因為關於大眾感情方面若非通過諸派異端的研究，我們在當時的著作中是找不到任何暗示的。異端中，使人最感興趣的，而且是最龐大的一派，便是喀薩利派，他們在法蘭西南部以阿勒比占西斯派著稱。他們的教義是經由巴爾幹諸民族由亞洲方面傳來的；在意大利北部流布得很廣，在法蘭西南部受到絕大多數人的信仰，其中包括樂於尋求借口用以沒收教會地產的貴族。異端所以傳佈得如此廣闊，部分是由於十字軍戰敗所產生的沮喪情緒，但主要卻是起因於對僧侶階級的富有和惡行的道德上的憎惡。當時流行著一種類似後世清教主義般的崇尚個人聖潔的心理，這種心理是與崇拜清貧連在一起的。
教會是富有的和十分世俗的：大多數祭司都是極端不道德的。托缽僧控訴一些舊有的教團和教區祭司，斷言他們利用懺悔室來誘惑婦女，托缽僧的對手則以同樣的指控反責。毋庸置疑，這樣的指控多半是公正的。教會越以宗教的理由要求教權高於一切，民眾越為教會的言行不符而震駭。最終導致宗教改革的同一動機，在13世紀中已在起著作用。期間主要的區別則在於這時的俗界統治者還不敢把自己的命運和各派異端結合在一起；而這大半由於這時還沒有一種現存的哲學能把異端教義與國王們對統治權的要求調和起來。我們已無法確知喀薩利派的異端教義，因為我們所依據的只有來自其敵方的證言。
此外由於教士們，通曉各派異端的歷史，慣於根據一些不太貼切的類似點，把現存的異端教派貼上某種熟知的標籤，並將以前各種異端教派的教義附會於某種現存的異端教派的名下。儘管這樣，其中也還有許多事是令人無法置信的。喀薩利異端似乎是二元論者，有如諾斯替教派一樣，他們認為舊約中的耶和華是一個邪惡的造物主，真正的上帝只啟示於新約全書之中。他們認為物質在本質上是邪惡的。並且相信善人死後並無肉體的復活。然而惡人，卻要遭受輪迴之苦，投生為動物。由於這種理由，他們都是素食主義者，就連雞蛋、奶酪、牛奶都不食用。但他們卻吃魚，因為他們以為魚類是以無性生殖而繁殖的。
一方面，他們憎惡一切性行為，有人說，結婚甚至比姦淫還要壞。因為結婚是持續的和自我滿足的。另一方面，他們對於自殺卻無異議。他們比正統教派還要拘泥於新約全書的字面解釋，他們戒絕發誓，當有人打他們左臉時他們當真把右臉也給人去打。據其迫害者的記載，有一次一個被指控的異端信徒的人，曾為自己辯護說，他吃過肉，撒過謊，發過誓，並且是個上好的天主教徒。該派嚴格的教規只讓那些特別聖潔，被稱為「完人」的人來遵守：其餘的人是可以吃肉或甚至結婚的。追查這些教義的來歷是饒有興趣的。它們是從保加利亞的一個叫波哥米勒斯教派，經由十字軍軍人，傳至意大利和法蘭西的：1167年喀薩利異端在圖路斯附近召開會議時，保加利亞代表也出席了會議。而波哥米勒斯教派則是摩尼教派和保羅教派二者混合的產物。保羅教派是阿爾美尼亞的一派，他們反對嬰兒受洗、煉獄、禱念聖者和三位一體；他們逐漸傳入色雷斯，以後才傳入了保加利亞。保羅教派信徒是馬爾西翁的追隨者。馬爾西翁認為自己在排斥基督教中的猶太成分方面是追隨聖保羅的。他雖沒成為一個諾斯替教派的信徒，但卻和他們有著幾分機緣。
