劉銘傳帶領騎兵向西一路狂追，奔襲兩千里，殺入浩罕國境內，將阿古柏之子胡裡伯克誅殺。李明峰讓韋志俊帶領一萬步兵跟著劉銘傳殺入浩罕，等到誅殺了胡裡伯克之後，劉銘傳、韋志俊又在浩罕國境內耀武揚威一番，給當地的領主以震懾，然後才返回新疆。
在兩人遠征的過程中，李明峰又讓哈密回王伯錫爾給葉爾羌（今新疆莎車）、和闐（今新疆和田）、烏什、庫車、喀喇沙爾（今新疆焉耆）五座城池的回王領主寫信，要求其迅速放下武器，歸順朝廷。
南疆有八大城池，現在喀什噶爾和英吉沙、阿克蘇都在常勝軍掌握之中，剩下的這五座城池則還處在叛軍手中。此時李明峰風頭正盛，對這些反叛之人也比較苛刻，老李命令這五大城主立刻無條件的到喀什噶爾來投降，否則就發動進攻，全都格殺。
一手軟一手硬，一邊讓伯錫爾寫信勸降，李明峰一邊又派蔡宜群、李秀成、宋慶等人帶兵到這幾座城池附近駐紮，對他們進行軍事威脅。
這些人看到阿古柏已經敗亡，知道抵抗只有死路一條，紛紛自縛到喀什噶爾請降。他們認為朝廷還得依靠他們來統治新疆，所以這次雖然會受一定懲罰，但是小命還是能保住的，所以才如此大膽的到喀什噶爾求降。
不過，事情的發展卻出乎了他們的預料，這些回王到喀什噶爾之後，立刻就被李明峰關押了起來。他們的城池領地也被常勝軍給控制了起來，一時間，整個新疆都被平定了。
南疆的回王基本都沒有得到朝廷的冊封，只是得到朝廷的默認罷了。他們的產生也比較複雜。有的是大財主，然後招兵買馬，最終靠自己的實力成了一方領主。有的是伊斯蘭教的阿訇，在當地德高望重，被當地百姓推舉為領主。
南疆分離主義鬧的很嚴重，幾百年來都是這樣，甚至可以說，這都成了當地的風俗了。這些領主基本也無視朝廷的存在。朝廷掌握新疆的時候，他們礙於大清的軍事威懾，明裡是表示恭順的，但是背地裡，他們也在積極的謀求南疆的獨立。
這幫維吾爾人倒還有幾分忠心，兩百年前，維吾爾人的統治者就是瑪罕木特。瑪罕木特是伊斯蘭教白山派的最高領袖，是個和卓。和卓是阿拉伯語譯音，又翻譯為為「火者」、「霍加」，也就是聖裔的意思。
瑪罕木特在位的時候，維吾爾人是蒙古人的奴隸，被准格爾汗國所奴役。後來清朝出兵討伐葛爾丹，解救了維吾爾人。康熙皇帝最初也準備以仁義治理新疆，想在新疆培養一個類似於哈密回王家族這樣的忠於朝廷的當地貴族，然後進行委任統治。
瑪罕木特作為維吾爾人的最高領袖，就理所當然的成了康熙重點培養的對象。瑪罕木特的兩個兒子，波羅尼都和霍集占也被朝廷重點培養。
但是當朝廷消滅葛爾丹，主力撤出新疆之後，和卓家族就開始不老實了。瑪罕木特去世之後，新疆大權落入波羅尼都和霍集占的手中，兩兄弟趁著朝廷在新疆兵力稀少的時候，發動叛亂，建立汗國，自稱大汗。
這時候已經是乾隆年間了，乾隆帝聽聞新疆叛亂之後，立刻發兵征討新疆，經過數年大戰，徹底撲滅了叛亂，史稱「大小和卓叛亂」。
這其中的小和卓，就是霍集占，李明峰原本對此人倒還有幾分好印象，都是受了金庸的毒害。在金庸的《書劍恩仇錄》之中，老金替霍集占說盡了好話，將其寫成為了民族獨立而抵抗侵略的英雄。《書劍》中的兩個重要女角，霍青桐和香香公主，就是霍集占的女兒。
但是現在，李明峰是恨這些分離主義分子入骨。這麼多年來，他們屢次叛亂也沒有成功，不但給朝廷帶來了損失，也讓新疆連年征戰，不得消停。
