弘武元年五月，明帝顯德的一道禪國詔書為朱明王朝長達二百八十二年的統治劃上了句號。伴隨著舊王朝的結束，新王朝的誕生，中原各地也就此結束了延續6年的「軍管狀態」。取而代之的是中華王朝嶄新的行政制度。
新帝國將目前所能控制的行政區域劃分為：黑龍江、遼薊、河北、陝西、山東、安徽、江西、直隸、浙江、福建、河南、湖北、湖南、廣東、廣西、海南、雲南、貴州、四川、陝西、台灣，二十一「行省」。另設立烏思藏宣慰司、朵甘思宣慰司、沃兒都宣慰司、南洋宣慰司，四大「宣慰司」。故而時人又稱其為「四司二十一省」。
此外中華朝在地方行政機構設立上也做了相應的調整，分設省、府、縣三級政府。廢除原來明朝設立的巡撫、巡按、道台等臨時職位。改設「省政使」、「省御使」為省級行政、司法長官；「知府」、「監察使」為府級行政、司法長官；「知縣」、「縣丞」為縣級行政、司法長官。宣慰司級政府則設立「藩司」、「總督」二職負責軍政大權。以上地方官職均由中央統一任命。
這種將地方行政與司法權拆分的佈置，其實算不上是孫露的創新。早在明朝建立之初，明太祖朱元璋為了防止日後出現唐朝末地方勢力割據的情況。他便在地方設立了布政使、提刑按察使和都指揮使，來拆分地方的行政權、司法權和兵權。但從永樂年間起，明朝皇帝為了加強中央統治，對付地方出現的農民起義，又另設了巡撫、巡按、總督等官職來監視地方官員。然而，正如唐朝的節度使一樣，巡撫和總督最終沒有幫助中央完成加強控制的任務。相反這些下放的巡撫、總督們最終成了集行政、司法、軍事為一身的地方最高長官。並逐漸演變成了南明時期的地方割據勢力。中華朝廢除巡撫、巡按等職，將地方行政權和司法權再次拆分，也正是為了防止再次出現地方割據勢力。
與地方行政、司法機構相對應的是各級地方議會。由於之前中原各地還處於戰亂之中，因此之前僅東南、華南地區建立起了比較完善的地方議會。然而隨著帝國疆域的擴大、政局的穩定，其他內陸地區也開始陸續組建地方議會起來。為了便於日後的管理，提高議會的運作效率，中華朝在制定行政制度的同時，亦制定了一套完整的議會制度。
依照中華朝的規定地方議會同樣分為「省議會」、「府議會」、「縣議會」三級。其中以縣議會為基礎，由民眾推選出縣議員；再由縣議會選舉產生府議員。以此類推，逐級選舉，最後由省議會選舉出國會議員，代表各省赴京參加五年一度的國會。當然皇帝欽點的國會議員可直接進入國會，不必經過層層選舉。
此外在理論上，各級地方議會僅對同級或同級以下的地方政府擁有「質詢權」、「立法權」及「財政權」。但依照《弘武憲誥》中有關議會的條款規定：如若一省或一府中三分之二以上的府（縣）議會，對其上級議會表示不滿，可聯名上書中央要求解散上級議會重新選舉。同樣的三分之二以上的府（縣）議會也可通過聯名上書，跳過上級議會直接彈劾質詢上一級地方行政司法官員。但省議會要彈劾國會或內閣，則需要四分之三以上的省議會聯名上書，且需得到皇帝的首肯。
除了對地方制度進行了重新整改外，中華朝的中央行政、司法機構亦發生了一番不小的改動。隨著海禁的開放、商業的發展、以及政府對庶政的日益重視，明朝中央行政結構過於簡陋無法適應社會發展的問題也跟著日漸顯露。當然這其實並不是什麼新鮮問題。由於當初朱元璋在設計行政制度時，就帶著不少烏托邦色彩。這位農民皇帝將他的國家當作了一個大村莊。商業、工業等等因素都被排斥在了國家的控制之外。然而，事實卻是整個世界都在發展，無論皇帝願意與否社會的分工都在變得越來越細化。國家這艘龐大的帆船，已經不可能再像二百多年前那樣，在皇帝一人的督導下按照釐定分工合作的程序週而復始地運轉了。它需要船上的每一個人都發揮其作用來應付可能發生的諸多暴風雨。
