當我們問到一件事「為什麼」的時候，我們指的可以是下列兩種事情中的一種，我們可以指：「這一事件是為著什麼目的而服務的？」或者我們也可以指：「是怎樣的事前情況造成了這一事件的？」對前一個問題的答案就是目的論的解釋，或者說是用最終因來解釋的；對於後一問題的答案就是一種機械論的解釋。我看不出預先怎麼能夠知道科學應該問的是這兩個問題中的哪一個。或者，是不是兩個都應該問？但是經驗表明機械論的問題引到了科學的知識，而目的論的問題卻沒有。原子論者問的是機械論的問題而且作出了機械論的答案。可是他們的後人，直到文藝復興時代為止，都是對於目的論的問題更感興趣，於是就把科學引進了死胡同。關於這兩個問題，卻都有一條界限往往被人忽略了，無論是在一般人的思想裡也好，還是在哲學裡也好。兩個問題沒有一個是可以用來確切明白地問到實在的全體的，它們都只能問到它的某些部分。
至於目的論的解釋，它通常總是很快地就達到一個創世主，或者至少是一個設計者，而這位創世主的目的就體現在自然的過程之中。但是假如一個人的目的論竟是如此之頑強，而一定要繼續追問創世主又是為著什麼目的而服務的，那麼，十分顯然他的問題就是不虔敬的了。而且，這也是毫無意義的，因為要使它有意義，我們就一定得設想創世主是被一位太上創世主所創造出來的，而創世主就是為這位太上創世主的目的而服務的。因此，目的的概念就只能適用於實在的範圍以內，而不能適用於實在的全體。一種頗為類似的論證也可以用於機械論的解釋。一件事以另一件事為其原因，這另一件事又以第三件事為其原因，依此類推。但是假如我們要求全體也有一個原因的話，我們就又不得不回到創世主上面來，而這一創世主的本身必須是沒有原因的。因此，一切因果式的解釋就必定要有一個任意設想的開端。這就是為什麼在原子論者的理論裡留下來原子的原始運動而不加以說明，並不能算是缺欠了。不應當設想原子論者提出來的理論的理由完全是經驗的。
原子理論在近代又復活了，用以解釋化學上的事實，但是這些事實希臘人並不知道。在古代，經驗的觀察與邏輯的論證二者之間並沒有什麼很顯著的區別。的確，巴門尼德是輕視觀察到的事實的，但是恩培多克勒和阿那克薩哥拉卻把他們大部分的形而上學和對於滴漏與轉水車的觀察結合在一起。直到智者時代為止，似乎還沒有一個哲學家曾經懷疑過一套完整的形而上學和宇宙論是由大量的推理與某些觀察相結合就可以建立起來的。原子論者非常幸運地想出了一種假說，兩千多年以後人們為這種假說發現了一些證據，然而他們的信念在當時卻是缺乏任何穩固的基礎的。巴門尼德反對「不存在」的論證，在邏輯上似乎用之於反對虛空也同樣是無可反駁的，並且在彷彿是沒有東西的地方卻還有空氣的存在，這一發現就更加強了巴門尼德的論證。我們可以把巴門尼德式的立場表示如下：「你說有虛空，因此虛空就不是無物，因此它就不是虛空。」我們不能說原子論者已經答覆了這一論證，他們僅僅宣稱他們認為應該略掉這一點，理由是運動乃是一件經驗中的事實，因此就必定有虛空，無論它是多麼難以想像。
在德謨克利特之後，更多的哲學家們探討了原子和虛空的問題。在他們看來，避免這一邏輯困難的最初的最顯著的辦法就是把物質和空間區分開來。按照這種看法，空間並不是無物，而是具有容器的性質。它的某一部分可以是，也可以不是，充滿了物質的。亞里士多德說：「虛空存在的理論就包含著位置的存在，因為一個人可以把虛空定義為抽掉物體之後的位置。」這種觀點被牛頓以極其明確的方式提了出來，牛頓肯定絕對空間的存在，因而就區別開了絕對運動與相對運動。在哥白尼學說的論戰裡，雙方都是接受了這種見解的，因為他們認為：「天體從東向西旋轉」和「地球從西向東轉動」這兩種說法是不同的。但如果一切運動都是相對的，那麼這兩種敘述就僅僅是同一件事物的不同說法罷了，就像是說「約翰是詹姆士的父親」和「詹姆士是約翰的兒子」一樣。
