紹興和議之後，兀朮派使者送密信給秦檜說：「你天天向我們求和，但是留著岳飛，我們不放心。一定得想法子把他除掉。」
秦檜接到主子的密信，就向岳飛下毒手了。
秦檜先唆使他的同黨、監察御史萬俟-（音ｍoｑiｘｉe，萬俟是姓）向朝廷上了一道奏章，攻擊岳飛驕傲自大，捏造了岳飛在金兵進攻淮西的時候，擁兵不救，放棄陣地等許多「罪名」。萬俟-開了第一炮以後，又有一批秦檜同黨接二連三上奏章攻擊岳飛。
岳飛知道秦檜跟他過不去，就主動要求辭去樞密副使的職務，高宗馬上批准。
事情並沒有到此結束。大將張俊原來是岳飛的上司，後來岳飛立了大功，遭到張俊的妒忌。秦檜知道張俊對岳飛不滿，就勾結張俊，唆使岳家軍的部將王貴、王俊，誣告另一個部將張憲想佔據襄陽，發動兵變，幫助岳飛奪回兵權，還誣告岳飛的兒子岳雲曾經寫信給張憲，秘密策劃這件事。
秦檜根據王貴、王俊兩個奸徒的誣告，先把張憲抓起來送進大理寺大獄，嚴刑拷打，張憲寧死不招。接著，秦檜又奏請高宗下令逮捕岳飛、岳雲，到大理寺受審。
秦檜的使者去逮捕岳飛，岳飛笑著對使者說：「上有天，下有地，會證明我是無罪的。」
岳飛、岳雲兩人被逮捕到大理寺的時候，張憲已被拷打得遍體鱗傷，渾身是血，不像個人樣兒。岳飛見了心裡又難過，又氣憤。
審問岳飛的就是萬俟。萬俟-拿出王貴、王俊的誣告狀，放在岳飛面前，吆喝著說：「朝廷哪裡虧待你們三人，為什麼要謀反？」
岳飛說：「我沒有什麼對不起國家的地方。你們掌管國法的人，可不能誣陷忠良啊！」
旁邊一些官員們也七嘴八舌地附和萬俟-，硬說岳飛想謀反。岳飛知道這批傢伙都是秦檜的同黨，申辯也沒有用，就長歎一聲說：「我今天落在奸賊的手裡，雖然有一片忠心，也沒法申訴了。」
秦檜又派御史中丞何鑄審問，岳飛一句話也不回答，他扯開上衣，露出脊樑讓何鑄看，只見岳飛背上刺著「盡忠報國」四個大字，痕跡很深。何鑄一看，大為震動，不敢再審，就把岳飛押回監獄，再看了一些案卷，覺得說岳飛謀反確實沒有證據，只好向秦檜照實回報。
秦檜認為何鑄同情岳飛，不再讓他審問，仍叫萬俟-羅織罪狀。萬俟-一口咬定岳雲曾經寫信給張憲，佈置奪軍謀反的計劃。他們沒有物證，就誣說原信已經被張憲燒燬了。
萬俟-反覆拷問岳飛等三人，岳飛受盡酷刑，什麼都不承認。有一天，萬俟-又逼岳飛寫供詞，岳飛在紙上只寫下八個大字：「天日昭昭，天日昭昭。」
這個案件拖了兩個月，審訊毫無結果。朝廷官員都知道岳飛冤枉，有些官員大膽上奏章替岳飛申冤，結果也遭到秦檜陷害。
老將韓世忠忍不住親自去找秦檜，責問他憑什麼說岳飛謀反，到底有什麼證據。秦檜蠻橫地說：「岳飛給張憲的信，雖然沒有證據，但是這件事莫須有（就是『也許有』的意思）。」
韓世忠氣憤地說：「『莫須有』三個字，怎能叫天下人心服！」
韓世忠反覆力爭，沒有結果，就自己上奏章把樞密使職務辭了。
有一天，秦檜上朝回家，跟他妻子王氏在東窗下一起喝酒。秦檜手裡拿著一隻柑子，心神不定地用手指甲在柑子皮上亂劃。王氏是個比秦檜還狠毒的人，她看出秦檜對要不要馬上殺岳飛，還在猶豫，冷笑著說：「你這老頭兒，好沒有決斷，要知道縛虎容易放虎難啊！」
秦檜聽了王氏的話，狠了狠心，馬上親手寫了一個紙條，秘密派人送到監獄。公元１１４２年一月的一個夜裡，這位年僅三十九歲的民族英雄在牢裡被害犧牲。岳雲、張憲同時被害。
岳飛被害以後，臨安獄卒隗順偷偷地把他的遺骨埋葬起來。直到宋高宗死後，岳飛的冤獄得到平反昭雪，人們把岳飛的遺骨改葬在西湖邊棲霞嶺上，後來又在岳墓的東面修建了岳廟。現在，在莊嚴雄偉的岳廟大殿裡，端坐著全身戎裝的岳飛塑像，塑像上方懸掛的匾額上，刻著岳飛親筆寫的「還我河山」四個大字，使人肅然起敬。在岳飛墓門對面，還放著用生鐵澆鑄的秦檜、王氏、萬俟-和張俊四個反剪雙手的跪像，反映了人民對民族英雄的景仰和對賣國賊的憎恨。