馬洪等人敢於在此時「探險」，也與當時的宏觀氛圍分不開。從1984年開始，中國經濟從整頓中走向復甦。在元旦過後不久，近年來除了出國一直坐鎮北京的鄧小平突然決定到南方看看，這是他一生中兩次著名的南方視察的第一次。當時，中國就對外開放方面的問題展開大論戰，深圳和珠海特區正飽受爭議之苦，被一些保守派認為是「除了五星紅旗還在，社會主義已經看不見了」的地方。鄧小平馬不停蹄遍走特區，2月1日，寫下「深圳的發展和經驗證明，我們建立經濟特區的政策是正確的」，對特區模式進行了公開的肯定，這一消息以新聞的方式傳播全國，關於特區的爭論至此告一段落。在他離開廣東後的第二個月，中共中央作出重大決定，宣佈「向外國投資者開放14個沿海城市和海南島」。此後，中國的對外開放逐步由點及面，最終形成了沿海全境開放的格局。
3月23日，福建省的55位廠長經理們以《請給我們「鬆綁」》為題聯名向省委書記項南、省長胡平寫了一封信。廠長們在信中寫道：「我們認為放權不能只限於上層部門之間的權力轉移，更重要的是要把權力落實到基層企業。為此，我們懷揣冒昧，大膽地向你們伸手要權。我們知道目前體制要大改還不可能，但給我們鬆綁，給點必要的權力是可以做到的。」此信被《人民日報》在二版頭條顯著位置刊登，一時轟動全國，這一呼聲很快成為一種共識。5月10日，國務院順勢頒發《關於進一步擴大國營工業企業自主權的暫行規定》。
正是在這樣的大好形勢之下，國務院主要負責人授意馬洪，給一言九鼎的「老革命家」們送上一篇試探性的文章，看一看是否可能在10月份召開的十二屆三中全會上重提「商品經濟」。
馬洪立即組織周叔蓮、張卓元完成了初稿，這回趕上吳敬璉正好歸國，馬洪怎麼肯放過他。於是，他們幾個人在瀋陽、長春白天參加戰略討論會，休息時間和晚上就抓緊逐字推敲，修改文稿。據後來學者的揣測，馬洪之所以倚重吳敬璉，一是信任他的學術素養；二是希望他能夠把耶魯帶回來的現代經濟理論融匯進文稿之中。
馬洪和吳敬璉從瀋陽寫到長春，再從長春寫到大連，一路數日就把文稿基本改定了。馬洪當機立斷說：「下面幾站我不走了，要馬上回北京。」吳敬璉與他道別，代表馬洪繼續前往哈爾濱開會。
一回到北京，吳敬璉就急忙去馬洪家裡探聽情況，瞭解反應。他知道茲事體大，關乎中國經濟改革的路徑走向。馬洪非常高興，告訴他，文章已分送給幾位老同志，沒有什麼反對意見。最讓馬洪高興的是，王震還專門給他寫了一封親筆信，說這篇文章寫得好，我們不能只說老祖宗說過的話，應該有創造性。只有一位理論家給馬洪打電話，說基本觀點是贊同的，但是不要從全民所有制內部找商品經濟存在的原因，還是從兩種所有制的關係、兩種公有制的存在來說社會主義存在商品經濟的原因，言下之意，還是要回到斯大林在《蘇聯社會主義經濟問題》一書中設定的框架下。馬洪拒絕了他的意見，並拿出王震的信給他看，王是這位理論家的老上級，他便不再吭聲。
當獲知有影響的「老同志」對這篇《關於社會主義有計劃商品經濟的再思考》沒有人提出反對意見之後，9月9日，國務院主要負責人給中共中央政治局常委寫了題為《關於經濟體制改革中三個問題的意見》的報告，正式提出「社會主義經濟是以公有制為基礎的有計劃的商品經濟。計劃要通過價值規律來實現，要運用價值規律為計劃服務」。9月11日和12日，鄧小平、陳雲先後批示同意。緊接著，在中共中央總書記和國務院領導的堅持下，經過人員調整的「十二大」政治報告起草小組對所有的表述作重新的擬定。
吳敬璉還回憶了一個細節。9月中旬，他隨馬洪在上海作調查研究，一天晚上，他發現馬洪又在伏案寫東西，便問他在寫什麼，馬洪說，現在看到的十二屆三中全會報告的最新一稿上還是沒有「商品經濟」的提法。他透露說，在9月9日，國務院主要負責人用我們那篇文章的意思給中央領導人寫了一封信，現在，我再用那封信中被肯定的提法給黨中央領導人和國務院主要負責人寫信，要求把它寫進去。
1984年10月20日，中國共產黨第十二屆中央委員會第三次全體會議在北京召開，全會一致通過了《中共中央關於經濟體制改革的決定》（下稱《決定》），明確指出：「要突破把計劃經濟同商品經濟對立起來的傳統觀念，明確認識社會主義計劃經濟必須自覺依據和運用價值規律，是在公有制基礎上的有計劃的商品經濟。商品經濟的充分發展，是社會經濟發展的不可逾越的階段，是實現我國經濟現代化的必要條件。」
