高啟潛杜勳回到紫禁城，朱由檢剛剛在平台召見了大臣，便叫他們去平台見駕。當他們從皇極殿西邊走過去，穿過右順門，走到平台前邊時，皇帝已經坐在盤龍寶座上等候。
御座背後有太監執著傘、扇，御座兩旁站立著許多太監。兩尊一人高的古銅仙鶴香爐裊裊地冒著細煙，滿殿裡飄著異香。
高啟潛杜勳趴在地上就開始哭訴，因為兩人是司禮監的太監，周圍侍奉皇上的太監們聽得他們的悲慘經歷，都很配合地抹了幾把眼淚。
「皇上，要不是兵部侍郎趙謙率軍直衝東夷大營，奴婢等人恐怕再也不能侍奉皇上了。」杜勳做人還是有原則的，誰幫了他，他就會記著誰的好，「奴婢在東夷營中，另有所聞……」
杜勳說罷看了一眼旁邊的太監，那些太監見皇帝端起茶杯準備聽杜勳要說什麼，忙知趣地退了出去。
「皇上，那吃裡扒外的袁崇煥，果然和皇太極有勾結，奴婢親耳聽見東夷高官相商密事，一個夷人說，鮑賢弟，咱們太窩囊了，不知道皇……太極為什麼就這樣撤了。另一個說，今日撤兵，是皇太極的計策。高兄，剛才你也看到，皇上單騎衝入袁崇煥軍營，有兩人前來交談。然後那人又問，哦，說了什麼？另外一個說，為兄沒聽大清，大意是什麼與袁崇煥有密約，此事可以馬到成功了……皇上，袁崇煥不是漢奸是什麼呢？」
杜勳在錦衣衛幹過，密探到的事情，都能說得分毫不差，連每個語氣都給你模仿出來，不能不說其記憶力之好。
朱由檢聽罷心中突生一股怒火，然後覺得事有蹊蹺，看了一眼默不出聲的高啟潛，說道：「朕知道了。」
杜勳高啟潛聽罷跪安欲出，突然朱由檢又道：「高啟潛，你留下。」
高啟潛復跪在面前，誠惶誠恐地道：「奴婢奉旨督師勤王之兵，有負聖恩，萬死之罪。奴婢身受皇上重托，不敢絲毫怠慢，奈何袁崇煥完全不聽奴婢調遣，我行我素，時敵兵臨城下，奴婢恐影響大局，只得任由其怯戰，復調京營一部西虎營，由兵部侍郎趙謙率領，猛攻皇太極，皇太極死傷慘重，況我京師城堅，皇太極才只得退兵而去。」
朱由檢閉目沉思了一會，說道：「杜勳說袁崇煥勾結皇太極，是否屬實？」
「奴婢確實也聽到了，杜勳句句屬實。只是……」
朱由檢睜開眼睛，他的眼睛裡有幾根血絲，看著高啟潛，讓高啟潛心中莫名生出一股子恐懼。
「說下去。」
「只是，只是奴婢以為，此事多半是反間計。似『蔣干盜書』之計。」
朱由檢呵呵笑了一聲：「你不是蔣干，朕也不是曹操。」
高啟潛這才在心中長噓了一口氣，看樣子皇上是不會追究自己被俘之事了。
「己巳之變」的危機終於煙消雲散。十二月初一日，朱由檢作了一系列佈置，任命司禮監太監沈良佐、內官監太監呂直負責北京的九個城門以及皇城（紫禁城）的防務，司禮監太監李鳳翔負責指揮忠勇營、京營的軍隊。顯然，這是把京城與皇城的警衛置於自己的直接控制之下，以防不測。做好這些準備後，他下令召見袁崇煥。
袁崇煥這時接到了太監傳達的聖旨：「皇上召見，議論軍餉事宜，立即暫停軍務，趕往宮中。」
傳旨的太監走後，下周茂才低聲道：「督師，此行恐凶多吉少。」
袁崇煥想起上次召見時皇上還親自把衣服披在自己身上，現在敵兵已退情況有所好轉，心中雖有些忐忑，但這時還能不去？想抗旨不成，遂說道：「聖旨不得不從。」
同時應召的有滿桂、黑雲龍、祖大壽、趙謙等官員將領。
