李明峰到迪化的時候，陳星翰帶著自己麾下的一鎮常勝軍已經先到了三日了。得知李明峰即將到此，陳星翰帶著人馬，到迪化城外十里處親自迎接。
當李明峰的十丈大旗遙遙出現在天邊的時候，陳星翰立刻縱馬上前，到了李明峰的八抬大轎之下，這位新任的巡撫大人迅速翻身下馬，跪伏於地，高聲道：「新任新疆巡撫陳星翰，叩見太師！」
李明峰聞聲，撩開轎簾，走下轎子，將陳星翰扶了起來，滿面笑容的說道：「老陳，你和我客氣什麼，趕緊起來！」
隨著年紀的增長和官職的提升，李明峰和常勝軍眾將之間的關係也越發微妙了起來。因為地位的巨大提升，而導致李明峰做事也謹小慎微了起來，猜忌之心越來越嚴重了。所以老李在安排人事的時候，盡量提拔自己信任的人。
不過，老李對自己信任的人，也往往是留著後手，嚴加防備，防止叛亂。
而陳星翰也知道這種情況，所以他一見面立刻就對李明峰極盡恭順，盡量消除老李的戒心。李明峰張口就稱呼陳星翰為老陳，一方面是因為以前也經常這麼叫，一方面也是李明峰有意而為，為兩人營造出融洽親密的氣氛。
陳星翰被李明峰扶起之後，立刻說道：「大人此次西征，收復新疆，真乃不世之功啊！」
李明峰笑著說道：「呵呵，老陳啊，你倒是越來越會拍馬屁了。你現在可是堂堂的一省巡撫了，以後也要注意點自己的身份嗎。」
劉銘傳、蔡宜群、宋慶等人也都騎著馬跟在李明峰的轎子後面，看到陳星翰過來，眾人也都下馬相迎，現在聽了李明峰的調侃，眾人也跟著哈哈大笑。
陳星翰故作隨意的道：「什麼巡撫不巡撫的，我的一切不都是大人賞賜的嗎。要是沒遇見大人，我還得在綠營軍之中廝混呢，即便混得如意，最多也就是個游擊、千總罷了，哪能像今天這般光宗耀祖啊！」
陳星翰是最早參加洋槍隊的，在這之前，他只是兩江總督衙門下面的一個小小的把總。他上面也沒有人關照，要不是李明峰提攜，即便這七八年他混的如意，恐怕也只能升職一兩次罷了，哪能像現在一樣，八年升職十幾次？
所以陳星翰這話，倒也說的是真心誠意的。
李明峰滿意的點了點頭，又說道：「你到新疆做巡撫，布政使我給你安排好了，是哈密回王的兒子。按察使還空缺這，幾個道員我也沒任命，這些職位都交給你來安排。你記住，一定要把新疆牢牢的掌握在咱們常勝軍的手中。」
陳星翰高興的應道：「是！」
按察使可是大官，從二品，道員也是四品官，地位也很高，李明峰把這幾個職位留給陳星翰任命，相當於給了陳星翰很大的自主權。這樣一來，陳星翰就能把自己的親信安插上來，這就能提升他在新疆的權力。
李明峰看著滿面笑容的陳星翰道：「你這一萬人馬，鎮守迪化是足夠了，但是新疆之土，方圓五千里，別說一萬人馬，就是十萬，恐怕也力有不怠。你到新疆之後，要在當地徵召士兵，充實常勝軍。
哈密回王、吐魯番回王都是忠於朝廷的，可以讓他們在當地選拔維族、蒙古族、回族、漢族的精壯百姓組建新的軍隊。我建議你的一鎮人馬應該擴充成三鎮，這才勉強夠用嗎。」
陳星翰應道：「是！我會照辦的，可是這統領人選該如何指定？而且該鎮守何處？使用什麼裝備？全用異族人成嗎？非我族類，其心必異啊！」
「走吧！」李明峰對著身後轎夫說道。
李明峰沒有上轎子，而是和眾將一同步行往迪化方向走去。一邊走，李明峰一邊說道：「你親自擔任新疆第一鎮的統領，第一鎮的人馬就是你的舊部。第二鎮的統領是姚寶忠，第三鎮統領是安靖廬，這兩鎮的的中高層將領一半從常勝軍舊部選派，一半讓各大回王家的年輕一輩來充任。」
陳星翰應道：「是！」
此刻，姚寶忠和安靖廬就在陳星翰的身後，他倆聽了這個任命之後，臉上現出驚喜的神色，連忙跪在地上給李明峰叩頭，口中不住的謝恩。
李明峰見狀，故作不悅的說道：「我不是說了嗎，軍隊內部要行軍禮，不要搞這套老古董的東西。」
兩人聞言，立刻站了起來，行了一個軍禮道：「是！」
姚寶忠和安靖廬是陳星翰手下那鎮人馬的副統領，李明峰提拔他們兩個，是合情合理合制度的。這兩人也是洋槍隊老成員，對李明峰的忠誠度沒有問題，而且還是陳星翰的副手，陳星翰也挑不出這個任命的毛病。
