一．勘合貿易（前期）
明日兩國一衣帶水，往來以船。日本幕府對明貿易所用之船稱遣明船，因為貿易是採取進貢形式，又叫做進貢貿易，特別是日船入港需要持有明政府發給的勘合作為護照，所又叫做勘合貿易，而船則叫做勘合貿易船。
勘合貿易所載貨物大致為以下幾類：
（一）以幕府將軍亦即日本國王的名義，向明政府的進貢物，這是兩國官方貿易商品：
（二）附載物：其中分將軍附載物、各大武士、守護大名、大寺院等附載物、商人和水手附載物。附載物的一部分，如將軍、各大武士、守護大名、大寺院等的商品，以及大商人中的一部分商品和進貢商品一道運到北京貿易。其餘商品在寧波市場或杭州市場出售，有時也在去北京的途中貿易。
勘合貿易船的組織形式與以前天龍寺船無本質上的區別，但其組織者不同。按組織者的變化情況，勘合貿易船可分為二期。第一期主要是義滿、義教將軍時期，組織者主要是幕府將軍，其他大武士、守護大名和商人，都按幕府的要求組織起來，由幕府任命的貿易正使率領，赴明貿易。第二期的組織者發生變化，將軍的控制能力與財禮逐漸減弱，幕府將軍只能作為夥伴的身份出現。到第二期的中、末期，幕府連夥伴的身份也沒有了，只是由各地大名名義上捎帶將軍的進貢品和附載物，回國時，帶運明朝政府的贈品和將軍的附載物。
船隻是組織者在組織勘合貿易時的第一件大事。在前述的第一期時，大體由組織者籌款現造。第二期以後，在對外貿易迅速發展的基礎上，各大武士大商人，尤其是西部的，都備有現成的遠洋航船，因而出現了租賃船。
經常往來於明日間的大船有：
豐前門司的和泉丸，載重二千五百斛（計量單位，古代為十斗一斛，南宋後改為五斗）；寺丸，載重一千八百；宮丸，載重一千二百斛；周防富田的彌增丸，載重一千斛；上關的藥師丸，載重五百斛；深溝的熊野丸，載重六百斛等等。
這些屬於西部門司、富田、上關、深溝等港口船主的船，平時在國內租給各大武士守護大名，運送貨物乃賦糧。在組織勘合貿易時，組織者與船主協商，出家租憑。
據日本永享四年（公元1432年）寺院十三家聯合租賃八幡丸時，在合股經營的協議書上標明：租憑費三百貫文、船舶及用具修理費三百貫文（出國前和回國後的修繕費）、原船舶頭（船長）、協船頭（大副）、知庫、重付、柁工、水手——統稱船方，在租賃期間的生活費及工資，由租憑者付給。船方大體上約四十人，每人工資十貫文計四百貫。此外，全船人員的食用糧米、水、菜、醫藥以及其他雜用，共需五百貫。以上各項合計需費一千五百貫，組織者必須事先籌措這筆經費，才能組成一條勘合貿易船。當然，這筆經費還要視船的大小而增減。
組織者籌措這筆經費主要來自兩個方面，其一，搾取自本領地的農民，其二，索取自參加勘合貿易的商人。例如，日本明應八年（公元1499年）組織者規定：乘船商人每人交乘賃費二貫文，帶一馱，貨物交十二貫文，帶十馱以上者可免交乘賃費，同時可再帶船員一名，帶二十馱者可帶二名。這些收入用於賃船、修船、採購赴明貨物以及為申請勘合而贈送的禮品等。
除此之外，乘船商人自明貿易歸來之後，組織者還要按其所得值十抽一，徵收抽粉錢。因此，商人及其所帶貨物的多寡，就成為組織者極為關心的事情了。往往在組織勘合貿易船時，組織者到博多等處招攬商人參加。這樣商人逐漸地就成為了勘合貿易的核心，組織者為適應這樣的狀況，就隨之逐漸改變了經營方式，由原來的抽分制演變為承包制。原來意義上的組織者在取得勘合後，不再親自去進行上述各方面的組織工作，而是將勘合以一定的金額承包給大商人，主要是界町的大商人們。例如文明十五年（公元1483年）幕府的二條勘合貿易船就以每條四千貫文的價格承包給界的商人。這等於是商人們事先預付了十一的抽分稅，以後的虧賺就與組織者無關了。這種承包制在細川氏的勢力範圍內較為流行，在大內的勢力範圍內，仍然是以徵收抽分稅為主。
