明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿襲漢唐舊制。後來隨著明太祖統治力量的逐步加強，才定出自己的一套新制度。據《明太祖實錄》卷239載，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖御奉天殿，敕諭文武群臣說：
自古三公論道，六卿分職。自秦始置丞相，不旋踵而亡。漢、唐、宋因之，雖有賢相，然其間所用者多有小人專權亂政。我朝罷相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下事務，彼此頡頏，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩當。以後嗣君並不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。
這套制度既不是復古也不完全是創新。然而，經過時間的演變，明中期的制度，與初期卻大有差別。
一、三公三孤
明代中樞政務機構初期有三公（太師、太傅、太保）、三孤（少師、少傅、少保）。元代僅置三公，未有三孤。惠帝、成祖時，曾一度廢公、孤官，至仁宗時復置。《明會要·職官一》引《弇山集》說：
建文、永樂間，罷公、孤官，仁宗即位，授張輔太師、沐晟太傅、陳懋太保；蹇義進少師、楊士奇進少傅、夏原吉進少保。於是公、孤立官備。
公、孤為皇帝之輔佐官，職位崇高。蹇義、夏原吉、楊士奇、楊榮四人在宣宗時猶受恩寵。《昭代典則》載明宣宗賜璽書說：
古者，師保之職，論道經邦，不煩以政。少師義、少傅士奇、少保原吉、太子少傅榮，皆祖宗遺老，畀輔朕躬。今黃發危齒，尚令典煩劇，兼有司之事，非所以優之也。其輟所務，朝夕在朕左右，討論治理，共寧邦家。其勳階爵祿並如故。
自蹇義等以後，公、孤立官無專授，實際上是一種虛銜。中期以後，成為勳戚及文武大臣之加官、贈官。而文臣無生加三公之例，惟死後贈之。萬曆年間，張居正為太師，實掌朝政，這是特例。
二、廢中書設內閣
明代初年，在中央設立中書省，有左右丞相總理吏、戶、禮、兵、刑、工六部事務。隨後，朱元璋又對中央統治機構進行了改革。當時中書省大權掌握在左丞相胡惟庸等人手中。他們作威作福，獨斷專橫，「生殺黜陟」，不向皇帝奏明就直接執行。《明史·太祖紀》載，洪武十一年（公元1378年），朱元璋曾「命奏事毋關白（告知）中書省」。這顯然是裁抑中書省權力的一個措施。但胡惟庸等人卻不知收斂，反而變本加厲，組織黨羽，在外招集軍馬，並派人勾結倭寇，又向蒙古貴族殘餘勢力稱臣，請兵為外應，陰謀武裝政變。洪武十三年（公元1380年），朱元璋殺掉了胡惟庸等人，並廢除中書省及丞相制，分中書省及丞相權力歸屬六部，相對提高六部職權和地位，由六部尚書直接對皇帝負責，《明太祖實錄》卷129載：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既誅，上諭文武百官曰：「朕自臨御以來，十有三年矣，中間圖任大臣，期於輔弼，以臻至治。故立中書省以總天下之文治，都督府以統天下之兵政，御史台以振朝廷之紀綱。豈意奸臣竊持國柄，枉法誣賢，操不軌之心，肆奸期之蔽，嘉言結於眾舌，朋比逞於群邪，蠹害政治，謀危社稷……賴神發其奸，皆就殄滅。朕欲革去中書省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。
洪武十三年九月，朱元璋置「四輔官」，以協贊政事，均調四時。《通紀》載：
九月丙午，置四輔官，以耆儒王本、杜佑、襲學為春官，杜學、趙民望、吳源為夏官，秋、冬官缺，以本等攝之，位列都督之次。敕以協贊政事，均調四時。月分三旬，人各司之。以雨暘時若，驗其稱職與否。
不久廢去四輔官，並於洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，設內閣於殿廷，以大學士擔任顧問兼秘書的職務。《昭代典則》說：
（洪武）十五年十一月丙午，初置大學士，以禮部尚書劉仲質為華蓋殿大學士，檢討吳伯宗為武英殿大學士，翰林學士宋訥為文淵閣大學士，典籍吳沈為東閣大學士，使侍左右備顧問。又置文華殿大學士，召耆儒鮑恂、余詮、張長年等為之，以輔導太子。
本來，內閣既非官署官，也非職官名。開始只是簡任文臣入直文淵閣，參與機務。這些人原官的品秩低，不兼部務，也無官屬，不能直接指揮行政，與東漢的尚書、唐代的翰林學士性質略同。久而久之，這些人逐漸陞遷，並有了正式的辦事處所，大學士本身品秩只有五品，但其所遷任的官往往以至尚書、侍郎，或有加銜至於「三公」者。這樣，內閣的地位才逐漸提高。明成祖以後，大學士開始參預機務。《詞林典故》說：
永樂初，命編修等官，於文淵閣參預機務，謂之內閣，漸升大學士諸職。仁宗或加師、保及尚書、侍郎、卿，仍兼學士、大學士銜。自後因之，稱內閣大學士。凡大學士加三師，則為一品；加尚書，二品；侍郎，三品；若未加升而只系大學士者，則仍正五品。
