1071年，東羅馬皇帝羅曼努斯四世狄奧根尼被塞爾柱軍事首領阿勒卜·艾爾斯蘭戰敗並俘虜；1081年小亞細亞貴族亞歷克塞一世康危努斯登上東羅馬帝國皇帝寶座。在以這2次重大歷史事件為起迄點的10年中，東羅馬當局將東羅馬帝國的心臟小亞細亞送給了突厥人，儘管東羅馬人的祖先為抗擊阿拉伯人對這一地區的進攻已堅持不懈地戰鬥了3個世紀。就和同一時期的中國一樣，無休無止的內部紛爭導致了東羅馬帝國在這10年中的急劇沒落。到1081年，東羅馬帝國的大部分地區都遭到了東方的塞爾柱人、西方的諾曼人和北方的佩切涅格人和古茲人的蹂躪。（古茲人從歐亞太平原西端和多瑙河下游進入東羅馬帝國，他們是塞爾柱土庫曼人的異教同宗，他們同樣受到另一支突厥人遊牧民族基布察克人西遷的壓力。）
亞歷克塞一世（1081－1181年）是戴克裡先和希拉克略的名符其實的繼承人。同他們一樣，亞歷克塞一世從毀滅中拯救了帝國，並且找到了兩個能幹和精力旺盛的繼承人約翰二世（1118－1143年在位）與曼努埃爾一世（1143－1180年在位）。但是這三位皇帝都未能成功地阻止大地主經濟和政治勢力以犧牲帝國政府利益為代價的增長，也未能擊退來自小亞細亞的塞爾柱和達尼什曼德突厥人。遊牧的土庫曼人行蹤不定；基督教的希臘農民疏遠了帝國。農民深受遊牧部落之害；但是只要拉姆蘇丹國的塞爾柱統治者能夠成功地保護農民免受追隨塞爾柱人的遊牧部落的騷擾，農民就會認為突厥人穆斯林蘇丹的壓迫比東羅馬帝國政府的壓迫還要輕。
亞歷克塞一世必須要對付第一次十字軍。伊斯蘭世界對付土庫曼人的辦法是將他們遷移到東羅馬的亞美尼亞和小亞細亞；亞歷克塞對付西方十字軍騎士的辦法，則是將他們引向敘利亞。但亞歷克塞和十字軍的目標是相反的。亞歷克塞寧願招聘十字軍作為僱傭兵把突厥人驅逐出小亞細亞，但十字軍的目標卻是耶路撒冷，他們並不希望成為東羅馬帝國的代理人或僕從。結果，雙方都未能實現目的。東羅馬帝國從未恢復小亞細亞腹地；十字軍雖佔領了耶路撒冷，但他們從未能成功地征服敘利亞腹地。因此，在與廣闊的伊斯蘭內陸地帶對峙的陸地防線上，十字軍未能在敘利亞建立穩固的灘頭陣地。拉姆的塞爾柱人能夠在小亞細亞建立一個擁有定居人口的有組織的國家，而贊吉、努爾·丁和撒拉丁則能夠包圍敘利亞海岸的法蘭克人灘頭陣地，將法蘭克人驅逐出耶路撒冷。
當帝國在小亞細亞腹地的領土仍然完好無損、帝國政府與大地主爭奪對農民的控制權的鬥爭尚未徹底失敗之時，尼斯福魯斯二世福卡斯和約翰·齊斯米西斯及巴西爾二世的目標就已經超出了帝國的能力之外；但是曼努埃爾二世卻推行了一個更為野心勃勃的擴張政策，從而浪費了精力，白白消耗了東羅馬帝國已經萎縮的資源。雖然曼努埃爾不可能保持帝國對塞爾維亞的支配權，但他仍然與匈牙利進行戰爭。他干預腓特烈一世巴爾巴羅薩與北意大利城邦之間的戰爭，企圖收復帝國在阿普利亞的失地。曼努埃爾於1180年死後，帝國的崩潰在一場超級災難中達到頂峰。
