1938年6月，中國軍隊為阻止日本侵略者的大舉進攻，決開河南境內趙口和花園口黃河大堤，以水代兵，以河制敵，一定程度上實現了阻截敵人西進南下的目的，同時也給豫、皖、蘇人民帶來了新的災難。出於種種考慮，花園口事件在當時並沒有來自官方的權威說法，一時顯得虛實難辨。就相對意義而言，花園口事件真相暴露的過程是這樣的：決堤放水成功的時候，國民黨政府立足抗戰，統一對外宣傳口徑，指稱是日軍飛機轟炸所致；民間媒體不時發出一些異樣聲音，國民黨政府也未予追究；離開大陸去台灣後，國民黨政府亦一直堅持初衷，不改其口；20世紀60年代，部分當事人或親歷者的回憶資料陸續面世，國民黨政府的軍事檔案也開始整理並公開使用，箇中秘密漸為人知。但是，時移世異，原始檔案和回憶性資料以及其它各種載體的資料之間的分歧越來越突出，更增加了真相大白的難度。因此，迄今為止，花園口事件的所謂真相依然沒有做到完全、徹底和絕對真實。
在抵抗來勢兇猛的日本侵略者時，處於弱勢地位的中國軍隊不得不變更策略，借助自然力量，以水代兵，決開黃河大堤阻攔之。儘管如此，花園口決堤畢竟是一個異乎尋常的軍事舉動，在阻止敵人的同時，不可避免地要殃及無辜民眾。因此，從保持和鼓舞士氣民心出發，從維護政府形象與威信出發，決堤的決策和執行都是在極其秘密的情況下進行的。
1938年6月3日開始在中牟趙口作業時，擔任決堤任務的第三十九軍提前在堤岸內側，構築了必要的掩蔽部和交通壕，設置了偽裝被覆等，並告誡士兵遇敵空襲或探照時要肅靜沉著。6月8日新八師在花園口實施決堤時，師部專門派出一個團的兵力在周圍警戒，對附近居民則謊稱日軍將至，將他們疏散出去。對於參加決堤作業的下層官兵，也宣稱決開黃河是為了水淹日軍、乘勢殲之。
6月9日上午，花園口挖開後，因水流不大，新八師又用平射炮轟炸，終於決堤成功，洪水傾瀉而出。新八師師長蔣在珍按照上級原定宣傳策略，從決堤現場將事先擬定好的電報文稿發往武漢，稱連日來中日兩國軍隊在豫東激戰，日軍派飛機對我陣地進行狂轟濫炸，致使黃河大堤被毀決。當日晚，第一戰區司令長官程潛致電國民政府軍事委員會委員長蔣介石，匯報決堤業已放水的情況，同時特別指出：「此間已擬定對外宣傳，電文大意為敵佔據開封後繼續西犯，連日在中牟附近血戰。因我軍誓死抵抗，且陣地堅固，敵終未得逞，遂在中牟以北將黃河南岸大堤決口，以圖沖毀我陣地，淹斃我大軍。」
11日，蔣介石覆電程潛，就對外宣傳問題指示如下：「1、向民眾宣傳敵飛機炸毀黃河堤。2、詳察氾濫景況，並改善我之部署及防線。3、第一線各部須與民界合作築堤，導水向東南流入淮河，以確保平漢線交通。」根據這一口徑，11日上午九時，國民黨中央通訊社從鄭州發出第一條電訊，首次報道黃河大堤決口情形，稱：「敵軍於九日猛攻中牟附近我軍陣地時，因我軍左翼依據黃河堅強抵抗，敵遂不斷以飛機大炮猛烈轟炸，將該處黃河堤壩轟毀一段，致成決口，水勢氾濫。」
12日，中央社又電稱日機轟炸趙口，擴大氾濫：「敵機三十餘架，十二日晨飛黃河南岸趙口一帶大肆轟炸，炸毀村莊數座，死傷難民無數，更在黃河決口處擴大轟炸，致水勢猛漲。又，敵將豫北之衛河、廣濟河、莽河相繼決口，氾濫之廣，前所未有，各縣城東十餘村莊，悉被河水淹沒。」
