就在大阪城完成的1585年也就是秀吉五十歲那一年他改姓籐原升任代表朝廷最高權勢的「關白」一職。這「關白」一職自古以來都由籐原氏所獨佔特別是籐原家的近衛、鷹司、九條、二條、一條稱為「五攝家。」因此秀吉乃先認前關白近衛前久為乾爹（近衛亦為籐原一族）然後才晉陞關白。
至於為何秀吉不擔任「征夷大將軍」而去當朝廷的「關白」一職雖然有種種說法但其實當時的戰國武將一聽到朝廷要賜給他們虛有其名的官位都會感動得流淚。所以秀吉晉陞「關白」自然會感到無限的光榮。晉陞關白後的翌（1586）年就在後陽成天皇即位的那一天秀吉晉陞律令制度下的最高官位「太政大臣。」
「關白」一職雖然代表最高權勢但從正統的律令制度來看仍屬「令外之官」從此看來秀吉擬依律令制度的官位重建天下秩序。另一方面或許秀吉認為籐原這個姓太過老舊無法顯現出他是歷史上最大的偉人因此秀吉又獲得天皇的許可改姓豐臣象徵日本統治者的豐臣秀吉於焉誕生。
戰國時代人民擁有大量的武器動不動就以武力來抗爭因此連戰國武將都感到害怕。1588年秀吉下達一道命令禁止百姓擁有長短刀、長槍、火槍等武器這就是有名的「刀狩令。」雖然在這之前也有其他的武將實施刀狩令但不像秀吉的刀狩令那麼徹底而且是屬於全國性的。
當時的農村究竟擁有多少武器我們從加賀國江沼郡所沒收的武器即可一窺端倪：武士刀一千七百霧三支、腰刀一千五百四十支、長槍一百六十支、耙刀五百支、小刀七百支。另外出羽國仙北郡則沒收武士刀二百五十支、腰刀二千七百三十支、長槍三百三十六支、火槍二十六支、弓七十六把、盔甲十二具、頭盔五頂。農民的暴動固然可以用「造反有理」來解釋但反過來說一個農村擁有這麼多的武器不造反也很難。
在秀吉的「刀狩令」實施之後農民的武力可以說遭到去勢。在日本史上有所謂的「太閣檢地」這太閣當然是指豐臣秀吉而所謂的「檢地」就是重新測量土地的面積並調查作物生產量的意思。秀吉在1591年12月辭去「關白」由他的養子秀次繼承「關白」自己則成為「太閣。」「太閣」是「關白」禪讓之後的稱呼。就在秀吉成為「太閣」這一年開始作全國性的檢地因此稱為「太閣檢地」。
其實秀吉從1583年起就開始檢地在這之前其他的戰國武將為了想要重建業已崩潰的土地制度因此也曾經做過檢地的工作。「太閣檢地」之所以具有特別的重要性那是代表豐臣秀吉已經完成了日本的統一工作同時也表示他為了將來出兵朝鮮而預先作國力調查。此外經過秀吉的嚴格檢地之後每塊田地的收穫量都統計得很清楚農民具有耕作權同時必須擔負繳納年貢的義務農民與政府之間的剝削階級（豪農）從此消失。
基督教是於1549年隨傳教士沙必略傳到日本的三十三年後的1582年日本的基督徒已經到達十五萬人可以說是一百個日本人當中就有一個基督徒可見基督教的傳播度非常快。然而在1587年豐臣秀吉卻出一道命令禁止基督教傳教士進入日本。其最大的原因是豐臣秀吉唯恐基督教大名（諸侯）將領地捐獻給教會再度出現類似一向宗信徒暴動的局勢。
在禁令中的第一條提到日本是神國這表示日本開始吸收歐洲的文明已經不在印度、中國的圈子裡。有人說這是最早的「脫亞論」就在長久的戰亂接近尾聲人們歡欣鼓舞地迎接和平的日子來臨時1592（文祿元年）正月豐臣秀吉突然布出兵朝鮮的命令。秀吉的野心不止於朝鮮他最終的目的是要征服明朝甚至想要將帝國的版圖擴大到印度、東南亞。雖然有人說秀吉出兵朝鮮的動機是由於他喪失了最心愛的三歲大的兒子鶴松（1591年）但是在這之前他已經向傳教士說過要出兵朝鮮所以這個說法是不成立的。
