在12和13世紀，伊斯蘭教不僅生存了下來，而且還在繼續擴展。這的確是一個相當可觀的成就。因為伊斯蘭教世界在政治上已經解體，並面臨著外來勢力的攻擊：起初是在地中海地區受到西方基督教徒的進攻，然後在亞洲又受到蒙古人的進攻。西方基督教徒反擊伊斯蘭教所取得的唯一永恆的政治成果是在伊比利亞半島和西西里，在這兩個地區，穆斯林居民苟延殘喘在基督教的統治之下。而對蒙古人來說，他們則未能征服敘利亞和埃及。在成吉思汗家族3個最西部封地上的統治者及其遊牧部落的追隨者皈依了伊斯蘭教：位於歐亞平原西半部的金帳汗國是在1257年（完全皈依是在1313年），伊朗和伊拉克的伊爾汗國是在1295年，河間地帶和塔里木盆地及其附近草原的察合台汗國是在1326年（雖然意見並非完全一致）。在蒙古人征服歐亞平原西半部之前，佔據這一地區的基布察克突厥人遊牧部落一直是異教徒，他們北部的伏爾加保加利亞人只是一個孤立的穆斯林社團。1237年蒙古人在進入俄羅斯和歐洲的途中劫掠了伏爾加河流域的保加爾城。但結果伊斯蘭教不僅沒有在這一地區被消滅，反而能夠無限地擴大地盤。992年到1202年穆斯林征服北印度、從開伯爾山口擴張到孟加拉的過程，前面已經提及。在西方，穆拉比教團未能重新征服托萊多，該地在1085年落入基督教徒之手。但在相反方向，穆拉比人卻於1086年在今天的北尼日利亞為伊斯蘭教在西撒哈拉以南贏得了一個立腳點。
1098－1099年敘利亞海岸西方基督教灘頭陣地的建立，以及深入到幼發拉底河以東地區的位於埃澤薩（烏爾法）的據點，對伊斯蘭教世界構成了嚴重的威脅。參加第一次十字軍的冒險家為數極少（或許不到2000人）；在1099年征服耶路撒冷之後，留下來守衛被征服地區的人更少。但是，他們設法統一了被佔領區。在10世紀曾抗擊東羅馬皇帝尼斯福魯斯二世（福吉斯）和約翰·齊米斯西斯的特裡波利於1109年向法蘭克人投降。1116年耶路撒冷的法蘭克人國王鮑德溫一世佔領了亞喀巴和亞喀巴灣中的格裡爾島，從而切斷了伊斯蘭教世界亞洲和非洲部分的陸路通道。
伊斯蘭教的這種局面被塞爾柱人僱傭的一名突厥軍官伊馬德·丁·贊吉恢復了過來。贊吉在1127年被任命為摩蘇爾的總督。到1144年他已吞併了阿勒頗、霍姆斯和十字軍的前哨埃澤薩。1154年贊吉的兒子努爾·丁佔領了大馬士革。1161－1170年他在與耶路撒冷國王阿馬裡克爭奪對法蒂瑪埃及的控制權的鬥爭中獲勝。1171年努爾·丁的庫爾德族軍官撒拉丁滅掉了法蒂瑪王朝，重新確立遜尼派為埃及的官方宗教。努爾·丁的帝國在他1174年去世時已經解體，但撒拉丁在阿拔斯哈里發的恩准下為自己重新征服了這一帝國。1187年他在加利利的海廷擊敗了法蘭克人，重新奪得了耶路撒冷。第三次十字軍東征（1189－1192年）未能趕走撒拉丁，儘管腓特烈一世和英法兩國國王都參加了這次東征（但腓特烈中途淹死）。薩拉丁的帝國在其創建者於1193年去世後仍然保存了下來，並且在1250年薩拉丁王朝滅亡後依然存在。就在1250年，法蘭克人試圖第三次重複耶路撒冷國王阿馬裡克佔領埃及的英勇業績，但仍以失敗告終。埃及現已成為伊斯蘭教的堡壘和要塞。