在中央社的引導下，國內各大報章如《申報》、《大公報》、《新華日報》等紛紛譴責日軍炸毀黃河大堤致黃河決口氾濫的暴行。
13日，國民政府在漢口舉行中外記者招待會，軍事委員會政治部部長陳誠對此予以譴責：「狂暴軍部竟以人力來幫助黃河為害，以淹沒我前線士兵和戰區的居民。這慘無人道的行為，真可算達到了登峰造極的地步。」同時對日軍方面的反駁予以回敬：「慣做欺騙宣傳的日寇還不知懺悔，竟把決河毀堤的罪行嫁禍到我們身上。」至此，全世界更加堅信了日本在侵略中國的過程中，公然炸毀了黃河大堤。
河南境內黃河南岸大堤被毀決一事，儘管採取了嚴格的保密措施，還是有人從某種途徑獲得了一些信息，並且在國民黨的中央社向社會發佈這一消息前，率先報道了出來，甚至幾乎與決堤行動同步。
1938年6月8日，《申報》（香港版）在第二版以「我軍改守新防線，在牟東展開激戰，豫黃河氾濫於我有利」為題，率先爆出黃河決堤的消息，「（漢口7日電）……日軍第三路為第十四師團，西進已抵開封。華方前線報告，業已證實黃河在開封附近決口，其原因乃過去幾日大雨之故。河南西北部與山東西部方圓（數）百里內，皆為水淹，或使日軍機械化部隊施展困難。魯豫境內黃河兩岸之鄉村農民，因戰爭之故，皆早已離去，故死傷不至眾多（路透社）」。在這裡，雖然地點上有誤，如把決堤之後可能被水淹沒的河南東南部說成是西北部，還誤測「魯豫境內黃河兩岸之鄉村農民，因戰爭之故，皆早已離去」，而且也沒指出決堤是誰所為，但決堤的事實已經暴露出來———當時，中國軍隊正在緊張地挖掘大堤，趙口決堤過程中連挖三道口子均告失敗，流出的水很少，而花園口決堤已至緊要關頭。
6月9日，該報接著報道：「（上海8日電）開封失守，鄭州危在旦夕，華軍現正忙於準備保衛漢口。據聞華軍最高當局，擬在郾城及信陽附近，與日軍決戰。該區據聞築有強固防禦工事。在該戰爭中，中國將初次調用在過去十個月中在後方加緊訓練之新軍。同時華軍亦將使用至今只用過幾次之新式武器。以現時情形觀察，除非華軍決心破壞黃河堤壩，水淹廣大平原，否則日軍攻取鄭州後，必能迅猛向前推進。因豫省地帶為全中國最有利於日軍施展機械化部隊的，在數十里內途中，並無山谷河流，阻止坦克車、鐵甲車及其它摩托化戰爭利器之進展。（路透社）」這種語氣透露出來的似乎已經不是一種單純的假設，更像是已經知道了決堤的某些信息。事實是這天上午九時，花園口決堤已經放出了水。
6月10日，該報繼續報道：「（漢口9日電）……（二）據非官方報告稱，開封至洛陽一帶之黃河堤，其貼近鐵路者，將由華軍決堤淹沒，使河南平原，盡成澤國。」至此，似乎已經不需要進一步開門見山和指名道姓。面對連續三天的追蹤報道和持續推測，稍微關注時事的讀者，即已能夠從中窺知黃河決堤的基本情形。
6月16日，瀋陽的《盛京時報》以《決潰黃河堤防為黨軍計劃的行為》為題，直言黃河決堤不是日軍而恰恰就是中國軍隊所為。
