2002年2月，吳敬璉有了一項新的工作——他被中共中央和國務院國家信息化領導小組聘任為國家信息化專家咨詢委員會副主任，兼政策規劃專門委員會主任。這樣，他的研究領域不能不擴展到經濟的長期發展，即宏觀經濟的長期問題上，為此，需要閱讀大量的理論書籍和各國的研究報告。好在吳敬璉從來就是一個科學技術迷，在這個領域內讀書補課鑽研，倒也不算困難，而且很有樂趣。
時間轉入2003年10月，吳敬璉撰寫的《當代中國經濟改革》一書出版，受到市場歡迎，不到3個月就銷罄加印。此書可謂是吳式改革理論的集大成，吳敬璉對此期許很高，日後確實也得到了海內外學界的重視，被認定是運用現代經濟學的分析工具考察中國改革的扛鼎之作，國內諸多高校以此為基礎教材。境外也陸續出版了英文版、日本版，台灣和香港還出了繁體字版。
也就在這時，吳敬璉的目光不得不再次回到宏觀經濟的基本面。
經濟過熱的景象從2003年的第四個季度就開始冒出苗頭。1998年東亞金融風暴之後採取的寬鬆的宏觀經濟政策的後續效應開始顯現。「中國製造」與地產熱，直接營造出一個內外俱旺、無比繁榮的經濟景象，與此伴生出現的，便是對上游能源的空前飢渴。各種原材料及能源因緊缺而價格一路飛漲，特別是水泥、鋼鐵的價格到了「一月三價」的地步。在長江三角洲一帶甚至流傳著「五個一」的說法：「生產一噸鋼只需投資1000萬元，生產設施只需一年建成，一年可達產，一年就可收回投資。」這種瘋狂的投入產出效率，聽來近乎傳奇。利益驅動投資，2002年，全國鋼鐵行業的投資總額為710億元，比上年增長45.9%，2003年，這個數字達到了1329億元，增長96%。與鋼鐵行業類似的是，電解鋁的投資增長了92.9%，水泥投資增長121.9%。就這樣，在2003年年底，中國經濟和產業結構迅速向重型化方向推進。
於是，在經濟界和政府內部展開了一場持續多年的熱烈討論，主題是那麼的似曾相識：宏觀經濟是否出現過熱和應否採取降溫措施？
2003年10月21日，在國務院經濟形勢分析會上，吳敬璉做了題為「當前經濟形勢的分析與展望」的發言，他將當時的觀點分為三種。第一種觀點肯定宏觀經濟出現了「過熱」，主張採取適度從緊、相機微調的總量政策，防止進一步「過熱」造成大起大落的經濟波動；第二種觀點認為，當前貨幣供應適合於增加內需和抑制通貨緊縮的需要，投資增長只會帶來效益，而不會造成「過熱」，「氣可鼓不可洩」，對增長的積極性要保護好，不必也不應踩動剎車；第三種觀點，可能也是政府方面的主流觀點認為，經濟出現了局部「過熱」，但還不能說是「全面過熱」，政府應當採取的政策不是對貨幣供應進行總量控制，而是「有保有壓」，進行結構調整，在擴大「偏冷」部門需求的同時，加強對「過熱」部門的項目審批和投資控制。
吳敬璉明確表示，自己持第一種觀點。他說，自1999年之後，決策當局採取了適度擴張的貨幣政策，使得貨幣供應量逐年上升，到2003年的第二季度以後，貨幣供應和銀行信貸的增長速度都在20%以上，這使得經濟變得越來越「熱」，各種資源瓶頸突現。更讓人擔憂的是，目前總需求的增長過快，是由政府主導的投資「過熱」拉動的。他警告說：「如果聽任投資加速擴張，一旦資源短線支持不住，就會出現市場崩潰、大量產品賣不出去的情況。於是，經濟就由『過熱』急速轉變為『過冷』，這就是『大起』必有『大落』的道理所在。」
