2002年初，史玉柱推出維生素產品「黃金搭檔」，並於1年之後，將黃金搭檔生物科技公司75％的股權以12.4億元人民幣的價格出售給段永基領導的四通電子，史玉柱出任四通控股CEO。2002年和2003年期間，上海健特生物科技公司先後成為華夏銀行和民生銀行的股東。
2004年11月，史玉柱成立征途公司，進入網絡遊戲產業。2006年10月，他宣稱《征途》遊戲單月贏利達到850萬美元，排名網易之後列行業第2名。
2007年11月，巨人網絡在紐約證券交易所上市，融資8.87億美元。2008年7月，巨人網絡斥資約5100萬美元現金收購社交網站51.com的25%的股權。2009年12月，巨人網絡在珠海投資成立南方研發總部基地，這是自12年前史玉柱敗走珠海後的第一次正式回歸。此外，史玉柱還與五糧液集團合作開發保健酒，與華誼兄弟合作投資3D電影。
史玉柱的經營風格至今仍飽受爭議，不過在投資戰略上他卻已變得非常的謹慎。他常常提及步步高創辦人段永平告訴他的一句話：「做企業就如同高台跳水，動作越少越安全。」2006年，他在接受訪談時說：「跟10年前、8年前相比，環境不一樣了，現在很多人還沒有明白過來，還認為這個老闆能發現機會、能把握機會是本事。中國現在的機會太多了，你不用去找機會，機會都會找上門來。所有這些失敗的企業都有一個共同的特點，就是沒能抵擋住誘惑，戰線拉得過長，以致最後出了問題的。」
【檔案存底一】
我的四大失誤／史玉柱
第一，盲目追求發展速度。巨人集團的產值目標可謂大矣：１９９５年１０億元，１９９６年５０億元，１９９７年１００億元。然而目標越大風險越大，如果不經過科學的分析論證，沒有必要的組織保證，必然損失慘重。
第二，盲目追求多元化經營。巨人集團涉足了電腦業、房地產業、保健品業等，行業跨度太大，新進入的領域並非優勢所在，卻急於鋪攤子，有限的資金被牢牢套死，巨人大廈導致的財務危機幾乎拖垮了整個公司。巨人的主業——電腦業的技術創新一度停滯，卻把精力和資金大量投入到自己不熟悉的領域，缺乏科學的市場調查，好大喜功，沒有形成成熟的多元化管理的能力。
第三，「巨人」的決策機制難以適應企業的發展。巨人集團也設立董事會，但那是空的。我個人的股份占９０％以上，具體數字自己也說不清，財務部門也算不清。其他幾位老總都沒有股份。因此在決策時，他們很少堅持自己的意見。由於他們沒有股份，也無法干預我的決策。總裁辦公會議可以影響我的決策，但拍板的事基本上都由我來定。現在回想起來，制約我決策的機制是不存在的。這種高度集中的決策機制，在創業初期充分體現了決策的高效率，但當企業規模越來越大、個人的綜合素質還不全面時，缺乏一種集體決策的機制，特別是干預一個人的錯誤決策乏力，那麼企業的運行就相當危險了。
第四，沒有把主業的技術創新放在重要位置。從１９８９年的Ｍ－６４０１桌面排版印刷系統、１９９０年的Ｍ－６４０２文字處理軟件系統，到１９９３年的巨人中文手寫電腦、巨人軟件等，這些都是當初巨人成就輝煌的關鍵。電腦業走入低谷以後，我忽視了技術創新這一「巨人」電腦的生命線，連續兩年在業界反應平平，到１９９６年，「巨人」才推出了Ｍ－６４０７桌面排版系統。「巨人」二次創業的失利與此有很大關係。
【檔案存底二】
史玉柱論民營企業的「13種死法」
2001年2月，史玉柱參加泰山產業研究院的一次新聞發佈活動。他在發言中說：「我粗粗地算了一下，要搞死一家民營企業，至少有13種方法。這裡面還不包括出於企業內部的原因，比如說經營不善等。」
第一種死法是不正當競爭。「競爭對手如想整你，你在明處，他在暗處，很容易整死一家企業。誣告、打官司等破壞你聲譽的方法很多。2000年秋天，全國有一半省會城市的人大、政協突然每天都能接到有關腦白金產品的投訴，這導致腦白金銷售受阻。我們經過調查，發現原來是有些競爭對手在每個城市都雇了幾個人，這幾個人的主要工作就是寫針對腦白金的投訴信。事情被發現後，投訴信隨即就消失了。」
