對於社會精英，清代初期的政策是全面壓制，入關不久的1648年（順治五年），清廷就下令在全國的府學、縣學都樹立一塊臥碑，上面銘刻三大禁令：第一，生員不得言事，第二，不得立盟結社，第三，不得刊刻文字，違犯三令者，殺無赦。而這三條，恰好是現代人所要爭取的言論自由、結社自由和出版自由。有清一代，皇帝多次大興「文字獄」，使得天下文人戰戰兢兢，無所適從，《清稗類鈔》記載的一則故事最為生動：某次，雍正皇帝微服出遊，在一家書店裡翻閱書籍，當時「微風拂拂，吹書頁上下不已」，有個書生見狀順口高吟：「清風不識字，何必來翻書」。雍正「旋下詔殺之」。在「文字獄」的高壓恐嚇下，清人在工商思想上的開放遠不如明人，類似丘浚、顧憲成這樣的人物竟無出現，知識分子愈來愈蜷縮在狹隘的「學術羊圈」之中，窮首皓經於訓詁之學，格局和胸襟越來越小，大多成了尋章摘句的老彫蟲。
如果說，在十五世紀的明代中期，徐光啟與利瑪竇還能在科技知識上平等對話，那麼，到了康乾年間，中國學者已經無法與西方分庭抗禮，雙方完全處在兩個無法溝通的知識和話語體系之中。金觀濤和劉青峰在《興盛與危機：論中國社會超穩定結構》一書中對這一現象進行過研究，他們分別繪製了中國與西方的「科學技術水平累加增長曲線」，從這兩張圖中可以清晰地看出，到了十五世紀之後，中國的增長曲線呈現長波段的水平停滯狀態，而西方則進入爆發性增長階段。金觀濤和劉青峰因此得出了一個十分重要的結論：無論對於西方還是中國來說，科學技術結構和社會結構之間都存在著適應性。也就是說，制度大於技術，中國的經濟和科技落後首先體現在政治體制和社會制度的不思進取。
當然，上述的分析都是後人站在歷史高地上的俯瞰，那些生活在17世紀的中國人是根本感覺不到那份焦慮和超越的。在余英時看來，「就朝代的興替而言，1644年滿族征服中國固然是一個重要的事件，但是若因此而說其完全改變了中國的發展進程也是太過誇張。」據他的觀察，自晚明到清代，中國社會的基本衍變軌跡是緩慢、持續、並且一以貫之的，只是「活在這兩個世紀的大多數中國人都未察覺到自身已經歷了中國歷史上最重要的社會與文化變遷時期之一。」
就經濟而言，隨著人口的倍增，邊貿和內需市場龐大而旺盛，促進了工商業的繁榮。經濟重心繼續向長江中下游和珠江流域傾斜，東南的權重越來越大，形成了北、東、南三大商幫，分別是晉商、徽商和廣東十三行。
家底雄厚的晉商仍然強悍。屬暴發戶性質的「皇商八大家」全數是山西人，其餘世家的財力也不容小窺，他們控制了北方邊貿和京城商貿，還推動了長江中游地區的繁榮。
祁縣喬貴發是靠邊貿發家的典型案例。他出身在一個貧困家庭，從小父母雙亡，雍正初年，出走到塞外的歸化城（今呼和浩特市）謀生闖蕩，先是在一家店舖當夥計，常年趕著駱駝往返於大漠戈壁之中，稍有積蓄後，就跑到山西商人眾多的包頭城自立門戶，賣蔬菜、磨豆腐、開草料鋪，十餘年後獨資開設廣盛公雜貨店，漸漸又兼營錢莊。當鋪，成了一個小有名氣的商人。
