神農接任了族長後，有姜部落不斷壯大，神農和有姜部落的名聲，連伏羲都聽到了，於是他決定自己親自去看看，來到了有姜部落，只見部落裡有水的低處種著稻子，無水的高坡上種著麥子，又有粟、蕎、薔間或期間，到處一派綠油油的景象。農夫在地裡耕作，小孩在壟裡玩耍，人們過的幸福快樂，伏羲找了幾個人問答，都道這是首領神農的功勞，伏羲心下甚是高興。
神農聽說天下共主來了，連忙率人前來迎接，伏羲見神農身材魁梧，皮膚黝黑，想是長期在地裡勞動所致，於是便問了神農幾個關於種植莊稼的問題，神農自然是對答如流。伏羲又問了神農幾個關於管理洪荒眾部落的問題，發現神農也能推陳出新，提出許多好的見解。伏羲歎道：「神農真為大賢啊！」再問下去越問越驚訝，他只發現神農還對行兵佈陣有研究，他最厲害的還是治病。最後發現他和自己一樣都是聖師玉玄的弟子就以師兄弟相稱起來。
伏羲便邀請神農前去陳都，神農如何不從？辭別家人，找個助手接管了自己的事物，與伏羲一起去了。到陳都，神農輔佐伏羲，處理政務井井有條，一些困難的事情也很好的解決了。
這一日太清境大赤天太上老君的弟子玄都大法師從大赤天來到陳地，伏羲將玄都大法師迎入屋中，只聽玄都大法師說道：「貧道奉老師之命前來告訴人皇，人皇已然功德圓滿，當將人皇之位傳給他人，功成身退，到火雲洞靜修。」伏羲聽到此言大喜，忙讓人準備傳位之事。玄都大法師傳訊完畢後便回大赤天去了。
伏羲將烈山氏召來說道：「我不日就要退位到火雲洞靜修，這些年你做事我都看在眼中，人族之中你是最有才華的一個，我準備將人皇之位傳於你，你去準備一下吧。」說完便讓烈山氏去準備接位之事。數日之後，玄都大法師再次來到陳地，對伏羲說道：「快擺香案，老師要來了。」伏羲忙讓人擺好香案準備迎接聖人。不一會天上降下瑞氣千條，飄來一朵紫雲，太清聖人太上老君騎著兕牛由金角童子牽著繩駕雲而來。眾人忙跪拜迎接聖人，伏羲帶頭說道：「弟子伏羲率人族各頭領參見太清聖人。」老子說道：「不必多禮，起來吧。」
眾人起身後便在太清聖人的主持下見證了伏羲與烈山氏皇位交接的儀式。就見在伏羲將皇位傳給烈山氏的時候，天上降下霞光照在伏羲身上，須臾霞光散去，伏羲對太上老君說道：「勞煩師兄前來接我。」
原來就在天降功德加身的時候，伏羲便已恢復了前世的記憶，而且證得天皇之位。他知道自己很倒霉的掛在巫妖大戰中，經歷百世輪迴才成為現在的自己。伏羲又轉身對神農說道：「皇弟，為兄在火雲洞等你。」說完便向花果山方向一拜，接著跟著老子向火雲洞行去。伏羲證得天皇之位時，花果山再次降下一份功德，玉玄將其收取。
繼位後神農氏教民種五穀後，並不單單靠天而收，還教民打井汲水，對農作物進行灌溉。同時，他還發明了陶器，解決了人類的生活用具——器皿和陶盆、陶罐等。
農業的出現，人類的勞動果實已有剩餘，這時，神農氏設立集市，讓大家把吃不完，用不了的食物和東西，每天中午拿到集市上去交換，從而出現了原始的商品交易。還治麻為布，使民著衣裳。更削木為弓，以威天下。
神農之教曰：「丈夫丁壯而不耕，天下有受其饑者，婦人當年而不織天下有受其寒者，故身自耕妻親蠶以為天下先。」神農管理部落，治理天下很有方法。他不望其報，不貪天下之財，而天下共富之。智貴於人，天下共尊之。他以德以義，不賞而民勤，不罰而邪正，不忿爭而財足，無制令而民從，威厲而不殺，法省而不煩，人民無不敬戴。
之後因為糧食吃不完，腐爛在倉庫中，神農又經過觀察叫人養起牛、羊、馬、豬、狗、雞六種牲口和家禽來，統稱六畜。自此人族可以不用打獵也有肉吃了。五穀六畜的出現，標誌著人類文明進入了一個嶄新的農業發展階段。這時候，人類的勞動果實已有剩餘。
不說人族，就說巫族因為玉玄的關係比原來的世界強大了不少，比如后羿，誇父等高手保留了下來，只是沒了祖巫，大巫誰了不服誰，可是巫族出了一個怪胎蚩尤，蚩尤有八隻腳，三頭六臂，銅頭鐵額，刀槍不入，而且天生能控制兵器，實力發展的飛快，而且出生就有元神，是巫族唯一有元神的，最重要的是他研究出讓巫族和人族結合生出的巫人雖然實力小了一些，但出生率卻大大增加，這樣等於解決了巫族出生率低下的問題，他以這個功績立刻得到其他大巫的認同，成為巫族之主，之後又集合巫族建造了一個大部落叫「九黎」，日夜打造兵器，操練兵馬，意圖打敗人族，奪回大地，此時的神農還不知道危險，正專心發展生產。
話說另外一邊，天下看到伏羲成聖的時候，上天降下的大功德分了玉玄一部分，這些修士別的可能不感興趣，可是對功德和好的法寶慾望卻是比一般人還厲害，這些修士打聽之下現在的共主居然神農也是玉玄的弟子，大為嫉妒，但沒辦法，只好抓緊時間尋找繼任者，其中又以廣成子最聰明，他想如果玉玄和他們爭奪，與玉玄在人族的威望，誰能爭得過他，於是到花果山套套口風，沒想到不但得到玉玄不跟他爭的肯定答覆，還從玉玄處知道那人皇將出現在有熊部落，可憐廣成子高高興興的去找有熊部落但那有熊部落還是個小部落，如何能輕易找到，找到了還有個強大的巫族等著他呢。