第二種死法是碰到惡意的「消費者」。史玉柱說他們曾碰到湖北有個人，身體某個地方骨質增生就埋怨廠家的產品有問題。
第三種死法是媒體的圍剿。也許是對媒體至今還心有餘悸的原因，史玉柱沒有講媒體在巨人當初倒下去時充當了什麼角色，而是舉了銀行的例子：「比如說媒體一旦圍剿銀行，銀行運轉再健康，它說你已經資不抵債了，儲戶只要去提錢，銀行肯定完蛋。」
第四種死法是對產品的不客觀報道。史玉柱認為，在藥品和保健品領域裡，任何一個產品都不可能100%有效，如果有70%—80%有效就比較好了，如果90%有效，產品就稱得上優秀；「如果媒體只報道那10%無效的，產品馬上完蛋」，這是因為，「在中國，說產品不好的時候，老百姓最容易相信」。
第五種死法是主管部門把企業搞死。「產品做大了，哪怕只有萬分之一的不合格率，但被投訴到主管部門，就有可能整個產品的批文被吊銷了。」還有各地主管部門的處罰。「比如說工商行政管理局，每年是有罰款任務的，到年底任務完不成，就只能找做得好的企業完成任務，因為這些企業有現金。」據史玉柱講，2000年在某市，他們曾被一個工商行政管理所毫無理由地罰了50萬元，不繳納這50萬元就不讓他們在當地賣產品。所以，只好繳納罰款。誰知剛過1個月，另外一個工商行政管理所也說任務沒有完成，要求他們繳納50萬元。「我們只有忍氣吞聲，做企業的，尤其是做民營企業的，要想活的話只能低著頭。」
第六種死法是法律制度上的彈性。「很多事，你這麼說是件好事，但換一種說法很可能就是違法犯罪。再加上法律制度的不完善，使你不得不違規。比如，以前規定進口計算機必須要有批文，可是民營企業根本拿不到批文，你想做計算機只能花錢買批文。而按照有關規定，買批文是違法的，你要麼不做，要做就要違法。其他行業同樣存在很多這樣相類似的情況。」
第七種死法是被騙。「有時候一個企業的資金被騙後會出現現金短缺，甚至整個企業會一蹶不振。尤其是對民營企業來說，法律的保護很有限。」
第八種死法是紅眼病的威脅。「紅眼病多，謠言就多。有關企業的謠言還算是好的，最怕就是關於產品的謠言，謠言一起，產品馬上就賣不出去了。」
第九種是黑社會的敲詐。「企業做好了，就會有黑社會的敲詐，除非是特別大的企業。」史玉柱顯然相信黑社會勢力在民營企業發展過程中已無孔不入。
第十種死法是因得罪了某一官員，該官員利用手中的權力給企業發展製造障礙。
第十一種死法是「得罪了某一刁民也有可能把企業搞死，比如說他在產品中投毒」。
第十二種死法是遭遇造假。「假貨越多，影響銷量是一個方面，最關鍵是影響聲譽。在江蘇某地，有一個比較大的造假窩點，家家戶戶造假，去打假沒用的，當地有地方主義保護。後來，我們請來外地的公安人員，當場查封價值幾千萬元的假產品及造假設備，人贓俱獲。可結果呢，人家當地公安部門要求把人送回去，送回去就被放掉了，然後繼續造假。」史玉柱無奈地說：「現在，我們見到假貨根本沒辦法，只好自己買回來。」
第十三種死法是企業家的自身安全問題。史玉柱說他自己已收到過不少的恐嚇電話，而這樣的電話在他一無所有的時候，從來就沒有出現過。
【案例研究】
在中國乃至世界營銷史上，２０００年開始風靡全國的保健品「腦白金」可算是一個十分怪異的個案。「腦白金」從來不在廣告中突出它是哪家企業生產的，連它的商標也很少被提及，至於這家企業的法人、經營者更是一個不願見光的謎，只是在包裝盒上人們發現它是由「美國加州ＡＧＣ公司研製·珠海康奇有限公司出品」的。據悉，珠海康奇有限公司系「腦白金」（以Ｍｅｌａｔｏｎｉｎ即褪黑素為主料的保健食品）的創始者，也是該公司確定了「腦白金」的商品和技術概念。下面的文章是國內一些記者對這家神秘公司及其產品的探訪實錄。
