尉遲恭一路勢如破竹，打得唐軍無還手之力。李淵此時已經派能征慣戰的天策上將李世民與天策府一干猛將前往鎮壓其他的農民起義軍隊。所以只有李建成、李元吉及李孝恭、李仁公、李道宗與李密可調出與劉武周大軍決戰。李元吉顯然已經慘敗於劉武周之手。所以抵擋劉武周的重任落在了太子李建成身上。
李建成遂帶領太子府的兵馬前往前線，並向李密借走王伯當作為自己的副將。
王伯當與尉遲恭連番惡戰五場。憑王伯當武功尚還不能與尉遲恭正面交鋒。但王伯當亦算有些智謀，並借助自己的神箭竟然打退尉遲恭五次進攻。雙方也處於對峙狀態。
李建成見尉遲恭英雄了得，有心想將尉遲恭據為己用，雖想出如何置尉遲恭大軍死地之策，無奈欲留尉遲恭一命，故數次手下留情。在其後的幾場拉鋸戰之中，唐軍與劉武周大軍互有損傷。
李淵得知李建成在前線優柔寡斷，決定將李建成撤回，改派李孝恭率軍前去挑戰尉遲恭。自李建成撤出前線後，李孝恭數次與尉遲恭作戰，竟然都遭到失敗，隨即又損失城池六座。
李淵在長安聽到敗報，怒道：「難道除了李世民外，再無能統兵掃清環宇的人物了嗎？」
李淳風與袁天罡都向李淵提議將李世民召回，以解燃眉之急。李淵無奈之下，唯有讓李世民撤軍回來，然後開赴與劉武周對峙的前線。
李世民利用羅成武功的優勢，竟然將尉遲恭擊敗。與此同時，劉武周後方居然受到突厥侵擾。最終，劉武周被突厥人所殺。宋金剛則在亂軍之中被馬蹄踏中而亡。劉耽美因為仰慕尉遲恭已久，在與尉遲恭結為伉儷後，與尉遲恭撤出唐軍勢力範圍，繼續前往樂壽逃亡。
李世民一心要得到這位蓋世英雄，竟不顧自己皇子身份，幾次紆尊降貴求尉遲恭留下來。尉遲恭因為李元吉的緣故，始終不肯降唐。李世民迫於無奈，竟然遣人擄走已懷有身孕的劉耽美。借劉耽美這個人質逼尉遲恭投降大唐。
尉遲恭無奈之下向大唐投誠。在李世民將愛妻還給自己之時，終於懇請李淵將自己編入到天策府戰將之中。但這位大大咧咧的漢子卻因為初來乍到，屢屢被瓦崗英雄欺負。一怒之下，尉遲恭向李世民投上一封辭呈，帶著愛妻與愛子一起準備隱居山中。
李世民看到尉遲恭遞上來的辭呈，急忙催馬前去尋找。功夫不負有心人，李世民終於在一座深山找尋到尉遲恭一家下落，並向尉遲恭表示道：「李某不才，他日若能成就大統，遂英雄心願將元吉這不肖兄弟交由英雄發落。還有，英雄但有被人排擠之事，在下必定治其人之罪。」
尉遲恭見李世民愛才如此，遂跪下道：「願為秦王效死力。」
尉遲恭重新回到天策府，李世民向各位英雄道：「大家並非生死之敵，何故同室操戈。但有無中生有，影響團結者，這將是下場。」說完，揮劍將身前案幾裂為兩半。
瓦崗諸將見此情形，無人再敢故意生事欺負尉遲恭了。
李世民的尉遲恭相助，更加如虎添翼，竟然連滅數股農民義軍。
竇建德見李唐如此囂張，遂命王白石為帥，劉黑闥為副帥，統兵十萬向李唐挑戰。
石青璇作為主帥的女朋友竟然身先士卒衝入敵陣。
李世民在軍前看到石青璇如此美貌，甚為動心，竟然飛馬出陣，與石青璇單挑起來。
李世民的金瓚定唐刀與石青璇的玉笛連番相擊。此時的李世民已經深得紫陽神功奧妙，內力頗為深厚，竟能與石青璇打上平手。
王白石有意提早結束戰鬥，故飛身加入戰陣。李世民一人難敵雙拳，催馬回到陣內。
劉黑闥見李世民撤回本陣，遂命大夏軍一擁而上。
一場惡戰再所難免。李唐軍損失慘重。
竇建德竟然一舉得到數城。但因為戰事的原因，竇建德看到沿路因為戰禍而慘遭不幸的百姓生活困苦，竟然命大軍停下來，並設法幫助百姓開墾農荒。如此婦人之仁不但沒有引起諸將反感，反倒讓飽受戰禍的亂民感動，紛紛加入大夏軍。但也因此錯失一舉殲滅李唐的大好機會。
李唐此時不得已請求突厥幫助，竟然令突厥鐵騎十萬縱橫於黃河岸邊。竇建德因為準備不足，導致大戰失利，竟然將辛苦得來的數座城池丟失。
突厥幫了李唐大忙，竟然獅子大開口要李唐割讓城池作為謝禮。李淵考慮到民族大義，未曾答應，致使與突厥建立起來的關係完全瓦解。阿史那燕，佶利等戰將連同突厥十萬鐵騎都被始畢可汗召回。
李淵知道，若與竇建德決戰，此時還非絕佳時機，故將矛頭轉向其他農民義軍。而竇建德因為與李唐之戰而損失不少兵馬，採取休養生息之策，暫不向唐軍挑戰。其兵馬竟然這幾年間蓄積到百萬之眾。
李唐大軍在這短短三年之間相繼滅掉數股義軍。連江淮軍杜伏威、輔公祏都投降李唐。
杜伏威與輔公祏早在幾年前已經開始相互猜忌起來。所以，輔公祏在與杜伏威一起投降李唐後，不斷設毒計陷害杜伏威。李世民亦知杜伏威聲名顯赫，日後必定威脅到大唐的統治，所以與輔公祏一起設計將杜伏威毒殺。
輔公祏出賣了昔日的戰友，李世民又怎麼會放過他，利用一個巧妙的機會讓輔公祏偕同王溥鎮壓徐圓郎。並讓宇文士及作為監軍。在輔公祏作為先鋒打擊徐圓郎一戰之中，不幸中了徐圓郎埋伏。宇文士及得李世民密令，按兵不動，並牽制王溥不許行動。致使輔公祏全軍覆沒，同時自己亦苦戰身死。
徐圓郎一除，剩下的反王也就剩下王世充與竇建德了。
李世民猶恐王溥日後造反，向李淵建議罷免王溥官職。可憐的王溥被罷免官職後，因為想不通而生了一場大病，在回山東長白的路上，遭到一夥土匪的襲擊。身患大病，難以力敵數倍於自己的土匪，最終被亂刀砍死。
杜伏威義子與杜伏威愛妻兩人巧經此地，見大名鼎鼎的王溥被殺，忙將這伙土匪打退。欲將這位英雄就地掩埋，卻發現王溥身上插著的一枝竹箭暗藏玄機。