1250年，薩拉丁王朝的一隊突厥軍事奴隸從王朝手中奪取了薩拉丁的遺產。如今，繼承權不是由父親傳位於子嗣，而是由前奴隸的統治者傳給了奴隸。在此之前德裡也建立了一個具有同樣結構的政權。勢力達到旁遮普東南的北印度的征服者穆罕默德·古爾任命了一位奴隸總督。1215年當古爾王朝被塞爾柱人的前封地花刺子模的統治者滅掉後，這位總督的第二位奴隸繼承者便成了古爾在印度的領土的統治者。
河間地帶和東北部伊朗，在阿拔斯王朝及其伊朗人繼承者薩曼王朝的統治下曾一度繁榮，但在11世紀初卻飽受了由塞爾柱王朝的武將率領的土庫曼人遊牧部落的大量湧入之苦。1141年河間地帶被一支流浪的契丹人（黑契丹人）佔領。他們在1124－1125年被女真人趕出華北和滿洲。黑契丹人並不是穆斯林，他們是一支開化的民族。河間地帶在他們統治下遭到的損失要小於花劉子模的統治者造成的災難。後者於1210年將黑契丹人趕出了河間地帶。當1220－1221年蒙古統帥成吉思汗蹂躪花刺子模王國時，整個伊斯蘭教世界的東北部都遭到了破壞，變成了荒無人煙的地帶。
成吉思汗的入侵使伊拉克免除了花刺子模人的入侵威脅。向花制子模的入侵很可能會同成吉思汗劫掠河間地帶產生同樣的災難。東部的一支塞爾柱人在1194年被其前封地花刺子模滅亡，使得阿拔斯哈里發納綏爾（1180－1225年在位）實際上獲得了獨立。他利用自己的行動自由重新佔據了伊朗的西北部，在道義上支持薩拉丁及其繼承者，並把一種流行的運動「法圖瓦赫」改造成在阿拔斯庇護下的騎士制度。
「法圖瓦赫」是使伊斯蘭教得以經受住蒙古人征服的幾項新的伊斯蘭教制度之一。另一項制度是苦行僧組成的兄弟會，其中最早的兄弟會是卡迪裡教團，它由吉坦的阿布杜·卡迪爾僅立於12世紀。大多數苦行僧兄弟會的創立者都來自伊斯蘭教世界的東北部。他們的宗教習俗採取了誘人心醉神迷的形式，無論他們是否是偽裝的土庫曼的薩滿，他們都對改宗伊斯蘭教的土庫曼人產生了影響。這些土庫曼人奉行他們所採用的宗教不僅僅是名義上的。最著名的苦修僧教團的創立者札拉丁·魯米即是米列維教團的創始人。1207年，正當花剌子模和蒙古人的旋風席捲這一地區之前不久，他生於托卡裡斯坦的巴爾赫。他在塞爾柱拉姆蘇丹國的首都庫尼亞赫度過了一生（1207－1273年）中的大部分時光，並在此用新波斯語寫下了他神秘主義的詩歌。另一位波斯詩人設拉子的薩阿迪（約1184－1291年）並沒有隱居，而終日雲遊四方。他成為伊斯蘭教世界歷史上最動盪的世紀中的百歲老人。
塞爾柱人的帝國在小亞細亞（拉姆）的分支比幼發拉底河以東的帝國的主體具有更頑強的耐力。塞爾柱人的拉姆王國經受住了第一次十字軍的風暴；1176年，它挫敗了東羅馬帝國為時已晚的重新征服該地的努力；它在1243年戰敗於蒙古人之後仍倖免於滅亡，儘管它不得不服從蒙古人的宗主權。拉姆在小亞細亞建立了一個定居的說突厥語的社會，它的文明是伊朗式的伊斯蘭教文明。拉姆的蘇丹設法將塞爾柱人帶來的土庫曼人遊牧部落驅趕到伊斯蘭教世界與東羅馬帝國的邊界，並將13世紀從蒙古逃來的遊牧部落也遷移至此。與馬木路克的埃及和敘利亞不同，雖然拉姆以後戰敗於蒙古人，被置於蒙古人的宗主權之下，但在伊斯蘭教歷史上這一關鍵時刻，它仍為伊斯蘭教提供了一個庇護所。
