政治經濟制度來說，其間的互相配合則極為恰當。這樣的立法意在避免技術上的複雜，簡化案情中的疑難，而在大眾之中造成一種清官萬能的印象，即在有識見的司法官之前，無不能決斷的案件。換言之，這種設施也仍不離以道德代替法律的途徑。其方便之處則是一個地方官雖然缺乏法律上的專練，但是在幕僚和吏員的協助下仍然可以應付裕如地兼任司法官。司法從屬於行政，則政府的統治得以保持一元化而使文官集團的思想行動趨於一致。
這種制度的原始性和簡單性，在大眾之中造成了很多不幸的後果。官府衙門除了對刑事案件必須作出斷然處置外，很少能注意到對日常生活中的種種糾紛維持公允。鄉村中的士紳替老，雖然被賦予了這方面的仲裁權，然而他們更關心的是自己的社會地位和社交活動，對這些瑣碎乏味的糾紛大多缺乏熱情和耐心。至於開發民智這一類概念，在他們心目中更不佔有任何地位。在我們這個古老的禮義之邦裡，絕大多數的農民實際上早被列為碩民愚氓，不在文化教養之內，即使在模範官員海瑞的筆下，這些鄉民也似乎只是一群動物，既渾渾噩噩，又狠毒狡詐，易於衝動。日常生活中為小事而發生口角已屬司空見慣，打架鬥毆以致死傷也時有發生。糾紛的一方有時還憤而自殺以傾陷仇家；即或由於病死，家屬也總要千方百計歸之於被毆打致死。海瑞在做縣令的時候，有一次下鄉驗屍，發現村民竟以顏料塗在死者的身上來冒充血跡。這些殘酷的做法，除了洩憤以外，還因為訴訟一旦獲勝，死者的家屬就可以取得一部分仇家的產業。
刑事案件需要作出斷然處置，不論案情多麼複雜，判決必須毫不含糊，否則地方官就將被視為無能。於是他們有時只能依靠情理上的推斷來代替證據的不足，草菅人命的情形也不乏其例。下面是海瑞親身經歷的一件案子。
有夫婦二人在家中置酒招待一位因事過境的朋友並留他住宿。正好在這個時候，妻子的哥哥即丈夫的煙兄前來索取欠款白銀三兩。煙兄弟一言不合，遂由口角而致毆鬥。煙兄在扭打之中不慎失手，把丈夫推入水塘淹死。人命關天，誤殺也必須償命，所以妻子和住宿的朋友都不敢聲張，丈夫的屍體，則由姻兄加系巨石而沉入水底。
一個人突然失蹤，當然會引起鄰里的注意，事情就不可避免地被揭露。審案的縣官以洞悉一切的姿態斷定此案乃是因奸而致謀殺。死者的妻子與這位朋友必有姦情，不然，何以偏偏在這位隨帶僕從、遠道而來的客人到達的那天，丈夫突然喪命？又何以興高采烈地置酒相慶？理由既已如此充分，女人就被判凌遲處死，朋友作為好夫理應斬決，煙兄參與密謀應被絞死。這件案子送交杭州府複審，審判官的結論中否定了好情，認為確係毆鬥致死，動手的人應按律處絞。本朝政府在法律技術上雖然遠不能譽為精密周到，但在精神上卻對這類人命案件頗為重視。按照規定，這一案件要由北京的都察院、大理寺作出覆核。審判者細核府、縣兩級審訊記錄，發現了根本上的出入，乃再度發交鄰近3個縣的縣令會審。這3位縣令維持初審的判決。當這一批人犯送抵本省巡按使的公堂，被判凌遲罪的女人當堂哭訴喊冤。於是案件又送到海瑞那裡作第六次的訊問。
海瑞的結論和杭州府審判官的結論完全相同。他的理由是這位妻子和他的丈夫生有二子一女，決不會如此忍心。而這位朋友家境並非富有，並且早已娶妻，假令女人確係謀死親夫而企圖再嫁，也只能成為此人的一名小妾。所以從情理而論，謀殺的動機是不能成立的。再則，既屬傷天害理的謀殺，參與密謀的人自然是越少越好，又何必牽扯上這位朋友所攜帶的僕從？
淳安縣縣令海瑞如何解釋初審時的供辭？答案是：「皆是畏刑捏招，恍。德成獄，殊非情實。」
被迫退休回到原籍閒居，對海瑞來說，是一種難於忍受的痛苦。這位正直的官員，他畢生精神之所寄，在於按照往聖先賢的訓示，以全部的精力為國盡忠和為公眾服務。現在，他已經面臨著事業的終點，就再也沒有任何東西足以填補他心靈上的缺陷。
他的故鄉在南海之濱，和大陸上一些人文基本的城市是兩種截然不同的環境。在那些城市裡，退職的官員可以寄情山水，以吟詠自娛，並且有詩人墨客時相過從。有的人可以出任書院的山長，以弘揚聖賢之道，造就下一代的人才來繼續他的未竟之業。而在這天涯海角的瓊凡沒有小橋流水、蔣藻游魚的詩情畫意，收入眼底的是單調一色的棕桐樹和洶湧的海濤，吞噬人畜的鱷魚是水中的霸主。海峽中時有海盜出沒，五指山中的黎人則和漢人經常仇殺。
