范旭東的科學救國之心十分熾熱，他曾在一次演講中說：「中國如其沒有一班人，肯沉下心來，不趁熱，不憚煩，不為當世功名富貴所惑，至心皈命為中國創造新的學術技藝，中國絕產不出新的生命來。」從1930年起，他就想建設中國的硫酸產業。他向南京實業部提出申請，希望財政撥出2000萬，600萬辦鹼廠、800萬辦硝酸廠、600萬辦硫酸廠。然而，政府給出的批復公文卻句句空話，無一實事，讓他的指望完全落空。後來三年，他奔波於各家銀行之間，竭力融資促進這個項目，終於在1933年獲准成立南京廠，設計能力為年產硫酸銨5萬噸。1937年2月的投產成功讓他非常興奮，他在日記中寫道：「列強爭雄之合成氨高壓工業，在中華於焉實現矣。我國先有純鹼、燒鹼，這只能說有了一翼；現在又有合成氨、硫酸、硝酸，才算有了另一翼。有了兩翼，我國化學工業就可以展翅騰飛了。」
在1937年7月之前，除了中國的企業家們之外，絕大多數外國觀察家也對這一年的中國經濟充滿了樂觀的展望。美國駐華大使詹森在4月份的報告中說：「不能不給予中國政府以積極的熱情，在農業、工業和交通等所有戰線上，發展的計劃正在推進。在國民政府的領導下，一個經濟發展的時期現已到來。」英國駐中國商務參贊也在報告中說：「中國私人資本家是能夠使他們適應現代經濟需要的，這一點的表現在於私營華人企業，例如麵粉工業、紡織工業、電氣工業以及其他許多工業數目都見增長。這種增長體現了中國人自己，以及全世界大多數人對於這個國家的未來所抱信心。」
然而，7月7日的炮火打斷了這所有的一切。
榮家經略了30多年的龐大產業聚集於上海和江蘇，全數都在日軍的炮火覆蓋之下。淞滬會戰時，日軍與抵抗的十九路軍在閘北和滬東一線展開激戰，榮家的幾家工廠都在戰區內，均為日軍攻擊的目標。
8月13日，申新五廠遭到攻擊，中日軍隊在廠區附近激烈交戰，工廠停產，日軍佔領廠區，所有設施全部被毀。隨即，申新六廠、七廠被戰火燒燬，多部機器被日軍拆毀；福新一、三、六廠被日軍強佔為辦事處和軍用材料的倉庫。日軍轟炸機向設備最為先進的申新一廠、八廠投下了18枚炸彈，當場炸死70多人，傷350多人，榮德生的大兒子榮偉仁險遭不測。日軍把紗料當被子，把機器和麵粉包當掩體。
11月，上海失守後，榮家在上海的最強對手日本豐田紗廠——就是兩年前競購申新七廠未遂的那家日資企業——乘亂雇了一批日本浪人和流氓衝進申新八廠，用重磅鎯頭把殘餘的126台精紡機盡數砸毀，車頭、馬達、油箱全部敲爛，皮帶盤、滾筒也都打得粉碎，還把倉庫裡的棉花、棉紗、棉布全都掠走。11月15日，無錫淪陷，日軍搶走茂新一廠倉庫裡的4萬袋麵粉，然後放火燒燬廠房機器，大火燒了半個月，榮家的發祥地變成一片瓦礫。申新三廠曾經為國軍製造過軍用服裝，更成日軍報復對象，他們用硫磺火藥和柴油焚燒了工廠和倉庫。
戰事中，無錫、上海兩地企業設備被毀紗錠18.7萬枚、布機2726台、粉磨36部，榮家產業三去其二。面對慘景，榮家兄弟束手無策，他們唯一能做的事情是，盡量把工人疏散到安全的地帶，把茂新四廠庫存的幾萬包麵粉和數千擔小麥，全部運出來給中國軍隊做軍糧。
范旭東的化工廠在戰爭中也幾乎全部淪入敵手。
盧溝橋事變前夕，日本軍艦已經開入天津塘沽港，范旭東恐有大變，當即組織人員拆遷設備，撤出工廠。工程師們將留在廠內的圖紙有的燒燬，有的秘密保存，以為日後重建作技術準備。工人們拆散了石灰窯頂部的分石轉盤及遙控儀表、當時代表最新技術水平的蒸餾塔溫度傳感器以及碳化塔的部分管線。拆下來的儀器和圖紙分批乘船南下，經香港轉道武漢和長沙，之後又陸續轉移進川，成為大後方重建的重要財富。
