1190－1511年間的3個世紀中，東南亞在政治上、人種上和宗教上經歷了巨大的變化：蒙古人的襲擊遭到失敗；操大陸東亞單音節諸語言的民族——尤其是泰族不斷向南定居並建立了政治統治；僧伽羅人的上座部佛教及伊斯蘭教逐漸傳播；最後，來自西方基督教世界的葡萄牙航海者又不期而至。
蒙古入侵者在東南亞陸海兩路卻未能取得成功。他們在1257年、1285年和1287年三度佔領了現屬越南北部的地區，但越南人每一次都迫使他們節節後退。1285年，蒙古人通過越南北部征服占婆的企圖也被佔人擊敗。1287年，蒙古人的確成功地佔領了上緬甸蒲甘王國，但他們在1303年退出這一地區。在大陸東南亞，與1261－1303年間在敘利亞一樣，當蒙古人遇到堅決的軍事抵抗時，在後勤上處於不利地位的形勢下，他們被這一戰場與他們遠在歐亞大平原東北邊緣的基地之間的遙遠距離擊敗了。蒙古人於1292－1293年對爪哇發動的海上遠征，與1274年和1281年對日本進行的海上遠征一樣，也遭到了災難性的失敗。
信奉大乘佛教的爪哇勝利者，於1293年建立了滿者伯夷帝國。這是印度尼西亞最後一個前伊斯蘭時期的帝國。蘇門答臘的長壽帝國室利佛逝在擊退蒙古人的鬥爭中沒有發揮任何作用。泰族人對它在馬來半島上的領土施加軍事壓力，這使它遭到了削弱。滿者伯夷帝國在爪哇的興起，以及1295年前後伊斯蘭教傳入蘇門答臘西北部，使它進一步遭到削弱。但沒有明確的證據表明蘇門答臘是否落入了滿者伯夷統治之下，或是否成了它的附屬國。
滿者伯夷帝國在大約1513－1528年間被皈依了伊斯蘭教的一些爪哇小國聯合推翻。一位蘇門答臘夏連特的王子拜裡迷蘇刺，娶王朝一位公主為妻，他於1403年建立了馬六甲城，這座名城位於以它命名的馬六甲海峽靠大陸一端的海岸上。到1414年，拜裡迷蘇刺皈依了伊斯蘭教，取名穆罕默德·伊斯坎達爾·沙，馬六甲也成為伊斯蘭教傳入印度尼西亞的基地。從8世紀起，來自波斯灣沿岸各港口的阿拉伯和伊朗穆斯林水手就在伊斯蘭世界和中國之間的海洋上航行，建立商業基地，並沿途在大陸和島嶼沿岸對當地居民進行勸化。在印度尼西亞，這一進程由於馬六甲城的建立和皈依而得到了新的推動。然而，與印度次大陸的經歷形成對照的是，在東南亞大陸和島嶼，伊斯蘭教的統治不是通過武裝力量強加的。伊斯蘭教在這裡的傳播是當地統治者及其臣民自願接受的，但這種皈依只是浮淺的。印尼人把信奉伊斯蘭教與保留他們在過去1000年中接受的印度文化相互融和起來。在伊斯蘭教的外表下，他們傳統的印度主義仍然保持著活力。《摩訶婆羅多》仍然比《古蘭經》更能溫暖印尼人的心房，激發他們的想像力。
1190年傳入緬甸的僧伽羅上座部佛教，於13世紀從孟人和緬甸人那裡傳給撣人、泰人、老撾人和柬埔寨人。上座部佛教與這些民族的當地宗教相互交融，成為每個民族的大眾化的國教。這樣，它就把大乘佛教和印度教從這裡驅逐了出去。大乘佛教和印度數很早以前就從印度傳入了東南亞，但也只局限在少數上層人物的圈子裡。上座部佛教取代這些早期東南亞的印度宗教，使東南亞大部分地區仍然處在印度文化的勢力範圍內。印度文化只是在印度尼西亞和大陸馬來亞喪失了地盤，在那裡，它的表面被塗上了一層伊斯蘭教色彩；另外還有東部海岸，向南擴張的越南人帶來了中國的儒教和大乘佛教。
16世紀早期北方民族向南方的擴散改變了東南亞的人種地圖。1535－1539年間，緬甸人在伊洛瓦底江下游完成了始於11世紀的對孟人的征服。越南人於939年擺脫中國對他們的祖國，即現屬越南北部的地區統治以後不到40年，就開始發動對占婆的襲擊。到1000年，越南人已經吞併了占婆最北部的3個省份。1312年他們取得了對占婆其他地區的宗主權。1471年越南吞併了除南部一塊殘餘地區以外的占婆全部地區，17世紀又征服了這塊地區，並向南方繼續推進，以柬埔寨為犧牲，佔領了湄公河三角洲，並向那裡殖民。倖存的占婆人則成為了穆斯林。
泰人、撣人和老撾人所講的語言非常接近，同屬大陸東南亞單音節語族中的漢－泰語文。建國於現屬中國西南省份雲南的泰人王國南詔，於8－9世紀在緬甸人到達以前征服了伊洛瓦底江流域，並向中國發起襲擊，他們襲擊的地區包括現在越南北部，當時那裡是中國的一個行省。此後，泰人移民開始進入薩爾溫江和湄公河流域，並在湄南河源頭地區定居。1253年，南詔被蒙古征服。這個泰人的故鄉隨後就被漢化，伊斯蘭教在這裡扎根，而這種發展在13世紀後半期向泰人南移提供了新的推動，他們進入湄南河流域和馬來半島北部，而湄南河流域的孟人和柬埔寨的高棉王國便成了他們的犧牲品。
如果泰人像越南人那樣帶來了中國文明，他們向南方的擴張就將改變中國文明和印度文明的邊界，擴大中國文明的範圍。但是泰人皈依了1190年就已扎根緬甸的上座部佛教。這使泰人落入了印度文明的疆域之內。
因此，到1511年葡萄牙人佔領馬六甲的時候，東南亞已經形成4種宗教並存的局面。其中兩種宗教即上座部佛教和伊斯蘭教相對來說是較晚傳入此地的。上座部征服了幾乎整個大陸東南亞，只有越南、占婆的殘餘部分和馬來半島最南端除外。越南人是中國流派的大乘佛教徒。佔人和大陸馬來人成了穆斯林。海島馬來人表面上成了穆斯林，但實際上仍然是印度教徒。巴厘島上的馬來人仍然是虔誠的印度教徒。在婆羅洲、沿海地區的馬來人成了穆斯林，但在廣大的內地，他們仍然是異教徒。
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