一直以來，為了防止常勝軍六鎮人馬變成各大統領的私家軍，李明峰也經常調換那一鎮人馬的中級將領和副職，姚寶忠和安靖廬以前是韋志俊的副手，後來又調到劉銘傳手下，兩年前被調到陳星翰手下。所以，這兩人也算不上是陳星翰一黨的，這就防止了陳星翰在新疆作大的可能。
而且李明峰直接當著兩人的面，命令，就是要讓兩人知道，誰才是賞賜他們榮華富貴的人，也能讓他們知道效忠的對象！
李明峰伸手在姚寶忠和安靖廬肩膀上拍了拍，以示撫慰，然後又轉身繼續往迪化方向走去。李明峰一邊走一邊說道：「一鎮要在迪化，一鎮要在阿克蘇，一鎮要在哈密。這三個地方戰略地位重要，駐兵在此最好。
至於新軍的底層士兵嗎，我建議要由各族青年擔任，但是不要讓他們一個民族成一個連或者一個排，一定要打散分配！以連為基準單位，維吾爾族和回族、漢族、蒙古族的比例應該是三比三比二比二。這樣就有利於管理了，不至於讓他們抱團。
由少數民族來組成軍隊，容易在新疆辦事，能減輕民族矛盾。要是全都是漢人的軍隊，當地百姓會有種被鎮壓、被統治的感覺，要是軍隊是自己民族的，他們的接受度就會高一些。而且讓這些回王貴族來充任軍官，也會方便行事。
而且組成一支軍隊，那是要統一使用漢語來溝通的，也能在一定程度上同化他們。長期來看，只有徹底同化了這幫回子，新疆才能長久的安定。
至於武器，這次西征，我們繳獲了阿古柏的英式火器很多，估計起碼有五六萬條槍，兩千門火炮。這些武器一半留給你們，一半我帶回遼東。新軍就使用這批武器，至於教官，普通士兵直接用你的老部下來訓練，高等軍官先送到保定陸軍學校培訓一年，然後再上任。」
陳星翰應道：「大人英明！」
李明峰要求把軍官送到保定去培訓，也是為了加強對新軍的管理。保定陸軍軍官學校的主要課程就有《李明峰思想》，《李明峰作戰理論》《李明峰主義》等等，這些課程可以完成對學員的洗腦工作。
只要從保定陸軍軍官學校畢業出來，李明峰自信這些中低級軍官會成為自己最忠誠的部下。
李明峰又道：「朝廷每年給新疆兩百萬兩協餉，以前是供養新疆五萬軍隊和上千官員的。現在供養常勝軍的三鎮人馬，也是綽綽有餘的。不過，以後常勝軍的軍費開支還是要走老程序，我會讓胡雪巖把票號開到迪化來。
以後朝廷的撥款，先入胡雪巖的票號，進入常勝軍的總賬。每個季度新疆軍的所有開支先做一個預算，再上報遼東，等我批准過後，再拿我的手令從新疆的票號裡支取。」
陳星翰應道：「是！」
李明峰這是又從經濟上控制了新疆軍，朝廷每年撥給新疆軍隊兩百萬的軍餉，李明峰打算直接給劃到自己的名下。新疆軍有需要，再從李明峰手中申請，這就使了新疆軍沒有經濟獨立性。經濟不獨立，新疆軍脫離李明峰掌握的可能性就基本為零了。
陳星翰自然知道，李明峰這都是防備他在新疆自立的。雖然有些感覺到自己和李明峰之間的關係有些疏遠，但是陳星翰也不得不佩服老李的安排。這簡直就是滴水不漏，既讓他能掌握新疆，也使他根本不可能脫離李明峰而獨自成為一方勢力。
李明峰在前面走著，一邊走一邊安排新疆的未來事項，陳星翰等人在後面緊緊跟著，不住的附和老李的安排。十里的路程並不長，不到一個時辰，眾人就進了迪化。
李明峰帶兵入了迪化，新疆這些表現不錯的回王一同集資在迪化城內給李明峰擺酒慶賀。李明峰和新任新疆巡撫陳星翰還有常勝軍的將領們都出席了這次酒宴，席間這些回王贈送給李明峰不少金銀，表示要充作常勝軍軍費。
李明峰大略看了一下，總共也就是三五十萬兩白銀罷了，不是什麼大數字。老李也理解，這幫新疆回王都窮，這些銀子都已經是他們能拿出的極限了，所以老李也沒有苛求什麼，直接笑納了。
等到宴會開始，看到李明峰心情不錯，伯錫爾在眾回王的不斷暗示之下，終於開口問道：「太師大人，阿克蘇那幫亂民，雖然有罪，但是他們也就是受了一小撮分子的鼓動罷了，並非真敢對抗朝廷……」
阿克蘇城被李明峰給血洗了，至今還扣押著兩萬俘虜。這些俘虜都是阿克蘇的普通維族百姓，他們趁著李明峰出去救援玉努斯江而反叛，徹底激怒了老李，讓老李施展了一下雷霆手段。