仁宗以後，閣臣之權加重，至世宗嘉靖年間（公元1522—1566年），改華蓋殿為中極殿，謹身殿為建極殿，大學士的班次列在六部尚書之上。這時，內閣就類似於唐代的中書門下省了。唐代中書門下省官員互稱閣老，明代大學士一般也稱閣老。內閣大學士雖然表面位尊而權重，但是獨立發揮其權力的機會卻甚少，因其內受制於宦官，外則用人之權集中於吏、兵兩部。《明史·職官志》說：
至世宗中葉，夏言、嚴嵩迭用事，遂赫然為真宰相，壓制六卿矣。然內閣之擬票，不得不取決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人。於是朝廷之紀綱，賢士大夫之進退，悉顛倒於其手。
由此可見，若以明代的內閣大學士具有宰相的權力，那是不恰當的。
三、六部
明代中樞六部初置於洪武元年，各部設尚書、侍郎、郎中，員外郎、主事等官，隸中書省統轄，分理國家諸事，其職至重。《昭代典則》說：
洪武元年（公元1368年）八月丁丑，始置吏、戶、禮、兵、刑、工六部，設尚書、侍郎、郎中、員外郎、主事，仍隸中書省。帝（太祖）召六部尚書入見奉天殿，諭曰：「朕肇基江左，軍務方殷，官制未備。今以卿等分任六部。國家之事，總之者中書，分理者六部，至為要職。凡諸政務，宜悉心經理，或有乖違，患及天下，不可不慎。
洪武五年（公元1372年）定六部具體職掌，並於歲終進行考績，分其優劣，以行黜陟。六部官員相對穩定，不得輕易調動，凡有勞績者，則在本部升用。自洪武十三年（公元1380年）罷中書省後，即升六部品秩：尚書為正二品（建文中曾一度提為正一品，永樂時復舊），侍郎正三品，郎中正五品，員外郎從五品，主事正六品。
六部尚書、侍郎都是堂官，由皇帝直接領導，其中吏部尤為重要，因為官吏的除授都必須經過吏部。明朝的首任吏部尚書為滕毅，樊魯璞、汪河分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），吏部分三個屬部，即總部，司勳部，考功部；十三年（公元1380年），增司封。二十二年（公元1389年）改總部為選部。二十九年（公元1396年），改定文選、驗封、稽勳、考功四個清吏司。每司設郎中、員外郎、主事各一人。
首任戶部尚書為楊思義。劉誠、杭琪分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），戶部分設五科，即一科、二科、三科、四科、總科。每科設郎中、員外郎各2人，主事5人。十三年（公元1380年），分四個屬部，即總部、度支部、金部、倉部。洪武二十二年（公元1389年），改總部為民部，次年，又分四部為河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建十二部，每部仍分民、度、金、倉四科。二十九年（公元1396年），改十二部為十二清吏司，各設郎中1人，員外郎1人，主事2人。永樂元年（公元1403年），改北平司為北京司。永樂十八年（公元1420年）。廢北京司，設雲南、貴州、交址三個清吏司，宣德十年（公元1435年），罷交址司，定為十三司。戶部十三司，自明孝宗弘治以來，以公署不大，只留郎中1人治事。員外郎、主事只能在授官之日出席而已，實際都只掛名。郎中一人無法管事，只好委任基層吏胥，以致弊端百出。至神宗萬歷時，王國光任戶部尚書，始令每司吏員盡入署治事，司中職業才得修舉。戶部另有一些直轄機構，如寶鈔提舉司、印鈔局、廣盈庫、軍儲倉等。
禮部首任尚書為錢用壬、侍郎為世家寶。洪武六年（公元1373年）分四屬部，即總部、祠部、膳部、主客部。洪武十三年（公元1380年），定每屬部設郎中、員外郎、主事各1人。二十二年（公元1389年），改總部為儀部。二十九年（公元1396年），改為儀制、祠祭、精膳、主客四個清吏司，另轄鑄印局，局設大使1人，副使2人。
兵部的首任尚書為陳亮，侍郎為朱珍。洪武六年，分三個屬部，即總部、駕部、職方部。洪武十三年再增庫部，二十二年改總部為司馬部。二十九年改為武選、職方、車駕、武庫四司。每司設郎中、員外郎各1人，主事2人。另轄會同館，大通關等機構，各設大使和副使。
刑部的首任尚書為周楨，侍郎為盛元輔，張仁。明太祖即位初期，用法太嚴，周楨任尚書時，始定律令，使吏士有法循守。洪武六年（公元1373年），刑部分為四個屬部，即總部、比部、都官部、司門部。八年（公元1375年），增設四科，分屬於四部。部設郎中、員外郎各1人。總部、比部主事各4人，都官，司門主事各2人。洪武二十二年（公元1389年），改總部為憲部，二十三年，分四部為河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川，福建十二部。二十九年（公元1396年）改為十二清吏司，設郎中、員外郎各1人，主事2人，永樂十八年（公元1420年）除北平司，增置雲南、貴州、交址三司。宣德十年（公元1435年）革交址司，遂定為十三個清吏司。
工部的首任尚書為單安仁，侍郎為張允文和楊翼。洪武六年，分四個屬部，即總部、虞部、水部、屯田部。八年增立四科。十三年，以屯田部為屯部。二十二年，改總部為營部。二十九年，定為營繕、虞衡、都水、屯田四個清吏司。設郎中、員外郎、立事各1人，另轄寶源局、軍器局等。