其次，勘合貿易船的乘員結構，大致上分為下列三個部分。
官方人員：正使、副使、綱司、居座、士官、從僧、通事、總船頭，分乘各號船，平均每船約為六、七人，而正使所在的一號船約為十五人。這些人由幕府、大武士、大寺院等派出，而充任正使者，幾乎都是京都五山各大寺的名僧。正使由將軍任命，持國書、別幅、貢物明細單，乘一號船。至明後，統率全體成員作為日本國王（將軍）的代表，在奉天殿陛見明帝，呈表文，進貢品，參與商品的議價、組織貿易以及與明政府交涉等活動。正使以下管理准許攜帶僕人一到十人。一號船官吏多，僕人多，大體在六十人左右，二、三號船將減少半數。此外都是招攬來的商人，約在三十到五十人左右，其餘均為「船方」。這樣每條船平均在百人上下，一號船通常為大船，可乘坐一百八十到二百人。
居座（僧人）和士官（俗人）是勘合貿易船的實際管理者。按規定每船二人，但他們大多是大武士的代表或家臣，該船合股的大武士多，這類官吏就多。多於規定名額的叫做「外官」。這些人可以招攬商人並從商人的交易額中提取分成。
從僧，是跟隨正使的僧人，但不是僕從關係，他們大多代表正使辦理事務，類似秘書的職務，有時與正使為師生關係。因此地位較高。成化十九年（公元1483年）正使子朔周韋圓寂後，就是其弟子從僧圭莆周章代理正使歸國。
通事，各船二名，大多為加入日本籍的漢族人，他們由幕府支給薪俸，充作翻譯。例如曲祥，原為明永平人，十四歲其父為金山百戶，後被倭寇掠去日本，出賣為奴。偶因機遇被義滿將軍召去當翻譯，更名元貴，取妻生子。宣德年間隨勘合貿易船來明，上表陳情，回金山探母。宣宗曾手諭義滿，令善視之。後又入明，得宣宗詔許，歸里養母。
客商和從商人。客商又叫客人眾。他們是勘合貿易的組織者、官吏招攬來參加勘合貿易的商人，在勘合中記載他們的人數和貨物，具有正式貿易團員的身份。他們每人可以招攬二名商人，叫從商人。從商人的貨物算在客商股份內，給客商以十一抽分。從商人教多，一些關原的僕從可以由從商人充當，船頭可以招攬從商人或以從商人擔任船方各種職務。從商人和客商越多，則該船關原和回國後徵收的十一稅就越多。從這一結構可以瞭解勘合貿易的實際內容。
最後，是勘合貿易中進貢貨物的籌措。向明帝進貢的貨物，最初大部分是從將軍府庫藏中撥出，一部分特產如硫磺、銅等，由擁有該特產的大武士守護大名等提供，而且大體上是無償提供。後來將軍經濟勢力削弱籌措不出，便由各大武士提供。如應仁二年（公元1468年）的進貢中，土歧氏提供鎧一領，三寶院提供三對屏風，斯波、細川、山名等各提供馬一匹。瑪瑙由五山各寺提供十二快，加賀守護提供五塊。硫磺由大友氏和島津共提供四萬斤，一萬斤為貢品，三萬斤為給價貿易品。這些貨物都裝在一號船內。後期，幕府無力經營勘合貿易船時，那一家經營一號船，他就要負責經營進貢品。將軍的附載品給價貿易品也大體上如上所述。但後期將軍無權時，有的大名就不願意提供了。
凡例：景泰四年東洋允澎貿易團
