發表在《經濟社會體制比較》上的這組文章被廣為引用，並引發了一場熱烈的大討論，1989年，吳敬璉將這些討論的文本彙集成冊，以《腐敗：貨幣與權力的交換》為書名由北京展望出版社出版。從此，用尋租理論來解釋中國腐敗現象很快在經濟學界成為一個共識，「尋租」這個外來名詞也日漸為人們所熟知。1995年，著名思想家王元化在一次對話中說：「這幾年關於市場經濟的討論，在大陸一些有影響的學人（他們大多是我熟識的友人）中間出現了一些想當然的說法，例如說市場經濟必然要帶來不可避免的腐敗。我聽到這些說法，當時很不以為然，曾提出了不同意見的看法，但是我只是從我們的市場經濟的不健全、經濟法規的不完整，以及由於錢權結合所出現的諸如批條子、賣配額等方面來說明問題。到最近，我才發現一些在文化領域糾纏不清的問題，經濟學家已經作出可以令人信服的說明。」
然而讓吳敬璉無法滿意的是，儘管找到了腐敗的根源，提出了限制權力以剷除尋租基礎的建議，可是腐敗現象不但沒有消除，甚至有了愈發嚴重的趨勢。在吳敬璉看來，原因在於，對於權力在手的特殊利益者，要求限制權力無異於與虎謀皮。
1992年鄧小平南方視察以後，由於商品價格已經大部放開，商品尋租的條件已經不復存在，因此「官倒」也就不復成為重要的社會現象。不過掌握著尋租權力的既得利益者非但不肯就此罷手，還極力創造新的尋租條件，即吳敬璉早先指出過的「設租」或「造租」活動。這個時期，雙軌的巨大利差，土地「批租」中的「貓膩」、股票上市的行政審批，都給權力尋租者提供了巨大的尋租機會。吳敬璉把當時中國的尋租現象分為3個階段，20世紀70年代末期是「經商尋租」，80年代中期是「商品（雙軌制）尋租」，進入90年代初期之後，則成了「要素（土地、資金）尋租」。據胡和立的計算，1987年和1988年中國經濟中的租金總額分別達到相當於當年國民生產總值20%和40%的驚人規模，另據萬安培對1992年全國租金總量的估算，其數額竟然達到6243.7億元，相當於該年國民收入的32.3%。吳敬璉在自己的文章中引用了上述數據。
正是在這種情況下，吳敬璉在1993年組織出版了《腐敗：貨幣與權力的交換》。為了正確地表現不受約束的權力在尋租活動中的主動作用，書名改為《腐敗：權力與金錢的交換》。
到了1997年，根據「十五大」決議進行所有制結構調整和國企（主要是中小企業）改制，尋租又出現了新的形式。一些掌握權力的人在「放小」的過程中把老職工掃地出門，自己卻趁機大發其財。正在上海中歐國際工商學院上課的吳敬璉在1997年11月6日的上海《新聞報》上發表一文，醒目的標題就叫《別打股份合作制的歪主意》，嚴厲抨擊中小企業改制過程中發生的這種「剝奪大眾以肥私」的惡劣行為。
1998年，吳敬璉在《當代中國經濟改革》一書中寫了《轉型期各種社會力量分析》一節文字，繼續運用尋租理論分析中國社會力量的變動。他說，巨大的尋租利益，會培育起一個人多勢眾的既得利益集團，他們會力圖在我國制度變遷的過程中，不但利用權力進行「尋租」，而且進行「設租」活動，以便造成新的尋租的可能性。如果政府不能採取堅定而正確的措施制止事態發展，弄得不好，由尋租到設租，會構成腐敗氾濫的惡性循環。那麼，當這種權貴資本在一個國家居於統治地位時，大量社會財富被少數人鯨吞，廣大群眾則陷於普遍的貧困之中。這種情況在某些原來的社會主義國家已經發生了，我們絕不能聽任它在中國重演。
幾個月後，中國經濟出版社決定出版10年前的那本《腐敗：貨幣與權力的交換》的第三版。吳敬璉寫了一篇新序言，這次的書名竟是一個問句：《腐敗尋根：中國會成為尋租社會嗎？》他頗帶感歎地寫道：回顧這個一本科普性的小書的出版歷史，對於它初版10年後重印的需要依然未改，不能不感慨系之……一方面，社會大眾對於腐敗的憤怒之情日益高漲，一些經濟學家和文化界人士的著作強烈地表達出這種義憤，另一方面，殘民以逞的貪官污吏們的氣焰並未收斂消弭，他們依然在大量存在尋租機會的體制下猖獗地活動，有時他們的「設租」斂財活動還以「全面加強管理」之類冠冕堂皇的名義公然進行。
在這時，吳敬璉的筆觸已經顯得十分的焦急。從尋租理論的引進，到對「權貴資本主義」，即「封建的、買辦的國家壟斷資本主義」的警告，他身上的批判氣質越來越濃烈。我們即將看到的是，在未來的10年裡，隨著腐敗的愈來愈猖獗，他的聲音將變得一次比一次尖利。
雖然吳敬璉認為，在中國的貧富差距主要是機會不平等造成的，要改變這一狀況，首先應當限制政府官員支配資源的權力和打破某些企業的行政壟斷，以減少尋租的可能。但是，他也並沒有忽視在市場經濟條件下由於按照能力分配必然出現的結果的不平等。對於這種不平等，政府也應及時通過社會保障和稅收制度安排，一方面扶助老弱病殘等弱勢群體，另一方面抑制少數人個人財富的過度積累，來緩解社會矛盾，力求實現共同富裕。
在晚年的口述史中，吳敬璉著重談了一個「流產」的社會保障方案。他說，這也許是30多年的經濟改革中，最讓人遺憾的一件事情。