永樂十九年（公元1421年），明成祖遷都北京，改南京為留都。南京除了沒有皇帝之外，其他各種官僚機構的設置完全和北京一樣。南京所設立之六部稱「南六部」，雖同有一套職官，但多安置閒散退休或被排斥的官員，其職權遠不如北京六部。所以，南京各官自成一種勢力，與北京明爭暗鬥，兩京官員迭為消長，操縱朝局。這是明代的一種奇特現象。
明代六部所屬各清吏司之郎中、員外郎、主事等司官，皆為實際任職之人，所以頗能上下其手，招降納賄。
明代六部尚書往往不拘定額，可以添差，故有道士而任禮部尚書，工頭而任工部尚書的現象。
四、都察院
明代初年，沿元舊制，設御史台，洪武十三年（公元1380年）五月罷御史台。十五年改置都察院。這個機構為明代所創設的，與前代御史台之制不甚相同。都察院設左右都御史、左右副都御史、左右僉都御史及浙江、江西、福建、四川、陝西、雲南、河南、廣西、廣東、山西、山東、湖廣、貴州等十三道監察御史共110人。都御史為台長，與六部平行，合稱七卿。都御史之職，據《明史·職官志二》說：
都御史職專糾劾百司，辯明冤枉，提督各道，為天子耳目風紀之司。凡大臣奸邪，小人構黨，作威福亂政者，劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾。凡學術不正，上書陳言變亂成憲，希進用者，劾。遇期覲，考察，同吏部司賢否陟黜。大獄重囚會鞫於外朝，偕刑部、大理讞平之。其奉敕內地，拊循外地，各專其敕行事。可見明代都御史的權力很大，凡官吏之考察黜陟則會同吏部、重大刑獄則會同刑部與大理院。其他各官署則分屬十三道監察御史稽察。監察御史充任的職務，遠比前代繁重。據《明史·職官志二》所載：
在內兩京刷卷，巡視京營、監臨鄉、會試及武舉，巡視光祿，巡視倉場，巡視內庫、皇城、五城、輪值登聞鼓。在外巡按（北直隸二人，南直隸三人，宣大一人，遼東一人，甘肅一人，十三省各一人），清軍，提督學校（兩京各一人，萬曆末南京增設一人）。巡鹽（兩淮一人，兩浙一人，長蘆一人，河東一人），茶馬（陝西）、巡漕、巡關、儹運、印馬、屯田。師行則監軍紀功，各以其事專監察。而巡按則代天子巡狩，所按藩服大臣、府州縣官諸考察，舉劾尤專，大事奏裁，小事立斷。按臨所至，必先審錄罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辯之。
御史權重如此，所以選授也極慎重，自永樂八年（公元1410年）以後，規定御史必從進士及監生中有學識並通達治體者選任。《明會要·職官五》引《三編》載：
永樂七年（公元1409年），召御史張循理等二十八人至，問其出身，皆由進士及監生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：「用人雖不專一途，然御史為朝廷耳目之寄，宜用有學識通達治體者。」黜秉等為序班。詔：「自今勿復用吏。」明年冬，申諭吏部，著為令。
御史之權既重，然處事若有差失，懲辦也極嚴厲。據《世法錄》記載，洪武十五年（公元1382年）五月，御史雷勵誤把良民判為徒罪。明太祖查獲其事，責之曰：「朝廷能使頑惡懾伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民無所守。爾為御史，執法不平，何以激濁揚清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪論決，可以再生乎？」並命法司論雷勵之罪，以示警戒。就連書寫失誤，也被認為不稱職而一例治罪。據《夢余錄》記載，宣德間，御史謝瑤在薦舉文牘上誤書被薦者姓氏，奏書上呈後，又自陳改正。宣宗謂吏部曰：「古人奏牘皆存敬慎，石慶書『馬』字缺點，懼及死。今薦賢不知其姓，豈能知其才？輕率如此，豈稱御史之職？」便把謝瑤貶為交址大蠻縣知縣。宣德十年（公元1435年），宣宗又特諭都察院：「朝廷設風憲，所以重耳目之寄，嚴紀綱之任。近年以來，未盡得人，妄逞威福，是非倒置，風紀廢弛，令吏部：今後，初仕者不許銓除風憲。凡監察御史有缺，令都察院堂上及各道官保舉，務要開具實行，移咨吏部，審察不謬，然後奏除。其後有犯贓及不稱職，舉者同罪」。可見有明一代，對御史官的選授和督察是甚為嚴格的。
五、通政使司
元代有四方獻言詳定司，後又置通政院，其職掌不相同。明代於洪武三年（公元1370年）三月，置察言司，以王文卿、原本兩人為司令，掌受四方章奏，旋罷。洪武十年（公元1377年）七月，置通政司，設通政使1人，正三品；左、右通政各1人，正四品；謄黃右通政1人，正四品；左、右通議各1人，正五品。其屬官有經歷司經歷1人，正七品；知事1人，正八品。《明史·職官志二》載：
通政使掌受內外章疏、敷奏、封駁之事。凡四方陳情建言，申訴冤滯，或告不法等事，於底簿內謄寫訴告緣由，■狀奏聞。凡天下臣民實封入遞，即於公廳啟視，節寫副本，然後奏聞。即五軍、六部、都察院等衙門，有事關機密重大者，其入奏仍用本司印信。凡諸司公文，勘合辨驗允當，編號注寫，公文用「日照之記」，勘合用「驗正之記」關防之。凡在外之題本、奏本，在京之奏本，並受之，於早朝匯而進之。有逕自封進者則參駁。午朝則引奏臣民之言事者，有機密則不時入奏。有違誤則籍而匯請。凡抄發，照駁諸司公移及勘合，訟牒，勾提件數，給繇人員，月終類奏，歲終通奏。凡議大政、大獄及會推文、武大臣，必參預。