比較可靠的說法是沒有一個封建領主不想擴大自己的領土而且豐臣秀吉統一了日本之後已經沒有領地可以犒賞有功的將領。如果佔領了中國當然不愁沒有領地可以分。就在出兵朝鮮的前後秀吉分別寫信給琉球（159o年）、菲律賓（1591年）、高山國（台灣1593年）要求服從朝貢。當時的台灣正是中國等海盜的根據地是軍事、貿易、交通的要衝。秀吉的軍隊在攻打朝鮮二十天後已經攻陷漢城可謂勢如破竹日軍的制勝關鍵在於擁有先進的歐式火槍。
就在秀吉得意忘形之際朝鮮的游擊隊開始在各地反擊名將李舜臣更率領朝鮮的水軍以龜甲船及船炮震天雷大破日本的軍隊控制了制海權。進入嚴寒的冬天之後明朝的救援軍隊又趕到朝鮮日軍在飢寒交迫中犧牲慘重厭戰氣氛瀰漫。秀吉本來想要談和但是1596年９月1日看到明使的國書上面寫著要封秀吉為日本國王並將日本當作明朝的屬國。秀吉看了之後暴跳如雷當天晚上布命令再度出征朝鮮。
這次的出兵軍隊只有十四萬而且僅能佔據朝鮮的最南端。在第二次出兵的前後日軍對朝鮮民眾的殘害更加激烈而且日軍為了爭取戰功將戰死的朝鮮軍隊的鼻子、耳朵割下用鹽醋防腐寄回日本給豐臣秀吉由於以數量記功所以很多無辜的老弱婦孺都受到殘害。這些鼻子與耳朵埋葬在京都方廣寺大佛的西側今日則稱為「鼻塚」。
至今韓國人一提到豐臣秀吉莫不咬牙切齒。秀吉的軍隊除了殺害朝鮮軍民之外又強行押解五、六萬朝鮮俘虜到日本耕作。除了農民之外日軍還強押大量的陶藝、印刷、刺繡等師匠到日本來使得日本的陶藝水準大舉提高。陶活字的傳來更帶動了日後江戶時代的出版風潮。朱子學者姜沆則帶給日本的朱子學莫大的影響。這是侵略戰爭無意中的文化產物。
在征服朝鮮的軍隊陷入苦戰之下如同前面所述豐臣秀吉將自己的「關白」一職讓給外甥秀次自己則引退成為退休的「太閣」。可是在1593年８月也就是秀吉五十八歲那年愛妾澱殿又再生下一子秀吉欣喜若狂取名為『拾』亦即後來的「秀賴」。就在秀吉為如何替兒子的未來鋪路而傷腦筋時秀次為了討好朝廷獻上大量的金銀財寶。秀吉得知之後即以謀反的罪名命他切腹並將秀次的妻妾子女三十餘人斬據說當時鮮血染紅了京都的鴨川。
1594年秀吉五十九歲時關白秀次的文書官在日記中記載秀吉在晚上睡覺時尿床而不自覺。為了防止肉體老化秀吉乃命令朝鮮的將士捕捉老虎給他進補。儘管吃了大量的虎肉與老虎的內臟然而秀吉的健康狀況仍然沒有好轉。
到了1598年秀吉的身體情況稍好乃於３月15日在山城的醍醐（位於京都市伏見區）舉行盛大的賞花大會。其規模遠比十一年前在北野（位於京都市上京區）舉行的茶道大會還盛大。然而與北野的茶道大會不同的是當年的茶道大會販夫走卒都可以自由參加而這次的賞花大會卻是戒備森嚴彷彿暗示著世人對豐臣政權的不滿。到了七月一日秀吉夢到織田信長來對他說：「籐吉郎你的時候差不多到了我來迎接你。」
秀吉回答說：「籐吉郎替主君報仇是為了報答主君的恩惠。請主君再稍等一段時間。」信長猛拉著秀吉說：「不！我的孩子被你害得很慘一想到這件事我就等不下去了快點過來」秀吉醒來覺自己已經爬離床位了。自從作了這個夢之後秀吉自己知道來日不多他最擔心的仍是愛子秀賴的未來。八月五日秀吉將五大老（德川家康、前田利家、毛利輝元、宇喜多秀家、上杉景勝）叫到床邊不停地說：「拜託各位一定要照顧秀賴。」八月十八日秀吉終於在伏見城內結束他那波濤洶湧的一生享年六十三歲。他留下一辭世歌：「隨露珠調零隨露珠消逝此即吾身。大阪的往事宛如夢中之夢。」