大小和卓之亂數十年之後，朝廷對新疆的控制力度又減弱了，這個時候，逃入浩罕的大和卓波羅尼都的孫子張格爾再度返回喀什噶爾，在南疆興兵造反。張格爾雖然隻身一人，但是他到喀什噶爾振臂一呼，南疆百萬維族百姓都歸附其旗下，這樣一來，又讓朝廷耗費了好幾年的時間來征討。這個事件被稱為「張格爾之亂」。
李明峰也不知道，維族人是抽了什麼筋，對這個家族這麼忠心。此時距離張格爾之亂已經有四五十年的時間了，但是新疆大亂之後，佔據了喀什噶爾的大軍閥司迪爾在第一時間就派人到浩罕國，接回了張格爾的兒子，大和卓的曾孫，布素魯克來擔任大汗。
阿古柏就是趁著護送布素魯克的機會進入的新疆，由此可見白山派的和卓家族對新疆的影響力。
阿古柏畢竟是浩罕人，對和卓家族沒有尊敬之情，所以他到新疆掌權之後，架空了布素魯克，最終導致布素魯克的反叛。阿古柏鎮壓了布素魯克之後，將其趕回了浩罕，然後又扶持了他的堂兄，同樣是大和卓波羅尼都的曾孫卡塔爾勒繼任為大汗。
卡塔爾勒同樣不甘心當傀儡，他趁著阿古柏到哈密去和李明峰交戰的時機興兵討逆。結果卡塔爾勒出師未捷身先死，沒等戰勝阿古柏就被阿古柏事先安插的人手將其毒死。
毒死卡塔爾勒之後，阿古柏在新疆的維族人之中的形象立刻就改變了，這是阿古柏自己也沒有料到的。本來同為穆斯林，新疆人都把阿古柏看成解放者，但是現在阿古柏將聖裔打跑一個，毒死一個，就讓新疆人徹底的看清楚了他的侵略者本性。
所以在李明峰大軍抵達喀什噶爾之後，阿古柏再度徵兵都需要使用強制手段了，可見其不得民心。
李明峰雖然很難理解維吾爾人的心態，但是從這一系列歷史事件分析，老李得出一個結論，維族人對和卓家族很崇拜，崇拜到了瘋狂的地步。為了防止在此發生叛亂，李明峰派出了數十個探子，攜帶重金，深入浩罕國內部，去刺殺謀害大小和卓的後人。
老李誓要讓這個家族絕種，砍斷分裂主義的一面大旗。只要他們的精神支柱一倒，分裂主義的猖獗勢頭就會減弱，再加上其他手段，老李自信能夠徹底斬斷分裂主義的根源。
以前新疆是軍事管制狀態，沒有設省，只設將軍。為了能更加強有力的控制住新疆，李明峰上奏朝廷，要求改變新疆的制度，將新疆設省。李明峰提議取消伊犁將軍，設新疆行省，以後新疆軍民政務當由新疆巡撫來統領。
這樣一來，朝廷就直接插手了新疆的民務，這會導致當地回王的權勢暴減。這種改革，換在任何一個時候都會引起回王勢力的強力反彈，但是現在不同，這幫回王連小命都保不住了，哪裡還有能力和李明峰對抗？
至於吐魯番回王、哈密回王這些忠於朝廷的家族，雖然心有不甘，但是也不敢公然和李明峰對抗。而且李明峰也對伯錫爾表示過了，會盡量維護他的家族利益，這也讓伯錫爾放心不少。
新疆建省，也是朝廷一直以來的追求，但是地方勢力太強，這個制度一直無法實行，李明峰既然主動要承擔這個任務，朝廷一定會贊同的。剩下的就是具體的建省事務問題了，包括政治區劃、治所安排，官吏配置等等。
本來新疆的治所是在伊犁，但是伊犁現在處於俄羅斯的控制之下，李明峰雖然不肯放棄伊犁，但是老李也不想通過武力來解決伊犁問題。現在看來，短期內伊犁還是難以收回的，所以新疆省的治所就要換一個地方了。於是老李就上奏，請求將新疆的治所從伊犁遷徙到迪化。
於此同時，李明峰還保舉了一系列的官員來充任新疆戰後的官職。新疆是李明峰一刀一槍打下來的，現在也完全掌握在常勝軍手中，朝廷無論是出於公道，還是出於實際分析，都沒有拒絕李明峰人事安排的理由。