洪武十年（公元1377年），以曾秉正為首任通政使，劉仁為左通政使。上任之時明太祖曉諭說：「政猶水也，欲其常通，故以『通政』名官。卿其審命令以正百司，達幽隱以通庶務。當執奏者勿忌避，當駁正者勿阿隨，當敷陳者毋隱蔽，當引見者毋留難」。可見明太祖對這個機構是相當重視的。
通政使司是明代創設的，其職能似乎有類於南北朝的通事舍人、唐代的知匭使、宋代的合門使及通進銀台司等機構之合併。在理論上是君主和臣下之間的一個聯繫機關，任何官署上奏事件都必須經由其手，所以居七卿之下的最高位次，有資格參預「廷推」。據《夢餘錄》記載，通政司門下有一紅牌，書云「奏事使」。持此牌可以直入內府，守衛官不得阻攔，這給通政使奏事提供了方便，下情能及時上達。通政司出納王命，為朝廷之喉舌，其封奏皆自御前開拆，故奸臣有事即露，無倖免者。天順（公元1457—1464年）以後，其作用雖稍減弱，但也為權奸所警戒。據《明史·嚴嵩傳》載，嘉靖中，趙文華與嚴嵩結為父子，嚴嵩念「己過惡多，得私人在通政，劾疏至，可豫為計」。故以文華為通政使，及明中、晚期，通政司實際已被奸黨所控制，通達下情之意，蕩然無存了。清代君主直接受理奏章，通政使即變成閒曹，而其品秩卻依然如舊。
六、大理寺
大理寺，洪武十四年（公元1381年）置，命李仕魯為首任大理寺卿，正五品。置左右少卿，從五品；左右寺丞，正六品。十九年（公元1386年）置審刑司，共平庶獄。凡是大理寺所理之刑獄，審刑司均復詳議之。為加強大理寺的權力，洪武二十二年（公元1389年），升大理寺卿為正三品，少卿正四品，丞正五品。可見明太祖對這個執法機關是很重視的，據《明代典則》記載，洪武二十四年（公元1391年）六月，太祖把大理寺丞周志清提為卿，並說：「大理之卿，即古之廷尉，歷代任斯職者，獨漢稱張釋之、於定國，唐稱戴胄。蓋由其處心公正，議法平恕，獄以無冤，故流芳後世。今命爾為大理寺卿，當推情定法，毋為深文，務求明允，使刑必當罪。庶幾可方古人，不負命也」。大理寺所掌為「審讞平反刑獄之政令」。要做到「推情定法」，「刑必當罪」，使「獄以無冤」是很不容易的。所以大理寺官員選任之當否是非常重要的，據《夢余錄》記載，宣德時，吏部尚書蹇義特為此事向宣宗上疏說：
刑部都察院職典刑名，而大理寺尤專詳讞。居是職者，必得其人。其官屬，宜從堂上官精加考■，庸劣不稱者黜之，貪婪苛刻者罪之，其有作奸犯科者，責令互相糾舉。違者，一體論罪。
蹇義奏疏所提出的原則實際上是無法實行的，尤其是明中期以後，大理寺之權竟落入「庸劣不稱者」之手。以至刑獄不清，冤案四出。所以，嘉靖六年（公元1527年），黃綰又上疏世宗：
法司所以理刑名，至於大理寺職司參駁，關係尤重。凡任兩寺官，非精律例，見出原問官之上，何以評其輕重，服其心乎？近見兩寺官，有初入仕途，律之名例尚未通曉，即欲斷按庶獄，未免有差。原問官因得指摘罅漏，借為口實，至於參駁。本寺亦不降心，輒逞雄辯，往複數次，淹累囚眾，至不得已，將就允行。刑獄不清，職此之故１。
由於用人不當，庸劣當權，不精律例，偏執己見，因而拷掠成獄，「捶死獄中」，論罪不當，「重囚稱冤」者往往有之。但明代也有一些大理寺卿能公平理獄，執法不阿。如《明史·虞謙傳》記載仁宗時，虞謙為大理寺卿、呂升為少卿，能「悉心奏當，凡法司及四方所上獄，謙等再四參復，必求其平，嘗語人曰：『彼無憾，斯我無憾矣』。」又《明史·馬森傳》載，馬森為大理卿，屢駁疑獄，與刑部尚書鄭曉、都御史周廷稱為「三平」。但大理寺卿有時也受到權臣的制約，不能公正治獄，《明史·王用汲傳》載，萬歷時，王用汲為大理少卿，遇法司議胡檟、龍宗武殺吳仕期案，定胡、龍二案犯謫戍。用汲認為量刑不公，駁奏曰：「按律：刑部及大小官吏不依法律，聽從上司主使出入人罪者，罪如之。蓋謂如上文『罪斬，妻子為奴，財產入官』之律也。仕期之死，檟非主使者乎？宗武非聽上司主使者乎？今僅謫戍，不知所遵何律也？」神宗欲從用汲之言，可是閣臣申時行等則認為仕期自斃，宜減等。這個依法本該判處死刑的案犯，就以謫戍從輕發落，可見在封建社會，正直的刑官往往不能維護法律尊嚴的。
明代的大理寺與刑部、都察院合稱為「三法司」，國家的重大案件，常由「三法司」會審。但是中期以後，大理寺執法之權被奪，實際上只能核閱案卷而已。
七、詹事府
洪武初年，置大本堂以藏古今圖籍，召四方名儒訓導太子、親王。不久，太子居於文華堂，諸儒輪班侍從，又選才俊之士入充伴讀。當時，東宮官屬除了太子少師、少傅、少保、賓客以外，還有左右詹事、同知詹事院事、副詹事、詹事丞、左右率府使、同知左右率府事、左右率府副使、諭德、贊善大夫，都以勳舊大臣兼領其職。又有文學、中捨、正字、侍正、洗馬、庶子及贊讀等官。洪武十五年（公元1382年），改定左、右春坊官，各置庶子、諭德、中允、贊善、司直郎，又各設大學士。隨即又定司經局官，設洗馬、校書、正字。二十二年（公元1389年），因屬官太多而無所統率，才設詹事院以總之。二十五年（公元1392年）改名詹事府，置詹事1人（正三品），少詹事2人（正四品），府丞2人（正六品）。主簿廳主簿1人（從七品），錄事2人（正九品），通事舍人2人。左春坊：職官有大學士（正五品）、左庶子（正五品）、左諭德（從五品）各1人，左中允（正六品）、左贊善（從六品）、左司直郎（從六品，後不常設）各2人，左清紀郎1人（從八品，不常設），左司諫2人（從九品，不常設）。右春坊的官員設置如在春坊。司經局：設有洗馬1人（從五品）、校書（正九品）、正字（從九品）各2人。