不過，吳敬璉的這種意見在決策層和經濟學家中都不佔主流地位。據吳敬璉回憶議，直到2004年年初，第二種意見都是佔優勢的。到了2004年四五月間，第三種意見成了主流，國務院的幾個部委聯合發出通知，對幾個過熱的行業的投資進行了控制。主流傳媒也發表文章，論證在中國條件下主要使用行政手段進行「宏觀調控」的必要性。與此同時，從2003年下半年開始的用巨額資本和資源投入重化工業以拉動本地經濟增長的做法，成了全國許多省份的共同選擇，各地紛紛有了從輕工業向重工業轉型的願望與趨勢，一個「重化工業化時代」的潮流迅猛地席捲而來。而理論界似乎也對之形成熱烈的呼應之勢。《經濟日報》發表的一份《新型工業化道路研究報告》便是最生動的例子。更有媒體宣佈：「現在，政府、學界和企業界顯然已經取得了這樣的共識：重化工業化是中國經濟不可逾越的階段。」
2003年12月1日，《經濟日報》全文刊發了一篇國務院發展研究中心「新型工業化道路研究」課題組的研究報告《我國工業化進入新階段》，它在回答中國經濟是否已經發生過熱的問題時說：「中國當前經濟既不是總體過熱，又不是局部過熱，也不是沒有新特點的正常發展，而是中國工業化已進入以重工業重新大發展為主要特點的歷史新階段。」這篇報告援引德國經濟學家瓦爾特·霍夫曼的論點，認為「每個國家的經濟發展都要經歷一個重工業化階段」。這是一個對宏觀經濟長期趨勢作出的大判斷。而更引人矚目的是，這份報告的署名人是發展研究中心的「新型工業化道路研究」課題組。吳敬璉知道，當時許多國務院的職能機構和咨詢研究單位都開始了對2005年就要制定的第十一個五年規劃（2006~2010年）的研究。這一預研究的一項重要課題，就是什麼是「新型工業化道路」和怎樣走「新型工業化道路」。因此，這份報告提出的觀點，將會影響「十一五」方針的制定。
有意思的是，這份報告的執筆人是吳敬璉的博士研究生，國務院發展研究中心產業經濟研究部的研究員李佐軍。
2004年春節那一天，吳敬璉與他的學生們歡聚一堂。大家的話題自然而然就轉到了中國經濟發展方式與道路的選擇問題上。李佐軍正好也在場，他興致勃勃地向大家報告了自己2003年的工作成績，也涉及他執筆的那份報告的觀點，不料他關於中國經濟已經進入「重化工業化階段」的論點，卻遭到一些同學的批評。他們認為課題組的論證不周密，其一，「每個國家的經濟發展都要經歷一個重工業化階段」，並不是現代發展經濟學的公認定理；其二，用短期間的數據——中國的工業經濟在國民經濟中的比重從2000年的51.8%飆升到57.3%，並不能證明這是一種長期的正常趨勢；其三，用工業內部結構的變化——在過去3年內重工業的增長速度高於輕工業，也不能證明重工業已經成為整個國民經濟的主導產業。
吳敬璉頗有興致地旁觀學生們的討論，當時並沒有發表自己的意見。
事實上，學生們所熱烈討論的，正是過去幾年裡，吳敬璉一直在思考的命題：中國應該選擇一種怎樣的經濟增長模式？讓他感到憂心忡忡的是，進入新世紀之後，在GDP的壓力下，幾乎所有的省份都把「經濟重型化」視為發展的「必由之路」和「必經階段」，甚至連一些市場元素最為活躍的地區和省份也提出了「經濟重型化」的要求。
據吳敬璉回憶：「我開始意識到增長模式問題重要性的時間並不久遠，它只是始於2000年年末的北京中關村發展問題討論。」當時，中關村企業家俱樂部邀請了一些產業界、金融界和政府人士，舉行了兩天的研討會，對中關村高技術的發展問題進行深入的討論。當吳敬璉和四通集團董事長段永基就研討會的討論結果向北京市的領導人作匯報時，對方反過來向他們提出了這樣的問題：「北京中關村搞了這麼多年，名聲也很響亮，但是產值和稅收都上不去，這使市裡很為難。這個問題應當怎樣解決，希望聽聽你們的意見。」
