南明最後一個政權滅亡的那年，順治帝已經病死，他的兒子玄燁（音ｙe）即位，這就是清聖祖，也叫康熙帝。
康熙帝即位的時候，年紀才八歲。按照順治帝的遺詔，由四個滿族大臣幫助他處理國家大事，叫做輔政大臣。四個輔政大臣中，有個叫鰲拜（鰲音aｏ），仗著自己掌握兵權，又欺負康熙帝年幼，獨斷專橫。別的大臣和他意見不合，就遭到排擠打擊。
清王朝進關後，用強迫手段圈了農民大片土地，分給八旗貴族。鰲拜掌權以後，仗勢擴大佔地，還用差地強換別旗的好地，遭到地方官的反對。鰲拜誣陷這些官員大逆不道，把反對他的三名地方官處死了。
康熙帝滿十四歲的時候，親自執政。這時候，另一個輔政大臣蘇克薩哈和鰲拜發生爭執。鰲拜懷恨在心，勾結同黨誣告蘇克薩哈犯了大罪，奏請康熙帝把蘇克薩哈處死。康熙帝不肯批准。鰲拜在朝堂上跟康熙帝爭了起來，後來竟揎（音ｘｕāｎ）起袖子，拔出拳頭，大吵大嚷。康熙帝非常生氣，但是一想鰲拜勢力不小，只好暫時忍耐，由他把蘇克薩哈殺了。
打那以後，康熙帝決心除掉鰲拜。他派人物色了一批十幾歲的貴族子弟擔任侍衛，這些少年個個長得健壯有力。康熙帝把他們留在身邊，天天練摔跤。
鰲拜進宮去，常常看到這些少年吵吵嚷嚷在御花園裡摔跤，只當是孩子們鬧著玩，一點不在意。
有一天，鰲拜接到康熙帝命令，要他單獨進宮商量國事。鰲拜像平常一樣大模大樣進宮去。剛跨進內宮的門檻，忽然一群少年擁了上來，圍住了鰲拜，有的擰胳膊，有的拖大腿。鰲拜雖然是武將出身，力氣也大。可是這些少年人多，又都是練過摔跤的，鰲拜敵不過他們，一下子就被打翻在地。任憑他大聲叫喊，也沒有人搭救他。
鰲拜被抓進大牢，康熙帝馬上要大臣調查鰲拜的罪行。大臣們認為，鰲拜專橫跋扈，擅殺無辜，罪行纍纍，應該處死。
康熙帝從寬發落，把鰲拜的官爵革了。
康熙帝用計除掉了鰲拜，朝廷上下都很高興。一些原來比較驕橫的大臣知道這個年輕皇帝的厲害，也不敢在他面前放肆。
康熙帝親自執政後，大力整頓朝政，獎勵生產，懲辦貪污，使新建立的清王朝漸漸強盛起來。當時，南明政權雖然已經滅亡。但是南方有三個藩王卻叫康熙帝十分擔心。
這三個藩王本來是投降清朝的明軍將領，一個是引清兵進關的吳三桂，一個叫尚可喜，一個叫耿仲明。因為他們幫助清朝消滅南明，鎮壓農民軍，清王朝認為他們有功，封吳三桂為平西王，駐防雲南、貴州：尚可喜為平南王，駐防廣東；耿仲明為靖南王，駐防福建，合起來叫做「三藩」。
三藩之中，又數吳三桂最強。吳三桂當上藩王之後，十分驕橫，不但掌握地方兵權，還控制財政，自派官吏，不把清朝廷放在眼裡。
康熙帝知道要統一政令，三藩是很大的障礙，一定得找機會削弱他們的勢力。正好尚可喜年老，想回遼東老家，上了一道奏章，要求讓他兒子尚之信繼承王位，留在廣東。康熙帝批准尚可喜告老，但是不讓他兒子接替平南王爵位。這一來，觸動了吳三桂、耿精忠（耿仲明的孫子），他們想試探一下康熙帝的態度，假惺惺地主動提出撤除藩王爵位、回到北方的請求。
這些奏章送到朝廷，康熙帝召集朝巨商議。許多大巨認為吳三桂他們要求撤藩是假的，如果批准他們的請求，吳三桂一定會造反。
康熙帝果斷地說：「吳三桂早有野心。撤藩，他要反；不撤，他遲早也要反。不如來個先發制人。」接著，就下詔答覆吳三桂，同意他撤藩。詔令一下，吳三桂果然暴跳如雷。他自以為是清朝開國老臣，現在年紀輕輕的皇帝居然撤他的權，就非反不可了。
公元１６７３年，吳三桂在雲南起兵。為了籠絡民心，他脫下清朝王爵的穿戴，換上明朝將軍的盔甲，在永歷帝的墓前假惺惺地痛哭一番，說是要替明王朝報仇雪恨。但是，人們都記得很清楚，把清兵請進中原來的是吳三桂；最後殺死永歷帝的，還是吳三桂。現在他居然打起恢復明朝的旗號來，還能欺騙誰呢？
吳三桂在西南一帶勢力大，一開始，叛軍打得很順利，一直打到湖南。他又派人跟廣東的尚之信和福建的耿精忠聯繫，約他們一起叛變。這兩個藩王有吳三桂撐腰，也反了。歷史上把這件事稱做「三藩之亂」。
三藩一亂，整個南方都被叛軍佔領。康熙帝並沒有被他們嚇倒，一面調兵遣將，集中兵力討伐吳二桂；一面停止撤銷尚之信、耿精忠的藩王稱號，把他們穩住。尚之信、耿精忠一看形勢對吳三桂不利，又投降了。
吳三桂開始打了一些勝仗，後來清兵越來越多，越打越強，吳三桂的力量漸漸削弱，處境十分孤立。經過八年戰爭，他自己知道支撐不下去，連悔帶恨，生了一場大病斷了氣。公元１６８１年，清軍分三路攻進雲南昆明，吳三桂的孫子吳世-自殺。清軍最後平定了叛亂勢力，統一了南方。
但是，正在朝廷慶祝平定叛亂勝利的時候，在我國東北邊境又傳來沙皇俄國侵犯邊境的消息，這就使康熙帝不得不把注意力放到北方邊境上面去。