十二屆三中全會被認為是1978年十一屆三中全會之後，對改革開放影響最大的會議之一。鄧小平在全會上說，《決定》是「馬克思主義的基本原理和中國社會主義實踐相結合的新政治經濟學」。他在10月22日的中顧委會議上又說，「這次經濟改革的文件好，就是解釋了什麼是社會主義，有些是我們老祖宗沒有說過的話，有些新話」，「過去我們不可能寫出這樣的文件，沒有前幾年的實踐不可能寫出這樣的文件。寫出來，也很不容易通過。」（見《十二大以來重要文獻選編》，人民出版社，1986年版）
那幾天裡，最開心的人是薛暮橋。《決定》實際上為他兩年前的檢討「平了反」，而10月25日正是他80歲的壽辰，更讓他開懷的是這天的中午，他的小女兒為他生下了一個小外孫。中科院、國務院研究中心及國家計委等聯合在人民大會堂舉辦了一場祝賀他「從事經濟理論和實踐工作五十年茶話會」，多位主管經濟的國家領導人到會，算是替他暖壽。四喜臨門，他自然是笑逐顏開。
至此，在歷經幾年的大爭辯中，「商品經濟」第一次在中央文件中被確定為改革的目標。我們即將看到的景像是，日後還將有新的大反覆，而最終，新的爭論的塵埃落定是在1992年。吳敬璉在1984年的這次爭論中發揮了一定的作用，而在數年之後的大論戰中，他更將孤身出戰，並因此而聲名大噪。
在結束了東北之行之後，9月份，馬洪又安排吳敬璉去參加了上海的調研。當時的上海正處於歷史上最困難的時刻，全市工業經濟低迷，發展沒有空間，財政枯竭，出生於上海郊區青浦的陳雲曾心疼地說，如果在上海拍30年代的電影，都不用搭景了。中央因此組成了一個振興改造上海調研組，各部委至少派出一個部級幹部參加，由宋平和馬洪帶隊，為上海設計一個新的發展戰略。
這個高級調研組共30多人，住在興國賓館，與上海的各級幹部開會，開了數十次座談會，漸漸理出了一些思路，提出了「四個中心」的發展戰略，就是把上海建成中國的商業中心、金融中心、貿易中心和信息中心，這個方案很快得到國務院批准，上海的復興正是從這時候開始的。
在調研中，經濟研究中心的薛暮橋、徐雪寒等學者提出了許多重要建議，其中之一是，組建一個全國性的股份制銀行，最好就是從解放初被關掉的老銀行中恢復一個牌子，後來被確定下來的就是恢復交通銀行。經過幾年籌備，1987年3月，交通銀行在上海成立。後來10週年慶典的時候，交行的人從檔案中查出，最早的建議就是1984年由調研組提出的，還專門請吳敬璉寫紀念文章。
調研組在和上海市委合寫了振興改造上海戰略之外，還單獨給黨中央、國務院寫了一份報告，提出兩點建議：一是設立上海特別市，把對外開放的優惠政策全部都給上海；二是增加上海的財政收入能力，當時上海每年的財政自留比例只有13%，專家們建議提高到23%，增加10%。後一個建議被中央採納了。上海的幹部對那次調研非常感念。
吳敬璉自己也對那段時間的工作十分滿意。他在晚年的口述中說，原本以為，當一個經濟學家就是坐而論道，清談議政，離實際政策制定很遠，為商品經濟「翻案」和上海的調研讓他發現原來理論研究還可以為國家的重大決策起重要作用，一個政策建議居然能夠如此顯著地改變一個地區或一個行業的成長。
從上海回來以後，馬洪向吳敬璉提出了一個動議：調進國務院技術經濟研究中心，出任常務幹事。
吳敬璉對此非常意外，他回去想了幾天後回復說，可以。
對於自己為什麼要離開心愛的理論研究工作，進入政府部門工作，吳敬璉在《我在改革的歲月裡》一文中坦率地道出了自己的想法：「有人說，你為什麼要當政府經濟學家呀？我說這有什麼，也不是因為當了政府經濟學家你就道德低下了。那麼清高幹什麼呢？你不是要改變這個社會嗎？不是要為人民造福嗎？你在政府機構裡面，完全有條件做得更好。」
國務院技術經濟研究中心的辦公地點當時在中央決策的心臟地點——中南海。那是座工字形的小樓。吳敬璉到上班幾天以後，就被在同樓辦公的國務院經濟研究中心總幹事薛暮橋發現，便和馬洪商議把吳敬璉轉調到經濟研究中心，擔任常務幹事。1985年，國務院決定把國務院的三個咨詢機構：經濟研究中心、技術經濟研究中心、價格研究中心合併成為國務院經濟技術社會發展研究中心——後改名為國務院發展研究中心，馬洪任總幹事，薛暮橋任名譽總幹事，吳敬璉也隨之進入了發展研究中心，繼續擔任常務幹事一職。
就這樣，在社科院經濟研究所工作了整整30年之後，吳敬璉「意外」地扮演起了另外一個角色——由純粹的書齋學者，一轉身成了「政策咨詢專家」，在他的面前突然展開了一條從未料想到的道路。