此外要提到的，另一個流行頗廣的異端便是瓦勒都教派，他們是彼得·瓦勒都的信徒。瓦勒都是一個狂信者，他在1170年發動了一次遵守基督律令的十字軍。他把所有財產都周濟了窮人，並且創立了一個社團，名為「里昂窮人」，厲行安貧樂道的生活。最初他們還得到了教皇的嘉許，但由於他們對僧侶的不道德斥責的有些過分，終於在1184年遭到維羅納宗教會議的譴責。此後他們決定凡是善良的人都有資格傳道講經，他們自行指派傳教士並廢除了天主教祭司所行的禮拜儀式。他們傳佈到倫巴底後，又擴展到波希米亞，並在這裡給赫斯教派鋪平了道路。阿勒比占西斯派遭受迫害時他們也受到了影響，他們中間很多人逃往丕德蒙特。密爾頓時代中他們在丕德蒙特遭受迫害時，曾激起詩人寫出「噢，上帝，為遭受屠戮的眾聖徒復仇吧」這首十四行詩。
至今在偏僻的阿爾卑斯山谷和美國還有該派的信徒。所有這些異端都曾引起了教會的驚恐，於是教會採用了強力的手段來進行鎮壓。尹諾森三世認為異端教徒合該處以極刑，因為他們犯了背叛基督的罪。1209年他號召法蘭西王發起一次十字軍以討伐阿勒比占西斯教派。作戰之殘暴令人難以置信，特別是在攻克卡爾卡松納之後，曾進行過一次駭人聽聞的大屠殺。搜索異端原是主教們的工作，但這對另有其他職責的人來說是過於繁重的，於是格列高利九世在1233年設立了宗教裁判所，來接辦主教的這項工作。1254年以後，凡由宗教裁判所起訴的人都不准有辯護人。並且一經定罪，財產即被沒收——在法蘭西則歸於國王。當查明被告確屬有罪時，便把他交給俗界當局，同時並附以祈禱說願他的生命獲得赦免；但如俗界當權者未將犯人燒死，那麼，他們自己也可能遭到宗教裁判所的傳訊。
宗教裁判所不但處理一般的異端案件，而且審問妖術和魔法。在西班牙，宗教裁判所的主要活動是針對著秘密的猶太教徒。這項工作大半是由多米尼克教團和弗蘭西斯教團的僧侶來擔任。這種裁判制度從未滲入斯堪的納維亞和英格蘭。然而英格蘭人卻毫不猶豫地利用它以懲戒聖女貞德。總之宗教裁判所是很成功的，一開頭，它就把阿勒比占西斯派徹底肅清了。天主教會，在13世紀初葉，曾一度處於叛亂的危境之中，按其可怕的程度，並不比16世紀時的叛亂稍有遜色。叛亂之得以避過，大半應歸功於托缽僧團之興起；聖弗蘭西斯和聖多米尼克，為維護正統教義所作出的貢獻甚至比最有力的教皇還要多些。
阿西西人聖弗蘭西斯是歷史上最可愛的人物之一。他生於一個小康之家，少年時代並未曾厭棄通常的宴樂。有一天當他騎馬路過一個麻風患者的時候，他忽然為了一陣憐憫心感動得跳下馬來，和那患者親吻起來。嗣後不久，他決意放棄所有屬世的財物，並獻身於傳道和慈善事業。他父親，是一個相當有地位的商人，聞聽之下，大發雷霆，但終亦不能制止他。不久他集聚了一夥追隨者，人人立誓過清貧的生活。起初，教會以懷疑的眼光注視這一運動，因為這運動過分像「里昂的窮人」。聖弗蘭西斯遣往遠方去的第一批傳教士，竟被當做異端，因為他們的確力行清貧，不僅在口頭宣誓，而且認真對待。但尹諾森三世卻足夠精明地看出如把這個運動保留在正統教義範圍以內，它將是很有價值的。因此，在1209年或1210年他便承認了這個新教團。教皇格列高利九世是聖弗蘭西斯的私人朋友，他始終不渝地贊助他，但同時也強加給他一些戒律，而這些戒律和這位聖者狂熱無政府主義的內心衝動是有所牴觸的。