勘合貿易獲利巨大，因而將軍、各大武士、社寺僧人、博多、界各地商人，都把這種貿易視作發財的大好機會，想方設法地加入貿易團。所以，勘合貿易團的成員人數越來越龐大，景泰四年(公元1453年)由東洋允澎率領的勘合貿易團是最大的一次。船十隻，人數近一千二百餘人，所攜帶的貨物數量也是空前的。其貨物數量為硫磺三十六萬四千四百斤、蘇木一十萬六千斤、生紅銅一十五萬二千斤、長刀四百一十七把、刀九千四百八十三把；其餘紙扇、箱盒等物數量較以前增加數十倍。明政府官吏很清楚，數量之所以驟增，是因為「舊日獲利而去，故今倍利而來。」貨物數量如此增加，如按往年舊例給價，則只附載商品中大宗貨物的價格已達六十一萬五千餘貫。除去折絹、布款額外，給銅錢部分的款額為二十一萬七千七百餘貫。如果再加上回賜部分的價格，以及寧波、北京各市場交易的價格，則此次勘合貿易所帶走的銅錢額，將是非常巨大的。所以，禮部奏明景宗予以大幅度地削價。削價後的給價仍高於日本市場價格：
蘇木，每斤銀七分，即銅錢七十文，合七千四百二十貫。
銅，每斤銀六分，合銅錢六十文，九千一百二十貫。
硫磺，每斤銀五分，合銅錢五十文，一萬八千二百二十貫。
刀劍，每把鈔六貫，計五萬九千四百貫。
加上其餘貨物款額合計鈔、銅錢為九萬五千九百九十八貫。其中銅錢佔半數強，為五萬一百一十八貫；折絹二百二十九匹，抵鈔二萬二千九百三十貫；折布四百五十九匹，抵鈔二萬二千九百五十貫。
儘管明政府所給的價格高於日本市場，但日使團嫌低於以往價格，由正使東洋允澎出面力爭，甚至說如果不按宣德八年例給價，回國後將受國王的誅戮，表示不如所請便不歸國。明政府在東洋允澎的強硬力爭之下，又增給銅錢一萬貫，絹五百匹，抵鈔五萬貫，布一千匹，抵鈔五萬貫。
二．私商貿易（後期）
明日間的私商貿易是從元末延續下來的，明初雖然一再頒布禁海令，但明日問私商貿易一直在秘密進行。規勸義滿將軍與明建立外交貿易關係的肥富，就是在私商貿易中獲取巨大利潤的博多商人。不過，這種私商貿易的規模不大，人數也不多。在明日建立外交貿易關係後，私商貿易依然沒有中止，在明史籍中一再出現無國書、勘合的日本進貢船不准進港的記載，就是最確鑿的證明。由於兩國間存在著官方貿易關係，所以私商貿易的規模也無大發展。嘉靖時代後期，明日雙方勘合貿易停止後，私商貿易驟然增加。
嘉靖二十三年(公元1544年)日本種子島商人駕船二隻、一百五十八人，在僧人壽光的率領下，至寧波要求貿易。明以不到貢期且無國書不准入港，壽光便率船駛向定海外海雙嶼島。這時雙嶼島的情況是：
「雙嶼貨蜜，而日本貢使適至。海商遂販貨以隨售，情倭以自防，官司禁之弗得。而西洋舶原回私渙，東洋舶遍佈海洋。而向之商舶悉變而為寇舶矣。」（《皇明世宗實錄》，嘉靖23年8月、24年4月條。）
雙嶼島已成為明私商與南洋各地、日本以及葡萄牙等商人的秘密貿易中心。壽光船駛進雙嶼，明商船立即尾隨而來與之貿易。明沿海防倭哨所未曾認真禁止，因而巡按浙江都御史高節奏請世宗治其失職之罪。嘉靖二十四年(公元1545年)肥後商人，二十五年(公元1546年)豐後商人等亦自稱進貢船，要求入港貿易。明寧波有司以同樣理由不准其入港，他們也同壽光一樣，在明沿海進行走私負易。這時，由於倭寇猖獗，日本商舶大部分有變為寇舶的行為，因此，明政府已把私商貿易看作倭寇侵掠的組成部分，取締轉厲。
