1279年，中國有史以來第一次完全處於異族征服者的統治之下，除了在越南北方之外股有殘存下任何一個政治上獨立的中國人的政權。越南北方曾經是中國的一個省，但早在939年即已脫離了中國。從那時起，它使自己獨具特色的當地形式的中國文明得到了發展。中國在1279年的經歷，類似印度的維查耶那加爾帝國1565年降落時的經歷。只不過與穆斯林軍隊越過旁遮普征服印度的進程（1202－1565年）相比，蒙古人對中國的征服要迅速和徹底得多。
日本在13世紀的經歷與中國不同。1281年，日本成功地擊退了蒙古人對她的第二次進攻。那是蒙古人對她的兩次進攻中更為可怕的一次。正是鐮倉的北條家族的有力統治，才使得日本免遭蒙古人的統治而保持了自由。但是在擊退蒙古人之後，隨之而來的卻是北條氏政權的衰落和覆滅。1281－1614年間，是日本政治史上到那時為止無政府狀態最為嚴重的時期。另一方面，蒙古人1279年完成的對中國的征服，再度帶來了中國政治上的統一——儘管這是在異族統治之下的統一。自從中央集權的唐朝在874年終於瓦解之後，這種政治上的統一就逐步地受到了削弱。從1279年到1911年，這一重建的中國政治上的統一一直維持下來，儘管重新統一的中國事實上只是在大約1382一1631年間是處在中國本土居民的統治之下。
在蒙古人的統治下，政治上重新統一起來的中國，變成了短命但卻龐大的蒙古帝國的重心。蒙古大汗忽必烈（1260－1294年在位）於1260－1267年把他的都城從哈刺和林遷到了北京，又於1289年完成了把大運河從杭州延伸至北京的工程。大運河的延伸，使得把北京所需的稻米經內河從中國南方運到北京成為可能。1271年，忽必烈建立了一個新的中國王朝——元朝，它將由忽必烈的家族世代繼承。
在蒙古帝國的西部封地中，佔有伊朗和伊拉克的伊兒汗國，是忽必烈的弟弟旭烈兀在忽必烈的率先贊同下建立的，因此它與中國有著最緊密的聯繫。伊朗的視覺藝術和陶藝受到中國長期的影響，也正是因為這個緣故。在前蒙古人的時代，中國的技術（例如造紙術）已經通過伊斯蘭世界向西傳播到了基督教國家。
中國的蒙古統治者與他們的處於各個社會階層的中國臣民之間，依然存在著隔閡。蒙古人在中國任用信奉基督教或伊斯蘭教的異族行政官員，而聽任那些不被任用的儒生們用小說和戲劇這兩種文學形式自然地延續中國的文明。中國人與蒙古人祖傳的生活方式的不同，造成了他們相互間的反感，也阻礙了雙方文化上的同化。於是蒙古人在中國的統治也就不可避免地是短暫的。遍及全國各地的反抗開始於14世紀40年代。在中國的彼此爭鬥的造反者當中，朱元璋（1328－1398年）獨成霸業。這位中國歷史上第四次統一天下的帝王，像第二次統一天下的帝王劉邦一樣，出身於中國南北方之間淮河流域一個地位卑微的家庭。1368年，洪武皇帝朱元璋建立了明朝。到1382年，他不僅把蒙古人從中國的長城之內驅趕出去，並且消滅了所有國內的漢族競爭者。
洪武皇帝在1356年攻下了南京（南方的都城），他仍將南京作為再度統一後的中國的都城。但是到了1421年，他的第四個兒子，也是第二代王位繼承人的永樂皇帝（1403－1424年在位），把都城搬回到北京。北京曾經是元朝以及元朝之前的金朝（女真人建立）的都城，在那之前還曾是遼代（契丹人建立）的南部。遭受蒙古人征服和統治的經歷，造成了中國人對異族的畏懼和憎恨。北京地處中國長城以內部分的最東北隅，距離南方的稻米產區極為遙遠，選擇這樣一個為他們所痛恨的蠻族征服者的都城作新都，這表明永樂皇帝及其後繼者們最為關心的事，就是對付始終存在的蒙古人的威脅。