聖弗蘭西斯希望以可能的最嚴格的方式來解釋清貧誓約，他反對他的信徒佔用房產或教會。他們須以行乞為生，除碰到受人款待之外不許有住所。1219年，聖弗蘭西斯到東方去遊歷並在蘇丹王前講道，王待之以禮，但未改變自己的回教信仰。他回來時發現弗蘭西斯教團僧侶為他們自己修了一所房屋，他為此深感痛苦，但教皇卻勸導他或迫使他作出讓步。他死後，教皇追授他為聖者，但卻放寬了清貧戒律的尺度。論聖潔也有和弗蘭西斯不相上下的人，然而他那樂天的態度、博愛的精神和詩人的才華卻使他超然立於其他聖者之上。他的善良，就像是渾然天成的一般，從來沒有什麼斧鑿的痕跡。他愛眾生，這不僅表現在他做一個基督徒和一個慈善家，而且表現在作為一個詩人上面。在他臨死之前寫的太陽頌幾乎像是出自伊克納頓——太陽的膜拜者的手筆，但也不盡然如此——儘管不甚明顯，賦予這首頌詩性格的還是基督教。他自覺對麻風患者負有責任，這全是為了他們，而不是為了他自己；他不像大多數基督教聖徒，他關心別人的幸福多於他自身的得救。他從未表示過任何優越感，即使是對那些最卑賤的和最奸惡的人也不例外。
普拉諾人托馬斯說，他在眾聖徒中是一個超聖徒，在眾罪人中他是他們中的一個。假如真有撒旦的話，為聖弗蘭西斯所創立的教團的來日必將使撒旦感到心滿意足。作為教團首腦的聖徒的直接繼承人，以利亞兄弟是個窮奢極欲的人，他已全面容許放棄清貧的生活。在他們的創始人剛去世的幾年裡，弗蘭西斯教團的主要工作便是在規勒夫派與基伯林派殘酷而血腥的戰爭中充當募兵官的角色。弗蘭西斯死後七年成立了宗教裁判所，在某幾個國家中這主要是由弗蘭西斯派來領導。期間有少數稱為屬靈派的信徒依舊忠實於他的遺訓，但其中有好些人卻因異端罪名被宗教裁判所燒死。這些人認為基督和使徒們毫無財產，甚至連他們身上穿的衣服都不屬於自己，這種見解在1323年被約翰二十二世判為異端。總之聖弗蘭西斯一生努力的結果，只不過在於又開創了一個更為富有更為腐化的教團，用以加強教階制度，並助長對所有道德忠信和思想自由的優秀人物的迫害。從他自己的宗旨和品德來看，我們當真無法想像世界上還有什麼結局比這個更為令人苦笑的了。
聖多米尼克的事跡還不如聖弗蘭西斯的有趣。他是一個卡司提亞人，他和羅躍拉一樣對正統教義有著狂熱的信仰。他的主要宗旨是攻擊異端，並以貧窮作為達到這個目的的手段。自始至終他參加了討伐阿勒比占西斯異端的戰爭，雖然有人說他對這次戰爭中一些殘虐行為也曾有過傷心落淚的事。多米尼克教團在1215年為教皇尹諾森三世所建立，並迅速獲得了成功。我所知道的聖多米尼克所有的一點人情味就是他對撒克森尼人約旦的自白：在青年婦女和老年婦女間，他更多地喜歡同青年婦女談話。1242年教團發出一項莊嚴的教令指出這段記載，必須從約旦著的《多米尼克傳》中刪掉。
多米尼克教團僧侶在教會裁判所的工作中比弗蘭西斯教團僧侶更為積極。可是由於他們致力學術，他們曾給人類作出了一些有價值的貢獻。然而這卻不是聖多米尼克的本意，他曾命令他門下的托缽僧們「除經特別許可外不得學習俗界科學和文藝」。這條禁令在1259年撤銷了。此後又採取了一切措施，以保證多米尼克教團僧侶的學術生活過得安適。在他們，體力勞動不是必盡的義務，虔修功課也縮短了，以便給他們更多的時間從事研究。他們致力於調和亞里士多德和基督，阿勒貝爾圖斯·馬革努斯和托馬斯·阿奎那兩人都屬於多米尼克教團，在完成這項工作上，他們做到了一切能夠做到的事。托馬斯·阿奎那的權威更是凌駕一切，以致後世的多米尼克教團僧侶在哲學上竟沒有獲得更大的成就。
雖然弗蘭西斯教團僧侶比多米尼克教團僧侶更厭惡學問，但在緊接的下一個時期中，哲學界的偉大人物卻都是弗蘭西斯教團僧侶，如羅吉爾·培根，鄧·司各特和奧卡姆人維廉，都是弗蘭西斯僧侶。托缽僧們在哲學上的成就，將作為以下幾章中的主題。