但是如果一切運動都是相對的，並且空間是非實質的，那麼我們手裡就留下了巴門尼德式的反對虛空的論證了。笛卡兒的論證和早期希臘哲學家的論證正好是同樣的，他說廣袤是物質的本質，因此處處都有物質。「廣袤」對於笛卡兒來說，乃是一個形容詞，而不是一個實體字；它的實體字便是物質，而沒有實體字它就不能存在。空虛的空間對於他來說，正像是說幸福而可以沒有一個幸福的感受者是同樣地荒謬。萊布尼茨的立場多少有些不同，他也相信有充滿，可是他以為空間僅只是種種關係的一個體系。在這個題目上他和牛頓之間有過一場著名的爭論。這個爭論在愛因斯坦的時代以前始終懸而未決，但是愛因斯坦的理論把勝利決定性地給予了萊布尼茨。在近代，物理學家們雖然仍然相信物質在某種意義是原子的，但是並不相信有空虛的空間。就在沒有物質的地方，也仍然有著某種東西，特別是光波。
物質已經不復具有它在哲學中通過巴門尼德的論證所獲得的那種崇高的地位了。它並非是不變的實體，而僅僅是事件集合的一種方式。有些事件屬於可以被我們認為是物質事物的集群；另有些事件，例如光波，則不是。唯有事件才是世界的材料，而每一事件都是為時極其短促的。在這一點上，近代的物理學是站在赫拉克利特的那一邊而反對巴門尼德的。但是在愛因斯坦和量子論以前，它卻始終是站在巴門尼德那一邊的。
至於空間，近代的觀點是：空間既不是一種實體，像牛頓所說的那樣並且像留基波和德謨克利特所說的那樣，也不是伸展著的物體的一個形容詞，像笛卡兒所想的那樣，而是種種關係的一個體系，像萊布尼茨所說的那樣。現在還一點兒弄不清楚，這種觀點是不是能與虛空的存在相符合。或許就抽像的邏輯來說，它是可以與虛空相調和的。我們可以說在任何兩件事物之間總有一定的或大或小的距離，而這一距離並不蘊涵著有中間事物的存在。可是這樣的一種觀點在近代物理學裡是無法應用的。自從愛因斯坦以後，距離只是存在於事件之間，而不是存在於事物之間了，它既包括時間也包括空間。它在本質上是一種因果的概念，並且在近代物理學裡作用是不會隔著距離的。然而這一切都是根據經驗的理由，而非根據邏輯的理由。
此外，近代的看法除非是以微分方程式便無法表述，因此它是古代哲學家們所不會理解的。因而原子論派的觀點之邏輯發展的結果便似乎是牛頓的絕對空間的理論，這種理論遇到的困難乃是必須把實在歸之於「不存在」。對於這種理論並沒有任何邏輯上的反對理由。主要的反對理由就是絕對空間乃是絕對不可知的，因此在經驗科學中就不可能是一種必要的假設。更實際的反對理由就是，物理學沒有它也能前進。但是原子論派的世界在邏輯上仍然是可能的，並且要比任何其他古代哲學家的世界都更接近於實際的世界。自此而後，儘管有著空前無比的成就，然而卻呈現了某些衰落的最初萌芽，然後就是逐漸地衰退。
德謨克利特以後的哲學——哪怕是最好的哲學——的錯誤之點就在於和宇宙對比之下不恰當地強調了人。首先和智者們一起出現的懷疑主義，就是引導人去研究我們是如何知道的，而不是去努力獲得新知識的；然後隨著蘇格拉底而出現了對於倫理的強調；隨著柏拉圖又出現了否定感性世界而偏重那個自我創造出來的純粹思維的世界；隨著亞里士多德又出現了對於目的的信仰，把目的當做是科學中的基本觀念。儘管有柏拉圖與亞里士多德的天才，但他們的思想卻有著結果證明了是為害無窮的缺點。從他們那時候以後，生平就萎縮了，而流俗的迷信便逐漸地興起。作為天主教正統教義勝利的結果，就出現了部分的新面貌，但是要一直等到文藝復興，哲學才又獲得了蘇格拉底的前人所特有的那種生平和獨立性。
總之，德謨克利特被認為是避免了後來曾經損害過所有古代和中世紀思想的那種錯誤的最後一個哲學家。我們迄今為止所探討過的所有的哲學家們，都曾致力於一種無所為而為的努力想要瞭解世界。他們想像中的瞭解世界要比實際的情形輕而易舉得多，但是沒有這種樂觀主義他們就不會有勇氣做出開端來的。他們的態度只要不是僅僅體現他們時代的偏見的，大體上可以說是真正科學的。但它不僅僅是科學的，它還是富於想像的、生平蓬勃的，並且充滿了冒險的樂趣。他們對一切事物都感興趣——流星和日月食、魚和旋風、宗教和道德，他們結合了深沉的智慧和赤子的熱誠。