從明港回北京的火車上，7連2排的負責人找吳敬璉談話，宣佈他還在「被審查」，只能待在學部大院裡，不得回家。整個學部有69個沒有解放的「五·一六反革命分子」，他正是其中之一。
這時候，與丈夫分別了近3年的周南表現出了她的勇敢。她找到七連的軍宣隊政委，問：「吳敬璉到底有什麼問題，他是『反革命』嗎？如果他是，我可以跟他劃清界限，但是你們得拿出證據，如果不是，家裡有兩個孩子，還要搬家，請你們讓他回家。」政委無言以對。第二天，吳敬璉宣佈「自我解放」，逕自回家去了。軍宣隊的領導很氣憤，在學部的會議上說，這是階級鬥爭的新動向。不過，政治環境畢竟已經大變，倒也沒有人真的去把吳敬璉抓回來。
儘管回到了北京，經濟所的正常工作並沒有恢復，仍是一地雞毛。吳敬璉又回到對社會歷史的鑽研中去，為了補習英語，他開始讀英文版《羅馬帝國衰亡史》，10卷本，每本500頁，每天讀50頁，雷打不動。
可憐的顧准無家可歸，他的子女都與他劃清了界限，約定「生不再見，死不相別」。更可悲的是，他的母親已年過九旬，十餘年未見，雖然現在身處同城，近在咫尺，卻也還是不得見面。他只能住在學部大院的一個斗室中，每天清晨，背著一隻軍用書包，內揣兩個冷饅頭，去北京圖書館讀書，黃昏歸來，點一盞孤燈繼續夜戰。他常常劇烈地咳嗽，痰中帶血，卻也並不在意。他全身心地投入到《希臘城邦制度》一書的寫作之中。這是一個為抽屜而寫的偉大作品，顧准根本不知道有沒有出版的那一日，他的工作動力來自於天地間一個冥冥的召喚。他以數十萬言冷峻的筆墨，深刻地分析了城邦制度與「東方專制主義」的區別，「在全面比較中西文明的基礎上探索人類社會發展的軌跡」。
按吳敬璉的看法，晚年顧准在思考「娜拉出走後怎麼辦」的天問時，得出的最重要的結論就是——「革命的理想主義」會經由某一路徑轉化為「保守、反動的專制主義」。
在近當代世界政治史上，這一路徑就是「1789年（法國大革命）——1870年（巴黎公社）——1917年（俄國十月革命）」。在顧准看來，革命是對現狀的破壞，它不可能獲得經驗性支持，只能通過對未來至善的想像、對烏托邦的渴望進行社會動員，爭取群眾參加，所以，革命理想主義者「唯有堅持理想是唯物的、有根據的，同時又是絕對正確的，他們才心有所安。他們唯有堅持真就是善，才能理論與實踐一致地勇往直前」。而對於群眾來說，「革命的目的，是要在地上建立天國——建立一個沒有異化的、沒有矛盾的社會」。這當然是極具感召力的。「每當大革命時期，飄揚的旗幟是不可少的。所以，理想主義雖然不科學，它的出現，它起的作用，卻是科學的」。在法國大革命、巴黎公社以及十月革命中，「終極目的」都是革命動員的強大依據。
然而接下來，顧准發現，作為革命必不可少的工具，「終極目的」的設定是危險的。因為——「終極目的」是一元的，邏輯地包含著權威主義和專制主義。革命家們自以為掌握著真理，承擔著「建立天國」的重任，把「終極目的」當做當前最高目的，並為此而拒絕、否定其他任何目的，把一切中間環節和近期目標都當做手段，清洗一切或可能具有競爭力的所謂「異端邪說」，肆意破壞日常生活，踐踏公民權利，實行專政。「斯大林是殘暴的，不過也許他並不是100%為了個人權力，而是相信這是為了大眾福利、『終極目的』而不得不如此辦」。誰掌握「終極目的」並無客觀標準，只能以權力大小來判斷，極易導向領袖迷信、個人崇拜，把一個具體的人塑造成領會歷史秘密、體現總體意志的神。由這樣的邏輯可以得出如下結論：「終極目的」必然經過手段向目的轉化，它被構想出來是為了動員革命、引領群眾，但由於其本身具有的一元排他性，在運用的過程中它衍變為真正的目的，革命者走向偏執。
在經歷了多年孤獨而痛苦的鑽研和思考後，顧准堅定地寫下了這段文字：「我對這個問題琢磨了很久，我的結論是，地上不可能建立天國，天國是徹底的幻想，矛盾永遠存在。」
日後的研究者們認為，就是在這種充滿了辯證、理性的冷峻思考中，顧准終結了所謂的「終極目的」，從而解放出三個原則。首先是科學精神，主旨是承認人對於自然、人類社會的認識無止境，「沒有什麼『終極目的』，有的，只是進步」。其次，科學精神是多元論的另一種說法，否定了絕對真理，否認有什麼「第一因」、「終極目的」，尊重各種思想都是歷史的一個階段，是人類認識的某一方面，從唯物論到唯心論，從經驗主義到理想主義，都對改變人類狀況有過貢獻，但都不是至高的、終極的，它們的命運取決於它們各自在相互交鋒和鬥爭中的結果。第三是政治民主，哲學上的一元論對應與政治上的獨斷主義、權威主義；多元論對應於民主和自由，它讓每個人都有表達意願的權利。「民主是與不斷進步聯繫著的，而不是和某個目的相聯結的。」