詹事掌統府、坊、局之政事，以輔導太子。少詹事為詹事之副貳。明太祖對太子的教育很重視，既不隨便付之以重任，又特設一套較前代完備的東宮官，以訓導太子。《明會要·職官七》引《明通紀》：
洪武元年（公元1368年）正月，中書及都督府議，仿元舊制設中書令，欲奏以太子為之。帝曰：「取法於古，必擇其善者而從之。元人事不師古，設官不以任賢，惟其類是與，豈可取法？且吾子年未長，學未充，更事未多，所宜尊禮師傅，講習經傳，博通古今，識達機宜。他日軍國重務，皆令啟聞，何必效彼作中書令乎？」乃令詹同考東宮官，設少師、少傅、少保、詹事、率府使、諭德、贊善，賓客等官。
這表現了明太祖的卓見遠識，詹事府官員對太子的影響最為直接，所以明太祖慎擇其人，常以勳舊大臣兼領其職。據《明史·唐鐸傳》記載，初置詹事院，太祖對吏部說：「輔導太子，必擇端重之士。三代保、傅，禮甚尊嚴。兵部尚書唐鐸謹厚有德量，以為詹事，食尚書俸如故。」以後，凡東宮官缺，則命廷臣推舉孝義篤行之京官兼任。英宗天順（公元1457—1464年）以前，或尚書、侍郎、都御史兼任。憲宗成化（公元1465—1487年）以後，例以禮部尚書、侍郎由翰林出身者兼掌之，明太祖規定宮官由廷臣兼領，其謀慮是很深遠的。據《洪武聖政記》載：
洪武三年（公元1370年）十二月，禮部尚書陶凱請選人專任東宮官屬，罷兼領之職，庶於輔導有所責成。帝曰：「古者不備其官，惟賢能是用。朕以廷臣有才望勳德者，兼東宮官，非無謂也，嘗慮廷臣與東宮官屬有不相能，遂成嫌隙，或生奸謀，離間骨月（肉），其禍非細。若江充之事，可為明鑒。朕今立法，令省台都督府官兼東宮贊輔之職，父子一體，君臣一心，庶幾無相構患」。
這說明了明太祖規定「兼領」之制是接受了西漢巫蠱之禍的教訓。宮官「兼領」就可預防廷臣與宮官相構，而生奸謀，「離間骨肉」。這是明太祖調節宮廷內部矛盾的重要措施。
通事舍人掌東宮朝謁及辭見之禮。「凡廷臣朝賀，進箋進春、進歷於太子，則引入而舉案」。春坊大學士執掌太子向皇上奏請及講讀之事。洗馬掌經史子集、制典、圖書刊輯之事。凡天下圖冊上東宮者，皆受而藏之。校書、正字為洗馬之佐，掌繕寫裝潢並校正典籍之訛謬。
明中期以後，詹事府成為翰林官遷轉之階，太子出閣的講讀之事都由其他官員充任，名實已不相符了。
八、翰林院
吳元年（公元1363年）五月，初置翰林國史院，設學士（正三品），侍講學士（從四品），直學士（正五品），修撰，典簿（正七品），編修（正八品）。洪武元年（公元1368年），改名翰林院。洪武二年，置學士承旨，正三品，改學士為從三品，並增設待制（從五品），應奉（正七品），典籍（從八品）等官。洪武十三年（公元1380年）增設檢閱（從九品）。洪武十四年，降翰林學士為正五品，並革除學士承旨、直學士、待制、應奉等官。明初，翰林院官員都是薦舉而入，而不從進士中選任。所以，洪武四年（公元1371年）開科，狀元吳伯宗只授員外郎，榜眼、探花僅授主事而已。至十八年（公元1385年），更定翰林品員，定進士一甲授修撰，二甲以下授編修、檢討，其品秩自學士五品以下至七品不等。據《明史·選舉志》載，這年廷試後，一甲進士丁顯等授翰林院修撰，二甲馬京等為編修，吳文為檢討。進士入翰林就是從這一年開始。此後，明太祖對翰林院的政治作用逐漸注意，據《明史·戴德彝傳》載，洪武二十七年（公元1394年），戴德彝為翰林院侍講，太祖對他說：「翰林雖職文學，然既列禁近，凡國家政冶得失，民生利害，當知無不言。昔唐陸贄、崔群、李絳在翰林，皆能正言讜論，補益當時，汝宜以古人自期」。
惠帝建文初年，復置學士承旨，改侍講、侍讀兩學士為文學博士，以方孝孺任之，參預機務，並置文翰、文史二館。以文翰館居侍講，侍讀，侍書，五經博士；文史館居修撰，編修，檢討。永樂二年（公元1404年），授一甲3人為翰林修撰、編修，再於二甲選文學優等者楊相等50人及善書者湯流等10人為庶吉士。從此以後，庶吉士便成為翰林之專官。
明代翰林院官員具有兩重意義：其一，作為參預機務的內閣成員。內閣成員稱大學士，因而內閣與翰林院為一而二，二而一的機構，這是清制只有翰林出身者才能入閣的由來。自明憲宗成化（公元1465——1487年）以後，不但內閣，就連六部長官也有定例以翰林官充任的。據《明史·職官志二》載：「其在六部，自成化時，周洪謨以後，禮部尚書、侍郎必由翰林，吏部兩侍郎必有一由於翰林。其由翰林者，尚書則兼學士（六部皆然），侍郎則兼侍讀、侍講學士。其在詹事府暨坊、局官，視其品級，必帶本院銜（詹事，少詹事帶學士銜，庶子，諭德，中允，贊善則帶侍講、侍讀學士以至於編修、檢討等銜）」。其二，明代的翰林院包括前代的秘書監、史館、著作局、起居郎、舍人等職；因此，這些官名均已廢除。事實上連這些官的職務也廢除了，有時不過作為裝點門面而已。