喬貴發的真正發家靠的是做糧食期貨，時稱「買樹梢」。當時包頭湧入大量開荒農民，種糧缺少本錢，而這一地區靠近黃河，常有水澇之災，糧食收成很不穩定。喬貴發發揮晉商在糧食貿易和錢莊經營上的雙重優勢，做起了冒險生意，他在春耕時節發放貸款，與農民簽訂收購合同，秋後結算，這種做法很像後來的訂單農業，喬貴發算過賬，只要五年之中有兩年豐收，他就會有幾倍之利。這種「買樹梢」的做法被學界認定是中國最早的糧食期貨。自喬家之後，山西商人在北方邊疆地區大做買空賣空的糧食期貨交易，據山西籍的大學士祁雋藻在《馬首農言》一書中記載，「更有甚者，買者不必出錢，賣者不必有米，謂之空斂。因現在之米價，定將來之貴賤，任意增長。此所謂買空賣空。」
喬貴發一世而興，是眾多晉商故事中的一個典範，他在老家祁縣建造了一座富麗精緻的喬家大院，1991年，電影導演張藝謀在此處拍攝《大紅燈籠高高掛》，喬家名聲因此大隆，成為知名度最高的清代晉商。有清一代，與喬家一樣靠邊貿致富的，還有榆次的常家、太谷的曹家、祁縣的渠家和汾陽的牛家等等，他們各自組建了龐大的、集貿易與金融於一體的家族集團，控制了清朝與蒙古、俄羅斯的雙邊貿易。
以邊貿為基礎，晉商進而在北方一些中心城市建立了自己的貨物集散網絡，最重要的有恰克圖、天津、張家口和漢口等，其中漢口是深入到內地的一個後方基地，在十六世紀中期的明嘉靖年間，漢口還僅僅是一個人口不過2·5萬的小鎮，而到十八世紀初期的康熙年間，漢口周圍已有「戶口二十餘萬」，號稱「九省通衢」，山西商人在這裡販糧運茶，頗為活躍。
即便在長江中下游地區，晉商的蹤影仍然四處可覓。1689年，喜歡南下遊歷江南的康熙皇帝發現，在商業繁榮的蘇州、杭州和紹興一帶，從事市井商貿的人，大多是山西籍人士，當地人經商得富的反而較少。他分析原因說，「可能是山西民風儉樸，喜歡積蓄而致富，南方人個性奢靡，所以存不了多少錢。」若康熙的觀察真是一個普遍現象，倒是出乎後人一般的印象。
儘管從清朝開國之後，晉商就一直非常風光，然而它的大輝煌時期竟還沒有到來。
康乾年間，帝國的金融中心不在京城，而在南方的揚州，這當然與鹽業和徽商有關。
自明代葉淇變革鹽法之後，兩淮鹽場就成了全國最大的鹽業產地和交易中心，壟斷的鹽利之高讓人咋舌，康熙時期的大臣郭起元就統計說，一包鹽在江南一帶的收購價為二三文，到了江西、湖廣，零售價就抬高到一二十文，即有七、八倍的利潤。康乾年間，淮鹽每年行銷190萬引，每引平均為300斤，銷鹽一斤就可獲利三十文，一引即可得白銀九兩，以此推算，兩淮鹽商每年的利潤為1200萬兩之巨，累以時日，其財富之大無以復加，據地方志記載，大鹽商的家產均在千萬兩以上，百萬兩以下的，都只能算是「小商」－－「百萬以下，皆謂之小商。」當代史家估算，清代兩淮鹽商的資本約為7000萬兩左右，相當於乾隆年間國庫存銀的總額。因此連乾隆帝都歎息說，「富哉商乎，朕不及也。」正因如此，作為鹽商的大本營，揚州就成了天下最大的銷金窟，康熙、乾隆多次下江南，均以揚州為目的地。
為了更加有效率地管理鹽商，清政府推出了「首總制度」，即從二十多位總商中選拔出一位首總，三年為一任期，由他來協調官商關係，此人就成了最顯赫的鹽商領袖。在歷任首總中，最出名的是江春（1721－1789）。