因此，當1256年執政的蒙古大汗蒙哥委任其弟旭烈兀汗完成成吉思汗征服伊斯蘭教世界的末竟事業時，伊斯蘭教得以在1258年伊拉克遭到毀壞、巴格達被攻陷和劫掠、阿拔斯哈里發王朝被滅亡之後生存下來。
1261年，薩拉丁王朝的奴隸（馬木路克）繼承者顯示出蒙古人並不是戰無不勝的：他們在巴勒斯坦殲滅了旭烈兀汗常勝軍的先鋒衛隊。被殺的蒙古將軍是一名聶斯脫利派的基督徒，與他在一起的有西裡西亞亞美尼亞的基督教國王和安條克的基督教王公。但駐守在阿卡的法蘭克人讓馬木路克的軍隊通過。馬木路克人擋住了伊朗和伊拉克的蒙古人伊爾汗國對敘利亞的3次入侵，並且在1291年佔領了西方基督教在敘利亞剩下的最後一個灘頭陣地阿卡。
在伊爾汗國版圖內的西方基督教徒和聶斯脫利派的基督教徒都希望西方基督教王國與蒙古帝國的偉大聯盟能征服整個伊斯蘭教世界和消滅伊斯蘭教本身。教皇和法國的使臣到達靠近歐亞平原東端的蒙古大汗的首都哈刺和林。蒙古人雖然向西方基督教徒提出了一些建議，但這一計劃並投有什麼結果。蒙古帝國西部地區的統治者寧願選擇伊斯蘭教而不是基督教。在1295年伊爾汗加贊改宗伊斯蘭教之後，他的穆斯林臣民對他的基督教臣民進行了報復。在伊斯蘭教世界的亞洲部分，當11世紀土庫曼人在塞爾柱人的率領下進行民族大遷移時，基督徒已開始大規模地改宗伊斯蘭教。現在這種改完又獲得了新的推動力；在新月沃地的人口中曾經佔有多數的聶斯脫利派和一性論派基督教徒在人數上正大大減少，最終成為四處散居的遊民。
在伊斯蘭教世界的另一端，被西方基督教徒征服地區的穆斯林人口也大大減少，最終竟完全消失。來自西撒哈拉的遊牧部族柏柏爾族穆拉比教徒和取代他們的來自阿特拉斯山脈的高原柏柏爾穆瓦希德人，都未能成功地擋住西方基督教徒在伊比利亞半島的軍事進展。1236年科爾多瓦陷落，1248年塞維利亞陷落。此後，穆斯林在伊比利亞半島的統治僅限於格拉納達周圍的偏僻之地。但是，穆瓦維希人卻成功地將西西里的諾曼人從沿海灘頭驅逐出去，自12世紀40年代穆拉比人衰落之後，諾曼人一直佔據著伊夫裡奎亞的灘頭陣地。
不過，從軍事上說，在11世紀的大潮之後伊斯蘭教文明湧動的西部地區並不是非洲，而是伊比利亞半島。在這一地區，科爾多瓦倭馬亞哈里發王國的解體與巴格達阿拔斯哈里發制度在伊朗的崩潰具有同樣的文化推動作用。在伊比利亞半島，地方宮廷數目的增加，擴大了潛在的文學藝術庇護人的數目。在繼承科爾多瓦的哈里發的眾多小邦中，詩歌創作極度繁榮。在基督教征服安達盧西亞的前夕，伊比利亞半島為伊斯蘭教貢獻了一位哲學家伊本·拉希德（阿威羅伊）（1126－1198年）和一位神秘主義者伊本·阿拉比（1165－1240年）。前者與伊本·西那（阿維森納）齊名，後者肯定加扎利對神秘主義的論證是遜尼派伊斯蘭教正統教義可接受的一部分。伊比利亞半島對伊斯蘭文化的貢獻與伊夫裡奎亞對西方基督教文化的早期貢獻具有相同的命運：儘管這些貢獻創造者進行創造活動所在的地區遭到肢解，但他們的業績仍然保存了下來。
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