為了制止日益猖撅的倭寇侵掠活動，浙江總督楊宣奏請世宗，派鄭舜功赴日進行交涉。嘉靖三十四年(公元1555年)夏，鄭舜功從廣東經大小琉球至九州的豐後，並在這裡派出從事官沈孟綱、胡福寧等去幕府交涉制止倭患問題。然而，這時日本國內戰亂頻仍，將軍早巳喪失控制全國的能力，無力制止倭寇。鄭舜功不得已回國。北九州的大武士大友義鎮為了發展對明貿易，曾派僧清授隨鄭舜功至明，表示奉明國典，制止倭寇，但要求給與助合准予貿易。明政府末准其請。不久，胡宗憲督浙，又派蔣洲赴日交涉。蔣洲於嘉靖三十六年(公元1557年)至北九州，恰值大友義鎮與大內義長間爆發戰爭，不得進京，滯留北九州近二年，無奈回國。胡宗憲據蔣洲的匯報上世宗奏疏：
「洲奉使宣偷日本，已歷二載，乃所宣喻止及豐後、山口。豐後雖有進貢使物，而實無印信勘合；山口雖有金印回文，而又非國王名稱。是洲不晴國體，罪無所追。但義長等既以進貢為名，又送還被擄人口，其有畏罪乞恩之意。宜量犒其使以禮遣回。今傳渝義鎮、義長，轉渝日本國王，將倡亂各倭立法鈴制，勻引內寇一併縛獻，始見忠款，方許請貢。」：（《皇明世宗實錄》，嘉靖38年8月甲辰。《正氣堂集》，卷9，議處日本貢夷。）
蔣洲所見，足以證明，日本國內戰亂，互不統屬，難以組成統一的勘合貿易團赴明進貢貿易。各個有勢力的大武士在倭寇活動之外，常派出各自的商船赴明貿易，而這種商船與倭寇船很難區分，因而屢被明沿海哨所當作候寇船予以追擊。嘉靖三十七年(公元1558年)大內氏曾濃僧人龍喜率船赴明貿易，改至明近海，因無國書被明巡緝哨船誤作倭寇船予以打擊，該船逃回本國。由於明日間得到許可的非官方貿易從未發展起來，因而私商秘密貿易，就成為官方貿易中斷後惟一存在的貿易形式。
在日本私商赴明貿易的同時，明商船開始赴日貿易。赴日貿易的明商主要是閩、浙一帶的海商。早在陳侃赴琉球時，其隨從自琉球就瞭解到，與日本互市可獲巨利。自是，閩人首先駕船載貨赴日貿易，其後，廣東揭陽縣大家井人郭朝卿乘船赴漳、泉販稻，因風漂至日本，發生貿易往來。總之，自嘉靖時代中期以後，明私商赴日貿易逐漸增多。日本天文十年(公元1541年)七月明船載貨及二百八十餘人至豐後神宮寺，天文十二年(公元1543年)八月明船五隻至日，天文十五年(公元1546年)明船至佐伯之浦，永祿年間明船數至日本。天正三年(公元1575年)明、船停泊四檸之浦，所載商品有虎四隻、像一只、孔雀、鸚鵡、麝香以及名人書畫、續、羅、錦繡、沉香木、猩猩皮等各種珍奇貨物，佔地面積達二十間。明商赴日常遭風漂至朝鮮，其備邊司向政府報告說：近年以來，中朝法禁解弛，故商船往來日本，絡繹不絕。
不斷赴日的明商以絹、絲換取日本的白銀，恰如日商赴明獲取銅錢。關於這種情況不僅朝鮮史料中屢有記載，而且威尼斯商人馬斯洛?西扎?夫雷德利克在其一五六三年的航海日記中也有這樣的記載：中國每年有載絹船一隻赴日，載回絹價白銀。
明商船至日的港口大體為薩摩的日向、大隅、豐後各港以及平戶等地，日本京都、界市的商人循蹤而至，從這裡販運明商品從事國內貿易。在這種貿易過程中，薩摩的紡津、築前的花塔旭(博多)津、伊勢的洞津，逐漸形成人煙輻湊的商埠地，明商船赴日本多半駛往這幾處港口。因而這些港口明人居留該地者甚多，例如在博多：
「有一街名大唐街，而有唐人(指明人)留戀於彼，生男育女者有之，昔雖唐人，今為倭也。」（李百恭、郝傑：《日本考》，卷2，商船所聚。）
這些居住於日本並成為日本人的明人，大多為閩、浙一帶的商人及其家屬。他們有的是為了經商自動移居於該地，或因在經商途中被倭寇劫持至日而居留者。
