在唐帝國排兵佈陣，準備再次拉開戰役序幕的時候，美國方面也在做大的調整。早在六月初，美國情報部門就判斷唐帝國的下一個進攻目標多半會是西南太平洋上的島嶼，然後尋找登陸澳洲大陸的機會。
為了應對新的挑戰，美國也在對自己的戰爭指揮機構做出調整。如果仍然由太平洋戰區司令部負責太平洋方向上的作戰行動的話，顯然無法照顧到每個方面。另外，西南太平洋方向上的情況與太平洋其他的區有很大的差別。在這個方向上，澳洲大陸的防禦是重中之重，另外密集的島嶼分佈也決定了地面戰場的重要性。因此，在馬裡亞納群島戰役還沒有結束的時候，美國海陸兩軍就達成了協議，在太平洋戰區之外，再成立一個新的戰區，及西南太平洋戰區。
這個編製變化實際上與唐帝國的改革是完全一樣的，美國也將西南太平洋地區劃了出來，成立新的戰區。為了平衡海陸兩軍，西南太平洋戰區司令官不是由海軍將領出任，而是由一名陸軍將領，也就是美國駐澳軍團總司令麥克阿瑟上將出任。
麥克阿瑟一直就是美軍駐澳軍團的總司令，在美國參戰的時候，他與尼米茲各提出了一套進攻方案。他提出的方案是從澳洲出發，進軍南洋地區，從南部威脅到唐帝國的本土。這個計劃後來被否決了，因為當時美軍在澳洲兵力連防禦都嫌少，哪有力量去掃蕩南洋地區？而且，這樣的作戰計劃必然要調動大批海軍艦隊，而美軍在澳洲的港口設施是不足以整個太平洋艦隊的。更重要的是，唐軍已經鞏固了南洋地區的防禦，而美軍主要部署在澳洲的東南部地區，在澳洲北部地區的軍事基地少得可憐，能夠部署轟炸機的機場更是少得可憐，要想發動進攻南洋地戰役行動。就至少需要數千架轟炸機的，不說這些轟炸機的調動是個嚴峻的考驗，就算調到了澳洲大陸去，恐怕也難以派上戰場。
因為自己的提議遭到否決，麥克阿瑟曾一度向上反應，甚至鬧到了總統那裡，希望能夠改變作戰計劃，將重點放到西南太平洋上來來。讓陸軍打上主力。結果還是不了了之。在馬裡亞納群島戰役失敗之後，麥克阿瑟更是四處活動，一方面指責尼米茲的指揮失誤，一方面推廣自己的作戰計劃，力吹進攻南洋的重要性。在麥克阿瑟地遊說下，美國陸軍總參謀長（美國陸軍沒有總司令，只有總參謀長）馬歇爾上將，以及美國海軍總司令金上將最後做出了讓步，決定加強西南太平洋的部署，逐步將重點轉移到西南太平洋戰場上。如果唐軍不在西南太平洋上進攻的話。那麼就要盡量爭取向南洋地區挺進。當然，這只是個計劃而已，在沒有足夠的制海權保障的情況下。美**隊要想跨過大海，進攻南洋地區，這幾乎是不可能的事情。
實際上，尼米茲在馬裡亞納群島戰役中的指揮並沒有什麼大的錯誤，而且其委任的幾位艦隊司令官都在作戰行動中完成了任務，哈爾西，斯普魯恩斯都重創了唐帝國海軍，挽回了局面。美軍失敗的原因是實力不如對手。從這場戰役雙方地投入，損失等各方面來看，美軍明顯處於下風。能夠在數十萬唐軍的重壓之下頂住半年，這已經是個了不起的奇跡了。因此，尼米茲並沒有受到指責，沒有理由要他來承擔失敗的責任。但是有一點是無法迴避地，麥克阿瑟的指責必須要有人來做出答覆，結果就是將太平洋戰區一分為二，尼米茲負責處西南太平洋戰區之外的其他的區的作戰行動，而西南太平洋戰區則由麥克阿瑟擔任最高指揮官。