明代的翰林學士掌制誥、史冊、文翰之事，以考議制度，詳正文書，備天子顧問，其職位頗為清要。《明史·職官志二》說：「大政事、大典禮，集諸臣會議，則與諸司參決其可否，車駕幸太學聽講，凡郊祀、慶成諸宴，則學士侍坐於四品京卿上」。因其常在帝側，「備天子顧問」，頗能左右朝政，也可干預官吏的黜陟，所以特受尊崇，雖品列第五，侍坐則在四品京官以上。侍讀、侍講掌講讀經史。
此外，國子監也與翰林院相接近。置祭酒1人（從四品），司業1人（正六品）。其下設繩愆廳，以監丞1人（正八品）掌執學規；博士廳，有《五經》博士5人（從八品）分經講授，助教15人（從八品），學正10人（正九品），分率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業六堂為士子肄業之所，這是明代所特設的；典簿廳，有典簿1人（從八品）；典籍廳，有典籍1人（從九品；掌饌廳，設掌饌2人（未入品）。
九、宦官機構
明代初年，對宦官的限制非常嚴格，據《昭代典則》記載，洪武二年（公元1369年）八月，在確定內侍官制時，太祖詔諭吏部說：
朕觀《周禮》，閽寺不及百人，後世多至數千，卒為大患。今雖未能復古，亦當為防微之計。此輩所事，不過供灑掃，給使令而已。若求善良，百無一二。用為耳目，即耳目蔽；用為心腹，即心腹病。馭之之道，但當使之畏法，不可使之有功。有功則驕恣畏法則檢束，自不為非也。可見明太祖對宦官禍害的認識是很深刻的。洪武六年（公元1373年）十一月，特命延臣考究前代糾劾內官的辦法。禮部議置內正司，設司正、司副各一人，專門糾察內官失儀及不法的行為。據《明會要·職官十一》引《明政統宗》載，洪武十年（公元1377年）五月，有一個內侍官因在內廷時間較久，偶而言及政事，當即被太祖斥遣歸還鄉里，並令終身不得敘用。又對諸臣說：
此輩日在左右，其小忠小信，足以固結君心。及其久也，假竊威權，以干政事，遂至於不可抑。自古以此輩亂者多矣。今立法不許寺人干預朝政，決去之，所以懲將來也隨後規定內臣不許讀書識字。洪武十七年（公元1384年），特鑄一個鐵牌，上刻文字：「內臣不得干預政事，犯者斬。」置於宮門之中。又敕令諸司，不得與內官監文移往來。自古以來，對宦官之禁，未有如明太祖之周備。當時有個御用監名叫杜安道，以鑷工侍太祖數十年，朝中許多機密計議他都知道，但他個性慎密，嚴遵太祖的禁令，在諸大臣面前僅一揖而退，從不啟口洩漏機密。太祖對他很寵愛，但不給予優遇，後來遷出為光祿寺卿。
洪武末，太祖重新整頓宦官機構，定十二監及各司局，並制定宦官的品秩和待遇。《明史·宦官傳序》說：
明太祖既定江左，鑒前代之失，置宦官不及百人。迨末年頒《祖訓》，乃定為十有二監及各司局，稍稱備員矣。然定制，不得兼外臣文武銜，不得御外臣冠服，官無過四品，月米一石，衣食於內庭。
後來宦官設置不斷增多，《明史·職官志三》說：「宦官……十二監、四司、八局，所謂二十四衙門也。」其機構之龐大，為歷代所無。因各監、司、局官稱職掌繁雜，特製二十四衙門官制之簡表以說明。
此外又有內府供應庫，設掌印太監1員，掌宮內及山陵等處內官食米及御用黃蠟、白蠟，沉香等。凡油蠟各庫均屬之；司鑰庫，設掌印太監1員，掌大內庫藏，凡金銀及諸寶貨總隸之；十庫：甲字，掌貯銀朱，黃丹，烏梅，籐黃，水銀諸物。乙字，掌貯奏本等紙。丙字，掌貯絲綿，布匹。丁字，掌貯生漆，桐油等物。戊字，掌貯所解弓箭，盔甲等物。承運，掌貯黃白生絹。廣盈，掌貯紗羅諸帛匹。廣惠，掌造貯巾帕，梳籠、刷抿、錢貫、鈔錠之類。贓罰，掌沒入官物；御酒房，設提督太監1員，掌造御用酒；御藥房，設提督太監正、副2員，掌御用藥餌，與太醫院官相表裡；御茶房，設提督太監正、副2員，職司供奉茶酒、瓜果及進御膳；牲口房，設提督太監1員，掌收養異獸珍禽；刻漏房，設掌房1員，掌管每日時刻，每一時即令直殿監官入宮換牌，夜報刻漏，更鼓房，有罪內官職司之；甜食房，設掌房1員，掌造辦虎眼，窩絲等糖及諸甜食（隸御用監）；彈子房，設掌房1員，專備泥彈；靈台，設掌印太監1員，掌觀星氣雲物，測候災祥；絛作，設掌作1員，掌造各色兜羅絨及諸絛綬（隸御用監）；盔甲廠（即舊鞍轡局），掌造軍器；安民廠（舊名王恭廠），設掌廠太監1員，掌造銃炮、火藥之類。又午門，東華門，西華門，奉天門，玄武門，左、右順門，左、右紅門，皇宮門，坤寧門，宮左、右門以及東宮春和門，後門，左、右門，皇城、京城內外諸門等，各設門正1員，司晨昏啟閉，關防出入。還有提督東廠，設掌印太監1員，掌刺緝刑獄之事。舊選各監中一人提督，後專用司禮監之秉筆第二人或第三人為之。其貼刑官，則用錦衣衛千百戶為之。提督西廠（不常設），提督東營（代宗景泰元年〔公元1452年〕始置）；文書房，設掌房10員，掌收通政司每日封進本章，及各藩所上封本，其在外之閣票，在內之搭票，一應聖諭旨意御批，俱由文書房落底簿發，凡升司禮者，必由文書房出；禮儀房，設提督太監1員，掌一應選婚、選駙馬以及皇太子女誕生，選擇乳婦諸吉禮；中書房，設掌房1員，掌管文華殿中書所寫書籍、對聯、扇柄等件，承旨發寫，完日奏進；御前近侍，包括乾清宮管事，打卯牌子，御前牌子，煖殿，管櫃子，贊禮，答應長隨，當差聽事，拏馬，尚冠、尚衣、尚履等，皆屬近侍；南京守備，設正、副守備太監各1員，關防一顆，護衛留都，為司禮監之外差；天壽山守備，設太監1員，轄各陵守陵太監，職司護衛；湖廣承天府守備，設太監1員，轄承德、荊、襄地方，護衛興寧；織造，南京，蘇州，杭州各設提督太監1員，掌織造御用龍衣；鎮守（鎮守太監始建於洪熙，遍設於正統），各省各鎮均有鎮守太監，嘉靖八年後革。市舶，廣東、福建、浙江三市舶司各設太監提督，後罷福建、浙江，惟存廣東司；監督倉場，各倉各場俱設監督太監；諸陵神宮監，各陵俱設神宮監太監守陵。在外的臨時差遣有監軍、採辦、糧稅等等名目，不勝枚舉。
