此刻，昌都正陷入一片混亂。
當解放軍渡江的消息風傳全城時，士兵、喇嘛和居民在昂曲河邊匯成一片。持槍的士兵們東逛西竄，不知如何是好。
10月12日，從昌都以南的寧靜（芒康縣），傳來藏軍第九代本德格-格桑旺堆率三百四十餘人宣佈起義的消息。霎時間，昌都藏軍的軍心崩潰了。
10月16日夜，總管阿沛得知解放軍已逼近昌都，類烏齊一帶後方也出現了神出鬼沒的漢人軍隊。早就不願抵抗的總管命令，翌晨棄城西撤。17日，彈藥庫的爆炸聲震得昌都城顫抖不已。隨之，藏政府官員、士兵們拖兒帶女順著西邊的山路倉皇離開昌都。亂兵沿路搶劫，為解放軍贏得民心鋪平了道路。
整個昌都戰役過程中，解放軍只在小烏拉、崗托等三處遇到了較強硬的抵抗。崗托渡口，攻擊藏軍十代本的是由軍工兵營、偵察營和52師炮兵連組成的左路部隊。10月7日，東岸解放軍開始搶渡金沙江。一瞬間，重機槍、迫擊炮向對岸藏軍猛烈轟擊，陣地上一片火海，藏軍躲在石縫中頑強抵抗。解放軍的牛皮船駛進激流，向對岸奮力划動。江面上，槍林彈雨交織成嚴密的火網，有一隻牛皮船被槍彈和激流掀翻，船和人剎那間葬身水底。
兩小時後，被巨浪沖向下游的牛皮船靠上西岸，解放軍躍上江邊亂石，開始向對面藏軍陣地逼近。同時，炮火和槍彈暴雨般傾灑到山後的藏軍隊伍裡，牛皮船上和兩岸的解放軍發出了吼聲，藏軍棄地撤退，奪路西逃……
對於俘獲的負傷藏軍官兵，解放軍全部收容並予以醫治。對投誠的官兵、家屬每人給8元以上的銀元作路費，每三人發一匹馬。當解放軍的糧食運到以後，還發放給藏軍官兵，使他們手中有錢，袋中有糧，並有馬匹馱運衣物，走上返鄉之路。被遣散的人員無不感謝解放軍的寬大政策，有的叩頭流淚，對解放軍幹部說：你們解放軍是菩薩兵，是救命恩人，返回家鄉後，再不替噶廈賣命了。
昌都戰役於24日結束，歷時18天。經過大小戰鬥20餘次，全殲昌都藏軍總部及三、七、八、十等6個代本全部和二、四、六代本之大部、並爭取第九代本起義，共計殲敵5700餘人，占當時藏軍總數的三分之一。其中俘代本以上文武官員18名，英印特務福特等4名，繳獲山炮3門，重機槍9挺，輕機槍48挺，各種衝鋒鎗、步槍3千餘支及其他軍用物資部分。
昌都戰役的勝利，正如劉少奇所說的那樣，「是解放西藏的淮海戰役」。整個西藏被解除了心理和實力上的抵抗，只有一條路可走，那就是和平談判。