6月17日，巴黎哈瓦斯社報道了法國急進社會黨機關報《共和報》對黃河決堤的評論：「法國國王路易十四侵入荷蘭國時，荷國曾以決堤為自衛之計，其國人雖患水災於一時，其領土幸賴以保全。1812年冬季，拿破侖一世攻俄時，俄國亦以堅壁清野之法阻止法軍前進，並將莫斯科付之一炬，卒致拿破侖一世所統大軍，為之敗績。似此，某一民族受人攻擊，而有滅亡或淪為奴隸之虞，輒利用水患與冬季凜烈氣候以禦敵，其事又安足怪異？時至此際，中國業已準備放出大龍兩條，即黃河與長江，以制日軍死命，縱使以中國人十人性命，換取日本人一人性命，亦未始非計，此蓋中國抗戰決心之表現也。」
在整個抗日戰爭期間和接下來的國內戰爭時期，國民黨政府對花園口決堤的事實一直堅持最初的日機轟炸說，從未作過任何更改。即使面對民間媒體的不同報道和社會上有關這一事件的各種各樣的說辭，甚至中國軍隊主動決堤已經成為「公開的秘密」的情況下，也沒有進行澄清以正視聽
隨著時間的推移，戰爭逐漸遠離，日機轟炸說逐漸鬆動。1962年台灣國民黨國防部史政編譯局編著出版的《抗日戰史》第12冊，將花園口事件作為戰略上的「重大成就」之一加以評價：「6月7日夜（所記時間是錯誤的———引者註），先後於趙口、花園口河堤，放水成功，至11日，適大雨滂沱，益助其勢，水流急湍，如萬馬奔騰，隴海路附近盡成澤國。12日，向南注入賈魯河，致中牟、尉氏、扶溝及其以南，均成氾濫……於是，我軍憑汛區障礙，北連黃河天然地障，與敵對峙達六年之久。而通往武漢之最佳接近路線———平漢路，在隨後之武漢會戰中，未為敵所用，反而須繞崎嶇難行、道路稀少之大別山區……換得最珍貴之五個月時間……對穩定戰局，挽救國家危亡，確具有至高之貢獻。」但是，該書並沒有指明決堤是否為中國所為。
最早改變日機轟炸既定說法的，是抗戰期間曾任國民黨中宣部副部長的董顯光。晚年，董顯光寓居美國，閉門著作。他在1967年出版的《蔣總統傳》中寫道：「日軍進攻鄭州……中國方面對於日軍之前進，早有驚人之準備，我方將鄭州的黃河堤炸毀，以滔滔之水對抗侵略之敵，數千日軍為水所截，遭淹死。」書中還評論道：「縱然不能拯救漢口的命運，但已延緩其被佔領之時日達三個月以上。」
1973年，台灣著名歷史學家吳相湘在《第二次中日戰爭史》中，公開記述決堤是中國軍隊為阻止日軍西進而實施的斷然措施，並稱：「黃河洪水氾濫，豫皖蘇的若干地區不免遭受水災，這種犧牲爭取到了將近半年的保衛武漢的時間。」以後出版的《蔣總統秘錄》亦如是記載：「6月上旬，日軍主力攻陷開封，8日進犯中牟、尉氏。此時，中國軍隊準備了一個秘密策略，就是掘開黃河堤防，以人工洪水阻遏日軍進攻。」
年主持決堤的第二十集團軍參謀長魏汝霖，是花園口事件裡的一個重要人物。他曾在決堤的次年即1939年3月，寫有個人日記，詳細記載了決堤的過程。該日記現存南京中國第二歷史檔案館，與時任新八師司令部參謀的熊先煜的《花園口掘堤日記》齊名，是現存有關花園口事件的兩大真實歷史記錄之一，而且還因其距事發時間最短而被廣泛引為信史。但是，魏汝霖到台灣後一直緘口不言。隨著《蔣總統傳》等有關抗日戰爭歷史論著的面世，他才於1972年在《中原文獻》第3期發表《抗戰期間黃河決堤紀實》，開始講述當年的事情。