李明峰和伯錫爾經過多次的商議，決定根據地理、民俗、歷史等各種因素，將新疆省分成哈密府、吐魯番府、迪化府、阿克蘇府、喀什噶爾府、烏什府等六府。新疆巡撫，李明峰是保舉陳星翰出任，下面的六個知府和同知等官，一部分由這次立有戰功的常勝軍中級將領擔任，一部分是由這次戰爭中表現良好的回王家族派人擔任。
伯錫爾功勞最大，忠於朝廷，所以他的殘疾長子邁哈默特被任命為新疆布政使，總管新疆全省民務。哈密的知府、同知也由伯錫爾的侄子擔任。
這樣一來，不但哈密仍然是被伯錫爾家族所掌握，而且伯錫爾家族還有機會管理全新疆的事務。從權力分部上看，哈密回王家族確確實實的成了新疆第一家族。
毒死阿古柏的布加羅此戰有功，李明峰將事情的經過據實上奏，請求封布加羅為貝勒、貝子之類的榮爵，並請封布加羅為喀什噶爾領主。雷扎伊也是類似，被李明峰請封為喀什老城的城主。
現在的回王領主和以前可不同了，新疆建立行省之後，領主的權力將會大幅下降，基本上比內地的大地主強不上太多。
李明峰詳細的界定了地方官和地方領主之間的權力關係，領主的特權幾乎全被剝奪，只是享有比較高的政治待遇和大片的良田罷了。現在的回王權力和阿古柏入侵新疆之前完全不可同日而語。
不過，能享受這樣待遇的回王也不多，南疆那些招攬來阿古柏的回王，都被李明峰給全部關押了起來。李明峰認為，新疆多年動亂不堪，不是朝廷對這些貴族不夠好，反而是對他們太好了。現在李明峰使用鐵血手段對付回王，他們反倒老實了許多。
伯錫爾和布加羅畢竟是比較特殊的回王，李明峰這才給他們一定的特權，允許他們指派知府，其他的回王則基本失去了原有的權勢。
南疆被平定之後，英國人也不再聒噪了。只有李鴻章仍然在朝廷上不停的攻擊李明峰，他認為老李在新疆搞屠殺，弄僵民族矛盾，將來必有後患之類。
但是現在大清全勝的戰績擺在這，沒人理會李鴻章。無論在什麼朝代，在哪個國家，收復領土總要比割讓領土好，即便這塊領土比較貧瘠，比較混亂。李鴻章折騰許久之後，發現沒人他，也就作罷。
反正他的目的也達到了，李鴻章就是想讓李明峰和英國人之間產生矛盾，並且讓英國人對他產生好感，全力他。從這個角度來看，勝利的是他李鴻章，李明峰和英國人已經徹底鬧僵了，老李在新疆就已經聽說在保定的英國企業有不少都撤資了。
與之相反的，是李鴻章的淮軍得到了大批的英國武器，英國人也開始在李鴻章的地盤江蘇進行投資。看來李鴻章經過這一次的事件，成功的取代了李明峰的地位，成了英國在華代理人。但是老李現在遠在數千里外，只能暫時放下這件事情，等到返回中原然後再處理。
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李明峰在新疆休整了兩個月之後，朝廷果然如預期一般下旨，恩准了李明峰的全部所請。新疆改成行省，迪化成為新疆省治所，升陳星翰為新疆巡撫，邁哈默特為新疆布政使。
和這道聖旨同來的，還有朝廷的封賞，李明峰此戰功勞頗大，晉陞為一等毅勇公。常勝軍其他眾將也各有提升，李明峰特意強調的鄧鴻、傅禹、丁藻林三人都從參將升為副將。
又過了一個月，接到朝廷聖旨和李明峰書信的陳星翰，帶著本鎮一萬常勝軍抵達迪化。這時，李明峰也處理完了南疆事務，率領全軍，押送著十幾個回王和阿克蘇城的數萬叛亂百姓北上迪化。
又過了十幾天，常勝軍再度返回了迪化城，此時已經是同治六年了。