曼努埃爾與西方基督教徒的關係一直很友好，但他的大多數同胞並未能分享他的親法蘭克人的情感。東羅馬政府在先前2個世紀中為謀求意大利沿海城邦海軍援助而出讓的經濟特權，使得意大利人能夠從希臘人那裡贏得東羅馬帝國的國內貿易。1182年君士坦丁堡發生了屠殺西方商人的事件。西西里的諾曼人進行了報復，佔領和劫掠了塞薩洛尼基。1180年塞爾維亞擺脫了東羅馬帝國的宗主權。自1018年以來已成為東羅馬帝國臣民的保加利亞人於1185年進行反叛，重新建立了獨立國家（這次是與弗拉克人合作）。與保加利亞人1041年的反叛不同，1185年的反叛未能鎮壓下去。1185年塞浦路斯脫離東羅馬，但1191年又被西方十字軍騎士、英格蘭的理查一世佔領。1192年理查一世又將塞浦路斯作為一種慰勞品交給了耶路撒冷的法蘭克國王呂濟尼昂家族的蓋伊，後者於1187年趕走了撒拉丁，而第三次十字軍又未能讓他重新獲得任命。
1203－1204年，一場重大災難震撼了東羅馬帝國。君士坦丁堡兩次受到威尼斯人和法國「十字軍」聯合遠征軍的進攻，第一次是以一個要求繼承東羅馬皇位的人的名義，第二次則是襲擊者自己的主張。這是君士坦丁堡自330年建城以來首次在敵人的進攻面前陷落。該城遭到了野蠻的搶劫，勝利者們彼此之間訂立了瓜分帝國的協議。但他們最終無力實行其全部計劃。威尼斯取得了最大的成功，在瓜分戰利品時她挑選克里特島和其他一些海島以及分佈在大陸沿海戰略要地的灘頭堡壘。不復存在的東羅馬帝國的繼承者、希臘人諸王國，在西北小亞細亞、小亞細亞北部海岸的東端、特拉布松周圍以及伊庇魯斯建立了獨立國家。君士坦丁堡被分給了一位法蘭西的十字軍，他獲得了皇帝的頭銜。
繼之而來的事情表明，擁有君士坦丁堡現已成為一種負擔而不是財富。從330年到1204年，君士坦丁堡在軍事上一直是東羅馬帝國堅不可摧的堡壘，但自從633－642年失去了敘利亞、巴勒斯坦和埃及之後，它也成為一個社會和經濟負擔。從那時起，君士坦丁堡作為首都對於帝國已經縮小的規模來說就顯得太大了；這一負擔在1071年丟失了小亞細亞腹地之後進一步加重。1204年由法蘭西皇帝奪取的一小塊帝國領土井不足以維持君士坦丁堡；對於從1204年至1261年居住在此的法蘭西皇帝們來說，君士坦丁堡自始至終猶如荊棘叢生之地。
與此相反，繼承帝國的本地希臘人國家卻比帝國自巴西爾二世死亡之後的任何時期都顯示出更大的活力。西北小亞細亞和伊庇魯斯的希臘人國家互相之間以及與法蘭克人都處在競爭狀態，在反對所有希臘人和法蘭克人對手的鬥爭中，亞洲國家成了勝利者。（地處偏僻的希臘特拉布松帝國沒有捲入這場鬥爭。）西北小亞細亞的希臘人國家，自稱是東羅馬帝國的合法繼承者。它的統治者自稱為帝國皇帝，其合法性得到君士坦丁堡東正教主教的承認；這位主教臨時駐節在流亡帝國的首都尼西亞。尼西亞的東羅馬帝國比3位康尼努斯家族的皇帝統治君士坦丁堡時期（1091－1180年）的東羅馬帝國，更為成功地抗擊了塞爾柱突厥人的拉姆蘇丹國。尼西亞帝國向東部和南部擴展和推進邊疆，直接損害著拉姆的利益。它在經濟上很繁榮，在文學和視覺藝術領域顯示出特色。1235年尼西亞皇帝約翰三世瓦塔特澤斯奪取了位於達達尼爾海峽歐洲沿岸威尼斯人的灘頭堡壘加利波利，從而在歐洲獲得了一個立腳點。1234年他與保加利亞結盟；1235年尼西亞的希臘人和保加利亞人共同從陸路圍攻君士坦丁堡。從1235年後，法蘭西人的君士坦丁堡帝國已被尼西亞的希臘人帝國包圍。法蘭西人的君士坦丁堡與西方基督教世界保留下來的唯一交通線就是海路，但援救它的法蘭克人必須要經受達達尼爾海峽兩岸的夾擊（海峽兩岸現都落入尼西亞的希臘人之手）。