破解腦白金之謎
腦白金：是神話還是陷阱？
在鋪天蓋地的廣告宣傳下，一種叫做「腦白金」的東西又來了。
跟以往所有誇誇其談的保健品相比所不同的是，「腦白金」似乎更「霸道」，它自稱「席捲全球」，並舉例說美國前總統克林頓、美國國會議員甚至教皇保羅二世都在服用「腦白金」。
但是，人們總不免還會有一個疑問：這是真的嗎？
尋找「腦白金」的源頭
２０００年５月１６日，武漢市衛生局發出公告，稱市場上只有珠海康奇有限公司生產的「腦白金」取得了衛生部頒發的《保健食品批准證書》，其批准證號為「衛食健字（１９９７）第７２３號」，其他以「腦白金」名義銷售的保健食品，一經發現，從嚴查處。也就是說，目前只有珠海康奇有限公司生產的「腦白金」是「真品」。然而，為尋找該「真品」的生產地址，《深圳週刊》兩位記者汪劍東、王漁卻頗費了一番周折。
他們在腦白金的包裝盒上看到了珠海康奇有限公司的地址：珠海市香洲區南坑工業區九棟。正當他們欲前往核實地址的真實性時，《中華工商時報》濟南站的記者來電稱，濟南亞細亞藥業有限公司訴珠海康奇有限公司經營腦白金涉嫌不正當競爭一案中，濟南市中級人民法院按該地址送達訴狀，竟找不到這家企業。
這兩位隨即電話採訪了濟南市中級人民法院知識產權庭負責審理該案的商姓法官，他進一步證實了以上說法，並稱該地址確實存在，但沒有找到人，也沒有珠海康奇有限公司的標誌。
終於，在５月１０日的江蘇某商報上，兩位記者找到了答案。該報一版有一個不太顯眼的短消息，說珠海康奇有限公司的「腦白金」，實際是產自江蘇武進市一家食品廠，珠海康奇有限公司因此涉及「偽造產品產地」，被無錫市工商行政管理局處以４０餘萬元的罰款。
原來，珠海康奇有限公司的「腦白金」出自江蘇武進。
６月２８日，《深圳週刊》記者赴江蘇武進市進行採訪。經過多方查詢得知，武進市戴溪鎮一家名為「天龍」的食品廠生產「腦白金」，該廠生產「腦白金」是接受了珠海康奇有限公司的委託進行加工的。
「誤闖」巨人集團
《粵港信息日報》的記者在2000年２月初追蹤腦黃金與腦白金的關係時，按腦白金包裝上的地址尋找珠海康奇有限公司，卻找到了巨人集團公司的總部。該報記者進入巨人集團總部摸到四樓，四五間辦公室部分亮著燈，有位小姐在裡頭接聽電話，記者迎面撞上的是一個中年男子。記者自稱是來找珠海康奇有限公司做「腦白金」生意的，問他是不是珠海康奇有限公司的。中年男子立刻說：「我是巨人的，我在這裡值班，這裡不是珠海康奇有限公司。」但記者跟著他走進辦公室時，一眼就看到牆上貼著「珠海康奇有限公司通訊錄」，巨人集團某負責人的名字就出現在這份通訊錄裡。記者問：不是珠海康奇有限公司怎麼會有這份通訊錄在這裡？對方一直未作解釋，並試圖阻攔記者抄錄通訊錄。
珠海康奇有限公司在工商行政管理局註冊的法定代表人是「張玉生」，與１９９６年巨人集團的總裁助理是同樣的名字。這位總裁助理「張玉生」１９９１年就進入巨人集團，現年４１歲，目前仍擔任巨人房產開發公司的法定代表人。巨人房產開發公司成立於１９９４年，當時的法定代表人是史玉柱。１９９６年１２月，變更法定代表人，巨人集團任命當時的總裁助理張玉生擔任巨人房產開發公司的法定代表人。雖然目前還無法確認珠海康奇有限公司的張玉生就是巨人房產開發公司的張玉生，但這決不是一般的「巧合」。
那麼，巨人集團是否表示過要搞「腦白金」呢？
根據《南方週末》的報道，１９９８年８月１日，史玉柱和希望集團老總劉永行在廣州華泰賓館有過這麼一段「對話」。
劉永行問史玉柱：您現在做什麼？
史玉柱回答：主要還是做保健品。我們開發了一個新產品「腦白金」，去年批下來，年初試銷的效果還不錯。