應當指出，由嘉靖中期至萬曆中期約五十年間，是倭寇為患最猖獗的時期，是明海禁執行最嚴厲時期，同時也是明日私商貿易發展時期，儘管這時明日商人走私貿易冒有極大危險。日商(指非倭寇商入)船靠近明朝沿海，一旦被發現即當作倭寇船予以打擊，明商船一旦被查獲即按通倭寇罪論處。甚至到萬曆四十年(公元1612年)杭州商人趙子明等和萬曆四十一年(公元1613年)嘉興縣陳仰川、杭州蕭府楊志學等百餘名，還以「潛通日本貿易」罪名被捕入獄。明商被緝查入獄，表明海禁政策執行得極為嚴厲，但同時說明甘冒風險進行走私貿易的商人大有人在。然而明政府嚴厲海禁沒有制止住的走私貿易，卻因豐臣秀吉於萬曆二十年(公元1592年)發動的侵略朝鮮戰爭，從而導致的明日戰爭，被迫中斷了。薩摩藩主島津義久在日本慶長十一年(公元1606年)九月致琉球國王尚寧的信中曾談到，明與日本不通商舶者近十餘年。
在這十餘年間明、日商船雖未至明、日兩國貿易，卻以南洋呂宋、馬尼刺、交趾等港口為中介地，進行轉口貿易。「我閩浙直商人，乃皆走呂宋諸國，倭所欲得於我，悉轉市之呂宋諸國矣。」（《徐文定公集》，卷8，海防迂說。）
甚至日商在呂宋購買明絲時，還發生過搶購風潮。在萬曆二十八年(公元1600年)至三十年(公元1692年)之間，明商販運大量生絲於交趾，均為至該地的日商所購去。在南洋各地港口從事轉口貿易，當然不如直接對明貿易更為有利。因而於萬曆三十一年(公元1603年)德川家康取得政權任將軍以後，便企圖恢復明日間的外交貿易關係。日本慶長十一年(公元1606年)，德川家康示意薩摩藩主島津義久，令其通過琉球國王轉達明政府。日本願意恢復通商之意。德川家康惟恐琉球國王的斡旋不利，於慶長十四年(公元1609年)又令對馬島的宗義智派使者去朝鮮，請求允許假道赴明貿易。德川幕府從南北二個方面向明政府致意，要求建立外交關係和通商。但是明政府對於德川幕府伸出建立外交關係的手並末理會，只是由於倭寇侵擾基本停止對海禁稍有解弛而已。在海禁鬆弛的情況下；萬曆三十五年(公元1607年)泉州許麗寰商船駛進坊津貿易，逗留年餘始返。在返航時，薩摩藩主島津義久曾致書許麗寰，約定明年再來。萬曆三十七年(公元1609年)七月，明商船十隻駛進鹿兒島和坊津。
日本慶長十五年(公元1610年)，明廣東商船開進長崎，長崎奉行請示幕府，頒給廣東商船一張朱印狀，其中規定，日本任何郡縣島嶼的商人都可任意交易，如有日人不逞之徒枉行不義，將處以斬刑。稍晚些，明應天府商人周性如至五島，十二月晉見德川家康，幕府又頒發給予保護貿易的朱印狀。同時德川家康還命作書托周性如帶給福建巡撫陳子貞，再次表示願意建立外交關係，繼續進行勘合貿易，如果同意當派專使赴明重修舊好。但是，周性如系走私商人，不敢呈交德川幕府的信件，因而福建總督對德川家康的表示無任何反應。慶長十八年(公元1613年)，德川家康再命作書托琉球王轉交明政府，要求恢復勘合貿易。信中提出三種貿易方式：其一、准許日商船至明貿易，其二、明、日商船至琉球互相交易，其三、兩國政府互派使船進行勘合貿易。最後，信中針對以往幾次通信都無回答，這次發出威脅語說：「如果三種方式都不准許，則將命日本西部九因數萬軍卒進寇大明國。和以往幾次信件一樣，明政府並末按到此信，因而也無反應。但是，這時明海禁政策不但鬆弛，而且政府內部出現撤銷海禁之議，私商出海赴日貿易者日益增多。萬曆三十八年(公元1610年)福建巡撫陳子貞指出：
「奸民以販日本之利倍於呂宋，簧絛所在之官司，擅給引票，任意開洋。高桅巨舶，絡繹倭國。」（《皇明神宗實錄》，卷476，萬曆38年。）
