送走了科爾沁和張獻忠的使者，西安城慢慢平靜了下來，商業卻異常紅火，唐軍的交易稅每月收入達到二百萬兩，江南的稻米，小麥，食鹽，茶葉還在源源不斷的運往唐軍境內，同時陝西的牛羊也大量運往江南，還有許多淘汰的戰馬也大規模向東南販運。
各地的商人源源不斷的往返於兩地，每個人都憋足了勁，運貨，運貨，只要能把貨運到，無論是把江南的貨物運到陝西，還是把陝西的牛羊運到江南，貨物都能很快售空。
這段日子，唐軍官方物質的屯積明顯加快，不但大規模向商人收購各類物質，還親自組織商隊搶運，不過，當然不能打自己的旗號，唐軍的高層明白，只要朝庭得到了劉芳亮等人的情報，肯定會將現在雙方紅火的貿易關閉，以後這些物品就要靠走私了。
劉芳亮率二千餘唐軍由西安，渭南，出潼關之後，變得小心起來，高迎祥部攻佔鳳陽後，聲威大振，各地饑民不惜數百里，扶老攜幼來投，義軍的實力不斷增加，但鳳陽卻非是久留之地，鳳陽城中大戶也不多，和朱家有關係的早已搬到了南京，或者北京，高迎祥在鳳陽只休整了三天，轉而向西，初攻廬州（今合肥），死傷千人不克，轉攻舒城又不克。
崇禎八年正月二十三日，義軍率軍攻下巢縣。越四日，又襲取廬江。明日又兵下無為州，殺知州張化樞。二月初一，高迎祥率軍圍攻潛山，克之。殺知縣趙士彥。
二月初春，義軍連下太湖、宿松，所過太和、霍山、六安、毫州悉被攻取。高迎祥部繼攻下宿松後，又連克徐州及虞城、商丘、汝寧、真陽、新蔡，試圖打開經河南北上靠近唐軍的通道，取得唐軍的援助，遇到官軍阻擊後，又轉而南進，二月初四日，其分部攻下羅田，羅田界湖廣、江北之交。羅田一下，義軍打通了往湖廣的門戶。
但到此時，義軍的好日子也就到頭了，曹文詔代天子出征，為天下督師，賜尚方劍，令集諸路兵駐楚、豫適中之地。二月中旬，六安，汝寧等地被官軍奪回，三月初曹文詔已將義軍攻下的大半縣城收回。
三月中旬，曹文詔在銅陵大會諸將，商議圍剿農民軍於安徽，湖廣和河南三省交界處，曹文詔令陳奇榆，鄧玘、尤翟文等駐武昌，防守張獻忠；左良玉、湯九州控信陽，六安一帶、尤世威、陳永福、徐來朝分駐鶚洲，黃崗，太湖一帶，曹文詔親率大軍在安慶，銅陵向義軍進逼，十數萬義軍被官軍步步蠶食，義軍只得收縮再收縮，只剩下數萬精銳被圍於霍山、羅西，麻城一帶。
此時，楊嗣昌的提出的「四正六隅十面網」的計劃可以說已經成功，剩下的就是收網階段，曹文詔樂觀的估計，只還需二個月時間，就可以將這股無法無天到敢挖皇帝祖墳的賊軍一網打盡，崇禎接到捷報後心情好了起來。
令崇禎心情好轉的還有另外一件事，由熊文燦招撫的鄭芝龍和朝庭配合，經數月的海上交戰，全殲了大海盜劉香的般隊，大明沿海為之一清，不再受海盜騷擾。
鄭芝龍原名鄭一官，原先投靠過荷蘭人，荷蘭人為壟斷對日貿易，指使一些中國船隻在大明沿海掠奪，鄭一官就是和荷蘭人合作的海盜之一，後來，鄭一官感覺在荷蘭人手下沒有發展，便離開荷蘭人，投靠了當時的海盜盟主顏思齊。
鄭一官在顏思齊死後，自立門戶，從福建招來鄭興、鄭明、楊耿、陳暉、鄭彩等部將。他將部下分為十八先鋒，結為「十八芝」，從此改名為「芝龍」，而不再稱「一官」。
其它海商都在鄭芝龍的海盜打擊下損失摻重，不得不讓出這條貿易線，鄭芝龍就自己買船做起了兩地貿易，但他的船隊還小，不能獨佔，朝庭招撫後，鄭芝龍向眾人許諾不再搶劫，而向每一艘航線上的船隻根據大小收取一萬到三萬兩白銀不等的保護費。每年僅此一項，鄭芝龍收入就逼近千萬兩。