退隱在荒涼瘴病之區，如果有一個美好的家庭生活，也許還多少能排遣這空虛和寂寞。然而海瑞沒有能在這方面得到任何安慰。他曾經結過三次婚，又有兩個小妾。他的第一位夫人在生了兩個女兒以後因為和婆婆不和而被休。第二位夫人剛剛結婚一月，也由於同樣的原因而逐出家門。第三位夫人則於1569年在極為可疑的情況下死去。第三位夫人和小妾一人先後生過三個兒子，但都不幸夭折。按照傳統觀念，不孝有三，無後為大，這是海瑞抱恨終天的憾事之一。
海瑞是忠臣，又是孝子。他3歲喪父，寡居的母親忍受著極大的困難把他教養成人。她是他的撫養者，也是他的啟蒙者。在海瑞沒有投師就讀以前，她就對他口授經書。所以，歷史學家們認為海瑞的剛毅正直，其中就有著他母親的影子。然而，同樣為人所承認的是，海太夫人又是造成這個家庭中種種不幸事故的重要因素。當海瑞離開南直隸的時候，她已經度過了80壽辰。而出人意外的是，海瑞的上司只是呈請皇帝給予她以四品夫人的頭銜，而始終沒有答應給她以另外一種應得的榮譽，即族表為節婦，是不是因為她的個性過強，以致使他的兒子兩破出妻？又是不是她需要對1569年的家庭悲劇承擔責任？儘管今天已經缺乏實證的材料，但卻有足夠的跡象可以推想，由於海大夫人而引起的家庭糾紛，不僅已經成為政敵所攻汗的口實，也已為時論所不滿。海瑞可以極容易地從倫常綱紀中找出為他母親和他自己辯護的根據，然而這些根據卻不會絲毫增加他家庭中的和睦與愉快。
離職的巡撫已經走到了生命中退無可退的最後據點。他必須忘卻別人加之於他的侮辱，克服自己的寂寞和悲傷。他失望，然而沒有絕望。他從孔子的訓示中深深懂得，一個有教養的人必須抱有任重道遠的決心。老驍伏仇志在千里，他雖然閒居在貧瘠的鄉村，屋子裡掛著的立軸上，卻仍然是「忠孝」二字。這是儒家倫理道德的核心，在他從小讀書的時候已經深深地印刻在他的靈魂裡，至今仍然用它來警惕自己，務使自己晚節保持完美。他的政治生涯，已經充分表示了為人臣者盡忠之不易；而他的家庭經歷，也恰恰說明了為人子者盡孝的艱難。但是除此以外，他沒有別的道路可走，我們的先儒從來就把人類分成君子和小人，前者具有高尚的道德教養，後者則近似於禽獸。這種單純的思想，固然可以造成許多個人生活中的悲劇，可是也使我們的傳統文化增添了永久的光輝。從海瑞家族的這個姓氏來看，很可能帶有北方少數民族的血統，然則這位孔孟的真實信徒，在今天卻以身體力行的榜樣，把儒家的偉大顯標於這南海的盡頭！
安貧樂道是君子的特徵。家境的困窘過去既沒有損害海瑞的節操，今天也決不再會因之而改變他的人生觀。他有祖傳的四十畝土地足供餬口，在鄉居期間，他也接受過他的崇敬者的饋贈。他把這些饋贈用來周濟清寒的族人和刊印書籍泊己的家庭生活則保持一貫的儉樸。
散文作家海瑞的作品表明，他單純的思想不是得之於天賦，而是來自經常的、艱苦的自我修養。既已受到靈感的啟發，他就加重了自我的道德責任；而這種道德責任，又需要更多的靈感才能承擔肩負。如果不是這樣，他堅持不懈的讀書著作就會變得毫無意義。
他的作品中再三地闡明這種道德上的責任。一個君子何以有志於做官，海瑞的回答是無非出於惻隱和義憤。他看到別人的饑寒疾苦而引起同情，同時也看到別人被損害欺壓而產生不平。在君子的精神世界裡，出仕做官僅僅是取得了為國家盡忠、為百姓辦事的機會。一個人如果出於牟利，他可以選擇別的職業，或為農，成為工，或為商。如果為士做官，則應當排除一切利己的動機。在這一點上，海瑞和創建本朝的洪武皇帝看法完全一致。