江春祖籍歙縣江村，他的鹽行名叫江廣達。江春的曾祖父江國茂是一個晚明秀才，清初時放棄舉業而成為揚州的鹽商，到了兒子江演一輩，積少成多，漸有積累。江演生有二子，江承玠因為怡親王的舉薦而成為嘉興知府，江承瑜－－也就是江春的父親則成了有名的總商之一。江春二十歲就因父親早逝而繼承了總商一職，因才幹出眾，很快嶄露頭角。1751年（乾隆十六年），乾隆帝第一次下江南，在揚州城北郊的蜀岡御碼頭接駕的有四位大鹽商，他們都是徽州歙縣人，領頭者正是時年三十歲的江春。此後幾十餘年間，江春縱橫官商兩場，成揚州城裡首屈一指的風雲人物，時人稱他「身繫兩淮盛衰垂五十年。」
江春熟悉鹽法，為人幹練，行事公道而能協調各方關係，據說每次只要他發言，或提出一個策略，一眾商人只有拱手贊成的份兒——「每發一言，畫一策，群商拱手稱諾而已。」更重要的是，他特別善於巴結官員和皇帝。《揚州畫舫錄》記載一事：兩淮鹽運使盧見曾好文善詩，有一年春天，他突發雅興，倣傚王羲之「蘭亭修禊」，召集一幫騷客聚會飲唱，他當場做了四首七律詩，在江春等一干鹽商的「運作」下，竟然有七千多人「和修禊韻者」，成揚州文壇一大盛事，哄得盧大人眉逐顏開。
《清稗類鈔》記錄的另外一則故事更加出名：乾隆南巡到揚州，江春作為鹽商代表承辦一切接待事務。某日，乾隆到大虹園遊覽，行至一處，隨口對左右說，這裡的風景很像京城南海，可惜沒有一座白塔。江春聽到了，當即賄賂內官，把南海白塔的模樣畫了出來。當夜，組織工匠建造。第二天，乾隆又來園中，遠遠看到一塔巍然而立，無比驚詫，以為是錯覺，上前細看，果然是磚石所造，乾隆歎息說，「鹽商之財力偉哉！」
因善於奉承、辦事利落，江春深得乾隆歡心，先後六次南巡，都要接見他，到他的家裡做客，有一次還面賜給他的七歲幼兒一個「金絲荷包」。每當有兩淮巡鹽御史上任，乾隆總會在奏章中提及：「江廣達人老成，可與咨商。」江春在鹽商中的威望也因此樹立。
鹽商與各級官府——從中央到地方，表面上看一團和氣，其實利害關係非常微妙，江春居中斡旋，很是吃力。康乾年間，鹽商對主管衙門的進貢已成制度，僅補貼鹽運司衙門的飯食銀和筆墨紙張雜費就達每年4·3萬兩之多，這些還是記錄在冊的，其餘的孝敬和賄賂不在話下。1768年（乾隆三十三年），一起轟動全國的「兩淮提引案」可生動地呈現出當時的官商局勢。
乾隆登基以來，因人口猛增而導致用鹽需求旺盛，朝廷規定的官鹽銷售指標不夠用，因此每年都會預提下一年的「鹽引」，也因用鹽日巨，鹽商大賺其錢。1768年，江蘇巡撫彰寶上書朝廷稱：從乾隆十一年到三十二年，兩淮鹽商共多引了綱鹽共442萬餘道，除了正常的納稅和獲利之外，另得「餘利」1092萬兩，這部分利益應該全數上繳朝廷。
「兩淮提引案」是一起公開的政府勒索事件，中國官商之間從來缺乏平等契約，以此最為典型。彰寶的奏章獲得批復後，鹽商們叫苦連連，聯名上書乞求減免，他們也算了一筆賬，在過去的二十餘年間，商人交納的辛力膏火銀、歷任鹽政購辦器物用銀、各商辦差用銀總計927萬兩，其餘替歷任鹽政官員代購的物品費用近百萬兩－－其中便包括為盧見曾代購了上萬兩的古玩，合計下來，與彰寶所算出來的「餘利」基本相當。