顧准的這些思考在當代中國思想史上無疑是一個重要事件，它不但是對正在進行中的「文化大革命」的現實性反思，更是對傳承了兩千多年的封建專制體制的終結性控訴，即便在多年之後，它仍然散發出逼人的光芒。歷史學家朱學勤因而認為，「中國的自由主義在1949年之後已經漸漸銷聲匿跡，並且名聲掃地。但顧准憑一己之力再次扛起了自由主義的旗幟，為自由主義在當代中國『擠』出了一道門縫」。這位早年信奉共產主義革命的理想主義者在歷經劫波之後脫胎換骨，回歸為一個理性、信奉漸進改革的經驗主義者，在一個接一個的昏暗難眠的夜晚，他將畢生的追求和坎坷鑄成了一個個帶血的文字。顧准不知道的是，幾乎就在他埋頭工作的同時，匈牙利的經濟學家亞諾什·科爾內（JanosKornai）正在寫他批判蘇聯模式的巨著《短缺經濟學》（1980年），而寫出過《通往奴役之路》的英國經濟學家哈耶克正因他捍衛自由市場經濟的主張成為西方聲名最隆的經濟學家，在全球思想界，對僵硬的計劃經濟制度的改革已經拉開帷幕。
每隔一兩周吳敬璉與顧准見上一面，交流各自的心得與見聞，他們的小圈子也悄悄地在擴大，趙人偉、周叔蓮和張曙光等都加入了進來。吳敬璉對西方經濟史和思想史的研究已拓進到中世紀和近代階段，古今對照，他越來越感覺到封建專制主義的頑固。他在口述史中說：「在息縣和明港，我們的討論還比較粗略，主要是關於希臘和羅馬制度，以及儒法之爭等等，那麼回到北京後就現實多了，我們發現，世界近現代社會主要有兩大思潮，一是英國式的經驗主義、改良主義道路；一是革命專政式的直接民主，後者很容易形成為一種新的專制主義，到這裡，中國問題的解答也就呼之欲出了。可惜後來顧準死了，而我則繼續往前走。」
與此同時，他們也有機會接觸到歐美經濟學的新發展動向，這要感謝經濟所圖書館的館長宗井滔——一直到30多年後做口述史時，吳敬璉仍能一口報出他的名字。「文革」期間，中國學術界與國際同業「雞犬不相聞」，完全斷絕了來往，倒是這個宗管理員，每年用上級分配給他的一點外匯，訂閱了國外的經濟學學術期刊，譬如《美國經濟評論》等等，這好比在鐵牆上意外地鑿出了一個不起眼兒的小洞洞。20世紀70年代初期，受石油危機的影響，西方經濟異常波動，學術思想也變化激烈，經濟所內一些敏銳的學者從刊物上已經察覺到了這一景象。
據吳敬璉回憶，當時對這一情況最為敏感的是當過副所長的哈佛大學經濟學博士「不戴帽子的右派分子」巫寶三，「在當時，凱恩斯主義正受到二戰以來最嚴厲的挑戰，主流經濟學遇到了第二次危機。以哈耶克為代表的新自由主義正嶄露頭角，對這一切，像我們這些人根本不知道這是什麼意思，巫寶三好像是知道的」。巫寶三經常向顧准推薦一些新的書籍和文章，顧就組織吳敬璉、趙人偉等人翻譯，其中，吳翻譯了瓊·羅賓遜夫人的《經濟學的第二次危機》，顧則翻譯了《瓊·羅賓遜經濟學論文集》。羅賓遜夫人是左翼凱恩斯主義學者，時稱「新劍橋學派」，她與哈耶克的新自由主義，以及薩繆爾森為代表的美國凱恩斯主義為當時鼎足而立的一大學派，對於當時的中國學者來說，她的思想似乎更加容易接受。日後視之，顧准等人的翻譯工作是20世紀50年代之後，中國經濟學界第一次向「反動」的西方經濟學招手。
到1974年的秋天，在落葉蕭條之中，顧准的生命走到了終點。
在過去的兩年多裡，他經常咳血，並伴有低燒，但是醫生一直把這些症狀當做支氣管擴張來治療。10月的一天，吳敬璉陪他去反帝醫院（即北京協和醫院）看痰液培養的結果，化驗單和X光片一出來，居然已是肺癌晚期。
因為顧準是戴帽老「右派」，醫院不敢收他住院，只把他放在急診室外的走廊上。顧的新四軍老戰友，也在經濟所工作的駱耕漠得悉了這一消息，十分焦急，這時的他因為青光眼已接近雙目失明，而且戴著「叛徒」的帽子，具有「反革命修正主義分子」身份，但他仍然掙扎著摸出家門，沿著牆角趕到醫院，找到總部的黨委書記楊純——一個當年在他和顧准手下幹過的「紅小鬼」，好歹才讓顧准搬進了病房。
顧准一開始對病情並不瞭解，一次，醫生查房，用英文說出「癌症」一詞，他才自知末日降臨。
當時，那場「文革浩劫」似乎還沒有任何終結的跡象。就在秋風蕭瑟中，顧准把44歲的吳敬璉叫到病房，冷靜地說：「我將不久於人世，而且過不了多久就會因為氣管堵塞說不出話來，所以要趁說得出話的時候與你作一次長談，以後你就不用來了。」在這次長談中，顧准認為中國的「神武景氣」是一定會到來的，但是什麼時候到來不知道，所以，他送給吳敬璉四個字——「待機守時」，他說，「時機不到，你想報國也沒有用，沒有這種可能性。還是要繼續我們的研究，把中國的問題研究清楚，那樣才能對國家提出有用的意見」。
他還提到正在獄中的孫冶方，說，「我是見不到他了，但是我知道他的為人，他絕不會是漢奸。所以只要沒被整死，他就會出來。出來的時候，你幫我向他致意」。
顧准還立下了遺囑。他把自己的遺稿分為兩部分，其中「有關希臘史部分交給吳敬璉同志」。這可以被看成是一個思想家對另外一個思想家的衣缽相傳。