秦王政兼併了六國，結束了戰國割據的局面，統一了中國。他覺得自己的功績比古代傳說中的三皇五帝還要大，不能再用「王」的稱號，應該用一個更加尊貴的稱號才配得上他的功績，就決定採用了「皇帝」的稱號。他是中國第一個皇帝，就自稱是始皇帝。他還規定：子孫接替他皇位的按照次序排列，第二代叫二世皇帝，第三代叫三世皇帝，這樣一代一代傳下去，一直傳到千世萬世。
全國統一了，該怎樣來治理這樣大的國家呢？
在一次朝會上，丞相王綰（音ｗāｎ）等對秦始皇說：「現在諸侯剛剛消滅，特別是燕、楚、齊三國離咸陽很遠，不在那裡封幾個王不行，請皇上把幾位皇子封到那裡去。」
秦始皇要大臣議論一下，許多大臣都贊成王綰的意見，只有李斯反對。他說：「周武王建立周朝的時候，封了不少諸侯。到後來，像冤家一樣互相殘殺，周天子也沒法禁止。可見分封的辦法不好，不如在全國設立郡縣。」
李斯的意見正合秦始皇的心意。他決定廢除分封的辦法，改用郡縣制，把全國分為三十六個郡，郡下面再分縣。
郡的長官都由朝廷直接任命。國家的政事，不論大小，都由皇帝決定。據說秦始皇每天看下面送來的奏章，要看一百二十一斤（那時的奏章都是刻在竹簡上的），不看完不休息。可見他的權力是多麼集中了。
在秦始皇統一中原之前，列國向來是沒有統一的制度的，就拿交通來說，各地的車輛大小就不一樣，因此車道也有寬有窄。國家統一了，車輛要在不同的車道上行走，多不方便。從那時候起，規定車輛上兩個輪子的距離一律改為六尺，使車輪的軌道相同。這樣，全國各地車輛往來就方便了。這叫做「車同軌」。
在秦始皇統一中原之前，列國的文字也很不統一。就是一樣的文字，也有好幾種寫法。從那時候起，採用了比較方便的書法，規定了統一的文字。這樣，各地的文化交流也方便多了。這叫做「書同文」。
各地交通便利，商業也發達起來，但是原來列國的尺寸、升斗、斤兩的標準全不一樣。從那時候起，又規定了全國用統一的度、量、衡制。這樣，各地的買賣交換也沒有困難了。
秦始皇正在從事國內的改革，沒想到北方的匈奴打了進來。匈奴本來是我國北部一個古老的少數民族。戰國後期，匈奴貴族趁北方的燕國、趙國衰落，一步步向南侵犯，把黃河河套一帶大片土地奪了過去。秦始皇統一中原以後，就派大將蒙恬（音ｔｉaｎ）帶領三十萬大軍去抵抗，把河套一帶地區都收了回來，設置了四十四個縣。
為了防禦匈奴的侵犯，秦始皇又徵用民-，把原來燕、趙、秦三國北方的城牆連接起來，又新造了不少城牆。這樣從西面的臨洮（今甘肅岷縣）到東面的遼東（今遼寧遼陽西北），連成一條萬里長城。這座舉世聞名的古建築，一直成為我們中華民族古老悠久文明的象徵。
後來，秦始皇又派出大軍五十萬人，平定南方，添設了三個郡；第二年，蒙恬打敗了匈奴，又添了一個郡。這樣，全國總共有四十個郡。
公元前２１３年，秦始皇因為開闢了國土，在咸陽宮裡舉行了一個慶祝宴會，許多大臣都讚頌秦始皇統一國家的功績。博士淳於越卻重新提出分封制度不能廢除，他認為不按照古代的規矩辦事是行不通的。
這時候，李斯已經做了丞相。秦始皇要聽聽他的意見。
李斯說：「現在天下已經安定，法令統一。但是有一批讀書人不學現在，卻去學古代，對國家大事亂髮議論，在百姓中製造混亂。如果不加禁止，會影響朝廷的威信。」
秦始皇採用了李斯的主張，立刻下了一道命令：除了醫藥、種樹等書籍以外，凡是有私藏《詩》、《書》、百家言論的書籍，一概交出來燒掉；誰要是再私下談論這類書，辦死罪；
誰要是拿古代的制度來批評現在，滿門抄斬。
第二年，有兩個方士（一種用求神仙、煉仙丹騙錢的人）叫做盧生、侯生，在背後議論秦始皇的不是。秦始皇得知這個情況，派人去抓他們，他們早已逃跑了。
秦始皇大為惱火，再一查，又發現咸陽有一些儒生也一起議論過他。秦始皇把那些儒生抓來審問。儒生經不起拷打，又東拉西扯地供出一大批人來。秦始皇下令，把那些犯禁嚴重的四百六十多個儒生都埋了，其餘犯禁的就流放到邊境去。
這就是歷史上所說的「焚書坑儒」事件。
秦始皇正在火頭上，大臣們誰也不敢勸他。他的大兒子扶蘇認為這樣處置儒生太嚴厲，勸諫他不要這樣做。這一來，觸怒了秦始皇，命令扶蘇離開咸陽，到北方去和蒙恬一起守邊疆。