於是在經歷了隆武朝六年的摸索後，中華朝的新內閣由原來的六部，擴充為十二部，分設：內務部、財政部、文教部、外務部、樞秘部、警務部、工商部、農林部、工務部、軍務部、陸軍部、海軍部。並依照《弘武憲誥》中的規定，由皇帝從這十二個尚書中指派內閣首相。借於孫露曾以兵部尚書的身份出任內閣首相，為了不給新朝遺留下隱患，防止日後軍人弄權。黃宗羲等人便在修定《弘武憲誥》時特意註明軍務、陸海三部尚書不得出任內閣首相。雖然此舉明顯限制了軍方在內閣中的作用。但比起前朝來軍人在政治上的地位還是得到了極大的提高。
而新內閣中刑部的廢除也標誌著中華朝行政機構與司法機構的徹底分離。一直以來由刑部、督察院、大理寺構成的三法司是封建制度下典型的政法合一體系。這使得中國的司法制度始終難以得到獨立。雖然孫露在隆武朝時便已將督察院與大理寺合併為司法院，但內閣依舊能通過刑部來控制整個司法系統。因此，為了讓司法院能更好的制橫內閣，此次的新內閣中廢除了沿用百年的刑部。只保留其部分安全防暴職能，改由警務部替代。
相比地方政府和內閣的改組，中華朝的司法機構這次變更的幅度就明顯小得多。這一來是因為中華朝的司法體系剛剛開始獨立，還未能完全成型。二來則是因為明朝的司法機構本來就比其他行政機構要臃腫得多。因此新朝依舊遵循隆武朝精簡機構的原則，將最高司法機構定為「司法院」。司法院下設「大理寺」和「督察司」，並由此二司延承之前刑部的部分職能。其中大理寺作為中華朝的最高上訴機關，下設刑科、民科、吏科，分別處理刑事案件、民事案件、以及行政案件。
中華朝這一系列的制度重整，不僅是為了整頓明朝的種種弊政治，更是為了擺脫之前六年軍政內閣對國家的不良影響。特別是戰爭結束後軍隊的改制更是擺在孫露和內閣面前的嚴峻任務。當然軍隊乃是國家的根本。一味的放縱，或是一味的打壓，都是危險的舉動。只有在循序漸進中將軍隊由亂世的「戰鬥狀態」轉化為和平時代的「備戰狀態」，才不會使國家喪失安全和戰鬥力。而這一轉變最先就是從劃分軍區開始的。此次軍務部在先前劃分的二十五個行政區的基礎上，分別設立了甘陝路、遼薊路、直隸路、閩粵路、滇貴路等五路軍區。其中除直隸路擔當戰略預備軍區外，其他各路軍區都有明確的職責和作戰對象。每一路軍區各設一名督統，一名總監負責統領該路軍區的軍務。
於是依照著中華朝有關行政、司法、軍務的一系列設定，弘武皇帝孫露在登極的當天便簽署了新內閣以及司法院的名單。分別由史可法任內務尚書、陳邦彥任財政尚書、朱舜水任文教尚書、李啟新任外務尚書、陳子龍任樞秘尚書、範例任警務尚書、羅勝任工商尚書、沈廷揚任農林尚書、方以智任工務尚書、蕭雲任軍務尚書、張煌言任陸軍尚書、陳奇策任海軍尚書。以此組成弘武內閣由陳邦彥出任內閣尚書。另由沈猶龍出任司法院左督御史；湯來賀出任司法院右督御史兼大理寺卿。
毫無疑問在這份內閣與司法院大臣的名單當中復興黨佔據了三分之二以上的席位。至於在司法院與內閣十二部下屬的中高層官員中復興黨所佔的比例更是遠遠超出了這個比例。當然這本就是眾人意料之中的事。就像是由陳邦彥出任內閣首相一樣，乃是眾望所歸的結果。至於史可法、朱舜水的留任則是更多的是出於對舊內閣的一種象徵性的尊重。而陳子龍、沈廷揚兩位東林黨系的大臣依舊被留在內閣倒是讓眾人稍稍吃了一驚。可這都沒有黃宗羲的落選讓人覺得驚愕。