趙謙接到聖旨，心中照樣有些不安，他剛送走了秦湘，做賊心虛，恐皇上追究此事，頂著欺君殺頭之罪撒謊，壓力還是相當地大。
雖然他明白周延儒獲悉這個消息需要時間，作出部署也需要時間，沒那麼快就追究這事了，但是心中仍然無法自安。
他又想起了秦湘，回憶起洞房之時，對她的喜愛，對她的海誓山盟。事實證明，海誓山盟，只不過嘴裡說出來的幾句話。趙謙心中難受，他只得想，自己算對得起秦湘了，聊以自慰。
另他奇怪的是，秦湘離開了他，他的難受只源於一生一世的承諾無法兌現，並未有多少傷感。
趙謙感歎道：今人古人，價值觀差異過大，共同語言缺乏，想要心心相印還是比較困難。雖然他因為內心的孤獨，真的很努力去做了。
他收拾了一番，就去了紫禁城。當他在太監引導下來到平台時，滿桂等人已經先到了，只有袁崇煥還沒有到。
眾人跪在簾子外面，朱由檢沒有叫平身，都不敢起來。跪了近兩炷香功夫，趙謙膝蓋生疼，卻仍然不敢動，心裡大罵袁崇煥，都死到臨頭了，還要裝架子。
終於，太監道：「稟皇爺，袁崇煥到。」
袁崇煥走過來，行了叩拜之禮，朱由檢仍然沒有理他。簾子裡面，看不見朱由檢的表情，眾人心中忐忑，靜靜地等待著。
過了許久，朱由檢才厲聲道：「袁崇煥，朕只問你三件事，你從實作答。殺毛文龍、敵軍進犯京師、故意擊傷滿桂！緣由何在？！」
聽了這三個問題，袁崇煥一時語塞，無言以對。
朱由檢以為他默認了，就命滿桂脫去衣服顯示所受之傷，那意思是指責袁崇煥蓄意而為。
袁崇煥這才聲辯：「當時滿桂在城北激戰，臣在城南激戰，互不相干。滿桂受傷，與我何干？」
但現在問題已經不是滿桂的問題了，那只是個借口，就算袁崇煥說關他屁事，也不頂用。朱由檢大聲下令：「著錦衣衛拿擲殿下！」錦衣衛一擁而上，把袁崇煥的朝服脫去。
隨即他便被押解到西長安門外的錦衣衛大堂，投入了鎮撫司監獄。
朱由檢演了這麼一出，內外震驚。特別是當場的祖大壽，大為驚訝，以至於渾身戰慄，舉止失措。
在一旁的內閣大學士成基命細心地觀察到了祖大壽的「心悸狀」，立即頓請求皇上慎重慎重再慎重，並且說，敵人還在城下，不能逮捕最高指揮官。（時皇太極主力已退，但遵化等重鎮仍在後金手中。）
連周延儒也極力勸諫：「臨敵易將，兵家所忌。」
朱由檢回答道：「勢已至此，不得不然。朕把遼東事務托付給袁崇煥，他身為督師，對於胡騎如此猖狂，事前一點都沒有預防，導致敵軍深入內地，雖然日夜兼程赴援，但坐誤戰機，功不抵罪，暫時革職，聽候審查。」
袁崇煥玩完了，明眼人心裡早就清楚了，但是朱由檢這時逮他，時間不對，這是大部分大臣的看法。當然不能說出來，說出來就是質疑皇上的英明。
「平身吧。」
朱由檢噓了一口氣，趙謙也噓了一口氣，今天好像不關自己的事。他心有餘悸地想：身居高位，壓力不小。
有些時候，朱由檢可以對袁崇煥很好，可以要什麼給什麼，可以把自己的衣服脫下來給他穿，而有些時候，比如現在，直接送大牢裡蹲著吧。
人本來就是變化中的事物，什麼一生一世，一萬年，海枯石爛，都是幻想中的自娛罷了。
周延儒身為內閣輔，穩定京師局勢的職責不容推卸，現在袁崇煥被逮，後果嚴重，周延儒這時立即奏道：「袁崇煥獲罪，各路勤王將領由誰來統領？請皇上示下。」
朱由檢看了一眼一身是傷忠義可嘉的滿桂，說道：「提拔大同總兵滿桂總理軍務，節制各路勤王之師。」