蒙古人已經被趕出了中國，但他們仍然生活在故鄉的大草原上，他們可以從那裡再度進攻中國。極西部的蒙古人厄魯特部尤富侵略性。永樂皇帝在大草原上進行了5次戰役，但是就像西徐亞人曾避開大流士一世，匈奴人曾避開漢武帝和他的帝位繼承者們一樣，蒙古人成功地避開了永樂皇帝的追殺。1449年厄魯特的汗王也先打敗並俘虜了當時的明朝皇帝，並且包圍了北京。但是，就像君士坦丁堡的城牆擋住了保加利亞的西米恩一樣，北京的城牆也擋住了也先汗。明朝在1449年遭到的軍事上的大失敗，並未導致與宋朝在1126年以及東羅馬帝國在1071年的失敗相同的悲慘結局。
明朝再度恢復了通過對儒家經典的競爭性考試來選拔文官的制度（這套制度最初是由漢武帝在公元前2世紀時創設的。6世紀末，由隋朝第一次恢復）。這套制度後來變成了一種僵死的形式，它一直保持到1905年取消科舉考試和1911年廢除皇帝統治時為止。在當時的官府中為官的儒生數量，與那個龐大帝國的人口和面積相比，總顯得微不足道。實際上協助他們完成任務的，是地方上那些未受過儒家教育的刀筆吏。地方上取得了各等級功名的士紳也與他們合作。這些人自願地處理地方政務，而不領官俸。（他們是當地的地主，其地租收入既要用來養家，又要用來從政。）
成功地通過科舉考試並非獲取功名的唯一途徑。這種功名可以被作為一種榮譽授予某人，也可以用錢來買。無論是怎樣獲得的，它都能使獲得者受到高度的尊敬，同時也給獲得功名的人強加上一項沒有明文規定的責任——或是作為一個食俸祿的政府官吏，或是作為一個無官俸的擁有土地的地方士紳——以盡自己的公共職責。
土生土長的中國人重建了自己的王朝。與元朝之前歷代的統治者們相比，明朝的統治者更加崇奉、也更加依戀中國的文化傳統。在1403－1407年間，永樂皇帝發起編纂了一部百科全書，它的修改本數達22877卷，分裝成11095冊，這還不包括60卷的內容目錄。這部巨書以手寫本的形式保存下來。印刷這部巨書甚至超出了中國的技術和經濟能力。
《永樂大典》著眼於過去，但明代的中國文學和哲學卻仍是有生氣的。大量的小說和戲劇不斷湧現出來，12世紀時由朱熹公式化了的儒家學說仍然受到挑戰。它以自己無可比擬的系統性和完整性，一直保住了作為考試科目之一的地位。新的儒學派別的分裂，到朱熹時並未結束。這種分裂始自11世紀時程顥、程頤兄弟的分歧，而朱熹則發展了程頤的學說體系。
王陽明（王守仁，1472－1529年）是程顥學說體系最卓越的擁護者。在王陽明看來，人的心與萬事萬物之理彼此都是同一的。而在朱熹看來，理是由體現為人和物的氣聚結而成的，這些氣又獨立於任何人的心而存在。這兩個抽像的觀點之間顯然存在著重大的差別，人們也能覺察出這兩個新儒學派別都受到了佛教哲學的潛在但卻是重大的影響。然而，中國所有的思想家，在中國歷史上的所有時期，更為關心的都是道德規範和人的活動，而不是抽像的哲學思辨。只有道家是唯一的例外。
在那些其觀點僅僅帶有佛教色彩，但卻並未受到西方哲學影響的偉大的中國思想家中，王陽明是最後的一位。第一批葡萄牙航海家已於1514年，也就是王陽明去世前15年，到達了中國。