這樣，由於日本德川幕府准許明商至日貿易，由於明政府海禁放鬆，並且與官方有親屬聯繫或以金錢取得出海憑引，因而明日私商貿易事實上變成半公開性質。這種狀況解決了日本對明商品的需求，因而德川幕府不再急於要求發展明日間的官方貿易了。
這個時期，明商對日貿易獲利極大，例如：萬曆四十年(公元1612年)時，一隻福建肛日本價格值千金、鳥肛也值數百金，一部《批點通鑒節略》值四十金、《輿地記》值二十金，焰硝、鐵、金皆二十倍利，其他錦締、器物也獲數倍之利。日本那時流行鹿皮上裝與鹿皮襪，精緻的染上各種色彩的鹿皮上裝，上等者價銀七、八錢，中等者價銀四、五錢，下等者三錢，日本宮民皆愛穿用。因此明日商人則爭作鹿皮貿易，頗為獲利。在巨利的誘惑卞，明商赴日逐漸增多，日本慶長十七年(公元1612年)七月二十五日，明日商船同時進入長崎港口共有二十六隻，載生絲二十餘萬斤。以後明商船來日逐年增多，慶長十八年(公元1613年)有八隻，慶安三年(公元1650年)達到七十隻。在德川幕府初期，對西方商人如葡萄牙、西班牙商人限制在長崎貿易，而荷蘭、英國商人只准在平戶貿易，但對明商人無任何限制，船開進某一港口，都可向當地申請准許貿易。明商人到達所要去的港口後，可以訪問朋友並投宿其家，互市也較為自由，甚至一些商人肩負商品走街串巷叫賣也不禁止。但是，這種情況並不長，元和三年(公元1617年)六月開始下令，讓開到薩摩的明商船轉至長崎港，至寬永十二年(公元1635年)明商船也只能在長崎一港貿易了。
在對日貿易的明商中，比較著名的有李旦、顏思齊、鄭芝龍等人。李旦是泉州人，是這個時期的典型海外貿易商。他雖經常赴日但卻與倭寇無牽連，憑靠經濟實力與日本、荷蘭、英國等商人進行貿易競爭。鄭芝龍南安縣人，初為其舅黃程至日本經商，以後逐漸形成巨商，往來於日本、台灣、，福建之間，勢力頗大。清朝建立後，南明政權就依靠鄭芝龍及其子鄭成功的經濟力量，偏安一隅。
鄭芝龍和日本大藩的關係較深，不僅朝見過德川家康，而且在平戶娶藩士田川氏之女為妻，生子鄭成功。鄭氏父子為南明政權的存在，曾與德川幕府和各大藩有過接觸。德川幕府雖沒有正式表示支持，但沒有禁止與鄭氏有關係的日商，在群器和經濟方面給予幫助，鄭成功軍隊中有日本造洋槍隊就是證明。鄭成功的商船往來於日本和台灣、南洋各港口進行貿易，籌措資金，支持南明政權。
明日商人在相互競爭中，促進各自國家的經濟發展。前已述及，福建一些地方收買日本銅，以提煉其中所含殘銀，與此同時，又出現一些專向日本出口銅錢的製造商。
「日本惟用中國古錢，每錢一文，價銀四厘。向者福建、龍溪地方私自鑄錢市之。彼重中國之錢，不計龍溪之偽。」（鄭舜功，《日本一鑒》，載傅依凌：《明清時代商人及商業資本》，第151頁。）
造船業受明日私商貿易的影響，明、日雙方都有發展。早在嘉靖三十四、五年(公元1555—1556年)時，唐樞就曾提到，閩、廣各地為日人造船的事實；後來豐臣秀吉侵略朝鮮期間，日本私商湧向南洋，進入德川幕府時期，朱印船貿易一度頗為發展。從事安南貿易的京都商人角藏(倉)了以，看到明商船的優越，放棄本國的造船法，引進明造船技術，製造遠洋大船。這對日本造船業具有極大影響。在絲織業方面，日本的天鵝絨技術先進，產品深受國際市場歡迎。漳州的紡織業特倣傚其法：『天鵝絨本出徑國，今漳州以絨織之，置鐵線其中，織機割出，機織雲燕，殆奪天工。『