一路由貝勒阿濟格、多爾袞、多鐸統領，率正白旗固山額真昂邦章京阿山、鑲白旗固山額真梅勒章京伊爾登等，及蒙古阿錄翁牛特諸部兵馬，自巴顏朱爾格地方，進入龍門，會兵於宣府下應縣至大同。
還有一路由皇太極親自率領貝勒阿巴泰、豪格、楊古利諸將領，及正黃旗，鑲黃旗，天祐、天助兩部漢兵入尚方堡，由宣府攻略朔州一帶，並且議定七月八日各路大軍俱毀邊牆入關。
皇太極的使者也進入了陝西，卻並沒有見到李鴻基，李鴻基已率軍到了榆林的蒙韁邊境，此時闖軍中所有人都知道了闖王的心意，對這兩個使都自然沒有好臉色，甚至有人主張殺了，但此體到底事大，如何處理還需問過闖王，周鳳梧把兩人涼了起來。
雖然朝庭的大軍聲勢浩大，但李鴻基的重軍卻集結在榆林，在消除了闖軍境內的隱患後，闖軍取得了充足的錢糧，又擴充了五個軍，闖軍的機動力量增加到十五萬人。
除了四個野戰軍在祁縣前線和陳奇榆對持外，二個軍增援寶雞，防備甘肅的董學禮，還有三個軍駐紮在各地重鎮，而在陝西的蒙古邊境集聚了六個軍，加上地方守備，後勤人員總共達十二萬大軍。
李鴻基如此安排軍力，自然遭到參謀部的一至反對，雖然闖軍的情報人員已經滲透進了草原，知道後金已進入了蒙古，但許多人都認為這正是天賜良機，剛好可以與滿人同時攻打大明，將朝庭集結的軍隊一濟消滅。
李鴻基聽得大怒，雖然他知道後世的滿人也是中國的一部分，但他深知滿人對中華民族帶來的大災難，這不僅僅是指滿金入關導致中國的人口由二億多減至四千來萬，他還使中華民族的文明倒退了數百年，使得二十一世紀中國還遠遠落後於西方國家，何況這次滿人進入內地的唯一目的就是燒殺搶掠，若不給他一點教訓，滿人的氣焰只會越來越囂張。
李鴻基只好同自己的參謀部大講華夷之辨，闖軍和大明是兄弟之間打架，誰勝誰負都不要緊，而滿人是外賊，想趁人家家裡不和，前來打劫，當然要先打跑外人，眾人見李鴻基堅持也不好再反對。
其實當時的士子把華夷之防看得比現在重得多，宋獻策，洪承疇他們所以反對先和滿人交惡，不是因為對滿人經常侵入內地燒殺搶掠不憤慨，只時他們認為現在闖軍的大敵首先是朝庭，並不認為滿人能給漢人帶來多大的傷害，無非是搶點，燒點，反正他們打擊的是朝庭，和闖軍並無關係。
但李鴻基卻深知不能任由滿人發展下去，林丹汗遠逃，雖然身邊還有數萬人，但對他的威望是個重大的打擊，估計就是不死，恐怕再也無法和滿人爭雄，若任由滿人順利統治蒙古各部，再建立漢軍八旗，那時實力必定大增，闖軍以後即使推翻了大明，也得面臨與滿人的爭峰，何況這次李鴻基提前與滿人交手也想讓闖軍知道一下滿人的實力，知已知彼方能百戰不殆。
李鴻基在蒙古邊境集結重兵的另一個目的就是趁機拉攏蒙古的小部落，雖然在後來的歷史上蒙古人一直是滿清的堅定擁護者，但此時真正歸獲後金的部落還不過半，歸附的也不全是真心實意，只是懼於後金的強大而已，蒙古和女真其實是世仇，1467年，成吉思汗的第27代繼承人滿都古勒大汗在討伐他的侄孫和繼承人博勒呼濟農的一次戰爭中去世。而博勒呼濟農在1470年也被暗殺。一度人丁興旺的黃金家族中，現在僅剩下一個5歲的男孩、博勒呼濟農之子達延。
達延的命運比成吉思汗年幼時的遭遇還要悲涼和不幸，家族的長輩都在內訌中死去，小小的孩子孤苦無依，連他的母親都拋下他改嫁了，所幸，滿都古勒汗的年輕遺孀滿都海賽音可敦把他置於自己的保護之下，還在1470年宣佈他為大汗，滿都海賽音可敦是一個了不起的女人，她不但撫養了達延，還率領軍隊打敗了衛拉特人，將他們徹底趕出了蒙古中東部地區。為達延汗日後的統治奠定了基礎。
達延汗是蒙古帝國統治時間最長的大汗，統治了蒙古整整七十三年。在1481年親政之後，達延汗鎮壓了右翼土默特人、兀良哈人的叛亂。並從1497年到1505年間，他對從遼東到甘肅的明朝邊境地區進行了一系列卓有成效的攻擊，使得明朝無法與衛拉特人聯繫。
1543年達延汗去世之後，他的孫子博迪繼承了汗位。雖然廣大的領土被達延汗的眾多子孫瓜分，但從1544年到1634年蒙古帝國的汗位一直穩固的在達延汗的長支後裔察哈爾部中傳承。
雖然達延汗的長期統治穩定了蒙古帝國汗位傳承，但並沒有克服蒙古民族的最大弱點實行瓜分家族遺產的習慣法。當帝國的創建者死後，帝國便成了一種類似聯邦式的家族國家，國內的各級首領，都是兄弟或堂兄弟，他們雖然承認察哈爾部的最高權利，但處於相當的獨立狀態。
隨著時間的流逝，察哈爾部的汗位繼承者們逐漸失去了足以統治整個蒙古的力量，西方的衛拉特人和東方興起的通古斯人（滿人）都是他們可怕的敵人。但這個時候，衛拉特人正在對付哈薩克汗國、沙皇俄國以及內部的綽羅斯家族與和碩特家族的權力爭奪。
1604年，林丹繼承汗位，接受黃教沙爾巴呼圖克圖的灌頂戒教，稱林丹庫圖克圖汗。林丹汗並不是一個昏庸無能的可汗，他早已看出後金帝國對於蒙古的野心，因此從繼位始，便開始重新統一蒙古各部。
1616年，比林丹汗年長33歲的努爾哈赤登上後金汗位。而後來繼承汗位的天聰汗皇太極與林丹汗同歲，他成了蒙古林丹汗的剋星。