可是鄭芝龍受明朝招撫後，原先與他一起出生入死的劉香一股勢力心有不甘，拉到廣東，繼續其海上劫掠營生。劉香勢力與荷蘭人勾結，在一段時間內不但頻頻劫掠福建，廣東沿海一帶，對鄭芝龍的般隊也造成很大威脅
劉香勢力在廣東崛起後，台灣海峽又轉向不平靜。鄭芝龍的船隊劉香雖然較少打劫，但他每月從各個船隊身上的抽成卻損失巨大，熊文燦調走後，新上任的福建巡撫鄒維璉宣佈恢復海禁，併力阻鄭芝龍與在台灣的荷蘭人私下通商。鄭芝龍欲掃除劉香，而在此之前，原為鄭芝龍舊部的李魁啟和鍾斌也先後叛離，但都遭到鄭芝龍掃除，劉香成了他原先一起結伙的海寇中最後的對頭，也是最難應付的一股勢力。
崇禎五年十二月四日，鄭芝龍與劉香的船隊在福州附近遭遇，發生血戰，從早上打到傍晚，雙方各死傷八百到一千人。鄭芝龍弟弟鄭芝虎在身上兩處負傷的情況下，衝入敵陣，被劉香的人用四爪錨和鐵鏈纏住，幾乎不能脫身，後來是部下拚死救出。劉香本人則向南逃逸而去。
崇禎六年七月，新任荷蘭台灣長官普特曼斯為迫使明朝開放貿易，企圖用武力強佔大陸沿海，在劉香的幫助下，不宣而戰，派出八艘戰艦，對剛剛追剿劉香回到廈門沒有戒備的鄭芝龍部和明朝官兵發動突襲。擊沉、燒燬和弄沉港內鄭芝龍和明朝官兵的二十幾艘戰船。這些船隻是鄭芝龍的精銳部隊，也是當時中國最先進的海上武裝船隊，船上配備完善，架有十六、二十到三十六門大炮。
廈門的官員在駐軍遭到荷蘭人痛擊後，採取息事寧人態度，找人與荷蘭人疏通，表示願意通知廈門、金門、烈嶼、鼓浪嶼及附近各島的百姓送上二十五頭牛、二十五隻豬和一百隻雞，希望荷蘭人不要再傷害百姓，使他們可以繼續安心耕種。
同年九月，普特曼斯與劉香在台灣的大員匯合，準備再度進攻鄭芝龍。
福建巡撫鄒維璉檄調諸將，大集舟師，準備痛擊荷蘭侵略者，身任「五虎游擊將軍」的鄭芝龍擔任戰鬥前鋒，實際負責運籌指揮這場戰鬥。鄭芝龍舟渡漳州海澄，誓師出發。不久在澎湖的遭遇戰中，焚燬荷船一艘，生擒荷將一名，溺死荷兵數百。
十月二十二日，由鄭芝龍帶領，明軍一百五艘左右的帆船（其中五十艘為特大戰船）在金門料羅灣追上荷蘭大船九艘、劉香船五十多艘。鄭芝龍報仇心切，奮勇當先，使用鐵鉤鉤住敵船縱火焚燒戰術，共焚燬荷蘭快艇一艘，並捕獲另一艘快艇。劉香臨陣敗逃，普特曼斯狼狽退回台灣。
經此一役，鄭芝龍聲勢大振，普特曼斯只好放棄與劉香勾結，改與鄭芝龍修好，轉而表達今後想在台灣、而不是強勢前往福建尋求對華貿易的意願，由鄭芝龍派船到台灣進行貿易。
鄭芝龍為了和倭人貿易，也不願長期樹敵，因此在一位住在熱蘭遮城的同安商人林亨萬居間協調下，雙方同意進行貿易往來。於是福建商船開始駛抵台灣。東印度公司史料說：如果公司想存在下去，必須把一官這一根刺從公司腳下拔除。
九死一生的劉香不滿荷蘭人又與鄭芝龍修好，在崇禎七年四月九日清晨天亮前，利用月亮被遮住，以部眾六百多人襲擊大員（今台南安平）的荷蘭人城堡熱蘭遮城，並且已經用雲梯爬上了城牆。被荷蘭哨兵發覺，經開槍和炮轟後，劉香率部眾逃散而去。數天後，這支海盜從高雄離開台灣，李旦之子李國助倒戈投降明軍。
崇禎八年三月二十日，鄭芝龍在廣東田尾洋擊潰劉香海上武裝集團，劉香引火自盡；但在此役，鄭芝龍的胞弟鄭芝虎戰死。
接到福建巡撫表奏朝廷：「芝龍果建奇功，俘其醜類，為海上十數年所未有。」崇禎龍顏大悅，加封鄭芝龍為福建水師副將，等於將朝庭的水師實力盡付於鄭芝龍之手，鄭芝龍一躍成為南海的真正霸主。