到1237年，東南歐的東正教國家都處於上升階段。復興的保加利亞帝國和尼西亞的希臘人帝國都顯示出能超出法蘭西人統治的君士坦丁堡帝國的實力。在教會事務方面，先前處於東正教世界邊緣地區的塞爾維亞一直是東正教會與羅馬教會之間有爭議的地區，它現在也明確地選擇了東正教。尼西亞希臘人的帝國政府非常明智地認可了保加利亞主教地位的恢復，並為塞爾維亞設立了一個自治的大主教職位。但是東南歐的東正教國家與高加索的東正教國家在領土範圍和人口規模兩方面都已遜色於俄羅斯，甚至在建築、視覺藝術和文學等領域，希臘人、保加利亞人和格魯吉亞人都受到了俄羅斯人的挑戰。
在俄羅斯改宗基督教之後最初的50年中，教會的歷史是模糊不清的，對歷史資料的解釋也存在著爭議；但有一點很清楚：從1039年起俄羅斯已成為君士坦丁堡主教的教區。獲得俄羅斯之後，君士坦丁堡主教的管轄區大大地擴大了，因為俄羅斯地域廣闊，而且還在向北部和東部擴張。1169年俄羅斯宗主國的王公所在地由第聶伯河畔的基輔，遷到了伏爾加河支流克利亞濟馬河畔的弗拉基米爾。
格魯吉亞人、阿布哈茲人和阿蘭人都是東方正教會的基督徒，但是當同屬東正教的希臘人在11世紀上半葉征服格魯吉亞人的一性論派亞美尼亞鄰國時，他們仍然維持了獨立；而且，格魯吉亞在1071年也沒有被捲入東羅馬帝國的災難。她在塞爾柱人的進攻面前倖免於滅亡，並在12世紀時與繼承短命的塞爾柱帝國的穆斯林國家瓜分了亞美尼亞。在女王塔瑪統治期間（1184－1212年），由格魯吉亞直接和間接統治的領土從黑海沿岸擴展到高加索的裡海沿岸。
蒙古人從歐亞大草原的突然出現，以不同的方式影響了拜占庭世界各個部分的命運。格魯吉亞是第一個遭遇不幸的東正教國家。1225年它遭到四處闖蕩的花刺子模王公札蘭丁的劫掠，1236年又遭到蒙古人的破壞。蒙古人強迫格魯吉亞接受自己的宗主權。1237年和1240年蒙古人在經伏爾加河畔的保加爾到歐洲的途中蹂躪了俄羅斯（1240年基輔遭到劫掠）。蒙古人的宗主權強加給了最東邊的各俄羅斯公國，但西南部的加利西亞（哈利克茲）、西北部的普斯科夫和諾夫哥羅德仍然保持著獨立；而且諾夫哥羅德開始包圍蒙古帝國及其俄羅斯附屬國，在它們的北面向東擴展到了烏拉爾山脈以外。尼西亞的希臘人帝國則得益於1243年蒙古人打敗和征服塞爾柱拉姆蘇丹國。
1180－1204年東羅馬帝國的災難和1237－1240年俄羅斯的災難既沒有阻礙拜占庭文明的發展，也沒有擋住它的傳播。教堂建築使塞爾維亞人被錯定於東正教世界，這些教堂都裝飾有拜占庭風格的壁畫。12世紀弗拉基米爾和蘇茲達爾的教堂建築將希臘、亞美尼亞和格魯吉亞的特色都結合在了一起。尼斯塔斯·科尼亞提斯給我們留下了記載1204年君士坦丁堡陷落的生動感人的第一手資料，他是留下從959年到1204年東羅馬歷史連續記錄的一系列歷史學家中的最後一位。哲學家邁克爾·普塞洛斯記錄了976－1077年的歷史，在記錄事實和日期方面，他比自己的前輩利奧·蒂阿科努斯更馬虎草率，但對人物的分析卻很敏銳。這些拜占庭的希臘人寫作所採用的語言是學究氣的古雅典共同語，但是希臘語並不是這一時期東正教世界歷史著述的唯一語言。俄羅斯最早的編年史是12世紀早期用馬其頓的斯拉夫語言創作的，當時它是一種仍在使用的語言。
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