隨著戰區制度的改變，美國海軍太平洋艦隊的編制也出現了變化。在沒有足夠戰艦的情況下。美國海軍採用了一套全新的編制體系，即艦隊的指揮體系基本不變，但戰艦在不同戰區執行作戰任務，就分配到不同的艦隊去。
變革之後地美國太平洋艦隊分成了兩支主力艦隊，其中在尼米茲指揮下的為第五艦隊，由原太平洋艦隊司令部改組為第五艦隊司令部。在麥克阿瑟指揮下的為第三艦隊，由部分原太平洋艦隊的參謀軍官，以及一些從大西洋艦隊調來的參謀軍官組建艦隊司令部。也就是說，第五艦隊負責太平洋戰區內的作戰行動，而第三艦隊則負責西南太平洋戰區內的作戰行動。而這套體制後來還擴大到了整個美國海軍，編號為單數的為太平洋方向上的艦隊，而編號為雙數地則為大西洋方向上的艦隊。
實際上，美國海軍艦隊的編制體系與唐帝國海軍的艦隊編制有異曲同工之妙。唐帝國海軍沒有嚴格規定艦隊的番號，但特混艦隊在不同的戰區接受不同的戰區司令部的指揮。這樣，艦隊的完整性基本上得到了保證，因此指揮艦隊作戰的都是一套班子，不存在臨時換人，以及指揮官來熟悉艦隊的情況，這能夠提高艦隊在殘酷戰鬥中的戰鬥力。相反，美國海軍則重點保證了戰艦官兵編製的完整性，艦隊指揮班子則將在不同的戰區內更換，這實際上是保證了戰艦的作戰連續性，一艘戰艦可以在幾個戰區內奔波，持續作戰。實際上，這都是由兩國不同的情況所決定的，唐帝國擁有戰艦上的優勢，更重視在重要海戰中的表現，而美國海軍卻暫時缺乏足夠的戰艦，所以更重視戰艦的出勤率。
在艦隊的編制改變之後，美國海軍太平洋艦隊的人事關係也發生了變化。哈爾西已經傷癒復出，結果他被分配到了西南太平洋戰區，負責指揮第三艦隊，而斯普魯恩斯則留在了太平洋戰區，尼米茲還提拔他為戰區參謀長，做他的副手，這不能不說是尼米茲對斯普魯恩斯的重視。另外，還有一大批的將領被提拔了起來，被安排到了重要的位置上，比如特納等人，都被徵用。弗萊徹也已經傷癒復出，他沒有立即返回艦隊，而是留在了太平洋戰區，等待新的安排。
到六月底，也就是美國太平洋地區的變革基本上完成之後，美軍的情報部門也獲得了消息，唐帝國即將在太平洋上展開新的進攻，而進攻方向很有可能是西南太平洋上地卑斯麥群島。或者是中太平洋上的夏威夷群島。很快，唐軍的調動情況也被送了過來，對比這些消息之後，尼米茲立即判斷，唐軍的下一步進攻將以西南太平洋為主，但肯定會在中太平洋上展開進攻，以牽制住美國海軍。
尼米茲的判斷是很準確的，而且他立即就將這一判斷匯報給了金上將，消息也很快送到了麥克阿瑟的手中。麥克阿瑟的判斷也差不多，唐帝國暫時無力進攻夏威夷群島。而且進攻夏威夷群島地戰線過於漫長。唐帝國在擁有了絕對的海上優勢之前，是不會東進的。那麼，在美國海軍暫時無力挑戰唐帝國海軍的制海權的時候。唐帝國海軍要想擴大戰果，掌握太平洋上的主動權，肯定會發起新的進攻，如果能夠掃蕩西南太平洋，將美軍趕出澳洲的話，那麼美國就只能退守夏威夷群島到薩摩亞群島這條防線，失去了在西太平洋上活動與反擊的能力，戰線將被拉平，為唐帝國最終進軍美洲大陸鋪平道路。
美軍的調動也很快就開始了，到七月中旬之前。美國已經派出了五支船隊，將至少15個師地地面部隊，上千架作戰飛機，以及大量地戰爭物資送往了澳洲（這批物資最快只能在七月底到達，而最慢要在八月中旬到達）可問題是，當時美國海軍在太平洋上的力量少得可憐，僅僅只有「企業」號一支航母戰鬥群，而且，這艘航母的維修工作只要要持續到七月中旬。也就是說，美國海軍實際上是沒有能力阻止唐帝國南下西南太平洋地。