在一批又一批征服中國的異族人中，接受儒家生活方式最少的是蒙古人，最多的則是滿洲人。所以，對於飽學的中國臣僕來說，蒙古人最難接近，而滿洲人則最易於相處。滿洲人並非歐亞大平原上的遊牧民族。如同金朝的建立者一樣，他們來自東北的深山密林中，是女真族的獵人和靠採食野生植物為生的初民。明朝的永樂皇帝曾通過把女真人的部落編入幾個轄區，由他們所敬重的本部首領進行管理的辦法，把滿洲並入中國。
在進佔中國本土之前，滿洲人曾自動地使自己漢化。1599年，滿洲政權的創建者努爾哈赤採用了蒙古人加以改造的古敘利亞字母來記錄女真（滿洲）語言，此後漢文的古籍也被譯成了滿文。但識字很快的滿洲人就寧願直接閱讀和書寫漢字的方塊字。努爾哈赤曾創建了一支由3個民族組成的軍隊，它包括漢人、蒙古人和滿洲人的部落。1618年，他佔據了遼東，那是漢族人居住的長城向外突出地區的一部分。1626年，他遷都於中國本土的盛京（今名瀋陽），並任用了一些漢族的行政官員。
努爾哈赤之子皇太極在1636年把他的王朝命名為「清朝」。1644年，當北京被一名起義的漢族人率眾包圍時，明朝的最後一位皇帝在那裡自殺了。同年，滿洲人佔領了北京。一位漢族的將帥幫助了滿洲人。一些漢族的文臣們也支持滿洲人。他們寧願選擇滿洲人的政權，也不願接受一位剛剛推翻了明朝的漢族篡位者的統治。隨後滿洲人建立了對中國其餘部分的統治，但並非沒有受到抵抗。直到1683年，滿洲人才佔領了台灣。然而，對各個階級、階層的中國人來說，滿洲人對中國的征服，與4個世紀之前蒙古人對中國的征服相比，其造成的物質上的破壞和心理上的創傷，都要更輕一些。
在日本，1331年由後醍醐天皇（1318－1339年在位）策劃的一次流產的政變，導致了北條家族的統治被推翻和鐮倉幕府本身在1335年的滅亡。1338年，幕府的所在地遷至京都，實權也落入足利家族手中。但是這個新的政權從未能有效地統治整個日大。1185年，源賴朝曾建立起對整個日本的統治，1281年，在擊退了蒙古人的第二次入侵之後，鐮倉幕府的北條政權曾維持了這樣的統治。足利家族掌權後，這樣的統一政權就不復存在了。
足利幕府甚至未能立即控制京都周圍的地區。被足利尊氏從京都驅趕出來的後醍醐天皇，重新當上了傀儡皇帝，在京都以南的山區維持著一個獨立的政權。這種王朝分裂的局面從1336年持續到1392年。與此同時，各地的大名變成了事實上獨立的諸侯王。1467－1477年持續10年之久的一場內戰——應仁之亂，把京都的街道變成了戰場。在此之後，足利氏的統治權力喪失殆盡。日蓮宗和神道教這兩個佛教派別為他們自己在各地擴充實力，並與當地的世俗諸侯王聯合在一起。從1532年到1536年，在京都地區爆發了佛教勢力之間的戰爭。一方是神道教和日蓮宗的信徒，另一方是屬於舊宗派的寺院僧兵。在這場佛教寺院間的戰爭中，交戰雙方都傾其所有力量投入戰鬥。
足利幕府時期（1338－1573年）政治上的無政府狀態，與中國統一前的戰國時期相似。令人費解的是，與這種狀態相伴隨的，卻是經濟上、文化上所煥發出的勃勃生機。日本人對蒙古人未獲成功的海上進攻的還擊，一度成為針對中國沿海的海上私人冒險事業。從元朝到明朝，日本人的這種刺激性的活動延續下來。1404年，足利政權承認了中國對日本名義上的家主權，並且勉強同意了中華帝國政府試圖強加在中日間貿易額上的限制。而實際上，日本的民間海盜商人漠視兩國政府間的協定，與一些中國平民相勾結，繼續從事他們的活動。