1937年秋，日本軍部華北開發公司授意其下屬的興中公司奪取永利鹼廠。由於永利鹼廠在國際上負有盛名，日本人希望通過合法手續，「名正言順」地得到產權。興中公司代表刀根曾幾次「拜訪」留守的李燭塵，大談「日中親善」，企圖與永利合作。李燭塵置若罔聞。刀根又請三菱公司出面商談，提出由三菱以民間財團的名義提供技術和資金，由兩家合辦永利。李燭塵以公司章程明文規定「必須是華籍人士才能入股」為理由拒絕。日方還不善罷甘休，又幾次找到范旭東，要求把永利鹼廠買下來。范旭東回答：「廠子我不賣，你要能拿走，就拿走好了。」日本軍部終於失去耐心。1937年12月9日，刀根拿著預先擬好的將鹼廠交給興中公司接辦的協定文本，逼迫李燭塵在文本上簽字。李燭塵忍無可忍，一改往日斯文儒雅風範，怒斥：「世界上哪有強盜搶了東西還要物主簽字的道理！你們做強盜也太無勇氣了。」第二天，日軍下令強行接管永利鹼廠，刀根及日本興中公司的人員進入廠內。范旭東在塘沽的產業就此全部落於日本人之手。
南京廠同樣沒能逃脫被奪厄運。這個剛剛建成的工廠已經達到國際水準，能夠生產製作武器所需的化工產品。日軍逼近南京時，有意將這個亞洲第一流的大廠完整保存下來。他們通過各種不同渠道，逼范旭東就範，只要他願意合作，就可保證工廠的安全。范旭東斷然拒絕，答覆說：「寧舉喪，不受奠儀。」
南京戰事打響後，范旭東下令將凡是帶得走的機器材料、圖樣、模型都搶運西遷，搬不走的設備也要將儀表拆走，哪怕是搬不走的主要設備，也要或埋起來，或盡可能拆下扔進長江，以免為強寇所用。8月21日、9月7日、10月21日，日機三次轟炸南京廠，廠區共中87彈，狼藉一片。與范旭東一起把工廠苦心建起的科學家侯德榜痛不欲生，他每天在被毀的車間裡轉悠，摸摸這，摸摸那，像瘋了似的，人人知他心碎，莫敢勸。直到南京淪陷的前夕，侯德榜才最後一個登上撤離的最後一班船。隨同者後來回憶，那天下雨，侯德榜癡癡眺望工廠，全身盡濕，竟渾然不覺。
日軍進城後，三井公司將南京廠據為己有。1942年，日人又將該廠的設備拆運到日本，安裝在九州大牟田東洋高壓株式會社橫須工廠，為日軍生產炸藥。
盧溝橋事變後，日軍必將南下進攻上海、南京，國民政府決定內遷至重慶。這時候，局勢仍然十分危急，日本軍艦一定會沿著長江水路快速西進，攻克重慶也是指日可待。日本軍部的「三月滅國論」應是據此推算出來的。於是，如何阻斷長江，已成當務之急。如果要靠軍隊在水面上或沿線狙擊日軍，幾乎沒有任何勝算。於是，沉船斷流成了唯一的選擇。中國的航運企業在這一時刻拯救了國家。
在長江中下游地區，最重要的輪船公司分別是國營的招商局和兩家民營輪船公司，即虞洽卿的三北公司和杜月笙的大達公司。早在8月12日，國民政府就實施了「江陰沉船計劃」，三家公司的24艘船隻，計4.3萬噸，就被鑿沉於江陰黃山下游的鵝鼻嘴，其中，招商局沉船7艘，計1.37萬噸，占公司江海大輪總噸位的1/4，三北和大達的沉船噸位分別為2萬噸和1萬噸。「江陰沉船」原有兩個戰鬥目的，一是隔斷航線，讓日本軍艦無法從東海攻入長江流域，二是將長江內已有的日本軍艦「關門打狗」。可惜，這個秘密計劃被一個叫黃秋岳的漢奸出賣給了日軍，使得日艦趁著江面還沒有完全堵塞的時候，連夜逃出長江，計劃功敗垂成。黃秋岳後被砍頭示眾。