作為內閣少壯派的代表人物，黃宗羲不但是陳邦彥的左膀右臂，陳子壯的得意門生，更是弘武帝孫露的心腹寵臣。就連這次極其重要的《弘武憲誥》也都是由他負責編撰的。因此之前人們便已然將他視做了未來新內閣的寵兒。然而讓所有人都大跌眼鏡的是，這一次內閣尚書的名單中竟壓根兒沒有提黃宗羲的名字。這不僅讓局外人覺得不可思議，難以理解。就連黃宗羲本人對此事也抱有很大的想法。因此此刻的他雖身處皇宮陪著君王下棋，卻遠沒有先前報告《弘武憲誥》時那麼興致高昂了。
黃宗羲的這點小小心理活動自然是逃不過孫露那雙慧眼的。卻見她一邊揣摩著棋子兒，一邊悠然地開口道：「黃大人今日的興致不高嘛。還是在想內閣尚書的事嗎？」
「回陛下，臣資歷尚淺不敢有此非分之想。」黃宗羲趕忙低下了頭回應道。其實心高氣傲的他對那件事還是挺在意的。可是事實已是如此。自認能力見識不輸於別人的黃宗羲只好往資歷那方面去想。畢竟以他的年紀和資歷出任內閣侍郎也算是難得。
「黃卿家不必太過謙遜。對於卿家的才學與能力朕向來是頗為欣賞的。卿家這幾年的功績也是朝野上下有目共睹的。」孫露說到這兒停頓了一下，抬頭望著黃宗羲道：「卿家還年輕，日後有的是機會。」
「陛下所言甚是，臣定當牢記於心。」不敢正視孫露的黃宗羲恭敬地回道。
「黃卿家能有這份胸懷就好。」孫露點了點頭，繼而又微笑著說道：「算起來，黃卿家進入內閣也有六年了吧。屈指算來也算是有些資歷了。但有些東西光在中央辦事是學不全的，得要走出去才能有大收穫哦。」
「陛下的意思是？」黃宗羲疑惑的問道。他隱約覺得孫露似乎有將他外放的打算。
果然，還未等黃宗羲問完，孫露緊接著便自顧自的說道：「朕的意思其實很簡單。如今朕雖已將國都選在了南京。可北京城終究是做了中原百年的國都。而朕也希望能將北京作為陪都繼續保留，以此來帶動華北、遼薊等地的發展。因此朕現在需要有一個既有能力又可靠的人坐鎮北京督師冀遼。」
「陛下，您，您該不會是想讓臣去吧？！」不敢相信自己耳朵的黃宗羲驚愕地問道。他當然知道北京城的重要地位。事實上，之前內閣大臣們便已經就國都設立的問題討論多次了。其中就有一部分大臣建議孫露遷都北京。理由是北京地處龍興之地，是能聚集龍氣的地方。至於南京雖然也是龍盤虎踞之地，但畢竟是偏南了一些。且定都南京的朝代大多不怎麼興盛。此外定都北京還能加強對北方地區的控制。當然隨之邇來的風險也不小。北方的遊牧民族一旦翻越長城便能長驅直入至北京城下。從土木堡事變，到後來滿清的多次入口之戰，都使明朝的京師始終籠罩在戰爭的陰影下。此外在經歷了數十年的戰亂後北京城以及北方大部分地區已然是殘垣斷壁，一片荒涼。因此也有不少大臣反對遷都北京。內閣眾大臣在權橫了一番利弊後，覺得南京政局穩定且已然成為了帝國的金融中心、政治中心。最後還是決定將國都定在了南京。
但此刻聽孫露這麼一說，黃宗羲覺得皇帝心中還是更偏向於北京的。當然正如許多大臣所提議的那樣，目前定都北京還有許多不成熟之處。但先將其定為陪都，再為日後的遷都做準備也未嘗不可。如如若真是這樣那外放北京可就是意義不凡了。毫無疑問坐鎮北京的可比留在南京擁有更多施展才華的機會。一想到這些黃宗羲一下子便將內閣尚書的事拋在了腦後，忍不住心癢癢起陪都府尹來。不過他雖然很希望得到這個職位，卻又怕孫露不允他。於是便只好眼巴巴地看著棋盤傻笑了。
眼見著黃宗羲一副躍躍欲試的模樣，孫露不由爽朗地一笑道：「那是當然。這個陪都府尹的位置除了黃卿家，朕還真想不出第二個人選來呢。」