「老實說，我們原來並沒有考慮過這個問題，自然也就提不出好的意見。」接下來，北京市所採取的辦法則讓他頗感意外——2002年中期，在經歷了長時期的爭論之後，「發展汽車製造業的觀點最終佔據了上風」。這年10月，中韓合資的北京現代汽車有限公司宣佈成立。12月23日用韓國部件組裝的第一批汽車開始下線。2003年，北京現代共生產轎車5.5萬輛，實現銷售收入87.7億元，利稅37.1億元，加上北京地區的配套企業，主要是現代自己的和它從韓國帶來的零部件供應商，全年完成銷售收入114億元。就這樣，北京現代創造了北京主流傳媒所說的「200天現代奇跡」。
就這樣，北京的財政收入和GDP增長終於因為「一輛轎車」而如願以償地實現。但是短期獲得的巨額產值和大量利稅並不能解除吳敬璉心中的疑惑：北京現代直到投產兩年以後，基本上仍然是一個主要用外資零部件供應商提供的零部件進行組裝的汽車KD廠商（組裝商）。在汽車工業已經高度機電一體化、轎車成本中電子器件成本占1/3~3/4的情況下，北京要想成為具有高附加值和高盈利率的轎車生產基地，而不是簡單地做裝配加工，賺取微薄的加工費，不把中關村富集的人才資源開發出來，充分發揮其創業精神和創造才能，是絕不可能做到的。
另外一件讓吳敬璉感到衝擊的事情，發生在2003年的深圳市。
深圳是中國重要的高新科技產業中心，特別是信息通信技術的產業基地，擁有華為、中興以及台灣富士康等眾多中外高科技公司。吳敬璉是深圳市政府的高級顧問，在兩年一次的高級顧問例會上，深圳市的黨政領導在工作報告中提出，深圳經濟存在「結構太輕」的「重大缺陷」，需要進行「重型化」轉型。據此，他們還提出擴大轄區面積、發展重化工業的設想。當時與會的廣東省老領導任仲夷等人對此不表贊成，吳敬璉和高尚全等學者還將深圳與香港進行了比較——後者開發了100多年，到2003年年末已開發土地只佔可用土地的22%；前者的GDP只有香港的1/6，卻出現了土地緊張的狀況，這表明深圳的產業素質還有很大的提升空間，因此，出路在於提高土地的利用率，而不應當寄希望於外延的擴大。
不過在開始，吳敬璉只是把全國掀起的重工業化投資熱看作部分地區產業結構的最優選擇問題，而沒有把它和中國經濟增長方式選擇問題聯繫起來。看到了發展研究中心的研究報告以後，他才意識到，這是一個關係全局的重大理論和政策問題。
2004年的4月和5月份，吳敬璉兩次南下浙江調研，在這裡他看到了問題的嚴重性。
自1993年之後，吳敬璉對浙江情有獨鍾，將之當成自己觀察中國市場經濟成長的試驗田。改革開放以來，浙江是民營經濟最發達的地方，產業以輕工業、加工業為主，自1998年之後，外貿經濟急速發展，許多商品在世界市場上銷量第一，在經濟最為低迷的1990年前後，吳敬璉正是在這裡發現了生動的經濟活力，此後，浙江省也成為他最喜歡行走的地方。這一次，吳敬璉在浙江的9個縣市做了調研，他發現，在經歷了20多年的數量擴張後，浙江經濟出現了疲態，當地官員發出「速度比不過廣東，質量比不過上海，外向型比不過江蘇，潛能比不過後發省」的歎息。按吳敬璉的觀察與分析，浙江的問題出在產品檔次較低、技術含量不高以及市場業態過於低級等原因，所以應當在結構調整和產業升級上大下工夫。然而，他的觀點卻似乎不為浙江的許多官員所認可。