在中國社會的階層結構中，工人——在改革的前20年主要是國有企業裡的工人——是最主要的弱勢群體。農民通過聯產承包制獲得了經濟上的自由，而工人則在失敗的國企改革中成了最可悲的犧牲品。吳敬璉認為，工人階級一直被宣傳為「國有企業的主人翁」，可是他們與企業的資產關係卻一直是模糊的，因此國有企業的產權改革必須考慮到這一點。
早在1991年9月，吳敬璉在《國有資產管理》雜誌上發表《大中型企業的法人化與公有產權》一文，提出了自己的觀點。他認為，企業承包責任制只是在政企職能尚未分開的條件下的一種過渡性辦法，而在「最終所有者」和經營者之間進行產權分割，把部分所有權轉移給經營者的「股份制改革」，破壞了「所有者——董事會——經營者之間的制衡關係」，也是「一條同現代工業組織形式發展趨勢相悖的道路」。他所主張的辦法是，把國有企業改組為由各級政府的投資公司、保險公司等金融機構、其他企業、養老金基金會、捐贈基金會等法人組織持股的股份有限公司。在稍後的著作中，吳敬璉進一步明確，最重要的機構投資者，是由職工擁有的全國社會保障基金。
1992年，在主持「中國經濟改革總體設計方案」時，吳敬璉將這一設想與同事們一起推演完善，由周小川和王林執筆完成了《社會保障：經濟分析與體制建議》的專題報告。他們建議，應改變現有的社會保障制度，將現收現付制改為個人賬戶制，把個人收入的一部分以預籌方式納入社會保障資金。
在1993年6月的中央台電視討論會上，談及國有企業的股份制改革，吳敬璉說：「我們應該讓更多的國有企業改制以後股票上市，出售以後收回來的錢不把它馬上拿去投資，而要由政府收回來。」這是一段在當時聽上去非常費解的話，主持人沒有順勢追問下去——「收回來幹什麼呢？」他在此前早就多次建議：用來歸還國家對老職工的社會保障欠賬，形成全國社會保障基金。
吳敬璉在一份政策建議書中提出，應當從國有資產中「切出一塊」，劃入老職工的個人賬戶，以補償國家對他們的社會保障欠賬。吳在文章中寫道：「顯然，這樣做是既合理又合法的，因為在工資扣除基礎上形成的這部分國有資產產權本來就屬於為這種積累作出貢獻的老職工，在改行個人賬戶制時，自然應該將這部分積累付還給他們。國家是否償還對曾為國有資產的存量作出過貢獻，又往往在經濟改革利益重組過程中受到某些利益損失的老職工的這筆欠賬，是一個關乎數以億計的老職工的基本權益和政府的政治信譽的重大問題。」
吳敬璉在晚年口述史中講述了這個建議最終沒有被採納的經過。他說：「這種建議往往受到兩方面的反對，一方面是國有企業管理部門，有人說這是把國有資產變成了職工的私人資產，明擺著是國有資產的流失。另一方面是社保部門，他們反對得更為厲害。」據吳敬璉回憶，當時的財政部長是這一建議的贊同者，他曾下令財政部按吳敬璉等專家提出的方案編單子，劃撥一部分國有資產到社保基金中，去還老職工的欠賬。可是，這一做法很快被高層制止，理由正是「造成國有資產的大量流失」。吳敬璉在2009年寫作的《中國經濟六十年中》記錄道：「1993年十四屆三中全會決定養老保險採取個人賬戶制。一些經濟學家提出了從國有資產中『切』出一塊補償老職工的辦法來充實『老人』和『中人』的個人賬戶。當時就有人以「國有資產流失」為理由加以反對，以致無法把老職工的個人賬戶制養老保險建立起來。」
到了90年代中後期，國有企業的大面積虧損以及隨之而被迫展開的產權改造運動，使得工人失業——當時叫「下崗」——數量激增，1996至1997年間，失業工人總量已經達到1500萬人，其後直到2000年，這一數字一直居高不下，這成了當時最可怕的「社會炸彈」。作為改革方案的設計者之一，吳敬璉一直目不轉睛地「盯」著這種現象。在1998年前後，世界銀行和國務院體改辦課題組都對社保欠賬的數目進行過估算，一個比較接近的數目是2萬億元。吳敬璉認為，「這筆養老保險欠賬問題不解決，新的養老保險體系就無法正常運作，建立社會安全網，保持社會穩定就會成為一句空話」。在後來的幾年裡，他一再秉書建言，力求解決國有企業老職工的社保欠賬問題和建立公正完善的社會保障基金，與他一起努力的官員和學者有劉仲藜、周小川和林毅夫等。2000年年初，國家體改辦曾參與設計了一個計劃，擬劃撥近2萬億元國有資產存量「做實」老職工的社會保障個人賬戶，而這一計劃最終流產了。
在中國改革史上，有一些失誤是因為無知所造成的，而有一些則是因為以權謀私的貪慾所造成的，用吳敬璉的話說，「非不能也，是不為也」。
在建立全國社會保障體系進展緩慢的情況下，吳敬璉竭力在其他方面推動中國慈善福利事業的發展。例如，2004年他和資中筠教授共同推動了《公益捐贈法》的修改完善，2006年與茅於軾教授共同發起集資1800萬元建立富民基金會，2008年起擔任北京富平學校理事，2009年就任100位企業家捐資建立的阿拉善生態基金理事長，等等。