12月，日軍攻克上海、南京後，政府在江西馬當組織第二次沉船。1938年4月，沉船18艘，計2.5萬噸，參與企業除了上述三家外，還有民營的大通、民生等公司。此後，在鎮海口、龍潭口、宜昌及武穴田家鎮等長江水面又相繼實施多次沉船計劃。這一慘烈的自毀行動，成功地阻止了日軍沿長江快速西進的戰略，西部的抗戰大後方得以保全。在此過程中，招商局沉船占總噸位的40%，虞洽卿的三北損去一半，杜月笙的大達全數損失。
在長江沿線，一艘又一艘裝滿亂石的鐵船自鑿沉淪，此起彼伏，宛若一幕接一幕的黑色葬禮。「沉船」是一個極富寓意性的事件，中國企業家在家國存亡之際，以自己的方式無比悲壯地展現了自己的力量，這是一次「殉葬」，也是一種拯救。
除了沉船阻敵，航運公司還承擔了運輸西遷軍隊和物資的重任。自晚清以來，中國工業大多集中在東南沿海和長江中下游流域。到1937年6月，全國（東北除外）資本在１萬元以上的工廠有3935家，其中，約70%集中在上海、武漢、無錫、廣州、天津等五大城市，其中僅上海就有1235家，占總數的31%。戰爭爆發，上述地區先後全數淪陷，於是，能夠抓緊時間西遷多少企業關乎國運商脈。
各家航運企業原本在長江上為了生意打得不可開交，現在則拋棄前嫌，空前團結，大家在南京成立了「內河航業聯合辦事處」，並沿上海、鎮江、蕪湖、九江、漢口和長沙一線設置分處，統籌安排，日夜搶運。虞洽卿的三北公司有3萬噸輪船被政府無償徵用。上海淪陷前，有146家企業以及1.5萬噸的設備，隨同2500名工人，先轉移至武漢，後來再入四川。
1938年6月，日軍調集30萬軍力攻擊中部重鎮武漢，中國軍隊組織100萬人進行抵抗，這場「武漢大會戰」是抗戰史上規模最大的戰役之一。當時的武漢地區有中國最重要的鋼鐵企業漢陽鐵廠和多家兵工廠，聚集在此準備向西內遷的企業256家，占當時全國內遷工廠總數的55%，各種設備器材10.8萬噸。就在戰事激烈展開的同時，航運公司冒著炮火和空襲，日夜搶運，到10月25日武漢失守，絕大部分器材被轉運，沒有落入敵手。
武漢失守後，長江中游航線全部被切斷，入川門戶宜昌成了下一個被攻擊的戰略目標。當時堆積在宜昌碼頭的商用和軍用器材超過12萬噸，此外還有油料1萬噸，各類公物6萬噸，等待入川的政府官員、技術工人、大學師生和難民在3萬以上。不誇張地說，這裡幾乎集中了中國兵器工業、各類機器工業和輕工業的命脈，是國家僅存的一口元氣。
這時候，日軍飛機天天轟炸宜昌，宜昌隨時有可能被攻陷。招商局、三北等公司已經精疲力竭，更可怕的是，距離長江上游的枯水期也只剩下一個月左右。情況到了最危急的時刻，西運的重擔猛地壓到了長江中上游最重要的航運企業民生公司的肩上。身材瘦弱的四川企業家盧作孚走到了一生中最光榮的時刻。
當時，民生公司可用的輪船24只，按平時的運輸能力，40天大約只能運1.4萬噸，要將10多萬噸物資在一個多月內全部運往重慶，幾乎沒有可能。盧作孚召集人員通宵開會，他們參考以往枯水期分段航行的經驗，決定採取分三段運輸的辦法，按照40天時間，設計出一個嚴密的運輸計劃，宜昌到三斗坪為第一段，三斗坪到萬縣為第二段，萬縣到重慶為第三段。只有重要而不易裝卸的笨重設備才直接運往重慶。對船隻航行時間、物資裝卸也作出最合理、最緊湊的安排，白天航行，夜間裝卸，將運輸能力發揮到極限。各單位則清理自己的設備、器材，配套裝箱，按輕重緩急，依次分配噸位。