建文帝嗣位，一遵祖訓，對內臣的限制更加嚴格，據《明史·宦官傳序》載，惠帝詔內臣「出外稍不法，許有司械聞」。成祖初臨朝，也警惕宦官擅權，《明史·職官志三》載，他曾說：「聯一遵太祖訓，無御寶文書，即一軍一民，中官不得擅調發。」當時有個宦官私自調用應天府工匠為其服役，事發後，成祖立即詔命錦衣衛逮捕治罪。但不久，這些禁令全部破壞了。《明史·職官志三》說：
顧中官四出，實始永樂時。元年（公元1403年），李興等■敕勞暹羅國王，此奉使外國之始也。三年（公元1405年）命鄭和等率兵二萬，行賞西洋古裡、滿刺諸國，此將兵之始也。八年（公元1410年），敕王安等監都督譚青等軍，馬靖巡視甘肅，此監軍、巡視之始也。
至洪熙元年（公元1425年），仁宗派遣鄭和領下番官軍守備南京。從此以後，宦官領兵之例便相沿不革。同時又派王安鎮守甘肅，於是，各省鎮皆相繼派宦官為鎮守。宣德四年（公元1429年）宣宗特於宮中設內書堂，命大學士陳山專授小內使書，從此，太祖不許內臣讀書識字之制也被廢除了，甚至特賜金英、范弘等宦官免死詔，這簡直無異於勳臣之丹書鐵券。從此，宦官威懾朝臣，權傾內外，例如英宗時之王振，憲宗時之汪直，武宗時之劉瑾，熹宗時之魏忠賢，更是作威作福，獨擅朝政。至於神宗時之礦稅使，簡直無處不受其害。宦官不僅有權有勢，仗勢欺人，而且可以蔭弟、蔭侄、封伯、封公，所以一些利慾熏心之輩，皆爭相自宮（自割其生殖器）以備其選。據沈德符《萬曆野獲編補遺》記載，正德二年（公元1507年）九月，武宗曾嚴申自宮之禁，但有潛留京師者論死。由於當時宦官格外寵幸，愚民不受其禁，不少人閹其子孫以圖富貴，有的一村中自宮者數百人。嘉靖、隆慶以後，自宮的人數越來越多。
宦官權勢日張，操持國柄，為禍酷烈，終導致明朝滅亡。
十、在京的其他機構
明代的卿寺，如太常寺、光祿寺、大僕寺、鴻臚寺等建置皆如前代。只有尚寶司是增設的，其職掌據《明史·職官志三》說：
凡寶之用，必奏請而待發。每大朝會，本司官二員，以寶導駕，俟升座，各置寶於案，立待殿中。禮畢，捧寶分行，至中極殿，置案而出。駕出幸，則奉以從焉。歲終，移欽天監，擇日和香物入水，洗寶於皇極門。籍奏一歲用寶之數。凡請寶、用寶、捧寶、隨寶、洗寶、繳寶，皆與內官尚寶監俱。
這些職務在古代只屬於門下省的一小部分工作，而明代卻特立機構，並以卿（正五品）、少卿（從五品）各1人為其主官。這個位置專與大臣、勳戚子弟而作為榮寵的。
特設而無專署的，有吏、戶、禮、兵、刑、工六科都給事中（正七品），左、右給事中（從七品），掌侍從，規諫，補闕，拾遺，稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而頒之；若有失誤，則封還執奏。凡內外所上章疏，分類抄出，參署付部，並駁正其違誤。六科於鄉試時充考試官，會試時充同考官，殿試時充受卷官。冊封宗室，諸蕃或告諭外國時，則充正，副使、六科與御史同有言責，所以經常不免互有袒護而產生矛盾。習慣上以御史為台，以給事中為垣，台垣不相容是明代政局中的奇特現象。
中書科，有中書舍人20人（從七品），直文華殿東房中書舍人，直武英殿西房中書舍人，內閣誥敕房中書舍人，制敕房中書舍人（並從七品，無定員）。其名雖與古代之中書舍人相似，而實際職掌則不同。中書科舍人掌書寫誥敕，制詔，銀冊，鐵券等事。文華殿舍人，掌奉旨書寫書籍。武英殿舍人，掌奉旨篆寫冊寶，圖書，冊頁。內閣誥敕房舍人，掌書辦文官誥敕，翻譯敕書，並外國文書，揭帖，兵部紀功，勘合底簿。制敕房舍人，掌書辦制敕，詔書，誥命，冊表，寶文，玉牒，講章，碑額，題奏，揭帖一應機密文書，以及各王府敕符底簿。總之，這些舍人實際任務只是照例書寫誥敕而已，此外並沒有什麼重要職權。中書舍人建於永樂初年。《明史·職官志三》載：
洪武間，置承敕監，司文監，考功監，參掌給授誥敕之事。永樂初，命內閣學士典機務，詔冊、制誥皆屬之。而謄副、繕正皆中書舍人入辦，事竣輒出。宣德初，始選能書者處於閣之西小門，謂之西制敕房。而諸學士掌誥敕者居閣東，具稿付中書繕進，謂之東誥敕房。正統後，學士不能視誥敕，內閣悉委於中書、序班、譯字等官，於是內閣又有東誥敕房。
這就是內閣誥敕房及制敕房中書舍人的由來。若從其沿革看，似乎是古代中書舍人演變而降為低級。至於直文華殿東房，武英殿西房中書舍人，最初為內官之職，繼而以中書分直，最後則選擇能書者充任。其地位更為卑微，舍人大約有兩方面，《明史·職官志三》說：