在日本國內，經濟活動在增加，物質生活水平在提高，自12世紀後半期以來即被把持在地方武士階層手中的壟斷權力，也受到了兩股勢力的削弱，其一是在日本內戰中其地位日漸重要的農民武裝，其二是新出現的工業和商業的行會以及自由的城市。地處今日大皈以南的橋市，就是這類自由城市的典型。然而，這一時期也是日本賤民階級開始產生的時期。
文化方面，禪宗作為日本大乘佛教的一種形式，尤為貴族武士所偏愛。足利時代不僅經歷了對於禪宗的經久不衰的興趣，而且，在這一時代的末年——最為無政府狀態的年代，它還經歷了茶道的形成和完善。統治者是把茶道作為與武士們日漸增長的殘暴性相對抗的一種文化模式加以提倡的。在視覺藝術領域，足利時代日本產生了模仿中國宋朝風格的山水畫大家，還產生了花道（一種獨特的日本藝術）。更為輝煌的文化成就，是大約產生於1350年至1450年的一種戲劇形式——能。此類劇目的情節是傳統的和為觀眾所熟悉的，演員都戴著面具，動作、台詞、聲調、演唱和配樂都別具一格。14世紀這種日本能劇，在上述所有方面都是公元前5世紀希臘雅典狂歡節戲劇在東亞的翻版。
日本政治上的無政府狀態在16世紀達於極點。此後，國家在3個軍閥前後相繼的努力下重新在政治上統一和穩定起來。這三個軍閥是：織田信長（1534－1582年）、豐臣秀吉（1536－1598年）和德川家康（1543－1616年）。這些建立統一功業的人用火器與他們的對手作戰。火器是在1542年或1543年由首批踏上日本土地的葡萄牙人帶到那裡的，它在最初傳入日本的20年間就被普遍地應用於戰爭中了。
織田信長在1568年攻佔了京都，並於1573年消滅了那裡的足利幕府。1582年，他被一位反叛他的家臣殺害，但織田信長的另一位家臣豐臣秀吉立即打敗並殺死了反叛者。到1590年時，豐臣秀吉成了整個日本的主宰。他與德川家康合作，於同年將後者安置在關東。1592－1593年以及1597－1598年，豐臣秀吉兩度侵略朝鮮，但朝鮮進行了強有力的反擊。豐臣秀吉準備把侵略朝鮮的戰役作為侵略中國的序幕。他死於1598年3月。他的死與1405年帖木兒（跛者）的死一樣，為中國的明朝減緩了嚴重而迫在眉睫的危險。德川家康在1600年的關原大戰中獲勝，從而贏得了在豐臣秀吉權力繼承問題上的那場鬥爭。1603年，德川家康從京都毫無實權的皇室那裡取得了將軍的稱號。1615年，德川家康攻陷了一直由豐臣秀吉之子豐臣秀賴固守的大阪城，此舉使他成為全日本無可爭辯的主宰。
德川家康有效地掌握著事實上的統治權，最大限度地保全了面子，最小限度地進行政治上的變革。這類似於漢朝的劉邦和奧古斯都，而與秦始皇和凱撒則形成鮮明對比。京都的天皇被允許繼續保留名義上的統治權，但是德川家康在江戶（今名東京）的幕府，卻如同當年在鐮倉的源賴朝和北條政權那樣，控制著日本的經濟重心關東。地方上的諸侯（大名）並沒有被廢黜，但卻因德川政權的巧妙安排而變得順從和虛弱了。這種巧妙的安排是為了防止他們聯合起來反對德川政權，也是為了逐漸地在經濟上搞垮他們。德川政權統治下（1600－1868年）的日本的政治地圖，與公元前264年到公元前90年的意大利半島的政治地圖是相似的。
1622年到1641年間，基督教的傳播在日本幾乎完全被禁止，日本被與人類文明中心的其餘部分隔絕開來，這種做法加強了德川幕府對日本的控制。第75章將談及這方面的內容。
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