情況已經危險到不能再危險了。尼米茲已經勒令珍珠港的修船廠必須在七月十五日之前修好「企業」號航母，航母戰鬥群將在七月二十日之前恢復戰鬥力。接著，他安排了新的艦隊指揮官。最好的選擇肯定是斯普魯恩斯，現在哈爾西已經去了西南太平洋戰區，而斯普魯恩斯已經在上一次海戰中證明了他的能力（上次海戰的失敗，責任在第17特混艦隊沒有完成任務上，而不是第16特混艦隊沒有能夠擋住唐帝國轟炸機的打擊，畢竟第17特混艦隊取得的戰果遠比損失大）可現在斯普魯恩斯是戰區參謀長，有更重要的責任。最後，尼米茲不得不啟用弗萊徹，讓弗萊徹指揮「企業」號航母戰鬥群，作好與唐帝國海軍特混艦隊交戰的準備。
西南太平洋戰區，麥克阿瑟也在做著積極地戰前準備工作。唐帝國如果想南下澳洲的話，那麼就首先得獲取前進基地，卑斯麥群島，所羅門群島還有新幾內亞島都是理想的前進基地。也就是說，唐軍有可能在這裡的數十個島嶼中任選一個，開闢新的戰場。作為被動防禦的一方，麥克阿瑟的選擇餘地很少。要想在漫長的防線上保證每一座島嶼都有足夠的防禦兵力，這幾乎是不可能辦到地事情，這也是所有防禦指揮官所要面對的麻煩。進攻的一方可以選擇任何一處突破點，而防禦的一方則不可能在任何一處地點都部署足夠的兵力。結果，麥克阿瑟做了一個比較保守的防禦部署，即首先保證莫爾茲比港與所羅門群島的安全，然後利用這些地方部署的飛機來掩護卑斯麥群島以及萊城。這一部署也比較符合當時美軍在西南太平洋上的情況，麥克阿瑟沒有足夠的本錢在一線與唐軍進行正面對抗，他只能把希望寄托在縱深防線上，希望借助防禦縱深來拖垮唐軍。
到七月中旬的時候，美軍獲得確切情報，唐帝國的主要進攻方向就是卑斯麥群島與新幾內亞島，而且會提前在中太平洋上發動一次牽制性進攻，讓美國海軍僅有的艦隊無法南下。尼米茲也很快做出了反應，在得知唐帝國的三支特混艦隊已經離開了母港，而新成立的特混艦隊也進入了南海海域之後，他立即命令剛恢復戰鬥力的「企業」號航母戰鬥群出發，前往中途島待命，等待與唐帝國海軍艦隊的決戰。
西南太平洋上，麥克阿瑟的調動也立即展開，到七月底之前，他向所羅門群島與莫爾茲比港部署了至少550架作戰飛機，而臨時拼湊起來的第三艦隊（其中一部分是澳洲地方軍隊的戰艦）也離開了布裡斯班港，開赴珊瑚海，準備隨時支援遭到攻擊的前線部隊。
到這個時候，雙方都已經拉開了架勢，準備迎接新的戰鬥，但戰爭的主動權仍然在唐帝國的手裡，美軍只是通過有限的情報，以及猜測來判斷唐帝國的進攻方向，而無法獲知唐帝**隊的確切調動情況。比如，當時尼米茲就不知道，正在向東航行的到底是一支特混艦隊還是兩支特混艦隊，因此他將「企業」號航母戰鬥群，也就是第51特混艦隊（編號中的5條示屬於第五艦隊，而1則表示是第一支特混艦隊）留在了中途島，而沒有派到威克島附近海域去。
麥克阿瑟這邊也極為被動，他能夠感覺到唐軍的進攻地點肯定是在新幾內亞島的東北部方向，很有可能是萊城，或者是卑斯麥群島中的某座有大型機場，而且可以駐紮大量部隊的島嶼，而且很有可能是新不列顛島。但有了判斷不等於就能做出相應的部署，因為他的手裡沒有足夠的資本！