不過諸回王和這些俘虜都是穆斯林，回王們想要盡盡義務，試著求個情。但是李明峰卻絲毫不給他們面子。
沒等伯錫爾說完，李明峰就陰著臉道：「好了，王爺，此事您就別插手了。不敢對抗朝廷？我手下的士兵死在這幫亂民手中上千人！這就是不敢對抗朝廷的表現嗎？」
伯錫爾被李明峰一頓搶白有些尷尬，但是老李卻繼續說道：「這些人，我會帶到遼東充作苦役。他們要是老老實實的，過個十年八載的，還能得到赦免，要是還敢妄圖反抗，只有死路一條！」
伯錫爾看嚥了口唾液，硬著頭皮又道：「太師大人，你看，南疆的那十四個領主到底該如何處理呢？他們雖然投靠了阿古柏，但是也是逼不得已啊，我看太師大人大量，最好就饒了他們吧。」
新疆的領主們，多多少少都有些聯繫。南疆的那些領主雖然更傾向於對抗朝廷，但是和北疆的領主們關係卻不錯。伯錫爾和南疆的兩個領主也有姻親關係，所以他想替這些被李明峰扣押的回王們說說情。
而且在伯錫爾看來，朝廷還是要依靠回王們來統治新疆的，李明峰只不過是想懲戒警告一下那些南疆回王罷了，不是真想殺掉他們。所以伯錫爾認為自己的求情，也許還是給李明峰找了個台階下，讓老李有借口放人。
李明峰冷笑道：「阿古柏沒來的時候，他們就紛紛造反了，難道這也是逼不得已？」
伯錫爾聽了這話，知道自己的推測恐怕是錯了，頭上隱隱現出了汗珠，但是仍然辯解道：「他們那是鬼迷心竅了！如今看到朝廷雄獅的天威，他們應該早就服了，否則也不會獻城投降啊。」
李明峰大手一揮，止住了伯錫爾的話頭，不滿的說道：「伯錫爾王爺，你也不用替他們說情了。新疆幾百年來一直不消停，就是這些地方勢力作祟。他們不像王爺您，您的家族忠於大清，但是他們的家族，時刻都在琢磨著如何反清！
這次索性我將他們斬草除根，南疆是叛亂之源，我將南疆的回王全部遞解入京，然後處死。到時候，南疆就直接處於巡撫大人的管理之下了，也沒有什麼回王問題了。這樣你這個哈密回王，日子也能輕鬆一些，不用時刻防備著南面造反了。」
伯錫爾聽了話，愣了半響之後才連忙道：「哦，太師英明，太師英明。」
諸回王也嚇得滿頭大汗，李明峰話說的很明白，他這是要將這些投靠阿古柏的回王全部誅殺。所謂兔死狐悲，這幾個回王雖然在阿古柏到新疆的時候，保持了忠於大清的態度，但是他們畢竟也和南疆那些人一樣，都是領主。
李明峰現在表現出了對領主的輕視態度，讓眾人覺得自己的地位也岌岌可危了。
李明峰要的就是這種效果，看到眾人滿頭大汗，李明峰繼續冷聲說道：「南疆以後就剩下兩個領主了，一個就是布加羅大人，他統領喀什新城，一個是雷扎伊大人，他統領喀什舊城。除了這兩座城池之外，南疆全部都歸朝廷直接管理。
北疆也就是在座的幾位大人了，還希望諸位領主老爺能配合官府，管理百姓，不要妄生事端啊！」
眾人齊聲應道：「一定，一定！」
敲打完畢之後，李明峰又說了些撫慰的話，氣氛才逐漸好轉起來。穆斯林不喝酒，所以宴席結束的比較快，晚上七八點鐘眾人就散了。
李明峰又在迪化休整了三天，在此期間將新疆的事務安排完畢，這才帶領常勝軍返回。出來時候的六萬大軍，如今只剩下一半了，三萬人馬押著兩萬多阿克蘇的叛亂回民，浩浩蕩蕩的向東而行。
臨行前，李明峰還是覺得玉努斯江是個廢物，於是就在迪化城頭將其斬首。可憐這個一直想要謀取富貴的浩罕人，竟然是這麼一個結局。
李明峰離開新疆之後，朝廷的聖旨也發到了新疆。布加羅因為誅殺阿古柏有功，加封為貝子，賜他喀什噶爾城為領地，雷扎伊加封為鎮國公，賜他喀什老城為領地。
兩人的兵馬也被朝廷削減，布加羅只允許擁有千人衛隊，雷扎伊只允許有五百人的衛隊，不許多一人。一旦被發現衛隊數量超標，將會受到朝廷懲處。
就這樣，新疆的征程結束了。整個新疆，除了伊犁附近的幾百里土地之外，都重新歸到了大清的版圖之中。
通過李明峰的大規模改制，中央政權對新疆的控制力度大增，存在了上千年的封建領主制度，基本上已經滅亡。新疆終於和中原省份一樣，受到了朝廷的直接管轄。