大約舍人有兩途：由進士部選者，得遷科道部屬，其直兩殿，兩房舍人，不必由部選，自甲科、監生、生儒、布衣能書者，俱可為之。不由科甲者，初授序班，及試中書舍人，不得遷科道部屬，後雖加銜九列（卿），仍帶銜辦事。
中書舍人這一官，性質十分難辨，明代制度，富家子弟，儘管一無所能，但可用資捐得一中書舍人，再加一卿銜，便儼然成為高官顯爵。如與唐、宋之舍人相較，則有天淵之別。沿至清代，雖不至如此之濫，而中書科中書（刪去「舍人」二字）只以蔭生，貢監補授，至於內閣中書，則幾乎是非進士不可補。
明代又有行人司，洪武十三年（公元1380年）初置，設行人，秩正九品。左、右行人，從九品。不久，改行人為司正，左、右行人為左、右司副，另設行人345人。洪武二十七年（公元1394年），升司正為七品，左、右司副為從七品，行人為正八品，職專捧節，奉使之事。《明史·職官志三》載：
凡頒行詔赦，冊封宗室，撫諭請蕃，徵聘賢才，與夫賞賜，慰問，賑濟，軍旅，祭祀，鹹敘差焉。每歲朝審，則行人持節傳旨法司，遣戍囚徒，送五府填精微冊，批繳內府。最初多由孝廉充任行人，奉使常不稱旨。後定行人司官40員，全在進士中選授。非奉旨不得隨便派遣。從此，行人之職才受到重視。
十一、衛所和五軍都督府
軍隊是國家政權的主要組成部分之一，因此，明初的統治者也特別注意對軍隊的管理和建設。朱元璋建立了衛所制度。《明史·兵志》云：「自京師達於郡縣，皆立衛所」。在軍事上重要的地方設衛，次要的地方設所。當時明朝約有軍隊二百萬，都編置在衛所中，大抵每112人編為一個百戶所，1，120人編為一個千戶所，5，600人為一衛。衛所的軍官稱衛指揮、千戶、百戶。軍戶皆另立軍籍，是世襲的。精銳的軍隊多駐在京師，朱元璋在南京一帶設有48個衛，有軍士20餘萬人，朱棣在北京設72個衛。
明代初年置行樞密院，太祖自領之。又置諸翼統軍元帥府。不久，罷樞密院，改置大都督府，以朱文正為大都督，統領中外諸軍事，下設司馬、參軍、經歷、都事等官。明代定制，大都督府、大都督為從一品，又有左、右都督，正二品；同知都督，從二品；副都督，正三品，僉都督，從三品；經歷從五品，都事從七品，統軍元帥府元帥正三品，同知元帥從三品，副使正四品，經歷正七品，知事從八品，照磨正九品。不久罷統軍元帥府。洪武十三年（公元1380年），在廢丞相制的同時，為防止軍權的過分集中，也廢大都督府，改為中、左、右、前、後五軍都督府，分別管理京師及各地衛所。五軍都督府各設左、右都督，正一品；都督同知，從一品；都督僉事，正二品。以中軍都督府斷事官為五軍斷事官。洪武十五年（公元1382年），置五軍十衛參軍府，設左、右參軍。洪武十七年（公元1384年），五軍各設左、右斷事2人，提控案牘1人，並從九品。二十三年（公元1390年），升五軍斷事官為正五品，總治五軍刑獄。分為五司，每司設稽仁、稽義、稽禮、稽智、稽信5人，均為正七品，各理其軍之刑獄。同時，朱元璋為了防範統軍將領的專權，又規定五軍都督府對軍隊無調遣權，其調遣之權由皇帝直接掌管；兵部在軍隊中雖有任免、升調、訓練之權，但不統兵。每逢戰事，由皇帝臨時委派專人擔任總兵官，統率衛所部隊出征，戰事結束，總兵歸還將印，軍隊歸還衛所。兵權始終掌握在皇帝手中，這是朱元璋從軍事上加強和鞏固皇權的重要措施。
在京各衛，稱為京衛。京衛有上直衛，南京衛，北京衛，品秩相同。各有掌印、僉書。上直衛的親軍指揮使司有26個衛，即錦衣衛、旗手衛、金吾前衛、金吾後衛、羽林左衛、羽林右衛、府軍衛、府軍左衛、府軍右衛、府軍前衛、府軍後衛、虎賁左衛（以上12衛，洪武中置），金吾左衛、金吾右衛、羽林前衛、燕山左衛、燕山右衛、燕山前衛、大興左衛、濟陽衛、濟州衛、通州衛（以上10衛，永樂中置）、騰驤左衛、騰驤右衛、武驤左衛、武驤右衛（以上4衛，宣德八年置）。其中錦衣衛掌侍衛，緝捕，刑獄之事，常以勳戚都督領之，恩蔭寄祿無常員。凡朝會，巡幸，則具鹵簿儀仗，率領大漢將軍（共1，507員）等侍從扈行。宿衛則分番入直。錦衣衛名為宿衛扈從，實則假偵事之權，以欺壓平民及一般官員，最為專橫跋扈，特異於其他各衛。
留守5衛：舊為都鎮撫司，總領禁衛，先屬於中書省，後改隸大都督府，設都鎮撫（從四品），副鎮撫（從五品），知事（從八品）。旋即改稱宿衛鎮撫司，設宿衛鎮撫，宿衛知事。洪武三年（公元1370年）改留守衛指揮使司，專領軍馬守禦各城門，及巡警皇城與城垣造作之事。後升為留守都衛，統轄天策、豹韜、飛熊、鷹揚、江陰、廣洋、橫海、龍江、水軍左、右10衛。洪武八年（公元1375年），復為留守衛，與天策等8衛，俱為親軍指揮使司（惟水軍左右衛為指揮使司）並隸大都督府。洪武十一（年公元1378年）改為留守中衛，增置留守左、右、前、後4衛，仍為親軍。洪武十三年（公元1380年）始分隸五都督府。
南京另有一套軍職：
南京設守備1人，協同守備1人，參贊機務1人。守備，以公、侯、伯充任，兼領中軍都督府事。協同守備，以侯、伯、都督充之，領五府事。參贊機務，以南京兵部尚書領之，其治所在中府，掌南都一切留守、防護之事。
南京五都督府為：左、右都督，都督同知，都督僉事，不全設。其掌印、僉書，皆以勳爵及三等都督充任。分掌南京衛所，以達於南京兵部。
南京衛指揮使司，王府護衛指揮使司：設官皆如北京衛司。爬^書^網,本章節由""首發