朱由檢一直惦記著怎麼弄倒袁崇煥，此時心力憔悴，有欠深思，這樣干無異於火上澆油，因為沒有考慮到遼東將領的逆反心態。
孫承宗立即道：「皇上，遵化等重鎮尚在東夷之手，遼東軍隊沒有了主帥，不是戰敗就是潰散。今日的上策，只有釋放袁崇煥來維繫軍心，讓他立功自贖，又可以保存遼東的勁旅。」
袁崇煥和孫承宗有師生之誼，朱由檢懷疑是孫承宗有私心，想為袁崇煥求情，遂沉吟未答，況且他費了那麼大勁弄倒了袁崇煥，沒有再放他的道理。
朱由檢道：「此事下午再來冬暖閣商議。」
下午時分，接到召見令的只有內閣大臣等重臣，趙謙等非權力中心的人自然去不了。
誰接任勤王軍主帥的問題，孫承宗提議袁崇煥復出，梁廷棟不以為然：「遼兵有祖大壽在，不至於潰散。」
孫承宗說：「哪裡有鳥巢傾翻雛鳥可以保存的道理？祖大壽一介武夫，決不會屈從。」
周延儒問道：「你擔心祖大壽會反叛？」
孫承宗幹過遼東經略，對這些事太有經驗了，十分肯定地點了點頭。
周延儒再問：「幾天之內？」
「不出三天。」
事態的展果然不出孫承宗所料，遼東將士平素對袁督師十分感恩戴德，祖大壽又與滿桂積怨甚深，袁督師被逮，要祖大壽聽滿桂節制，激起遼兵不滿。祖大壽唯恐遭到連累，在十二月初四日早晨，悍然率領遼兵東行，踏上回歸寧遠之路。
這一突事件引起朝廷的震驚，敵兵還未完全退去，一支最有戰鬥力的勁旅撤走，後果不堪設想。
朱由檢心力憔悴，一連幾個晚上都沒睡個安穩覺了，手下的帶兵將領在皇帝的聖旨面前，拍**走人。他憤怒的同時，心中隱藏著深深的無奈，朝廷武力疲憊，稍微能打的遼東鐵騎全是驕兵悍將，這些兵還是自己的嗎？
孫承宗見了皇帝說道：「祖大壽並沒有反朝廷之意，只是害怕由袁督師牽連到他們。要想召回祖大壽，非得有袁崇煥的手書不可。」
朱由檢歎了一口氣，說言之有理，看了一眼梁廷棟：「你等運籌何事？動輒張皇失措，事情既然可行，還不趕快去辦！」
於是內閣六部一行高官趕忙來到監獄，對袁崇煥多方開導，袁崇煥執意不肯：「祖大壽之所以聽我的話，因為我是督師，如今已是罪人，哪裡還能得到他的信任？」
孫承宗自然不信，心道你翅膀長硬了，在老子面前唬誰呢？
「你只手擎遼，生死早已置之度外，天下之人莫不佩服你的忠義，諒解你的心情。作為臣子，只要有利於國家，不惜獻身。死於敵人與死於律法，究竟哪一個更值得呢？」
袁崇煥這才欣然從命，當即給祖大壽寫了書信，言辭極其懇切，要他顧全大局。
朱由檢立即派專人拿著袁崇煥的書信去召回祖大壽。信使星夜疾馳，終於在距離錦州一日路程的地方追上了祖大壽一行。祖大壽下馬捧讀袁督師的書信，泣不成聲，全軍上下一起痛哭。隨軍同行的祖大壽老母問明緣由，果斷地說：「走到今天這個地步，是因為失去了袁督師。幸好還沒有死，你何不立功為他贖罪，乞求皇上赦免。」將士們聽了踴躍歡呼，祖大壽這才下令退回北京。
朱由檢聞訊，大喜過望，頓時又閃現出重新起用袁崇煥統領遼兵的念頭，甚至還說：「守遼非蠻子不可！」事情似乎有了轉機。
大學士孫承宗也在從中斡旋，一方面希望皇上對祖大壽的行動予以諒解，另一方面送去一封密信，勸祖大壽趕快向皇上檢討，表示願意立功為袁督師贖罪。祖大壽終於取得了皇帝的諒解。