海瑞在1585年被重新起用。他不加思索地接受這一任命，無疑是一個不幸的選擇。這一次，他就真的走到了生命的終點和事業的最低點。當時張居正已經死後被清算，朝廷中的人事發生了一次大幅度的調整。海瑞雖然不是當面反對張居正的人，卻為張居正所不喜，因而得以在反張的風潮中東山復起開6J然而，這位模範官僚的政治主張在15年前尚且窒礙難行，在這15年後又如何能暢通無阻？文淵閣大學土申時行以他的明智和通達，自然不難理解這一點。所以他在致海瑞的書信中說到「維公祖久居山林，於聖朝為閉典」，就含蓄地表示了這次起用只是偏順輿情，需要這位享有聲譽的直臣作為朝廷的點綴。t57）這個時候的海瑞已經72歲，雖說銳氣並沒有消減，但多年的閱歷卻使他不再像當年那樣樂觀。當嘉靖年間他犯顏直諫的時候，曾經充滿信心地鼓勵皇帝，說朝政的革新，不過是「一振作間而已」。而現在，在他離開家鄉以前，他給朋友的信上卻憂心忡忡地說：「漢魏桓調宮女千數，其可報吹廄馬萬匹，其可減沙，』借古喻今，明顯地影射當今的萬曆皇帝喜歡女色和馳射，而且對皇帝的是否能夠改過毫無信心。
在起復之初，他的職務是南京右金都御史，不久升任南京交部右侍郎。自從永樂皇帝遷都北京以後，這個名義上稱為陪都的南京，除了正德皇帝一度在此駐曄以此從來沒有舉行過全國性的大典。這裡的各種中央機構，實際上等於官員俱樂部。他們的官俸微薄，公務又十分清閒，於是就殫精竭慮地設法增加額外收入。最常見的方法是利用職權，向市井商人勒索，其公行無忌有如搶劫。這種種怵田驚心的情形，使稍有良心的官員無不為之憂慮。
海瑞在1586年升任南京右都御史。在命令發佈之前，他已經向萬曆提出了一個惹是生非的條陳。他提議，要杜絕官吏的貪污，除了採用重典以外別無他途。條陳中提到太祖皇帝當年的嚴刑峻法，凡貪贓在八十貫以上的官員都要處以剝皮實革的極刑。這一大干眾怒的提議在文官中造成了一陣震動。誰知一波未平，一波又起。有一位御史在家裡招了一班伶人排戲，海瑞得悉此事，就宣稱按照洪武的祖制，這位御史理應受到杖責。其實這類事情在南京已屬司空見慣，海瑞卻以為有壞風俗人心而加以反對，結果只能被大眾看成膠柱鼓瑟，不合乎時代的潮流。
海瑞的再度出山以及一如既往的言行，對當時的南京地區來說，有如一塊巨石投進了一地死水。對他的批評和讚揚同時出現。不久，就有一位巡按南直隸的監察御史上流參劾右都御史海瑞。下級監察官參劾上級監察官，雖不能說背於法制，畢竟是有逾常情。即此一端，就不難窺見反對者的憤慨。這位御史的奏疏一開始就對海瑞作了全盤否定：「蒞官無一善狀，推務詐誕，矜已誇人，一言一論無不為士論所笑。」接著就採用莫須有的老辦法，說海瑞以聖人自詡，奚落孔孟，蔑視天子。最後又用海瑞自己的話來說明他既驕且偽，說他被召復官，居然絲毫不作禮貌上的辭讓，反而強調說他還要變賣產業，才能置備朝服官帶。這位御史負有視察官學的職責，他在奏流中說，如果學校中任何生員敢於按照海瑞的方式為人處事，他將立即停發此人的稟膳並加責打。
這種接近人身攻擊的批評，立刻遭到無數青年學生和下級官僚的激烈反對。擁護者和反對者互相爭辯，幾乎一發而不可收拾。萬曆皇帝於是親自作出結論：「海瑞屢經薦舉，故特旨簡用。近日條陳重刑之說，有乖政體，且指切聯躬，詞多遷怒，聯已優容。』主管人事的吏部，對這一場爭論也提出了自己的意見，說海瑞節操可風，只是近日關於剝皮食草的主張過於偏執，「不協於公論」，所以不宜讓他出任要職，但可以繼續保留都御史的職位。皇帝的未批同意吏部的建議：「雖當局任事，恐非所長，而用以鎮雅俗、勵頹風，未為無補，會令本官照舊供職。」
這些文件由給事中宜署抄錄公佈，就等於政府公開承認了自己的本身矛盾。為什麼可以鎮雅俗、勵頹風的節操偏偏成為當局任事的障礙？可見我們帝國的政治措施至此已和立法精神脫節，道德倫理是道德倫理，做事時則另有妙法。再要在陰陽之間找出一個折衷之點而為公眾所接受，也就越來越困難了。
海瑞雖然被挽留供職，然而這些公開發表的文件卻把他所能發揮的全部影響一掃而光。一位堂堂的台諫之臣被皇帝稱為「還愁」，只是由於聖度包容而未被去職，那他縱有真知灼見，他說的話哪裡還能算數？由失望而終於絕望，都御史海瑞提出了7次辭呈，但每次都為御批所請不難。這一使各方面感到為難的糾結最終在上天的安排下得到解脫。接近1587年年底亦即萬曆十五年丁亥的歲暮，海瑞的死訊傳出，無疑使北京負責人事的官員大大地鬆了一口氣，因為他們再也用不著去為這位大眾心目中的英雄——到處惹是生非的人物去操心作安排了。