海上的喜訊傳來，崇禎更盼曹文詔勝利的消息，此時曹文詔已率二十多萬大軍，耗時五月之久，費餉近百萬兩銀，崇禎已接到戶部多次告急文書，四月初二，戶部上書言，崇禎八年新餉，除蠲羌外，酌解部六百八十萬石，歲出七百五十六萬石，額少七十萬餘石。
崇禎無奈，只得頻頻從內帑中拿出銀兩發給曹文詔軍餉，正月二十五日，拿出帑金二十萬兩助剿餉，二月出太僕寺金十萬兩輸安徽，又留河南餉十萬兩。其湖廣餉十九萬兩。四川留四萬兩，又鹽課銀二十萬兩貯於淮揚，防寇逸。
按楊嗣昌的計劃，再有二個月就可以將高迎祥一網打盡，但此時崇禎連兩個月也不想等了，大軍每月都得耗銀數十萬兩，多擔擱一個月，朝庭的虧空就會多數十萬兩金銀，這些都要他用內帑來填，後世許多人認為崇禎貪財，緊摟銀子不放，有人還繪聲繪色的說，崇禎死時，闖軍從內庫中取出數千萬兩內帑銀。
其實稍有點頭腦的人就知不可能，江山都沒有了，皇帝要銀子有什麼用，許多投靠滿清的大臣都把皇帝形容成白癡來顯示自己投靠異族是多麼的逼不得已，後世有許多研究歷史的人竟然也相信如此說法，殊不知皇帝真是一個白癡，又怎能牢牢撐控國家政權十幾年之久。
崇禎登極以來，他的內帑銀每年只有減少，沒有增加過，他從哥哥手中接過這個爛攤子，朝庭的財政每年都在虧空，大臣們都把目光放在皇帝的內帑上，好像能取之不盡，用之不絕，崇禎也確實是想成了一個忠興之帝，登極頭年就從內帑中拿出近百萬兩銀子給袁崇煥，作為關寧士兵的欠餉，才穩定了當時的兵變，但現已是崇禎八年了，朝庭每年都有虧空，就是內帑真有一座金山也快空了，崇禎才分外急燥。
曹文詔每隔數天就接到崇禎催問官軍的進展，口氣也越來越急，曹文詔已明白了皇帝的心思，四月中，曹文詔放棄了穩步推進的做法，加快了攻擊速度，懷寧，霍山相繼被官軍拿下，義軍只能困於麻城，羅田兩城。
曹文詔總算放下了心，若不是兩城背靠大別山，易守難攻，官軍早已攻下了，不過，在官軍持續不斷的打擊下，曹文詔相信，再過十幾天，官軍就能將義軍全部殲滅在此，到時提前一月完成計劃，總算對起得皇上的隆恩。
劉芳亮的二千唐軍進入河南後，一路上眾人小心謹慎，避過了一隊又一隊的官兵，實在避不過，便強行衝入，官軍遇到這隊人馬算是倒了大霉，兩軍隔的遠遠的就挨了數輪火槍，等到了近前，一半人馬已丟了，唐軍的手雷又如雨下，炸得官軍人仰馬翻，小隊的人馬被唐軍乾脆屠殺殆盡，遇到大隊的官兵直接衝破後就迅速離開。
官軍被打得暈頭轉向，常常在唐軍衝破已方隊列後還久久回不過神來，郝搖旗見到了這批武器的利害，越想把它們快速送到義軍手中，偏偏欲速則不達，郝搖旗帶著劉芳亮等人接連到了幾個地方都撲了個空，郝搖旗先是到信陽，信陽早落到了官軍手裡，信陽重兵動集，左良玉、湯九州數萬大軍在此，眾人差點被圍，好在都是騎兵，反應較快，否則被數萬大軍圍上，武器再利害恐怕也衝不出去，就是衝出去了也會死傷慘重。
眾人又轉向六安，六安又被左良玉的部下佔領，好在六安官軍不多，眾人繞道後，直撲霍山，沒想到又晚了一步，霍山已被官軍攻下，義軍已轉到了麻城，這下郝搖旗也傻了眼，兩城的西面和南面被官軍圍了個水洩不通，東面和北面又有大別山阻隔，除非眾人能帶著兵器翻過大別山，否則，就是插上翅膀也飛不過幾十萬官軍的包圍圈，將火器送到義軍手中，郝搖旗劉芳亮等人只能每天在外面打轉，希望能找到空隙衝進去。